1,920 research outputs found
Structural annotation of five nuclear Brassica genomes
No full textStructural annotations (.gff, mRNA and protein fasta files) of the nuclear genomes of five B. rapa and B. oleracea accessions:
Two B. rapa (B. rapa ssp. narinosa cv. Wutacai and B. rapa ssp. trilocularis cv. R500)
Three B. oleracea accessions (B. oleracea ssp. acephala cv C102, B. oleracea ssp. botrytis cv Nd125, a wild type B. oleracea ‘Bos01’ individual from Le Hode).
Their corresponding genomes are available on ENA (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB91446
Démocratie et multiplication des droits
No full textA. Delcamp, Anne-Marie Le Pourhiet, B. Mathieu, D. Rousseau (sous la dir.)International audienc
Plastid Sequences Contribute to Some Plant Mitochondrial Genes
No full textDNA of plastid (chloroplast) origin comprises between 1% and 10% of the mitochondrial genomes of higher plants, but functions are currently considered to be limited to rare instances where plastid tRNA genes have replaced their mitochondrial counterparts, where short patches of mitochondrial genes evolved using their homologous plastidic copies by gene conversion or where a new promoter region is created. Here, we show that, in some angiosperms, plastid-derived DNA in mitochondrial genomes (also called mtpt for mitochondrial plastid DNA) contributes codons to unrelated mitochondrial protein-coding sequences and may also have a role in posttranscriptional RNA processing. We determined that these transfers of plastid DNA occurred a few to 150 Ma and that mtpts can sometimes remain dormant many millions of years before contributing to the mitochondrial proteome.Dong Wang, Mathieu Rousseau-Gueutin and Jeremy N. Timmi
Géométrie de la plateforme carbonatée omanaise au Jurassique moyen
No full textRousseau Mathieu, Dromart Gilles, Garcia Jean-Pierre, Atrops François, Bassoullet Jean-Paul. Géométrie de la plateforme carbonatée omanaise au Jurassique moyen. In: Documents des Laboratoires de Géologie, Lyon, n°156, 2002. STRATI 2002. 3ème congrès français de stratigraphie. Lyon, 8-10 juillet 2002. p. 202
Polyploid genomes evolution and functionnal innovations : phylogenetic context and DMSP origin in Spartina species
No full textLe Dimethylsulfoniopropionate (DMSP) est une molécule à fort impact écologique couramment produite par le phytoplancton marin, mais très rarement chez les plantes à fleurs: seulement chez quelques genres (dont Spartina chez les Poacées). Bien que les étapes enzymatiques impliquées dans la voie de biosynthèse du DMSP soient connues chez les spartines, son origine ainsi que les gènes impliqués restent encore à découvrir chez les plantes. Cette étude s’est fixée pour objectif de contribuer à élucider les mécanismes à l’origine de cette fonction chez les spartines. Cette question a été appréhendée à travers différentes approches : biochimique, métabolomique, transcriptomique, génomique comparative et phylogénétique. Les résultats ont montré que la capacité à synthétiser le DMSP a une origine unique au sein du genre Spartina et se serait mise en place il y a 3-10 millions d’années. Cette capacité est intervenue chez l’ancêtre d’un des deux principaux clades (hexaploïde) de spartines, puis a été héritée chez toutes les espèces dérivant de ce clade (hexaploïdes à dodécaploïdes). Les espèces de l’autre clade (tétraploïde) et leurs descendants (quel que soit leur niveau de ploïdie) n’accumulent pas de DMSP. En utilisant les génomes séquencés des espèces de Poacées ainsi que les ressources génomiques et transcriptomiques disponibles chez les spartines, les gènes candidats intervenant dans les 4 étapes de la voie de biosynthèse proposée dans la littérature ont été explorés. L’identification des gènes intervenant dans les deux étapes intermédiaires, supposées spécifiques de la capacité de synthèse du DMSP représente un véritable défi dans la mesure où seules des activités enzymatiques putatives ont été proposées à ce jour (sans connaissance des enzymes spécifiques ni de leur séquence protéique). Nous avons pu identifier une série de gènes candidats pour chacune des deux fonctions concernées (décarboxylase et amine oxydase), comparer leur niveau de transcription entre les espèces DMSP+ et DMSP-, et prédire leur localisation cellulaire. De plus, des analyses d’activités enzymatiques ont permis de formuler de nouvelles hypothèses et pistes de recherches sur l’émergence de cette nouvelle voie de biosynthèse chez les spartines.Dimethylsulfoniopropionate (DMSP) is an ecologically important molecule produced by most marine phytoplankton species, but very rarely by flowering plants: only in a few genera (including Spartina in Poaceae). Despite the different enzymatic steps involved in DMSP biosynthesis are well known, the origin of the