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État de conservation des « Lagunes côtières » d’intérêt communautaire (UE 1150*) : Méthode d’évaluation à l’échelle du site Natura 2000. Annexe façade méditerranéenne - Note technique
No full textAutomatisation de l’analyse de données des caméras acoustiques par un réseau de neurones convolutifs
No full textInternational audienceLes caméras acoustiques sont des sonars multifaisceaux à très haute fréquence permettent d'obtenir des images de poissons sur lesquelles des caractéristiques morphologiques et comportementales peuvent être extraites. L’utilisation de ces outils en rivière permet une observation du comportement naturel des poissons sans structure porteuse, même en eau turbide. Pour l’heure, l’analyse de ces données passe par une visualisation intégrale des images par des opérateurs, procédure fastidieuse et très coûteuse en temps. Une automatisation du traitement de ces images est donc une avancée indispensable pour continuer à développer l’utilisation de ces outils via une détection des passages de poissons et une identification des espèces en fonction de critères morphologiques et comportementaux. L'étude vise à développer une méthode innovante d'automatisation de l'analyse d'images provenant des caméras acoustiques DIDSON et ARIS par un réseau de neurones convolutifs (CNN). L'étude s’appuie sur un riche jeu de données d'entraînement pour optimiser le modèle, puis évalue ses performances sur un jeu de validation. Les résultats montrent une bonne détection des passages de poissons, bien que les performances varient en fonction de leur taille. Le taux de faux positifs d’espèces d’intérêt comme le saumon atlantique ou l’anguille est cependant encore très élevé
Effets intentionnels et non-intentionnels des techniques de destruction des couverts ?
No full textNational audienc
Patrimoine en chantier : les roches du bâti prennent forme au MNHN
No full textInternational audienceLes Roches du bâti et des chantiers de construction constituent, depuis 2021, une nouvelle entité de la collection de Géologie générale du Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN). Cette collection rassemble des échantillons collectés depuis plus d’un siècle, qui n’avaient jusque-là jamais été considérés comme un ensemble d’objets cohérent, situé à la croisée entre patrimoine naturel et culturel. La valorisation de cette collection nécessite un travail approfondi de collecte d’information et d’analyse, permettant d’évaluer la valeur patrimoniale des échantillons et le potentiel d’axes de médiation possible.Aujourd’hui, elle comprend près de 900 échantillons sous diverses formes : roches brutes, cubes de pierres taillées, sédiments ou encore lames minces. Ces spécimens, issus de pierres de construction françaises mais aussi d’autres régions du monde, possèdent une forte valeur patrimoniale. Par exemple, certains ont été prélevés directement sur des monuments emblématiques tels que l’obélisque de la place de la Concorde. La collection conserve également un cube de granite de la Clarté (Bretagne), qui sert de socle à cet obélisque, ainsi que des échantillons provenant de la carrière d’Assouan, d’où provient le monolithe. Ces éléments illustrent concrètement le lien historique et culturel qui unit cette collection aux patrimoines architecturaux et géologiques.Afin d’élargir les perspectives de valorisation, nous avons proposé de relier les métadonnées des échantillons en lien à l’inventaire national du patrimoine géologique (INPG). Certains spécimens, tels que le granite de la Clarté, proviennent en effet de sites reconnus comme patrimoniaux pour leur importance en tant que ressource naturelle.L’analyse croisée des lieux de collecte avec les sites référencés dans l’INPG a permis d’identifier les zones géologiques patrimoniales représentées ou absentes dans la collection. Ces résultats ouvrent des perspectives pour cibler l’enrichissement de la collection, afin de la rendre représentative du patrimoine géologique français lié aux ressources naturelles. Ce travail illustre comment une collection muséale en cours de constitution s’inscrit dans une dynamique de patrimonialisation active, croisant documentation, recherche et transmission
How can food-webs models be relevant to assess the direct and indirect impacts of human activities on marine mammals
No full textInternational audienc
Simulation de la propagation acoustique par méthode WAPE pour le calcul des espaces actifs et de détection, application au suivi d'oiseaux de montagne
