285 research outputs found
PENENTUAN MUTASI EKSON 20 DARI GEN PIK3CA PADA PASIEN KANKER PAYUDARA
No full textMutasi pada protein p110 (PIK3CA) yang merupakan subunit dari enzim 1- phosphatidylinositol-3-kinase (PI3K) terkait dengan proliferasi sel yang abnormal dan menjadi salah satu pemicu terbentuknya sel kanker. Mutasi pada berapa ekson gen PIK3CA dapat menjadi biomarker untuk resistensi pasien terhadap terapi kanker payudara. Oleh karena itu, tujuan penelitian ini adalah menentukan mutasi dari urutan ekson 20 gen PIK3CA pada pasien kanker payudara Indonesia. Sebanyak 10 sampel DNA dengan konsentrasi 80-150 ng/µL diisolasi dari jaringan kanker payudara. Ekson 20 gen PIK3CA di amplifikasi dengan metode PCR menggunakan primer spesifik untuk menghasilkan panjang amplikon 322 bp. Penentuan urutan basa DNA ekson 20 gen PIK3CA dilakukan dengan metode sekuensing Sanger. Urutan basa nuleotida dianalisis dengan mengggunakan software Geneious berdasarkan metoda Clustal Algaritma Multiple Alignment. Primer yang dirancang berhasil mengamplifikasi fragmen gen PIK3CA yang membawa urutan ekson 20 gen PIK3CA. Sebanyak 10 sampel jaringan kanker payudara dari pasien Indonesia memiliki 100% kemiripan dengan urutan referensi ekson 20 gen PIK3CA yang tersimpan di database NCBI.
Kata kunci: Kanker payudara, PIK3CA, PCR, Sekuensin
ANALISIS KERAGAMAN EKSON 1 GEN MIOSTATIN PADA DOMBA EKOR GEMUK
No full textDomba adalah ternak ruminansia yang menjadi plasma nutfah negara Indonesia dan dipelihara untuk menghasilkan daging sebagai sumber gizi terutama protein. Domba ekor gemuk adalah domba yang memiliki ekor gemuk dan tubuh besar dengan warna putih, Domba betina tidak bertanduk sedangkan domba jantan bertanduk kecil. Perkembangan dan pertumbuhan ternak dipengaruhi oleh beberapa faktor, salah satu diantaranya adalah gen. Salah satu gen yang mengontrol dan mengatur pertumbuhan massa otot adalah gen miostatin (MSTN). Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui keragaman ekson 1 gen miostatin (MSTN-1) pada domba jantan ekor gemuk. Penelitian dilakukan dengan menggunakan metode Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RLFP) dan dianalisis dengan hukum Hardy Weinberg. Hasil produk amplifikasi PCR berada pada ukuran ~337 pb. Berdasarkan hasil RFLP fragmen DNA (Deoxyribonucleic acid) diamplifikasi menjadi dua pola pita yang sama untuk semua sampel, yaitu ~239 pb dan ~98 pb. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen mostatin ekson 1 pada domba ekor gemuk bersifat monomorfik. Hal ini mengindikasikan tidak ada mutasi pada ekson 1 dari gen miostatin pada domba ekor gemuk. Kata kunci: Gen, Miostatin, ekson 1, PCR-RFL
KERAGAMAN GENETIK GEN GROWTH HORMONE (GH) EKSON-4 PADA KAMBING KACANG MENGGUNAKAN METODE SEKUENSING
No full textABSTRAK
Penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi polimorfisme genetik gen growth hormone (GH) ekson 4 pada kambing Kacang. Polimorfisme gen growth hormone ekson 4 diidentifikasi melalui metode sekuensing. Penelitian ini menggunakan sampel darah sebanyak 80 sampel berasal dari kambing Kacang. Sampel darah diisolasi menggunakan protocol genomic DNA purification kit (promega). DNA hasil isolasi selanjutnya diamplifikasi menggunakan sepasang primer L : 5’- AGC CAT GTC CTT TGT CCG G -3’ dan R : 5’ – CCA TCC TCA CCC GCA TCA -3’. Keragaman gen GH dilihat dari hasil sekuensing menggunanakn jasa 1^st di Singapura. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa terdapat 11 SNP pada daerah ekson 4 yaitu insersi T pada posisi 90 pb, insersi G pada posisi 100 pb dan 113 pb, mutasi A→G (transisi) pada posisi 114 pb, insersi A pada posisi 115 pb, mutasi G→A (transisi) pada posisi 134 pb, mutasi G→T (transversi) pada posisi 144 pb dan mutasi C→G (transversi) pada posisi 161pb, mutasi T→C pada posisi 215 pb dan +3 pb mutasi serta mutasi C→G pada posisi +17 pb. SNP gen growth hormone ekson 4 kambing Kacang bersifat polimorfik dan dapat dijadikan sebagai kandidat Marker Assited Selection pada kambing Kacang.
