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Synthesis of lipidic nano-objects and their core functionalisation by « click » reaction
No full textL’objectif de ces travaux de thèse a été de synthétiser des micelles polymérisées et des Constructions Lipidiques Photo-polymérisées (CLP) dont la post-fonctionnalisation au sein du cœur hydrophobe a été possible grâce à l’utilisation de lipides fonctionnalisables. Pour ce faire, des lipides ont été synthétisés possédant une tête polaire et une longue chaîne carbonée leur conférant leur propriété d’amphiphile, ainsi qu’un motif diacétylène polymérisable sous irradiation UV (254 nm) au centre de la chaîne carbonée. Une fois en solution aqueuse, ces lipides synthétiques s’auto-assemblent sous forme de micelles sphériques. Lorsque des nanotubes de carbone sont ajoutés à ces micelles, les lipides s’adsorbent spontanément à la surface des nanotubes pour former des auto-assemblages représentés sous forme d’hémi-micelles cylindriques. Les constructions lipidiques sont alors stabilisées lors d’une étape de polymérisation pour fournir des assemblages nanotubes de carbone/construction lipidique photo-polymérisée (NTC/CLP). Une solution aqueuse de nano-objets est obtenue après extraction de ces auto-arrangements des nanotubes de carbone. La fonctionnalisation dans le cœur hydrophobe des micelles non polymérisées et polymérisées a été réalisée à l’aide d’une sonde fluorescente par réaction « click ». Cette méthodologie a alors été appliquée par la suite à diverses fonctionnalisations, que ce soit des micelles polymérisées ou des CLP.The objective of this work was to synthesize polymerized micelles and Photo-polymerized Lipid Assemblies (PLA). Their post-functionalisation in the hydrophobic core was possible thanks to the use of functional lipids. To this end, lipids were synthesized possessing a polar head and a long carbon chain conferring their amphiphile properties, and a diacetylene moiety in the middle of the carbon chain that can be polymerized under UV irradiation (254 nm). When they were in aqueous solution, these synthetic lipids formed self-assemblies as spherical micelles. When carbon nanotubes were added to these micelles, lipids were spontaneously adsorbed on the carbon nanotubes surface to form self-assemblies represented as cylindrical hemi-micelles. These lipid constructs were stabilized during a step of polymerisation to furnish carbon nanotubes/ photo-polymerized lipid assemblies (CNT/PLA). An aqueous solution of nano-objects was obtained after extraction of theses self-assemblies from carbon nanotubes.
The functionalisation in the hydrophobic core of non polymerized and polymerized micelles was realized with a fluorescent probe by “click” reaction. This methodology was then applied to various functionalisations of micelles or PLA
The process of the unification of trademark law in the European union
No full textLa nécessité de concevoir et de développer les mécanismes juridiques destinés à assurer la protection internationale des marques devient impérieuse dans le contexte du principe de territorialité des droits de propriété industrielle. La procédure administrative d’enregistrement des marques par les instances nationales et leur validité dans le contexte d’un ordre juridique interne ont imposé la limitation géographique de la protection : le droit conféré par une
marque nationale est un monopole territorial. C’est la raison pour laquelle les premiers efforts internationaux, à commencer par la Convention de Paris, ont visé à créer les dispositifs intergouvernementaux facilitant la protection des marques dans plusieurs États. La marque est
restée un monopole territorial, mais son enregistrement international est devenu possible. En d’autres termes, les exigences économiques imposées par le développement du commerce transfrontalier n’ont pas remis en question le principe de territorialité. Il faudra attendre la
création de la Communauté économique européenne pour voir naître une véritable marque supranationale. L’harmonisation des législations nationales des États membres de l’Union
européenne sur les marques – à laquelle est consacrée la Première partie de notre étude – et la création d’une marque européenne unique et uniforme – examinée dans sa Deuxième partie – sont deux processus distincts et parallèles, mais aussi interdépendants et profondément liés.
