1,721,013 research outputs found
Investigation of the role of BMA l1 following brain injury using proteomic approaches
No full textSirkadiyen ritim, iç ve dış uyaranlara bağlı olarak hemen hemen tüm fizyolojik durumlarımızı kontrol eden önemli bir biyolojik saattir. Bunun yanı sıra, sirkadiyen ritmin özellikle beyin felci gibi nörodejeneratif hastalıkların görülmesinde ve bu hastalıklar sonrasında gelişen patofizyolojik süreçlerde önemli bir rolünün olduğu düşünülmektedir. Beyin felci dünyada ölüm nedenleri bakımından ikinci sırada yer alan ve kısıtlı bir tedavi imkânı bulunan bir hastalıktır. Bu nedenle beyin felci patofizyolojisini etkileyen faktörler ve uygulanabilir tedavi yöntemlerinin araştırılması, günümüzün araştırma konuları arasında yer almaktadır. Bu tez kapsamında; sirkadiyen ritmin düzenlenmesinde önemli bir rolü bulunan BMAL1 proteininin beyin hasarı sonrası hücre içi sinyal yolakları üzerine olan etkisinin proteomik araçlarla araştırılması hedeflenmiştir. Bu amaçla BMAL1 protein seviyesini arttırmak veya azaltmak için dizayn edilen lentiviral vektörler beyin içi enjeksiyon yöntemiyle 8-12 haftalık erkek C57BL/6 farelerine uygulanmıştır. Enjeksiyondan 7 gün sonra farelere 30 dakikalık orta serebral arter tıkanmasını takiben 72 saat reperfüzyon uygulanmıştır. Striatum seviyesinden alınan koronal beyin kesitlerden nöronal sağkalım ve DNA fragmantasyonu değerlendirilmiştir. Ayrıca, striatumdan alınan doku örneklerinden sıvı kromatografisi- kütle spektrometresi aracılı proteomik analizler gerçekleştirilmiştir. Elde edilen bulgulara göre, BMAL1 protein seviyesinin artmasıyla nöronal sağkalımın değişmediği fakat apoptotik hücre ölümünün baskılandığı; BMAL1 protein seviyesinin baskılanmasıyla nöronal sağkalımın azaldığı ve apoptotik hücre sayısının arttığı gösterilmiştir. Ek olarak, BMAL1 proteinin direkt veya dolaylı olarak etkileşimde bulunan 178 protein belirlenmiştir. Ayrıca BMAL1 protein seviyesinin artmasıyla 19, baskılanmasıyla 32 proteinin istatistiksel olarak anlamlı değiştiği gösterilmiştir. Elde edilen bulguların sirkadiyen ritim ve beyin felci patofizyolojisi arasındaki ilişkinin ve sinyal yolaklarının aydınlatılmasına katkı sağlaması beklenmektedir.Circadian rhythm is an essential biological clock that regulates almost all of our physiological conditions depending on internal and external stimuli. Also, it may play a critical role in both the triggering of neurodegenerative diseases and the pathophysiological processes that develop after these diseases. Stroke is the second leading cause of death worldwide and has limited treatment options. For this reason, studies on the treatment of cerebral ischemia gain importance. Within this thesis's scope, it aims to investigate the effect of BMAL1 protein, which has a significant role in the regulation of circadian rhythm, on intracellular signaling pathways after brain injury with a proteomic approach. For that purpose, lentiviral vectors were designed and injected intrastriatally to 8-12 weeks male C57BL/6 mice to increase or suppress the expression of Bmal1. Seven days after injection, mice were submitted to 30 min of middle cerebral artery occlusion, followed by 72 hours reperfusion. Neuronal survival and DNA fragmentation were evaluated from coronal brain sections taken from the striatum level. In addition, liquid chromatography-mass spectrometry based proteomic analyzes were performed. According to the results, neuronal survival did not change with the increase of BMAL1 protein level, but apoptotic cell death was decreased. Additionally, the inhibition of Bmal1 expression induces apoptotic cell death and reduces neuronal survival. Moreover, 178 proteins were identified, which directly or indirectly interact with BMAL1. Nineteen proteins were significantly altered by Bmal1 overexpression, and 32 proteins were significantly changed by BMAL1 inhibition. It is expected that the data obtained from this thesis will contribute to elucidating the relationship between circadian rhythm signaling and the pathophysiology of cerebral ischemia
