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Facies, architecture and dynamic of a Late-Ordovician proglacial fan (Murzuq Basin, SW Libya)
No full textÀ l’Ordovicien supérieur, la plate-forme nord-gondwanienne fut le siège d’une glaciation majeure. Les successions sédimentaires glaciogéniques associées constituent d’importants réservoirs pétroliers dans le domaine saharien. L’étude a été menée dans la zone du plateau du Tissaghert au SO de la Libye. La succession sédimentaire étudiée comprend trois systèmes de dépôts. Ils correspondent à un premier système de marge proximale glaciaire amont, qui comprend un complexe associant un bassin glaciaire, un front glaciotectonique et un réseau de chenaux fluvioglaciaires incisés, façonnés en période d’avancée glaciaire et comblés en période de retrait. Un second système proglaciaire fluvio-deltaïque aval, relié au premier, comprend une plaine deltaïque à chenaux fluvioglaciaires, évoluant en un environnement marin d’embouchure et de front de delta à géométrie progradante d’angle faible. Sa construction résulte d’une dynamique de dépôt à crues glaciaires catastrophiques et est contemporaine d’une période d’avancée et de stabilisation des fronts glaciaires. Ces deux systèmes sont surmontés par un système transgressif postglaciaire, caractérisé par une dynamique mixte tidale et de houle, qui reflète la récession généralisée des fronts glaciaires sur la plate forme. Les deux premiers systèmes constituent un cortège de bas niveau marin tardif, tandis que le dernier forme un cortège transgressif. Ils caractérisent tous deux la signature d’une séquence glaciaire, définie comme résultant d’un cycle d’avancée/ retrait glaciaire. Ces résultats ont permis la réalisation d’un modèle géologique réservoir 3D semi-déterministe, analogue du système pétrolier Ordovicien/ Silurien.During the Late Ordovician, a continental-scale ice sheet extended over the north Gondwana platform. The resulting glaciogenic sedimentary successions constitute the most important petroleum reservoirs of the Saharan fields. This study was carried out from field data and satellite imagery of the plateau du Tissaghert in southwest Libya. The studied sedimentary succession shows three depositional systems. These systems correspond to a first Southern ice-marginal setting upstream, comprising a glacial basin with the associated glaciotectonic complex and a connected network of incised channels, which are developed during glacial advance and infilled during glacial retreat. This ice marginal system is connected downstream, to a second Northern proglacial fluvio-deltaic system that corresponds to a delta-plain setting including fluvioglacial channels and that evolves downstream into river-mouth and low-angle prograding delta front environments. The overall deltaic architecture builds up from repeated glacial outbursts, mainly during glacial advance and ice-front stabilization. A third postglacial transgressive tidal and wave-dominated system superimposes these two previous systems and depicts ice-front retreat and the subsequent global deglaciation. The two first glacially related systems represent the late part of a lowstand system tract, and the third system represents a subsequent transgressive system tract. They all characterize the signature of a glacial sequence consequently defined by a cycle of glacial advance and retreat. These results also allowed the creation of a 3D analog reservoir model of the Ordovician-Silurian petroleum system
Use of proteomic analysis in the characterization of bacteria of probiotic interest
No full textLa réglementation européenne 1924/2006 exige que toute allégation santé soit étayée par des preuves scientifiques fiables de nature clinique. Force est de constater que la majorité des fabricants de probiotiques actuellement sur le marché ne fournissent pas ces preuves, dans la mesure où les études cliniques sont onéreuses et où il y a un manque de méthodes satisfaisantes et abordables facilitant la sélection préliminaire des souches les plus prometteuses. Dans ce contexte, l’objectif de ce travail de thèse a été de développer une méthode analytique globale, basée sur la protéomique, pour différencier les souches probiotiques des souches sans bénéfice pour l’hôte, et pour essayer de comprendre certains mécanismes d’interaction probiotiques/hôte. Parmi la large gamme de propriétés et d’activités des bactéries probiotiques, nous nous sommes intéressés à la résistance aux conditions gastro-intestinales, à la capacité d’adhésion au mucus, et aux activités hypocholestérolémiante et immunomodulatrice de souches de Lactobacillus casei et de Lactobacillus plantarum. Cette approche a permis d’identifier des profils protéomiques particuliers susceptibles de constituer des marqueurs bactériens de propriétés et d’activités probiotiques.The 1924/2006 European regulation requires health claims to be substantiated with relevant clinical data. There is no denying that most of the manufacturers of currently marketed probiotics do not provide such substantiation, inasmuch as clinical studies are expensive and there is a lack for satisfactory and affordable methods facilitating the preliminary selection of the most promising strains.