Cette thèse s’efforce d’examiner la nature juridique de ces processus et de démontrer qu’ils font partie d’un seul mouvement.The need to create and develop legal mechanisms to ensure international protection of trademarks becomes imperative in the context of the principle of territoriality of intellectual property rights. The administrative procedure for trademark registration by national authorities and their validity in the context ofnationallegal systems have imposed a geographicallimitation of the protection: the right conferred by a national trademark is a territorial monopoly. That is why the first international efforts, beginning with the Paris Convention, aimed to create intergovernmental arrangements to facilitate the protection oftrademarks in several states. The trademark remained a territorial monopoly, but its international registration became possible. In other words, the requirements imposed by the economic development of international trade have not put in question the principle ofterritoriality. It was not until the creation of the European Economie Community to send up a true supranational trademark. The harmonization of the national legislations of the EU Member States on trademarks - analyzed in the first part of our study - and the creation of a uniform European Trademark - considered in its second part - are two pro cesses that are separate and parallel, but also deeply interdependent and interre1ated. This thesis seeks to examine the legal nature of these pro cesses and to demonstrate that they are part of a single movement
Sentinel lymph node detection by an optical method using scattered photons
No full textLe cancer le plus fréquent chez la femme est le cancer du sein. Pour une meilleure prise en charge des patientes atteintes du cancer du sein, il existe actuellement deux méthodes pour la détection du ganglion sentinelle qui est le premier ganglion recevant le drainage lymphatique d’une tumeur, et par conséquent le premier relais lymphatique potentiellement métastatique. La technique dite du ganglion sentinelle (GS) a pour objectif l'identification de ces ganglions par injection d’un colorant et/ou d’un colloïde radioactif, et son exérèse pour analyse anatomopathologique. La coloration du GS est actuellement réalisée par l’injection d’un colorant bleu et appréciée visuellement par le chirurgien lors de son intervention.
Les travaux se sont essentiellement portés, d’une part sur la définition et la réalisation d’un dispositif optique manuel, simple et ergonomique, permettant son utilisation en clinique chirurgicale avec le maximum de confort, de sécurité et d’efficacité. Sa conception est basée sur la connaissance des propriétés optiques des tissus et des propriétés optiques et physicochimiques des colorants utilisables en clinique, à savoir le Bleu Patenté V (Guerbet) pour la France. D’autre part, après la réalisation du dispositif, celui-ci a été caractérisé sur des objets test simulant des tissus humains. Des expérimentations sur des modèles animaux ont également été menées et ont démontré la sensibilité/spécificité de détection du colorant par le dispositif réalisé.
Les travaux exposés permettent de dresser les conclusions suivantes : sur les objets test, les premiers tests effectués sur des fantômes sont prometteurs, ils ont montrés que notre méthode est capable de détecter une très faible concentration du Bleu Patent V. Le seuil de détection de la sonde est en effet nettement inférieur à celui de l’œil humain. On peut estimer que la sensibilité de détection par la sonde est de 3.10-2 µmol/L alors que l’œil ne peut détecter le colorant qu’à partir d’une concentration égale à 1 µmol/L soit un rapport de sensibilité sonde / œil de l’ordre de 30. Les résultats ont été analysés et validés par des méthodes statistiques adaptées. Nous avons également observé une linéarité des concentrations de Bleu mesurés en fonction de la concentration réelle de la solution pour des concentrations de colorant inférieures à 7 µmol/L, soit plus de 200 fois le seuil de détection. Quant aux limites de notre méthode d’étude, les résultats rappelés ci-dessus ne sont valables que sur des milieux homogènes. Sur le modèle animal (rat Lewis), nous avons mené deux types d’expérimentation. La première a consisté à positionner la sonde contre la peau et en regard du ganglion inguinal palpé au préalable dans le but de réaliser une étude cinétique de fixation ganglionnaire du colorant BP V. Lors des expériences du second type, nous avons déplacé la sonde afin de détecter, avec succès, différents ganglions. Les premiers résultats sont prometteurs, la méthode proposée est très sensible à la détection d’un ganglion ayant fixé une quantité infime de colorant et d’ailleurs invisible à l’œil à travers la peau et les poils de l’animal. Par contre, la sonde optique à deux longueurs d’onde (657nm et 785nm) ne permet pas encore d’explorer totalement les différents chromophores existants dans les tissus biologiques. Une désaturation du sang se traduira par une augmentation de l’absorption à 657 nm et sera considérée comme une augmentation de la concentration en colorant. Une amélioration de la sonde est d’ores et déjà en cours d’implémentation. Une sonde de nouvelle génération, développée dans le cadre du projet Européen Nanomagdye, utilisera 4 longueurs d’onde (657, 785, 830 et 870 nm) et permettra, selon le même principe expérimental, de déterminer séparément la concentration de bleu, le volume sanguin relatif et la saturation de l’hémoglobine en oxygène. Une micro caméra, intégrée dans la