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Stochasticity Shapes Microbial Communities in High‐Altitude Lakes, Whereas Species Selection and Homogenization Dispersal Are More Important in Lowland Lakes: Case of Benthic Diatoms in Alpine Lakes
No full textInternational audienceLakes are fundamental ecosystems for human well‐being, and understanding the ecological processes shaping their biological communities is of prime importance. Among microalgae, diatoms are often dominating the biomass of their benthic habitats, especially in European alpine lakes. We hypothesized that, because of their contrasted hydro‐morphometric characteristics, high‐altitude and lowland lake communities may have contrasted diversities and may be shaped differently by ecological processes. We sampled benthic diatoms in 46 high‐altitude and 12 lowland lakes in the framework of several projects between years 2013 and 2019. Each lake was sampled in several places along their shoreline depending on lake size, for a total of 514 samples. Samples were analyzed with DNA metabarcoding and specific diatom primers. We used a naïve taxonomic approach based on amplicon sequence variant and a method based on null modelling and phylogenetic indices, together with variance partitioning and co‐occurrence networks. Lowland lakes had higher alpha diversities, and the irdiatom ecological networks were more connected than high‐altitude lakes. These distinct structural patterns between lake types were explained by different contributions of ecological processes. Although dispersal was similarly restricted in both lake types, diatom communities in high‐altitude lakes were mainly governed by stochastic processes, which was not the case in lowlands. This pattern can be explained by the extreme conditions at high altitudes, which create major bottlenecks in diatom communities and thus favour stochasticity. Conversely, homogenizing dispersion was greater in lowlands, confirming the hypothesis of greater connectivity via anthropogenic and biotic vectors in lowland lakes. These findings suggest that high‐altitude lakes could be less resilient to environmental changes due to lower diversity and network connectivity compared with lowlands. Finally, we advocate the combined use of diversity metrics, statistical analyses to assess ecological processes, and inference of networks because they provide complementary information to understand lakes vulnerabilities
Présentation des projets TROPISM-Réunion, BÎLO et SEMSOP lors du séminaire sur les sols agricoles organisé par l'Ademe et l'OFB à Paris le 19/11/2025
No full textSource Agritrop Cirad (https://agritrop.cirad.fr/616467/) * Autres projets (id;sigle;titre): ;TROPISM-Réunion;(REU) TROpical Island Soil Microbiome – Réunion// ;BÎLO;(FRA) Calibration d’outils de surveillance de la Biodiversité tellurique à l’échelle d’une ÎLe Océanique// ;SEMSOP;(FRA) SEnsibilité du Microbiome du SOl aux Produits phytopharmaceutiques : Implications pour la santé humaine et les écosystèmes à La Réunion// ;SADUR;(FRA) Systèmes Alimentaires Durables en milieu insulaire//International audienc
Présentation du projet SEMSOP. Animation projet SADur - Station Cirad De Bassin-Plat - 25/02/2025
No full textSource Agritrop Cirad (https://agritrop.cirad.fr/616465/) * Autres projets (id;sigle;titre): ;SEMSOP;(FRA) SEnsibilité du Microbiome du SOl aux Produits phytopharmaceutiques : Implications pour la santé humaine et les écosystèmes à La Réunion// ;ECOPHYTO;(FRA) Ecophyto//International audienc
Projet Aqui-FR - Phase 4 - Plateforme nationale de modélisation AQUI-FR : Calibration de l’application hydrogéologique "Eaudyssée-Loire" sous forçage SURFEX V8F
No full textSuivi post-incendie de la population de tortue d'Hermann Testudo hermanni au Cap Lardier : révision du plan d'échantillonnage, sur la base de l'analyse des données collectées entre 2018 et 2024. Rapport méthodologique, protocole version 2 (novembre 2025)
No full textDossier suivi par Adrien JaillouxSuite à l’incendie de 2017, qui a ravagé 500 hectares sur les « Trois Caps », un protocole de suivi de la recolonisation de la tortue d’Hermann (Testudo hermanni Gmelin, 1789) sur des mailles de cinq hectares a été mis en place en 2018 par le Parc national de Port-Cros (PNPC), avec l’appui du Conservatoire d’espaces naturels de PACA et de la SOPTOM. Le PNPC a proposé de revoir ce protocole, sur la base d’une analyse statistique des données de présence-absence de l’espèce collectées pen-dant six ans au sein des mailles. Nous avons d’abord extrait plusieurs variables environnementales (typologies d’habitats, incendie, topographie) à partir d’une analyse SIG. Une Analyse en Composantes Principales (ACP) et un clustering nous ont permis d’identifier parmi ces variables lesquelles expliquaient la plus forte part de variance observée entre mailles prospectées et de définir des groupes de mailles similaires entre elles. Des modèles de site-occupancy dynamique nous ont ensuite permis d’identifier quelles va-riables agissent sur la dynamique d’occupation de l’espèce tout en corrigeant les problèmes de détection. Nos résultats confirment la forte diminution de la probabilité d’occupation initiale (psi) avec l’augmentation de la surface incendiée en 2017. Nous observons également une probabilité de colonisation (gamma) élevée (42 %), favorisée par les recouvrements en habitats à arbustes hauts au sein des mailles. La probabilité de détection (p) de l’espèce est très faible (11 %). Elle diminue avec l’augmentation du recouvrement en habitats d’herbacées et rochers, sur les mailles exposées sud-ouest et lors de prospections réalisées lors de températures élevées. p