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Evaluation of bacterial contamination of wastewater treatment plants at Agadir (Morocco): isolation, molecular characterization and antibiotic resistance of Vibrio species
No full textAu Maroc et principalement dans la Wilaya d’Agadir trois stations d’épuration des eaux usées fonctionnant selon la technique d’infiltration-percolation sur sable ont été mises en place. L’objectif de cette étude est de déterminer les caractéristiques physico-chimiques, bactériologiques, ainsi que l’étude des souches de Vibrio isolées de 3 stations d’épuration de la ville. Les résultats d’abattement des bactéries indicatrices de contamination fécale entre l’entrée et la sortie des 3 stations d’épuration dépassent les 99%. La qualité des eaux épurées issues des 3 STEPs échantillonnées Ben Sergao, Drarga et L’Mzar, est de type A selon les recommandations de l’OMS (1989), mais il faut que le nombre des oeufs d’helminthes soit moins de 1/L pour une réutilisation en irrigation de façon non restrictive. Au cours de cette étude et après identification par le système Vitek 2 et/ou par PCR, sérotypage, 58 souches de Vibrio ont été isolées et analysées. Cette population est représentée par quatre espèces : 31 souches de V. cholerae non-O1, 17 souches de V. alginolyticus, 9 souches de V. fluvialis et une souche de V. metschnikovii. 53,44% des souches de Vibrio isolées ont un phénotype sauvage, 46,56% des souches présentent le phénotype pénicillinase à bas niveau ou phénptype céphalosporinase à bas niveau. L’étude des profils de migration électrophorètique de l’ADN total après macro restriction enzymatique par NotI, a révélé un degré important d’hétérogénéité des souches de Vibrio. La spectrométrie de masse MALDI TOF a été utilisée pour identifier et classer des souches de Vibrio. La qualité d’identification par cette technique est fonction de la richesse de la banque de spectres enregistrés.In countries such as Morocco, characterized by scarce rainfall, lack of freshwater resources and high groundwater salinity where agriculture reuse of municipal wastewater is becoming a compulsory choice for water resources management. This study evaluated the efficiency of the three wastewater treatment plants (WTPs) for the removal of physico-chemical and microbiological contaminants. Resistance to antibiotics, pulsed field gel electrophoresis and MALDI-TOF mass spectrometry were used to characterize Vibrio isolates. Mean values were used to determine treatment performances of the 3 WTPs, electric conductivity didn’t showed any difference between raw and treated wastewater and the mean values varying from 2900 μS/cm to 3300, the pH varying from 6,66 to 8,6, and the temperature varying between 16°C and 26.4°C. Removal efficiencies of fecal coliforms, enterococci and spores of sulphite reducing anaerobic bacteria were betwenn 3 and 4 log unit for the 3WTPs. 4 species of Vibrio were identified, among the 58 Vibrio sp. isolated, 53,44% were identified as V. cholerae, 29,31% as V. alginolyticus, 17,78% as V. fluvialis and 1,74% as V. metschnikovii. Of the total 58 Vibrio isolates, 53,44% were susceptible to all antibiotics. Of the resistant (46,56%) Vibrio strains, 39,83% were resistant against one to three antibiotics. PFGE with NotI digestion produced patterns with higher level of heterogeneity, and about 31% of Vibrio isolates were untypeable. MALDI-TOF-MS-based fingerprinting of Vibrio isolates has potential as a rapid for identification and finest differences between strains can readily be evaluated by the dendrogram based on percentage identity of MALDI-TOF mass spectra of Vibrio isolates, but requires further development for database of BioTyper
Coping with energy limitation, social constraints and stress in a colonial breeder, the king penguin (Aptenodytes patagonicus)
