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Contribution of citizen sciences to the production of butterfly species long‐term trends
No full textInternational audienceAbstract Biodiversity indicators, such as temporal trends in relative species abundance, are essential to report on the status, pressures and responses of biodiversity and to guide environmental policies. These trends are often estimated from datasets collected from standardised, long‐term and large‐scale biodiversity monitoring schemes thanks to volunteer‐based citizen science including volunteers with a broad range of naturalist skills. However, the involvement of the general public, predominantly considered as non‐experts, in the observation and inventory of biodiversity raises questions about data quality and reliability. Here, we focused on three nationwide butterfly monitoring schemes involving volunteers with varied naturalist skills in France and the United Kingdom. For each scheme, the temporal trends and interannual variations in abundance of 20 common species/species groups were estimated. Then a detailed analysis was conducted to ascertain which features related to butterfly biology, ecology or the protocols' characteristics best explain the differences in species trends or interannual variations between schemes involving expert naturalists and those relying on the general public. Similar interannual variations between schemes were found for generalist, migratory and easily recognisable butterflies, but no variable explained differences in temporal trends. In addition, considering species groups when it is difficult to distinguish species reliably did not yield poorer results than considering individual species. The considerable amount of data collected by volunteers regardless of their naturalist expertise can be used to generate reliable and robust species biodiversity indicators, including hard‐to‐access locations such as private gardens, something that traditional methods or expert data cannot capture.Résumé Les indicateurs de biodiversité, tels que les tendances temporelles d'abondance des espèces, sont essentiels pour rendre compte de l'état, des pressions et des réponses de la biodiversité et pour orienter les politiques environnementales. Ces tendances sont souvent estimées à partir de données collectées par des programmes de suivis standardisés, à long terme et à grande échelle, mobilisant des sciences participatives et incluant des volontaires ayant un large éventail de compétences naturalistes. Cependant, l'implication du grand public, principalement considéré comme non‐expert, dans l'observation de la biodiversité soulève des questions sur la qualité et la fiabilité des données. Nous nous sommes concentrés sur trois programmes nationaux de suivi des papillons impliquant des volontaires aux compétences naturalistes variées en France et au Royaume‐Uni. Pour chaque programme, les tendances temporelles et les variations interannuelles d'abondance de 20 espèces/groupes d'espèces communes ont été estimées. Une analyse a ensuite été menée pour déterminer quelles caractéristiques liées à la biologie, l'écologie des papillons ou aux protocoles expliquent le mieux les différences de tendances ou de variations interannuelles entre les programmes impliquant des naturalistes experts ou le grand public. Des variations interannuelles similaires entre programmes ont été observées pour les papillons généralistes, migrateurs et facilement reconnaissables, mais aucune variable n'explique les différences de tendances temporelles. De plus, considérer des groupes d'espèces lorsqu'il est difficile de distinguer les espèces de manière fiable n'a pas produit de résultats moins bons que la prise en compte d'espèces individuelles. La quantité considérable de données collectées par les volontaires, quelle que soit leur expertise naturaliste, peut être utilisée pour générer des indicateurs de biodiversité fiables et robustes, incluant des lieux difficiles d'accès comme les jardins privés, ce que les méthodes traditionnelles ou les données d'experts ne peuvent capturer
Phos-Fer Valo (2022-2025) Synthèse opérationnelle: Synthèse opérationnelle du projet Phos-Fer Valo : optimisation du fonctionnement de réacteurs garnis de fer dans le cadre du traitement des pollutions phosphorée, azotée et microbienne dans les eaux usées des stations de faible capacité et valorisation du phosphore immobilisé.
