194 research outputs found
MD simulations and ML dataset of HLA-EpiCheck epitope predictor tool
No full textThis dataset contains all the data used to implement the B-cell epitope predictor tool called HLA-EpiCheck (see https://doi.org/10.1101/2023.12.18.572133).
CONTENTS:
- pre-patches: Directory containing the computed pre-patches. A pre-patch corresponds to the set of residues within a given distance from a residue. The patches are generated subsequently by keeping only the solvent-accessible residues. Files are organized by locus and by antigen. A file contains the pre-patches associated to a given residue computed for any frame considered in the trajectory.
+ _patches_resid__size_.txt:
Each line in the file corresponds to a pre-patch of a given frame.
Line format : :
Residue numbering is the same as in the PDB files.
- trajectories: Directory contaning the MD data. Files are organized by locus and by antigen.
+ .dcd: 10ns MD trajectory comprising 1000 frames. Water molecules were removed.
+ .psf: Topology file of the .dcd trajectory.
+ .pdb: Starting structure of the MD simulation.
- training_set_size_15.csv: training set used to train HLA-EpiCheck.
- test_set_size_15.csv: test set used to evaluate HLA-EpiCheck.
- table_patch_ID_antigen_residue.csv: Table containing the antigen and central residue associated to each patch.
- model_ERF_radius_15.pkl: ML model of HLA-Epicheck in pickle format. Pickle version 4.0 used.
- descriptors_eplets_non-confirmed.csv: Descriptors of the non-confirmed residue patches.
- preds_non_confirmed_DQ.csv: HLA-EpiCheck predictions on the non-confirmed residue patches of eplets from locus DQ.
- PDB_modeled_structures.txt : List of antigens modeled from a PDB structure with the corresponding PDB entry
Differential Arc protein expression in dorsal and ventral striatum after moderate and intense inhibitory avoidance training
No full textIntense training refers to training mediated by emotionally arousing experiences, such as aversive conditioning motivated by relatively high intensities of foot-shock, which produces a strong memory that is highly resistant to extinction. Intense training protects memory consolidation against the amnestic effects of a wide variety of treatments, administered systemically or directly into brain structures. The mechanisms of this protective effect are unknown. To determine a potential neurobiological correlate of the protective effect of intense training, rats were trained in a one-trial step-through inhibitory avoidance task using different intensities of foot-shock (0.0, 0.5, 1.0, and 2.0 mA). Some rats from each group were sacrificed 45 min after training for immunohistochemical Arc protein detection in dorsal and ventral striatum; other rats were tested for extinction during six consecutive days, starting 48 h after training. The results showed that training with 1.0 and 2.0 mA produced optimal retention scores, which were significantly higher than those of the 0.5 and 0.0 mA groups. Also, a higher resistance to extinction was obtained with 2.0 mA than with the other intensities. A high number of neurons expressed Arc in ventral, but not in dorsal striatum in both the 1.0 and 2.0 mA groups, with a larger area of Arc signal in the latter group. We conclude that an increased Arc expression may be related to enhanced synaptic plasticity in the ventral striatum, suggesting that it may be one of the physiological substrates of enhanced learning.Fil: González Franco, Diego A.. Universidad Nacional Autónoma de México; MéxicoFil: Ramirez Amaya, Victor. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Autónoma de Querétaro; MéxicoFil: Joseph Bravo, Patricia. Universidad Nacional Autónoma de México; MéxicoFil: Prado Alcalá, Roberto A.. Universidad Nacional Autónoma de México; MéxicoFil: Quirarte, Gina L.. Universidad Nacional Autónoma de México; Méxic
Solución de inteligencia de negocios para la generación de indicadores que ayude en el análisis de información en el área de ventas de la Ferretería Solano basada en la metodología Hefesto utilizando Pentaho BI
No full textLa presente tesis tiene por objetivo realizar un modelo de procesos para la implementación
de la norma ISO 27001 en la Concesionaria Terrapuerto Trujillo, al verse comprometida de
forma indirecta con la normativa publicada en el año 2016, donde se indica que se tiene
que resguardar y administrar de forma correcta la información de la empresa bajo la
normativa ISO 27001.
Para ello se aplica las etapas basadas en el framework Spark, las cuales serán tomadas para
la creación de dicho modelo de procesos para la empresa Concesionaria Terrapuerto Trujillo
S.A. demostrando que, las etapas que presenta este framework, la realización del modelo
de procesos para la implementación se dará en un mayor porcentaje de noventa por ciento
de los requerimientos, políticas y controles que exige la norma técnica peruana para que se
cumpla en la empresa con respecto al Sistema de Gestión de Seguridad de la información.The present thesis aims to create a process model for the implementation of the ISO 27001
standard in the Terrapuerto Trujillo Concessionary, being indirectly compromised with the
regulations published in 2016, which indicate that it has to be safeguarded and administered In
a correct way the information of the company under the norm ISO 27001.