No full textCette thèse s’intéresse aux stratégies comportementales et physiologiques permettant à un oiseau colonial, le manchot royal, de se reproduire sous de fortes contraintes énergétiques (jeûne prolongé) et sociales (forte densité de congénères) potentiellement stressantes. Utilisant la fréquence cardiaque (FC) comme indicateur de la dépense énergétique et de la réponse au stress, elle considère : 1) le coût énergétique des comportements majeurs (confort et agressivité) du manchot royal se reproduisant à terre, questionnant leur signifiance évolutive; 2) les changements physiologiques (FC, température corporelle, activité physique) associés au jeûne reproductif le plus long (1 mois), révélant que la FC de repos des animaux est fortement influencée par la densité coloniale et suggérant un coût énergétique de la vie en groupe; 3) L’influence de l’environnement social, indiquant que lors d'interactions agressives la réponse cardiaque des animaux est modulée par leur implication dans l'interaction et par le risque associé; 4) Les effets du statut nutritionnel et reproductif sur les réponses cardiaques, hormonales et métaboliques à différents stress anthropiques aigus, démontrant que ces réponses varient en fonction de la valeur relative de la reproduction (œuf vs. poussin). L’atténuation de ces réponses, coûteuses en énergie et pouvant conduire à l'abandon de la progéniture, permettrait d’augmenter le succès reproducteur lorsque la valeur de la reproduction en cours est élevée. Des recherches futures permettront de déterminer les conséquences physiologiques (coût énergétique, stress oxydatif, vieillissement) du stress social chez des espèces vivant en groupe.This thesis investigates the behavioral and physiological strategies that allow a colonial breeder, the king penguin (Aptenodytes patagonicus), to breed while fasting in a crowded, possibly stressful, social environment. First, by monitoring penguin heart rate (HR) as a proxy to energy expenditure, it considers the energy cost of the most common behaviors (comfort and aggressive behavior) of penguins breeding ashore, and questions the adaptive significance of high and low, respectively, energy investment into these two behaviours. Second, it investigates the physiological changes that occur during the longest breeding fast (1 month) by continuously recording HR, body temperature and physical activity in incubating males. It reveals that changes in colony density (i.e. crowding) may have a strong impact on the energy expended to fuel metabolism at rest, i.e. first evidence for an energy cost of group-living in birds. Third, it shows that penguins are highly sensitive to the social environment, as indicated by changes in HR responses to aggressive contexts of various relevance and associated risks. Fourth, it investigates the effects of breeding status on costly stress responses (hormonal, metabolic and cardiac). It shows that responses to acute stress decrease with increasing reproductive value of the offspring (egg vs. chick), suggesting that stress responses may be adaptively attenuated to improve breeding success and fitness, when reproductive value of the current reproduction is high. Further research is needed to investigate the physiological consequences (energy expenditure, oxidative stress, aging) of social stress in group-living animals
Mechanical modeling of the rat brain : application to traumatic brain injury
No full textLes lésions traumatiques cérébrales sont une cause majeure de décès et d’infirmités dans nos sociétés. Elles sont souvent dues à des chutes ou accidents motorisés, quand la tête subit une sollicitation mécanique. L’étude de ces lésions représente des enjeux majeurs ; mais leurs critères d’apparition demeurent assez mal définis, car les lésions cérébrales résultent par nature d’évènements imprévisibles et ne peuvent donc être analysées qu’a posteriori. Aussi, le présent travail s’est proposé de s’intéresser au traumatisme cérébral par une méthode associant modélisation numérique et protocoles expérimentaux animaux. En premier lieu, un modèle à éléments finis (MEF) du cerveau de rat est développé. Un maillage détaillé de l’encéphale est créé, basé sur des images médicales, et inclut différents composants anatomiques ; puis une caractérisation mécanique lui est définie. Après une phase de validation et tests paramétriques, le modèle permet de simuler des protocoles expérimentaux d’accélération angulaire de la tête du rat. Les résultats expérimentaux sont confrontés aux réponses numériques du modèle, pour contribuer à l’étude des critères de lésion. La première série de simulations reproduit des situations