In this context, this thesis aimed at developing a global analytical method, based on proteomics, to differentiate probiotic strains from strains with no advantage for the host, and to try to understand some of the probiotic/host interaction mechanisms. Among the variety of properties and activities of probiotic bacteria, we focused on the resistance to gastro-intestinal conditions, the adhesion to mucus, and the hypocholesterolemic and immunomodulatory activities of Lactobacillus casei and Lactobacillus plantarum strains. This approach enabled to identify particular proteomic profiles likely to represent bacterial markers of probiotic properties and activities
Mathematical and numerical analysis of the resistive magnetohydrodynamics system with self-generated magnetic field terms
No full textCe travail est consacré à la construction de méthodes numériques permettant la simulation de processus d'implosion de coquilles en fusion par confinement inertiel (FCI) avec prise en compte des termes de champ magnétique auto-généré. Dans ce document, on commence par décrire le modèle de magnétohydrodynamique résistive à deux températures considéré ainsi que les relations de fermeture utilisées. Le système d'équations ainsi obtenu est alors divisé en sous-systèmes selon la nature de l'opérateur mathématique sous-jacent pour lesquels l'on propose ensuite des schémas numériques adaptés. On insiste notamment sur le développement de schémas volumes finis pour l'opérateur hyperbolique, ce dernier correspondant aux équations d'Euler ou de la magnétohydrodynamique idéale selon que l'on tienne compte ou non des termes de champ magnétique. Plus précisement, on propose une nouvelle classe de schémas d'ordre élevé à directions alternées construits dans le formalisme Lagrange + projection sur grille cartésienne qui présentent l'originalité d'être particulièrement bien adaptés aux calculateurs modernes grâce, entre autres, au traitement par directions alternées et à l'utilisation de techniques de viscosité artificielle. Cette propriété est illustrée par des mesures de performance séquentielle et d'efficacité parallèle. On combine ensuite les schémas hyperboliques développés avec des méthodes de type volumes finis permettant le traitement semi-implicite des termes de conduction thermique et résistive et une prise en compte explicite des termes de champ magnétique auto-générés. Afin d'étudier les caractéristiques et les effets des champs magnétiques auto-générés, on présente enfin un cas test de capsule FCI simulée à partir du début de la phase de décélération.This work is devoted to the construction of numerical methods that allow the accurate simulation of inertial confinement fusion (ICF) implosion processes by taking self-generated magnetic field terms into account. In the sequel, we first derive a two-temperature resistive magnetohydrodynamics model and describe the considered closure relations. The resulting system of equations is then split in several subsystems according to the nature of the underlying mathematical operator. Adequate numerical methods are then proposed for each of these subsystems. Particular attention is paid to the development of finite volume schemes for the hyperbolic operator which actually is the hydrodynamics or ideal magnetohydrodynamics system depending on whether magnetic fields are considered or not. More precisely, a new class of high-order accurate dimensionally split schemes for structured meshes is proposed using the Lagrange-remap formalism. One of these schemes' most innovative features is that they have been designed in order to take advantage of modern massively parallel computer architectures. This property can for example be illustrated by the dimensionally split approach or the use of artificial viscosity techniques and is practically highlighted by sequential performance and parallel efficiency figures. Hyperbolic schemes are then combined with finite volume methods for dealing with the thermal and resistive conduction operators and taking magnetic field generation into account. In order to study the characteristics and effects of self-generated magnetic field terms, simulation results are finally proposed with the complete two-temperature resistive magnetohydrodynamics model on a test problem that represents the state of an ICF capsule at the beginning of the deceleration phase
Essays on the econometric evaluation of monetary business cycle models.