Role of circadian rhythm on focal cerebral ischemia
No full textYüksek Lisans TeziSirkadiyen ritim, günlük fizyolojik fonksiyonları ayarlamakla kalmayıp aynı zamanda patofizyolojik süreçleri de etkileyen biyolojik bir saattir. Daha önceki çalışmalara bağlı olarak serebral iskemi ve sirkadiyen ritim arasında kuvvetli bir ilişki olduğu düşünülmektedir. Günümüze kadar sirkadiyen ritim ile ilgili yapılan çalışmaların büyük bir çoğunluğu klinik gözlemlere dayandığından çalışmalar kısıtlı bir alanda kalmıştır. Bununla birlikte, iskemi sonrası patofizyolojik olaylara karşı sirkadiyen ritmin göstereceği hücresel ve moleküler mekanizmalar büyük ölçüde bilinmemektedir. Bu amaçla 8-12 haftalık erkek Balb/ C farelerine 6 saatlik aralıklarla (ZT0, ZT6, ZT12 ve ZT18) dört farklı zaman noktasında 30 dk orta serebral arter tıkanması takiben 72 saatlik reperfüzyon gerçekleştirildi. Nöronal sağkalım ve apopitotik hücre ölümü immuno-histokimyasal metotlarla incelendi. Biyolojik saat proteinleri; Period-1, Period-2, CLOCK ve Bmal1 protein ifadeleri Western Blot ile değerlendirildi. Ek olarak, PI3K sinyal yolağı Pathscan metoduyla değerlendirildi. Sirkadiyen ritim ile ilişkili proteinler sıvı kromatografi-kütle spektrometresi yöntemleri ile analiz edildi. Yapılan bu çalışmada zamana bağlı olarak değişen sirkadiyen ritim proteinleri beyin felci sonrası gelişen beyin hasarını doğrudan etkilediğinin kanıtlarını sunulmaktadır. Gece yarısı (ZT18; 24:00) beyin felci geçiren farelerde sabah (ZT0, 06:00) beyin felci geçirenlere göre sirkadiyen ritim proteinleri Bmal1, Per1 ve CLOCK proteinlerinin seviyeleri arttığı ve bunlarla beraber nöronal sağkalımın arttığı, apopitotik hücre sayısının ise azaldığı gösterildi. Ayrıca yapılan protein çalışmaları ile bu etkileri sağkalım kinazlarından p-AKT ve p-Erk-1/2 üzerinden yaptığı gösterildi. Bu bilgilere ek olarak yapılan geniş ölçekli proteomik analizi sonucu sabah ZT0'a kıyasla; ZT18 grubunda GNAZ, NEGR1, IMPCT ve PDE1B seviyesi artarken, CSKP, HBB1, HBB2 ve HBA düzeyleri anlamlı ölçüde düştüğü gözlemlendi. Elde edilen sonuçlar, gece beyin felci geçirenlerde nöronal hasarın daha az olduğu ve bunu sağkalım kinazları ve sirkadiyen ritim ile alakalı proteinlerin ifadesinin artmasıyla sağladığı gösterildi.Circadian clocks are endogenous timers not only adjusting daily physiological functions but also affect pathophysiological processes. Depends on previous studies, there have been strong relation between cerebral ischemia and circadian rhythm. In addition, occurance of stroke cases displays a time of day variation. To date, most of the circadian expression studies remained restricted with clinical observations. Nevertheless, the molecular and cellular mechanism linking circadian rhythm to the internal response mechanisms against pathophysiological events after ischemia remained largely unknown. To this end, 8-12 weeks male Balb/c mice were exposed to min of MCAO following 72 h reperfusion at four different Zeitgeber time (ZT) points with 6-h intervals (ZT0, ZT6, ZT12, and ZT18). Disseminate neuronal injury and DNA fregmantation were examined using immunohistochemistry. Core clock proteins; Period-1, Period-2, CLOCK and Bmal1 protein expressions