Biruni University Institutional Repository
Not a member yet
2908 research outputs found
Sort by
Gene Therapy
No full textÖzet : Gen terapisi normal fonksiyonunu yapmayan, eksik veya hatalı protein üretimine neden olan bir geni düzeltmek amacıyla DNA ve RNA moleküllerinin, insan hücre, organ veya dokularına transfer işlemidir. Günümüzde kalırsal hastalıkların ve kanser, enfeksiyon gibi edinsel hastalıkların tedavisinde, gen terapisi, gen düzenleme ve gen susturma gibi moleküler teknikler kullanılmaktadır. Gen terapisi alanında uzun yıllardan devam eden çalışmalar son zamanlarda genetik alanındaki ilerlemelerle önemli gelişmelere neden olmuştur. Gen terapide en önemli başarı istenen fonksiyonu sağlamak amacıyla oluşturulan gen dizisinin hücre içine verilmesi için spesifik viral vektörlerin, plazmidlerin, nanopartiküllerin, mikroRNA'ların istenilen şekilde tasarlanmasının mümkün hale gelmiş olmasıdır. Başarılı bir vektör, DNA parçasını uygun bir şekilde, az toksisite ile hedef hücrelere ulaştırabilmektedir
Extraction of soliton waves from the longitudinal wave equation with local M-truncated derivatives
Get PDFAbstract
We have extracted some soliton solutions of the fractional longitudinal wave equation with the M-truncated derivative (M-LWE), which emerges in a magneto electro-elastic circular rod. To obtain new results of this model, the unified Riccati equation expansion and new Kudryashov methods have been utilized for the first time. The presented methods have been productively implemented to the considered model. With the help of these two methods, new soliton waves of the M-LWE have been obtained successfully. For a better understanding of the subject and analysis of the results, 3D, contour, and 2D graphs of some soliton solutions have been presented. The interesting part of our work is that both methods, named unified Riccati equation expansion and the new Kudryashov methods have successfully been applied for the first time to get new soliton solutions of M-LWE
On solitary wave solutions for the extended nonlinear Schrödinger equation via the modifed F‑expansion method
Get PDFAbstract
Because the importance of the optical wave propagation in fibers, we seek for the optical travelling wave solutions and effect of the third-order dispersion parameter for the extended nonlinear Schrodinger equation (NLSE) which is used to describe the femtosecond(fs) pulse propagation in optical fiber. We have used the modified F-expansion method because it is effective, sufficient and offers more solutions for this kind of problems. First, we obtain the nonlinear ordinary differential form (NODE) by using the wave transformation on the investigated extended nonlinear Schrodinger equation. Then, we propose the modified F-expansion method to get solution of the equation as the NODE form, and by calculating the balancing constant over the NODE form. By substituting the proposed solution function and its derivatives in the NODE form, we obtain an algebraic equation system over this NODE. With the solution of this system, we obtain the appropriate solution sets for the undefined parameters, and then, using the appropriate sets, the proposed solution function, the F-expansion solution functions, and the wave transform, together, we obtain the solution functions of the investigated problem. In order to contribute to the physical interpretation of the problem, 3D, 2D and contour graphs of the obtained solution functions were plotted and interpreted. The problem has not been examined by considering two different situations with the effect of third order dispersion parameter as in this study, before. In this respect, the results obtained in the study are new, and it is believed that they will contribute to the studies in this field
Immünokompetan herpes zoster hastalarında kemik iliği fonksiyonları ve yeni enflamasyon belirteçlerinin değerlendirilmesi
Get PDFAbstract : Background and Design: Herpes zoster (HZ) is a viral infection characterized by dermatomal vesicles caused by the reactivation of the latent varicella-zoster virus (VZV). There are conflicting reports regarding the effects of VZV on bone marrow functions. In this study, we aimed to evaluate bone marrow function and systemic inflammation in immunocompetent HZ patients.Materials and Methods: This study included patients aged & GE;18 yr diagnosed with HZ and admitted to a dermatology outpatient clinic between June 2011 and June 2021. Hematological parameters in routine hemogram tests of patients with HZ and new inflammatory markers, such as neutrophil-to-lymphocyte ratio (NLR), platelet-to-lymphocyte ratio (PLR), systemic immune inflammation index, and platelet-neutrophil ratio (PNR), were determined and compared with healthy control groups.Results: Thrombocytopenia was observed in 6.1% and lymphopenia in 8% of 461 HZ patients. The mean leukocyte (white blood cell), lymphocyte, neutrophil, eosinophil, and platelet (PLT) counts in HZ patients were statistically significantly lower than in the control group (p<0.05). NLR and PLR values were statistically significantly higher in HZ patients than in the control group (p<0.05). PLT, eosinophil count, and PNR values were statistically lower in HZ patients aged & GE;65 yr than in patients aged <65 yr, whereas mean platelet volume and NLR values were higher (p<0.05).Conclusion: Thrombocytopenia and lymphopenia may occur in immunocompetent HZ patients. NLR and PLR values increase in HZ patients. The increase in inflammatory markers and decrease in platelet count are more evident in HZ patients aged & GE;65 yr
