8 research outputs found
Kajian Karakter Fenotipe dan Genetika Molekuler (Gen COI dan Cyt b) pada Abalon Haliotis squamata Reeve 1846 Asal Perairan Selatan Jawa dan Bali sebagai Dasar untuk Pengembangan Budidaya
No full textAbalon termasuk kelas Gastropoda dari famili Haliotidae dan hanya terdiri
dari satu genus yaitu Haliotis. Karakteristik abalon seperti siput pada umumnya
yang memiliki tubuh lunak yang dibungkus oleh satu cangkang. Jenis Gastropoda
laut ini mempunyai nilai eksotis dan ekonomis tinggi untuk negara-negara seperti
Jepang, China, Taiwan, Korea, HongKong dan juga Indonesia. Produksi abalon di
Indonesia umumnya berasal dari perairan Jawa dan Bali yang diperoleh dari hasil
tangkapan di alam, dan sebagian dari hasil budidaya. Salah satu jenis abalon yang
ditemukan di perairan laut selatan Jawa dan Bali adalah Haliotis squamata. Perairan
selatan Jawa dan Bali merupakan perairan yang memiliki energi gelombang kuat
karena swell yang datang dari Samudera Hindia. Kondisi ini menyebabkan H.
squamata harus beradaptasi, sehingga diduga menyebabkan terjadinya perubahanperubahan
morfologi, fisiologi dan genetik. Karakter morfologi seperti bentuk dan
ukuran cangkang diduga kuat merespon kondisi perairan selatan Jawa dan Bali.
Selain itu, pola warna dan tekstur cangkang dipengaruhi oleh makroalga yang di
komsumsi.
Karakter cangkang abalon memiliki daya respon yang baik terhadap
lingkungan. Hal ini jika pengamatan hanya berdasarkan morfologi saja maka akan
sulit untuk membedakan spesies yang mirip. Sejauh ini identifikasi abalon di
Indonesia masih melalui pendekatan karakter morfologi dalam membedakan
spesies. Oleh karena itu, dibutuhkan standar pengukuran dalam identifikasi abalon
melalui pengukuran morfologi cangkang.
Metode truss morfometrik merupakan salah satu metode yang dapat
membantu menggambarkan karakter (pola) secara tepat dengan membandingkan
ukuran bagian morfologi antara spesies/populasi. Analisis genetika molekuler juga
dilakukan untuk mendukung identifikasi spesies dan populasi H. squamata di
perairan selatan Jawa dan Bali. Beberapa penelitian sebelumnya mengungkapkan
bahwa spesies H. squamata asal Indonesia secara morfologi mirip dengan spesies
H. diversicolor asal China, bahkan pada situs online World Register of Marine
Species (WoRMS) spesies asal Indonesia ini masih dituliskan H. diversicolor
squamata Reeve, 1846. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan dengan tujuan: (1)
menganalisis karakter morfologis spesies H. squamata asal sebaran geografik
berbeda di Indonesia (2) mendesain serta menentukan karakter truss morfometrik
untuk dijadikan sebagai acuan standar pengukuran abalon sesama H. squamata di
Indonesia (3) mengkaji keragaman genetik abalon H. squamata yang ada di
Indonesia berdasarkan DNA Mitokondria dengan penanda Cytochrome Oxidase I
(COI) dan Cytochrome b (Cyt b) sebagai “DNA Barcoding” dan (4) menganalisis
tingkat kematangan gonad berdasarkan histologi dan ukuran cangkang H. squamata.
Tahapan metode truss morfometrik dilakukan dengan mengsketsa
(mendesain) cangkang dalam bentuk pola karakter garis yang saling berhubungan.
Selanjutnya karakter morfometrik tersebut dianalisis untuk menghasilkan suatu
karakter penciri yang dapat membedakan interpopulasi dari empat lokasi.
Kemudian dilakukan isolasi DNA total dari epipodium abalon menggunakan kit
Dneasy® Blood and Tissue dan diamplifikasi menggunakan primer spesifik gen
parsial COI dan Cyt b yang didesain secara khusus. Jarak genetik ditentukan
berdasarkan Kimura 2-parameter, pohon filogenetik dibentuk berdasarkan
Neighbor-Joining dengan menggunakan program MEGA 7. Spesies diverifikasi
menggunakan BLAST-n di NCBI.