Kata kunci: kambing Kacang, gen growth hormone, sekuensing, keragaman (SNP
KERAGAMAN GEN MELATONIN RESEPTOR (MTNR1A) EKSON 2 AWAL PADA ITIK SIKUMBANG JONTI MENGUNAKAN METODE SEKUENSING
No full textPenelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi keragaman genetik gen melatonin reseptor (MTNR1A) ekson 2 awal pada itik Sikumbang Jonti. Keragaman gen melatonin reseptor ekson 2 awal diidentifikasi melalui metode sekuensing. Penelitian ini menggunakan sampel darah sebanyak 70 sampel berasal dari itik Sikumbang Jonti. Sampel darah diisolasi selanjutnya diamplikasi menggunakan sepasang primer 5’-GCA GAA GTG GAA GAG AGC-3’ dan 5’-ATT TGG ATG CTG TGG AGG GA-3’. Sebanyak 70 sampel itik Sikumbang Jonti disekuensing menggunakan jasa dari 1st base Singapure. Hasil penelitian
menunjukkan bahwa terdapat 22 keragaman di ekson 2 awal yaitu pada posisi +10 insersi G, +33 G>C, +62 delesi A, +170 T>G, +174 G>A, +175 G>A, +211 G>C, +215 C>A, +217 G>T, +226 A>T, +227 G>T, +234 A>T, +235 G>C, +240 A>T, +241 A>T, +246 T>G, +258 C>G, +259 G>C, +285 G>A, +286 T>C, +314 A>G, dan +378 A>T. Single Nucleutida Polymorphism atau SNP gen melatonin reseptor ekson 2 awal itik Sikumbang Jonti bersifat polimorfik
Keragaman Gen Melatonin Reseptor (MTNR1A) Ekson 1 Pada Itik Sikumbang Jonti Menggunakan Metode Sekuensing
No full textPenelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman Gen Melatonin Reseptor (MTNR1A) Ekson 1 pada itik Sikumbang Jonti dengan menggunakan metode sekuensing. Pelaksanaan penelitian dilakukan dalam bentuk Eksplorasi. Sampel yang digunakan dalam penelitian ini sebanyak 76 sampel darah itik Sikumbang Jonti betina yang diambil di peternakan Unggul Jaya Farm Lubuk Minturun, Kota Padang. Pengambilan sampel darah dilakukan pada itik berumur 19 minggu melalui vena branchialis pada daerah sayap sebanyak 2,5 ml. Sampel darah diisolasi dengan menggunakan protokol Genomic DNA purification Kit dari Promega. DNA hasil isolasi kemudian di amplifikasi menggunakan sepasang primer Forward 5’- GCCGATGAATGAGGAGGGA -3’ dan primer Reverse 5’- TTAACGTGTGGCTGGCTTTG -3’ yang menghasilkan fragmen Gen Melatonin Reseptor (MTNR1A) Ekson 1 sepanjang 839 bp. Produk amplifikasi disekuensing menggunakan jasa dari 1st Base Singapore. Hasil penelitian menunjukkan terdapat enam polimorfisme di ekson 1 yaitu pada posisi g.370G>A, g.380G>T, g.412A>C, g.413G>C, g.434C>G dan g.483G>A bersifat polimorfik. Berdasarkan hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa keragaman gen Melatonin Reseptor (MTNR1A) Ekson 1 pada itik Sikumbang Jonti ditemukan adanya polimorfisme dan populasi itik Sikumbang Jonti berada dalam keseimbangan Hardy-Weinberg
MUTASI MISSENSE (P.374PHE/LEU) PADA EKSON 5 GEN MATP, PENYEBAB OCULOCUTANEOUS ALBINISM TIPE 4 (OCA4) DI WONOSOBO, JAWA TENGAH
No full textABSTRAK Albinisme merupakan kelainan genetik autosomal resesif berupa gangguan sintesis melanin yang terjadi pada manusia. Albinisme dibagi menjadi dua kelompok besar, yaitu Ocular Albinism (OA) dan Oculocutaneous Albinism (OCA). Berdasarkan gen yang mengalami mutasi, OCA dibedakan menjadi 4 tipe yaitu OCA1, OCA2, OCA3 dan OCA4. OCA4 disebabkan mutasi pada gen MATP. Penelitian yang telah dilakukan dengan PCR-SSCP (Polymerase Chain Reaction-Single Stranded Conformation Polymorphism) mendeteksi adanya mutasi pada ekson 5 gen MATP, pada penderita albinisme di Wonosobo, Jawa Tengah. Sekuensing ekson 5 gen MATP dilakukan untuk mengidentifikasi tipe mutasinya. DNA diisolasi dari sampel darah penderita dan digunakan sebagai template untuk