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Identification and characterization of novel Fasciola Hepatica Sodium Chloride dependent Taurine transporter
No full textDie wirtschaftliche Belastung durch den Leberegel Fasciola hepatica resultiert aus dem Befall von Wiederkäuern, die als Nutztiere gehalten werden. Die Tatsache, dass mehrere Millionen Menschen weltweit von diesem Trematoden befallen sind, hat die Weltgesundheitsorganisation (WHO) dazu veranlasst, die menschliche Fascioliasis als eine Krankheit von globaler Bedeutung für die öffentliche Gesundheit zu klassifizieren. Da keine effektive Impfung gegen diesen Parasiten existiert, beruht die Behandlung von Tieren und Menschen nur auf Anthelminthika. Von diesen ist Triclabendazol seit mehr als 25 Jahren das Mittel der Wahl zur Bekämpfung dieses Parasiten. Triclabendazol wirkt sowohl gegen adulte als auch juvenile Egel und ist gut verträglich. Das zunehmende Auftreten von Triclabendazol- resistenten Egeln macht die Suche nach alternativen Ansatzpunkten erforderlich. Adulte Egel persistieren in den Gallengängen des Wirtsorganismus, wo sie dem aggressiven Milieu der Galle ausgesetzt sind. Gallensäuren werden im Normalfall mit Taurin (2- Aminoethansulfonsäure) konjugiert, wodurch sie weniger toxisch werden. In der vorliegenden Arbeit wurde Transporter aus der solute carrier-6 (SLC6) -Familie kloniert, der homolog zum menschlichen Turintransporter ist. Die phlygenetische Analyse zeigte, dass dieser Transporter am nächsten mit dem GABA-Transporter-2 von Invertebraten und unklassfizierten Transportern anderer Nematoden verwandt ist. Nach heterologer Expression in HEK 293 Zellen, vermittelte dieser F. hepatica-Transporter eine hochaffine zelluläre Aufnahme von Taurin (KM = 12,0 0,5 M), nicht jedoch von GABA. Die Substrataufnahme war abhängig von Na+ - und Cl- (berechnete Stöchiometrie 2: 1). Übereinstimmend mit einer relativ geringen Chloridkonzentration in der Galle von Säugertieren zeigte der F. hepatica Transporter eine offensichtlich höhere Affinität für Cl- (EC50 = 14 3 mM) als der menschliche Taurintransporter (EC50 = 55 7 mM). Experimentell konnte gezeigt werden, dass unkonjugierte Gallensäuren rasch zum Tod von Fasciola hepatica führen. Die Zugabe von Taurin ermöglichte hingegen das Überleben der Egel in Gegenwart von Gallensäuren. Guanidinoethansulfonsäure, ein Inhibitor des Taurintransporters, hob diese schützende Wirkung von Taurin wieder auf. Diese Beobachtungen Untersuchungen legen den Schluss nahe, dass der Taurintransporter für das Überleben von Leberegeln in der Galle essentiell ist. Somit stellt der Taurintransporter einen möglichen Angriffstpunkt für neue anthelminthische Wirkstoffe dar.The economic burden imposed by the liver fluke Fasciola hepatica is the result of its infestation of domestic ruminants. The fact that several million people worldwide are infested by this trematode has led the World Health Organization (WHO) to classify human fascioliasis as a disease of vital global public health importance. Because a vaccine against this parasite is not available anthelmintic drugs are the only option, for both animals and people. As an anthelminthic chemotherapeutic, triclabendazole has been the drug of choice in fighting this parasite for more than 25 years. Triclabendazole is active against both adult and juvenile flukes and is well tolerated by the host organisms. However, the increasing prevalence of flukes resistant to triclabendazole has made the identification of alternative drug targets a priority. In this study, I focused on the fact that adult F. hepatica persists in the hostile environment of the bile ducts of infected organisms. In mammals, bile acids are rendered less toxic by conjugation to taurine (2-aminoethanesulfonic acid). This reaction is thus also contingent on cellular uptake of taurine. In my thesis, I cloned the Fasciola hepatica taurine transporter, a member of the solute carrier-6 (SLC6) family. A comparative analysis of the sequence indicated its close relation to unknown SLC6 transporters from related nematodes (i.e., Clonorchis sinensis and Schistosoma spp.) analysis When heterologously expressed in HEK293 cells, this F. hepatica transporter supported the high-affinity cellular uptake of taurine (KM=12.0 0.5 M) but not of GABA. Substrate uptake was dependent on Na+ and Cl- (calculated stoichiometry 2:1). Consistent with the low chloride concentration in mammalian bile, the F. hepatica transporter had a higher apparent affinity for Cl- (EC50 =143 mM) than the human taurine transporter (EC50=557 mM). I incubated flukes with unconjugated bile acids in the presence and absence of taurine and found that taurine promoted the survival of flukes, while the taurine transporter inhibitor guanidinoethansulfonic acid abolished this protective effect of taurine. These observations support the conclusion that the taurine transporter is critical for the survival of liver flukes in the bile. Thus, the taurine transporter represents a viable drug target candidate.submitted by Bulut HamaliAbweichender Titel laut Übersetzung der Verfasserin/des VerfassersMedizinische Universität Wien, Diss., 2018OeBB(VLID)251646
