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Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Histological and functional analysis of the development of neural precursor cells derived from human induced pluripotent stem cells grafted in the mouse brain
No full textLes anomalies du neurodéveloppement sous-tendent entre autres les maladies psychiatriques telles que la schizophrénie ou l’autisme. L'hétérogénéité génétique de l'être humain rend cependant complexe l'établissement d'un lien entre un génome donné et les programmes de développement qui peuvent mener à une maladie. Pour répondre à ce problème, les cellules souches pluripotentes induites (iPSC) sont un outil ethique et efficace. Elles sont capables de se développer et de se différencier en neurones fonctionnels, en utilisant un mécanisme similaire au développement in vivo. J’ai étudié un modèle permettant de suivre l’intégration et la migration de précurseurs neuraux issus d’iPSC humaines dans le cortex de souris. En marquant les cellules greffées par immunofluorescence, j’ai pu montrer qu’elles se différencient principalement en neurones des couches supérieures du cortex. J’ai étudié les relations entre l’hôte et la greffe, et montre que les cellules de la souris participent au développement de la greffe, en apportant une vascularisation, et en myélinisant les neurones humains en développement. Enfin, j’ai suivi le développement fonctionnel des neurones humains en utilisant une lignée exprimant un indicateur calcique, le GCaMP6f, et en observant chroniquement les souris injectées au microscope 2-photons. Cette activité évolue au cours du temps, et reflète un cerveau prénatal humain. Ce modèle offre des possibilités nouvelles de modélisation in vivo du developpement cortical humain, notamment dans l’étude de l’impact d’altérations génétiques dans le cadre de maladies psychiatriques.Neurodevelopmental abnormalities underlie psychiatric diseases such as schizophrenia or autism, among others. However, the genetic heterogeneity of human beings makes it difficult to establish a link between a given genome and development programs that can lead to a disease. To address this problem, induced pluripotent stem cells (iPSCs) are an ethical and effective tool. They are able to develop and differentiate into functional neurons, using a mechanism similar to in vivo development. I studied a model enabling the integration and migration of neural precursors from human iPSCs into the mouse cortex. By labelling the cells grafted by immunofluorescence, I was able to show that they differentiate mainly into upper layer cortical neurons. I have studied the relationship between host and grafted cells , and show that mouse cells participate in the development of the graft, providing vascularization, and myelinating developing human neurons. Finally, I followed the functional development of human neurons using a cell line expressing a calcium indicator, GCaMP6f, and chronically observing injected mice under a 2-photon microscope. This activity changes over time, and reflects a prenatal human brain. This model offers new possibilities for in vivo modelling of human cortical development, particularly in the study of the impact of genetic alterations in the context of psychiatric diseases
Le rôle du récepteur nicotinique de l'acétylcholine α7 dans un modèle de pathologie amyloïde
No full textLes premières manifestations de la maladie d'Alzheimer (MA) sont la mort neuronale ainsi qu'une perte synaptique dans les systèmes cholinergiques et un déséquilibre de l'activité neuronale dans le cortex et l'hippocampe. Dans ce projet, nous étudions l'interaction du peptide amyloïde-β (Aβ), fortement impliqué dans la MA, avec les récepteurs nicotiniques de l'acétylcholine (nAChRs) dans le cortex préfrontal (PFC). Notre groupe a démontré que lors de l'injection d'une forme mutée de la protéine humaine du précurseur de l'Aβ (hAPP) dans les couches 2/3 du PFC, les oligomères d'Aβ s'accumulent, et les neurones pyramidaux présentent une hyperactivité anormale. En utilisant une approche d'imagerie biphotonique (2P) in vivo sur des lignées de souris WT et KO, nous avons montré que ces altérations sont dues à une interaction entre l'Aβ et différents nAChRs exprimés sur les interneurones. La présence d'Aβ inactive ces