amplifikasi ekson 5 gen MATP dengan metode PCR. Produk PCR selanjutnya digunakan sebagai template untuk sekuensing dengan metode Sanger. Hasil sekuensing dianalisis menggunakan program Clustal-W dan dibandingkan dengan sekuens ekson 5 gen MATP dari International DNA Data Base (nomer akses AF172849.1). Hasil analisis menunjukkan adanya pada perubahan basa nukleotida no.1122 dari C menjadi G (c.1122 C>G) yang mengakibatkan mutasi missense, yaitu fenilalanin menjadi leusin, pada asam amino nomer 374 (p.374 Phe/Leu). Kata kunci : OCA4, mutasi, ekson 5, gen MAT
KERAGAMAN GEN LEPTIN EKSON-3 PADA SAPI PESISIR MENGUNAKAN METODE SEKUENSING
No full textPenelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman gen leptin ekson-3 pada sapi Pesisir menggunakan metode sekuensing. Penelitian menggunakan 70 sampel darah sapi Pesisir. Sampel darah diisolasi dengan menggunakan Genomic DNA purification kit (Promega). DNA diamplifikasi menggunakan sepasang primer L: 5’- GCCCATCCAGCAAACACTAG -3’ dan R: 5’- ACAGTCAGA GAAGGCCAGAC -3’ yang menghasilkan fragmen sepanjang 786 bp. Produk amplifikasi disekuensing menggunakan jasa dari 1st base Singapore. Peubah yang diamati adalah macam dan jumlah genotipe serta alel yang dihasilkan, keragaman genotipe masing-masing individu ternak. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa terdapat 16 polimorfisme dibagian ekson-3 yaitu pada posisi : 662 Ins→A, 663 A→Del, 776 C→T, 870 T→C, 875 A→G, 905 T→C, 906 A→G, 908 T→C, 909 G→A, 1004 T→C, 1069 T→C, 1088 A→G, 1096 T→A, 1102 G→A, 1129 G→A, 1242 G→C. Berdasarkan hasil penelitian, dapat disimpulkan bahwa gen leptin pada sapi Pesisir bersifat polimorfisme dan berada dalam ketidakseimbangan Hardy-Weinberg
KERAGAMAN GEN MYOSTATIN EKSON 3 PADA ITIK LOKAL JANTAN MENGGUNAKAN METODE DIRECT SEQUENCING
No full textKERAGAMAN GEN MYOSTATIN EKSON 3 PADA ITIK LOKAL
JANTAN MENGGUNAKAN METODE DIRECT SEQUENCING
Khairun Nisa (11481204281)
Dibawah bimbingan Hidayati dan Eniza Saleh
INTISARI
Salah satu gen penentu pengontrol sifat pertumbuhan dan produksi otot
adalah gen myostatin. Gen myostatin tersusun atas satu promotor, tiga ekson dan
dua intron. Tujuan penelitian ini adalalah mengidentifikasi keragaman,
menganalisis komposisi basa nukleotida dan asam amino dari diplotipe gen
myostatin ekson 3 pada itik lokal jantan. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan
April 2018 sampai dengan Oktober 2018 di Laboratorium Pemuliaan dan
Genetika Fakultas Pertanian dan Peternakan Universitas Islam Negeri Sultas
Syarif Kasim Riau, isolasi DNA dilakukan di Laboraturium Genetika dan
Molekuler Ternak Fakultas Peternakan Institut Pertanian Bogor dan sekuensing
dilakukan dengan mengirim sampel PCR ke First Base Laboratory Malaysia
melalui Genetika sci. Darah itik lokal jantan sebanyak 23 melalui pembuluh darah
vena sayap, isolasi DNA dan dilakukan mengikuti prosedur dari Sambrook et al.
(1989), amplifikasi gen myostatin menggunakan metode PCR menggunakan PCR
kit NZYtaq Green Master Mix dengan primer forward 5’ GAG ACT TGT AGG
AGG ATA AAG-3’ dan primer reverse 5’ ACA GTT TCA AAG ATG GGT G-3’
dengan 638 pb, visualisasi hasil amplifikasi gen myostatin menggunakan
elektroforesis gel agarose 1.5% pada tegangan 110 volt 30-35 menit, hasil sekuens
dianalisi menggunakan MEGA 10.0 dan BioEdit. Hasil penelitian menunjukkan
ditemukan 14 titik mutasi pada daerah ekson 3 gen myostatin pada itik lokal
jantan yaitu g.24 C>T tidak merubah asam amino Phenylalanin. Mutasi g.26
insersi G membentuk asam amino Sistein dan muncul stop kodon setelahnya.
