67 research outputs found
超小型ワムシProales similis de Beauchampの培養と海産仔魚の飼育餌料としての応用
No full text長崎大学学位論文 [学位記番号]博（生）甲第225号 [学位授与年月日]平成22年3月19
UJI AKTIFITAS RENANG SEBAGAI INDIKATOR KEBUGARAN ROTIFER
No full textPemeliharaan masal rotifer terkadang mengalami crash yang menyebabkan turunnya populasi rotifer secara drastis hingga terjadi collaps, yang berdampak pada gagalnya pemeliharaan larva akibat tidak adanya pakan rotifer. Untuk itu, penting adanya penanda status kebugaran rotifer sebagai indikator acuan peringatan dini status pemeliharaan masal rotifer. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengukur dan membandingkan aktifitas renang rotifer pada beberapa tingkatan salinitas untuk dijadikan sebagai acuan kondisi kebugaran rotifer. Rotifer Brachionus rotundiformis strain Poigar, sebagai hewan uji dikultur pada salinitas <5, 15, 25, dan 35 ppt dengan pakan microalga Nannochloropsis oculata. Penelitian diawali dengan memindahkan rotifer yang dipelihara pada setiap salinitas ke salinitas perlakuan (<5, 15, 25, dan 35 ppt). Pengamatan aktifitas renang rotifer dilakukan dengan menghitung banyaknya unit yang dilalui individu rotifer pada selang waktu pengamatan dalam 3 kali pengulangan. Pengamatan dilakukan di bawah mikroskop dengan bantuan milimeter unit yang telah diletakkan antara objek pengamatan (rotifer) dengan sumber cahaya mikroskop. Milimeter unit yang digunakan, terbuat dari plastik (transparan) sehingga tidak menghalangi sumber cahaya yang berasal dari bagian bawah mikroskop. Aktifitas renang (nilai tengah ± standar deviasi / SD) rotifer yang dipelihara pada salinitas <5 dan 35 ppt berkisar antara 0.22±0.03 sampai 0.32±0.03 unit/detik, sedangkan pada salinitas 15 dan 25 ppt berkisar antara 0.62±0.03 sampai 0.92±0.3 unit/detik. Perpindahan rotifer dari salinitas <5 dan 35 ppt ke salinitas 15 dan 35 ppt berpengaruh pada peningkatan aktifitas renang rotifer sedangkan perpindahan dari salinitas 15 dan 25 ppt ke <5 dan 35 ppt berakibat sebaliknya. Aktifitas renang yang teramati dalam penelitian ini dapat menjadi indikator kebugaran rotifer, yang mana aktifitas renang pada kisaran 0.22±0.03 sampai 0.32±0.03 unit/detik menjadi indikator kekurang kebugaran rotifer sedangkan aktifitas renang antara 0.62±0.03 sampai 0.92±0.3 unit/detik merupakan indikator kebugaran rotifer B. rotundiformis strain Poigar.Kata Kunci: Aktifitas renang, indikator, kebugaran, rotifer, kultu
Molecular Phylogenetic Position of Bacillus sp Bacteria Isolated from Rotifer Culture Medium Based on Fisheries Waste Diet
No full textThis study aims to identify and determine the phylogenetic position of two bacterial isolates (F0031 and F0033), isolated from culture media of Rotifer Brachionus plicatilis sp. complex. Genomic DNA of the bacteria was extracted using Qiaprep Miniprep Kit and the 16S rRNA gene was amplified using primer pairs 8F (5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3') and 1492R (5'-ACCTTGTTACGACTT-3'). The sequences were analyzed using Geneious Prime ver. 2020 and bacterial identification was performed using the Basic Local Alignment Tool (BLAST) method. Phylogenetic analysis was conducted using MEGA X, where the phylogenetic tree was constructed using the Maximum Likelihood method, and evaluated using the Bootstrap method. Results of this study showed that both bacterial isolates (F0031 and F0033) belong to different genera, namely Bacillus (F0031) and Mesobacillus (F0033). Bacterial isolate F0031 had the closest similarity and was located at the same phylogenetic branch as B. cereus, while isolate F0033 was with M. jeotgali.
Keywords: phylogeny, molecular, bacteria, bacillus, mesobaccilus, rotifera, diet.