No full textCette thèse porte sur l’évaluation économétrique du modèle néo-keynésien. Ce modèle constitue à l’heure actuelle un cadre de référence pour l’étude de la politique monétaire, à la fois dans le milieu académique et dans les institutions ayant à leur charge la conduite de la politique monétaire. Cette thèse confronte le modèle néo-keynésien aux données américaines et européennes et cette confrontation s’organise autour de trois points principaux : la capacité du modèle à reproduire la persistance de l’inflation, à expliquer la source de la grande modération , c'est-à-dire la stabilité des données macroéconomiques observées depuis 1980 jusqu’à la récente crise financière, et enfin la capacité du modèle à expliquer la nature endogène (ou non) des changements de régime de politique monétaire. L’estimation du modèle conduit à trois résultats principaux. Tout d’abord, le modèle reproduit parfaitement la persistance de l’inflation dès lors que la cible d’inflation de la banque centrale fait partie des variables expliquant l’inflation dans la courbe de Phillips néo-keynésienne. Ensuite, le modèle reproduit la grande modération et montre que ses origines sont liées à une bonne conduite de politique monétaire et aussi à la diminution de la volatilité des chocs exogènes affectant l’économie. Enfin, les changements de régime de politique monétaire sont endogènes dans la zone euro, tandis que pour le cas américain, ils sont beaucoup plus liés aux périodes auxquelles un nouveau président de la réserve change est désigné, dans le cas américain.This thesis focuses on the econometric evaluation of the new-Keynesian model. This model is now a benchmark one for the analysis of monetary policy, both in academic and policy-making institutions. This dissertation fits the new-Keynesian model to U.S. and European data, and the model is evaluated on its ability in matching inflation persistence, in explaining the great moderation, i.e. the idea that economic data after 1980 until the great recession of 2008 are more stable than before. Finally, the estimated model is used to shed light on whether changes in U.S. and European monetary policy are endogenous or not. Our results are as follows. First, the estimated model matches inflation persistence as soon as the new-Keynesian Phillips curve includes the inflation target of the central bank as a variable that explains inflation. Second, the explanations for the great moderation are both an improved monetary policy and smaller variance of shocks that U.S. and European economy have experienced. Third, changes in European monetary policy appear to be endogenous, while changes in U.S. monetary policy are closely associated with the dates at which fed chairmen change
Fast determination of overall source parameters for large earthquakes using the W phase
No full textDepuis une vingtaine d'années, un effort considérable a été effectué dans le développement d'outils dédiés à la caractérisation rapide de la source sismique. Jusqu'à récemment, plusieurs heures étaient encore nécessaires pour obtenir une information fiable sur la source des grands tremblements de terre. C'est dans ce cadre que s'inscrit ce travail, dont l'objectif principal est le développement et la mise en oeuvre d'une méthode de détermination rapide du tenseur moment sismique centroid (CMT) basée sur l'utilisation de la phase W pour les grands séismes.La phase W est une phase sismique correspondant essentiellement à la superposition des modes normaux supérieurs à très longue période (entre 100 s et 1000 s) arrivant entre l'onde P et les ondes de surface. Nous montrons que la phase W a l'avantage de ne pas être affectée par les hétérogénéités latérales superficielles puisque la majeure partie de son énergie se propage en profondeur. De par son caractère longue période, la phase W est particulièrement bien adapté à la caractérisation de la source pour les évènements de Mw≥7.5. Pour les grands séismes en effet, la complexité de la source apparaît de plus en plus évidente aboutissant inévitablement à une variabilité des scénarios de sources estimés à courte période dans des bandes fréquentielles étroites. Les "séismes tsunami" et les séismes "outer-rise" sont des exemples extrêmes illustrant bien ce problème (Kanamori, 1972 ; Lay et al., 2009). Nous démontrons la robustesse de l'algorithme phase W développé pendant ce travail pour effectuer la caractérisation rapide et systématique de la source sismique. Il est aujourd'hui implémenté en temps réel dans plusieurs centres d'alerte à l'échelle globale et à l'échelle régionale. A des distances télésismiques, la méthode permet l'obtention du CMT dans la première demi-heure après le temps origine. A des échelles régionales, les résultats sont disponibles beaucoup plus rapidement, entre 6 et 12 minutes après le temps origine. Les résultats obtenus en temps réel à l'United States Geological Survey (USGS), au Pacific Tsunami Warning Center (PTWC), à l'Institut de Physique du Globe de Strasbourg (IPGS) et à l'échelle régionale au Mexique montrent clairement la robustesse et la fiabilité des solutions CMT obtenues en utilisant la phase W.En suivant une formulation bayesienne, nous proposons une analyse d'erreur formelle lors de l'inversion de la source sismique à longue période. La prise en compte plus réaliste de l'erreur sur les données permet non-seulement une estimation fiable de l'incertitude sur le modèle de source mais aussi l'amélioration de la solution elle même. Nous développons également une approche pour estimer l'erreur sur la profondeur du centroid. Ce paramètre est important étant donné son influence sur le moment sismique scalaire et le pendage du plan de faille déterminés lors des inversions CMT.Considerable effort has been made in the last two decades regarding the design and implementation of tools aimed at fast characterization of earthquake sources. As a fruitful harvest, a preliminary magnitude estimation is often available within fifteen minutes for a Mw=6.0 earthquake occurring anywhere in the world. But until recently, it still took several hours to determine the first order attributes of a great earthquake (e.g. Mw≥8.0) even in a well instrumented region. Our goal here is to develop a method providing fast centroid moment tensor (CMT) estimates for large earthquakes based on the W phase.The W phase is a very long period phase (100-1000 s) starting at the same time as the P-wave. It is conspicuous on broadband displacement records before the surface waves arrivals and can then be used for fast characterization of the source. We show that the W phase is not affected by shallow heterogeneities since a significant part of its energy is propagating deep into the mantle. Because of its long period nature, the W phase algorithm is particularly well suited for robust determination of CMT parameters for Mw≥7.5 earthquakes. For large earthquakes indeed, the source complexity is more evident which translates into significant variations of narrow-band magnitude estimations performed at short period. Tsunami earthquakes and outer-rise events provide good examples of this problem (Kanamori, 1972 ; Lay et al., 2009).In the last three years, several international collaborations have been established to use and test the algorithm online either at global or at regional scale. At teleseismic distances, the W phase method allows CMT estimates within half an hour after the earthquake origin time. At the regional scale, the CMT solutions are available between 6 min and 12 min after the origin time. The results obtained in real-time at the United States Geological Survey (USGS), the Pacific Tsunami Warning Center (PTWC), the Institut de Physique du Globe de Strasbourg (IPGS) and in the region of Mexico clearly indicate the robustness and the accuracy of CMT solutions computed using the W phase.Using a bayesian formulation, we propose a formal error analysis for seismic source inversion based on long period seismological data. Taking into account more realistic data uncertainties allows us to improve error estimates on the source model parameters but also to improve the solution itself. In this study, we also develop a method to estimate the uncertainty on the centroid depth. This parameter has a strong influence on the scalar seismic moment and on the fault dip estimated during CMT inversions
Using fullerène as catalyst support for proton exchange membrane fuel-cells
No full textCe travail concerne l’étude de nouveaux catalyseurs à base de fullerène pour la cathode de piles à combustible de type PEMFC. L’utilisation du fullerène C60, réputé stable, comme support de catalyseur ainsi que la possibilité de lier le platine sur le fullerène permet d’espérer améliorer la tenue à la dégradation de la couche active. Dans un premier temps, un ensemble de catalyseur de type MnC60 à base d’atomes de platine et/ou palladium liés au C60, appelés métallofullerènes, ont été synthétisés et caractérisés physico-chimiquement. En parallèle, des catalyseurs non-nobles à base de phtalocyanine de fer déposée sur du fullerène ont également été synthétisés.
Les performances de ces catalyseurs ont été testées électrochimiquement, sur une électrode tournante à disque-anneau, en demi-cellule et, pour les meilleurs catalyseurs, en pile, et comparées à celles obtenues avec des catalyseurs commerciaux de référence sur noir de carbone Pt/C et PtCo/C. Il ressort de l’étude que les performances des métallofullerènes dépendent de la stœchiométrie n des composés MnC60 et que les meilleurs présentent des performances similaires voire supérieures à celles obtenues avec les catalyseurs de référence. Les catalyseurs non-nobles sur fullerène permettent d’obtenir des performances similaires à celles obtenues avec des catalyseurs non-nobles sur noir de carbone.
