Portail HAL de l'OFB
Not a member yet
3699 research outputs found
Sort by
Éco-épidémiologie et gestion sanitaire : de la rage vulpine à la tuberculose bovine chez les blaireaux, quels enseignements ?
No full textInternational audienceL’élimination réussie de la rage vulpine dans une grande part de l’Union européenne montre l’importance de la connaissance de l’écologie fonctionnelle des populations d’hôtes pour contrôler la transmission d’un agent pathogène dont la circulation implique majoritairement une espèce de carnivore sauvage, ici le renard roux (Vulpes vulpes). Cette approche est-elle applicable au contrôle de Mycobacterium bovis, le bacille responsable de la tuberculose bovine, qui circule chez le blaireau d’Europe (Meles meles) dans certaines zones d’enzootie bovine ? Après une présentation des écosystèmes au sein desquels s’effectuent la transmission du virus de la rage terrestre et celle de M. bovis, nous comparons les possibilités théoriques et expériences pratiques de contrôle de leur durabilité ou de leur propagation, en portant une attention particulière aux mesures de gestion sanitaire par élimination des animaux ou par immunisation
Désintoxiquer la nature. Pour un nouveau cadre d'action contre les pollutions chimiques et leurs effets systémiques sur la biodiversité
No full textCette synthèse s’articule en trois grandes parties. La première partie retrace les grands enjeux écologiques associés aux pollutions chimiques et le contexte international suscité par ces enjeux. La deuxième partie s’attache à restituer un état de l’art, sinon exhaustif, du moins représentatif, des connaissances scientifiques existantes récentes sur l’impact des pollutions toxiques sur la biodiversité. La troisième partie vise à offrir au lecteur une vision du cadre global existant en matière de gestion des produits chimiques et des pollutions que leur usage engendre, et des défis qui y sont rencontrés. Sur cette base, des pistes d’actions sont mises en lumière, ainsi qu’un panorama des perspectives, au regard de l’évolution en cours des politiques publiques et de la société
Bilan du projet CLEVER : évaluation des impacts environnementaux des plantes exotiques envahissantes de France
No full texthttps://especes-exotiques-envahissantes.fr/bilan-projet-clever-evaluation-impacts-environnementaux-plantes-exotiques-envahissantes-france/Le CBNSA, avec la contribution de l’OFB, de l’Anses, du Comité français de l’UICN, du réseau des CBN et de la DREAL Nouvelle-Aquitaine, a testé pendant deux ans des protocoles adaptés des méthodes EICAT et EICAT+ d’évaluation des impacts environnementaux des espèces exotiques, afin de déterminer s’ils peuvent être utilisés efficacement sur la flore exotique aux échelles nationale et régionale en France hexagonale
Retour sur les webinaires nationaux de présentation des projets lauréats de l'AMI sur les EEE de l'OFB
No full texthttps://especes-exotiques-envahissantes.fr/retour-sur-les-webinaires-nationaux-de-presentation-des-projets-laureats-de-lami-sur-les-eee-de-lofb/L’Office français de la biodiversité (OFB) et les porteurs des projets lauréats de l’Appel à manifestation d’intérêt (AMI) pour des projets de « recherche-action » sur les Espèces exotiques envahissantes (EEE) de l’OFB ont organisé fin novembre et début décembre de 2024 trois webinaires nationaux de présentation de ces projets
Suivi de la mégafaune marine au sein du Parc Naturel Marin des estuaires picards et de la mer d’Opale - Programme MAMO - Rapport de campagne 2023-2025 pour le PNM EPMO (OFB-22-0565).
No full textLe projet MAMO vise à enrichir les connaissances sur les oiseaux et les mammifères marins dans le Parc naturel marin des estuaires picards et de la mer d’Opale (PNM EPMO) et de ses eaux avoisinantes, à une résolution saisonnière. Cette campagne d’acquisition de données via l’observation aérienne vise également les autres espèces mobiles visibles en surface (poissons, raies, méduses), les macrodéchets flottants ainsi que les navires. Elle a pour objectif d'identifier et préciser distributions et abondances des taxons de la mégafaune marine les plus abondants dans la zone d’étude, tout en caractérisant les variations saisonnières.Initialement prévue pour l’automne 2022, la campagne a débuté au printemps 2023 après obtention des accords nécessaires pour les eaux anglaises. Sept sessions de prospection aérienne ont été menées entre le printemps 2023 et l’hiver 2025, couvrant plus de 12 300 kilomètres d’effort d’observation. Les survols ont été réalisés selon la méthode du Distance Sampling à une altitude de 600 pieds, avec un protocole identique à celui des campagnes nationales SAMM. L’échantillonnage a été complété par le système d’acquisition photographique STORMM, embarqué à partir du printemps 2024, permettant de coupler observation visuelle et acquisition digitale.Malgré des contraintes météorologiques, techniques et réglementaires, la couverture des plans d’échantillonnage a été satisfaisante. Plus de 18 300 observations visuelles ont été collectées : 613 observations (941 individus) de mammifères marins ; 12 814 observations d’oiseaux (38 709 individus) ; 412 observations d’autres espèces marines ; ainsi que 3 629 observations de déchets (dont 82 de déchets de pêche), 430 de bouées de pêche et 257 de navires pour les activités humaines.Le marsouin commun et les phoques constituent les mammifères marins les plus observés, avec des densités maximales en hiver. Chez les oiseaux, les alcidés, les laridés et le fou de Bassan montrent les taux de rencontre les plus élevés, avec une forte saisonnalité observée pour les alcidés en hiver.L’apport du dispositif STORMM a permis d’affiner les identifications, de corriger des erreurs taxonomiques et de préciser les effectifs, en particulier pour les phoques, mouettes, sternes et goélands. L’analyse digitale a amélioré la précision taxonomique de