Abstrak
Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan menentukan posisi filogeni dua isolat bakteri (F0031 dan F0033) yang diisolasi dari media kultur rotifer Brachionus plicatili sp. complex. DNA genom dari isolat bakteri diekstrak menggunakan Kit Qiaprep Miniprep dan gen 16S rRNA diamplifikasi menggunakan pasangan primer 8F (5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3') dan 1492R (5'-ACCTTGTTACGACTT-3'). Hasil sekuens dianalisis menggunakan Sequence scanner ver. 2.0 dan analisis sekuens dilakukan menggunakan Geneious Prime ver. 2020. Identifikasi isolat bakteri dilakukan dengan metode BLAST (Basic Local Alignment Tools) dan analisis filogenetik dilakukan dengan menggunakan MEGA X, dimana konstruksi filogeni menggunakan metode Maximum Likelihood yang dievaluasi dengan metode Bootstrap.
Hasil penelitian menunjukan bahwa kedua isolat bakteri (F0031 dan F0033) merupakan isolat bakteri yang berasal dari genus berbeda, yaitu genus Bacillus (F0031) dan genus Mesobacillus (F0033). Isolat bakteri F0031 memiliki kesamaan terdekat dan berada pada posisi percabagan filogenetik yang sama dengan B. cereus sedangkan Isolat F0033 dengan M. jeotgali
Kata kunci: Filogeni, molekuler, bakteri, bacillus, mesobaccilus, rotifer, paka
Studies on Culture of Minute Monogonont Rotifer Proales similis de Beauchamp and Its Use for Larval Rearing of Marine Fish
No full textApplication of the minute monogonont rotifer proales similis de Beauchamp in larval rearing of seven-band grouper epinephelus septemfasciatus
No full textIn comparison to the rotifer Brachionus rotundiformis, the euryhaline rotifer Proales similis has a much smaller body size (83μm in length and 40μm in width), and it may be applicable as live food for rearing marine fish larvae with a very small mouth size. A mass culture technique of P. similis was recently established, and it has already been confirmed that marine fish larvae could ingest P. similis. In the present study, we further investigated the use of P. similis as an initial food by observing larval ingestion and digestion and analyzing the nutritional profile, as well as through a 10-day larval rearing trial to investigate survival and growth. Seven-band grouper Epinephelus septemfasciatus larvae showed higher selectivity against P. similis than B. rotundiformis 4. days after hatching. The larvae digested and utilized P. similis as an energy resource as they grew, and survived until the end of the experiment. The fatty acid profile of P. similis changed according to the type of microalgae; Nannochloropsis oculata NIES-2146 strain and "super fresh" Chlorella vulgaris V-12® (Chlorella Industry, Fukuoka, Japan) were used as food sources. Higher growth and survival during the initial 10. days were observed when P. similis and B. rotundiformis were co-fed to the seven-band grouper larvae
Identifikasi Molekuler Sirip Ikan Hiu Yang Didapat Dari Pengumpul Sirip Di Minahasa
No full textHiu adalah jenis ikan yang sangat rentan terhadap penangkapan secara berlebihan karena umumnya ikan ini memiliki pertumbuhan yang lambat dan tingkat reproduksi yang rendah. Tingginya aktifitas perdagangan sirip ikan hiu menjadi masalah serius dalam menjaga keseimbangan ekosistem laut. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi sirip ikan hiu yang didapat dari pengumpul sirip di Tanawangko, Minahasa berdasarkan karakter nukleotida gen COI (Cytcrochrome oxidase subunit I). Metode ekstraksi DNA dilakukan mengikuti prosedur Dneasy Blood & Tissue Kit qiagen, amplifikasi gen COI menggunakan primer Forward FishBCL5 (TCAACYAATCAYAAAGATATYGGCAC) dan Reverse HCO2198 (TAAACTTCAGGGTGACCA AAAAATCA), sekuens dianalisa menggunakan ABsequence3 dan MEGA ver6, identifikasi spesies dilakukan menggunakan BLAST yang terintegrasi di laman GanBank. Sebanyak 4 potong sirip hiu dari individu berbeda berhasil didapatkan dari pengumpul sirip di Tanawangko, Minahasa. Hasil BLAST menunjukan bahwa ke 4 sirip tersebut berasal dari spesies hiu; Carcharhinus amblyrhynchos, Prionace glauca, Carcharhinus sorrah, dan Carchahinus brevipin
Application of the minute monogonont rotifer proales similis de Beauchamp in larval rearing of seven-band grouper epinephelus septemfasciatus
No full textSS-strain rotifer culture for finfish larvae with small mouth gape
No full textIn the aquaculture of temperate marine finfish, the rotifer Brachionus plicatilis (L-strain) has been the primary live food for early larval stages. As aquaculture has diversified to include tropical marine species the small strain rotifer, B. rotundiformis, is now routinely cultured. Many marine finfish have larvae with a small mouth gape that has required the selection of a super small (SS) strain of B. rotundiformis. However, even this SS-strain of rotifer is not an optimal size and a smaller size would be ideal for first-feeding finfish larvae.