were evaluated by Western Blot. In addion, PI3K signaling pathway analysed via planar surface immune assay and circadian rhythm related proteins were evaluated by liquid chromatography– mass spectrometry tools. Here, we present evidence that activational changes of proteins by circadian rhythm regulations directly influence brain injury following cerebral ischemia. Midnight (ZT18; 24:00) I/R injury in mice resulted in significantly improved neuronal survival, and decreased apoptosis compared with ischemia induced at ZT0 (06:00), which were associated with increased expressions of circadian proteins Bmal1, PerI, and Clock proteins and survival kinases p-AKT and p-Erk-1/2. Furthermore, proteomics revealed significantly reduced CSKP, HBB1, HBB2, and HBA levels, while increased GNAZ, NEGR1, IMPCT, and PDE1B at midnight as compared with ZT0. Results showed that nighttime ischemic injury results in less severe neuronal damage, with increased neuronal survival, increased levels of survival kinases and circadian clock proteins, and also alters the circadian-related proteins
Effects of pde10a and bmal1 on circadian rhythm and brain injury
No full text[Abstract Not Available]Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu (TUBITAK
The neuroprotective role of melatonin and normobaric oxygen therapy after cerebral ischemia
No full textDünya Sağlık Örgütü'nün verilerine göre beyin felci dünyada ölüm sebepleri bakımından 2. sırada yer alan bir hastalıktır. Her üç beyin felci vakasından biri ölüm ile sonuçlanırken beyin felci sonrası hayatta kalanlar ise yaşamlarının geri kalanını ciddi nörolojik eksiklikler ile sürdürmek zorunda kalmaktadır. Klinik açıdan beyin felci sonrası yüksek konsantrasyonda normobarik oksijen (NBO) tedavisinin uygulanması reperfüzyon hasarını, serbest oksijen radikallerinin (ROS) üretimi üzerinden arttırması nedeniyle yıllardır büyük tartışmalara neden olmaktadır. Aynı zamanda penumbra bölgesindeki elektriksel dalgalanmaların da kan damarlarında daralmaya neden olduğu patofizyolojik süreçler düşünüldüğünde NBO tedavisinin tekrar değerlendirilmesi gerekliliğini ortaya koymaktadır. Beyin felci sonrasında özellikle iskemik alanda artan ROS'ların NBO tedavisi ile beraber daha fazla artacağı düşünüldüğünde bu tedavinin serbest radikal yakalayıcı bir molekül olan melatonin ile kombinasyonunun tedavinin etkinliği arttıracağı düşünülmektedir. Bunun için beyin felci sonrası %21, %70 veya %100 NBO tedavilerinin tek başlarına veya melatonin ile kombinasyonun etkisini araştırabilmek için 8-12 haftalık erkek Balb/c farelere 30 veya 90 dakikalık orta serebral arter tıkanması sonrası sırasıyla 72 veya 24 saat reperfüzyon gerçekleştirilmiştir. Reperfüzyonun hemen başlangıcında farelere %21, %70 veya %100 NBO tedavileri uygulanmış ve 4 mg/kg melatonin veya taşıyıcı intraperitonel olarak uygulanmıştır. Bu tez kapsamında orta serebral arter tıkanması metodu kullanarak gerçekleştirilen beyin felci sonrasında uygulanan %100 NBO tedavisi ve bu tedavinin melatonin ile kombinasyonu DNA kırıklarının oluşumunu, hasar alanını, beyin ödemini ve kan beyin bariyeri geçirgenliğini azaltırken, nörolojik iyileşmeyi ve iskemik bölgedeki beyin kan akımını arttırdığı görülmüştür. Elde edilen bulguların özellikle beyin felci gibi nörodejeneratif hastalıkların tedavisine yönelik yeni strateji ve hedef moleküllerin bulunmasına katkı sağlaması beklenmektedir.Stroke is the second leading cause of death worldwide according to World Health Organization data. One third of all stroke cases results in death, while the survivors suffer from serious neurological deficits for the rest of their lives. Use of high