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Prospective technical and technological insights into microalgae production using aquaculture wastewater effluents
No full textInternational audienceMicroalgae biomass is a promising resource addressing climate change and play a role in energy transition for generating biofuels. Due to their ability to produce higher yield per year, biofuels obtained from microalgae are considered 3rd generation-advanced biofuels. The industrial production of microalgae mitigates the effects of CO2 emissions and can be used for wastewater bioremediation since most effluents are rich in nutrients. Using wastewater as growth media for microalgae promotes the principles of circular economy and nutrient recovery. The aquaculture wastewater effluent contains high levels of nitrogenous compounds, as well as phosphates and dissolved organic carbon. The current review aims to identify, centralize, and provide extensive information on the decisive technological and technical factors involved in the growth process of different microalgae species in aquaculture wastewater. The study focuses on technological growth performance indicators, as well as specific control strategies applied to achieve pH control, since it has been highlighted to be one of the most important growth-related cofactors. A bibliometric framework was developed to identify future trends in integrated microalgae production. The scientific literature analysis highlighted the great potential of aquaculture wastewater effluents to be used as growth media for microalgae biomass production, due to superior performance in lipid and carbohydrate productivity. Most control strategies developed for microalgae production systems found in the literature aim at controlling the pH in the bioreactor by injecting CO2, while few other papers consider manipulating the dissolved oxygen. The need for higher-level control arises to not only track pH or DO references but also to maximize the treatment efficiency of the bioreactor
Épigénétique et cancer : identification de profils de méthylation dans le sarcome histiocytaire canin
No full textUn des principaux challenges en cancérologie humaine et vétérinaire est le diagnostic précoce dans le but d’obtenir une réponse et une efficacité maximales aux traitements anti-cancéreux dès les premiers stades de la maladie. Le sarcome histiocytaire est une tumeur agressive rare chez l’Homme mais à forte incidence dans l’espèce canine avec une prédisposition de race (Bouvier Bernois notamment). Les chiens touchés par ce cancer constituent d’excellents modèles de cancérologie comparée et permettent de mieux comprendre les mécanismes moléculaires et cellulaires qui en sont à l’origine. L’épigénétique se définit comme les mécanismes modulant l’expression génétique sans changement de la séquence nucléotidique et repose sur différents mécanismes dont la méthylation de l’ADN, les modifications covalentes d’histones, les protéines de remodelage de l’ADN ATP-dépendant et les ARNs non codants. Les progrès réalisés depuis 30 ans en épigénétique permettent de mieux comprendre les mécanismes associés de cancérisation ainsi que d’envisager des thérapies ciblées et personnalisées. Le sujet de cette thèse est l’étude de profils de méthylation différentiels entre chiens sains et chiens atteints de sarcome histiocytaire. Les résultats préliminaires de cette étude montrent qu’il existe une différence significative du niveau de méthylation entre l’ADN de lignées d’histiocytes issues de chiens sains et de lignées de sarcome histiocytaire pour notre gène d’intérêt. Ces résultats constituent une première étape dans l’identification de régions clés pour le diagnostic précoce de ce cancer et d’acteurs moléculaires dont les rôles dans la cancérisation sont à déterminer
Etude prospective et descriptive et descriptive de 21 cas de bronchopneumonies infectieuses chez des vaches adultes dans le nord des Deux Sèvres (79)
No full textLes bronchopneumonies infectieuses (BPI) chez la vache adulte semblent être en augmentation croissante. La diversité des agents, le diagnostic clinique et la non-connaissance sur ce sujet impactent directement le praticien. Cette étude a donc pour objectif d’étayer les connaissances autour des BPI des bovins adultes. Nous avons travaillé sur : une description épidémio-clinique, une méthode diagnostique des BPI des adultes et une description des agents étiologiques. L’étude a été conduite sur l’année 2022 et 2023, regroupant 21 cas de BPI aiguë situés au nord du département des deux Sèvre (autour d’Argenton les vallées). Si l’animal correspondait aux critères d’inclusion, un examen clinique puis échographique de la région pulmonaire, différents prélèvements étaient réalisés. L’animal était ensuite suivi à J5 puis à J10 afin d’évaluer l’évolution des lésions. L’ensemble des résultats nous a permis de statuer sur des données épidémiologiques : Les vaches prédisposées étaient principalement jeunes et en bâtiment et pouvaient être touchées tout au long de l’année. De plus, des éléments diagnostics ont pu être décrits : des signes cliniques généraux (hyperthermie, tachycardie et baisse d’appétit) et de signes cliniques respiratoires (toux, jetage, auscultation anormale) ont pu être notés. Concernant les analyses de laboratoires, la PCR sur LBA semble être un examen efficace. L’aide de l’échographie peut être utile au praticien : nous avons vu que lors de BPI, des lésions de consolidation étaient présentes, principalement au niveau du 4ème EIC à droite. Enfin, l’évolution de la plupart des cas semble être favorable
Yogurt volatile compounds as affected by processing and compositional factors: A review
