742 research outputs found
cDNA cloning and bacterial expression of an endo-β-1,4-mannanase, AkMan, from Aplysia kurodai
No full textPreviously we isolated an endo-β-1,4-mannanase (EC 3.2.1.78), AkMan, from the digestive fluid of a common sea hare Aplysia kurodai and demonstrated that this enzyme had a broad pH optimum spanning 4.0 to 7.5 and an appreciably high heat stability in this pH range (Zahura et al., Comp. Biochem. Physiol., B157, 137-148 (2010)). In the present study, we cloned the cDNA encoding AkMan and constructed a bacterial expression system for this enzyme to enrich information about the primary structure and the characteristic properties of this enzyme. cDNA fragments encoding AkMan were amplified by PCR followed by 5'- and 3'-RACE PCRs from the A. kurodai hepatopancreas cDNA using degenerated primers designed on the basis of partial amino-acid sequences of AkMan. The cDNA including entire translational region of AkMan consisted of 1,392 bp and encoded 369 amino-acid residues. The N-terminal region of 17 residues of the deduced sequence except for the initiation Met was regarded as the signal peptide of AkMan and the mature enzyme region was considered to comprise 351 residues with a calculated molecular mass of 39961.96 Da. Comparison of the primary structure of AkMan with other β-1,4-mannanases indicated that AkMan belongs to the subfamily 10 of glycosyl-hydrolase-family-5 (GHF5). Phylogenetic analysis for the GHF5 β-1,4-mannanases indicated that AkMan together with other molluscan β-1,4-mannanases formed an independent clade of the subfamily 10 in the phylogenetic tree. The recombinant AkMan (recAkMan) was expressed with an Escherichia coli BL21(DE3)-pCold1 expression system as an N-terminal hexahistidine-tagged protein and purified by Ni-NTA affinity chromatography. The recAkMan showed the broad pH optimum in acidic pH range as did native AkMan; however, heat stability of recAkMan was considerably lower than that of native enzyme. This may indicate that the stability of AkMan is derived from an appropriate folding and/or some posttranslational modifications in Aplysia cells
An endo-β-1,4-mannanase, AkMan, from the common sea hare Aplysia kurodai
No full textA mannan-degrading enzyme was isolated from the digestive fluid of the common sea hare Aplysia kurodai by ammonium sulfate fractionation followed by conventional column chromatography. The purified enzyme, named AkMan in the present paper, showed a single band with an approximate molecular mass of 40,000 Da on SDS-PAGE and preferably degraded a linear β-1,4-mannan from green algae Codium fragile producing triand disaccharides. The optimal temperature of AkMan was 55 °C at pH 7.0 and temperature that caused 50% inactivation of AkMan during a 20-min incubation was 52 °C. AkMan retained high activity at pH 4.0–7.5 and was not inactivated in such acidic pH range by the incubation at 40 °C for 20 min. AkMan could degrade glucomannan from konjak root and galactomannan (tara gum and guar gum) as well as the linear β-1,4- mannan, while not carboxymethyl cellulose, agarose, dextran and xylan. These results indicate that AkMan is a typical endo-β-1,4-mannanase (EC 3.2.1.78) splitting internal β-1,4-mannosyl linkages of mannan. The Nterminal and internal amino-acid sequences of AkMan shared ∼55% amino-acid identity to the corresponding sequences of an abalone β-1,4-mannanase, HdMan, which belongs to glycosyl hydrolase family 5 (GHF5). Thus, AkMan was also regarded as a member of GHF5 β-1,4-mannanases
On the correct determination of rotational angles for twisted-profiled sweep objects