For this purpose, the stages based on the Spark framework are applied, which will be taken for
the creation of this process model for the company Terraces Trujillo S.A. Demonstrating that
the stages of this methodology, the implementation of the model of processes for
implementation will be given in a greater percentage of ninety percent of the requirements,
policies and controls required by the Peruvian technical standard to be met in the company with
With respect to the Information Security Management System.Tesi
Approche science des données pour l'exploration de l'antigénicité HLA fondée sur les structures 3D et la dynamique moléculaire
No full textCette thèse présente une approche de science des données pour explorer l'antigénicité des molécules du complexe majeur d'histocompatibilité (HLA) en se basant sur leurs structures 3D et des simulations de dynamique moléculaire (MD). L'objectif principal est de mieux comprendre les déterminants du rejet de greffe causé par les anticorps spécifiques du donneur (DSA en anglais) et d'améliorer l'évaluation de la compatibilité donneur-receveur, qui ne prend actuellement pas en compte la structure 3D des antigènes HLA. La thèse a produit et analysé les structures 3D et les simulations MD de 207 antigènes HLA. Diverses méthodes de science des données ont été employées pour transformer les données 3D brutes en descripteurs statiques et dynamiques, permettant finalement l'entraînement d'un prédicteur d'épitopes HLA hautement performant. La thèse explore les propriétés structurales des antigènes HLA en utilisant selon divers points de vue, examinant des caractéristiques telles que l'accessibilité au solvant, les propriétés physico-chimiques et la flexibilité des chaînes latérales des acides aminés (AA). L'étude de la flexibilité des AA pendant les simulations MD a révélé que la flexibilité était plus faible pour les AA présents dans les éplets confirmés par rapport aux non-éplets, ce qui est cohérent avec des résultats récents sur les épitopes en général. De plus, la thèse introduit l'utilisation des polynômes de Zernike pour représenter la surface 3D des molécules, facilitant des tâches telles que la comparaison et la classification des structures. L'hypothèse selon laquelle l'antigénicité des HLA dépend de la similarité structurelle entre les antigènes HLA du receveur et du donneur a été étudiée en utilisant la distance de Wasserstein pour comparer des nuages de points multidimensionnels représentant les trajectoires MD. L'utilisation des polynômes de Zernike pour l'identification des conformères de peptides le long de trajectoires MD a également été explorée. Les résultats ont montré une capacité prometteuse à identifier des conformères distinctifs en fonction de leur forme. Une contribution clé de la thèse est la construction d'un prédicteur d'épitopes HLA appelé HLA-EpiCheck. En utilisant des caractéristiques structurales statiques et dynamiques extraites des simulations MD, un jeu de données composé de 18 descripteurs calculés sur près de 7000 patchs de surface 3D dérivés de 207 antigènes HLA a été construit. Le prédicteur a été entraîné en utilisant des éplets confirmés de la base de données HLA Eplet Registry, puis employé pour prédire le statut des éplets non confirmés. Les résultats de prédiction ont montré une cohérence remarquable avec des résultats expérimentaux. De plus, une analyse de l'importance des descripteurs, effectuée sur HLA-EpiCheck, a révélé l’importance notable des descripteurs associés à la flexibilité des chaînes latérales, soulignant l’intérêt d’introduire des descripteurs dynamiques dans le processus d’apprentissage quand il s’agit de structures de protéines. En outre, la thèse a impliqué le développement d'une base de données pour les structures 3D des antigènes HLA et d'une interface graphique appelée HLA-3D-Diff. Cette interface permet aux utilisateurs de superposer des structures 3D d'antigènes HLA, de visualiser leurs trajectoires dans les simulations de DM et d'identifier les différences potentielles apparaissant de manière dynamique pendant les trajectoires. Elle sert d'outil pour explorer manuellement les paires d'antigènes HLA dans des situations cliniques d'immunisation complexes ou inattendues. Le travail inclus dans cette thèse vise à permettre la prise en compte de caractéristiques dynamiques dans l’étude des différences structurales et des prédictions d'épitopes HLA lors de l'appariement donneur-receveur pour l'attribution des greffons.Les travaux futurs pourraient impliquer des études cliniques rétrospectives de la contribution de ces nouveaux éléments au maintien ou au rejet de la greffeThis thesis presents a data science approach to explore the antigenicity of Human Leukocyte Antigen (HLA) molecules based on their three-dimensional (3D) structures and molecular dynamics (MD) simulations. The primary objective is to better understand the determinants of graft rejection caused by donor-specific antibodies (DSAs) and to improve donor-recipient compatibility assessment, which currently does not consider the 3D structure of HLA antigens. The thesis produced and analyzed the 3D structures and MD simulations of 207 HLA antigens. Various data science methods were employed to transform raw 3D data into manageable static and dynamic descriptors, ultimately enabling the training of a highly performant HLA epitope predictor on nearly 7,000 3D surface patches. The thesis explores the structural properties of HLA antigens from various points of