No full textSynthèse opérationnelle du projet Phos-Fer Valo mené de 2022 à 2025, portant sur l’optimisation du fonctionnement de Réacteurs garnis de Fer dans le cadre du Traitement des pollutions phosphorée, azotée et microbienne dans les eaux usées des stations de faible capacité et valorisation du Phosphore immobilisé. Il présente des résultats des travaux réalisés en laboratoire et sur un démonstrateur déployé sur une station de traitement des eaux usées pendant 2 ans. Ce projet, porté par le laboratoire E2LIM de l’université de Limoges, a été réalisé en partenariat avec le Centre Technique de l’Eau (CTE-LIM) et Limoges Métropole, avec le soutien de l’OFB, de la Région Nouvelle-Aquitaine et de l’Agence de l’Eau Loire-Bretagne. Dans le cadre de la valorisation des matériaux, des partenariats avec ARDHORR CRITT Horticole et le laboratoire IRCER de l’université de Limoges ont été mis en place
Genetic diversity of aquatic macrophytes in Aquitaine lakes
No full textInternational audienceShallow lake ecosystems are particularly vulnerable due to their sensitivity to environmental changes and their role as shelter for specialized aquatic plant communities. This study investigates genetic diversity patterns in nine macrophyte species across five French shallow lakes, including two endangered aquatic plant species (Lobelia dortmanna and Littorella uniflora). Using species-specific microsatellite markers and clone-corrected dataset, we analyzed genetic diversity and population genetic structure in relation to species commonness, lake characteristics, and environmental variables. Results revealed: (1) a positive relationship between species commonness and genetic diversity, reflecting both contemporary and historical demographic processes; (2) remarkably high genetic differentiation across species despite geographic proximity (FST = 0.26-0.27), with values 3-10 times higher than typical for aquatic plants and comparable to terrestrial habitat specialists; (3) significant environmental influences on genetic parameters, with watershed area and habitat quality (eutrophication, disturbance) as key predictors; and (4) clonality rates increasing in degraded lakes as an adaptive plastic response to environmental stress. Clone correction amplified these genetic contrasts, confirming that results reflect evolutionary variation rather than clonal propagation. Endangered species exhibited lower genetic diversity and higher clonality, particularly in degraded lakes. These findings highlight the importance of investigating genetic diversity at the community-level beyond single species, as integrative measures of ecosystem health, with emphasis on maintaining hydrological connectivity between lake systems. This multi-species approach provides insights for developing effective conservation strategies that address both natural and human-induced drivers of genetic variation in these sensitive freshwater ecosystems
L’avenir de la ressource en eau face aux changements climatiques dans les Pays de la Loire: Rapport spécial Eau
No full textEn Pays de la Loire, les évolutions climatiques transforment profondément le cycle de l’eau. La hausse des températures, l’augmentation de l’évapotranspiration et la modification du régime des précipitations accentuent les déficits estivaux, fragilisent la recharge des nappes et renforcent les tensions sur les cours d’eau. Dans le même temps, les risques d’inondation et de submersion demeurent, tandis que la qualité de l’eau reste un défi majeur pour les milieux et l’alimentation en eau potable.Ces effets ne s’expriment pas de manière homogène sur le territoire régional. Selon les bassins versants, les caractéristiques géologiques, l’occupation des sols et l’intensité des usages, la disponibilité de la ressource et les marges d’adaptation varient fortement. Derrière une apparente abondance, des déséquilibres structurels s’installent, rendant certains territoires plus exposés aux pénuries, aux conflits d’usages et aux dégradations écologiques. Une question centrale s’impose alors : comment adapter la gestion de l’eau sans aggraver les vulnérabilités existantes ?Ce rapport du GIEC des Pays de la Loire propose une analyse scientifique de l’avenir de la ressource en eau dans la région. Il éclaire les mécanismes à l’oeuvre, documente les vulnérabilités territoriales et identifie les leviers d’action mobilisables. Il rappelle que l’adaptation ne peut se limiter à des réponses ponctuelles, mais qu’elle suppose une transformation durable des pratiques, fondée sur la sobriété, la protection des milieux et une gouvernance capable d’anticiper les évolutions à venir
Can Widely Used Methods Be Turned Into eDNA Samplers for Ground-Dwelling Arthropods? Insights From Two Pilot Studies in West European Salt Marshes
No full textInternational audienceThe pressing demand for arthropod preservation, coupled with a decline in taxonomic expertise and available resources, calls for innovative strategies in assessing biodiversity. Metabarcoding and more recently environmental DNA (eDNA) metabarcoding have been shown to be a promising technique for identifying terrestrial arthropods. This research evaluated the efficacy of two conventional sampling approaches, adapted for metabarcoding surveys, in monitoring the diversity of spiders (Araneae) and beetles (Coleoptera) within salt marsh environments. The methods tested were suction sampling (G-vac) and modified pitfall traps (NDC, a non-destructive DNA collector). Through two pilot experiments in salt-marsh environments, we found that both methods successfully identified diverse arthropod communities, though discrepancies with traditional morphological identification highlighted the strengths and limitations of molecular approaches. Suction sampling excelled in detecting taxa such as Lepidoptera and Salticidae, which are often overlooked by physical