External validation of the PROGRESS‐CTO perforation risk score: Individual patient data pooled analysis of three registries
Get PDFBackground: Coronary artery perforation is one of the most feared and common complications of chronic total occlusion (CTO) percutaneous coronary intervention (PCI). Methods: To assess the usefulness of the recently developed PROGRESS‐CTO (NCT02061436) perforation risk score in independent cohorts. Individual patient‐ level data pooled analysis of three registries was performed. Results: Of the 4566 patients who underwent CTO PCI at 25 centers, 196 (4.2%) had coronary artery perforation. Patients with perforations were older (69 ± 10 vs. 65 ± 10, p < 0.001), more likely to be women (19% vs. 13%, p = 0.009), more likely to have a history of prior coronary artery bypass graft (34% vs. 20%, p < 0.001), and unfavorable angiographic characteristics such as blunt stump (62% vs. 48%, p < 0.001), proximal cap ambiguity (52% vs. 34%, p < 0.001), and moderate‐severe calcification (60% vs. 49%, p = 0.002). Technical success was lower in patients with perforations (73% vs. 88%, p < 0.001). The area under the receiver operating characteristic curve of the PROGRESS‐CTO perforation risk model was 0.76 (95% confidence interval [CI], 0.72−0.79), with good calibration (Hosmer‐Lemeshow p = 0.97). We found that the CTO PCI perforation risk increased with higher PROGRESS‐CTO perforation scores: 0.3% (score 0), 2.3% (score 1), 3.1% (score 2), 5.5% (score 3), 7.5% (score 4), 14.6% (score 5). Conclusion: Given the good discriminative performance, calibration, and the ease of calculation, the PROGRESS‐CTO perforation score may facilitate assessment of the risk of perforation in patients undergoing CTO PCI
Aortocoronary dissection during percutaneous coronaryinterventions for chronic total occlusion: Insights from thePROGRESS‐CTO registry
Get PDFAbstract
Background: Aortocoronary dissection is a potentially serious complication of chronic total occlusion (CTO) percutaneous coronary intervention (PCI).
Methods: We examined the incidence, mechanisms, treatment, and outcomes of aortocoronary dissection among 12,117 CTO PCIs performed between 2012 and 2022 in a large multicenter CTO PCI registry.
Results: The incidence of aortocoronary dissection was 0.2% (n = 27). Most aortocoronary dissections occurred in the right coronary artery (96.3%, n = 26). The baseline clinical characteristics of patients with and without aortocoronary dissection were similar, except for dyslipidemia, which was less common in patients with aortocoronary dissection (70.4% vs. 86.0%; p = 0.019). The retrograde approach was used more commonly among cases complicated by aortocoronary dissection (59.3% vs. 31.0%; p = 0.002). Technical (74.1% vs. 86.6%; p = 0.049) and procedural (70.4% vs. 85.2%; p = 0.031) success rates were lower among aortocoronary dissection cases, with a similar incidence of in-hospital major adverse cardiovascular events (3.7% vs. 2.0%; p = 0.541). Of the 27 patients with aortocoronary dissection, 19 (70.4%) were treated with ostial stenting and 8 (29.6%) were treated conservatively without subsequent adverse clinical outcomes. No patients required emergency surgery. Follow-up was available for 22 patients (81.5%): during a mean follow up of 767 (±562) days, the incidence of in-stent restenosis was 11.1% (n = 3).
Conclusions: Aortocoronary dissection occurred in 0.2% of CTO PCIs performed by experienced operators, was associated with lower technical and procedural success, and was treated most commonly with ostial stenting. None of the patients required emergency cardiac surgery
Sirkadiyen Ritim ile Diyabet İlişkisi
No full textSirkadiyen sistem, vücut fonksiyonları için hayati önem taşıyan yaklaşık 24 saatlik endojen ritimler üretmektedir. Glikoz metabolizması da dahil olmak üzere kardiyovasküler fonksiyonlar, termoregülasyon gibi birçok günlük fizyolojik sürecin koordinasyonu sirkadiyen sistem tarafından sağlanmaktadır. Bu sistem, hipotalamusta suprakiazmatik çekirdekte (SCN) merkezi bir saatten ve kas, adipoz doku, karaciğer, pankreas gibi dokularda bulunan periferik saatlerden oluşmaktadır. Pankreastaki periferik saat insülin sekresyonunu; kas, adipoz doku ve karaciğerdeki periferik saatler lokal insülin duyarlılığını; bağırsaktaki periferik saat ise glikoz emilimini düzenlemektedir.