vies, examining characteristics such as solvent accessibility, physico-chemical properties, and side-chain flexibility of amino acids. The study of amino acid flexibility during MD simulations revealed that flexibility was lower for amino acids present in confirmed eplets compared to non-eplets, consistent with recent reports about epitopes. Additionally, the thesis introduces the use of Zernike polynomials to represent the 3D surface of molecules, facilitating tasks such as structure comparison and classification. The hypothesis that HLA antigenicity depends on the structural similarity between the recipient's and donor's HLA antigens was investigated using the Wasserstein distance to compare multidimensional point clouds (i.e. 3D surface patches) representing MD simulation trajectories. The use of Zernike polynomials for the identification of peptide conformers along MD trajectories was also explored. The results showed a promising ability to identify distinctive conformers based on shape. A key contribution of the thesis is the construction of an epitope predictor for HLA antigens called HLA-EpiCheck. Using static and dynamic structural features extracted from MD simulations, a dataset consisting of 18 descriptors calculated on nearly 7,000 3D surface patches derived from 207 HLA antigens was built. The predictor was trained using confirmed eplets from the HLA Eplet Registry database and then employed to predict the status of non-confirmed eplets. The prediction results showed remarkable consistency with experimental results produced at the Immunology-Histocompatibility laboratory of Saint Louis Hospital. Furthermore, feature importance analysis performed on HLA-EpiCheck revealed a noteworthy importance of the descriptors associated with side-chain flexibility, underlining the importance of introducing dynamic descriptors in ML tasks related to protein structure. Furthermore, the thesis involved the development of a database for 3D structures of HLA antigens and a graphical interface called HLA-3D-Diff. This interface allows users to superimpose 3D structures of HLA antigens, visualize their trajectories in MD simulations, and identify or confirm potential differences appearing dynamically during trajectories. It serves as a tool for manually exploring pairs of HLA antigens in complex or unexpected clinical immunization situations. The work presented in this thesis aims to include dynamic features in the study of structural differences and HLA epitope predictions for a better donor-recipient matching in graft allocation. Future work could involve retrospective clinical studies to evaluate the contribution of these new elements to graft maintenance or rejection
Approche science des données pour l'exploration de l'antigénicité HLA fondée sur les structures 3D et la dynamique moléculaire
No full textThis thesis presents a data science approach to explore the antigenicity of Human Leukocyte Antigen (HLA) molecules based on their three-dimensional (3D) structures and molecular dynamics (MD) simulations. The primary objective is to better understand the determinants of graft rejection caused by donor-specific antibodies (DSAs) and to improve donor-recipient compatibility assessment, which currently does not consider the 3D structure of HLA antigens. The thesis produced and analyzed the 3D structures and MD simulations of 207 HLA antigens. Various data science methods were employed to transform raw 3D data into manageable static and dynamic descriptors, ultimately enabling the training of a highly performant HLA epitope predictor on nearly 7,000 3D surface patches. The thesis explores the structural properties of HLA antigens from various points of vies, examining characteristics such as solvent accessibility, physico-chemical properties, and side-chain flexibility of amino acids. The study of amino acid flexibility during MD simulations revealed that flexibility was lower for amino acids present in confirmed eplets compared to non-eplets, consistent with recent reports about epitopes. Additionally, the thesis introduces the use of Zernike polynomials to represent the 3D surface of molecules, facilitating tasks such as structure comparison and classification. The hypothesis that HLA antigenicity depends on the structural similarity between the recipient's and donor's HLA antigens was investigated using the Wasserstein distance to compare multidimensional point clouds (i.e. 3D surface patches) representing MD simulation trajectories. The use of Zernike polynomials for the identification of peptide conformers along MD trajectories was also explored. The results showed a promising ability to identify distinctive conformers based on shape. A key contribution of the thesis is the construction of an epitope predictor for HLA antigens called HLA-EpiCheck. Using static and dynamic structural features extracted from MD simulations, a dataset consisting of 18 descriptors calculated on nearly 7,000 3D surface patches derived from 207 HLA antigens was built. The predictor was trained using confirmed eplets from the HLA Eplet Registry database and then employed to predict the status of non-confirmed eplets. The prediction results showed remarkable consistency with experimental results produced at the Immunology-Histocompatibility laboratory of Saint Louis Hospital. Furthermore, feature importance analysis performed on HLA-EpiCheck revealed a noteworthy importance of the descriptors associated with side-chain flexibility, underlining the importance