21 research outputs found
ANALISIS FILOGENI KERBAU LOKAL (Bubalus bubalis) DI JAWA TIMUR DAN YOGYAKARTA BERDASARKAN SEKUENS DNA MITOKONDRIA GEN Cytochrome b
No full textABSTRAK Priyono, Dwi Sendi. 2015. Analisis Filogeni Kerbau Lokal (Bubalus bubalis) Di Jawa Timur dan Yogyakarta berdasarkan Sekuens DNA Mitokondria Gen Cytochrome b. Skripsi, Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Malang. Pembimbing: (I) Prof. Dr.agr. Moh. Amin, S.Pd., M.Si (II) Sofia Ery Rahayu, S.P.d., M. Si. Kata Kunci : Filogeni, Bubalus bubalis, gen cytochrome b. haplotype network. Kerbau merupakan ternak yang potensial dalam penyediaan daging. Perkembangan populasi kerbau di Jawa Timur dan Yogyakarta pada tahun 2000 sampai tahun 2013 mengalami penurunan masing-masing sebesar 77,01% dan 85,37%. Apabila hal ini berlangsung terus menerus dikhawatirkan suatu saat akan mengalami kepunahan dan kita akan mengalami kerugian yang sangat besar karena kehilangan plasma nutfah, sehingga diperlukan suatu upaya konservasi Sebagai upaya konservasi plasma nuftah dapat memanfaatkan penanda molekuler gen cytochrome b DNA mitokondria. Penelitian ini bertujuan untuk: mengetahui hubungan kekerabatan (filogeni); menggambarkan haplotype network, dan mendeskripsikan variasi sekuens gen yang meliputi jarak genetik, similaritas, dan substitusi nukleotida, pada populasi kerbau lokal (Bubalus bubalis) di Jawa Timur dan Yogyakarta berdasarkan sekuens gen cytochrome b DNA mitokondria. Objek dalam penelitian ini adalah 6 sampel darah kerbau dikoleksi dari 4 kabupaten yaitu masing-masing Bangkalan (2 ekor), Lumajang (1 ekor), Madiun (1 ekor), dan Sleman (2 ekor). Isolasi DNA menggunakan buffer CTAB dan diamplifikasi dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan primer forward AAAAAGCTTCCATCCAACATCTCAGCATGATGAAA (L14841), dan primer reverse AAACTGCAGCCCCTCAGAATGATATTTGTCCTCA (H1549). Produk PCR sepanjang ± 380 base pair (bp) dan selanjutnya dilakukan sekuensing. Rekonstruksi pohon filogeni berdasarkan sekuen gen cytochrome b kerbau lokal (Bubalus bubalis) menggunakan metode Maximum Parsimony menunjukkan bahwa individu-individu kerbau mengelompok membentuk dua klaster pada pohon filogeni. Klaster I menunjukkan bahwa kerbau-kerbau dari Lumajang, Madiun, dan Yogyakarta mengelompok berdasarkan geografisnya didalam satu pulau yaitu Pulau Jawa. Sedangkan 2 sampel kerbau dari Bangkalan (A4 dan B1) mengelompok dalam satu klaster, yaitu klaster II Pulau Madura. Kerbau-kerbau di setiap klaster memiliki hubungan kekerabatan yang lebih dekat dengan didukung nilai similaritas yang tinggi dan jarak genetik yang rendah. Nilai jarak genetik Bubalus bubalis di wilayah Jawa Timur dan Yogyakarta berkisar antara 0,00-0,0088 dan untuk nilai variannya antara 0,00%-0,88%. Untuk similaritasnya berkisar antara 99,12% -100%. Analisis haplotype network mendukung hasil analisis menggunakan pohon filogeni dalam mempelajari variasi sekuen DNA pada level intraspesies. Hasil analisis median joining network kerbau dalam penelitian dengan spesies acuan, Bubalus bubalis arnee menunjukkan terbentuk 6 haplotype. Berdasarkan penggambaran haplotype network juga menunjukkan kerbau dari Madiun, Lumajang, Yogyakarta yang berada dalam satu daratan Pulau Jawa memiliki jaringan haplotype yang lebih dekat dan jarinngan haplotype yang lebih dekat ditunjukkan antar kerbau dari wilayah Bangkalan. Hasil ini juga mendukung pengelompokkan dua klaster pada pohon filogeni yang menunjukkan jaringan yang terbentuk lebih dekat antar haplotype di dalam setiap klasterny