No full textIn the context of the paper of V. Akman and A. Arslan, "Sweeping with All Graphical Ingredients in a Topological Picturebook" [Computers & Graphics, Vol. 16(3), pp. 273-281, 1992], a new construction of the rotational matrix is presented. This fixes a bug discovered by the first author
DONDURULARAK SAKLANMIŞ ÜREME HÜCRESİNİN VEYA EMBRİYONUN EŞİN ÖLÜMÜNDEN SONRA ANA RAHMİNE TRANSFERİ (POSTMORTAL DÖLLENME) SONUCUNDA DOĞAN ÇOCUĞUN MİRASÇILIĞI
No full textİsviçre Medeni Kanunu m. 542/f.1, Türk Medeni Kanunu m. 580/f.1 ve Alman Medeni Kanunu § 1923/f.1 hükümleri uyarınca mirasçı olabilmek için mirasbırakanın ölümünde sağ olmak gerekmektedir. Ancak bu hukuk düzenlerinde mirasbırakanın ölümünde ona mirasçı olmak için sağ olunması koşuluna bir istisna tanınmış ve miras açıldığında (mirasbırakanın ölüm anında) ceninin bulunması halinde sağdoğan cenin, mirasçı olarak kabul edilmiştir. Hatta cenin doğana kadar mirasın paylaşımının ertelenmesi imkânı getirilmiştir. Teknolojide ve tıpta meydana gelen gelişmeler aile yapısını da etkilemektedir. Günümüzde yapay döllenmenin tanıdığıimkânlar başta olmak üzere çeşitli sebeplerle hukukun birçok alanını etkileyen yeni sorunların ortaya çıkması muhtemeldir. 1970’li yıllarda bir erkeğin spermlerinin dondurulması ve öldükten sonra kullanılması hususu akla bile gelmezken, tıp alanında meydana gelen gelişmeler karşısında bu durum artık mümkün hale gelmiştir. Kocanın ölümü halinde dondurulmuş embriyonun ana rahmine transferi veya dondurulmuşspermlerinin kullanılmasına bazı hukuk düzenlerinde izin verilmektedir. Dolayısıyla kocanın ölümünden sonra, dondurulmuş embriyonun yahut kocanın sperminin yapay döllenmesi neticesinde sağ ve tam doğan çocuğun miras hukuku bakımından durumu çözülmesi gereken bir mesele olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu çalışmada kocanın ölümünden sonra ana rahmine transfer edilmiş olan embriyonun mirasçılığıkarşılaştırmalı hukuk açısından ele alınacaktır
Modelling and Analysis of Feedback Control Mechanisms Underlying Osmoregulation in Yeast
No full textMustafa Akman. İbn-i Arabî: Kelami Tartışmalar, Sorular, Şüpheler (İstanbul: Ekin Yayınları, 2017)
No full textThe book, İbn-i Arabî: Kelami Tartışmalar, Sorular, Şüpheler, consists of six sections: “Ibn al-ʿArabī”, “philosophy of waḥdat al-wujūd”, “approach to Jesus Christ and Pharaoh”, “approach to women, religion and the hell”, “[Ibn al-ʿArabī’s] resources of thinking and relation with philosophy”, and “Ibn al-ʿArabī and critiques against him in the history.” According to Akman, it is a requirement to make readings on philosophy, mysticism, and theology to understand the thinking of Sufi-philosopher, Ibn al-ʿArabī. The author, according to himself, has read Ibn al-ʿArabī through these fields, but he assesses Ibn al-ʿArabī’s teaching in the context of theology (kalām).Mustafa Akman. İbn-i Arabî: Kelami Tartışmalar, Sorular, Şüpheler (İstanbul: Ekin Yayınları, 2017): Değerlendirmemize konu olan İbn-i Arabî: Kelami Tartışmalar, Sorular, Şüpheler başlıklı kitap altı bölüm-den oluşmaktadır: "İbn-i Arabî", "Vahdet-i Vücûd Felsefesi", "İsâ Aleyhisselam ve Firavun'a Yaklaşım", "Kadın, Din ve Cehenneme Yaklaşım", "Fikir Kaynakları, Şiâ ve Felsefeyle İlişkisi", "Tarih Seyrinde İbn-i Arabî ve Tenkidi". Yazara göre sûfî-filozof olan İbn-i Arabî'yi anlamak için felsefî, tasavvufî ve kelamî oku-malar yapmak gerekmektedir. Kendisinin de İbn-i Arabî'yi bu alanlardan okuduğunu fakat kendi çalışma alanıyla ilişkisi nedeniyle kelamî meseleler bağlamında İbn-i Arabî'yi değerlendirmeye çalıştığını belirtir
- …