causant des lésions légères. De nouveaux indicateurs mécaniques sont proposés, s’avérant mieux corrélés aux déficits comportementaux des animaux que les paramètres usuels (contraintes et déformations). La seconde série simule des chargements responsables de lésions modérées à sévères. Par comparaison avec les informations anatomiques et histologiques, des seuils d’apparition de lésions sévères sont proposés pour les contraintes de Von Mises et les déformations principales.Traumatic brain injuries (TBI) are a major cause of deaths and disabilities in our societies. They often result from falls or motor vehicle collisions, when the head sustains a mechanical loading. Studying those injuries is a crucial issue; but the criteria governing the occurrence of said lesions remain not well known, as brain injuries are in essence the results of unforeseeable events, and thus can only be analyzed a posteriori. Therefore, the current work of thesis aimed to deal with brain injuries through a combined approach of experimental animal protocols and numerical models. In a first step, a finite element model (FEM) of the rat brain is developed. Based upon medical imaging, a detailed mesh of the brain is achieved, representing several main anatomical components; then, a mechanical characterization is defined. After a phase of validation and parametric tests, the model is used to simulate experimental protocols in which the rat head sustains angular accelerations loadings. Experimental results and numerical responses from the FEM were confronted to each other, to contribute to the knowledge on brain injury mechanisms. The first set of simulations deals with loadings related to mild TBI. New mechanical indicators are proposed, and prove to be better correlated with animal behavioral deficits than the usual mechanical parameters (stresses and strains). The second group of simulations focuses on loadings responsible for moderate to severe TBI. By comparing anatomical and histological data to numerical results, new thresholds are proposed, concerning Von Mises stresses and first principal strains levels, for the occurrence of severe TBI
Development of evolutionary models for non-coding RNAs
No full text[...]Pour répondre à la nécessité d'un pipeline d'annotation d'ARNnc rapide et fiable dans le contexte des projets de séquençage génomique de grand envergure, tels que lesprojets Génolevures et Dikaryome, nous avons mis au point deux pipelines d'annotationautomatique, intégrant des outils disponibles publiquement, de recherche d'ARNnc par homologieet de novo. Les deux pipelines ont été appliqués à 15 génomes de levureset ont permis de trouver et d'annoter 1051 gènes d'ARNnc, correspondant à plus de 80% des ARNnc attendus pour ces génomes – si on prend comme référence le nombre d'ARNnc chez S. cerevisiae. En outre, plusieurs nouveaux ARNnc, encore inconnus chez les Saccharomycotinae, ont été détectés. De plus, nous avons mis en évidence un ensemble de nouvelles observations sur la synténie de gènes d'ARNnc et de nouveaux exemples de domaines supplémentaires dans certains ARNnc essentiels. Les résultats montrentla faisabilité de la recherche automatique des ARNnc dans les génomes complets et l'utilité de telles approches dans les grands projets de séquençage et d'annotation génomique. L'intégration complète, dans le pipeline de développement, de nouveauxoutils tels que ceux de prédiction de gènes d'ARNnc de novo ainsi que la possibilité de traiter des données provenant d'autres sources, comme les expériences de séquençage profond, sont les prochains défis à court terme dans cette ligne de travail. La confirmation