Identifizierung und Charakterisierung des neuen Fasciola Hepatica Natriumchlorid-abhängigen Taurin Transporters
No full textDie wirtschaftliche Belastung durch den Leberegel Fasciola hepatica resultiert aus dem Befall von Wiederkäuern, die als Nutztiere gehalten werden. Die Tatsache, dass mehrere Millionen Menschen weltweit von diesem Trematoden befallen sind, hat die Weltgesundheitsorganisation (WHO) dazu veranlasst, die menschliche Fascioliasis als eine Krankheit von globaler Bedeutung für die öffentliche Gesundheit zu klassifizieren. Da keine effektive Impfung gegen diesen Parasiten existiert, beruht die Behandlung von Tieren und Menschen nur auf Anthelminthika. Von diesen ist Triclabendazol seit mehr als 25 Jahren das Mittel der Wahl zur Bekämpfung dieses Parasiten. Triclabendazol wirkt sowohl gegen adulte als auch juvenile Egel und ist gut verträglich. Das zunehmende Auftreten von Triclabendazol- resistenten Egeln macht die Suche nach alternativen Ansatzpunkten erforderlich. Adulte Egel persistieren in den Gallengängen des Wirtsorganismus, wo sie dem aggressiven Milieu der Galle ausgesetzt sind. Gallensäuren werden im Normalfall mit Taurin (2- Aminoethansulfonsäure) konjugiert, wodurch sie weniger toxisch werden. In der vorliegenden Arbeit wurde Transporter aus der solute carrier-6 (SLC6) -Familie kloniert, der homolog zum menschlichen Turintransporter ist. Die phlygenetische Analyse zeigte, dass dieser Transporter am nächsten mit dem GABA-Transporter-2 von Invertebraten und unklassfizierten Transportern anderer Nematoden verwandt ist. Nach heterologer Expression in HEK 293 Zellen, vermittelte dieser F. hepatica-Transporter eine hochaffine zelluläre Aufnahme von Taurin (KM = 12,0 ± 0,5 μM), nicht jedoch von GABA. Die Substrataufnahme war abhängig von Na+ - und Cl- (berechnete Stöchiometrie 2: 1). Übereinstimmend mit einer relativ geringen Chloridkonzentration in der Galle von Säugertieren zeigte der F. hepatica Transporter eine offensichtlich höhere Affinität für Cl- (EC50 = 14 ± 3 mM) als der menschliche Taurintransporter (EC50 = 55 ± 7 mM). Experimentell konnte gezeigt werden, dass unkonjugierte Gallensäuren rasch zum Tod von Fasciola hepatica führen. Die Zugabe von Taurin ermöglichte hingegen das Überleben der Egel in Gegenwart von Gallensäuren. Guanidinoethansulfonsäure, ein Inhibitor des Taurintransporters, hob diese schützende Wirkung von Taurin wieder auf. Diese Beobachtungen Untersuchungen legen den Schluss nahe, dass der Taurintransporter für das Überleben von Leberegeln in der Galle essentiell ist. Somit stellt der Taurintransporter einen möglichen Angriffstpunkt für neue anthelminthische Wirkstoffe dar.The economic burden imposed by the liver fluke Fasciola hepatica is the result of its infestation of domestic ruminants. The fact that several million people worldwide are infested by this trematode has led the World Health Organization (WHO) to classify human fascioliasis as a disease of vital global public health importance. Because a vaccine against this parasite is not available anthelmintic drugs are the only option, for both animals and people. As an anthelminthic chemotherapeutic, triclabendazole has been the drug of choice in fighting this parasite for more than 25 years. Triclabendazole is active against both adult and juvenile flukes and is well tolerated by the host organisms. However, the increasing prevalence of flukes resistant to triclabendazole has made the identification of alternative drug targets a priority. In this study, I focused on the fact that adult F. hepatica persists in the hostile environment of the bile ducts of infected organisms. In mammals, bile acids are rendered less toxic by conjugation to taurine (2-aminoethanesulfonic acid). This reaction is thus also contingent on cellular uptake of taurine. In my thesis, I cloned the Fasciola hepatica taurine transporter, a member of the solute carrier-6 (SLC6) family. A comparative analysis of the sequence indicated its close relation to unknown SLC6 transporters from related nematodes (i.e., Clonorchis sinensis and Schistosoma spp.) analysis When heterologously expressed in HEK293 cells, this F. hepatica transporter supported the high-affinity cellular uptake of taurine (KM=12.0 ± 0.5 μM) but not of GABA. Substrate uptake was dependent on Na+ and Cl- (calculated stoichiometry 2:1). Consistent with the low chloride concentration in mammalian bile, the F. hepatica transporter had a higher apparent affinity for Cl- (EC50 =14±3 mM) than the human taurine transporter (EC50=55±7 mM). I incubated flukes with unconjugated bile acids in the presence and absence of taurine and found that taurine promoted the survival of flukes, while the taurine transporter inhibitor guanidinoethansulfonic acid abolished this protective effect of taurine. These observations support the conclusion that the taurine transporter is critical for the survival of liver flukes in the bile. Thus, the taurine transporter represents a viable drug target candidate.submitted by Bulut HamaliAbweichender Titel laut Übersetzung der Verfasserin/des VerfassersMedizinische Universität Wien, Diss., 201
