340 research outputs found
layeranalyzer v0.1.0
No full text<p>This is an R package for causal and correlative time series analysis with hidden layers, using linear stochastic differential equations. The project's Github page is https://github.com/trondreitan/layeranalyzer.</p>
<p>In addition to the R package itself, this page presents the C++ code (used in a standalone program as well as the R package), documentation and example datasets and code for multi-layered analysis using vectorial linear stochastic differential equations. The reason for using stochastic differential equation is to facilitate studying irregularly spaced observations like those we find in our study dataset of micro-fossils. This work was performed in conjuction with doing the research for and writing the manuscript "Phenotypic Evolution studied by Layered Stochastic Differential Equations" by T. Reitan, T. Schweder and J. Henderiks.</p>
<p>Originally, this was used for modelling phenotypic evolution towards a optima that itself could be a stochastic process depending responding to layers below it (climate or primary optimum). However, the method have be used for other applications as well.</p>
<p>Code:</p>
<ul>
<li>
<p>The R package, layeranalyzer_0.1.0.tar.gz, uses the same underlying C++ code (layeranalyzer.cpp). It can be installed with the R code: install.packages("<a href="https://github.com/trondreitan/layeranalyzer/raw/master/layeranalyzer_0.1.0.tar.gz%22,type=%22source">https://github.com/trondreitan/layeranalyzer/raw/master/layeranalyzer_0.1.0.tar.gz",type="source</a>") or install_github(repo="trondreitan/layeranalyzer",dependencies=FALSE,build_vignettes=TRUE) if devtools is installed.</p>
</li>
<li>
<p>layeranalyzer.cpp. This is the current source version of the program. This version does not depend on any library but the Lapack library (for linear algebra operations), which typically can be found in an R installation. The program can then typically be compiled on a Linux machine like this: "g++ -DMAIN -DENGLISH_LANGUAGE -I/usr/include/R -I/usr/include/R/R_ext -o layeranalyzer layeranalyzer.cpp -lm -llapack". If the Lapack library files or header files are somewhere else on your computer, you should change the "-I" (which tells the compiler where to look for header files) and "-L" (which tells the compiler where to search for library files other than in the /usr/lib directory). This has already been tested on multiple platforms. See "help" texts on Github for more on usage.</p>
</li>
</ul>
A First-in-Man Study of the Reitan Catheter Pump for Circulatory Support in Patients Undergoing High-Risk Percutaneous Coronary Intervention
No full textObjectives: To investigate the safety of a novel percutaneous circulatory support device during high-risk percutaneous coronary intervention (PCI). Background: The Reitan catheter pump (RCP) consists of a catheter-mounted pump-head with a foldable propeller and surrounding cage. Positioned in the descending aorta the pump creates a pressure gradient, reducing afterload and enhancing organ perfusion. Methods: Ten consecutive patients requiring circulatory support underwent PCI; mean age 71 +/- 9; LVEF 34% +/- 11%; jeopardy score 8 +/- 2.3. The RCP was inserted via the femoral artery. Hemostasis was achieved using Perclose (TM) sutures. PCI was performed via the radial artery. Outcomes included in-hospital death, MI, stroke, and vascular injury. Hemoglobin (Hb), free plasma Hb (fHb), platelets, and creatinine (cre) were measured pre PCI and post RCP removal. Results: The pump was inserted and operated successfully in 9/10 cases (median 79 min). Propeller rotation at 10,444 +/- 1,424 rpm maintained an aortic gradient of 9.8 +/- 