Mutasi g.27 C>G membentuk asam amino Serin>Sistein/Phenylalanin. Mutasi
g.46 delesi A merubah asam amino Phenylalanin>Asparagin dan muncul start
kodon setelahnya. Mutasi g.123 delesi C merubah asam amino Prolin>Glutamin.
Mutasi g.133 T>C tidak merubah asam amino Sistein. Mutasi g.411 A>G tidak
merubah asam amino Valin. Mutasi g.432 C>G tidak merubah asam amino
Glysin. Mutasi g.633 delesi G membentuk asam amino Leusin. Mutasi g.634
delesi G membentuk asam amino Leusin. Kesimpulan penelitian ini terdapat
empat belas titik mutasi membentuk dua belas pola sekuens, masing-masing pola
menunjukkan adanya perbedaan komposisi basa nukleotida dan asam amino gen
myostatin ekson 3 pada populasi itik lokal jantan.
Kata kunci : delesi, direct sequencing, ekson 3, mutasi, gen myostatin, insersi, iti
MUTASI MISSENSE (P.374PHE/LEU) PADA EKSON 5 GEN MATP, PENYEBAB OCULOCUTANEOUS ALBINISM TIPE 4 (OCA4) DI WONOSOBO, JAWA TENGAH
No full textAlbinisme merupakan kelainan genetik autosomal resesif berupa gangguan sintesis melanin yang terjadi pada manusia. Albinisme dibagi menjadi dua kelompok besar, yaitu Ocular Albinism (OA) dan Oculocutaneous Albinism (OCA). Berdasarkan gen yang mengalami mutasi, OCA dibedakan menjadi 4 tipe yaitu OCA1, OCA2, OCA3 dan OCA4. OCA4 disebabkan mutasi pada gen MATP. Penelitian yang telah dilakukan dengan PCR-SSCP (Polymerase Chain Reaction-Single Stranded Conformation Polymorphism) mendeteksi adanya mutasi pada ekson 5 gen MATP, pada penderita albinisme di Wonosobo, Jawa Tengah. Sekuensing ekson 5 gen MATP dilakukan untuk mengidentifikasi tipe mutasinya.
DNA diisolasi dari sampel darah penderita dan digunakan sebagai template untuk amplifikasi ekson 5 gen MATP dengan metode PCR. Produk PCR selanjutnya digunakan sebagai template untuk sekuensing dengan metode Sanger. Hasil sekuensing dianalisis menggunakan program Clustal-W dan dibandingkan dengan sekuens ekson 5 gen MATP dari International DNA Data Base (nomer akses AF172849.1). Hasil analisis menunjukkan adanya pada perubahan basa nukleotida no.1122 dari C menjadi G (c.1122 C>G) yang mengakibatkan mutasi missense, yaitu fenilalanin menjadi leusin, pada asam amino nomer 374 (p.374 Phe/Leu)
Keragaman Gen Myostatin (MSTN) Ayam Kokok Balenggek Generasi Awal (AKB-G0) Pada Ekson 1 Dengan Metode Sekuensing
No full textPenelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi keragaman gen myostatin (MSTN) ekson 1 pada Ayam Kokok Balenggek Generasi Awal (AKB-G0) dengan metode sekuensing. Sampel yang digunakan pada penelitian yaitu 48 sampel darah AKB-G0. Sampel darah yang sudah diekstraksi selanjutnya diamplifikasi PCR menggunakan sepasang primer forward 5’- GTGGCTCTGGATGGCAGTAG -‘3 dan reverse 5’- GCTACAGGGCACACACGTTA -‘3 yang menghasilkan fragmen sepanjang 549 bp. Produk amplifikasi disekuensing menggunakan jasa dari 1st BASE Malaysia. Data hasil sekuensing dialigment menggunakan MEGA 11 dan hasil kromatogram nukleotida dilihat menggunakan Finch Tv 1.4.0. Hasil penelitian menunjukkan terdapat 9 mutasi terdiri atas 7 titik mutasi di bagian ekson 1 yaitu pada posisi : g.2150 delesi A, g.2151 delesi A, g.2152 delesi A, g.2167 delesi A, g.2224 C>G, g.2283 G>A dan g.2373 C>T. Pada bagian intron 1 ditemukan 2 titik mutasi yaitu pada posisi : g.2649 delesi G dan g.2650 insersi C/G. SNP gen myostatin ekson 1 pada AKB-G0 bersifat polimorfik dan ditemukan 16 pola haplotipe, serta memiliki heterozigositas HO<HE dan berada dalam keseimbangan Hardy-Weinberg. Hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa adanya keragaman gen myostatin ekson 1 AKB-G0 dan selanjutnya SNP dapat diasosiasikan pada sifat pertumbuhan AKB
- …