expérimentale de ces observations, qui est au-delà de l'approche bioinformatique, doit être le prolongement naturel du projet d'annotation. Dans le strict domaine bioinformatique, le développement de nouvelles approches pour détecter les gènes d'ARNnc insaisissables tels que la composante ARN de la télomerase seraient des ajouts utiles à notre pipeline. Enfin, j'ai développé un algorithme original pour détecter les modules structuraux d'ARN uniquement à partir des informations de séquence (RMDetect). L'algorithme a été conçu pour identifier les modules structuraux connus dans les séquences simples et dans les alignements multiples en l'absence de toute autre information. L'algorithme utilise un réseau bayésien pour la représentation des modules couplé à l'estimation de la probabilité conjointe des paires de bases Watson-Crick participant à des modules. Actuellement, quatre modules peuvent être recherchés: la boucle "G-bulge'', le"Kink Turn'',la boucle C et la boucle "tandem GA''. Dans des séquences de test de contrôle, nous avons trouvé l'ensemble des modules connus avec un taux de fausse découverte de 0.23. En cherchant les 1444 alignements publiquement disponibles, nous avons identifié 21 modules encore
non détectés et 141 modules connus. RMDetect est une étape utile pour combler le fosséentre l'analyse pure de séquences et l'étude structurale de l'ARN. De plus, il peut être utilisé dans l'affinement des structures 2D d'ARN, dans l'assemblage de modèles 3D, et dans la recherche et l'annotation de gènes d'ARN structurés dans les génomes. Nous espérons améliorer l'approche actuelle par l'ajout de nouveaux modèles structuraux. La recherche de modules structuraux dans des génomes complets serait la prochaine étape dans cette ligne de recherche.[...]To answer the need for a fast and reliable ncRNA annotation in the context of large scale genome
sequencing projects (Génolevures and Dikaryome projects), I implemented two automatic annotation pipelines, integrating publicly available tools, for homology and \emph{de novo} ncRNA search in genomes. Both pipelines were applied to 15 yeast genomes and 1051 ncRNA genes were found, corresponding to more than 80% of the expected ncRNAs (assuming the number of ncRNAs from S. cerevisiae as reference). Additionally I identified: (i) several new potential ncRNAs; (ii) several new synteny relationships between ncRNA loci; and (iii) new examples of extended
structural domains in well known essential ncRNAs. These results show the feasibility of automatic search for ncRNAs in full genomes and the utility of such approaches in large genome annotation projects. Finally, I developed a new algorithm to detect structural RNA modules in sequences : RMDetect. It was designed to identify 3D structural modules
in RNA sequences. It uses a Bayesian Network to represent the searched modules and the joint base pair probability estimation to select candidates. Four modules can be searched for: G-bulges, Kink-turns, C-loop and Tandem-GAs. In test sequences all of the known modules were
found with a false discovery rate of 0.23. In 1444 publicly available alignments 21 yet unreported and 141 known modules were identified. RMDetect is a step to bridge the gap between sequence analysis and 3D RNA studies. It can be used in the refinement of RNA 2D structures, the
assembly of RNA 3D models, and the search of structured ncRNAs in genomic data
Host-parasite interaction : mechanism of inhibition of human protein synthesis by the circumsporozoite protein of Plasmodium falciparum, malaria’s agent
No full textAu cours de ma thèse, je ne suis intéressée à l’étude de l’influence de l’interaction hôte-parasite sur la synthèse protéique de l’Homme et de Plasmodium falciparum (parasite responsable du paludisme), respectivement. J’ai développé deux aspects : (i) l’étude de l’étape d’aminoacylation des ARN de transfert (ARNt) en comparant les systèmes de l’Homme et du parasite et (ii) l’élucidation d’un mécanisme d’inhibition de la synthèse protéique chez l’Homme par une protéine de surface secrétée par le parasite lors de l’infection des hépatocytes. Chez Plasmodium falciparum, la Tyrosyl-ARNt synthétase (TyrRS) cytosolique est “classique “ du point de vue organisation structurale. Elle est constituée de deux modules fonctionnels, un domaine catalytique et un domaine de liaison à l’ARNt. Les caractéristiques cinétiques d’aminoacylation (KM, Kcat et plateau) de l’enzyme ont été déterminées. J’ai montré que la TyrRs du parasite aminoacyle avec la même efficacité les transcrits d’ARNtTyr de Plasmodium et de l’Homme. En revanche, seulement une fraction d’ARNt modifiés humains sont chargeables par l’enzyme du parasite, indiquant que les réactions d’aminoacylation “croisées “ entre les systèmes du parasite et de l’Homme sont possibles,
mais que leur efficacité varie d’un système à l’autre.