2 mm Hg. Although fHb increased, there was no significant hemolysis (4.7 +/- 2.4 mg/dI pre vs. 11.9 +/- 10.5 post, P = 0.04, reference 20 mg/dI). Platelets were unchanged (pre 257 +/- 74 x 10(9) vs. 245 +/- 63, P = NS). Renal function improved (cre pre 110 +/- 27 mu mol/l vs. 99 +/- 28, P = 0.004). The RCP was not used in one patient following femoral introducer sheath related aortic dissection. All PCI procedures were successful with no deaths or strokes, one MI, and no vascular complications following pump removal. Conclusions: The RCP can be used safely in high-risk PCI patients. This device may be an alternative to other percutaneous systems when substantial cardiac support is needed. (C) 2009 Wiley-Liss, Inc
Inflammasjonens rolle i psykiske lidelser
No full textIntroduksjon: I lang tid har psykiatrien og somatikken vært sett på som to adskilte grener innenfor vestlig medisin. Dette paradigmet er i endring, og nyere forskning har gitt oss flere eksempler på hvordan somatisk sykdom kan gi opphav til psykiatriske symptomer og motsatt. Dette har bidratt til en mer helhetlig tilnærming til både somatikk og psykiatri som har gitt opphavet til en relativt nye gren innenfor feltet: Immunopsykiatri; sammenhengen mellom inflammasjon og psykiatriske lidelser. Immunopsykiatrien har beskrevet flere immunologiske abnormaliteter funnet hos pasienter med schizofreni, depresjon og psykose. Ved inflammasjon blir tryptofan omdannet til kynurenin via aktiveringen av enzym indolamin-2,3-dioksygenase (IDO) og kynurenin omdannes videre til flere forskjellige metabolitter. Immunologiske abnormaliteter er også funnet hos pasienter med CFS/ME, men her er det gjort veldig få studier. I denne studien har vi sett på den immunologiske aktiveringen og inflammasjonen hos pasienter med CFS/ME og sammenlignet dem med en gruppe friske kontroller. Vi har malt blodkonsentrasjonen av tryptofan, kynurenin og flere metabolitter hos både CFS/ME-pasientene og kontrollene. Denne studien er viktig for å forstå den underliggende mekanismen og en potensiell behandling for CFS/ME. Målet med studien var primært å se om det er en forskyvning i tryptofanmetabolismen når kroppen er I en inflammasjonstilstand.
Metode: 49 CFS/ME pasienter og 53 friske kontroller ble rekruttert til studien via smertesenteret på St. Olavs hospital og via intranettsidene for ansatte på St. Olavs hospital og NTNU. Perifert blod ble analysert og flere immunologiske biomarkører, inkludert cytokiner, kjemokiner, tryptofan, kynurenin og metabolitter fra kynureninkjeden ble malt. Vår CFS/ME-gruppe ble diagnostisert med Fukuda-kriteriene fra 1994 og de samme kriteriene ble også brukt som eksklusjonskriterier i tillegg til en screening for avvikende hvite blodceller, CRP og serologi mot flere virus. En uavhengig T-test ble brukt for å sammenligne gjennomsnittene i blodkonsentrasjon mellom de to gruppene og en univariat lineær regresjonsmodell ble brukt for å undersøke om faktorer som nikotin kunne påvirke resultatene. Vi sammenlignet konsentrasjonene av kynurenin, tryptofan, 3-OH-kynurenin og kvinolonsyre, i tillegg til ratioen mellom kynurenin og tryptofan som et mål på IDO-aktivitet og inflammasjon.
Resultat: Vi fant en statistisk signifikant forskjell mellom de to gruppene for kynurenin (P=.037) og tryptofan (P=.014), der kontrollgruppen hadde høyere nivåer enn CFS/ME-gruppen for begge substansene. Vi fant derimot ingen statistisk signifikant forskjell mellom de to gruppene når det kom til 3-OH-kynurenin (P=0,73), kvinolonsyre (P= 0,232) eller ratioen [Kyn]/[Tryp] (P= 0,980). Ifølge våre tester var alder en potensiell påvirkende factor på konsentrasjonen av kynurenin (P= .046) og på ratioen [Kyn]/[Tryp] (P=0.003).