function and the genes encoding the different enzymes are yet to be discovered. To explore the evolutionary mechanisms involved in the DMSP accumulation in Spartina, we used various approaches, including biochemical analyses, metabolomics, transcriptomics, comparative genomics and phylogenetics. Notably, we demonstrate that the ability to synthesize DMSP evolved once in the Spartina genus, sometimes 3-10 million years ago. This functional innovation occurred following the emergence of the hexaploid clade, and was inherited by all Spartina species deriving from this hexaploid ancestor. Spartina species belonging to the tetraploid clade and their deriving species do not accumulate DMSP (whatever their ploidy level). Using Poaceae sequenced genomes as well as Spartina genomic and transcriptomic resources obtained in our laboratory, candidate genes involved in the four different enzymatic steps of the DMSP biosynthesis pathway were searched. Identifying genes involved in the intermediate (2nd and 3rd) steps that are specific to this pathway was particularly challenging as only putative enzymatic activities have been proposed so far (corresponding protein sequences and genes are unknown). A set of candidate genes potentially involved in these two steps (with decarboxylase and amine oxydase activities) were identified and their transcription levels were compared among DMSP producing (DMSP+) and non-producing (DMSP-) Spartina species. Their putative cellular localization was also predicted. Moreover, enzymatic activity assays open new hypotheses and research perspectives regarding this enigmatic biosynthesis pathway in Spartina
Computational modeling and analysis of chromatin structure
No full textThe organization of DNA in the nucleus of a cell has long been known to play an important role in processes such as DNA replication and repair, and the regulation of gene expression. Recent advances in microarray and high-throughput sequencing technologies have enabled the creation of novel techniques for measuring certain aspects of the three-dimensional conformation of chromatin in vivo. The data generated by these methods contain both structural information and noise from the experimental procedures. Methods for modeling and analyzing these data to infer three-dimensional chromatin structure will constitute invaluable tools in the discovery of the mechanism by which chromatin structure is mediated. The overall objective of my thesis is to develop robust three-dimensional computational models of DNA and to analyze these data to gain biological insight into the role of chromatin structure on cellular processes. This thesis presents three main results, firstly, a novel computational modeling and analysis approach for the inference of three-dimensional structure from chromatin conformation capture carbon copy (5C) and Hi-C data. Our method named MCMC5C is based on Markov chain Monte Carlo sampling and can generate representative ensembles of three-dimensional models from noisy experimental data. Secondly, our investigation of the relationship between chromatin structure and gene expression during cellular differentiation shows that chromatin architecture is a dynamic structure which adopts an open conformation for actively transcribed genes and a condensed conformation for repressed genes. And thirdly, we developed a support vector machine classifier from 5C data and demonstrate a proof-of-concept that chromatin conformation signatures could be used to discriminate between human acute lymphoid and myeloid leukemias.L'organisation de l'ADN à l'intérieur du noyau d'une cellule est connue pour jouer un rôle important pour des processus tels que la réplication et la réparation de l'ADN et la régulation de l'expression de gènes. Des avancées technologiques récentes concernant les puces à ADN et le séquençage à haut débit ont permis la création de nouvelles techniques mesurant la conformation de la chromatine in vivo. Les données générées par ces méthodes constituent une mesure approximative de la structure de la chromatine. Des méthodes modélisant et analysant ces données afin de déduire la structure tridimensionnelle de la chromatine constitueront des outils précieux pour la découverte du mécanisme gouvernant la structure de la chromatine. L'objectif global de ma thèse est de développer des modèles computationnels analysant la structure tridimensionnelle de l'ADN et d'effectuer l'analyse de données afin de mieux comprendre le rôle de la structure de la chromatine dans divers processus cellulaires. Cette thèse présente trois résultats principaux. Premièrement, un nouvel ensemble d'outils pour la modélisation computationnelle et l'analyse des données provenant de la capture copie conforme de la conformation de la chromatine (5C) et Hi-C. Notre