ANALISIS FILOGENI KERBAU LOKAL (Bubalus bubalis) DI JAWA TIMUR DAN YOGYAKARTA BERDASARKAN SEKUENS DNA MITOKONDRIA GEN Cytochrome b
No full textABSTRAK Priyono, Dwi Sendi. 2015. Analisis Filogeni Kerbau Lokal (Bubalus bubalis) Di Jawa Timur dan Yogyakarta berdasarkan Sekuens DNA Mitokondria Gen Cytochrome b. Skripsi, Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Malang. Pembimbing: (I) Prof. Dr.agr. Moh. Amin, S.Pd., M.Si (II) Sofia Ery Rahayu, S.P.d., M. Si. Kata Kunci : Filogeni, Bubalus bubalis, gen cytochrome b. haplotype network. Kerbau merupakan ternak yang potensial dalam penyediaan daging. Perkembangan populasi kerbau di Jawa Timur dan Yogyakarta pada tahun 2000 sampai tahun 2013 mengalami penurunan masing-masing sebesar 77,01% dan 85,37%. Apabila hal ini berlangsung terus menerus dikhawatirkan suatu saat akan mengalami kepunahan dan kita akan mengalami kerugian yang sangat besar karena kehilangan plasma nutfah, sehingga diperlukan suatu upaya konservasi Sebagai upaya konservasi plasma nuftah dapat memanfaatkan penanda molekuler gen cytochrome b DNA mitokondria. Penelitian ini bertujuan untuk: mengetahui hubungan kekerabatan (filogeni); menggambarkan haplotype network, dan mendeskripsikan variasi sekuens gen yang meliputi jarak genetik, similaritas, dan substitusi nukleotida, pada populasi kerbau lokal (Bubalus bubalis) di Jawa Timur dan Yogyakarta berdasarkan sekuens gen cytochrome b DNA mitokondria. Objek dalam penelitian ini adalah 6 sampel darah kerbau dikoleksi dari 4 kabupaten yaitu masing-masing Bangkalan (2 ekor), Lumajang (1 ekor), Madiun (1 ekor), dan Sleman (2 ekor). Isolasi DNA menggunakan buffer CTAB dan diamplifikasi dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan primer forward AAAAAGCTTCCATCCAACATCTCAGCATGATGAAA (L14841), dan primer reverse AAACTGCAGCCCCTCAGAATGATATTTGTCCTCA (H1549). Produk PCR sepanjang ± 380 base pair (bp) dan selanjutnya dilakukan sekuensing. Rekonstruksi pohon filogeni berdasarkan sekuen gen cytochrome b kerbau lokal (Bubalus bubalis) menggunakan metode Maximum Parsimony menunjukkan bahwa individu-individu kerbau mengelompok membentuk dua klaster pada pohon filogeni. Klaster I menunjukkan bahwa kerbau-kerbau dari Lumajang, Madiun, dan Yogyakarta mengelompok berdasarkan geografisnya didalam satu pulau yaitu Pulau Jawa. Sedangkan 2 sampel kerbau dari Bangkalan (A4 dan B1) mengelompok dalam satu klaster, yaitu klaster II Pulau Madura. Kerbau-kerbau di setiap klaster memiliki hubungan kekerabatan yang lebih dekat dengan didukung nilai similaritas yang tinggi dan jarak genetik yang rendah. Nilai jarak genetik Bubalus bubalis di wilayah Jawa Timur dan Yogyakarta berkisar antara 0,00-0,0088 dan untuk nilai variannya antara 0,00%-0,88%. Untuk similaritasnya berkisar antara 99,12% -100%. Analisis haplotype network mendukung hasil analisis menggunakan pohon filogeni dalam mempelajari variasi sekuen DNA pada level intraspesies. Hasil analisis median joining network kerbau dalam penelitian dengan spesies acuan, Bubalus bubalis arnee menunjukkan terbentuk 6 haplotype. Berdasarkan penggambaran haplotype network juga menunjukkan kerbau dari Madiun, Lumajang, Yogyakarta yang berada dalam satu daratan Pulau Jawa memiliki jaringan haplotype yang lebih dekat dan jarinngan haplotype yang lebih dekat ditunjukkan antar kerbau dari wilayah Bangkalan. Hasil ini juga mendukung pengelompokkan dua klaster pada pohon filogeni yang menunjukkan jaringan yang terbentuk lebih dekat antar haplotype di dalam setiap klasterny
ANALISIS FILOGENI KERBAU LOKAL (Bubalus bubalis) DI JAWA TIMUR DAN YOGYAKARTA BERDASARKAN SEKUENS DNA MITOKONDRIA GEN Cytochrome b