Contrairement à la TyrRS cytosolique, la TyrRS apicoplastique du parasite est caractérisée par la présence de deux insertions. Ces insertions sont caractéristiques des protéines du parasite et sont appelées LCR (Low Complexity Region). La présence de ces LCR dans la TyrRS apicoplastique, mais aussi dans la majorité des autres protéines de Plasmodium est une contrainte pour leur expression dans un organisme hétérologue. Cette difficulté est une limite considérable dans l’étude de Plasmodium. Au cours de mon travail de thèse, j’ai participé à l’élaboration d’une théorie quant à la fonction de
ces LCR et à leur importance pour la production des protéines solubles. Ces LCR seraient impliquées dans le processus de repliement co-traductionnel des protéines du parasite. Enfin, la plus grande partie de mon travail a consisté à étudier une l’effet de l’interaction hôte-pathogène sur la synthèse protéine dans les cellules du foie humain au cours de la phase hépatique de l’infection. Les sporozoïtes qui infectent le foie
présentent à leur surface une protéine membranaire appelée la protéine circumsporozoïte (CSP). Des résultats antérieurs
datant de 1997 montrent que la CSP est sécrété, elle se localise au niveau du réticulum endoplasmique et inhibe la
traduction dans la cellule hôte. j’ai démontré in vitro, en utilisant des réticulocytes de lapin, que la CSP inhibe la
traduction très efficacement, que cette inhibition prend place au niveau de la formation du complexe d’initiation 48 S et que c’est le résultat de l’interaction directe de la CSP sur la petite sous-unité ribosomale 40 S humaine.
L’ensemble de ce travail montre pour la première fois que, comme les virus, les parasites peuvent agir directement sur la synthèse protéique de leur hôte. En replaçant mon étude dans le cadre du travail de l’équipe, je discute du rôle éventuel de cette inhibition sur le développement du parasite.During my PhD, i was concerned by the study of the host-parasite interaction and its consequences on protein synthesis in human and Plasmodium falciparum (parasite responsible of the malaria) respectively. I have developed two major aspects: (i) The study of the aminoacylation reaction of transfer RNA and thus by comparison of human and parasite systems and (ii) the understanding of the mechanism of inhibition of protein synthesis in human by the Circumsporozoite protein of the parasite, a transmembrane protein which is secreted during the parasite infection of host hepatocytes. The plasmodial cytosolic tyrosyl-tRNA synthetase is a classical synthetase concerning its structural organization. It possesses two functional domains, catalytic domain and tRNA binding one. The kinetic characteristics of the aminocylation reaction (Km, Kcat and plateau) were determined. I have clearly shown that plasmodial TyrRS animoacylates both transcripts of plasmodial and human tRNATyr with the same efficiency. On the other hand, only a small fraction of modified human tRNATyr was aminoacylated by the parasite enzyme. These results indicate that crossaminoacylation reactions between the parasite and human are possible, but their efficiency varies from one system to another. Concerning the apicoplastic TyrRS, this enzyme, at the opposite of the cytosolic one, it presents two insertions. These insertions are characteristic of some parasite proteins and are called LCR (Low Complexity Region). The presence of such sequences in the apicoplastic TyrRS but also in other parasite proteins makes their expression in heterologous
systems a difficult obstacle in the study of the parasite. During my PhD work, I did participate to the collaboration of a new hypothese concerning the function and the role of these insertions in the production of soluble proteins. These LCRs play a key role in the co-translational folding of the parasite proteins. Finally, the big part of my work concerns the study of consequence of the host-parasite interactions on protein synthesis in human liver cells during the hepatic stage of the infection. During this stage, the parasite is covered by a transmembrane protein called the Circumsporozoite protein (CSP). Previous study in 1997 showed that CSP is secreted by the parasite, and co-localizes with endoplasmique reticulum where it does probably inhibit host translation. I have demonstrated by using rabbit reticulocytes lysate, that CSP inhibits efficiently translation and that by inhibiting the
formation of pre-initiation complex 48 S. This inhibition involves a direct interaction between the CSP and the small
ribosomal particle 40 S. This work shows for the first time that parasites, like some virus, could affect directly host protein synthesis. My work is part of large project concerning the study of hepatic stage of the infection; in this manuscript I will discuss the role and the consequences of such translation inhibition on the parasite life cycle
