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Análise Comparativa: Python puro e Biopython na Bioinformática do Conteúdo GC
No full textAs the amount of biological data has exploded on an unprecedented scale, an urgent demand has emerged to combine biological knowledge with computing power. It was in this context that Bioinformatics emerged, as a response to the need for the intersection of the fields of biology and computing. Bioinformatics plays a critical role in interpreting biological data and understanding genetic processes. The combination of the Python programming language and the Biopython library provides powerful tools for manipulating DNA and protein sequences, as well as calculating GC-content. This article presents an analysis of Python and Biopython in Bioinformatics with a special focus on calculation and analysis of GC content, and provides a practical illustrative and comparative guide on the use of pure Python and Biopython, based on an implementation created with advisor Robson Soares Silva for calculating GC content in genomic sequence, in addition to its executions. Colaboratory (Colab) was chosen as the platform for analysis and implementation testing, aiming to establish an accessible and free research environment.À medida que a quantidade de dados biológicos explodiu em uma escala sem precedentes, surgiu uma demanda urgente de combinar conhecimentos biológicos com o poder da computação. Foi nesse contexto que surgiu a Bioinformática, como uma resposta à necessidade de interseção dos campos da biologia e da computação. A Bioinformática desempenha um papel crítico na interpretação de dados biológicos e na compreensão de processos genéticos. A combinação da linguagem de programação Python e da biblioteca Biopython oferece ferramentas poderosas para a manipulação de sequências de DNA e proteínas, bem como para o cálculo do GC-content (conteúdo GC(guanina-citosina)). Este artigo apresenta uma análise sobre Python e Biopython na Bioinformática com foco especial no cálculo e análise de conteúdo GC, e fornece um guia prático ilustrativo e comparativo do uso de Python puro e do Biopython, a partir de uma implementação criada com o orientador Robson Soares Silva para o cálculo de conteúdo de GC em sequência genômica, além de suas execuções. O Colaboratory (Colab) foi escolhido como a plataforma para análise e testes da implementação, visando estabelecer um ambiente de pesquisa acessível e gratuito
GC-FID data of biocatalytic esterification reactions & NMR data of lignin characterization
No full textTabulated chromatographic data (GC-FID) from butyl butyrate esterification reactions. 13C and 31P NMR data from pine kraft lignin (BIOPIVA 100) and cationic pine kraft lignin. A list of sample code identifiers with their descriptions is available upon request from the author.<br
Aplicação da técnica de SPME-GC-MS na determinação dos produtos voláteis gerados na degradação térmica de polímeros
No full textTese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Físicas e Matemáticas. Programa de Pós-Graduação em Quimica.Neste trabalho a técnica de SPME aliada a GC-MS foi aplicada para o estudo da degradação térmica do poli(propileno) e do poli(estireno)-co-poli(metil metacrilato). São discutidos principalmente os produtos formados, mecanismos de formação dos principais produtos e parâmetros cinéticos de degradação. Degradaram-se os polímeros num forno tubular em diversas temperaturas e na saída deste forno acoplou-se uma célula para acomodar a fibra de SPME (polidimetilsiloxano) para a concentração dos produtos da degradação dos polímeros carregados por um gás de arraste. A fibra ficou exposta por 30 min e então foi levada para o injetor aquecido do cromatógrafo a gás acoplado ao detector de massas. Cerca de 41 compostos foram sugeridos para a degradação do PP sendo estes formados por alcanos, alcenos e dienos. Para o copolímero e seus polímeros puros, poli(estireno) (PS) e poli(metil metacrilato) (PMMA) foram sugeridos 76, 26 e 40 compostos, respectivamente. No copolímero foram encontrados compostos provenientes da degradação de seus polímeros puros e ainda compostos provenientes da interação entre estes. Foram propostos mecanismos de formação dos três compostos majoritários do PP e dos quatro compostos majoritários do PS-b-PMMA. Conclui-se que o sistema de SPME-GC-MS é eficaz e promissor para estudos de degradação térmica de polímeros
Monitoring of sports supplements by GC-MS