No full textABSTRAK Priyono, Dwi Sendi. 2015. Analisis Filogeni Kerbau Lokal (Bubalus bubalis) Di Jawa Timur dan Yogyakarta berdasarkan Sekuens DNA Mitokondria Gen Cytochrome b. Skripsi, Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Malang. Pembimbing: (I) Prof. Dr.agr. Moh. Amin, S.Pd., M.Si (II) Sofia Ery Rahayu, S.P.d., M. Si. Kata Kunci : Filogeni, Bubalus bubalis, gen cytochrome b. haplotype network. Kerbau merupakan ternak yang potensial dalam penyediaan daging. Perkembangan populasi kerbau di Jawa Timur dan Yogyakarta pada tahun 2000 sampai tahun 2013 mengalami penurunan masing-masing sebesar 77,01% dan 85,37%. Apabila hal ini berlangsung terus menerus dikhawatirkan suatu saat akan mengalami kepunahan dan kita akan mengalami kerugian yang sangat besar karena kehilangan plasma nutfah, sehingga diperlukan suatu upaya konservasi Sebagai upaya konservasi plasma nuftah dapat memanfaatkan penanda molekuler gen cytochrome b DNA mitokondria. Penelitian ini bertujuan untuk: mengetahui hubungan kekerabatan (filogeni); menggambarkan haplotype network, dan mendeskripsikan variasi sekuens gen yang meliputi jarak genetik, similaritas, dan substitusi nukleotida, pada populasi kerbau lokal (Bubalus bubalis) di Jawa Timur dan Yogyakarta berdasarkan sekuens gen cytochrome b DNA mitokondria. Objek dalam penelitian ini adalah 6 sampel darah kerbau dikoleksi dari 4 kabupaten yaitu masing-masing Bangkalan (2 ekor), Lumajang (1 ekor), Madiun (1 ekor), dan Sleman (2 ekor). Isolasi DNA menggunakan buffer CTAB dan diamplifikasi dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan primer forward AAAAAGCTTCCATCCAACATCTCAGCATGATGAAA (L14841), dan primer reverse AAACTGCAGCCCCTCAGAATGATATTTGTCCTCA (H1549). Produk PCR sepanjang ± 380 base pair (bp) dan selanjutnya dilakukan sekuensing. Rekonstruksi pohon filogeni berdasarkan sekuen gen cytochrome b kerbau lokal (Bubalus bubalis) menggunakan metode Maximum Parsimony menunjukkan bahwa individu-individu kerbau mengelompok membentuk dua klaster pada pohon filogeni. Klaster I menunjukkan bahwa kerbau-kerbau dari Lumajang, Madiun, dan Yogyakarta mengelompok berdasarkan geografisnya didalam satu pulau yaitu Pulau Jawa. Sedangkan 2 sampel kerbau dari Bangkalan (A4 dan B1) mengelompok dalam satu klaster, yaitu klaster II Pulau Madura. Kerbau-kerbau di setiap klaster memiliki hubungan kekerabatan yang lebih dekat dengan didukung nilai similaritas yang tinggi dan jarak genetik yang rendah. Nilai jarak genetik Bubalus bubalis di wilayah Jawa Timur dan Yogyakarta berkisar antara 0,00-0,0088 dan untuk nilai variannya antara 0,00%-0,88%. Untuk similaritasnya berkisar antara 99,12% -100%. Analisis haplotype network mendukung hasil analisis menggunakan pohon filogeni dalam mempelajari variasi sekuen DNA pada level intraspesies. Hasil analisis median joining network kerbau dalam penelitian dengan spesies acuan, Bubalus bubalis arnee menunjukkan terbentuk 6 haplotype. Berdasarkan penggambaran haplotype network juga menunjukkan kerbau dari Madiun, Lumajang, Yogyakarta yang berada dalam satu daratan Pulau Jawa memiliki jaringan haplotype yang lebih dekat dan jarinngan haplotype yang lebih dekat ditunjukkan antar kerbau dari wilayah Bangkalan. Hasil ini juga mendukung pengelompokkan dua klaster pada pohon filogeni yang menunjukkan jaringan yang terbentuk lebih dekat antar haplotype di dalam setiap klasterny
Pemanfaatan Gen COI dan Cyt b untuk Taksonomi Molekuler : Sebuah Kasus di Anoa yang Terancam Punah (Bubalus spp.).