Sirkadiyen ritimlerin üretilmesi ve sürdürülmesi, transkripsiyonel-translasyonel geribildirim döngüsü temelinde gerçekleşmektedir. Bu geri bildirim döngüsü, çekirdek saat genler olan CLOCK, BMAL1 transkripsiyonel aktivatörleri ve Periyot (Per 1-2), Kriptokrom (Cry 1-2) baskılayıcı genler ile düzenlenmektedir. Modern yaşamla birlikte vardiyalı çalışma saatleri, gece mesaileri, uyku bozuklukları içsel ritimlerde değişikliklere neden olmaktadır. Merkezi saat ve periferik saatler arasındaki uyuşmazlık, aktivitelerin sirkadiyen saatler ve metabolik ritimlerle uyumunun bozulması ve sirkadiyen saat genlerindeki mutasyonlara bağlı olarak insülin direnci, diyabet, obezite, kardiyovasküler sistem, sindirim sistemi hastalıkları, kanser ve nörodejeneratif hastalıklar gibi çeşitli hastalıkların görülme riski artmaktadır. Tip 2 Diyabetes Mellitus (Tip 2 DM), insülin etkisine karşı doku direnci ve pankreas β-hücrelerinden insülin salgılanmasındaki eksikliklere bağlı lipid ve glukoz metabolizmasının bozulması sonucunda hiperglisemi ve dislipideminin görüldüğü metabolik bir hastalıktır. Sirkadiyen ritimlerin bozulmasının Tip 2 DM’un gelişimi için çevresel tetikleyici olduğu bilinmekte ve diyabet gelişiminin hızlanmasına, glikozla uyarılan insülin sekresyonunda bozulmaya, β-hücre kütlesinde azalmaya yol açtığı bilinmektedir. Ek olarak, CLOCK ve BMAL1 gibi hücre içi sirkadiyen saat genlerindeki mutasyonlar β-hücre yetmezliğini arttırmakta ve diyabet gelişimini hızlandırmaktadır.
Beslenme düzeni, uyku-uyanıklık döngüsü, hormonal ve otonom ritimler ve merkezi ve periferik saat ritimleri arasındaki senkronizasyonu geliştirmek, insülin direncini ve Tip 2 DM’u önlemek ve tedavi etmek için önem arz etmektedir
P-088 Bukkal mukozada bulunan irritasyon fibromunun diyot lazer ile tedavisi: olgu sunumu
No full textİrritasyon fibromu, ağız boşluğunda sıkça görülen yumuşak dokunun iyi huylu tümörlerinden biridir.
Gerçek neoplazm yerine hiperplazileri temsil eder ve mukozal dokunun irritasyonu sonucu gelişen bağ
doku hücrelerinin proliferasyonu olarak tanımlanır. Ağız içinde diş eti, dil, dudak gibi dokularda
görülebilmekle beraber, en sık görüldüğü yer bukkal mukozadır. Bu olgu sunumunda bukkal mukozada
uzun süredir mevcut olan lezyonun diyot lazer ile tedavisi anlatılmaktadır. 59 yaşındaki kadın hasta,
yaklaşık 10 senedir sağ yanak mukozasında mevcut olan fibrotik büyüme nedeniyle kliniğimize
başvurdu. Küçük ve ağrısız olarak başlayan lezyonun boyutunun zamanla arttığı, estetik ve fonksiyonel
problemlere yol açtığı öğrenildi. Hastanın intraoral muayenesinde sağ bukkal mukozada oklüzal
düzlem hizasında 10×9×5 mm boyutlarında, sınırları düzgün, soluk pembe renkli, fibrotik büyüme
gözlendi. Lezyonun, yanak ısırmaya bağlı travmadan kaynaklandığı düşünüldü. Lezyon lokal anestezi
altında diyot lazer ile tamamen eksize edildi. Histopatolojik incelemede lezyonun üzerinin parakeratoz
ve düzensiz akantoz gösteren çok katlı yassı epitel ile örtülü olduğu görüldü. Altında yoğun hiyalinize
kolajen liflerden oluşan, hücreden fakir, damarsal kesitleri içeren bağ dokusu izlendi. İrritasyon
fibromu tanısı konuldu. Postoperatif 1. haftada herhangi bir komplikasyon gözlenmedi. 3 aylık takip
sonucunda nüks olmadığı görüldü. Diyot lazer ile fibrom eksizyonu komplikasyonu en aza indirgeyen,
hızlı ve güvenli bir yöntemdir. Bu olguda travmatik nedenlerle yanak mukozasında oluşan fibromun
diyot lazer ile 3 aylık takipli, başarılı tedavisi gösterilmektedir
Vücut yağ yüzdesinin tahmin edilmesinde makine öğrenmesi
No full textAbstract
Obezitenin ve bulaşıcı olmayan hastalıkların tedavisi sürecinde önemli bir takip parametresi olan vücut yağ yüzdesi (VYY) oranın tespiti ve dağılımı oldukça değerlidir. Vücuttaki yağ doku ve yağsız dokunun ayırımı çeşitli vücut kompozisyonları yöntemleriyle sağlanabilmektedir. Günümüzde vücut kompozisyonunun elde edilmesinde pahalı ve etkin olanların yanısıra kolay ancak yüzeyel kalan yöntemler kullanılmaktadır. Bu tez, son zamanlarda verimliliği ve etkinliğiyle dikkat çeken yapay zekânın birçok dalından biri olan makine öğrenmesi (MÖ) yöntemlerinden Genetik Programlama (GP) ile VYY'sinin tahmin edilmesi ve etkin denklemlerin geliştirilmesi amacıyla yürütülmüştür. İstanbul