No full textDissertação de Mestrado em Química Forense apresentada à Faculdade de Ciências e TecnologiaAtualmente, o doping é um grave problema na área do desporto, principalmente por este ser um fenómeno que move milhões de pessoas por todo o mundo. A prática de desporto deve ser sempre realizada de forma segura e, em particular, a competição deve assentar em valores como a honestidade e igualdade, o que não é alcançado com o uso de substâncias ou métodos proibidos. Contudo, para além dos atletas que conscientemente escolhem a via mais fácil e rápida para o sucesso - doping - existem relatos de outros atletas que acusam positivo nos controlos anti-doping e afirmam não ter qualquer comportamento que leve a este resultado. Desta forma, a realização deste trabalho tirou partido de um problema que há muito se debate: a possível contaminação (intencional ou não) de suplementos alimentares com substâncias proibidas. De facto, existem diferentes estudos que demonstram que tanto os suplementos hormonais como não hormonais podem conter substâncias não declaradas no rótulo. Muitas destas substâncias não declaradas são pro-hormonas de testosterona ou 19-nortestosterona, designadas por esteroides anabólicos-androgénicos (EAA). Numa primeira parte da dissertação, é dada uma breve contextualização do problema do doping e das contaminações de suplementos alimentares. De seguida, são descritos os procedimentos para análise de 4 suplementos consumidos num contexto desportivo, escolhidos por serem os suplementos com maior probabilidade de ter contaminações. A análise destes foi feita recorrendo a técnicas de GC-FID e GC-MS, com um passo prévio de extração em dois passos, usando metanol e hexano como solventes. Esta etapa permitiu eliminar alguns dos constituintes dos suplementos, dado que a matriz destes é muito complexa. Foram ainda preparados padrões externos e feita uma injeção direta dos suplementos, para análise por GC-FID. A análise por GC-FID revelou algumas informações interessantes sobre a quantidade de substâncias presentes nos suplementos e sobre os seus tempos de retenção. Por si só, esta informação não é suficiente para fazer a sua identificação, não existindo padrões de EAA para poder fazer um trabalho comparativo. Procedeu-se então a alguns estudos de espetrometria de massa, tendo sido feita uma identificação de alguns dos componentes. O estudo por GC-MS das amostras dos suplementos alimentares revelou-se bastante complexo, pois implica conhecer as moléculas descritas no rótulo e que possam estar no extrato final, assim como fazer a identificação de outras moléculas, não descritas no rótulo, pelos seus padrões de fragmentação. Em muitos casos não foi possível identificar a molécula em questão, devido à complexidade do seu espetro de massa e a não haver um padrão disponível para comparação. Dos componentes identificados, alguns faziam parte da constituição dos suplementos, como alguns ácidos gordos, lactose ou glicerol, sendo seguros para consumo. Foi também identificado o acetato de etilo, em dois suplementos, cuja origem é desconhecida, podendo tratar-se de uma contaminação por solvente usado no processo de fabrico ou como aroma sintético. Já o ester metílico do ácido 15 – tetracosanoico, identificado num suplemento, cuja sua origem também é desconhecida, pode ser tóxico para o ser humano, indicando que o suplemento em questão pode não ser seguro para consumo.Doping is a widespread problem in sports, mainly because it´s a phenomenon that moves millions of people. Sports practice should be safe, and competitions should be honest and equal between athletes, values that are not achieved with the use of prohibited substances or methods. However, besides the athletes that choose this easy way of wining – doping – there are reports that sate that some athletes, whose anti-doping tests were positive, didn´t consciously consume any substances. Thus, the present work took advantage of a problem that is being debated for a long time: the possibility of contaminations (intentional or not) of nutritional supplements, consumed by sportsmen, with prohibited substances. In fact, there are different studies that demonstrate that nutritional supplements, hormonal or non-hormonal, may have substances not declared on the label. Many of these substances are pro-hormones from testosterone or 19-nortestosterone, like anabolic-androgenic steroids. Firstly, in this dissertation, the background of the doping problem and the contaminations of sports supplements. Then, the steps for the analysis of 4 supplements, consumed by sportsmen, are explained. These were chosen for being the ones with greater probability of being contaminated. Analytical studies were made by GC-FID and GC-MS, with a previous phase of a 2-step extraction, with methanol and hexane. This allowed the elimination of some supplements’ constituents, which is crucial because of their complex matrix. In addition, external standards were prepared, and a direct injection of the supplements was made for the GC-FID analysis. The GC-FID analysis revealed some interesting