of introducing dynamic descriptors in ML tasks related to protein structure. Furthermore, the thesis involved the development of a database for 3D structures of HLA antigens and a graphical interface called HLA-3D-Diff. This interface allows users to superimpose 3D structures of HLA antigens, visualize their trajectories in MD simulations, and identify or confirm potential differences appearing dynamically during trajectories. It serves as a tool for manually exploring pairs of HLA antigens in complex or unexpected clinical immunization situations. The work presented in this thesis aims to include dynamic features in the study of structural differences and HLA epitope predictions for a better donor-recipient matching in graft allocation. Future work could involve retrospective clinical studies to evaluate the contribution of these new elements to graft maintenance or rejection.Cette thèse présente une approche de science des données pour explorer l'antigénicité des molécules du complexe majeur d'histocompatibilité (HLA) en se basant sur leurs structures 3D et des simulations de dynamique moléculaire (MD). L'objectif principal est de mieux comprendre les déterminants du rejet de greffe causé par les anticorps spécifiques du donneur (DSA en anglais) et d'améliorer l'évaluation de la compatibilité donneur-receveur, qui ne prend actuellement pas en compte la structure 3D des antigènes HLA. La thèse a produit et analysé les structures 3D et les simulations MD de 207 antigènes HLA. Diverses méthodes de science des données ont été employées pour transformer les données 3D brutes en descripteurs statiques et dynamiques, permettant finalement l'entraînement d'un prédicteur d'épitopes HLA hautement performant. La thèse explore les propriétés structurales des antigènes HLA en utilisant selon divers points de vue, examinant des caractéristiques telles que l'accessibilité au solvant, les propriétés physico-chimiques et la flexibilité des chaînes latérales des acides aminés (AA). L'étude de la flexibilité des AA pendant les simulations MD a révélé que la flexibilité était plus faible pour les AA présents dans les éplets confirmés par rapport aux non-éplets, ce qui est cohérent avec des résultats récents sur les épitopes en général. De plus, la thèse introduit l'utilisation des polynômes de Zernike pour représenter la surface 3D des molécules, facilitant des tâches telles que la comparaison et la classification des structures. L'hypothèse selon laquelle l'antigénicité des HLA dépend de la similarité structurelle entre les antigènes HLA du receveur et du donneur a été étudiée en utilisant la distance de Wasserstein pour comparer des nuages de points multidimensionnels représentant les trajectoires MD. L'utilisation des polynômes de Zernike pour l'identification des conformères de peptides le long de trajectoires MD a également été explorée. Les résultats ont montré une capacité prometteuse à identifier des conformères distinctifs en fonction de leur forme. Une contribution clé de la thèse est la construction d'un prédicteur d'épitopes HLA appelé HLA-EpiCheck. En utilisant des caractéristiques structurales statiques et dynamiques extraites des simulations MD, un jeu de données composé de 18 descripteurs calculés sur près de 7000 patchs de surface 3D dérivés de 207 antigènes HLA a été construit. Le prédicteur a été entraîné en utilisant des éplets confirmés de la base de données HLA Eplet Registry, puis employé pour prédire le statut des éplets non confirmés. Les résultats de prédiction ont montré une cohérence remarquable avec des résultats expérimentaux. De plus, une analyse de l'importance des descripteurs, effectuée sur HLA-EpiCheck, a révélé l’importance notable des descripteurs associés à la flexibilité des chaînes latérales, soulignant l’intérêt d’introduire des descripteurs dynamiques dans le processus d’apprentissage quand il s’agit de structures de protéines. En outre, la thèse a impliqué le développement d'une base de données pour les structures 3D des antigènes HLA et d'une interface graphique appelée HLA-3D-Diff. Cette interface permet aux utilisateurs de superposer des structures 3D d'antigènes HLA, de visualiser leurs trajectoires dans les simulations de DM et d'identifier les différences potentielles apparaissant de manière dynamique pendant les trajectoires. Elle sert d'outil pour explorer manuellement les paires d'antigènes HLA dans des situations cliniques d'immunisation complexes ou inattendues. Le travail inclus dans cette thèse vise à permettre la prise en compte de caractéristiques dynamiques dans l’étude des différences structurales et des prédictions d'épitopes HLA lors de l'appariement donneur-receveur pour l'attribution des greffons. Les travaux futurs pourraient impliquer des études cliniques rétrospectives de la contribution de ces nouveaux éléments au maintien ou au rejet de la greff
Approche science des données pour l'exploration de l'antigénicité HLA fondée sur les structures 3D et la dynamique moléculaire