Analisis PCA pada 16 karakter morfometrik menghasilkan kombinasi PCIII
dan PCIV yang mampu memisahkan populasi H. squamata asal Jawa dan Bali
berdasarkan nilai koefisien faktor. Karakter penciri yang memisahkan populasi H.
squamata asal Jawa dan Bali adalah kombinasi karakter BF (0.535) dan karakter
CH (0.522). Hasil ini juga didukung dengan nilai persentase sharing component
yang terendah adalah 0% dari populasi Bali dengan populasi lainnya. Hal ini
menunjukan bahwa tidak ada percampuran yang terukur antara populasi Bali
dengan populasi lainnya. Persentase similaritas tertinggi adalah populasi H.
squamata asal Banten dan Pangandaran, hal ini diduga karena kedua populasi ini
masih memiliki faktor kondisi lingkungan yang sama dibandingkan dengan
populasi Banyuwangi dan Bali. Deskripsi morfologi di beberapa lokasi
menunjukkan ciri spesifik hanya pada ketebalan cangkang dan pola warna.
BLAST-n pada situs NCBI menunjukkan bahwa data genetik spesies H.
squamata belum terdaftar di dalam NCBI. Jarak genetik interspesies asal Jawa dan
asal China adalah 16.3% berdasarkan gen COI dan 11.4% berdasarkan gen Cyt b.
Jarak genetik interspesies asal Bali dan China sebesar 16.62% berdasarkan gen COI
dan 11.8% berdasarkan gen Cyt b. Penelitian ini juga menemukan empat situs
spesifik lokasi (original geografik) berdasarkan gen COI dan tujuh situs spesifik
lokasi berdasarkan gen Cyt b pada populasi asal Jawa dan Bali. Analisis filogenetik
mengungkapkan bahwa H. squamata dapat dipisahkan dengan H. diversicolor spp.
asal China berdasarkan gen COI dan Cyt b. Selain itu, klaster pertama menunjukkan
dua sub klaster berbeda yang memisahkan antara populasi asal Jawa dan Bali. Sub
klaster Jawa dan Bali masing-masing terdiri dari tiga haplotipe yang berbeda
berdasarkan gen COI. Hasil ini diperkuat dengan hasil analisis program DNAsp dan
Network ver.5 yang menemukan enam haplotipe berbeda.
Haplotipe 3 dari gen COI adalah haplotipe umum yang ditemukan pada tiga
populasi yaitu Banten, Pangandaran dan Banyuwangi dengan nilai persentase
sebesar 64%. Haplotipe 1 dari gen Cyt b adalah haplotipe umum yang ditemukan
pada populasi Banten dan Pangandaran dengan nilai persentase 48.7%. Beberapa
haplotipe yang berdekatan dengan haplotipe utama menunjukkan variasi nukleotida
yang spesifik. Oleh karena itu diduga bahwa populasi asal Jawa merupakan pusat
asal usul (center of origin) terbentuknya populasi H. squamata di perairan
Indonesia.