The institutionalisation of the child minder profession : re-engineering the domestic economy
No full textL’institutionnalisation de la fonction d’assistante maternelle dans la société française n’est autre que le produit de la reconfiguration de l’économie domestique en économie marchande. Ce processus vise d’une part à donner une aura publique à l’économie domestique pour réorganiser le marché du travail, réinvente d’autre part le cadre d’administration des responsabilités parentales dans un contexte de délégation partielle et quasi-quotidienne de la parentalité. Pour formaliser cette institutionnalisation, l’Etat organise un système d’échanges de prestations économiques à charge d’un groupe social, les classes populaires, validant une division sexuée du travail social. Par ce système il tente d’assurer le maintien de la cohésion sociale, mais renforce insidieusement la reproduction sociale des modèles, des statuts et des rapports de force entre classes. Pour élaborer notre problématique nous avons appréhendé la fonction remplie par les assistantes maternelles comme un fait social total qui interpelle, selon Marcel Mauss, la société et nombre de ses institutions. La période que nous avons prise en référence s’étale du 23 décembre 1874 au 25 juin 2005. 1874 marque le début d’une législation organisant l’activité des nourrices sous la Troisième République, 2005, la différenciation de l’activité d’assistante maternelle de celle d’assistant familial sous la Cinquième République. Pour vérifier le postulat d’une mise à profit de prédispositions de classe par l’Etat français, nous avons interrogé deux populations d’assistantes maternelles, par le biais d’entretiens et de questionnaires. Nous avons étudié rapports, débats et projets de lois. Notre travail s’articule en trois parties. La première présente notre problématique et nos éléments de méthodologie. La seconde dépeint l’émergence de la fonction d’assistante maternelle, sa professionnalisation et interroge les institutions que celle-ci interpelle. La troisième fait état des données que nous avons recueillies et les met en lien avec la thèse que nous défendons.The institutionalisation of the child minder profession as the assistante maternelle, which is a French specific job title, comes from the re-engineering of the domestic economy into a market economy. This process aims, on one hand, at giving a public dimension to the domestic economy in order to organise the labour market. On the other hand this change re-designs the way parental responsibilities are administrated by the State in a context where these are partially and almost daily delegated. The State materialised this institutionalisation through a system, supported by the popular class, of economical services which acknowledges the sexual division of the social sector. With that system the State wishes to maintain the social cohesion. But at the same time the State promotes the continuity of social models, status and power equilibrium between classes. To define the problematic of my work I question the child minder occupation as a fait social which, according Marcel Mauss, relates to the society and its institutions. This thesis covers the timeframe from the 23rd of December 1874 to the 25th of June 2005. 1874 marks the first legislation organising the child minder profession. 2005 is the time when the assistante maternelle occupation and the assistant familial occupation were defined as different by the government.
To verify the axiomatic that the French State used predispositions of some social classes to structure the child minder profession, I have interrogated two populations of assistantes maternelles. I conducted this research through face to face interviews and questionnaires, and completed this research with the analysis of reports, debates and laws. This thesis is organised in three parts. The first part establishes the problematic and places all the methodological elements. The second part develops the emergence of the assistante maternelle occupation, its professionalisation and interrogates the institutions that manage it. The third part relates to the data gathered and links them to the thesis defended in this work
On spacetime structure and symmetries in a strong gravitational field and in quantum field theory