No full textInternational audienceBackground: Yogurt is one of the most widely consumed fermented dairy products in the world with high nutritional value, health impact and high taste and flavor acceptance. The peculiar flavor pattern of yogurt is the result of the complex combination of qualitative properties of the milk, process conditions and that biochemical transformations leading to the formation of both non-volatile and volatile aroma compounds. Changes in raw materials and formulation, processing and microbiota occurred over time contributed to obtain products with higher nutritional and quality properties, by also enhancing the consumer's sensory acceptability.Scope and approach: This review will provide an overview of the most recent literature on the impact of various factors (raw material, microbial composition, formulation, processing) on flavor and volatile aroma compounds in fermented milk and yogurt products. The biochemical activity of lactic acid bacteria (LAB) to produce flavor chemicals (e.g. glycolysis, proteolysis, and lipolysis), the impact of chemical components (protein, fat, prebiotics etc.), as well as fat replacer factors on yogurt's aroma have been discussed.Key findings and conclusions: Besides raw materials and processing, LAB, depending on the species used for yogurt fermentation, heavily influence the flavor-related qualities of yogurt, and new biotechnological approaches have been developed to guide and gain more control over the flavor-forming procedure.To fully understand, regulate, and drive flavor development in yogurt-making processes—while also considering process innovations and novel raw materials—further advancements in, and the application of omics-based methodologies and artificial intelligence will be essential
Contribution au développement d'un atlas multimédia numérique de sémiologie bovine : appareil locomoteur
No full textDepuis 2023, Oniris, rejoint depuis par les autres écoles nationales vétérinaires françaises, a développé un site web, SemioVet, afin d'aider les étudiants à la reconnaissance et à l'interprétation des signes cliniques. L'objectif de cette thèse était de contribuer au développement de ce site web, en créant le contenu des pages concernant l'appareil locomoteur des ruminants. A partir de cinq sources choisies comme références, 79 signes cliniques ont été retenus. Un travail de fond a ensuite été mené pour produire le contenu des fiches associées : définitions, réflexes cliniques, mécanismes physiopathologiques, ainsi que les principales maladies associées chez les ruminants. En parallèle, une sélection des fichiers multimédias a permis de commencer à illustrer ces fiches. A ce jour, 29% des signes sont illustrés, et 38% sont en cours d'illustration. La dernière phase du projet prévoyait l'intégration de quiz. Leur automatisation s'étant avérée irréalisable, cette étape a finalement été réalisée manuellement. Le choix des signes cliniques visibles à l'examen locomoteur a pris plus de temps que prévu en raison de la diversité des tissus impliqués et du manque d'harmonisation dans les termes utilisés pour désigner un même signe dans les différents ouvrages. Cette complexité a nécessité de nombreux arbitrages. Une approche inspirée de la dermatologie a été adoptée pour les signes visibles en région digitale, afin d'améliorer le raisonnement clinique des étudiants. Elle devrait faciliter le diagnostic des affections podales selon les référentiels de l'ICAR et du Comité National de Boiterie des Bovins. Des questions restent à résoudre pour décider si l'ensemble du site doit être ou non accessible au grand public et pour anonymiser les boucles des animaux. Ce travail devrait permettre de faciliter l'apprentissage de la sémiologie par les étudiants vétérinaires, en harmonisant et clarifiant les termes utilisés en sémiologie de l'appareil locomoteur chez les ruminants
Dataset of Pharmacokinetic data of oxytetracycline in rainbow trout: Dataset associated to the manuscript " Population pharmacokinetic modelling of oxytetracycline in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss: Effects of route of administration, temperature and ploidy"
No full text"ID" corresponds to the identifier of the individual (i.e. trout ) - "BAC" corresponds to the tank (maximum of 9 fish per tank)- "TIME_cont" corresponds to the time of administrations and samplings, from the first administration to the last sampling time for each fish- " AMT_mesure_µg” corresponds to the nominal dose of oxytetracycline administered – “AMT_BW_mgkg “ corresponds to the dose of oxytetracycline per kg of bodyweight (used as continuous covariate) "VOIE" corresponds to the administration route (IV: intra-venous, GV : gavage, SP : spontaneous)- (used as categorical covariate) "ADM_ID" codes for the administration route (IV: 1, GV : 2, SP : 3) “CONC(µg/mL)” corresponds to the observed concentration of oxytetracycline in plasma “Dose_group” corresponds to the different dosing groups, as detailed in the associated publication "ploidy" corresponds to the genetics (T: triploid, D: diploid) (used as categorical covariate) "CENSORED" and "LIMIT" correspond to the censoring of the data (either below LOQ or LOD) – " BW_mesure " corresponds to the bodyweight (g) - "OCC" corresponds to the occasions. One occasion for each PK phase , as detailed in the associated publication – "TEMP" corresponds to the water temperature (used as continuous covariate)Pharmacokinetic dataset produced as part of the MEDIC'EAU trial on oxytetracycline in rainbow trout and related to the manuscript "Population pharmacokinetic modelling of oxytetracycline in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss): Effects of route of administration, temperature and ploidy" The dataset contains all the data (e.g. observations, time, censoring...) used for the population modeling described in the manuscript, as a .csv file and formatted for Monolix software. English (2024-12-17