sonde stylo, permettra de visualiser la zone explorée et ainsi de mémoriser la position de la sonde associée à la détection d’un ganglion. Les travaux avec l’appareil de détection optique par réflexion diffuse s’orientent maintenant vers son adaptation à un environnement médical. Une collaboration étroite avec le Centre Anticancéreux de Paul Strauss Strasbourg va nous permettre d’avoir accès à des pièces biopsiques, dans un délai très court. L’utilisation de cet appareil en per-opératoire pour la détection de(s) ganglions sentinelle(s) est envisagée dans un deuxième temps. Il devrait permettre de réduire les doses de bleu patenté V injectées aux patientes, et ainsi tous les risques associés : coloration de la peau, allergies … . Mais ces tests devront nécessiter l’homologation de cet équipement, il nous parait donc judicieux de réaliser ces expériences directement avec la seconde génération d’appareil, à 4 longueurs d’onde d’excitation et 2 voies de détection pour les photons diffusés et les photons de fluorescence.The most common cancer in women is breast cancer. To better care for patients with breast cancer, there are currently two methods for detection of sentinel lymph node (SLN). SLN is the first lymph node receiving lymphatic drainage from a tumor, and therefore the first relay node with metastatic potential. The technique called sentinel lymph node (SLN) aims to identify these nodes by injecting a dye and / or a radioactive colloid, and its removal for histopathological analysis. The coloring of SLN is being carried out by injecting a blue dye and visually assessed by the surgeon during chirurgical intervention. Our study has focused, firstly on the definition and implementation of an optical device manual, simple and ergonomic, allowing its use in clinical surgery with maximum comfort, safety and efficiency. Its design is based on knowledge of tissue optical properties and optical properties and physical-chemical dyes used in clinical practice, namely patent blue V (Guerbet) conditionned in France. After completion of the device, it has been characterized on test objects simulating human tissue. Experiments on animal models have also been conducted and have demonstrated the sensitivity and specificity of detection of the dye produced by the device. Based on the work presented here, we could draw the following conclusions: for the test objects, the first tests on phantoms are promising, they have shown that our method can detect very low concentration of Patent Blue V. The detection limit of the probe is significantly less than the human eye. We can estimate that the sensitivity of detection by the sensor is 3.10-2 µmol / L while the eye can not detect the dye until a concentration of 1 µmol / L, meaning that the sensitivity ratio probe / eye is about 30. The results were analyzed and validated by appropriate statistical methods. As to the limits of our method of study, the results mentioned above are only valid on homogeneous media. In the animal model (Lewis rats), we conducted two types of experiments. The first consisted in placing the probe against the skin opposite of inguinal lymph node palpated in advance in order to achieve a kinetic study of lymph node fixing the dye BP V. In the second type of experiments, we moved the probe to detect successfully the various nodes. Prelininary results are promising, the proposed method is very sensitive in detecting lymph node which has fixed a tiny amount of dye and also invisible to the eye through the skin and hair of the animal. Moreover, the optical probe at two wavelengths (657nm and 785nm) does not fully explore the different chromophores existing in biological tissues. An oxygen desaturation of the blood will result in an increase in absorption at 657 nm and will be interpreted as an increase in the concentration of dye. An improvement of the probe is already being implemented. A new generation of probe device, developed under the European project Nanomagdye, will use four wavelengths (657, 785, 830 and 870 nm) and will allow, under the same experimental principle, to determine separately the concentration of blue, the relative blood volume and the oxygen saturation of hemoglobin. A micro camera inside the probe pen, will image the searched area and thus save the sensor position associated with the detection of a lymph node. Work with the diffuse reflectance detection apparatus is shifting toward adaptation to a medical environment. Close collaboration with the Centre Paul Strauss, Strasbourg Antineoplastic will allow us to access biopsy samples in a very short time. The use of this device for intraoperative detection (s) of sentinel nodes (s) is considered in a second time. It should reduce the doses of patent blue V injected into patients, and avoid the associated risks: allergies, skin tatooing… . But these tests will require the approval of the equipment, we feel it makes sense to make these experiments directly using the second generation device with four wavelengths of excitation and two detection channels for scattered and fluorescence photons
Decomposition and parameterization of under-constrained geometric constraint systems
No full textLa résolution de systèmes de contraintes géométriques (GCS) a pour objectif de produire des figures qui respectent une
description technique fournie par l'utilisateur sous la forme d'une esquisse cotée. Le GCS donné par l'utilisateur peut être bien contraint (il décrit un nombre fini non nul de figures), sous-contraint (une infinité de figures) ou sur-contraint (aucune solution).
