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Environmental DNA Approach for Lake Phytoplankton Monitoring
No full textInternational audienceThe European Water Framework Directive (WFD) requires monitoring to achieve or maintain good ecological status of lakes, which support major socio-economic services. Traditionally, a morphology-based identification of individuals is used for the biomonitoring. Environmental DNA (eDNA) has significantly enhanced the evaluation of biodiversity in aquatic ecosystems. In addition, the eDNA metabarcoding approach without taxonomicassignment (the so-called taxonomy-free approach) seems to be more promising for biomonitoring than the taxonomy-based approach. For the moment, there is a lack of empirical evidence showing the relevance of the taxonomy-free approach for assessing the ecological status of lakes based on phytoplankton, a key biological group used under the WFD. In this study, we coupled an eDNA metabarcoding approach with a niche model and an unsupervised machine learning method to assess the ecological status of 239 samples collected in 98 lakes across France. In practice, we have developed a biotic index using the abundance profiles of Amplicon Sequence Variants (ASVs) along a specific environmental gradient to assess the latter. We showed that this index, based on the taxonomy-free approach, had a strong ability to predict the ecological status of samples along an anthropogenic gradient, representing eutrophication levels
Les communautés d'abeilles sauvages présentes sur les carrières de gypse réaménagées de la Butte de l'Aulnoye
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le Nouveau MOOC RESSOURCE+: Identifier et dénombrer les oiseaux d'eau d'Afrique du Nord et du Sahel: Comment et dans quels buts?
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Les Styloleptus du « groupe posticalis » des Petites Antilles et de Trinidad (Coleoptera Cerambycidae)
No full textInternational audienceStyloleptus of the "posticalis group" from the Lesser Antilles and Trinidad (Coleoptera Cerambycidae). Using recent material and specimens from the National museum of natural history (Paris), we have re-examined the taxonomic status of Styloleptus populations in the Lesser Antilles: Styloleptus inermis (F., 1801) and S. posticalis (Gahan, 1895) sensu lato. Morphology and DNA barcoding (CO1) demonstrate that Styloleptus bonfilsi Villiers, 1980 is a valid species (status revalidated), which is endemic to the hygrophilous forests of Guadeloupe and Dominica. Styloleptus posticalis is reported for the first time from Trinidad; it is a widespread and fairly variable species, whose DNA barcode diverges slightly between islands. DNA barcodes are provided for the different taxa and islands. Illustrations and a table of distinctive characters are also provided.À partir de matériel récent et des types présents au Muséum national d'Histoire naturelle (Paris), nous avons ré-examiné le statut taxonomique des populations de Styloleptus des Petites Antilles : Styloleptus inermis (F., 1801) et S. posticalis (Gahan, 1895) sensu lato. La morphologie et le code-barres ADN (CO1) démontrent que Styloleptus bonfilsi Villiers, 1980 est une espèce valide (statut revalidé), endémique des forêts hygrophiles de Guadeloupe et Dominique. Styloleptus posticalis est signalé pour la première fois de Trinidad ; c'est une espèce répandue et assez variable, dont le code-barres ADN diverge légèrement en fonction des îles. Des codes-barres ADN sont rendus disponibles pour les différents taxons et îles. Des illustrations et un tableau des caractères distinctifs sont fournis
Managing hedgerows for biodiversity: Disentangling the effects of trimming, structure and connectivity on the use of linear features by bats
No full textInternational audienceHedgerows are key semi‐natural elements in European agricultural landscapes supporting diverse wildlife, including bats, that depend on these linear elements for foraging and commuting. Despite replanting initiatives, many hedgerows remain degraded due to intensive management practices such as overtrimming. To develop effective and generalisable conservation guidelines, more research is needed to understand how both management practices and intrinsic hedgerow characteristics influence bat species with different foraging strategies. We conducted passive acoustic monitoring across 448 hedgerows to assess the influence of six characteristics on bat activity: trimming method, height, width, foliage density, connectivity and woody plant diversity. We examined responses for two species associated with hedgerow landscapes ( Barbastella barbastellus , Rhinolophus ferrumequinum ) and three echolocation guilds: short‐, mid‐ and long‐range echolocators (SRE, MRE, LRE), corresponding to clutter, edge and open‐space foragers, respectively. Pollarding consistently increased bat activity, especially for tree‐dwelling species, likely by maintaining mature trees with larger crowns and diversified microhabitats. Coppicing generally reduced activity for SRE, B. barbastellus and R. ferrumequinum , while increasing LRE activity. Taller, tree‐filled hedgerows generally supported higher bat activity, whereas width and foliage density had more limited effects. Finally, uninterrupted hedgerow segments enhanced SRE and MRE activity, highlighting the importance of local habitat continuity in creating effective corridors for bat