récepteurs, altérant ainsi le système inhibiteur local. Cette hyperactivité est cohérente avec des études fonctionnelles menées sur des patients aux stades précoces de la maladie. Cette interaction entre l'Aβ et les nAChRs est la base de notre hypothèse principale : que les traitements standard de la MA visant à augmenter les niveaux d'acétylcholine échouent parce que les récepteurs cibles (les nAChRs) sont bloqués. Nous poursuivons cette hypothèse en évaluant l'effet de l'Aβ sur l'activité des cellules pyramidales dans la couche 5 du cortex (L5). Cette couche joue un rôle crucial dans les voies cortico-thalamiques et cortico-striatales et a un impact significatif sur la cognition. Dans cette étude, des souris Rbp4-Cre ont été utilisées pour cibler les neurones pyramidaux de la L5. Les animaux ont été injectés avec l'hAPP ou un vecteur contrôle, et l'activité neuronale a été enregistrée au fil du temps par imagerie calcique (Ca2+) 2P. Pour étudier le rôle des récepteurs α7, une lignée KO conditionnelle pour cette sous-unité dans les neurones Rbp4+ a été injectée et imagée de manière similaire. Nos résultats montrent une accumulation intracellulaire d'Aβ dans les neurones pyramidaux Rbp4+ et, grâce à l'imagerie calcique, nous détectons une augmentation de la fréquence et de l'amplitude des événements de Ca2+ dans le groupe hAPP, ce qui suggère un profil d'hyperactivité neuronale. Les résultats préliminaires obtenus chez des animaux dépourvus de la sous-unité α7 dans les neurones Rbp4+ n'ont montré aucune différence significative d'activité neuronale entre les conditions hAPP et contrôle. Cependant, certaines tendances observées dans le signal de Ca2+ des animaux Rbp4-Cre contenant l'α7 sont maintenues dans la lignée KO α7. Ces résultats soulignent les anomalies neuronales précoces qui se produisent dans le PFC en raison de l'accumulation d'Aβ et valident notre modèle pour des études in vivo. Ils mettent également en évidence une possible implication de la sous-unité α7 dans le phénotype d'hyperactivité induit par Aβ. Cette étude et l'utilisation de notre modèle peuvent offrir des perspectives sur la manière dont la neurotransmission nicotinique est perturbée en présence d'Aβ et ouvrir la voie à de futures recherches sur la physiopathologie de la MA et sur des traitements potentiels ciblant les récepteurs nicotiniques.Some of the earliest events in Alzheimer's Disease (AD) are neuronal death and synaptic loss in cholinergic systems, accompanied by an imbalance in neuronal activity in the cortex and hippocampus. In this project, we aim to understand the interaction of the amyloid-β (Aβ) peptide, which is strongly implicated in AD, with nicotinic acetylcholine receptors (nAChRs) in the prefrontal cortex (PFC). Our group has previously demonstrated that upon the injection of a mutated form of the human Amyloid Precursor Protein (hAPP) in the layers (L)2/3 of the PFC, Aβ oligomers accumulate intracellularly, and pyramidal neurons exhibit abnormal hyperactivity. Using an in vivo two-photon (2P) approach in WT and KO mouse lines, we showed that these alterations are due to an interaction between Aβ and different nAChR subunits expressed on interneurons. Aβ inactivates these receptors, therefore impairing the local inhibitory system. This hyperactivity is consistent with previous functional studies performed on early-stage patients. This interaction between Aβ and the nAChRs is closely related to our main working hypothesis: that standard AD treatments enhancing acetylcholine levels fail because the target receptors (the nAChRs) are blocked. We are now pursuing this hypothesis by assessing how the Aβ build-up impacts the activity of pyramidal cells in cortical L5. This layer plays a crucial role in the cortico-thalamic and cortico-striatal pathways and has a significant impact on cognition. In this study, Rbp4-Cre mice were used to target L5 pyramidal neurons. Animals were injected with the hAPP or a control vector, and neuronal activity was recorded over time through in vivo 2P calcium (Ca2+) imaging. To investigate the role of α7 nAChRs, a conditional KO line for this subunit in Rbp4+ neurons was similarly injected and imaged. Our findings reveal an accumulation of intracellular Aβ in Rbp4+ pyramidal neurons and, upon in vivo Ca2+ imaging, we detect an increase