Classiquement, les systèmes sous-contraints sont considérés comme des cas d'erreur que l'utilisateur doit corriger en ajoutant des contraintes. Nos travaux proposent une autre approche, qui est celle de chercher à résoudre de manière homogène tous les systèmes de contraintes géométriques qui ne sont pas sur-contraints.
Pour cela, nous proposons des algorithmes de paramétrisation, qui indiquent quels éléments du système doivent être fixés pour qu'il y ait un nombre fini de solutions, et des algorithmes de décomposition, qui permettent d'identifier les soussystèmes bien
contraints.
Ces outils ouvrent la voie à des logiciels de modélisation par contraintes accessibles à des utilisateurs non-experts:
ils permettent des retours visuels intuitifs sur le niveau de constriction du système. Comme nos algorithmes sont incrémentaux, ils permettent une approche par essai/erreur où l'utilisateur corrige l'esquisse au fur et à mesure de la résolution.Solving geometric constraint systems (GCS) aims at yielding figures which respect geometric requirements given by the user under the form of a technical sketch. The GCS given by the user can be wellconstrained (it describes a nonzero
finite number of figures), underconstrained (an infinity of figures) or overconstrained (no solutions at all).
Classically, underconstrained systems are considered as errors to be corrected by the user. Our work proposes another approach, i.e. try to homogeneously solve all nonoverconstrained systems.
For that, we propose parameterization algorithms: they indicate which elements of the system need to be anchored for there to be a finite number of solutions~; and decomposition algorithms, which allow to identify wellconstrained subsystems.
These tools open the way to constraintbased modelers which are accessible to nonexpert users: they give intuitive visual feedback about the constrainedness level of the system. Since our algorithms are all incremental, they allow a trial and error approach: the user corrects the sketch as the resolution goes
Geometric segmentation and modelling of building façades from a terrestrial laser data
No full textLa production de modèles 3D urbains tient une place prépondérante et grandissante dans le domaine de la
photogrammétrie et de la vision par ordinateur. Les développements récents apportés aux scanners Jaser terrestres, tant en termes de rapidité d'acquisition qu'en termes de précision de mesure, laissent envisager de nouvelles problématiques de recherche relatives notamment à la modélisation des façades. Les données issues d'un scanner terrestre sont décrites par un ensemble de points définis dans un système de coordonnées cartésiennes en 3D. Cette thèse propose une approche de segmentation et de modélisation géométriques de façades de bâtiments à partir de relevés laser terrestres.
La chaine de traitements répondant à cet objectif est composée d'une étape de segmentation suivie d'une étape de
modélisation. Dans un premier temps, en supposant que les façades soient en général composées majoritairement de
surfaces planes, une segmentation automatique procède à la décomposition du nuage de points en un ensemble de
segments plans. On entend par « segment plan », un ensemble de points situés dans une zone tampon définie autour du
plan. L'approche de segmentation extrait tout d'abord les segments plans à l'aide de l'algorithme RANSAC (RANdom
SAmpie Consensus). Comme la réalité n'est pas toujours compatible avec des modèles mathématiques, l'algorithme
RANSAC a été optimisé et renforcé par un algorithme de croissance de région de façon à corriger les erreurs
apparaissant lorsque des points se trouvent sur le même plan, mais qui décrivent des objets architecturaux différents.
Ensuite, à partir des résultats de segmentation, un algorithme de modélisation de façade a été développé. Celui-ci commence par extraire automatiquement les contours en s'appuyant sur le résultat d'une triangulation de Delaunay. Les contours ne sont, en réalité, que des points constituant les lignes caractéristiques esquissant les éléments de la façade.