movement. Woody plant diversity was also positively associated with SRE activity. These results were mostly consistent across simplified open croplands and structurally complex bocage landscapes. Synthesis and applications . Our findings underscore the value of extensive hedgerow management in promoting on‐farm bat activity and support the integration of simple hedgerow quality assessment protocols into agri‐environment schemes. Consistent with previous research, we confirm the importance of tall, tree‐filled hedgerows and emphasise the need to preserve mature trees. We also provide novel insights: hedgerow continuity and low‐intensity trimming methods can further improve habitat suitability, particularly for tree‐dwelling bats. Our management recommendations align with evidence from other taxonomic groups, including birds and invertebrates, and can contribute to broader biodiversity conservation strategies.Les haies sont des éléments semi‐naturels clés des paysages agricoles européens, soutenant de nombreuses espèces dont les chauves‐souris qui chassent et se déplacent le long de ces structures. Cependant, de nombreuses haies sont dégradées en raison de pratiques de gestion intensives, réduisant leur qualité écologique. Afin d'élaborer des recommandations de gestion généralisables, il est nécessaire de mieux comprendre comment différentes pratiques et caractéristiques intrinsèques des haies favorisent les chauves‐souris, compte tenu de leur comportement de chasse. Par suivi acoustique passif sur 448 haies, nous évaluons l'influence de six caractéristiques (méthode de taille, hauteur, largeur, densité du feuillage, connectivité et diversité d'essences) sur l'activité (i) de deux espèces de chauves‐souris associées aux paysages bocagers ( Barbastella barbastellus , Rhinolophus ferrumequinum ) et (ii) de trois guildes: espèces à courte, moyenne et longue portée d'écholocation (SRE, MRE, LRE), correspondant respectivement à des espèces de milieux fermés, de lisières et de milieux ouverts. Nous montrons un effet positif du recépage en têtard sur l'activité des chauves‐souris, en particulier d'espèces arboricoles. Les coupes en cépées ont un effet négatif pour les SRE, B. barbastellus et R. ferrumequinum , mais positif pour les LRE. Les haies hautes et arborées sont généralement favorables, tandis que la largeur et la densité du feuillage ont des effets plus limités. Les SRE et MRE ont été plus actifs le long de haies sans discontinuité, soulignant l'importance de la continuité de ces habitats à l'échelle locale pour les déplacements des chauves‐souris. Enfin, la diversité d'essences semble favoriser l'activité des SRE. Ces effets se maintiennent dans des paysages simplifiés et bocagers. Synthèse et applications . Nos résultats soulignent l'importance d'une gestion extensive des haies pour favoriser l'activité des chauves‐souris, et soutiennent l'intégration de protocoles simples d'évaluation de la qualité des haies dans les mesures agro‐environnementales. Nous confirmons l'intérêt des haies hautes et arborées, et apportons des éléments nouveaux sur les effets positifs de la connectivité et de méthodes de taille peu intensives. Nos recommandations convergent avec la littérature pour d'autres taxons, dont certains oiseaux et invertébrés, et pourraient alimenter des stratégies plus larges de conservation de la biodiversité
Avis sur la proposition d’inscription du site « La Loire des confluences » au titre de la convention internationale dite de « RAMSAR » sur les zones humides
No full textPatterns and drivers of fish trophic trajectories over time
No full textInternational audienceAbstract Biological communities are facing profound upheaval induced by global environmental change. While changes in community composition over time are now well documented, much less is known about whether concomitant shifts in trophic structure also manifest. Here, we leveraged a 10‐year dataset of freshwater fish communities and stable isotope compositions in nine lakes to test whether compositional changes (i.e., changes in community structure) and local environmental factors drove trophic trajectories over time. We found marked changes in the trophic structure of fish communities across all lakes, with a general tendency toward narrower trophic niches dominated by trophically redundant species. The variations in trophic trajectories among lakes were primarily linked to differences in the temporal pace and directionality of change. Specifically, lakes exhibiting greater compositional changes displayed more irregularity in their trajectory, and communities dominated by non‐native species displayed elevated trophic stability over time. Our findings reveal species turnover as the dominant factor shaping trophic dynamics, through the addition or removal of predatory species and trophic turnover. The trophic stability observed in communities that were already invaded at the start of the study could be driven by their reduced susceptibility to compositional change caused by subsequent invasions. These findings highlight the existence of strong changes in trophic niches and unveil the intricate interplay between compositional changes and biological invasions in governing the trophic trajectories of communities and food web architecture, with subsequent implications for ecosystem functioning
Microchimie comparative des otolithes et des écailles de saumon Atlantique (Salmo salar)