No full textThis thesis presents a data science approach to explore the antigenicity of Human Leukocyte Antigen (HLA) molecules based on their three-dimensional (3D) structures and molecular dynamics (MD) simulations. The primary objective is to better understand the determinants of graft rejection caused by donor-specific antibodies (DSAs) and to improve donor-recipient compatibility assessment, which currently does not consider the 3D structure of HLA antigens. The thesis produced and analyzed the 3D structures and MD simulations of 207 HLA antigens. Various data science methods were employed to transform raw 3D data into manageable static and dynamic descriptors, ultimately enabling the training of a highly performant HLA epitope predictor on nearly 7,000 3D surface patches. The thesis explores the structural properties of HLA antigens from various points of vies, examining characteristics such as solvent accessibility, physico-chemical properties, and side-chain flexibility of amino acids. The study of amino acid flexibility during MD simulations revealed that flexibility was lower for amino acids present in confirmed eplets compared to non-eplets, consistent with recent reports about epitopes. Additionally, the thesis introduces the use of Zernike polynomials to represent the 3D surface of molecules, facilitating tasks such as structure comparison and classification. The hypothesis that HLA antigenicity depends on the structural similarity between the recipient's and donor's HLA antigens was investigated using the Wasserstein distance to compare multidimensional point clouds (i.e. 3D surface patches) representing MD simulation trajectories. The use of Zernike polynomials for the identification of peptide conformers along MD trajectories was also explored. The results showed a promising ability to identify distinctive conformers based on shape. A key contribution of the thesis is the construction of an epitope predictor for HLA antigens called HLA-EpiCheck. Using static and dynamic structural features extracted from MD simulations, a dataset consisting of 18 descriptors calculated on nearly 7,000 3D surface patches derived from 207 HLA antigens was built. The predictor was trained using confirmed eplets from the HLA Eplet Registry database and then employed to predict the status of non-confirmed eplets. The prediction results showed remarkable consistency with experimental results produced at the Immunology-Histocompatibility laboratory of Saint Louis Hospital. Furthermore, feature importance analysis performed on HLA-EpiCheck revealed a noteworthy importance of the descriptors associated with side-chain flexibility, underlining the importance of introducing dynamic descriptors in ML tasks related to protein structure. Furthermore, the thesis involved the development of a database for 3D structures of HLA antigens and a graphical interface called HLA-3D-Diff. This interface allows users to superimpose 3D structures of HLA antigens, visualize their trajectories in MD simulations, and identify or confirm potential differences appearing dynamically during trajectories. It serves as a tool for manually exploring pairs of HLA antigens in complex or unexpected clinical immunization situations. The work presented in this thesis aims to include dynamic features in the study of structural differences and HLA epitope predictions for a better donor-recipient matching in graft allocation. Future work could involve retrospective clinical studies to evaluate the contribution of these new elements to graft maintenance or rejection.Cette thèse présente une approche de science des données pour explorer l'antigénicité des molécules du complexe majeur d'histocompatibilité (HLA) en se basant sur leurs structures 3D et des simulations de dynamique moléculaire (MD). L'objectif principal est de mieux comprendre les déterminants du rejet de greffe causé par les anticorps spécifiques du donneur (DSA en anglais) et d'améliorer l'évaluation de la compatibilité donneur-receveur, qui ne prend actuellement pas en compte la structure 3D des antigènes HLA. La thèse a produit et analysé les structures 3D et les simulations MD de 207 antigènes HLA. Diverses méthodes de science des données ont été employées pour transformer les données 3D brutes en descripteurs statiques et dynamiques, permettant finalement l'entraînement d'un prédicteur d'épitopes HLA hautement performant. La thèse explore les propriétés structurales des antigènes HLA en utilisant selon divers points de vue, examinant des caractéristiques telles que l'accessibilité au solvant, les propriétés physico-chimiques et la flexibilité des chaînes latérales des acides aminés (AA). L'étude de la flexibilité des AA pendant les simulations MD a révélé que la flexibilité était plus faible pour les AA présents dans les éplets confirmés par rapport aux non-éplets, ce qui est cohérent avec des résultats récents sur les épitopes en général. De plus, la thèse introduit l'utilisation des polynômes de Zernike pour représenter la surface 3D des molécules, facilitant des tâches telles que la comparaison et la classification des structures. L'hypothèse selon laquelle l'antigénicité des HLA dépend de la similarité structurelle entre les antigènes HLA du receveur et du donneur a été étudiée en utilisant la distance de Wasserstein pour comparer des nuages de points multidimensionnels représentant les trajectoires MD. L'utilisation des polynômes de Zernike pour l'identification des conformères de peptides le long de trajectoires MD a également été explorée. Les résultats ont montré une capacité prometteuse à identifier des conformères distinctifs en fonction de leur forme. Une contribution clé de la thèse est la construction d'un prédicteur d'épitopes HLA appelé HLA-EpiCheck. En utilisant des caractéristiques structurales statiques et dynamiques extraites des simulations MD, un jeu de données composé de 18 descripteurs calculés sur près de 7000 patchs de surface 3D dérivés de 207 antigènes HLA a été