méthode nommée MCMC5C se base sur une méthode de Monte Carlo par chaînes de Markov et peut générer des ensembles de modèles tridimensionnels représentatifs à partir de données expérimentales contenant du bruit. Deuxièmement, notre enquête sur la relation entre la structure de la chromatine et l'expression de gènes durant la différenciation cellulaire démontre que l'architecture de la chromatine est une structure dynamique qui adopte une conformation ouverte pour les gènes activement transcrits et une conformation condensée pour les gènes non-transcrits. Troisièmement, nous avons développé un classifieur basé sur une machine à vecteur de support à partir de nos données 5C et nous avons montré que les signatures de la conformation de la chromatine pourraient être utilisées pour différencier entre la leucémie lymphoïde et myéloïde
Séminaire de rentrée 2020
No full textMercredi 16 septembre : Amphi Bachelard, Sorbonne 16h-18h : Sophie Métivier et Mathieu Tillier, Présentation du cursus du master. Les étapes du mémoire, du choix du sujet à la soutenance. 18h-19h : Première recherche : conférence de Romain Rousseau, L’affaire de Tunis. Commerce et politique en Ifrîqiya almohade (596-598/1200-1202) 19h : rafraîchissements Jeudi 17 septembre : Bibliothèque interuniversitaire de la Sorbonne 9h00-10h00 : Laurence Ring, Catherine Breux-Delmas, Visite de la Bibliot..
Analysis of Mathieu Equation Stable Solutions in the First Zone of Stability
No full textAbstractThe paper presents the results of a homogeneous Mathieu equation studies. Mathieu equation solutions are oscillations, modulated in amplitude and frequency. In the computational experiments we found dependences of the given oscillations on the ratio of the coefficients. These dependences are shown in graphs that can be used for an approximate estimation of the Mathieu equation solutions without integration
Pensar las escalas para pensar las luchas: Autor: Mathieu UHEL
No full textA través de un título sugerente, “pensar las escalas para pensar las luchas”, Mathieu Uhel entreteje la construcción teórico-crítica del concepto escala, generada por la geografía radical anglosajona de finales del siglo XX, con la necesidad/utilidad práctica de la escala para concienciar las luchas sociales. El artículo cumple un doble propósito: por un lado, delinear los elementos de lectura sobre el concepto escala; y, con ello, promover la atención de esta problemática en las luchas contemporáneas. En un primer apartado, Uhel ubica las discusiones académicas en torno a la escala, como herramienta metodológica útil para comprender la complejidad de las sociedades capitalistas; en el segundo apartado, el autor avanza la exposición en torno al contexto de la dimensión escalar del imperialismo capitalista; finalmente, el autor se centra en el rol de la actividad política a escala nacional en la tensa relación entre las imposiciones del capital y la lucha social.Por meio de um título sugestivo, “pensando escalas para pensar lutas”, Mathieu Uhel entrelaça a construção teórico-crítica do conceito de escala, gerado pela geografia radical anglo-saxônica do final do século XX, com a necessidade / utilidade prática escala para aumentar a consciência das lutas sociais. O artigo tem um duplo propósito: por um lado, delinear os elementos de leitura sobre o conceito de escala; e, com isso, promover atenção a esse problema nas lutas contemporâneas. Na primeira seção, Uhel localiza as discussões acadêmicas em torno da escala, como uma ferramenta metodológica útil para compreender a complexidade das sociedades capitalistas; na segunda seção, o autor avança a exposição em torno do contexto da dimensão escalar do imperialismo capitalista; por fim, o autor enfoca o papel da atividade política em escala nacional na tensa relação entre as imposições do capital e a luta social.Mathieu Uhel\u27s suggestive title, “Thinking about scales to think about struggles”, he interweaves the theoretical-critical construction of concept scale, generated by radical Anglo-Saxon geography in the late 20th century, with it´s practical utility to social struggles. The article serves two purposes: on the one hand, Uhel locates academic discussion around scale; and, with this, he promotes attention to this problem in contemporary struggles. In the first section, Uhel locates academic discussions around scale, as a useful methodological tool to understand the complexity of capitalist societies; in the second section, the author advances the argument around the context of the scalar dimension of capitalist imperialism; finally, the author focuses on the role of political activity on a national scale in the tense relationship between the impositions of capital and the social movement
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