collections, whereas modified pitfall traps performed well for dung beetles but faced challenges with wolf spiders (Lycosidae). Our findings underscore the importance of tailoring eDNA protocols to specific taxonomic groups and ecosystems, particularly through strategic primer and DNA fragment selection. While traditional methods remain indispensable for comprehensive biodiversity inventories, eDNA metabarcoding offers a powerful complementary approach for detecting cryptic or undersampled taxa. This study emphasizes the need for the targeted adaptation of eDNA techniques to specific taxonomic groups and ecosystems. Primer choice and DNA fragment selection significantly influenced detection efficiency, with broader primers reducing taxonomic resolution and amplifying bias. Although traditional methods remain critical for comprehensive biodiversity inventories, bulk and eDNA metabarcoding offer a complementary tool. These findings contribute to advancing arthropod monitoring tools and aiding conservation efforts amidst declining entomological resources
Evaluation des surfaces des groupes de types d’habitats du Règlement restauration de la nature (2024/1991) soumis à des risques d’effets néfastes ou dont le Bon état écologique n’est pas atteint et des surfaces couvertes par des mesures de restauration
No full textLe règlement européen sur la restauration de la nature (2024/1991) impose des objectifs de restauration des habitats dégradés à l’horizon 2030, 2040 et 2050. Pour y répondre, la France doit identifier les surfaces en mauvais état écologique ainsi que, parmi celles-ci, la part déjà couverte par des mesures de restauration.Objectifs et méthode1.Estimation des surfaces des GTH exposées à un risque fort d’effets néfastes sur la base de croisement entre :•La carte préliminaire de chaque habitats (GTH 1 à 7) issues de données multi-sources (PatriNat),•BEE non atteint au titre du D1 (habitats benthiques) du D5 (eutrophisation) ou de la DHFF (habitat 1180),•Risque fort d’effets néfastes du D6 (intégrité des fonds marins), ou du D7 (changements hydrographiques),•Risque fort et moyen des analyses de risque pêche (ARP) Natura 2000.2.Estimation des surfaces à risque faisant l’objet de mesures de restauration existantes ou prévues :•ZPF validées et engagement 2026 des cartes UNOC,•Zones interdites au mouillage, à la navigation, au chalutage, au dragage, ou à tout forme de pêche.Cette méthode présente (comme d’autres méthodes disponibles) plusieurs limites. D’une part, la relation entre la présence de pressions et l’état réel des habitats et l’évaluation de la sensibilité des habitats reste parfois incertaine. D’autre part, la cartographie des habitats est encore lacunaire, notamment en Méditerranée et au large, et les données des ARP ne couvrent pas toutes les régions. Enfin, l’efficacité et la suffisance des mesures considérées pour améliorer l’état écologiques des habitats n’ont pas été évaluées, ce qui ne permet pas d’assurer que leur mise en œuvre suffise à atteindre les objectifs du règlement.Résultats•Cette analyse estime à 2 223 Km2 de GTH 1 à 6 soumis à risques (soit 56% de la surface connue de ces GTH) •Cela implique une surface minimale de 667 km2 bénéficiant de mesure de restauration suffisantes d’ici 2030.•En Manche-Atlantique : 59 % des surfaces habitats GTH 1 à 6 sont exposés à un risque fort.•En Méditerranée : 51 % des surfaces des habitats 4 et 5 sont exposés à un risque fort.•Pour les GTH 1 à 3 dont la répartition est très côtière la contribution des pression modification hydrographique et notamment la turbidité (D7C2) et à l’eutrophisation (D5) est majoritaire.•Pour les GTH 4 à 6 situés plus au large la contribution de l’abrasion par les engins de pêche est majoritaire.•Les mesures spatiales déjà en place couvrent 11% des surfaces à risque, mais leur suffisance n’est pas évaluée.Recommandations et suites•Le 1er plan doit intégrer une action de connaissance pour combiner une approche par les risques (telle que celle réalisée ici) et la mise en place de suivis in situ pour fiabiliser les diagnostics.•Actualiser ce travail pour l’adoption du plan révisé (septembre 2027) pour intégrer la cartographie révisée des types d’habitat ainsi que l’ensemble des conclusions des analyses risque pêche finalisées fin 2026.•Enfin, la suffisance des mesures pour atteindre les objectifs du règlement doit faire l’objet d’un cadrage technique et d’une évaluation pour attester de l’atteinte des objectifs du règlement
Deciphering the magnitude and the time of action of weather factors on the allo-inoculum dynamics of Pseudocercospora fijiensis in Martinique
No full textSource Agritrop Cirad (https://agritrop.cirad.fr/617088/)International audienceAllo-inoculum has an important role in fungal disease epidemiology. Understanding the factors that impact the long-distance dispersal of a pathogen is crucial to improve its management. In this study, we studied Pseudocercospora fijiensis allo-inoculum dynamics in Martinique over a period of 18 months. We used trap plants to measure (10 times) the spore abundance across six locations. Lesion densities observed on trap plants were used as a proxy of the allo-inoculum resulting from long-dispersal ascospores. We analyzed how the lesion densities of P. fijiensis measured with trap plants were statistically correlated with (i) weather factors and (ii) the stage of evolution of disease (SED) measured in closest banana plots. The SED measured in neighboring plots did not significantly in- fluence the lesion densities observed on the trap plants. For each variable, we determined the period of time prior to the trap plant exposure that exhibited the strongest correlation with the lesion densities measured on these plants. Rainfall was the variable with the most influence and positively correlated with lesion densities when measured 7 to 4 days before trap plant exposure. Inversely, there was a negative correlation with UV radiation measured 2 to 1 days prior to trap plant exposure. This information complements the knowledge on the biology of the fungus and holds potential for enhancing disease management, especially the importance of rainfall for the allo-inoculum dynamics. These results also showed that if commercial farms have good management of black leaf streak disease, it does not contribute to long-distance contamination