L'algorithme de modélisation s'appuie sur ces résultats pour produire un modèle vectoriel. Pour ce faire, les contours sont décomposés en arêtes droites et en arcs, en se basant sur le critère de colinéarité des points. La modélisation de l'ensemble des arêtes issues de la décomposition est réalisée grâce à l'étude de leurs caractéristiques géométriques, mais aussi de leurs relations de voisinage. À ce stade, on obtient un modèle vectoriel de chaque segment plan et des arêtes des éléments qui composent la façade. Enfin, les résultats issus des algorithmes composant l'ensemble de la chaîne de traitements sont comparés à des données de références pour leur évaluation. Pour accéder à cette comparaison, des indices de qualité sont estimés. Il en ressort que la qualité des résultats dépend bien entendu des
caractéristiques de l'objet numérisé et des données laser (degré de complexité des façades, taille des détails
architecturaux, densité de points, résolution spatiale). Toutefois, les résultats obtenus sont satisfaisants et confirment la fiabilité de cette approche.The production of 3D urban models is of high interest in the photogrammetric and computer vision fields. The recent developments made for terrestrial laser scanners, especially in terms of acquisition speed and measurement accuracy, lead to new research topics like for instance the modelling of 3D building facades. Data provided by a terrestrial laser scanner is made of points defined in a 3D Cartesian coordinate system.
This thesis proposes a geometric approach for segmentation and modelling of building facades using terrestrial laser scanner data. The processing sequence consists of a segmentation step followed by a modelling step. Firstly, by assuming that façades are mainly composed of planar surfaces, an automatic segmentation proceeds to the decomposition of the point cloud into a set of planar clusters. A Ŗplanar clusterŗ is a set of points located in a buffer zone around the calculated plane. The segmentation algorithm firstly extracts the planar cluster using the RANSAC algorithm (RANdom SAmple Consensus). Since reality is not always adjustable by mathematical models, the RANSAC algorithm has been optimized. So a region growing algorithm has been developed in order to correct errors occurring when points are on the same plane, but describe different architectural objects.
Then, based on the segmentation results, a façade modelling algorithm has been developed. It starts with the automatic extraction of façade contours based on the results of a Delaunay triangulation. The contours are composed by points describing the elementsř edges of the facade. Based on these results, the modelling algorithm produces a vector model of the façade. To do this, the contours are decomposed into straight and curved edges, based on the criterion of pointřs collinearity. Then, the modelling of edges is performed based on the study of their geometric characteristics, as well as their topological relationships. At this level, a vector model of each planar cluster and of the edges that describe the façade elements is available.
Finally, to assess the results of the algorithms composing the entire processing sequence, they are compared to a reference. For this purpose, quality indices have been used. Obviously, the quality of the results depends on different façade types as well as point cloud characteristics (facade complexity, architectural details, size, point density, spatial resolution, etc.). The obtained results are satisfactory and confirm the reliability of the proposed approach
Development of a two-phase microfluidic platform for drug screening
No full textNous avons développé une nouvelle technologie de microfluidique en goutte pour le criblage de médicaments. Ce
technologie permet la miniaturisation des tests; en particulier, permet une réduction massive des coûts des
criblages Uusqu'à 1000 fois) et également l'utilisation d'échantillons de très grande valeur que l'on obtient
difficilement à des échelles nécessaires au criblage à haut-débit (cellules primaires). De plus, l'utilisation de petits volumes devrait faciliter les tests à l'échelle de la cellule unique. La première étape de ce projet a été de
démontrer que des cellules humaines ou même des organismes multicellulaires peuvent être incubées plusieurs
jours dans les gouttes et être récupérées complètement viables. Ensuite, nous avons démontré la coencapsulation
de différents composés dans les gouttes, nécessaire pour le criblage de médicaments candidats.
En particulier, nous avons développé un système automatisé de génération de micro-compartiments distincts.
Pour ce faire, nous avons interfacé un échantillonneur automatique avec notre plateforme microfluidique. Il
aspire les composés depuis des plaques de microtitration et les injecte dans une portion de tuyau ou ils sont
espacés par de petits volumes d'huile perfluorée dans laquelle les composés sont insolubles. Comme les
composés sont encapsulés dans un ordre fixé, leur identité est connue tout au long du test ce qui contourne le
problème du marquage des composés pour leur identification. Finalement, nous avons établi de nouveaux tests
d'inhibition virale. La combinaison des ces réussites devrait permettre des approches nouvelles pour
l'identification de médicaments antiviraux ou de cocktails d'antiviraux.High-throughput cell-based assays require small sam pie volumes to reduce assay costs and to allow for rapid
sample manipulation. However, further miniaturization of conventional microtiter plate technology is problematic
due to evaporation and capillary action. To overcome these limitations, we have developed a two-phase microfluidic platform in which human cells and multicellular organisms can be cultivated for several days in aqueous microcomparments separated by an inert perfluorocarbon carrier oil. Furthermore, we focused on the automated generation of chemically-dictinct microcompartment to exploit the technology for screening purposes.
ln particular, we interfaced an autosampler with our microfluidic platform sequentially loading compounds from
microtiter plates into a length of tubing. Ali compounds are loaded in form of aqueous plugs (nanoliter volumes)
separated by fluorinated oil. The resulting array of plugs can be split into multiple small volume copies which can
be used as replicates for the same assay as weil as for different assays. Moreover, each array of plugs can be
injected into a microfluidic chip for further manipulation. Since the order of the compounds and thus their identity
is known throughout the whole screening procedure, the system does not require direct compound labelling.
