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ENVIRONMENTAL CONDITIONS MODULATE THE EFFECT OF EPIGENETIC FACTORS CONTROLLING THE RESPONSE OF ARABIDOPSIS THALIANA TO PLASMODIOPHORA BRASSICAE
No full textPhenotypes of the response of the epiRIL population to clubroot under STANDARD, TEMPERATURE, DRY and FLOOD conditions, epigenetic map of the epiRIL population and map of genetic variants in the population.
SHEET 1: Phenotyping data for STANDARD. Lfni: length of the longest leaf of uninoculated plants, Lfi: length of the longest leaf of inoculated plants, DI: disease index, GA: gall area and GALA: GA/Lfi2 index.
SHEET 2: Phenotyping data for HEAT. Lfni: length of the longest leaf of uninoculated plants, Lfi: length of the longest leaf of inoculated plants, DI: disease index, GA: gall area and GALA: GA/Lfi2 index.
SHEET 3: Phenotyping data for DROUGHT. Lfni: length of the longest leaf of uninoculated plants, Lfi: length of the longest leaf of inoculated plants, DI: disease index, GA: gall area and GALA: GA/Lfi2 index.
SHEET 4: Phenotyping data for FLOOD. Lfni: length of the longest leaf of uninoculated plants, Lfi: length of the longest leaf of inoculated plants, DI: disease index, GA: gall area and GALA: GA/Lfi2 index.
SHEET 5: Epigenetic data of the epiRIL population witht the 123 epiRIL
SHEET 6 : Map of the genetic variant found within the epiRIL populatio
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Epigenetic mechanisms involved in the response of Arabidopsis thaliana to Plasmodiophora brassicae infection under different abiotic conditions
No full textPlasmodiophora brassicae, agent pathogène biotrophe obligatoire causal de la hernie des crucifères, provoque la formation de galles sur les racines et induit des bouleversements cellulaires et physiologiques importants chez les plantes hôtes dont Arabidopsis thaliana. La réponse d’A. thaliana à l’infection implique des facteurs génétiques et épigénétiques dont l’effet peut être modulé par les conditions environnementales. Les objectifs de cette thèse sont de déterminer si des contraintes hydrique et thermique, seules ou combinées, modifient l’architecture épigénétique contrôlant la réponse d’Arabidopsis à la hernie et l’implication des miARN dans cette réponse. Une stratégie d'épigénétique quantitative, utilisant une population epiRIL, épigénotypée avec des marqueurs basés sur des variations de méthylation de l’ADN, a permis d’identifier 36 QTL épigénétiques (QTLepi)dont des QTLepi communs à plusieurs conditions abiotiques et des QTLepi spécifiques d’une condition. Le séquençage Illumina des ARNm et miARN différentiellement exprimés chez des génotypes sensible et partiellement résistant a permis l’identification de 14 familles de miARN ciblant 332 gènes impliqués notamment dans la production d’énergie, la dégradation des parois cellulaires et la reconnaissance des agents pathogènes. Deux familles de miARN ont été décrites pour la première fois. Ce travail de thèse apporte de nouveaux éléments sur les mécanismes épigénétiques sous-tendant la résistance à la hernie et sur la variabilité épigénétique potentiellement utilisable pour la construction de variétés résistantes aux maladies dans des environnements contraints.Plasmodiophora brassicae, the obligatory biotrophic pathogen causal of clubroot disease, provokes gall formation on roots and induces major cellular and physiological reprogramming in host plants such as Arabidopsis thaliana. Genetic and epigenetic factors are involved in the response of A. thaliana to infection, the effect of which can be modulated by environmental conditions. The aims of this thesis are to determine whether water availability and temperature constraints, alone or combined, modify the epigenetic architecture controlling the clubroot response in Arabidopsis and the involvement of miRNAs in this response. A quantitative epigenetic strategy using an epiRIL population epigenotyped with markers based on DNA methylation variations identified 36 epigenetic QTL (QTLepi), including QTLepi common to several abiotic conditions and QTLepi specific to one condition. Illumina sequencing of mRNAs and miRNAs differentially expressed in susceptible and partially resistant genotypes has enabled the identification of 14 miRNA families targeting 332 genes notably involved in energy production, cell wall degradation and pathogen recognition. Two miRNA families were described for the firsttime. This thesis work provides new insights into the epigenetic mechanisms underlying clubroot resistance and into the epigenetic variability that could potentially be used to construct diseaseresistant varieties in constrained environments
Mécanismes épigénétiques impliqués dans la réponse d’Arabidopsis thaliana à l’infection par Plasmodiophora brassicae sous différentes conditions abiotiques