Ubiquitin- and Proteasome-dependent protein turnover in Arabidopsis thaliana
No full textStickstoffmonoxid (NO) ist ein kleines Molekül, welches in allen höheren Organismen die eine Rolle als Signalmolekül spielt. Es ist bereits bekannt, dass NO in Pflanzen nicht nur die Antwort auf Umweltstress, sondern auch Entwicklungsprozesse reguliert. Einige Mechanismen, wie die S-Nitrosylierung von regulatorischen Proteinen in Pflanzen, wurden bereits beschrieben, viele molekulare Mechanismen sind aber immer noch rätselhaft. Hier wurde gezeigt, dass NO Proteine mit N-terminalem Cystein in den Ubiquitin-abhängigen Proteinabbaubbau einschleust und dass dieser Prozess O2 erfordert. Diese Experimente deuten darauf hin, dass der durch NO eingeleitete Abbau von Proteinen eine Rolle bei der NO-vermittelten Signaltransduktion spielt.
Die Expression einer Ubiquitin-Variante mit Arg anstelle von Lys in Position 48 (ubK48R) führt in der Arabidopsis Linie RV86-5 zum Zelltod. Um diesen Zelltodprozess zu verstehen, muss ubK48R Expression in RV86-5 frei von Effekten sein, die auf das Expressionssystem zurückzuführen sind. Da vom verwendeten Aktivierungssystem unerwünschte Effekte berichtet worden waren, wurde versucht, herauszufinden, ob solche Effekte die Zelltodprozesse in RV96-5 Pflanzen beeinflussen. Die Ergebnisse lieferten Informationen über die funktionelle Relevanz des Systems.
Ein weiterer Teil der Diplomarbeit knüpfte an das Thema Zelltod an mit der Untersuchung von Suppressormutanten, welche die Expression von ubK48R überleben. 5 Mutantenlinien waren zuvor durch EMS-Mutagenese erzeugt worden, sud2 (SUPPRESSOR OF UBIQUITIN UBK48R-INDUCED CELL DEATH 2) war die interessanteste dieser Mutanten. Die Mutation war auf Chromosom 3 kartiert worden, aber weitere Experimente waren notwendig, um nach der partiellen Genomsequenzierung Mutationen in der relevanten Region des Genoms zu bestätigen. Basierend auf einer neuen Validierungsmethode (Sedlazeck et al. 2013) wurden Kandidatenmutationen mit der Sanger-Sequenzierungsmethode bestätigt. Diese Bemühungen führten zu potentiellen Kandidaten für das SUD2 Gen.Nitric Oxide (NO) is a small molecule present in all higher organisms that plays a role as a significant signaling compound. It is already known that plants use NO as a regulatory compound not only in response to the stress coming from the environment, but also in developmental processes. Although some mechanisms in plants have been reported, such as S-nitrosylation of regulatory proteins, many molecular mechanisms are still an enigma. Here we show that NO targets protein substrates with N-terminal Cysteine for ubiquitin-dependent degradation and that this process requires O2. These experiments suggest that NO-mediated protein turnover plays a role in plant NO sensing and signaling.
Expression of a ubiquitin variant with Arg instead of Lys at position 48 (ubK48R) in the Arabidopsis plant line RV86-5 leads to cell death. In order to understand the downstream effects of this process in a precise manner, ubK48R expression in line RV86-5 has to be devoid of any side effects due to the expression system. Since the GVG activation system, which is present in line RV86-5, has already been reported as having side effects, we tried to find out whether it has any effect on cell death in RV86-5. These results provided reliable information about the functional relevance of the system.
Another part of the Thesis is related to the previous topic; analyzing a suppressor mutant that survives the lethal effects of ubK48R. 5 mutant lines had previously been generated by EMS mutagenesis and sud2 (SUPPRESSOR OF UBIQUITIN UBK48R-INDUCED CELL DEATH 2) was the most promising among them. The position of SUD2 had been mapped to chromosome 3, but there were still experiments necessary for validation after next generation sequencing of the relevant region. Based on scoring developed by Sedlazeck et al. (2013), we tried to validate candidate mutations using Sanger sequencing methods for confirmation. These efforts provided us with potential candidate(s) for the SUD2 gene
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
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