No full textAnoa adalah spesies endemik yang terancam punah di Sulawesi. Klasifikasi
anoa berdasarkan habitatnya, dibagi menjadi dua kelompok, anoa dataran rendah
dan anoa gunung. Namun, sebenarnya isu kontroversial anoa adalah pada status
taksonomi di kedua kelompok tersebut. Baru-baru ini, perbandingan genetik telah
mampu memberi pemahaman yang lebih baik tentang garis keturunan spesies
terkait, terutama pada determinasi spesies. Penelitian ini bertujuan untuk menguji
kemampuan gen COI dan cyt b untuk mengidentifikasi taksonomi antara anoa
gunung dan anoa dataran rendah, juga untuk mengidentifikasi variasi genetik dan
filogeni.
Total 681 pb gen COI dan 906 pb gen cyt b diperoleh dan digunakan untuk
memecahkan masalah taksonomi molekuler. Hasil penelitian menunjukkan bahwa
gen COI dan cyt b mampu dalam menetapkan status taksonomi anoa. Pada pohon
filogenetik, telah ditemukan bahwa kedua jenis anoa berada di clade yang terpisah.
Berdasarkan Kimura-2 Parameter (K2P), jarak genetik antara kedua jenis anoa
menunjukkan nilai yang lebih tinggi daripada ambang batas pemisah spesies
(2,5%). Oleh karena itu, kami mengusulkan bahwa nomenklatur binomial untuk
kedua jenis dataran rendah dan anoa gunung berturut-turut adalah Bubalus
depressicornis dan Bubalus quarlesi
Genetic Identification of Two Mudskipper Species (Oxudercidae: Periophthalmus) from Kulon Progo, Special Region of Yogyakarta, Indonesia
Get PDFMudskippers are commonly cryptic species, making identification based solely on morphological characteristics challenging. This study used the DNA barcoding method to identify mudskipper species based on the COI mitochondrial gene. The analysis revealed two distinct species, P. kalolo (20 samples) and P. argentilineatus (3 samples) with high GC contents ranging from 42.94-45.2%. The genetic divergence analysis of P. kalolo showed that they divided into two clades, while P. argentilineatus is divided into three clades with two of the clades (C and D) still conspecific groups, and those two clades with clade E exhibit a genetic distance greater than 3.5%, suggesting the presence of cryptic species. These findings provide valuable insights into the intraspecies genetic diversity of mudskippers in Indonesia, which could have essential implications for conservation efforts and highlight the potential of DNA barcoding as a powerful tool for the identification of cryptic species. Further research combining molecular and morphological identification could lead to a more comprehensive understanding of species identification and help address the challenges posed by cryptic species
Biogeographic history of the endangered dwarf buffalo, subgenus Anoa (Bovidae: Bubalus quarlesi and Bubalus depressicornis): a perspective based on mitochondrial DNA phylogeny
No full textThe Anoa, including the Mountain Anoa (Bubalus quarlesi) and the Lowland Anoa (Bubalus depressicornis) according to current taxonomy, are endangered bovid species endemic to the tropical island of Sulawesi. They are grouped in their own subgenus Anoa. The historical biogeography and phylogeny of this subgenus have not been well characterized. There are two hypotheses describing the colonization routes of large mammals in Southeast Asia: land-bridges and insular route. The present study aimed to understand the molecular phylogeny and test the historical colonization route of Anoa. A total of 71 mitochondrial DNA (cyt b gene and control region) sequence datasets from Anoa and other related species were analyzed. Molecular phylogeny reconstruction was done using a Bayesian inference model. Calibration points were used to estimate divergence time in Anoa based on a Bayesian phylogeny tree. Estimation of ancestral areas in Anoa ancestors using Reconstruct Ancestral State in Phylogenies was carried out to test the Anoa colonization route. The phylogenetic tree revealed the existence of two groups of Anoa, lowland and mountain Anoa, which diverged during the Middle Pleistocene 1.42 Mya (highest posterior density interval: 1.14–1.71 Mya). The Sundaland area is the most probable (P > 0.7) ancestral area for the Bubalus spp. in the Indonesian archipelago. The most probable Anoa colonization route appears to be through land-bridges, which geological records indicate formed between Sundaland and Sulawesi during the Pleistocene
Keanekaragaman Jenis Ikan di Hulu Sungai Opak menggunakan Environmental DNA (eDNA) Metabarcoding