No full textBioacoustique et acoustique environnementale; GABE - Acoustique du Bâtiment et de l'Environnement: GBIO - BioacoustiqueNational audienceDans les environnements où la topographie ou les effets météorologiques influencent fortement la propagation acoustique, la détermination des espaces actifs et des espaces de détection n'est pas triviale. Un effort de modélisation de la propagation acoustique peut alors apporter des informations utiles pour comprendre l'influence du milieu sur les réseaux de communication, interpréter des données de terrain issues d'enregistrements sonores ou concevoir un réseau d'enregistreurs autonomes. Nous présenterons un modèle numérique de la propagation basé sur la résolution d'une équation parabolique grand angle (WAPE) pour le calcul de l'espace actif, puis de l'espace de détection en appliquant le principe de réciprocité. L'application au cas du suivi acoustique en milieu montagneux d'une population de lagopèdes alpins sera détaillée et discutée en référence à des données de terrain (topographie, météorologie, bruit de fond, enregistrements sonores, analyse de l'activité vocale)
La Toxicologie des pesticides : une recherche engagée par essence
No full textInternational audiencePesticides : entre savoirs inconfortables, règlementation et démocratie sanitaire, l'impossible équation
eDNA surveys substantially expand known geographic and ecological niche boundaries of marine fishes
No full textInternational audienceAssessing species geographic distributions is critical to approximate their ecological niches, understand how global change may reshape their occurrence patterns, and predict their extinction risks. Yet, species records are over-aggregated across taxonomic, geographic, environmental, and anthropogenic dimensions. The undersampling of remote locations biases the quantification of species geographic distributions and ecological niche for most species. Here, we used nearly one thousand environmental DNA (eDNA) samples across the world's oceans, including polar regions and tropical remote islands, to determine the extent to which the geographic and ecological niche ranges of marine fishes are underestimated through the lens of global occurrence records based on conventional surveys. Our eDNA surveys revealed that the known geographic ranges for 93% of species and the ecological niche ranges for 7% of species were underestimated, and contributed to filling them. We show that the probability to detect a range filling for a given species is primarily shaped by the GBIF/OBIS sampling effort in a cell, but also by the number of occurrences available for the species. Most gap fillings were achieved by addressing a methodological sampling bias, notably when eDNA facilitated the detection of small fishes in previously sampled locations using conventional methods. Using a machine learning model, we found that a local effort of 10 eDNA samples would detect 24 additional fish species on average and a maximum of 98 species in previously unsampled tropical areas. Yet, a null model revealed that only half of ecological niche range fillings would be due to eDNA surveys, beyond a random allocation of classical sampling effort. Altogether, our results suggest that sampling in remote areas and performing eDNA surveys in over-sampled areas may both increase fish ecological niche ranges toward unexpected values with consequences in biodiversity modeling, management, and conservation
Routine production of population trends from citizen science data: insights into the dynamics of common bird and plant species in France
No full textCet article fait partie du numéro thématique Biodiversité, écologie, évolution coordonné par Tatiana Giraud et al.International audienceThe ongoing environmental crisis, driven by human activities, has resulted in significant biodiversity losses across various taxa, affecting ecosystem functioning. To deal with this crisis, policymakers have notably established the Kunming-Montreal Global Biodiversity Framework, which includes targets to mitigate biodiversity loss by 2050. To achieve this goal, reliable and ecologically relevant indicators are essential to quantify and qualify biodiversity changes. Temporal trends in species abundance or occurrence have been proposed as useful indicators. In France, the Vigie-Nature program engages volunteers in biodiversity monitoring through various schemes, thereby producing relevant data to estimate country-wide temporal trends for various taxonomic groups. Some indicators of population trends are already produced for some taxa, but the analysis pipelines remain unpublished and need extensions to accommodate monitoring schemes collecting presence/absence instead of