Konklusjon: I denne studien har vi undersøkt sammenhengen mellom inflammatorisk aktivering av IDO og CFS/ME-diagnosen. Vi fant lavere konsentrasjoner av kynurenin og tryptofan i vår CFS/ME-gruppen enn I kontrollgruppen, og ingen signifikant forskjell mellom de to hva det gjaldt 3-OH-kynurenin, kvinolonsyre eller ratioen mellom kynurenin og tryptofan. For å undersøke årsaken til våre resultater g for å finne en patofysiologisk forklaring for sykdommen CFS/ME trenger vi flere studier med større populasjoner, kanskje vi da kan finne en kur
Inflammasjonens rolle i psykiske lidelser
No full textIntroduksjon: I lang tid har psykiatrien og somatikken vært sett på som to adskilte grener innenfor vestlig medisin. Dette paradigmet er i endring, og nyere forskning har gitt oss flere eksempler på hvordan somatisk sykdom kan gi opphav til psykiatriske symptomer og motsatt. Dette har bidratt til en mer helhetlig tilnærming til både somatikk og psykiatri som har gitt opphavet til en relativt nye gren innenfor feltet: Immunopsykiatri; sammenhengen mellom inflammasjon og psykiatriske lidelser. Immunopsykiatrien har beskrevet flere immunologiske abnormaliteter funnet hos pasienter med schizofreni, depresjon og psykose. Ved inflammasjon blir tryptofan omdannet til kynurenin via aktiveringen av enzym indolamin-2,3-dioksygenase (IDO) og kynurenin omdannes videre til flere forskjellige metabolitter. Immunologiske abnormaliteter er også funnet hos pasienter med CFS/ME, men her er det gjort veldig få studier. I denne studien har vi sett på den immunologiske aktiveringen og inflammasjonen hos pasienter med CFS/ME og sammenlignet dem med en gruppe friske kontroller. Vi har malt blodkonsentrasjonen av tryptofan, kynurenin og flere metabolitter hos både CFS/ME-pasientene og kontrollene. Denne studien er viktig for å forstå den underliggende mekanismen og en potensiell behandling for CFS/ME. Målet med studien var primært å se om det er en forskyvning i tryptofanmetabolismen når kroppen er I en inflammasjonstilstand.
Metode: 49 CFS/ME pasienter og 53 friske kontroller ble rekruttert til studien via smertesenteret på St. Olavs hospital og via intranettsidene for ansatte på St. Olavs hospital og NTNU. Perifert blod ble analysert og flere immunologiske biomarkører, inkludert cytokiner, kjemokiner, tryptofan, kynurenin og metabolitter fra kynureninkjeden ble malt. Vår CFS/ME-gruppe ble diagnostisert med Fukuda-kriteriene fra 1994 og de samme kriteriene ble også brukt som eksklusjonskriterier i tillegg til en screening for avvikende hvite blodceller, CRP og serologi mot flere virus. En uavhengig T-test ble brukt for å sammenligne gjennomsnittene i blodkonsentrasjon mellom de to gruppene og en univariat lineær regresjonsmodell ble brukt for å undersøke om faktorer som nikotin kunne påvirke resultatene. Vi sammenlignet konsentrasjonene av kynurenin, tryptofan, 3-OH-kynurenin og kvinolonsyre, i tillegg til ratioen mellom kynurenin og tryptofan som et mål på IDO-aktivitet og inflammasjon.
Resultat: Vi fant en statistisk signifikant forskjell mellom de to gruppene for kynurenin (P=.037) og tryptofan (P=.014), der kontrollgruppen hadde høyere nivåer enn CFS/ME-gruppen for begge substansene. Vi fant derimot ingen statistisk signifikant forskjell mellom de to gruppene når det kom til 3-OH-kynurenin (P=0,73), kvinolonsyre (P= 0,232) eller ratioen [Kyn]/[Tryp] (P= 0,980). Ifølge våre tester var alder en potensiell påvirkende factor på konsentrasjonen av kynurenin (P= .046) og på ratioen [Kyn]/[Tryp] (P=0.003).