No full textPlasmodiophora brassicae, the obligatory biotrophic pathogen causal of clubroot disease, provokes gall formation on roots and induces major cellular and physiological reprogramming in host plants such as Arabidopsis thaliana. Genetic and epigenetic factors are involved in the response of A. thaliana to infection, the effect of which can be modulated by environmental conditions. The aims of this thesis are to determine whether water availability and temperature constraints, alone or combined, modify the epigenetic architecture controlling the clubroot response in Arabidopsis and the involvement of miRNAs in this response. A quantitative epigenetic strategy using an epiRIL population epigenotyped with markers based on DNA methylation variations identified 36 epigenetic QTL (QTLepi), including QTLepi common to several abiotic conditions and QTLepi specific to one condition. Illumina sequencing of mRNAs and miRNAs differentially expressed in susceptible and partially resistant genotypes has enabled the identification of 14 miRNA families targeting 332 genes notably involved in energy production, cell wall degradation and pathogen recognition. Two miRNA families were described for the firsttime. This thesis work provides new insights into the epigenetic mechanisms underlying clubroot resistance and into the epigenetic variability that could potentially be used to construct diseaseresistant varieties in constrained environments.Plasmodiophora brassicae, agent pathogène biotrophe obligatoire causal de la hernie des crucifères, provoque la formation de galles sur les racines et induit des bouleversements cellulaires et physiologiques importants chez les plantes hôtes dont Arabidopsis thaliana. La réponse d’A. thaliana à l’infection implique des facteurs génétiques et épigénétiques dont l’effet peut être modulé par les conditions environnementales. Les objectifs de cette thèse sont de déterminer si des contraintes hydrique et thermique, seules ou combinées, modifient l’architecture épigénétique contrôlant la réponse d’Arabidopsis à la hernie et l’implication des miARN dans cette réponse. Une stratégie d'épigénétique quantitative, utilisant une population epiRIL, épigénotypée avec des marqueurs basés sur des variations de méthylation de l’ADN, a permis d’identifier 36 QTL épigénétiques (QTLepi)dont des QTLepi communs à plusieurs conditions abiotiques et des QTLepi spécifiques d’une condition. Le séquençage Illumina des ARNm et miARN différentiellement exprimés chez des génotypes sensible et partiellement résistant a permis l’identification de 14 familles de miARN ciblant 332 gènes impliqués notamment dans la production d’énergie, la dégradation des parois cellulaires et la reconnaissance des agents pathogènes. Deux familles de miARN ont été décrites pour la première fois. Ce travail de thèse apporte de nouveaux éléments sur les mécanismes épigénétiques sous-tendant la résistance à la hernie et sur la variabilité épigénétique potentiellement utilisable pour la construction de variétés résistantes aux maladies dans des environnements contraints
Mécanismes épigénétiques impliqués dans la réponse d’Arabidopsis thaliana à l’infection par Plasmodiophora brassicae sous différentes conditions abiotiques
No full textPlasmodiophora brassicae, the obligatory biotrophic pathogen causal of clubroot disease, provokes gall formation on roots and induces major cellular and physiological reprogramming in host plants such as Arabidopsis thaliana. Genetic and epigenetic factors are involved in the response of A. thaliana to infection, the effect of which can be modulated by environmental conditions. The aims of this thesis are to determine whether water availability and temperature constraints, alone or combined, modify the epigenetic architecture controlling the clubroot response in Arabidopsis and the involvement of miRNAs in this response. A quantitative epigenetic strategy using an epiRIL population epigenotyped with markers based on DNA methylation variations identified 36 epigenetic QTL (QTLepi), including QTLepi common to several abiotic conditions and QTLepi specific to one condition. Illumina sequencing of mRNAs and miRNAs differentially expressed in susceptible and partially resistant genotypes has enabled the identification of 14 miRNA families targeting 332 genes notably involved in energy production, cell wall degradation and pathogen recognition. Two miRNA families were described for the firsttime. This thesis work provides new insights into the epigenetic mechanisms underlying clubroot resistance and into the epigenetic variability that could potentially be used to construct diseaseresistant varieties in constrained environments.Plasmodiophora brassicae, agent pathogène biotrophe obligatoire causal de la hernie des crucifères, provoque la formation de galles sur les racines et