construit. Le prédicteur a été entraîné en utilisant des éplets confirmés de la base de données HLA Eplet Registry, puis employé pour prédire le statut des éplets non confirmés. Les résultats de prédiction ont montré une cohérence remarquable avec des résultats expérimentaux. De plus, une analyse de l'importance des descripteurs, effectuée sur HLA-EpiCheck, a révélé l’importance notable des descripteurs associés à la flexibilité des chaînes latérales, soulignant l’intérêt d’introduire des descripteurs dynamiques dans le processus d’apprentissage quand il s’agit de structures de protéines. En outre, la thèse a impliqué le développement d'une base de données pour les structures 3D des antigènes HLA et d'une interface graphique appelée HLA-3D-Diff. Cette interface permet aux utilisateurs de superposer des structures 3D d'antigènes HLA, de visualiser leurs trajectoires dans les simulations de DM et d'identifier les différences potentielles apparaissant de manière dynamique pendant les trajectoires. Elle sert d'outil pour explorer manuellement les paires d'antigènes HLA dans des situations cliniques d'immunisation complexes ou inattendues. Le travail inclus dans cette thèse vise à permettre la prise en compte de caractéristiques dynamiques dans l’étude des différences structurales et des prédictions d'épitopes HLA lors de l'appariement donneur-receveur pour l'attribution des greffons. Les travaux futurs pourraient impliquer des études cliniques rétrospectives de la contribution de ces nouveaux éléments au maintien ou au rejet de la greff
Approche science des données pour l'exploration de l'antigénicité HLA fondée sur les structures 3D et la dynamique moléculaire
No full textThis thesis presents a data science approach to explore the antigenicity of Human Leukocyte Antigen (HLA) molecules based on their three-dimensional (3D) structures and molecular dynamics (MD) simulations. The primary objective is to better understand the determinants of graft rejection caused by donor-specific antibodies (DSAs) and to improve donor-recipient compatibility assessment, which currently does not consider the 3D structure of HLA antigens. The thesis produced and analyzed the 3D structures and MD simulations of 207 HLA antigens. Various data science methods were employed to transform raw 3D data into manageable static and dynamic descriptors, ultimately enabling the training of a highly performant HLA epitope predictor on nearly 7,000 3D surface patches. The thesis explores the structural properties of HLA antigens from various points of vies, examining characteristics such as solvent accessibility, physico-chemical properties, and side-chain flexibility of amino acids. The study of amino acid flexibility during MD simulations revealed that flexibility was lower for amino acids present in confirmed eplets compared to non-eplets, consistent with recent reports about epitopes. Additionally, the thesis introduces the use of Zernike polynomials to represent the 3D surface of molecules, facilitating tasks such as structure comparison and classification. The hypothesis that HLA antigenicity depends on the structural similarity between the recipient's and donor's HLA antigens was investigated using the Wasserstein distance to compare multidimensional point clouds (i.e. 3D surface patches) representing MD simulation trajectories. The use of Zernike polynomials for the identification of peptide conformers along MD trajectories was also explored. The results showed a promising ability to identify distinctive conformers based on shape. A key contribution of the thesis is the construction of an epitope predictor for HLA antigens called HLA-EpiCheck. Using static and dynamic structural features extracted from MD simulations, a dataset consisting of 18 descriptors calculated on nearly 7,000 3D surface patches derived from 207 HLA antigens was built. The predictor was trained using confirmed eplets from the HLA Eplet Registry database and then employed to predict the status of non-confirmed eplets. The prediction results showed remarkable consistency with experimental results produced at the Immunology-Histocompatibility laboratory of Saint Louis Hospital. Furthermore, feature importance analysis performed on HLA-EpiCheck revealed a noteworthy importance of the descriptors associated with side-chain flexibility, underlining the importance of introducing dynamic descriptors in ML tasks related to protein structure. Furthermore, the thesis involved the development of a database for 3D structures of HLA antigens and a graphical interface called HLA-3D-Diff. This interface allows users to superimpose 3D structures of HLA antigens, visualize their trajectories in MD simulations, and identify or confirm potential differences appearing dynamically during trajectories. It serves as a tool for manually exploring pairs of HLA antigens in complex or unexpected clinical immunization situations. The work presented in this thesis aims to include dynamic features in the study of structural differences and HLA epitope predictions for a better donor-recipient matching in graft allocation. Future work could involve retrospective clinical studies to evaluate the contribution of these new elements to graft maintenance or rejection.Cette thèse présente une approche de science des données pour explorer l'antigénicité des molécules du complexe majeur d'histocompatibilité (HLA) en se basant sur leurs structures 3D et des simulations de dynamique moléculaire (MD). L'objectif principal est