Ukuran panjang cangkang abalon H. squamata yang ditemukan berkisar 4
hingga 7 cm. Persentase perkembangan gonad pada stadia III untuk jantan berkisar
50% dan gonad betina adalah 75%. Fase perkembangan awal (Pre-proliferative)
merupakan fase yang mendominasi pada pengamatan morfologi gonad jantan dan
betina abalone H. squamata pada bulan Februari 2017
Genetic Diversity of the Haliotis diversificolor squamata from Southern Coastal Java (Banten, Pangandaran and Alas Purwo) and Bali Based on Mitochondrial CO1 Sequences
No full textThe morphology of Haliotis genus is very difficult to distinguish because of its high similarity. Therefore, an identification tool such as genetics is needed to distinguish the genus. This study describes molecular characters of a species of Haliotis (Mollusca: Gastropoda: Haliotidae) from the southern Java and Bali waters, Indonesia, that is currently considered to be a subspecies of another occurring in China, Taiwan and Japan. DNA of Haliotis specimens collected from southern Java and Bali waters was extracted from epipodial tissues using a DNeasy® Blood and Tissue Kit, and partial CO1 genes amplified using AB-CO1DivF and AB-CO1DivR primers. Genetic distances were determined by Kimura 2-parameter, and phylogenetic trees constructed using the Neighbor-joining method in MEGA 5.0 software. Based on the genetic distance using the COI mtDNA gene as a barcoding species, the difference was 15.9%–16.7% with H. diversicolor superteksta from China, H. diversicolor from Taiwan (7.73%–9.12%), and H. diversicolor from Japan (7.80%–9.20%), because of boundary for determining species groups based on of 4% and mollusks at 4.8%, then H. diversicolor squamata spread in the southern islands of Java and Bali is worthy of being separated into its own species. From the results of this study, we propose that abalone from the south of Java and Bali waters became a separate species, H. squamata Reeve 1846. While percentage difference in interpopulation genetic distance from Java and Bali about 0.000%–0.011% or 0.0%–0.11%, averaging 0.60%
Deskripsi Alga Makro di Taman Wisata Alam Batuputih, Kota Bitung
No full textDESKRIPSI ALGA MAKRO DI TAMAN WISATA ALAM BATUPUTIH, KOTA BITUNG Marnix L.D. Langoy1), Saroyo1), Farha N.J. Dapas1), Deidy Y. Katili 1), dan Syamsul Bachry Hamsir2) 1)Program Studi Biologi, FMIPA, Universitas Sam Ratulangi, Manado 95115 2)Mahasiswa Program Sarjana Program Studi Biologi FMIPA Universitas Sam Ratulangi Manado 95115 ABSTRAK Penelitian tentang biodiversitas alga telah dilaksanakan dengan tujuan untuk menganalisis keanekaragaman alga makro di Taman Wisata Alam Batuputih Sulawesi Utara. Penelitian dilaksanakan di Taman Wisata Alam Batuputih, Kota Bitung dari bulan Januari sampai dengan Desember 2009. Pada lokasi penelitian dibuat 5 garis transek dengan jarak antara satu transek dengan transek berikutnya adalah 50 m. Setiap transek diambil 5 plot dengan ukuran 1 m x 1 m. Penempatan plot adalah 10 m, 20 m, 30 m, 40 m, dan 50 m dari garis pantai. Dengan demikian total plot penelitian sebanyak 50 plot. Pada setiap plot dihitung jumlah spesies alga yang ditemukan serta luas penutupannya, serta jumlah individu/koloni. Identifikasi jenis dilakukan di lapangan dengan menggunakan buku-buku identifikasi alga dan dilakukan konfirmasi di laboratorium. Hasil penelitian yang dilakukan di Taman Wisata Alam Batuputih pada 50 plot ditemukan 411 individu alga makro dengan 18 spesies yang berasal dari 3 divisi yakni Rhodophyta, Chlorophyta dan Phaeophyta. Dalam Divisi Rhodophyta dan Chlorophyta terdapat 7 spesies dengan 6 famili yang ditemukan, lebih banyak dibandingkan dengan Divisi Phaeophyta yang hanya ditemukan 4 spesies dengan 3 famili. Kata kunci: alga, biodiversitas, Taman Wisata Alam Batuputih BIODIVERSITY OF ALGAE AT BATUPUTIH TOURISM PARK, BITUNG DISTRICT ABSTRACT A research about algae diversity has been conducted to analysis macro-algae biodiversity at Batuputih Tourism Park, Bitung