induit des bouleversements cellulaires et physiologiques importants chez les plantes hôtes dont Arabidopsis thaliana. La réponse d’A. thaliana à l’infection implique des facteurs génétiques et épigénétiques dont l’effet peut être modulé par les conditions environnementales. Les objectifs de cette thèse sont de déterminer si des contraintes hydrique et thermique, seules ou combinées, modifient l’architecture épigénétique contrôlant la réponse d’Arabidopsis à la hernie et l’implication des miARN dans cette réponse. Une stratégie d'épigénétique quantitative, utilisant une population epiRIL, épigénotypée avec des marqueurs basés sur des variations de méthylation de l’ADN, a permis d’identifier 36 QTL épigénétiques (QTLepi)dont des QTLepi communs à plusieurs conditions abiotiques et des QTLepi spécifiques d’une condition. Le séquençage Illumina des ARNm et miARN différentiellement exprimés chez des génotypes sensible et partiellement résistant a permis l’identification de 14 familles de miARN ciblant 332 gènes impliqués notamment dans la production d’énergie, la dégradation des parois cellulaires et la reconnaissance des agents pathogènes. Deux familles de miARN ont été décrites pour la première fois. Ce travail de thèse apporte de nouveaux éléments sur les mécanismes épigénétiques sous-tendant la résistance à la hernie et sur la variabilité épigénétique potentiellement utilisable pour la construction de variétés résistantes aux maladies dans des environnements contraints
Mécanismes épigénétiques impliqués dans la réponse d’Arabidopsis thaliana à l’infection par Plasmodiophora brassicae sous différentes conditions abiotiques
No full textPlasmodiophora brassicae, the obligatory biotrophic pathogen causal of clubroot disease, provokes gall formation on roots and induces major cellular and physiological reprogramming in host plants such as Arabidopsis thaliana. Genetic and epigenetic factors are involved in the response of A. thaliana to infection, the effect of which can be modulated by environmental conditions. The aims of this thesis are to determine whether water availability and temperature constraints, alone or combined, modify the epigenetic architecture controlling the clubroot response in Arabidopsis and the involvement of miRNAs in this response. A quantitative epigenetic strategy using an epiRIL population epigenotyped with markers based on DNA methylation variations identified 36 epigenetic QTL (QTLepi), including QTLepi common to several abiotic conditions and QTLepi specific to one condition. Illumina sequencing of mRNAs and miRNAs differentially expressed in susceptible and partially resistant genotypes has enabled the identification of 14 miRNA families targeting 332 genes notably involved in energy production, cell wall degradation and pathogen recognition. Two miRNA families were described for the firsttime. This thesis work provides new insights into the epigenetic mechanisms underlying clubroot resistance and into the epigenetic variability that could potentially be used to construct diseaseresistant varieties in constrained environments.Plasmodiophora brassicae, agent pathogène biotrophe obligatoire causal de la hernie des crucifères, provoque la formation de galles sur les racines et induit des bouleversements cellulaires et physiologiques importants chez les plantes hôtes dont Arabidopsis thaliana. La réponse d’A. thaliana à l’infection implique des facteurs génétiques et épigénétiques dont l’effet peut être modulé par les conditions environnementales. Les objectifs de cette thèse sont de déterminer si des contraintes hydrique et thermique, seules ou combinées, modifient l’architecture épigénétique contrôlant la réponse d’Arabidopsis à la hernie et l’implication des miARN dans cette réponse. Une stratégie d'épigénétique quantitative, utilisant une population epiRIL, épigénotypée avec des marqueurs basés sur des variations de méthylation de l’ADN, a permis d’identifier 36 QTL épigénétiques (QTLepi)dont des QTLepi communs à plusieurs conditions abiotiques et des QTLepi spécifiques d’une condition. Le séquençage Illumina des ARNm et miARN différentiellement exprimés chez des génotypes sensible et partiellement résistant a permis l’identification de 14 familles de miARN ciblant 332 gènes impliqués notamment dans la production d’énergie, la dégradation des parois cellulaires et la reconnaissance des agents pathogènes. Deux familles de miARN ont été décrites pour la première fois. Ce travail de thèse apporte de nouveaux éléments sur les mécanismes épigénétiques sous-tendant la résistance à la hernie et sur la variabilité épigénétique potentiellement utilisable pour la construction de variétés résistantes aux maladies dans des environnements contraints
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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