ilinde Kasım 2022-Mart 2023 tarihleri arasında 172 katılımcıyla yürütülmüştür. Yöntemlerde girdi olarak bireylerin 13 antropometrik ölçümü ve Healthy Eating Index-2015'in Türkçe çevirisinden elde edilen diyet kalite puanları kullanılmıştır. Çıktı olarak ise katılımcıların BİA ile ölçülen VYY değerleri kullanılmıştır. Çalışma üç farklı senaryo üzerinden planlanmış olup literatürde bulunan VYY'sinin tahmininde kullanılan yedi ampirik denklemin sonuçları bu araştırmada kullanılan GP yönteminden elde edilen sonuçlarla karşılaştırmalı şekilde analiz edilmiştir. Çalışma sonunda, tüm bireyler için GP yöntemiyle VYY tahmini 0.878 korelasyon katsayısıyla başarılı şekilde elde etmiştir. Erkek bireyler için en iyi VYY tahminin 0.951 korelasyon değeriyle GP yönteminde, kadın bireyler için en iyi VYY tahminin 0.938 korelasyon değerine sahip VYY tahmin denklemi olan Jackson ampirik denkleminde sağlandığı görülmüştür. Bu tez çalışmasında GP yöntemiyle VYY tahmini sağlayabilen dokuz denklem modelinde erkeklerde vücut ağırlığı, bilek çevresi; kadınlarda göğüs çevresi, kalça çevresi ve önkol çevresi dikkat çekmiştir. MÖ ile VYY tahmininin daha kolay ve ucuza elde edilebildiği, bu alanda farklı MÖ yöntemleriyle VYY tahmini sağlayabilecek farklı denklem ve yaklaşımların geliştirilebileceği sonucuna varılmıştır.
The determination and distribution of body fat percentage (BFP), which is an important monitoring parameter in the treatment of obesity and non-communicable diseases, is highly valuable. The seperation of fat tissue and lean tissue in the body can be achieved through various body composition measurement methods. Today, in addition to expensive and effective methods, easy but superficial methods are used to obtain body composition. This thesis has been carried out with the aim of estimating the BFP of Genetic Programming (GP) from machine learning (ML) methods, one of the many branches of artificial intelligence that has recently attracted attention with its efficiency and effectiveness, and the development of effective equations. The study focuses on employing GP methods to estimate BFP and develop accurate equations for this purpose. It was conducted in Istanbul province between November 2022- March 2023 with a total of 172 participants. In the methods, 13 anthropometric measurements of individuals and diet quality scores obtained from the Turkish translation of the Healthy Eating Index-2015 were used as inputs. As the output, the VYY values of the participants measured by by Bioelectrical Impedance Analysis (BIA) were used. The study was planned through three different scenarios and the results of the seven empirical equations used in the estimation of BFP in the literature were analyzed in comparison with the results obtained from the GP method used in this study. At the end of the study, the GP method successfully achieved a correlation coefficient of 0.878 for predicting BFP in all individuals. The GP method demonstrated the highest correlation value of 0.951 for BFP prediction in male individuals, while the Jackson empirical equation yielded the best BFP prediction with a correlation value of 0.938 for female individuals. In this thesis study, body weight, wrist circumference for males, chest circumference, hip circumference and forearm circumference for females attracted attention in the nine equation model that can provide BFP estimation using the GP method. It has been concluded that BFP estimation can be obtained more easily and cheaply with ML, and that different equations and approaches can be developed in this area that can provide BFP estimation using different ML methods
Optical solitons for the concatenation model with differential group delay: Undetermined coefficients
No full textAbstract
In the current study, the concatenation model of birefringent fibers is explored for the first time, and we present optical soliton solutions to the model. The integration algorithm used to achieve this retrieval is the method of undetermined coefficients, which yields a wide range of soliton solutions. The parameter constraints arise naturally during the derivation of the soliton solutions, which are essential for such solitons to exist