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A phylogenomic and morphometric reassessment of Ovulidae highlights host-driven shell shape evolution
Reads bruts, alignements et arbres phylogénétiques associés au papier intitulé "A phylogenomic and morphometric reassessment of Ovulidae highlights host-driven shell shape evolution
Seine: Le port de la Râpée à Paris, carte de Gérard (1809)
Plan général du port de la Râpée et des abords de la gare projetée dans les fosses de l'Arsenal. Carte dressée par Gérard, ingénieur ordinaire à Paris (1809).
Les traits rouges indiquent les quais projetés. Les quais ne devant pas rétrécir le lit de la rivière , leur construction se fera au dépend des habitations existantes. Les traits en bleu se rapportent à la construction du port.
Ce projet a été modifié, et validé au cours d'un long processus de plusieurs mois visibles par les différents paraphes. La profondeur est figurée non seulement par une coupe transversale de la rivière. Les cotes se rapportent au zéro du pont de la Tournelle.
Raster GeoTIFF : CG_Seine_Port_De_La_Rapee_Gerard_1809.tif
Service des Cartes et Plans des Archives Nationales. Cote AN F/14/10078/1/43.
Numérisation en 2014. Géoréférencement en 2014 par Julie DAVODET. Métadonnées par Julie DAVODET et Juliette AUDET. Mise en ligne en avril 2015.</p
Seine: Confluent de la Seine et de l'Oise, projet d'écluse et de barrage, carte de Polonceau (1824)
Ce plan indique l'emplacement de deux projets de barrage.
Le premier, (en rouge) conçu par l'ingénieur en chef d'Astier (il s'agit probablement du Baron Emmanuel d'Astier de la Vigerie ingénieur en 1803) propose la construction d'un barrage et d'une écluse submersible.
Le second, par l'ingénieur en chef-directeur Polonceau, propose un autre emplacement, avec un « projet d'estacade et […] deux canaux de dérivation ».
Signé en 1824, le style cartographique du document relève des règles de l'école des Ponts et chaussées, enseignées à la fin du XVIIIème siècle.
L'attention portée à la représentation des jardin, avec ses plantations régulières, ainsi que la figuration des ombres portées est représentative du style du siècle dernier.
Raster GeoTIFF : EAT_Seine_Oise_Polonceau_1824.tiff
Service des Cartes et Plans des Archives Nationales. Cote AN F/14/10078/1/65.
Numérisation en 2014. Géoréférencement en 2014 par Julie DAVODET. Métadonnées par Julie DAVODET et Juliette AUDET. Mise en ligne en avril 2015.</p
Replication data for Fig 5.10, WTPDs, Alarm callers vs ward size, Raw Data, 22 Oct 2025
FILE DESCRIPTION
Keywords: Fig 5.10, Bottom, Raw data, 22 October 2025
File name = Fig 5.10, WTPDs, Alarm callers vs ward size, Raw Data, 22 Oct 2025
Date = 09 Aug 2022
OLD File name = WTPDs, alarm callers vs ward size, 1976, 09 Aug 2022
I created this file from MIDAS file (hard copy) called WHITEALARMS,
which I created on 08 Jan 1977
I assume that I checked this file TWO TIMES AT creation, because I used it for Hoogland 1977
Note that I had badger pulls at three colonies, all in 1976
Ward sizes and other data are from Hoogland 1977, pages 129, 138, 145-146
Wardsizeadultsonly for Arap Small comes from MIDAS output
WTPDsSEEN = maximal number of WTPDs seen (adults and babies) during
each experimental run with the stuffed badgers
This file has been checked TWO TIMES on 09 Aug 2022
This file ready for longterm storage on 25 January 2025
This file used for Fig 5.10, Bottom of Hoogland 2026
This file contains the RAW DATA for Fig 5.10, WTPDs, Alarm callers vs ward size
Another file contains the SUMMARY DATA for these raw data.