De plus, une première étude de vieillissement des métallofullerènes montrent que ces composés ont une résistance à la corrosion du carbone similaire aux catalyseurs de référence.This work concerns the study of new fullerene-based catalysts for the cathode of fuel cell type PEMFC. The use of fullerene C60, known to be stable, as a catalyst support and the ability to bind the platinum on the fullerene can hope to improve the resistance to degradation of the active layer. As a first step, a set of type catalyst MnC60 based on platinum and / or palladium atoms bonded to C60, called metallofullerenes, were synthesized and characterized physically and chemically. In parallel, non-noble catalysts based on iron phthalocyanine deposited on fullerene have been synthesized.
The performance of these catalysts were electrochemically tested on a rotating ring-disk electrode, half-cell and, for best catalysts in fuel-cell, and compared with those obtained with reference commercial catalysts on carbon black Pt/C and PtCo/C. It appears from the study that the performance of metallofullerenes depends on the stoichiometry n of MnC60 compounds and best of them exhibit performance similar or even superior to those obtained with the reference catalysts. Non-noble catalysts on fullerene can obtain performance similar to those obtained with non-noble catalysts on carbon black.
In addition, an initial study of metallofullerenes aging shows these compounds have a carbon corrosion resistance similar to reference catalysts
Sentinel lymph node detection by optical methods using scattered and fluorescence photons
No full textLa méthode du ganglion sentinelle (GS) s’est imposée comme la technique de référence de détection du cancer du sein. Deux méthodes optiques de détection du GS ont été mises en œuvre. La première consiste à enregistrer les photons diffusés par les tissus afin de détecter l’accumulation d’un colorant dans le GS. La seconde méthode consiste à détecter l’émission de photons de fluorescence. Pour chacune le colorant choisi est le plus utilisé en routine clinique : le Bleu Patenté V (BPV).
Un premier instrument optique, utilisant 4 diodes lasers d’excitation, afin de discriminer l’absorption du BPV des autres chromophores tissulaires, et une photodiode de détection a été développé. Des expériences réalisées sur des solutions simulant les propriétés optiques des tissus du sein ont permis de déterminer que la sonde est 30 fois plus sensible que l’œil. Une expérimentation animale a permis de vérifier, in-vivo, la faisabilité de la méthode. Une collaboration avec un centre régional anticancéreux a permis la caractérisation ex-vivo du prototype sur 78 pièces opératoires marquées par de faibles volumes de BPV et visuellement non colorés.
Parallèlement une exaltation du rendement quantique de fluorescence du BPV, d’un facteur 30, lorsqu’il est lié à de l’albumine humaine sérique a été mis en avant. Un prototype de détection des photons de fluorescence a été développé ayant un seuil de détection 100 fois inférieur à l’œil. Des GS marqués par le fluorophore ont été détectés sur un modèle animal, avec ce dispositif et à l’aide d’un système d’imagerie adapté. L’appareil développé est capable de localiser un GS marqué par un colorant fluorescent injectable chez l’homme par voie percutanée.The sentinel lymph node (SLN) method has become the gold standard to detect breast cancer metastasis. Two optical methods of detection and localization of SLN have been implemented. The first is based on the recording of scattered photons in the tissue to detect dye accumulated in the node. The second consists in detecting the emission of fluorescence photons. For both applications the dye selected is the most frequently used in clinical routine: Patent Blue V (PBV).
A first optical instrument has been developed, using 4 excitation laser diodes, to discriminate absorption of PBV from that of other tissue chromophores, and one photodiode of detection. Experiments on solutions simulating the optical properties of breast tissue determined that the probe was 30 times more sensitive than the eye. Animal experimentation allowed to verify, in-vivo, the feasibility of the method. Subsequent collaboration with a regional cancer centre has permitted ex-vivo characterization of the prototype using 78 surgical pieces marked with low volumes of PBV and not visually blue.
Our parallel studies highlighted an enhancement of the PBV fluorescence quantum yield by a factor of 30 when it was bounded to human serum albumin. Thus, a prototype to detect fluorescence photons has been developed. Its detection threshold is 100 times as low as that of the human eye. Fluorophore-marked nodes were detected in an animal model, with this device and using an appropriate imaging system. This device can localize precisely a marked SLN after percutaneous injection of a fluorescent dye
Proteins involved in myopathies with centralization of nuclei : understand their link and the consequences of their mutations.