concentration normobaric oxygen (NBO) therapy following stroke in the clinic is under substantial debate for many years since it results in increased production of reactive oxygen species (ROS). In addition, considering the pathophysiological processes which result in vasoconstriction due to the electrical fluctuations in the penumbra, it is important to re-evaluate the use of NBO therapy. It is believed that the efficacy of combinatory treatment consisting NBO therapy with free radical scavenger melatonin is going to be enhanced, as the increased ROS following cerebral ischemia are further promoted in the ischemic area by NBO. To this end, to investigate the effects of 21%, 70% or 100% NBO treatment alone or in combination with melatonin after cerebral ischemia, 8-12 weeks-old male Balb/c mice were subjected to 30 or 90 minutes of middle cerebral artery occlusion followed by 72 or 24 hours of reperfusion. Immediately at the onset of reperfusion, 21%, 70% or 100% NBO treatments and 4 mg/kg melatonin or vehicle control were administered intraperitoneally. In this thesis, 100% NBO treatment and combination of this treatment with melatonin, which was applied after cerebral ischemia that was carried out using middle cerebral artery occlusion method was demonstrated to decrease DNA fragmentation, infarct area, brain edema and blood brain barrier permeability, while increasing neurological recovery and cerebral blood flow in the ischemic region. The obtained results are expected to contribute to the identification of new strategies and target molecules intended for treatment of neurodegenerative disorders, especially such as brain ischemia
Investigation of the role of PDE10A inhibition after traumatic brain injury
No full text[Abstract Not Available
Effects of bmal1 on akt signal pathway after oxygen glucose deprivation
No full textWOS: 000453220100004[Abstract Not Available
The role of circadian rhythm in the regulation of cellular protein profiles in the brain
Full text linkBackground/aim: Circadian rhythm plays a significant role in the regulation of almost all kinds of physiological processes. In addition, it may also have a direct or indirect effect on the neurodegenerative processes, including Alzheimer's disease, Parkinson's disease, and ischemic stroke. Therefore, the identification of circadian rhythm-related proteins is crucial to be able to understand the molecular mechanism of the circadian rhythm and to define new therapeutic target for the treatment of degenerative disorders. Materials and methods: To identify the light and dark regulated proteins, 8-12 weeks, male Balb/C mice were used at two different time points (morning (Zeitgeber time-0 (ZT0)) and midnight (ZT18)) under physiological conditions. Therefore, brain tissues were analyzed via liquid chromatography tandem mass spectrometry. Results: A total of 1621 different proteins were identified between ZT0 and ZT18 mice. Among these proteins, 23 proteins were differentially expressed (p < 0.05 and fold change 1.4) in ZT18 mice, 11 upregulated (AKAP10, ALDOC, BLK, NCALD, NFL, PDE10A, PICAL, PSMB6, RL10, SH3L3, and SYNJ1), and 12 downregulated (AT2A2, AT2B1, CPNE5, KAP3, MAON, NPM, PI51C, PPR1B, SAM50, TOM70, TY3H, and VAPA) as compared with ZT0 mice. Conclusion: Taken together, here we identified circadian rhythm-related proteins, and our further analysis revealed that these proteins play significant roles in molecular function, membrane trafficking, biogenesis, cellular process, metabolic process, and neurodegenerative disorders such as Parkinson's disease
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
- …
