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Rapport de l’étude pilote Biodiversa+ sur la biodiversité des sols en France: Compte-rendu et retours d’expérience des années 2023 et 2024
No full textIn 2023, the European Biodiversa+ partnership launched a pilot study to test a transnational soil biodiversity monitoring scheme. Ten partners from ten countries are taking part, including the French Agency for Biodiversity (OFB).This report details the OFB's involvement in this initiative. It first presents the protocol used and its implementation in 2023 and 2024 on the 12 French sites selected. Feedback is then presented, highlighting the technical, scientific and organizational aspects of the project: training in the implementation of the protocol, sampling techniques, equipment management, coordination with partners... Recommendations are made for each issue identified.Lastly, after setting the context for soil monitoring projects in France and Europe, the report examines the prospects offered by this study for the establishment of a Europe-wide soil biodiversity monitoring scheme. It highlights the technical issues and coordination challenges associated with this initiative, in order to ensure effective monitoring of soil biodiversity.En 2023, le partenariat européen Biodiversa+ a initié une étude pilote visant à tester un dispositif transnational de surveillance de la biodiversité des sols. Dix partenaires issus de dix pays y participent, dont l'Office français de la biodiversité (OFB) pour la France.Ce rapport détaille l'implication de l'OFB dans cette initiative. Il présente d'abord le protocole adopté et sa mise en oeuvre en 2023 et 2024 sur les 12 sites français sélectionnés. Un retour d'expérience est ensuite présenté, mettant en lumière les aspects techniques, scientifiques et organisationnels du projet : la formation à la mise oeuvre du protocole, les techniques de prélèvement, la gestion du matériel, la coordination avec les partenaires etc. Des recommandations sont formulées pour chaque enjeu identifié. Enfin, après une mise en contexte des projets liés à la surveillance des sols en France et en Europe, le rapport examine les perspectives offertes par cette étude pour la mise en place d'un dispositif de surveillance de la biodiversité des sols à l'échelle européenne. Il met en avant les enjeux techniques et les défis de coordination liés à cette initiative, afin d'assurer une surveillance efficace de la biodiversité des sols.</p
Caractérisation des sites de reproduction de l'Omble chevalier (Salvelinus umbla)
No full textPartie 1 : Faisabilité de la caractérisation des sites de reproduction de l'Omble chevalier à l'aide d'un ROV -Frayère du Bouveret (Léman) Partie 2 : Analyse de la corrélation entre la fréquentation de l'Omble chevalier et la température de l'eau sur l'omblière d'Yvoire sur le Léma
Fish-tracker, un outil accessible pour analyser efficacement les données enregistrées par les caméras acoustiques.
No full textAcoustic cameras, high-frequency sonars, are efficient tools for studying fish behaviour, as whitefish spawning phenology in the littoral areas of lake. Finding tools that facilitate spawning monitoring is essential to a better knowledge and to take concerted management actions. In this study, we have tested a new tool, FishTracker to analyse data from the spawning season (2020-2021) of whitefish in Lake Geneva (Coregonus sp.). To analyse the efficiency of this open access tool, we analysed data with the usual methods: manual counting and the Sonar5-Pro software, often used for semi-automatic data analysis. Manual data processing is highly time-consuming to extract and validate information from acoustic recordings. Sonar5-Pro, is a powerful softwar well-known in acoustic camera studies to perform high precision target detections from acoustic camera data. FishTracker is easy to use, produced phenological trends closely aligned with manual counts and Sonar5-results, despite some over-counting FishTracker offers high stability and the ability to process large datasets simultaneously.Les caméras acoustiques, comme les sonars haute fréquence, sont des outils efficaces pour étudier le comportement des poissons, notamment la phénologie de la reproduction des corégones dans les zones littorales des lacs. Trouver des outils facilitant le suivi de la fraie est essentiel pour améliorer les connaissances et mettre en place des actions de gestion concertées.Dans cette étude, nous avons testé un nouvel outil, fishtracker, pour analyser les données de la saison de reproduction (2020-2021) des corégones dans le lac Léman (Coregonus sp.). Afin d’évaluer l’efficacité de cet outil en libre accès, nous avons comparé ses résultats avec ceux des méthodes habituelles : le comptage manuel et le logiciel Sonar5-Pro, souvent utilisé pour l’analyse semi-automatique des données. Le traitement manuel des données est une tâche particulièrement chronophage pour extraire et valider les informations issues des enregistrements acoustiques.Sonar5-Pro est un logiciel puissant, largement reconnu dans les études utilisant des caméras acoustiques, permettant une détection de cibles avec une grande précision. fishtracker est facile à utiliser et a produit des tendances phénologiques proches des comptages manuels et des résultats de Sonar5-Pro, malgré une légère surestimation du nombre de poissons. Il présente cependant une grande stabilité et la capacité de traiter simultanément de grands ensembles de données. Fish-tracker, un outil accessible pour analyser efficacement les données enregistrées par les caméras acoustiques
eDNA outperforms traditional methods for detecting organic pollution in a non-perennial river
No full textInternational audienc
Comprehensive regional assessment of brood habitat suitability for Alpine black grouse (Lyrurus tetrix)
No full textInternational audienceImproving for knowledge of habitat suitability of black grouse breedingCombining Remote Sensing (RS) and modelling to map potential breeding habitat at the scale of the French Alp