Name for other file with SUMMARY DATA for these raw data =
File name = Fig 5.10, Bottom, WTPDs, Vocal alarm callers vs ward size. 21 Oct 2025
Name for this file = Fig 5.10, WTPDs, Alarm callers vs ward size, Raw Data, 22 Oct 202
Seine: Plan et nivellement des quais Napoléon et de l'Archevêché à Paris, carte de Duchanoy (1812)
Ce plan présente le nivellement des quais Napoléon et de l'Archevêché à Paris, au niveau de Notre Dame, avec le projet des pentes à établir dans le pavé de ces quais.
Ce plan a été réalisé par l'ingénieur Louis Duchanoy en 1812.
Sont également représentés sur ce plan un profil en travers du Quai de l'Archevêché et un profil en travers du Quai Napoléon.
Les flèches noires indiquent les écoulements des eaux avant la réalisation des projets et les flèches rouges indiquent les écoulements des eaux après l'exécution des projets. Malheureusement, les flèches rouges sont difficilement lisibles.
Raster GeoTIFF : EAT_Seine_Quais_Napoleon_Archeveche_Duchanoy_1812.tiff
Service des Cartes et Plans des Archives Nationales. Cote AN F/14/10078/1/54.
Numérisation en 2015. Géoréférencement en 2015 par Juliette AUDET. Métadonnées par Juliette AUDET. Mise en ligne en juin 2015.</p
Replication data for: Fig 10.5, Bottom, GPDs and UPDs, Copulating males vs copulating females in same coterie, 13 Dec 2025
FILE DESCRIPTION
Keywords: GPDs and UPDs, copulating males vs copulating females, same clan
File name = Fig 10.5, Bottom, GPDs and UPDs, Copulating males vs copulating females in same coterie, 13 Dec 2025
NO OLDFile name.
I cannot find raw data for these GPD and UPD datasets, but I checked
the summaries in this EXCEL file TWO TIMES at creation, I could find the raw data here, if necessary (I think).
Data of creation was 24 May 2022, I think. That's when I created the PRISM graph.
The number above each SEM line indicates the sample sizes for number of home territories for which
I had good information on BOTH the number of copulating females AND the number of copulating males.
For the "females that copulated" (Column-A) I have changed the number slightly so that they will
show up more clearly in Fig 10.5.
For many of the standard errors (SEMs) in this EXCEL file, the SEM bars were shorter than the circles for means.
In those cases, I have shown small SEs that extend slightly beyond the circles or bars—because showing slightly inflated SEs
is better than suggesting no variation at all, in my opinion.
This point about SEM bars applies to many figures, as explained in Chapter 4 of Hoogland 2026.
File name = Fig 10.5, Bottom, GPDs and UPDs, Copulating males vs copulating females in same coterie, 13 Dec 202
Replication data for: Fig 5.7, BGUW, First juvenile mixings, 18 Oct 2025
FILE DESCRIPTION
Keywords: first mixing, all four species, ward density
Date = 19 Sept 2019 when this file started.
File name = Fig 5.7, BGUW, First juvenile mixings, 18 Oct 2025
This file has been checked ONE TIME ONLY. Usually I check each file TWO TIMES.
For GPDS, this file includes data from PEFO, RMC, and VCC.
Ward densities shown here might NOT agree with ward densities in other figures--not sure why.
This EXCEL file contains all data over all years for all four species.
This file includes BTPD and WTPD data from my doctoral research of 1974-1976
This file used for Figure 5.7 of Hoogland 2026.
This file ready for longterm storage on 14 Jan 2025.