City, North Sulawesi from January to December 2009. At the above location, 5 line transects were made and the distance between previous and next transect was 50 m. In each transect, 5 plots were formed as representation to the the location. Plot size was 1 m x 1 m placed at 10 m, 20 m, 30 m, 40 m, and 50 m from zero point. Therefore, the total of plot in this research was 50 plots. In all plots, algae species richness, its covering and total of individuals/colony. Species identification was done in the field by using some algae identification manuals and confirmation was done at laboratory. Results of the research showed that: there were 411 individuals of algae in 50 plots at Batuputih Tourism Park. All individuals were classified into 18 species that included in 3 divisions, those were Rhodophyta, Chlorophyta and Phaeophyta. In the Division Rhodophyta and Chlorophyta, there were 7 species within 6 families, more than Division Phaeophyta that only consisted of 4 species within 3 families
MORPHOMETRIC CHARACTER AND MORPHOLOGY OF ABALONE Haliotis squamata REEVE 1864 IN COASTAL SOUTHERN JAVA AND BALI
No full textThe standard of measurement of abalone is very important because it can help to identify accurately abalone shellfish based on shell morphology. This research was aimed to examine the truss morphometric and morphologycal characters of Haliotis squamata intraspecies in the southern coastal Java and Bali. The research was conducted from December 2014 to August 2016. Abalone was collected based on the purposive sampling method, it was then identified. The shellfish of abalone was measured and analyzed by using principal component analysis (PCA), canonical discriminant analysis and cluster analysis. The results showed that PCA was able to separate Haliotis squamata populations from Java and Bali using combination of PCIII and PCIV based on the factor coefficient values. The key characters that separated Haliotis squamata from the population of Java and Bali were the combination of characters BF (0.535) for PCIII and characters CH (0.522) for PCIV. Canonical discriminant analysis showed that Bali was the highest sharing component value (100%) of intra population and also the lowest sharing component of inter population (0%). The highest percentage of similarity was 99.91% that indicated the population of Binuangeun and Pangandaran, while the lowest was 99.31% for the population of Banyuwangi and Bali. The morphological characteristics of Haliotis squamata species in several locations showed specific characters such as color patterns, textures and shapes.Standar pengukuran dalam identifikasi abalon sangat penting dilakukan untuk membantu identifikasi abalon berdasarkan morfologi cangkang secara akurat. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengkaji karakteristik truss morfometrik dan morfologi intraspesies Haliotis squamata di Perairan Selatan Jawa dan Bali. Penelitian dilakukan pada bulan Desember 2014 sampai Agustus 2016. Koleksi sampel dilakukan berdasarkan metode purposive sampling, selanjutnya sampel diidentifikasi. Cangkang abalon diukur dan kemudian kemudian dianalisis menggunakan analisis Principal Component Analysis (PCA), analisis kanonikal diskriminan dan analisis cluster. Hasil PCA menunjukkan bahwa pemisahan populasi Haliotis squamata asal Jawa dan Bali berdasarkan kombinasi PCIII dan PCIV dengan nilai koefisien faktor. Karakter utama yang memisahkan Haliotis squamata dari populasi Jawa dan Bali adalah kombinasi karakter BF (0,535) untuk PCIII dan karakter CH (0,522) untuk PCIV. Analisis kanonikal diskriminan menunjukkan bahwa Bali memiliki nilai sharing component yang tertinggi (100%) untuk intrapopulasi dan juga nilai sharing component terendah (0%) untuk interpopulasi. Persentase similaritas tertinggi adalah 99,91% untuk populasi asal Binuangeun dan Pangandaran, sedangkan yang terendah adalah 99,31% untuk populasi Banyuwangi dan Bali. Karakteristik morfologi spesies Haliotis squamata pada beberapa lokasi menunjukkan ciri khas tertentu seperti pola warna, tekstur dan corak