Furthermore, each individual plug can be monitored over time, thus allowing the recording of kinetic data. In the
last part of the work we focussed on the development of a novel assay coupling a positive fluorescence signal with
the inhibition of viral transduction. This should ultimately allow the screening of antivirals in the previously developed microfluidic systems
Novel and symbiosis-related microRNAs in Lotus japonicus
No full textLes légumineuses sont capables d'assimiler le N2 atmosphérique par le processus de la Fixation Symbiotique d'Azote (SNF). Les petits ARNs (sRNAs) sont des molécules de 18-25nt qui régulent l'expression génique par similarité de séquence dans le cadre du mécanisme du RNA silencing. Parmi les différents types de sRNAs, les microRNAs (miRNAs) sont des régulateurs post-transcriptionnels qui jouent un rôle clé dans les interactions plante-bactérie. Nous avons choisi l'espèce modèle Lotus japonicus pour l'étude de la contribution des miRNAs dans la SNF. Premièrement, nous avons identifié les gènes principaux du RNA silencing dans cette espèce. Nous avons ensuite créé des lignées transgéniques exprimant le suppresseur viral P19 qui interfére avec l'activité des miRNAs. Ensuite, nous avons entrepris une stratégie de séquençage de sRNAs de racines et nodules, avec l'objectif d'identifier des miRNA impliqués dans la symbiose. Les données obtenues ont été employées pour l'identification de miRNAs: 16 familles conservées et 27 nouveaux miRNAs potentiels. Une analyse comparative des sRNAs a révélé que l'expression d'un groupe spécifique de miRNA conservés est induite dans les nodules développés: miR167, miR171c, miR172, miR390 et miR397. Des analyses génétiques ont révélé que miR167 et miR172 sont indépendants de l'infection par Rhizobium, ce qui suggère son implication dans le développement du nodule. En revanche, miR397 est non seulement surexprimé lors de l'infection bactérienne, mais aussi suite à la fixation effective de l'azote. En conclusion, ce travail confirme que les miRNAs sont des régulateurs géniques impliqués dans des différentes étapes de la SNF.Legumes assimilate N2 through the establishment of Root Nodule Symbiosis (RNS) with bacteria from the genus Rhizobia. Small RNAs are 18-25nt molecules that regulate gene expression in a sequence-specific manner via a mechanism known as ‘RNA silencing’. Among the different types of smRNAs, microRNAs (miRNAs) are post-transcriptional gene regulators that, in plants, play key regulatory roles in plant-microbe interactions. In this context, we chose the model legume Lotus japonicus to assess the contribution of microRNAs to RNS. First, we identified the main RNA silencing effectors in Lotus japonicus, with emphasis on miRNA-related pathways, and generated L. japonicus transgenic lines expressing the tombusviral silencing suppressor P19, which interferes with miRNA action. We then embarked on a smRNA cloning/sequencing strategy. The pooled sequenced data served as basis for the identification of miRNA genes in Lotus japonicus: 16 conserved and 27 potentially novel miRNA families. Comparative analysis of cloned smRNAs from root and nodules revealed that a discrete number of conserved miRNAs, miR167, miR172, miR390 and miR397, are highly expressed in mature nodules, as opposed to roots. Genetic analysis showed that the accumulation of miR167 and miR172 is Rhizobium-independent, as opposed to miR397. Further genetic studies showed that miR397 induction is also reproduced at the systemic level but dependent on the establishment of a successful N2 fixation, rather than on the infection by Rhizobium per se. Thus, our findings confirm that miRNA are important gene regulators at different stages of the establishment of Symbiotic Nitrogen Fixation
Cationic 6-endo-Trig cyclisation : total synthesis of Triptophenolide and formal synthesis of Triptolide : development of new synthetic methodologies
No full textLa majeure partie de ces travaux de thèse a concerné la mise au point d’une nouvelle synthèse totale du triptophénolide ainsi qu’une nouvelle synthèse formelle du triptolide, deux produits naturels aux propriétés biologiques variées. Le (-)-triptolide possède notamment une activité anti-tumorale prometteuse dans le domaine de la lutte contre le cancer. Cette synthèse est basée sur une étape clé de cyclisation cationique 6-endo-Trig. Après la synthèse de nombreux initiateurs de cyclisation ainsi que l’étude et l’optimisation de la réaction, une nouvelle cyclisation diastéréosélective de 1,3-dithiolanes allyliques en présence de TMSOTf a été découverte. A partir de la trans-décaline ainsi générée, les synthèses de nos produits naturels ont pu être complétées et constituent les synthèses les courtes décrites jusqu’alors.