in the frequency and amplitude of Ca2+ events in the hAPP group, which suggests a profile of hyperactivity. Preliminary results on animals lacking α7 in Rbp4+ neurons showed no difference in neuronal activity between the hAPP and control conditions. However, some trends in the Ca2+ signal of Rbp4-Cre animals containing the α7 receptors are maintained in the α7 KO line. These findings reiterate the early neuronal abnormalities taking place in the PFC as a result of amyloid accumulation and validate our model for in vivo studies. They further highlight a possible involvement of the α7 receptors in the Aβ -dependent hyperactivity phenotype. This study and the use of our model can provide future insights into how nicotinic neurotransmission is disrupted in the presence of Aβ and pave the way for future research on AD pathophysiology and potential nicotinic therapeutics
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
The nicotinic receptor alpha5 coding polymorphism rs16969968 as a major target in disease: Functional dissection and remaining challenges
No full textInternational audienceNicotinic acetylcholine receptors (nAChRs) are major signalling molecules in the central and peripheral nervous system. Over the last decade, they have been linked to a number of major human psychiatric and neurological conditions, like smoking, schizophrenia, Alzheimer's disease and many others. Human Genome-Wide Association Studies (GWAS) have robustly identified genetic alterations at a locus of chromosome 15q to several of these diseases. In this review, we discuss a major coding polymorphism in the alpha5 subunit, referred to as α5SNP, and its functional dissection in vitro and in vivo. Its presence at high frequency in many human populations lends itself to pharmaceutical intervention in the context of 'positive allosteric modulators' (PAMs). We will present the prospects of this novel treatment, and the remaining challenges to identify suitable molecules
Auto-immune psychosis : clinical and preclinical analysis of autoantibodies against nicotinic receptors in psychosis
No full textLes auto-anticorps (AAs) anti-récepteurs neuronaux représentent une hypothèse étiologique des troubles psychotiques depuis la découverte de l’encéphalite auto-immune à autoanticorps anti-protéines neuronales décrite chez des patientes présentant des symptômes maniaques, des idées délirantes voire des hallucinations associées à des autoanticorps anti-récepteur N-Méthyl-D-Aspartate associé à un tératome ovarien. Avant la découverte de ces biomarqueurs, plusieurs études avaient mis en évidence des dérégulations immunitaires importantes chez les patients atteints de schizophrénie et de troubles bipolaires. En effet, plusieurs publications ont montré la présence d’un état inflammatoire périphérique chronique chez un grand nombre de ces patients associé à une augmentation des cytokines pro-inflammatoires, d’une augmentation de la prévalence des comorbidités auto-immunes ainsi que de la présence de signatures neuro-inflammatoires à l’IRM. D’un point de vue génétique, des études d’associations pangénomiques ont mis en évidence un lien entre la région du génome codant pour le complexe majeur d’histocompatibilité (CMH) et le risque d’être atteint de schizophrénie. L’ensemble de ces découvertes ont mené à la naissance de l’immuno-psychiatrie dont l’un des buts majeurs consiste à identifier des sous-groupes homogènes de patients sur la base de signatures immuno-inflammatoires permettant ensuite de proposer des hypothèses étiologiques à étudier, d’orienter le diagnostic et de proposer des stratégies thérapeutiques immunomodulatrices. Parmi les études pangénomiques qui ont été menées, on retrouve aussi une association importante avec le récepteur nicotinique de type α7 (α7-nAchR). Ce récepteur joue un rôle majeur dans la cognition mais également dans la régulation de l’inflammation périphérique et centrale et le maintien de l’homéostasie immunitaire via la voie cholinergique anti-inflammatoire. Les nAchR sont exprimés de manière ubiquitaire à la surface des cellules et à l’échelle subcellulaire et ont pour fonction majeure de réguler les flux calciques membranaires, réticulaires et mitochondriaux. Ces récepteurs peuvent être également la cible de réponses immunitaires, on retrouve notamment