FILOGENI POPULASI Haliotis squamata REEVE, 1846 DARI PANTAI SELATAN PULAU JAWA DAN BALI BERDASARKAN SEKUEN CYTOCHROME B DNA MITOKONDRIA
No full textAbalon Haliotis squamata Reeve, 1846 adalah jenis abalon yang memiliki sebaran di perairan laut selatan Jawa dan Bali Indonesia. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis hubungan filogenetik H. squamata asal Pantai Selatan Pulau Jawa dan Bali berdasarkan sekuen gen Cytochrome b (Cyt b) DNA mitokondria. Sebanyak total 38 sampel dikoleksi dari Jawa (Binuangeun, Pangandaran, Banyuwangi) dan Bali (Buleleng). Sampel diekstraksi, diamplifikasi menggunakan metode PCR, dan sekuensing dilakukan dengan metode Sanger sequencing di 1st BASE Malaysia. Urutan primer yang digunakan dalam amplifikasi yaitu primer forward AB-Cytb DivF (5\u27-TAAGCCAATTCGTAAGGTTC-3\u27) dan primer reverse AB-Cytb DivR (5\u27-AAAATACCACTCTGGCTGAA-3\u27). Jarak genetik dianalisis menggunakan metode Kimura 2-parameter dan konstruksi pohon filogenetik dilakukan dengan Neighbour-Joining dengan menggunakan program MEGA 7. Hasil yang diperoleh memperlihatkan bahwa perbedaan nukleotida spesifik sebesar 81 bp dari 820 bp. Jarak genetik intraspesies H. squamata asal perairan selatan Jawa dan Bali sebesar 0,96%-1,06%. Jarak genetik antar populasi asal Jawa dan Bali cukup tinggi sehingga kedua populasi ini memisah dan membentuk klaster sendiri berdasarkan pohon filogenetik. Dengan demikian, populasi Bali sudah mulai membentuk subpopulasi yang baru. Data yang diperoleh dalam penelitian akan sangat berguna untuk pengelolaan sumberdaya genetik abalon jenis H. squamata terkait dengan kelestarian dan pemanfaatannya.Abalone Haliotis squamata Reeve 1846 is an abalone that has distribution on the southern coast of Java and Bali in Indonesia. The purpose of this study was to analyze the phylogenetic relationship of H. squamata from the southern coast of Java and Bali based on the cytochrome b (Cyt b) mitochondrial DNA sequence. A total of 38 samples were collected from Java (Binuangeun, Pangandaran, Banyuwangi, and Bali (Buleleng). Samples were extracted, applied using method PCR, and sequencing the method Sanger sequencing di 1st BASE Malaysia. Using primary sequences to applied namely forward primers forward AB-Cytb DivF (5\u27-TAAGCCAATTCGTAAGGTTC-3\u27) dan primer reverse AB-Cytb DivR (5\u27-AAAATACCACTCTGGCTGAA-3\u27). Genetic distance was analyzed using the Kimura 2-parameter method and phylogenetic tree construction was carried out by Neighbor-Joining using the MEGA 7. The result showed that a specific nucleotide difference of 81 bp to 820 bp. The genetic distance between H. squamata intraspecies from the southern coast of Java and Bali is 0.96%-1.06%. This genetic distance is high enough to separate the two populations and form their clusters based on phylogenetic trees. The population of Bali seems to form new subpopulations. The data obtained in this study will be very useful for the management of H. squamata abalone genetic resources related to their sustainability and utilization
Genetic Diversity of White-spotted Rabbitfish (Siganus canaliculatus) on Different Seagrass Habitats in Inner Ambon Bay, Indonesia Based on Mitochondrial CO1 Sequences
No full textThis study aims to analyse the genetic diversity of Siganus canaliculatus in the Inner Ambon Bay (IAB) waters. DNA of S. canaliculatus specimens collected from IAB was extracted from tissues using a Tissue Genomic DNA Mini Kit, and partial CO1 genes were amplified using pair of universal primers. Genetic distances were determined by Kimura 2-parameter, and phylogenetic trees were constructed using the neighbour-joining method in MEGA 10.2.2 software. Arlequin software was used to analyse Fixation Index (Fst) and Analysis of Molecular Variance (AMOVA). There are three SNPs of S. canaliculatus from IAB that distinguish GenBank