No full textIntroduction : les myopathies centronucléaires (CNM) sont des maladies rares caractérisées par une faiblesse musculaire et des fibres musculaires à noyaux centraux. Elles sont divisées en 3 formes : XLCNM (mutations dans MTM1), ADCNM (mutations dans DNM2) et ARCNM (mutations dans BIN1). Les protéines respectives sont la myotubularine (une phosphatase à phosphoinositides), la dynamine 2 (une large GTPase), et l’amphiphysine 2/BIN1 (une protéine capable de remodeler les membranes). Leur implication dans le trafic membranaire et le remodelage des membranes suggère une connexion fonctionnelle entre ces trois protéines. Résultats : la mise au point d’une nouvelle technique de diagnostic génétique par Western-Blot chez les patients XLCNM a montré une diminution quasi-totale de la concentration de MTM1 chez la plupart des patients.
L’étude fonctionnelle des mutations dans BIN1 a mis en évidence qu’elles sont responsables soit d’une perte de tubulation membranaire soit d’une anomalie de la conformation 3D de la protéine pouvant être responsable d’une altération du recrutement de la dynamine 2. Une collaboration avec l’équipe du Dr N. Charlet-Berguerand, nous a permis de montrer que la perte de l’exon 11 de BIN1 est responsable d’un défaut de tubulation membranaire dans les cellules musculaires de patients dystrophiques. Enfin, des expériences d’interaction protéique ont montré que MTM1 et BIN1 sont capables d’interagir directement entre elles, via le domaine SH3 de BIN1. Conclusion : toutes ces données suggèrent que ces 3 protéines sont impliquées dans une voie commune dans le muscle squelettique et qu’elle pourrait avoir un lien avec la formation/le maintien des tubules-transverses.Introduction : Centronuclear Myopathies (CNM) are rare congenital diseases characterized by muscle weakness and muscular fibers with abnormal central nuclei. There are three different forms : the X-linked form XLCNM (mutations in MTM1), the autosomal dominant form ADCNM (mutations in DNM2) and the autosomal recessive form ARCNM (mutations in BIN1). Corresponding proteins are respectively myotubularin (a phosphoinositides phosphatases), dynamin 2 (a large GTPase), and amphiphysine 2/BIN1 ( a protein involved in membranes remodeling). A functional connection between these three proteins is suggested by their implication in membrane trafficking and membrane remodeling. Results : a new method of genetic diagnosis by western-blot in XLCNM has been developed. This method shows a near-total diminution of the MTM1 concentration. A functional study of BIN1 mutations shows that these mutations are responsible either of membrane tubulation diminutions or an abnormal 3D conformation of BIN1. This misconformation could corrupt the recruitment of DNM2. A collaboration with Dr N. Charlet-Berguerand team demonstrates that the abnormal splicing of BIN1 exon 11 is responsible of a defect of membrane tubulation function in muscular cells of dystrophic patients. Finally, experiences of protein interaction show that MTM1 and BIN1 are able to interact together directly via the SH3 domain of BIN1. Conclusion : all these data suggest that these 3 proteins are involved in a same pathway in the skeletal muscle. This pathway could be linked with the formation/maintenance of T-tubules
Hebrew verb forms in the book of amos and their functions in the tense-aspect-modality system. An analytical and systematic study
No full textLes formes verbales du texte hébreu du livre d’Amos, à savoir le qatal, le yiqtol, le wqatal et le wayyiqtol, ainsi que l’impératif, le jussif, le cohortatif, les deux infinitifs et le participe ont été étudiées systématiquement et dans leur contexte en référence à la fonction qu’elles occupent au sein du système temps-aspect-mode de l’hébreu biblique. Les fonctions des formes verbales ont été répertoriées et classées. Pour chaque forme verbale, une ou plusieurs fonctions de base se sont dégagées, ainsi que des fonctions annexes. Dans leur ensemble et dans leur interdépendance, ces fonctions forment le système verbal d’Amos, avec ses deux concrétisations, celle des textes narratifs et celle des textes oratoires. Il ressort de l’étude que les formes verbales ont une fonction indirecte dans l’expression des temps verbaux (passé, présent, futur). L’aspect est exprimé par certaines formes verbales, dans certains contextes particuliers. La grande distinction à la base du système verbal est la distinction entre le realis et le modalis.