information about the quantity of substances present in the various supplements tested and their retention time. However, this analysis alone was not sufficient for the identification of this substances, as were not available standards of anabolic-androgenic steroids for a comparative work. Consequently, mass spectrometry studies were conducted, and the identification of some components of the 4 supplements were made. This GC-MS study was found to be complex, not only because it involved previous knowledge of the molecules described in the label and maybe in the final extract, but also because it was necessary to identify others not disclosed in the label, through their fragmentation patterns. In many cases, identification of the molecules in question was not possible, because of the complex mass spectrum and the lack of standards for comparison. From the identified components, some were part of the supplement constitution, like some fatty acids, lactose, or glycerol. It was also identified ethyl acetate, in 2 supplements, which origin is unknown, indicating the possibility of contamination with an industrial solvent used during the manufacturing phase or may be use as a synthetic flavor additive. The 15-tetracosanoic acid methyl ester, identified in 1 supplement, which origin is also unknown, may be toxic for humans, indicating that this supplement may not be safe for human consumption
Meetresultaten Kunststof GC-elementen: Project C2: Oever- en Bodembescherming met GC
No full textAnome BV en het Innovatie Test Centrum van Rijkswaterstaat-DWW zijn samen met verschillende partners aan het onderzoeken in hoeverre Ground Consolidators (GC\u92s) interessant zouden kunnen zijn voor gebruik in Oever- en bodembescherming. De eerste fase van het onderzoek is afgerond en er is besloten om verdergaand onderzoek te doen. In verband met duurzaamheid van het materiaal, is ervoor gekozen om verder onderzoek te verrichten naar GC-elementen van kunststof. Dit onderzoek is gedaan door een drietal studenten van de TU Delft aan de faculteit Civiele Techniek. Voorliggend document bevat de meetresultaten van de kwali- en kwantitatieve experimenten die zijn uitgevoerd om de eigenschappen van kunststoffen GC\u92s en een pakket GC\u92s te bepalen
GC-content distribution of the metagenomes reads sampled from NPP sites.
No full textGC-content (%) for the total number of reads sequenced in SFP, FTC, DD and WD.</p
Meetresultaten Kunststof GC-elementen: Versie 4
No full textAnome BV en het Innovatie Test Centrum van Rijkswaterstaat-DWW zijn samen met verschillende partners aan het onderzoeken in hoeverre Ground Consilidators (GC\u92s) interessant zouden kunnen zijn voor gebruik in Oever- en bodembescherming. De eerste fase van het onderzoek is afgerond en er is besloten om verdergaand onderzoek te doen. In verband met duurzaamheid van het materiaal, is ervoor gekozen om verder onderzoek te verrichten naar GC-elementen van kunststof. Dit onderzoek is gedaan door een drietal studenten van de TU Delft aan de faculteit Civiele Techniek. Voorliggend document bevat de meetresultaten van de kwali- en kwantitatieve experimenten die zijn uitgevoerd om de eigenschappen van kunststoffen GC\u92s en een pakket GC\u92s te bepalen
Identification of author profiles through social networks
No full textThe aim of this paper is to compile dictionaries of slang words, abbreviations, contractions, and emoticons to help the pre-processing of texts published in social networks. The use of these dictionaries is intended to improve the results of the tasks related to data obtained from these platforms. Therefore, a hypothesis was evaluated in the task of identifying author profiles (author profiling).Silva, JesúsMaria Santodomingo, Nicolas EliasRomero, LigiaJorge, MarisolHerrera, MaritzaPineda Lezama, Omar Bonerg
Purifying Selection in Deeply Conserved Human Enhancers Is More Consistent than in Coding Sequences
No full text(c) 2014 De Silva et al. This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited
The Private Cost of Long-Term Care in Canada: Where You Live Matters
No full textCanadians expect the same access to health care whether they are rich or poor, and wherever they live, often without direct charge at the point of service. However, we find that the private cost of long-term care differs greatly across the country, and within provinces, we find substantial variation, depending on income level, marital status, and, in Quebec alone, on assets owned. A non-married person with average income would pay more than twice as much in the Atlantic provinces as in Quebec, while a couple with one in care would pay almost four times as much in Newfoundland as in Alberta.long-term care, private cost
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