Le développement de nouvelles méthodologies a également été un axe de recherche de ces travaux de thèse. Les nombreuses méthodes mises à jour ont consisté en : la cyclisation chimiosélective et diastéréosélective de céto-époxydes pour former des cis-décalines, la cyclisation diastéréosélective de 1,3-dithiolanes allyliques pour former des trans-décalines, une préparation efficace de tétrahydrobenzofuranes sous irradiation micro-ondes au départ de tricétones, et enfin la C-acylation one-pot de 1,3-cycloalcanedione pour la préparation de β-tricétones mono- ou disubstituées en α de la cétone exocyclique.Most of this thesis work dealt with the development of a new total synthesis of triptophenolide as well as a formal synthesis of triptolide, two natural products exhibiting a wide range of biological properties. (-)-Triptolide possesses, in particular, a promising anti-tumoral activity in the fight against cancer. The synthesis developed was based on a cationic 6-endo-Trig cyclisation as the key step. Many initiators of cyclisation were synthesized followed by the study and the optimization of each cyclisation, which revealed a new diastereoselective cationic 6-endo-Trig cyclisation of an allylic 1,3-dithiolane with TMSOTf. The total synthesis was finally completed from the trans-decaline formed after cyclisation, and our total synthesis represents the most concise ever reported.
The development of new synthetic methodologies was also an important part of this work. Many methods were discovered: the diastereoselective and chemoselective cyclisation of keto-epoxide to form cis-decalines, the diastereoselective cyclisation of allylic 1,3-dithiolanes to form trans-decalines, an efficient preparation of tetrahydrobenzofurans under the microwave irradiation of triketones, and finally, the one-pot C-acylation of cyclic 1,3-diones to prepare β-triketones mono- or disubstituted
Study of Beet necrotic yellow vein virus p25 and RNA-3 non coding sequences roles on the viral pathogenicity
No full textLe virus des nervures jaunes et nécrotiques de la betterave est un fléau majeur de l'industrie sucrière, puisque les moyens de défense restent encore limités. Les études antérieures ont montré que l'ARN-3 du BNYVV est un acteur principal de la mise en place de la symptomatologie grâce à la dualité d'action de la protéine p25 et de la séquence ribonucléotidique. Nos recherches fondamentales et
appliquées se sont tournées vers la compréhension des mécanismes moléculaires impliqués dans la pathogénicité. L'induction du mécanisme d'ARN silencing médiée par l'expression de séquences d'ARN-3 en tiges-boucles ne semble pas conférer de résistance efficace contre la multiplication virale et le mouvement systémique du virus. L'expression constitutive de la protéine p25 dans A. thaliana induit de profondes modulations transcriptomiques et hormonales qui pourraient expliquer la prolifération racinaire des betteraves infectées. Cependant, l'effet de la protéine p25 diffère selon les plantes l'exprimant, suggérant que son action dépend de facteurs cellulaires hôte spécifique. Enfin, nous avons montré que l'ARN-3 subgénomique est un produit de clivage de l'ARN-3 et ne répond plus à la définition d'un réel ARN subgénomique. Coremin, une séquence de 20 nucléotides présente sur
l'ARN-3 est impliquée dans l'accumulation de l'ARN-3 subgénomique, mais aussi dans le mouvement à longue distance et dans la régulation de l'accumulation de la protéine p25. Des facteurs protéiques probablement impliqués dans ces mécanismes n'ont pas encore été identifiés. Nos résultats confirment l'implication multiple de l'ARN-3 dans la pathogénicité et permettent de mieux en appréhender les mécanismes moléculaires.Beet necrotic yellow vein virus is a main problem for sugar companies, because of the limited ways of fight. Previous studies showed that BNYVV RNA-3 is the major factor of symptomatology, due to the duality of action of both p25 protein and ribonucleotidic sequence. Our fundamental and applied researches exposed in this manuscript concern the understanding of molecular processes involved in the viral pathogenicity. Induction of RNA silencing mechanism by the expression of RNA-3 sequence hairpins doesn't seem to confer an efficient resistance against viral multiplication and systemic movement. P25 protein constitutive expression in A. thaliana plants induces deep transcriptomic and
hormonal deregulations, that could explain the anarchic root proliferation of infected sugar beets.