Evaluation and application of a Bayesian Hidden Markov Model to the surveillance of BVDV in Finistère, France
No full textInternational audienceA Bayesian Hidden Markov Model (HMM) was developed to estimate test characteristics and infection dynamics from longitudinal disease surveillance data. The model was validated using simulated datasets, demonstrating robust performance with minimal bias and high precision across diverse epidemiological scenarios. The model was applied to data from the Bovine Viral Diarrhoea Virus surveillance program in Finistère, France, which involved quarterly bulk tank milk testing from 2011 to 2020 using two ELISA tests. The HMM provided reliable estimates of Gaussian mixture parameters and infection dynamics during early, program years. However, declining seroprevalence impacted parameter estimation, underscoring the need for adaptive strategies such as incorporating informative priors in later stages. This approach is particularly valuable for estimating test characteristics in the absence of a gold standard by leveraging the temporal correlation in longitudinal data. The findings highlight its potential to enhance disease surveillance systems in dynamic epidemiological context
Comparative impact of porcine reproductive and respiratory virus and swine influenza A virus infections on respiratory lymph nodes B cells and macrophages
No full textInternational audienc
FORVM Plants: Annotation of scientific literature to contextualize plant metabolism data
No full textInternational audienceThe annotation of scientific literature on plant matrices represents a major challenge for the contextualization of data in metabolomics. Unlike the medical field, there is currently no standardized indexing system for plant species. As a result, initiatives such as Planteome, which develops specialized ontologies for plants, remain largely underutilized.To address this gap, the "FORVM Plants" project proposes the use of language models (LLMs) to establish associations between chemical compounds and ontological concepts. This approach aims to improve the interpretation of experimental data derived from plant matrices in metabolomics. To overcome the lack of annotation, an automatic annotation method based on the semantic similarity capabilities of LLMs is proposed, enabling the assignment of ontological terms to scientific literature. These models can capture the meaning of words and phrases beyond their lexical form.This strategy also builds upon the methodology developed in the FORVM Disease project, which establishes statistically significant associations between chemical compounds and concepts from the MeSH (Medical Subject Headings) ontology. Integrating these approaches opens new perspectives for the contextualization of experimental data, particularly within metabolomics platforms.Preliminary results, obtained using the Big Data Metabolomics Semantic Data Lake platform, have enabled the generation of relevant annotations and associations for biomarker identification. Currently, this knowledge is being validated in three application areas: the response of Brassicaceae to water and osmotic stress, the characterization of cannabis varieties rich in THC and CBD, and the study of redox metabolism in tomatoes. This innovative strategy thus offers a promising framework for leveraging plant ontologies and extracting large-scale knowledge in the field of metabolomics.L’annotation de la littérature scientifique sur les matrices végétales représente un défi majeur pour la contextualisation des données en métabolomique. À ce jour, il n’existe pas de système d’indexation standardisé pour les espèces végétales, contrairement au domaine médical. Des initiatives comme Planteome, qui développe des ontologies spécialisées pour les plantes, demeurent donc largement sous-exploitées.Face à ce constat, le projet "FORVM Plants" propose de recourir à des modèles de langage (LLM) afin d’établir des associations entre composés chimiques et concepts ontologiques. Cette approche vise à améliorer l’interprétation des données expérimentales issues de matrices végétales en métabolomique. Pour surmonter le manque d’annotation, une méthode d’annotation automatique de la littérature scientifique par des termes ontologiques, basée sur la similarité sémantique des LLM, est proposée. Ces modèles sont capables de saisir le sens des mots et des phrases au-delà de leur simple forme lexicale.Cette stratégie s’appuie également sur la méthodologie développée dans le projet FORVM Disease, qui permet d’établir des associations statistiquement significatives entre composés chimiques et concepts de l’ontologie MeSH (Medical Subject Headings). L’intégration de ces approches ouvre de nouvelles perspectives pour la contextualisation des données expérimentales, notamment sur les plateformes de métabolomique.Les premiers résultats, obtenus grâce à la plateforme Big Data Metabolomics Semantic Data Lake, ont permis de générer des annotations et des associations pertinentes pour l’identification de biomarqueurs. Actuellement, ces connaissances sont en cours de validation dans trois domaines d’application : la réponse des Brassicacées au stress hydrique et osmotique, la caractérisation des variétés de cannabis riches en THC et en CBD, ainsi que l’étude du métabolisme redox des tomates. Cette stratégie innovante offre ainsi un cadre prometteur pour l’exploitation des ontologies végétales et l’extraction de connaissances à grande échelle dans le domaine de la métabolomique