L’étude des formes verbales dites consécutives montre également qu’elles n’expriment pas automatiquement une consécution linéaire. La présence de l’élément w- au sein des formes « consécutives » explique leur ancrage ou leur liaison logique avec ce qui précède. Le système verbal de l’hébreu biblique classique tel qu’il se présente dans le livre d’Amos est cohérent. A chaque forme correspondent une ou plusieurs fonctions de base et des fonctions secondaires. Sous certaines conditions, une fonction secondaire d’une forme verbale peut recouper la fonction principale d’une autre forme verbale.The Hebrew verb forms of the biblical book of Amos, qatal, yiqtol, wqatal and wayyiqtol, as well as the imperative, jussive, cohortative, the two infinitives and the participle are studied systematically in context to determine the functions they fulfill in the tense-aspect-modality system of classical biblical Hebrew. The functions of each form are classified. For each form one or several basic functions can be shown which constitute – together and interdependently – the two realizations of the verbal system of the book of Amos, corresponding to narrative and discursive text types. The study shows that the verbal forms only indirectly function to expression tense. Only some forms express aspect, and only in some particular contexts. The primary dichotomy in the verbal system is the distinction between realis and modalis. The study of the so-called consecutive forms similarly shows that they do not express linear consecutivity. The presence of the element w-in these forms explains their anchoring or logical link to the preceding text. The Hebrew verbal system of tense-aspect-modality as it is manifest in the book of Amos is coherent. One or more basic verbal functions correspond to each form. Under some conditions, a secondary function of a given verb form may overlap with a primary function of another verb form
Directed evolution and enzymatic biofuel cells : sludy of CotA laccase and its optimization by directed evolution using droplet based microfluidic
No full textLes biopiles enzymatiques ont vu le jour pour développer des sources miniatures d’électricité renouvelable. Cette technologie naissante est cependant encore limitée en termes de puissance ou de durée de vie. Bien qu’encore peu employée, une stratégie pour améliorer ces performances consiste à optimiser les propriétés catalytiques ou de stabilité des enzymes. Ces travaux de doctorat décrivent le développement d’une plateforme de microfluidique digitale permettant l’évolution dirigée de la laccase CotA de Bacillus subtilis pour une utilisation dans une biopile enzymatique. Ces travaux démontrent la possibilité d’utiliser une enzyme extrêmophile au sein d’une biopile enzymatique. L’efficacité de CotA en tant que biocatalyseur de la réduction de l’O2 a été évaluée pour la première fois en développant des biocathodes ou des biopiles Glucose/O2 complètes. Une plateforme microfluidique modèle de criblage à très haut débit applicable à l’évolution dirigée de la laccase CotA a également été mise au point et validée. La plateforme permet l’encapsulation de cellules E. coli exprimant la protéine dans des microgouttelettes aqueuses de quelques picolitres, l’incubation des microgouttelettes, l’ajout du substrat par picoinjection puis la détection et le tri de l’activité enzymatique de CotA à très haut débit (1 million de clones en seulement 4 heures). La plateforme est directement applicable au criblage de banques de mutants et les variants optimisés sélectionnés devraient mener à la création d’une nouvelle génération de biopiles plus efficaces. Cette plateforme universelle de criblage constitue un outil à la fois versatile et puissant pour l’évolution dirigée des protéines.Enzymatic biofuel cells have been recently developed to create miniature renewable electricity sources. However, this new technology is still limited in terms of power and lifetime compared to classical fuel cells. Although it has been rarely used yet, one strategy to improve these performances is to optimize the catalytic and stability properties of the enzymes. This PhD work describes the development of a droplet-based microfluidic platform for thr directed evolution of CotA laccase from Bacillus subtilis for enzymatic biofuel cells application. This work demonstrates the possibility of using an extremophilic enzyme inside an enzymatique biofuel cell. The efficiency of CotA as a biocatalyst for O2 reduction has been evaluated for the first time developing biocathodes or complete Glucose/O2 biofuel cells. A droplet-based microfluidic high-throughput screening platform for CotA directed evolution has also been developed and validated. This platform allows the encapsulation of E. coli cells expressing the protein in aqueous droplets of few picoliters, the incubation of droplets, the addition of the substrate using picoinjection and then the detection and the sorting of CotA enzymatic activity using very high-throughput (1 million clones in only 4 hours). The platform can be directly used for the screening of mutant libraries. Optimized selected mutants would lead to the creation of a new and more efficient generation of enzymatic biofuel cells. This universal droplet-based microfluidic screening platform is a very powerful tool for directed evolution of proteins