However, p25 protein effect differs among p25 expressing plants, meaning that its action depends on host-specific cellular factors. Finally, we showed that subgenomic RNA-3 is a cleavage product from RNA-3 and doesn't correspond anymore to the subgenomic RNA definition. Coremin, a 20-nucleotidelong sequence carried by RNA-3 is involved in subgenomic RNA-3 accumulation, in systemic movement, and in regulation of p25 protein accumulation. Viral and cellular factors probably involved in such mechanisms haven't yet been identified. Our results confirm the multiple and complex implication of RNA-3 in the pathogenesis process, and allow a better understanding of these molecular
mechanisms
Sequential construction of crystalline heterometallic architectures based on 7-azaindole and dipyrrin ligands
No full textLes polymères de coordination revêtent un grand intérêt de par leurs applications potentielles dans les domaines de la catalyse ou du stockage de gaz, par exemple. Alors que la majorité des architectures décrites sont homométalliques, l'obtention de leurs analogues hétérométalliques représente un défi synthétique. En effet, une approche «one-pot)), par principe, peut mener à un mélange statistique de composés homo- et hétérométalliques. Afin de résoudre ce problème, une stratégie séquentielle a été mise au point. Elle repose sur l'utilisation de ligands portant des pôles de coordination différenciés. Celte voie a été développée à partir de ligands dérivés du 7-azaindole et de la dipyrrine.
Dans une première partie, des dérivés fonctionalisés du 7-azaindole ont été synthétisés et utilisés comme
ligands pour la préparation de complexes et de réseaux à base de Cu(II) . Dans une deuxième partie, des dérivés de
la dipyrrine portant un groupement imidazolyle, pyrazolyle ou pyridyle périphérique ont été préparés ainsi que leurs
complexes hétéroleptiques de Cu (II) et Co(III). Ces composés forment par auto-assemblage avec des sels d'argent,
: AgX, des architectures hétérométalliques ' mono- et bi-dimensionnelles. L'organisation de ces réseaux est influencée la nature de l'anion X-. Dans une troisème et dernière partie, un ligand comprenant à la fois les noyaux dipyrrine et 7-azaindole a été synthétisé. Ce dernier groupement montre une récurrence d'un motif auto-complémentaire de liaison hydrogène. Ainsi, les complexes obtenus par coordination de la fonction dipyrrine à des métaux divalents tels que Ni(II), Cu(lI) et Zn(lI) forment des réseaux unidimensionnels.Coordination polymers have altracted considerable interest over the past few years owing to their potential
application in gas storage or catalysis, for example. While the vast majority of these compounds are homometallic
systerns, the synthesis of heterometallic architectures remains challenging. Indeed, a one-pot synthetic approach in
principle leads to a statistical mixture of homo- and hetero-metallic assemblies. To circumvent this synthetic issue, a sequential approach has been developed. The lalter relies on the use of ligands bearing differentiated coordination sites hence allowing the stepwise elaboration of heterornetallic architectures. This approach has been explored by ligands based on the 7-azaindole and dipyrrin moieties. ln a first parI, functionalized 7-azaindole derivatives have been synthesized and employed as ligands for the preparation of Cu(II) discrete complexes and networks. In a second part of the work, novel dipyrrin appended with imidazolyl, pyrazolyl or pyridyl groups have been prepared and used as ligands for the synthesis of heteroleptic Cu(lI) and Co(III) complexes. These species form mono- and bi-dimensional networks upon assembly with sil ver salts, AgX. The solid state arrangement of these species is influenced by the nature of the X- anion. In a third and final parI, a ligand incorporating both a dipyrrin and a 7-azaindole has been conceived and prepared. The lalter shows a recurrent hydrogen bonding motif that leads to the formation of one-dimensional networks upon coordination of, divalent metals such as Ni(II), Zn(lI) and Cu (II) by the dipyrrins