Konklusjon: I denne studien har vi undersøkt sammenhengen mellom inflammatorisk aktivering av IDO og CFS/ME-diagnosen. Vi fant lavere konsentrasjoner av kynurenin og tryptofan i vår CFS/ME-gruppen enn I kontrollgruppen, og ingen signifikant forskjell mellom de to hva det gjaldt 3-OH-kynurenin, kvinolonsyre eller ratioen mellom kynurenin og tryptofan. For å undersøke årsaken til våre resultater g for å finne en patofysiologisk forklaring for sykdommen CFS/ME trenger vi flere studier med større populasjoner, kanskje vi da kan finne en kur.Introduction: For a long time, the psychiatric field has been separated form somatic medicine in the western world. Because of this, research in the field of psychiatry has been falling behind the other fields in terms of scientific discovery. New research has provided insights into how somatic diseases can give rise to psychiatric symptoms, and the paradigm is shifting towards a more unison approach to the mind and body as one whole and not two separate parts. Because of this new approach, a new branch of research has developed: immunopsychiatry; the link between inflammation and psychiatric disorders. Immunopsychiatry describes several immunological abnormalities found in patients with schizophrenia, depression and psychosis. During inflammation, tryptophan is
converted into kynurenine by activation of the enzyme indolamin-2,3-dioksygenase (IDO)
and further metabolites of the kynurenine-pathway. Immunological deviations are also found
in chronic fatigue syndrome (CFS/ME) patients. There are very few studies in this field on
this patient population, although the involvement of the kynurenine-pathway in inflammation
is obvious. In this study we have looked at the immunological activation and inflammation in patients with CFS/ME and compared them to a group of healthy controls. We have measured the blood concentration of tryptophan and kynurenine and several metabolites in the kynurenine-pathway in both the CFS/ME patients and in the healthy controls. This study is important for understanding the underlying mechanisms and possible treatment for CFS/ME. The primary aim of this study was to see if there is any shift in the metabolism of tryptophan indicating a state of inflammation.
Method: 49 CFS/ME patients and 53 healthy controls were recruited to our study via the pain clinic at St. Olav’s hospital and the intranet pages for employees at St. Olavs hospital and NTNU. Peripheral blood was analysed for several immunological biomarkers, including cytokines, chemokines, tryptophan, kynurenine and metabolites from the kynurenine-pathway. Our CFS/ME group was diagnosed according to the Fukuda criteria from 1994 and those criteria were also used as our exclusion criteria in addition to a screening for deviating white blood cells, CRP and serology against several viruses. The independent T-test was used to compare means of blood concentration between the two groups, and a univariate general linear model for regression was used to investigate if factors such as age or nicotine could affect the results. We compared the blood concentrations of kynurenine, tryptophan, 3-OH-kynurenine and quinolinic acid, as well as the ratio between kynurenine and tryptophan as a measure of IDO-activity and inflammation.
Results: We found a statistically significant difference between the two groups for kynurenine (P=.037) and tryptophan (P=.014), where the control group had higher levels than the CFS/ME group for both substances. We found, on the other hand, no statistically significant difference between the two groups when it came to 3-OH-kynurenine (P=0,73), quinolinic acid (P= 0,232) or the ratio [Kyn]/[Tryp] (P= 0,980). According to our tests, age seemed to influence the levels of kynurenine (P= .046) as well as the ratio [Kyn]/[Tryp] (P=0.003).