No full textLa thèse contient une étude de la structure et les symétries de l'espace-temps présentée de quelques perspectives différentes. Géodésiques de particules sont analysées dans les champs gravitationnels forts. Les orbites circulaires et l'existence de la sphère des photons sont considerés dans la géométrie de Schwarzschild et des espaces-temps « Schwarzschild-like », résultants de la gravité de Hořava-Lifshitz. Communication au moyen de signaux électromagnétiques radiaux est étudié dans la proximité de l'horizon des événements dans l'espace-temps de Schwarzschild, où Kruskal-Szekeres système de coordonnées est employé. Dans le cas de l'espace-temps plat de Minkowski la brisure spontanée des symétries relativistes est examinée dans le cadre de la théorie quantique des champs. Violation de l'invariance de Lorentz est la conséquence de la présence de dérivés d'ordre supérieur dans l’action. La cohérence des théories effectives avec des dérivés d'ordre supérieur est établie par la régularisation sur réseau, en utilisant la propriété de la positivité de réflexion. Le modèle étendu de l'électrodynamique quantique scalaire, où le vide brise la symétrie de Lorentz, est construit et ses principales caractéristiques, y compris le spectre des quasi-particules, sont décrits.The thesis contains a study of spacetime structure and symmetries presented from a few different perspectives. Geodesics of massless and massive particles are investigated in strong gravitational fields. Circular orbits and the existence of the so-called photon sphere are considered in Schwarzschild geometry and in Schwarzschild-like spacetimes arising from Hořava-Lifshitz gravity. Communication by means of radial electromagnetic signals is studied in the vicinity of the event horizon in Schwarzschild spacetime where Kruskal-Szekeres coordinate system is employed. In the case of flat Minkowski spacetime the spontaneous breakdown of relativistic symmetries is analyzed in the framework of quantum field theory. Lorentz invariance violation occurs due to the presence of higher order derivative terms in the action. The consistency of effective theories with derivatives of higher order is established in lattice regularization, using the property of reflection positivity. The extended model of scalar QED, where vacuum violates Lorentz symmetry, is constructed and its main features, including quasi-particle content, are described
Development of new fluorescent membrane probes for apoptosis and raft domains
No full textLa première sonde ratiométrique capable de détecter l’apoptose (F2N12S) a récemment été développée au laboratoire. Le but du présent travail est de développer des sondes fluorescentes pour l’apoptose présentant des caractéristiques améliorées permettant de palier certains défauts de F2N12S. Nous avons découvert que l’apoptose induit non seulement une modification de la charge surfacique du feuillet externe, mais également de son hydratation et de son état de phase, expliquant ainsi la réponse de la sonde. Ensuite, nous avons synthétisé une vingtaine de nouvelles sondes membranaires, qui ont été classées en trois catégories en fonction de leur réponse obtenue sur membranes modèles. Une première catégorie montre une sensibilité presque nulle vis-à-vis de l’état de phase, mais nettement améliorée vis-à-vis de la charge surfacique (>3 fois), comparée à F2N12S. Une seconde catégorie montre une meilleure sensibilité à l’état de phase comme à la charge surfacique. Une troisième catégorie, dérivée du Rouge Nil, est sensible seulement à l’état de phase. En se basant sur ces résultats, nous avons proposé des principes généraux pour la conception de sondes membranaires fluorescentes. Enfin, nous avons décrit deux nouvelles classes de fluorophores sensibles à l’environnement basés sur les résidus fluoréne et 3-methoxychromone afin d’élaborer de nouvelles sondes membranaires. Ces nouveaux fluorophores ont montré des propriétés spectroscopiques intéressantes, telles qu’une forte luminosité, une excellente photostabilité et un solvatochromisme exceptionnel. Les premières tentatives pour convertir ces fluorophores en sondes membranaires ont été décrites.Fluorescent dyes are of great importance for investigation of biological processes. Recently, the first ratiometric fluorescent probe for apoptosis detection (F2N12S) was developed in our laboratory. The aim of the present work was to develop improved fluorescent apoptosis probes that will overcome the drawbacks of F2N12S. Primarily, we performed systematic studies of F2N12S in model membranes and cells to better understand the mechanism of its response to apoptosis. We found that in addition to surface charge, the membrane hydration and phase state are changed on apoptosis, thus explaining the spectroscopic response of
the probe. On the second step, we have synthesized about 20 new membrane probes, which were classified into three types according to the experiments in model membranes. The first type of dyes showed nearly no sensitivity to the phase state while their sensitivity to surface charge was much higher (>3-fold) as compared to F2N12S. The second type showed improved sensitivity both to the surface charge and to the phase state of the lipid bilayers. The third type, which was based on Nile Red, was sensitive only to the phase state. Basing on these results we proposed general principles for the design of fluorescent membrane probes. Finally we described two new classes of environment-sensitive fluorophores on the base of fluorene and 3-