sequence data from S. canaliculatus. In Tanjung Tiram population group, contained three specific 677 (A), 679 (G), 703 (T) sites and two 693 (G), 714 (A) sites for the Nania population. Haplotype and nucleotide diversity of each population range from 0.000 to 1,000 and 0.000 to 0.004. Intra- and inter-population genetic differentiation were 21.19% dan 78.81%, respectively. Intra- and inter-population genetic distances were in range of 0.40–1.13 and 0.00–0.37, respectively. The pattern and direction of tidal currents as a link or barrier to spatial distribution and connectivity of S. canaliculatus larvae between seagrass habitats, as well as the presence of different anthropogenic pressures in each seagrass habitat, are thought to influence the genetic characteristics (genetic diversity, genetic variation, genetic differentiation and genetic distance) of S. canaliculatus populations in IAB waters. The results of this study provide information about the urgency of habitat-based fisheries management to support sustainable utilisation
STRUKTUR DAN KOMPOSISI VEGETASI DI ARBORETUM SUNGAI GERONG PT. PERTA SAMTAN GAS, KABUPATEN BANYUASIN, PROVINSI SUMATERA SELATAN: Structure and Vegetation Composition in Arboretum River Forest in PT. Perta Samtan Gas, Banyuasin District, South Sumatera Province
No full textKarakteristik hutan sangat kompleks dengan berbagai tipe penyusunnya, salah satunya adalah tipe arboretum. Arboretum PT. Perta Samtan Gas Pertamina merupakan salah satu zona penyangga (buffer zone) yang berfungsi sebagai kawasan konservasi untuk flora dan fauna yang ada di dalamnya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman jenis dan komposisi vegetasi di Arboretum Sungai Gerong PT. Perta Samtan Gas, Kabupaten Banyuasin, Provinsi Sumatera Selatan. Pengambilan data dilaksanakan dengan mengumpulkan data keanekaragaman jenis vegetasi. Setiap jalur pada tipe ekosistem memiliki ukuran 20 m x 60 m. Jalur tersebut kemudian dibagi menjadi subpetak menggunakan metode nested sampling. Terdapat 23 jenis vegetasi pada wilayah Arboretum Sungai Gerong. Sebaran dan kerapatan vegetasi yang banyak ditemukan adalah Spathodea campanulate dengan indeks nilai penting sebesar 185,87% pada tingkat pohon, sedangkan pada tingkat tiang dan pancang yang banyak ditemukan adalah Calophyllum tetrapterum dengan INP sebesar 118,29% dan 77,859%. Tingkat semai yang banyak ditemukan adalah Nephrolepis falciformis dengan INP sebesar 26,45%. Keanekaragaman jenis vegetasi di wilayah Arboretum Sungai Gerong tergolong sedang dan kemerataan tergolong baik, hanya sedikit jenis vegetasi yang mendominasi pada pengamatan ini.
Kata kunci: Arboretum Sungai Gerong, Banyuasin, indeks nilai penting, keragaman jenis, struktur vegetas
PULAU-PULAU KECIL DAN LINGKUNGAN WILAYAH PESISIR
No full textBuku “Pulau-Pulau Kecil dan Lingkungan Wilayah Pesisir” mengangkat pentingnya menjaga keberlanjutan wilayah pesisir dan pulau-pulau kecil sebagai bagian dari kekayaan dan identitas bangsa Indonesia. Dengan fokus utama pada kawasan Maluku, buku ini menyajikan realitas tantangan yang dihadapi seperti degradasi lingkungan, konflik pemanfaatan ruang, hingga ancaman pencemaran laut yang terus meningkat.
Disusun dengan pendekatan yang informatif dan analitis, buku ini mengulas secara mendalam potensi sumber daya alam, ekosistem perairan, serta upaya pelestarian berbasis teknologi. Pembaca akan diajak memahami bagaimana strategi pengembangan yang tepat dapat mengatasi kerentanan wilayah pesisir dan pulau-pulau kecil yang sangat rentan terhadap perubahan iklim dan tekanan aktivitas manusia.
Dengan bahasa yang lugas dan berbobot, buku ini menjadi bacaan penting bagi siapa pun yang peduli terhadap masa depan lingkungan pesisir Indonesia. “Melindungi pulau-pulau kecil berarti menjaga masa depan bangsa di tengah samudra.” Kalimat ini menjadi semangat yang membingkai keseluruhan isi buku dan menggugah kesadaran akan peran kita dalam menjaga bumi maritim Indonesia