Get PDFPenelitian mengenai keanekaragaman jenis ikan di Hulu Sungai Opak DIY sebelumnya telah dilakukan pada tahun 2010 dan 2013 dengan metode konvensional. Akan tetapi, metode tersebut memiliki beberapa keterbatasan. Monitoring menggunakan eDNA metabarcoding diperlukan untuk memperoleh data yang lebih detail dan akurat. Pada penelitian ini, digunakan primer 250 bp 16S Vertebrate. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keanekaragaman jenis ikan di hulu Sungai Opak pada tahun 2022 dengan pendekatan eDNA metabarcoding; mengetahui perbedaan keanekaragaman jenis ikan di hulu Sungai Opak pada tahun 2010, 2013, dan 2022; dan menguji efektivitas identifikasi keanekaragaman jenis ikan menggunakan eDNA metabarcoding di sungai-sungai di Daerah Istimewa Yogyakarta. Metode yang digunakan dalam penelitian ini meliputi sampling air, filtrasi dan preservasi DNA, ekstraksi DNA, PCR dan elektroforesis, sequencing, dan analisis bioinformatik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa teridentifikasi 11 spesies ikan dengan nilai minimum percentage of identical matches sebesar 97%. Jenis ikan yang teridentifikasi pada tahun 2022 lebih banyak dibandingkan pada tahun 2010 dan 2013. Efektivitas penggunaan eDNA metabarcoding dalam identifikasi keanekaragaman jenis ikan di sungai dapat dilakukan secara cepat namun kurang akurat. Ketidakakuratan tersebut disebabkan oleh kontaminasi eDNA, kurangnya spesifitas target sekuens dan primer untuk monitoring ikan, serta database referensi yang belum lengkap untuk ikan air tawar di Indonesia
Species Identification of Rehabilitated Critically Endangered Orangutans Through DNA Forensic: Implication for Conservation
Get PDFRehabilitating and releasing orangutans back into the wild is one of the conservation strategies being pursued to conserve orangutans. However, the species determination between Sumatran, Tapanuli, and Bornean orangutans is essential for reintroduction to avoid outbreeding depression, which could lead to DNA hybridisation and increase the probability of recessive characters. Here, we reported on an investigation of three orangutans in which DNA forensic techniques were used to identify the species before release and reintroduction to their habitat. By applying DNA forensic, the orangutan was successfully confirmed with high probabilities (100%) by identifying two orangutan species, Pongo abelii and Pongo pygmaeus wurmbii. Based on ambiguous morphology, we found the possibility of orangutan species being misidentified in rehabilitation. This case report demonstrates the importance of molecular diagnostics to identify the orangutan species. We also provide workflow recommendations from genetic aspect for rehabilitated orangutans. These recommendations will enable decision-makers to consider genetics when assessing future management decisions, which will help ensure that the orangutan species is effectively conserved
Genetic Diversity of the Endangered Endemic Anoa (Bubalus spp): Implication for Conservation
Get PDFAnoa is an endemic ungulate in Sulawesi and its status now is endangered because the population continues to decline. Conservation genetics is one of the crucial issues in the anoa conservation strategy and action plan 2013-2022 document, but this genetic data is not yet available. To investigate and provide valuable information for conservation genetics measures, thirteen polymorphic microsatellites were used to analyze 20 adult anoa. Anoa has relatively low genetic diversity within populations (HO = 0.58), and high genetic differentiation among populations (FST = 0157). Although the anoa population has a bottleneck signal (T.P.M: 0.019; P0.05), the bottleneck simulation results show that the loss of genetic diversity is being slow over the next 100 years (9.5%). We provide some recommendations for conservation genetics based on the findings in this paper, including monitoring and genetically mapping for other anoa populations due to bottleneck signals, establishing the founder of the ex-situ population by examining their genetic diversity status, maintaining and increasing the number of individuals in the ex-situ population to genetically safe population size, and managing anoa populations by avoiding inbreeding. In-situ and ex-situ conservation programs should be combined to maintain the genetic diversity of anoa
Comparising DNA extraction from environmental DNA samples to reveal the diversity of freshwater metazoans
Get PDFEnvironmental DNA (eDNA) monitoring has gained popularity in the last decade as one of the most sensitive and cost-effective monitoring methods. However, information regarding the type of DNA extraction used still needs to be studied, especially for metazoan in fresh water samples. This parameter is also critical for a project's experimental design. This study aims to compare the effectiveness of two extraction kits between DNeasy® Blood & Tissue Kit (Qiagen) silica column-based and ZymoBIOMICS 96 MagBead DNA Kit (Zymo Research) magnetic bead-based. The quantity of DNA extracts was measured using a spectrophotometer at 260/280 nm. Following that, we continued the metazoa PCR procedure. Qiagen has higher mean value of DNA concentration (88.48 ng/μl) than Zymo (20.89 ng/μl). For DNA purity, Zymo has higher mean value of DNA purity (1.84) than the Qiagen (1.59). However, both kits were equally successful in amplifying universal metazoan primers. We recommend that the use of these types of kits appears to be the least important consideration. Other important factors that may have a major impact on DNA extraction such as water volume, membrane type, sampling strategy need to be investigated in freshwater samples