abundance data, such as the Vigie-flore plant monitoring scheme. Here, we present a newly developed analysis pipeline to estimate population trends, which handles different data types and protocol specificities, and goes beyond linear population trends by considering multiple time periods and visualizing non-linear dynamics. In addition to introducing the methodology and making it available, we ran this pipeline to produce population trends for 148 bird and 181 plant species in France, based on abundance data from STOC (French Breeding Bird Survey) and occurrence data from Vigie-flore schemes. Results show as many increasing as decreasing bird population trends over the past 23 years, and a tendency for more decreasing than increasing plant population trends over the past 15 years, thereby revealing significant changes in community composition. Specifically, for birds, most habitat generalist species showed stable or increasing population trends, while most habitat specialist species showed stable or decreasing population trends, suggesting biotic homogenization. This pipeline and first analyses provide an unprecedented overview of bird and plant population trends, and contribute to the production of biodiversity indicators based on open science and reproducible research.</p
Migration and wintering strategies of a Eurasian Stone-curlew ( Burhinus oedicnemus ) continental population, and their conservation implications
No full textInternational audienceThe Eurasian Stone-curlew (Burhinus oedicnemus) is a declining and threatened species, yet its migration and wintering strategies are little documented. Here, we used GPS trackers to collect accurate data on this species' migration routes, stopovers, flight altitude, and speed, and identified the wintering sites of 32 individuals from a western European population tracked between 2012 and 2020. In a comparison between individuals, we found that they used strikingly different migratory strategies, showing variability in wintering sites (Portugal, Spain, Morocco, or Algeria), stopovers (number, location, and duration), and migratory routes, despite the fact that they all belonged to the same breeding population. We also compared individual variability in migratory routes, migration timing, and wintering home range size, and found medium to high repeatability for most parameters. In contrast to many other migrant waders, spring migration in this species was not found to be shorter in duration than autumn migration. Our results provide insights into potential threats that may affect this species in the near future away from its breeding grounds, such as habitat quality or habitat loss in wintering areas because Iberian or Moroccan agriculture is changing very rapidly because of drought. Stratégies de migration et d'hivernage chez l'Oedicnème criard (Burhinus oedicnemus) et implications en matière de conservationRÉSUMÉ. L'Oedicnème criard (Burhinus oedicnemus) est une espèce en déclin et menacée en Europe de l'Ouest, dont l'écologie est relativement bien étudiée, mais dont les stratégies de migration et d'hivernage le sont beaucoup moins. Dans cette étude, nous avons utilisé des GPS pour collecter des données précises sur les trajets migratoires de cette espèce, les « stop-overs » (ou escales), comprenant altitude et vitesse de vol, et identifié les sites d'hivernage de 32 oiseaux d'une population du Centre Ouest de la France, entre 2012 et 2020. Bien qu'issus de la même population, les individus ont utilisé des stratégies de migration très différentes entre eux, à la fois concernant les trajets, le nombre et la durée des « stop-overs », mais aussi les sites d'hivernage (Portugal, Espagne, Maroc ou Algérie). Par contre, pour les individus pour lesquels plusieurs années de données ont pu être collectées, nous montrons qu'il existe une forte à très forte répétabilité de ces paramètres, qu'il s'agisse des trajets ou des zones d'hivernage, ou même de la taille du domaine vital, variable entre individus mais qui l'est faiblement pour un individu donné. Enfin, contrairement à de nombreux autres limicoles migrateurs, la migration pré-nuptiale n'est pas plus courte que la migration post-nuptiale chez cette espèce. Ces résultats et nouvelles données permettent, enfin, d'éclairer les menaces potentielles qui pourraient affecter cette espèce au-delà de ses sites de nidification, concernant notamment la qualité des sites d'hivernage et les menaces qui planent pour ces derniers au regard de l'évolution récente et marquée de l'agriculture en péninsule ibérique ou au Maroc, qui change très rapidement du fait de sécheresses répétées.</div