The role of wild birds in the global highly pathogenic avian influenza H5 panzootic, 2020–2023
No full textInternational audienceThe emergence of Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) H5 clade 2.3.4.4b has triggered an unprecedented global panzootic in recent years. As the frequency and scale of HPAI H5 outbreaks continue to rise, understanding how wild birds contribute to shape the global virus spread across regions-affecting poultry, domestic and wild mammals-is increasingly critical. In this review, we examine ecological and evolutionary studies to map the global transmission routes of HPAI H5 viruses, identify key wild bird species involved in viral dissemination, and explore infection patterns, including mortality and survival. We also highlight major remaining knowledge gaps that hinder a full understanding of wild birds' role in viral dynamics, which must be addressed to enhance surveillance strategies and refine risk assessment models aimed at better predicting future outbreaks in wildlife and mitigating outbreaks in domestic animals to safeguard public health
Beetle communities in agricultural landscapes: relative influences of climate, landscape, plant communities and agricultural practices
No full textInternational audienceHighlights: • French agricultural landscapes host ∼10 % of the national beetle fauna. • There exist distinct community typologies with unique taxonomic and functional traits. • These community typologies reflect biogeography and local farming practices. • In constrast, beetle richness is mainly driven by local vegetation conditions.Abstract: Agricultural field margins are semi-natural habitats that play a key role in conservation and restoration, supporting threatened biodiversity of agroecosystems. However, most research on field margin biodiversity has focused on plant communities, while insect populations remain largely understudied. To address this gap, we leveraged a national monitoring network across France to provide a comprehensive taxonomic and functional characterisation of beetles, a highly diverse insect group of significant agricultural interest. We examined how climate, landscape, vegetation and agricultural practices influence the structure of field margin beetle communities. Using a combination of molecular and morphological approaches and multivariate analyses, we investigated beetle communities within the herbaceous field margins of 374 agricultural sites across continental France sampled between 2020 and 2023. Our surveys revealed a high diversity of beetles, with 797 species recorded, including hundreds of flower visitors and auxiliary species. Estimates based on accumulation curves suggest a richness of up to 1200 species, corresponding to approximately 10 % of the French beetle fauna. We also identified five community types, each having specific taxonomic and functional characteristics and associated with specific climatic, soil, landscape and agricultural environments. While large-scale climatic gradients were the main drivers shaping these community types, local vegetation played a key role in determining species richness. By contrast, agricultural practices appear to be an important structuring factor for both community types and richness. Finally, this study provides the first in-depth characterisation of beetle communities in French field margins, offering a solid baseline for future research and improving our understanding of the complex interactions among climatic, landscape, vegetation, and agricultural drivers
Increasing prevalence of warm monomictic lakes in France over six decades under climate change
No full textInternational audienceThis study utilized temperature simulations from the Ottosson-Kettle-Prats Lake Model and a modified Lewis classification to analyze temporal changes in mixing-regime dynamics, temperature, density gradients, and meteorological indicators in 170 French lakes between 1959 and 1988 and 1989-2019. In the initial period, 55%, 30% and 15% of lakes were classified as warm monomictic, polymictic and dimictic respectively, with 57% of lakes experiencing anomalous regimes. Notably, 6% of the lakes, all at low altitudes (< 800 m a.s.l.) and located in central and north-eastern France shifted from dimictic to warm monomictic between the two periods, representing 77% of all low-altitude dimictic lakes. In 1989-2019, these lakes experienced a warmer climate with annual air temperatures increasing by an average of 0.19 °C/dec across all lakes, with an annual epilimnion warming averaging 0.25 °C/dec compared to 0.2 °C/dec for non-shifting lakes. Additionally, they became more stable and had the greatest density gradient change, averaging 0.07 kg/m³ between 1989 and 2019 and 1959-1988. In contrast, high-altitude lakes remained dimictic, showing an annual epilimnion warming averaging 0.19 °C/dec and a particular winter solar radiation decrease averaging -6.96 W/m 2 /dec in 1989-2019. Further, they did not show significant changes in average density gradients between the two periods. Our findings provide new insights into the mixing-regime dynamics of French lakes over the past six decades. This research is crucial for understanding the ecological impacts of physical alterations and for guiding management strategies under climate change. In the future, we expect less mixing in dimictic lakes, especially those at low altitudes