de mieux comprendre les déterminants du rejet de greffe causé par les anticorps spécifiques du donneur (DSA en anglais) et d'améliorer l'évaluation de la compatibilité donneur-receveur, qui ne prend actuellement pas en compte la structure 3D des antigènes HLA. La thèse a produit et analysé les structures 3D et les simulations MD de 207 antigènes HLA. Diverses méthodes de science des données ont été employées pour transformer les données 3D brutes en descripteurs statiques et dynamiques, permettant finalement l'entraînement d'un prédicteur d'épitopes HLA hautement performant. La thèse explore les propriétés structurales des antigènes HLA en utilisant selon divers points de vue, examinant des caractéristiques telles que l'accessibilité au solvant, les propriétés physico-chimiques et la flexibilité des chaînes latérales des acides aminés (AA). L'étude de la flexibilité des AA pendant les simulations MD a révélé que la flexibilité était plus faible pour les AA présents dans les éplets confirmés par rapport aux non-éplets, ce qui est cohérent avec des résultats récents sur les épitopes en général. De plus, la thèse introduit l'utilisation des polynômes de Zernike pour représenter la surface 3D des molécules, facilitant des tâches telles que la comparaison et la classification des structures. L'hypothèse selon laquelle l'antigénicité des HLA dépend de la similarité structurelle entre les antigènes HLA du receveur et du donneur a été étudiée en utilisant la distance de Wasserstein pour comparer des nuages de points multidimensionnels représentant les trajectoires MD. L'utilisation des polynômes de Zernike pour l'identification des conformères de peptides le long de trajectoires MD a également été explorée. Les résultats ont montré une capacité prometteuse à identifier des conformères distinctifs en fonction de leur forme. Une contribution clé de la thèse est la construction d'un prédicteur d'épitopes HLA appelé HLA-EpiCheck. En utilisant des caractéristiques structurales statiques et dynamiques extraites des simulations MD, un jeu de données composé de 18 descripteurs calculés sur près de 7000 patchs de surface 3D dérivés de 207 antigènes HLA a été construit. Le prédicteur a été entraîné en utilisant des éplets confirmés de la base de données HLA Eplet Registry, puis employé pour prédire le statut des éplets non confirmés. Les résultats de prédiction ont montré une cohérence remarquable avec des résultats expérimentaux. De plus, une analyse de l'importance des descripteurs, effectuée sur HLA-EpiCheck, a révélé l’importance notable des descripteurs associés à la flexibilité des chaînes latérales, soulignant l’intérêt d’introduire des descripteurs dynamiques dans le processus d’apprentissage quand il s’agit de structures de protéines. En outre, la thèse a impliqué le développement d'une base de données pour les structures 3D des antigènes HLA et d'une interface graphique appelée HLA-3D-Diff. Cette interface permet aux utilisateurs de superposer des structures 3D d'antigènes HLA, de visualiser leurs trajectoires dans les simulations de DM et d'identifier les différences potentielles apparaissant de manière dynamique pendant les trajectoires. Elle sert d'outil pour explorer manuellement les paires d'antigènes HLA dans des situations cliniques d'immunisation complexes ou inattendues. Le travail inclus dans cette thèse vise à permettre la prise en compte de caractéristiques dynamiques dans l’étude des différences structurales et des prédictions d'épitopes HLA lors de l'appariement donneur-receveur pour l'attribution des greffons. Les travaux futurs pourraient impliquer des études cliniques rétrospectives de la contribution de ces nouveaux éléments au maintien ou au rejet de la greff
Effects of a home care program in geriatrics and psychogeriatrics for multimorbid and dependent patients on the number of hospitalizations and emergency department visits
No full textObjetivo: Evaluar los efectos de un programa de atención domiciliaria del centro de memoria y cognición Intellectus, en un grupo de pacientes multimórbidos y dependientes con respecto al número de hospitalizaciones y consultas a urgencias antes del ingreso al programa y al año posterior al seguimiento.
Pacientes y método: Es un estudio longitudinal de antes y después con los pacientes del programa de atención domiciliaria del Centro de Memoria y Cognición- Intellectus- del Hospital Universitario San Ignacio del 2011 al 2016 que cumplan con los criterios de inclusión y luego de al menos un año de intervención se realizó una entrevista estructurada realizada a los pacientes o familiares de los pacientes para evaluar los desenlaces.
Resultados: El número promedio de hospitalizaciones se redujo de 1,91 (DE 1,82 IC 1,50-2,32) a 0,96 (DE 1,43 IC 0,66 a 1,26) con una diferencia estadísticamente significativa (p 0.0002). Así mismo, el número promedio de consultas a los servicios urgencias se disminuyó de forma significativa (p 0.0003) de 2,20 (DE 1.91 IC 1,77-2,63) a 1,20 (DE 1,69 IC 0,82-1,58).
Conclusiones: La atención domiciliaria de este programa evidencia una reducción en el número de visitas a servicios de urgencias e ingresos hospitalarios con una diferencia estadísticamente significativa.Objective: Evaluate the effects of a home care program of the Center of Memory and Cognition Intellectus, in a group of dependent and multi-morbid patients regarding to the number of hospitalizations and consults to the emergency service before the admission to the program and after one year.