Endozoochorous plant dispersal by the Brown Bear ( Ursus arctos ) in the Pyrénées: angiosperms but also ferns and mosses and the importance of disaggregation agents
No full textInternational audienceEndozoochory by megafauna enables temperate mountain plants to disperse over long distance. As an endozoochorous agent, Brown Bear may play a unique role through its biology and ecology especially because of its diverse diet (angiosperms, ferns, mosses). However, few studies have been conducted on the dispersal of all angiosperms and none on ferns or mosses. Also, the fact that the faecal matrix could represent a barrier to the germination of dispersed seeds due to various physical or chemical constraints, has often been neglected. In this study, we investigated endozoochory by the European Brown Bear and the faecal matrix effect on germination success. We conducted a seedling emergence monitoring experiment in the greenhouse for seven months to assess seed dispersal potential based on 86 faeces. Each sample was split into two treatments (raw vs. filtered faeces), to test the effect of the faecal matrix on seedling germination and growth. We found that Brown Bear dispersed not only fleshy-fruited plants, but also dry-fruited plants and for the first time among Ursids, ferns and mosses. We also pointed out that the faecal matrix acts as an important barrier for germination with little effect on growth. These results highlight the role of Brown Bears in the dispersal of non-fleshy-fruited plants, and suggest that the spectrum of plant species potentially dispersed by Brown Bear is wider than formerly thought. They also stress the importance of faeces disaggregation on seed dispersal outcomes, a mechanism mediated by abiotic or biotic agents
BRC4Env, le pilier environnement de l’infrastructure RARe
No full textNational audienceRARe, réseau français de Centres de Ressources Biologiques pour la recherche en biologie, agronomie et environnement, est une infrastructure nationale de recherche qui s’appuie sur cinq réseaux ou "piliers" de Centres de Ressources Biologiques (CRB). Ces piliers conservent des ressources génétiques, génomiques et biologiques assemblées et caractérisées, ainsi que les données qui leur sont associées, sur les animaux domestiques et les espèces sauvages apparentées, les plantes modèles ou cultivées, les arbres forestiers, les micro-organismes d’intérêt agronomique ou agro-alimentaire, les micro-organismes et organismes de l’environnement, les sols.Son pilier environnement BRC4Env contribue aux réflexions concernant la constitution d’une Aquathèque (PC5)
Bat rabies exposures and safety practices among a self-selecting sample of French bat handlers
No full textInternational audienceEuropean bats can be infected by several lyssaviruses, the causative agents of rabies. These viruses can be transmitted from bats to humans and result in a fatal viral encephalitis. Bat handlers are at special risk of lyssavirus exposure because they regularly handle bats for conservation, scientific, and welfare purposes. Methods: An online survey was conducted among a large French network of bat handlers to evaluate the knowledge and perception of bat lyssavirus risk, safety practices, and bat exposures, as well as factors that might increase exposure risk. Results: Eligible responses were received from 130 bat handlers. Most respondents (89.2 %) reported that they had experienced at least one bat bite since they started handling bats. Awareness of the risk of bat-human lyssavirus transmission was high (82.3 % of respondents). The safety practices were implemented by most respondents: 83.1 % were vaccinated against rabies and 80.8 % systematically used gloves to handle bats. However, gaps between recommendations and practice were noted regarding post-vaccination antirabies periodic serological monitoring and recourse to post-exposure prophylaxis administration after bat exposure.Conclusions: This research provides new prospects for improving the training of bat handlers and compliance with safety practices with regard to the risk of exposure to the bat lyssaviruses
Prise en compte des enjeux de pollution lumineuse sur les sites d’entreprises
No full textInternational audienceThe gradual use of artificial light at night by human beings is causing light pollution, which has an impact on ecosystems and biodiversity. However, it is difficult to quantify and control, and there are still gaps in our knowledge of its impact. This article presents a methodological framework for taking account of light pollution issues on company sites, while including the safety requirements of industry. First, it proposes a macroscopic analysis to identify their lighting context in order to target priority sites, where the issues relating to lighting and biodiversity will be characterised in greater detail. The aim is then to identify conflicts so that they can be better integrated into the development of a differentiated lighting management plan, with a view to restoring dark infrastructures.L’utilisation progressive par l’être humain de la lumière artificielle nocturne engendre une pollution lumineuse qui impacte les écosystèmes et la biodiversité. Cependant, elle est difficile à quantifier et à contrôler, et des lacunes de connaissances sur ses impacts persistent. Cet article présente un cadre méthodologique qui permet, en intégrant les requis de sécurité des industriels, de prendre en compte les enjeux de pollution lumineuse sur des sites d’entreprises. Il propose tout d’abord une analyse macroscopique afin d’identifier le contexte lumineux de ces sites pour cibler des sites prioritaires. Ces derniers feront ensuite l’objet d’une étude approfondie portant sur les interactions entre éclairage et biodiversité. L’objectif est alors d’identifier les conflits entre les deux enjeux pour mieux les intégrer dans l’élaboration d’un plan de gestion différenciée de l’éclairage, dans une optique de restauration des trames noires