Conclusion: In this study we have investigated the connection between inflammatory activation of IDO and the CFS/ME diagnosis.We found lower concentrations of kynurenine and tryptophan in our CFS/ME group than in our healthy control group, and no significant difference between the two when it came to 3-OH-kynurenine, quinolinic acid or the ratio between kynurenine and tryptophan. To investigate the cause of our results and to find a pathophysiological explanation for the illness CFS/ME we need more studies with larger populations, and maybe in time we can find a cure
Level of Performance Accuracy for Core Halstead-Reitan Measures by Pooling Normal Controls from Published Studies: Comparison with Existing Norms in a Clinical Sample
No full text The Halstead-Reitan Neuropsychological Test Battery offers a multifaceted, empirically supported interpretive framework for neuropsychological assessment founded upon raw scores referenced to a brain-damaged sample. Complementary approaches have used T scores from normal samples often composed of community volunteers or medical patients, augmented by regression. By pooling normal controls of all types from published studies, a sample large enough for stratification of core Halstead-Reitan measures by age and education was obtained (206 studies, N = 17,980). Comparisons based on T scores with two published normative systems in an outpatient sample produced a continuum: liberal norms for medical patients, intermediate pooled values from many types of subjects, and stringent norms for community volunteers. Features recommending clinical application of pooled norms include enhanced accuracy in clinical situations precluding a full battery, few empty cells or inversions for nonelderly subjects, and a screening application based upon a very large Trail Making Test sample (Trails B: n > 14,000). </jats:p
Overvåking av Gaula, Sør-Trøndelag. Vannkjemiske undersøkelser. Årsrapport for 1997
No full textI 1997 ble det utført vannkjemisk overvåking i øvre deler av Gaula for å studere effektene av forurensnings-begrensende tiltak ved Kjøli og Killingdal gruver. Årlig transport av kobber ved Reitan er redusert fra ca 14 tonn i 1986/87 til 2.8 tonn i 1997, mot 2.0 tonn i 1996. Vannføringen gikk opp med 76% fra 1996 til 1997. Dette medførte at vannføringsveid årsmiddel-konsentrasjon for kobber ved Reitan ble redusert fra 11.4 µg/l i 1996 til 8.9 µg/l i 1997. Som helhet var vannkvaliteten i 1997 den beste siden overvåkingen startet
Forholdet mellom fugler og vindmøller og andre lufthindringer. En litteraturoversikt
No full textNygård, T, Bevanger, K. & Reitan, O. 2008. Forholdet mellom fug-ler og vindmøller og andre lufthindringer. En litteraturoversikt. - NINA Rapport 413. 167 s.
Rapporten er en trykt versjon av en nettbasert referansedatabase om forholdet mellom fugl og flaggermus og vindmøller, kraftledninger, tårn, bygninger og andre lufthindringer. Den er en database som blir jevnilig oppdatert, og som er tilgjengelig over nettet via EndNote Web. Referansedatabasen inneholder i skrivende stund 1224 referanser til litteratur som omhandler denne problematikken. Databasen blir stadig utvidet etter hvert som ny litteratur blir tilgjengelig. Basen kan brukes som søkeverktøy mot andre litteraturdatabaser så som ISI Web of knowledge, Biosis og lignende, avhengig av brukertilgang. . I denne trykte utgaven er referansene sortert tematisk, deretter på trykkeår og forfatter. Basen har fått navnet ”Birdwind”. og oppdateres og administreres av NINA. Basen er ment som er verktøy som gjør det lettere å finne fram til relevant litteratur innenfor disse raskt voksende temaene. database, referanser, internett, EndNote web, fugl, flaggermus, vindmøller, vindkraft, kraftledninger, tårn, bygninger, gjerder, lufthindringer, radar, fugletrekk, kollisjoner, risiko, unnvikelse, økologiske effekter, avbøtende tiltak, litteratur, database, references, internet, EndNote Web, birds, bats, wind-farms, wind energy, turbines, utility structures, towers, buildings, fences, aerial obstacles, collisions, risk, radar, bird migration, avoidance, ecological effects, mitigation measures, literatureNygård, T., Bevanger, K. & Reitan, O. 2008. The relation between birds and wind turbines and other aerial obstacles. A literature survey. - NINA Report 413. 167 pp.
The report is a printed version of an internet-based reference database on the relation between birds and bats and aerial obstacles such as wind turbines, utility structures, towers and buildings. The database will be updated regularly, and is accessible via EndNote Web. At the date of printing it contains 1224 references on these topics. The database can also be used as a search engine for other databases such as ISI Web of knowledge, Biosis and others, depending on the access rights of the user.