methoxychromone units for further construction of new advanced membrane probes. These new fluorophores showed attractive spectroscopic properties, such as high brightness and photostability as well as an exceptional fluorescence solvatochromism. The first attempts to convert these fluorophores into membrane probes were described
Study on autonomy development during doctoral theses : the case of doctoral students in humanities and social sciences
No full textFinaliser une thèse de doctorat en sciences humaines et sociales représente un vrai défi pour les étudiants : les taux d'abandon avoisinent 60%. Nos lectures dans les domaines de l'apprentissage et de la réussite universitaire nous ont conduite à poser l'hypothèse forte que, pour mener à bien sa thèse, le doctorant doit nécessairement faire preuve d'une capacité d'autonomie, celle-ci se développe non dans l'isolement, mais en lien étroit avec le milieu universitaire et les autres et s'inscrit dans une affiliation institutionnelle et intellectuelle. Nous concevons l'autonomisation du doctorant autour de quatre axes : le rapport à l'action, aux normes, aux autres et au savoir. L'objectif général est de comprendre en quoi l'étude du processus de développement de l'autonomie des doctorants en sciences humaines et sociales peut apporter un éclairage sur leur persévérance et sur la réussite de leur projet doctoral. Nous avons analysé seize entretiens semi-dirigés en utilisant la méthode des études de cas et en croisant deux types d'analyses complémentaires, restituant la singularité de chaque cas et permettant une comparaison inter-cas. Cette recherche montre que le processus d'appropriation des normes de production du savoir par les doctorants varie en fonction de leur expérience et du sens qu'ils attribuent à ces normes. Pour mener leur projet doctoral, les doctorants mettent en place des stratégies de négociation, de distance et d'interdépendance. Ce travail ouvre des perspectives de recherche sur l'encadrement d'une thèse de doctorat, la co-formation dans un réseau de pairs et la pratique de l'écriture.Achieving a thesis in the humanities and social sciences represents a real challenge for students : drop-out rates are estimated around 60%. Our readings in the literature on academic learning and achievement led us to assume that, to achieve a thesis, doctoral students have to possess a high degree of autonomy. The process of autonomy development requires that the student be not isolated but in interaction with the environment and with other people and that he or she achieve institutional and intellectual affiliation. Our theoretical framework led us to define the autonomy development process around four main lines : action, rules, others and knowledge. The main purpose of this research was to understand to what extent the study of the process of autonomy development of doctoral students in humanities and social sciences can contribute to the understanding of their perseverance process and of the achievement of their doctoral degree. Sixteen semi-directed interviews were analyzed using a qualitative approach based on case studies. Two complementary analyses were carried out : a vertical analysis in order to highlight the dynamics of individual cases and a horizontal analysis allowing a comparison between individual cases. The present research shows the rules expressed by doctoral students are depending on the student’s experience and on the meaning he or she confers to the rules. The study of autonomy development enabled us to identify strategies linked to negotiation, distance and interdependence. Our work opens new research perspectives on doctorate supervision, on peer support in the learning process during doctoral studies and on the writing practice and process
Réécritures contemporaines du Petit chaperon rouge et positionnement axiologique du lecteur
No full textCe mémoire qui s’intitule «Réécritures contemporaines du Petit Chaperon Rouge et positionnement axiologique du lecteur» est axé principalement sur une recherche – action menée dans une classe de CE2. Les valeurs sont omniprésentes dans la littérature et il est intéressant de les étudier de plus près dans ce conte. Aussi importe-t-il de montrer comment la question des valeurs est devenue centrale chez les didacticiens du littéraire, puis d’étudier plus précisément le jeu de déplacement des valeurs dans les réécritures contemporaines de l’un des plus célèbres de nos contes patrimoniaux. L’expérimentation qui a été effectuée en classe a permis de parvenir au constat suivant : lorsque les valeurs sont explicites dans le texte, les élèves se positionnent facilement. Mais lorsqu’il y a un bouleversement des valeurs ou lorsqu’elles sont implicites, les élèves ont plus de mal à les identifier et à les interpréter