des AAs contre le récepteur nicotinique du muscle dans la myasthénie, contre les récepteurs ganglioniques dans la ganglionopathie autoimmune et plus récemment des AAs anti-α7-nAchR chez des patients atteints de schizophrénie, Alzheimer ou encéphalite de Rasmussen. Au regard de cette littérature, nous avons fait l’hypothèse que les anti- α7-nAchR-AAbs circulants retrouvés dans le sérum des patients vont favoriser un terrain inflammatoire en bloquant l’action anti-inflammatoire des récepteurs exprimés sur les cellules immunitaires et plus particulièrement les macrophages. Nos résultats suggèrent que (1) les anti- α7-nAchR-AAs sont mesurables chez 65% des sujets inclus dans notre cohorte et sont plus élevés dans deux clusters associés à des cytokines de l’immunité innée (2) les IgGs purifiées de patients ayant des hauts taux d’anti- α7-nAchR-AAs ne régulent pas la libération de TNF-a induite par le LPS dans un modèle de macrophages et empêchent l’action anti-inflammatoire d’un agoniste du α7-nAchR. (3) De plus, un patient de notre cohorte avec un double diagnostic d’autisme et de schizophrénie présentait ces AAs dans le LCR. En conclusion, cette thèse permet une meilleure compréhension des mécanismes immuno-inflammatoires périphériques présents chez les patients psychiatriques et appuie sur la nécessité de considérer le profil immuno-inflammatoire des patients psychiatriques pour proposer des stratégies thérapeutiques adaptées.Anti-neuronal receptors autoantibodies (AAbs) represent an aetiological hypothesis of psychosis since the discovery of autoimmune encephalitis with AAbs targeting the N-methyl-D-Aspartate receptor (NMDAR) in patients presenting mania, delusion and even hallucinations and ovarian teratomas. Before such discoveries, several research have highlighted the occurrence of immune dysregulations in patients with schizophrenia or bipolar disorders. Indeed, some papers showed the presence of a low-grade inflammation state in psychiatric patients encompassing increased pro-inflammatory cytokines, a higher prevalence to autoimmune disorders and neuro-inflammatory signatures showed by MRI. Genetical studies and especially Genome-Wide Association Studies (GWAS) have pointed out a link between the locus coding for the major histocompatibility complex (MHC) and an increased risk to develop schizophrenia. Overall, such results have led to the emergence of immuno-psychiatry whose main role is to identify homogeneous sub-groups of patients based on their immuno-inflammatory profile to suggest new aetiological hypotheses, to orient the diagnosis and to propose new therapies including immunomodulatory agents. Among GWAS, studies have also pointed out an important association with the α7-subtype of the nicotinic receptor (α7-nAchR). This receptor plays a major role in cognition but also in the maintenance of immune homeostasis through the cholinergic anti-inflammatory pathway. nAchR are ubiquitously expressed at the cellular and sub cellular levels and regulate the calcium flux into the cell, the reticulum, and mitochondria. These receptors are also the target of autoimmune attacks notably against the muscle-type nAchR in myasthenia, ganglion in ganglionopathy and more recently against α7-nAchR in schizophrenia, Alzheimer, and Rasmussen’s encephalitis. In regards, we hypothesised that serum anti-α7-nAchR-AAbs could foster an inflammatory background by blocking the anti-inflammatory role of α7-nAchR expressed on immune cells and especially macrophages. Our results suggest that (1) such AAbs are measurable in 65% of our cohort and are increased in 2 clusters associated with innate immunity cytokines (2) furthermore, purified serum IgG with high rates of AAbs did not regulate the TNF-a release induces by LPS in a macrophage model and prevented the anti-inflammatory effect of an α7-nAchR agonist. (3) In addition, one patient of our study with a double diagnosis of autism and schizophrenia presented α7-nAchR-AAbs in CSF. To conclude, this thesis allows a better understanding of immuno-inflammatory mechanisms that occur in some psychotic patients and support the urgent need to consider inflammatory profile to propose suitable therapeutic strategies
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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