varie également selon les structures (et/ou leurs techniques de prospection) ayant réalisé les prospections. Des tests de puissance à partir de simulations ont mis en évidence l’importance d’augmenter p et nous proposons plusieurs pistes pour y parvenir. Ces tests de puissance montrent par ailleurs qu’il serait nécessaire d’échantillonner 50 mailles avec 5 visites par maille pour obtenir une puissance statistique satisfaisante pour mettre en évidence des baisses ou des augmentations de l’occupation de l’espèce de 27% après quatre campagnes de terrain. Sur la base de ces résultats, nous proposons un échantillonnage spatialement équilibré réalisé tous les cinq ans afin de poursuivre le suivi de la dynamique d’occupation de la tortue d’Hermann sur le territoire des Trois Caps. Ce document justifie les choix méthodologiques réalisés et propose un cadre pour le recueil, le stockage et l’analyse des données. Il fixe également les moyens logistiques nécessaires à la mise en œuvre du protocole proposé. L’ensemble de ces informations garantit la pérennité de l’étude sur le long terme
GECORISK : Gestion écosystémique des habitats côtiers méditerranéens, lien avec le risque environnemental dû aux pressions anthropiques
No full textSuvi par I. Gailhard-RocherCette synthèse présente les principaux résultats du projet GECORISK, visant à évaluer l'état de quatre habitats marins de Méditerranée, selon une approche écosystémique, et en lien avec les principales pressions anthropiques susceptibles de l'impacter.Ce projet s'est décomposé en deux volets : évaluation de l'état de conservation des habitats et développement d'un indicateur de pressions cumulées. Ses résultats seront utiles à la gestion des Aires marines protégées et à la mise en œuvre des Directives européennes visant à préserver les milieux littoraux et marins
Une nouvelle petite Nitzschia d'eau douce de La Réunion
No full textInternational audienceÀ l'occasion d'opérations de suivi de la qualité des eaux des rivières de La Réunion à l'aide des diatomées, une nouvelle espèce appartenant au genre Nitzschia Hassal a été découverte. Cette espèce est à rattacher à la section des Lanceolatae Grunow. À La Réunion, d'autres espèces lui sont morphologiquement proches, comme N. inconspicua Grunow et N. soratensis E.A.Morales & M.L.Vis. Pouvoir les distinguer les unes des autres est essentiel pour la surveillance de la qualité des eaux, car leurs écologies sont différentes. À l'aide de la microscopie optique et de la microscopie électronique à balayage, il est possible de déterminer des caractères morphologiques permettant de séparer ces différentes espèces de La Réunion. Les caractéristiques morphologiques de la nouvelle espèce sont également comparées à celles d'autres espèces proches vivant en dehors de La Réunion
La bioindication dans le contexte des Outre-Mers. Avancées et défis
No full textÉcole thématiqueLes objectifs communautaires d’atteinte du bon état écologique s’appliquent aux milieux aquatiques des départements d’Outre-mer : Guadeloupe, Guyane, Martinique, Mayotte et La Réunion. Ces territoires tropicaux riches d’une biodiversité spécifique et soumis à des pressions parfois différentes de celles qui s’exercent en Europe, ont enregistré ces dernières années de substantielles avancées dans le développement d’outils de bioindication DCE-compatibles, à la faveur d’un effort soutenu de recherche partenariale. Cette présentation s’attachera à faire le bilan des développements et des innovations réalisées pour les cours d’eau. Elle insistera également sur les particularités inhérentes au développement de bioindicateurs pour des petits territoires tropicaux et aux défis méthodologiques et scientifiques que cela présente
Metabarcoding outperforms traditional electrofishing in decapod and fish inventories, paving the way for enhanced biodiversity monitoring in the Caribbean
No full textInternational audienceEnvironmental DNA (eDNA) metabarcoding revolutionized the biodiversity monitoring in aquatic ecosystems, giving access to taxonomic lists in a non-disruptive way. Although the method has limits, such as reduced taxonomic resolution for certain groups and difficulties in estimating species abundance, it has proven its effectiveness in many contexts. In Martinique, a Caribbean island, traditional methods like electrofishing (TEF) are known to be stressful for organisms, non-selective and disruptive for the ecosystem, and have been progressively abandoned for routine monitoring. The aim of this project was to explore the possibility of using the eDNA-based metabarcoding method for the detection of fish and decapods in Martinique streams, by first validating it with TEF. We selected 14 stations, a representative panel of the river diversity, and performed TEF and eDNA-based monitoring to compare both, based on the species richness. Then, from eDNA taxonomic inventories, we assessed the ecological state of the studied stations, using Simpson index and investigated how stations abiotic characteristics shape assemblages. Here, we confirmed the eDNA metabarcoding method is a reliable tool for monitoring fish and decapods, confirming most of the taxa caught by TEF and revealing the presence of additional (native and/or invasive) species. We faced some issues in discriminating some genetically close species (e.g. Sicydium sp.) potentially leading to under-representation in community assemblages, but not in functional diversity. Additional efforts are needed to raise standardized protocols, but we encourage stakeholders to join such an initiative to shed light on the rich biodiversity in sometimes poorly studied regions and to face invasions