The objective of this work was to develop culture techniques that would select for smaller sized rotifers and reduce the average size of rotifers in a population. A typical population of rotifers contains reproductive females of varying sizes with the distribution skewed toward the smaller animals. The aim was to apply selection pressures that would exaggerate this skewed distribution and result in a higher proportion of smaller rotifers
Identifikasi molekuler rotifer Brachionus sp. asal perairan Tumpaan, Minahasa Selatan
No full textRotifer yang digunakan dalam penelitian ini berasal dari Tumpaan, Minahasa Selatan dan telah dikultur massal selama beberapa generasi. DNA genom rotifer diekstraksi mengikuti prosedur qiagen DNeasy Blood & Tissue kit; amplifikasi gen COI (Cytochrome oxidase sub unit 1) dilakukan dengan bantuan mesin PCR (Polymerase chain reaction) menggunakan primer universal (LCO1490 (forward) dan HCO2198 (reverse));dan dilanjutkan dengan pengurutan nukleotida produk PCR. Pengolahan data hasil sekuens dilakukan dengan menggunakan program ABsequens dan MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) Identifikasi spesies dilakukan dengan menggunakan teknik BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) di situs Genbank. Hasil amplifikasi gen COI menggunakan DNA template ekstrak DNA genom rotifer terobservasi adanya pita DNA pada posisi sekitar 700 bp.Kualitas hasil pengurutan nukeotida menggunakan produk PCR menunjukan nilai CRL (contignous read length) dan QV20+(quality value lebih besar dari 20) yang tinggi (>600 nukleotida).Hasil BLAST menunjukkan bahwa rotifer dalam penelitian ini merujuk pada rotifer Brachionus plicatilis complex spesies.Maximum dan total score, prosentase query cover dan prosentase identity masing-masing pada nilai1003-1116, 87-96% dan 96-97%
IDENTIFIKASI KOI HERVES VIRUS PADA IKAN MAS Cyprinus carpio DI SULAWESI UTARA TAHUN 2017 DENGAN MENGGUNAKAN TEKNIK PCR DAN qPCR
No full textThis research aimed to detect the distribution of KHV disease in cultured common carps using conventional PCR and Real Time Quantitative PCR methods in North Sulawesi. The samples were taken from 6 aqua culture centres in North Sulawesi. The results of KHV detection by PCR method showed negative KHV infection because visualization does not form a specific band with the KHV gene that is at 409 bp. Detection of KHV of Ct (Quantification cycle) was greater than the LOD with a confidence level of 95% where Ct LOD is 8.71 for the smallest standard of 1.0x102 copies. Ct sample that was read based on qPCR amplification result which was 14,69-18,80 and the value of Ct NTC (Non Template Control) used as a negative control was 17.52.Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keberadaan penyakit Koi Herves Virus pada ikan mas dengan menggunakan metode PCR dan qPCR di Sulawesi Utara. Sampel uji diambil dari 6 sentral budidaya di Provinsi Sulawesi Utara. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dengan metode PCR diperoleh hasil deteksi yang negatif, karena visualisasi tidak terbentuk band spesifik dengan KHV, yaitu di 409 bp. Deteksi KHV dengan metode qPCR didapat hasil infeksi KHV yang negatif dilihat dari nilai rata-rata Ct (Quantification cycle) lebih besar dari LOD dengan tingkat kepercayaan (confident level) 95%. Nilai Ct LOD adalah 8,71 untuk standar terkecil 1,0x102 copies, sedangkan Ct sampel hasil amplifikasi qPCR adalah 14,69-18,80 dan nilai Ct NTC (Non Template Control) yang digunakan sebagai kontrol negatif adalah 17,52
- …