l’échantillon d’observations traité.Ces résultats renforcent les connaissances disponibles pour l’évaluation de l’état de conservation des espèces et l’identification de zones d’importance écologique dans la Manche orientale. Les données collectées sont essentielles pour affiner les stratégies de suivi et d’évaluation de l’état de conservation des espèces marines de la région. La première session a notamment permis d’étendre vers le Sud une proposition de zone importante pour les mammifères marins (IMMA). Par ailleurs, la troisième session, réalisée conjointement avec la couverture hivernale du projet SCANS IV (Small Cetaceans in the European Atlantic and North Sea), a permis d’élargir la zone de prospection de cette campagne à grande échelle. Ces efforts soutiennent les objectifs de conservation et de gestion écologique du Parc, assurant une meilleure connaissance de la biodiversité marine locale
Note sur la répartition des espèces du genre Anyphaena Sundevall, 1833 (Araneae, Anyphaenidae) en France
No full textInternational audienceThis paper contribute to actualise the distribution about five species of genus Anyphaena known by mainland France and Corsica, and present observations outside the distribution known in scientific literature. This paper deals with synantropic caracter of some species, the interest to prospect spiders in urban area and more broadly questions our perception and understanding of the ecological requirements of these species.Cet article vise à actualiser la répartition des cinq espèces d'Anyphaena connues de France hexagonale et de Corse, notamment en rapportant des observations faites en dehors des zones géographiques connues de la littérature. Celui-ci discute en partie du caractère synanthrope de certaines espèces, de l'intérêt d'initier davantage de prospections arachnologiques en milieu urbain et questionne plus largement notre perception et notre compréhension des exigences écologiques de ces espèces
PFAS et Pesticides dans nos eaux: Quelles conséquences pour la santé humaine ? quelles solutions ?
No full textInternational audiencePFAS et Pesticides dans nos eaux.Quelles conséquences pour la santé humaine ? quelles solutions
Disentangling the Effects of Biotic and Abiotic Dimensions of Ecological Opportunity on Individual Trophic Trait Variation
No full textInternational audienceWithin‐species individual trait variation (ITV) plays a critical role in ecological and evolutionary dynamics by influencing community structure, ecosystem functioning, and individual fitness. While the role of the biotic dimension of ecological opportunity (e.g., interspecific competition, prey availability) in shaping trophic ITV is now well established, the role of the abiotic dimension, and its interactions with biotic factors, remains critically overlooked, limiting our understanding of how individuals cope with changes in ecological opportunity. To address this knowledge gap, we investigated trophic ITV in the endangered riverine fish Zingel asper using a multi‐faceted approach: (i) precise quantification of trophic ITV via faecal metabarcoding, (ii) fine‐scale mapping of prey availability and habitat structure across seasons, and (iii) path analysis to assess the direct and indirect effects of prey, habitat, and their spatial heterogeneity in driving ITV. The individual niche width (INW) in Z. asper was largely determined by preferred prey availability, while between‐individual variation (BIC) was largely determined by a combination of prey and habitat factors, with habitat exerting a direct effect (i.e., not mediated via prey) on trophic ITV. This study provides a mechanistic explanation of the processes underlying the shift from selective to opportunistic foraging strategies. Notably, we demonstrated that trophic ITV is altered by the interaction between predator life‐history traits (in the present study, size) and four distinct dimensions of ecological opportunity: prey availability and their spatial distribution, habitat structure and seasonality
PlanktonFlow : hands-on deep-learning classification of plankton images for biologists
No full textHigh-resolution biodiversity monitoring is crucial to understand the complex dynamics of ecosystems. High throughput image-acquisition devices now provide biologists with a wealth of data, but mainstream, automated image-classification workflows are still lagging behind, while high-performance classification models remain hardly manageable by most biologists. To fill this gap, we developed PlanktonFlow, an end-to-end, fully automated deeplearning pipeline for plankton imagery intended for biologists having minimal technical expertise with machine learning. PlanktonFlow automates image pre-processing, model training and calculation of performance metrics for four different convolution neural network architectures (ResNet, DenseNet, EfficientNet, and YOLOv11), as well as inference on novel datasets. We highlight the potentialities of PlanktonFlow by comparing the relative performances of the four models and of the web-service EcoTaxa on classifying images from freshwater samples including 76 classes of both living and non-living objects. EfficientNet-B5 achieved the highest macro-averaged F1 score, outperforming Eco-Taxa as well as other models. Despite class imbalance and morphological complexity, all models generalized well across frequent and rare taxa, highlighting the relevancy of the pre-processing routine. Error analyses stressed that classification challenges arose from high intra-class variability and high inter-class similarity. To ease an appropriation and further developments by the community, PlanktonFlow is open source and has a modular structure. We foresee that future work could leverage semi-supervised learning, test the pipeline on other imaging systems, and expand its applicability to other biological systems