In this printed version, the references are sorted by theme, thereafter by year of printing and author. The database is named “Birdwind”, and is administered and updated by NINA. The database is meant to be a tool that will make it easier to find relevant literature within these rapidly growing topics
Acculturation and Performance of Hispanics on Selected Halstead-Reitan Neuropsychological Tests
No full text This study investigated the effect of acculturation on Halstead-Reitan neuropsychological test performances on nonimpaired Hispanics. The sample consisted of three groups of 50 subjects, representing distinct levels of acculturation: (a) Mexican-American, (b) Anglo-American, and (c) Mexican. A significant effect ( p > .05) for acculturation was found on several measures, including the Tactual Performance Test (TPT; Dominant, Nondominant, and Total), the Seashore Rhythm Test, and the Halstead Category Test. Measures not affected by acculturation were TPT Localization and Memory, Finger Tapping, and the Trail Making Test. Recommendations for further research and clinical implications of findings are discussed. </jats:p
The impact of different aetiologies on the cognitive performance of frontal patients.
No full textNeuropsychological group study methodology is considered one of the primary methods to further understanding of the organisation of frontal 'executive' functions. Typically, patients with frontal lesions caused by stroke or tumours have been grouped together to obtain sufficient power. However, it has been debated whether it is methodologically appropriate to group together patients with neurological lesions of different aetiologies. Despite this debate, very few studies have directly compared the performance of patients with different neurological aetiologies on neuropsychological measures. The few that did included patients with both anterior and posterior lesions. We present the first comprehensive retrospective comparison of the impact of lesions of different aetiologies on neuropsychological performance in a large number of patients whose lesion solely affects the frontal cortex. We investigated patients who had a cerebrovascular accident (CVA), high (HGT) or low grade (LGT) tumour, or meningioma, all at the post-operative stage. The same frontal 'executive' (Raven's Advanced Progressive Matrices, Stroop Colour-Word Test, Letter Fluency-S; Trail Making Test Part B) and nominal (Graded Naming Test) tasks were compared. Patients' performance was compared across aetiologies controlling for age and NART IQ scores. Assessments of focal frontal lesion location, lesion volume, global brain atrophy and non-specific white matter (WM) changes were undertaken and compared across the four aetiology. We found no significant difference in performance between the four aetiology subgroups on the 'frontal' executive and nominal tasks. However, we found strong effects of premorbid IQ on all cognitive tasks and robust effects of age only on the frontal tasks. We also compared specific aetiology subgroups directly, as previously reported in the literature. Overall we found no significant differences in the performance of CVA and tumour patients, or LGT and HGT patients or LGT, HGT and meningioma's on our four frontal tests. No difference was found with respect to the location of frontal lesions, lesion volume, global brain atrophy and non-specific WM changes between the subgroups. Our results suggest that the grouping of frontal patients caused by different aetiologies is a pragmatic, justified methodological approach that can help to further understanding of the organisation of frontal executive functions
Overvåking av Gaula, Sør-Trøndelag. Vannkjemiske undersøkelser. Årsrapport for 2000
No full textI 2000 ble det utført vannkjemisk og biologisk overvåking i øvre deler av Gaula for å studere effektene av forurensningsbegrensende tiltak ved Kjøli og Killingdal gruver. Årlig transport av kobber og sink ved Reitan (st. G4) er redusert fra hhv 14 og 30 tonn i 1986/87 til 1,7 og 6,3 tonn i 2000. Vannføringsveid årsmiddelkonsentrasjon for kobber ved Reitan ble redusert fra 7,4 µg/l i 1999 til 7,2 µg/l i 2000. I perioden juni til desember 2000 var kobber-konsentrasjonene i øvre del av elva markert lavere enn i 1999. Ved stasjonen G2 gikk midlere kobber-konsentrasjon ned fra 10,2 til 8,5 µg /l, ved G3 fra 10,1 til 7,5 µg/l og ved G4 fra 9,5 til 7,3 µg/l. I denne perioden gikk også transportverdiene av kobber og sink ned fra 1999 til 2000
- …