No full textPré-dépôt HAL IPREM via X2HalInternational audienceIdentifier les migrants parmi les populations de saumon atlantique (Salmo salar) revêt une importance capitale, car leur dispersion peut contribuer à renforcer la résilience des populations face aux diverses pressions environnementales et humaines qu'elles subissent. Toutefois, l'extraction des otolithes, habituellement utilisée à cette fin, entraîne la mort des spécimens. Afin de pallier ce problème, des chercheurs ont exploré le potentiel des écailles comme alternative non létale, en se focalisant sur les saumons de la façade atlantique française. Les résultats révèlent que la microchimie des écailles est moins fiable que celle des otolithes, principalement en raison des altérations chimiques subies en milieu marin
Appui à la mise en oeuvre du décret n° 2022-1758 du 30 décembre 2022 relatif à l’instauration d’un système de recueil d'informations sur les captures et mises à mort accidentelles des espèces de l’annexe IV (point a) de la directive 92/43/CEE : Infrastructures linéaires de transport
No full textDans le cadre de la mise en oeuvre du décret n° 2022-1758 relatif au suivi des captures et mises à mort accidentelles des espèces protégées (annexe IV de la directive 92/43/CEE), ce rapport évalue l’impact des infrastructures linéaires de transport (routes et voies ferrées) sur la faune et propose une méthodologie pour définir les espèces et modalités de suivi. L’analyse s’appuie sur les données de l’évaluation Article 17 (DHFF 2019), les Listes rouges françaises et l’expertise naturaliste. Les espèces retenues appartiennent à quatre groupes taxonomiques : amphibiens, reptiles, chéloniens et mammifères terrestres (dont chiroptères). Au total, 74 espèces ont été identifiées comme potentiellement concernées : 10 espèces fortement impactées, dont le Lynx boréal, le Vison d’Europe, la Loutre d’Europe, la Cistude d’Europe et plusieurs amphibiens (ex. Alyte accoucheur, Sonneur à ventre jaune, Tritons), 48 espèces moyennement impactées, principalement des chiroptères et serpents, 10 espèces faiblement impactées, 6 espèces considérées non affectées par les collisions routières ou ferroviaires. L’évaluation souligne deux limites majeures : 1. La détection et l’identification des cadavres (petite taille des amphibiens et chauves-souris, confusion taxonomique possible pour certains mustélidés ou serpents). 2. La faisabilité opérationnelle des suivis, parfois difficile en bord de routes ou voies ferrées, nécessitant des prospections à pied et parfois des analyses ADN. Des pistes méthodologiques sont proposées : Cibler les « points noirs » de mortalité, Privilégier les périodes critiques (migrations, reproduction, dispersion juvénile), Recourir à des suivis multi-espèces ou par grands groupes taxonomiques (ex : Anoures, Chiroptères, Ophidiens) lorsque l’identification à l’espèce est irréalisable. La mise en place d’un système de recueil d’informations (SRI) est jugée justifiée pour plusieurs espèces à enjeux forts (notamment le Lynx, la Loutre et le Vison d’Europe), ainsi que pour certains groupes sensibles comme les amphibiens et chiroptères. Ce cadre constitue une base pour l’édiction d’arrêtés ministériels ciblant les espèces et situations prioritaires
Bridging the gap: oxygen and nutrient budgets in the Loire estuary using a benthic-pelagic box model
No full textInternational audienceIn hypoxic estuaries, sediment feedback is clearly a key factor in nutrient and oxygen cycling, favouring nutrient enrichment and oxygen depletion in the water column. It is crucial to understand these mechanisms to implement effective management strategies for these coastal systems. In this study, a coupled benthic-pelagic box model was developed to assess the impact of sediment and water column processes on nutrient and dissolved oxygen stocks in a hypoxic estuary. The model integrates physical and biogeochemical processes, focusing on the sediment-water column interaction during two contrasting hydrological contexts sampled in 2021: a winter flood and a summer low discharge period. The model reproduces the main processes well, despite some discrepancies with the observed data due to the underlying assumptions, which are discussed. The winter flood caused substantial erosion of upstream sediments, resulting in a strong redox gradient and high sediment-water exchange. The short residence time of the water prevented solutes accumulation, minimising their influence on oxygen and nutrient stocks. In summer, under low flow conditions, benthic recycling to the water column is intensified, resulting in an increase in ammonium concentration of up to 91%, compared to 67% from pelagic processes. In contrast, phosphate release remains modest (around 4%), particularly from the sediments underneath the Turbidity Maximum Zone (TMZ), where benthic exchange is limited by the presence of an oxide-rich sediment layer that acts as a barrier. However, phosphate availability in summer is primarily driven by pelagic desorption from suspended particles, notably in the TMZ. The results clearly highlight a decoupling between nitrogen and phosphorus recycling, which is promoting nitrogen enrichment and potentially favouring harmful algal blooms and hypoxia. The proposed simplified modelling approach is a crucial step in identifying the estuarine processes controlling oxygen and nutrient dynamics and can be easily applied to any estuary