BGUW = black-tailed, Gunnison's, Utah, and white-tailed prairie dogs
Transfer = 0 = no observed transfer of offspring by mother
Transfer = 1 = at least one transfer of offspring by mother
Numbers under First mix= number of days between first emergence
of juveniles from natal nursery-burrow and first mixing with juveniles
from a different litter
BTPD = black-tailed prairie dog GPD = Gunnison's prairie dog
UPD = Utah prairie dog WTPD = white-tailed prairie do
Replication data for: Fig 9.9, Top, BTPDs, coterie size vs coterie density, 05 Dec 2025
FILE DESCRIPTION
Keywords: black-tailed prairie dog, coterie size, coterie density, territory size
File name = Fig 9.9, Top, BTPDs, coterie size vs coterie density, 05 Dec 2025
OLDFile name = Cotsize vs cotdensity, BTPDs, 06 Feb 2024
Coterie size = Size of BTPD coterie = number of adults and yearlings
of both sexes in home coterie territory
Coterie size does NOT include juveniles
Coterie density = Coterie size / Territory size = BTPD adults and yearlings per hectare
Terrsize = Size of home territory of coterie, in hectares.
I create this file on 06 Feb 2025. I MIGHT HAVE created similar
= identical file earlier, but I cannot find it.
I create this file from SYSTAT file cotvster.sys, which I created on 11 Oct 1989
I used this file for Hoogland 1995 (my first book), so I assume that
I checked it TWO TIMES at creation.
Year = 76 = 1976; 85 = 1985; 88 = 1988; and so forth.
These data used for Figure 9.9 in Hoogland 2026.
This file ready for longterm storage on 06 Feb 2025.
I considered data from the same BTPD coterie in different years to be independent.
Notice that this file does NOT have a variable named "coterie designation"
Each line is from a single coterie in a single year.
File name = BTPDs, coterie size vs coterie density, 05 Dec 202
Bassin de la Seine: Carte des sources et de leurs débits en saison sèche (1881-1884)
Carte vectorisée de 590 sources d’eau du bassin de la Seine.
La carte d’origine (AN F/14/12401) représente ces sources sur une carte au 1/500 000è avec des cercles dont la surface est proportionnelle au débit minimum constaté pendant quatre années consécutives de saison sèche (1881, 1882, 1883, 1884).
Sur la carte vectorisée, les cercles gris indiquent les sources appartenant à la Ville de Paris (donnée issue de la carte d'origine), les cercles rouges les autres sources.
La table attributaire associée à la carte vectorisée indique le nom des sources, leur altitude (m), le diamètre des cercles mesurés à la règle (en mm) (données issues de la carte d'origine) et le calcul de leur surface (en mm2).
Voir l’utilisation de ces données dans le rapport PIREN Seine a1bx_Millot_2025
Carte d’origine : Archives Nationales Cote : F/14/12401
Vectorisation A Baro (2023)
Saisie des points et de leur diamètre L Millot (2023)
Producteur de la métadonnée L Millot (2025
Cours de la Seine de Paris à Rouen, cartes géoréférencées de Philippe Buache (18ème siècle)
Cours de la Seine de Paris à Rouen. Ensemble de onze feuilles dessinées par Philippe Buache au 18ème siècle.
Ces cartes sont difficilement géoréférençables en partie parce que la morphologie de la Seine a changé et en partie parce que les cartes sont inexactes.
Feuille 1 de Paris à Neuilly : EAT_Seine_Paris_Neuilly_Buache_1766.tif
Feuille 2 de Neuilly au Pecq : EAT_Seine_Neuilly_Pec_Buache_1766.tif
Feuille 3 du Pecq à Poissy : EAT_Seine_Pecq_Poissy_1750.tif
Feuille 5 de Rangiport à Flicourt : EAT_Seine_Rangiport_Flicourt_1750.tif
Feuille 7 de Vernon à Falaise : EAT_Seine_Vernon_Falaise_1750.tif
Feuille 8 de Falaise à Herqueville : EAT_Seine_Falaise_Herqueville_1750.tif
Feuille 10 du Manoir au Port Saint-Ouen : EAT_Seine_Manoir_Port_Saint_Ouen_1750.tif
Feuille 11 du Port Saint-Ouen à Rouen : EAT_Seine_Port_Saint_Ouen_Rouen_1750.tif
Numérisation en 2014. Géoréférencement en 2014 par Julie DAVODET. Mise en ligne en avril 2015. Métadonnées par Julie DAVODET et Juliette AUDET dans le cadre du projet Archiseine (PIREN-Seine - Archives Nationales).</p