Patients and methods: Is a before and after longitudinal study, with patients of the home care program of the Center for Memory and Cognition - Intellectus - of the University Hospital of San Ignacio from 2011 to 2016. The patients met the inclusion criteria specified further in the study, and after one year of tracing, a structured interview was conducted with the patients or relatives of the patients to evaluate the results. Results: The average number of hospitalizations decreased from 1.91 (SD 1.82 CI 1.50-2.32) to 0.96 (SD 1.43 CI 0.66 toEspecialista en GeriatríaEspecializació
Aportaciones al cálculo de la latitud en la náutica española de principios del siglo XVII contenidas en el manuscrito de Diego Ramírez de Arellano Reconocimiento de los estrechos de Magallanes y San Vicente, con algunas cosas curiosas de navegación (1621)
No full textIn 1620, was named chief pilot of the Casa de Contratación de Sevilla Diego Ramírez de Arellano, author of a manuscript entitled Reconocimiento de los estrechos de Magallanes y San Vicente, con algunas cosas curiosas de navegación. He had participated in the reconnaissance mission referred by the title of the manuscript, and in that book developed same methods and tools for a nautical understood scientifically, and even used a methodology close to modern science, as in refuting the theory about Figueiredo of the linear relationship between longitude and magnetic variation of the needle navigation. This article is based on some conclusions that can get an analysis of the manuscript. It focuses on the exhibition held at the Diego Ramirez same about a useful procedure for pilots of calculating the latitude of a place by the Sun extrameridianas heights, which meant a breakthrough in navigation methods of the time. It also outlines the motivations and geopolitical interests of the Spanish monarchy to promote scouting expedition that made the manuscript and the innovations it contains.En 1620 es nombrado piloto mayor de la Casa de Contratación de Sevilla Diego Ramírez de Arellano, autor de un manuscrito titulado Reconocimiento de los estrechos de Magallanes y San Vicente, con algunas cosas curiosas de navegación. Había participado en la misión de reconocimiento a la que alude el título del manuscrito, y en el mismo desarrolla métodos e instrumentos para realizar una náutica entendida científicamente, e incluso utiliza una metodología próxima a la ciencia moderna, como al refutar la teoría de Figueiredo acerca de la relación lineal entre la longitud geográfica y la variación magnética de la aguja náutica. En este artículo se desarrollan algunas conclusiones a las que permite llegar un análisis del manuscrito. Se centra en la exposición que Diego Ramírez realizó en el mismo acerca de un procedimiento útil para los pilotos del cálculo de la latitud de un lugar por medio de alturas extrameridianas del Sol, lo cual implicaba un gran avance en los métodos de navegación de la época. También se esbozan las motivaciones e intereses geopolíticos de la monarquía hispana para promover la expedición de reconocimiento que hizo posible el manuscrito y las innovaciones que contiene
Psychosocial risks from teleworking
No full textEl teletrabajo implementado vertiginosamente en los últimos 6 meses por causa del COVID 19, creó un nuevo reto laboral, como es el caso de la parte administrativa en la Fuerza Aérea Colombiana (FAC) donde tomaremos una muestra de 28 empleados adscriptos al comando aéreo de Combate No. 6 ubicado en el departamento de Caquetá. El cual ha tenido un aumento en sus horas laborales causando estrés laboral especialmente por el incremento de las nuevas tecnologías, manejo de plataformas, dispositivos móviles que aumentado su disponibilidad laboral diaria, con efectos secundarios y psicosomáticos como son el Síndrome Burnout, por ejemplo: distanciamiento social, familiar, sedentarismo, estrés, cansancio físico y mental. Por ende, nuestro objetivo principal será determinar los riesgos Psicosociales que se presentan por teletrabajo a los empleados administrativos de la Fuerza Área Colombiana (FAC). Es significativo hablar de los factores psicosociales positivos en esta modalidad de empleo, ya que hace referencia a la relación que existe entre la persona y su entorno laboral, por el exceso de horas laborales de los colaboradores y líderes, los cuales de manera voluntaria aceptaron participar en este estudio acerca de los entornos que permiten evaluar el aspecto de riesgos psicosociales en el presente ambiente de trabajo desarrollados por los teletrabajadores, la cual se desarrollará bajo un método investigativo cuantitativo donde se evaluará por medio de encuesta técnicas que nos dará resultados reales de ansiedad, estrés laboral, depresión, irritabilidad o frustración y agotamiento físico. Con el fin de crear nuevas estrategias para aumentar la motivación personal y el bienestar y la calidad de vida laboral.Tabla de Contenidos
Resumen. 1
Capítulo 1. Introducción. 1
Planteamiento del problema 3
Pregunta de investigación. 4
Objetivo general. 4
Objetivos específicos. 4
Justificación. 5
Marco teórico. 6
Marco Empírico. 9
Capítulo 3.
Metodología. 12
Participantes. 13
Instrumentos de recolección de datos. 13
Estrategia del análisis de datos. 14
Consideraciones éticas. 14
Capítulo 4. Resultados. 15
Discusión. 18
Conclusiones. 19
Limitaciones. 20
Recomendaciones. 21
Referencias bibliográficas 22The telework implemented vertiginously in the last 6 months due to COVID 19, created a new labor challenge, as is the case of the administrative part in the Colombian Air Force (FAC) where we will take a sample of 28 employees assigned to the Combat air command No. 6 located in the department of Caquetá. Which has had an increase in their working hours causing work stress especially due to the increase in new technologies, handling of platforms, mobile devices that increased their daily work availability, with secondary and psychosomatic effects such as Burnout Syndrome, for example: distancing social, family, sedentary lifestyle, stress, physical and mental fatigue. Therefore, our main objective will be to determine the Psychosocial risks that are presented by teleworking to the administrative employees of the Colombian Air Force (FAC). It is significant to talk about the positive psychosocial factors in this type of employment, since it refers to the relationship that exists between the person and their work environment, due to the excess working hours of collaborators and leaders, who voluntarily agreed to participate. in this study about the environments that allow evaluating the aspect of psychosocial risks in the present work environment developed by teleworkers, which will be developed under a quantitative research method where it will be evaluated through technical surveys that will give us real anxiety results , job stress, depression, irritability or frustration, and physical exhaustion. In order to create new strategies to increase personal motivation and well-being and quality of work life
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