Dane Badawcze UW University of Warsaw
Not a member yet
442 research outputs found
Sort by
Research data for publication "Understanding the selectivity of nonsteroidal anti-inflammatory drugs for cyclooxygenases using quantum crystallography and electrostatic interaction energy"
No full textThe stored dataset includes text files containing complete protein structures with added hydrogen atoms. These structures represent complexes of COX-1 and COX-2 isomorphs bound to various inhibitors and are used for calculations of electrostatic interaction energies COX-1 complexes include flurbiprofen (1eqh), ibuprofen (1eqg), celecoxib (3kk6) and meloxicam (4o1z) and COX-2 complexes include flurbiprofen (3pgh), ibuprofen (4ph9), celecoxib (3ln1), and meloxicam (4m11).Since the asymmetric unit in the crystal structure contains more than one protein complex, calculations were performed for each individual chain. To reflect this, the structure filenames include the corresponding chain identifier A, B, C or D, following a standard naming convention.</p
Mapa lasów porolnych i starych w polskich Karpatach Wschodnich
No full textGłównym celem opracowania załączonych warstw było wyznaczenie powierzchni do badań terenowych oraz na tej podstawie wyznaczenie listy diagnostycznych gatunków starych lasów dla Karpat Północno-Wschodnich oraz określenie stopnia regeneracji lasów porolnych i rozpoznanie czynników na nią wpływających. Załączona mapa przedstawia zasięg lasów porolnych, powstałych na terenach wcześniej użytkowanych rolniczo, opuszczonych po wysiedleniach ludności ukraińskojęzycznej lat 40. XX wieku. Lasy stare to takie, które istniały przed wysiedleniami, charakteryzujące się ciągłością użytkowania leśnego do czasów współczesnych.Do kartowania zasięgu lasów porolnych i starych na obszarze badań wykorzystano archiwalne dane teledetekcyjne: a) - niemieckie zdjęcia lotnicze z 1944 r. b) - zobrazowania satelitarne Corona z 1969 r., c) - zobrazowania satelitarne Sentinel-2 z 2019 r. Po ortorektyfikacji danych i klasyfikacji pokrycia terenu metodą analizy obiektowej (OBIA, ang. Object Based Image Analysis) wyznaczono następujące kategorie: „las stary” – pokrywa leśna w każdym terminie (1944, 1969, 2019,) „las porolny”, powstały po wysiedleniach lat 40. XX wieku – brak lasu w 1944 r., pokrywa leśna w 1969 r. i 2019 r.Załączone pliki możliwe do otwarcia w oprogramowaniach QGIS i ArcGIS.</p
Quantum mechanical-like approach with non-Hermitian effective Hamiltonians in spin-orbit coupled optical cavities
No full textNumerical data in Python format generated to plot figures 3,4,5 and 6 in Phys. Rev. Research 6, 013324 (2024).We present a comprehensive analytical model of resonant states in birefringent microcavities with permeable mirrors. We derive an effective, non-Hermitian photonic Hamiltonian describing cavity mode dispersion and modal lifetimes by applying the Green's function technique based on the Mittag-Leffler expansion with respect to the resonant states and the 𝒌·𝒑 perturbation theory known from semiconductor physics. Using this formalism we obtained results which can be interpreted as effective cavity mode spin-orbit coupling. We use this method to derive the two-mode Hamiltonian to describe the properties of light in the cavity, which significantly reduces the computational effort and properly captures the polarization of the eigenmodes. This is done by introducing the necessary corrections to the Hamiltonian matrix and modifying the basis modes resulting from the coupling with other optical modes present in the system. This simplified Hamiltonian allows us to determine the positions of exceptional points in momentum space. These points are connected by Fermi arcs and appear due to non-Hermiticity and 𝒫𝒯 symmetry</p
Zbiór danych do artykułu: Studenci i pracownicy uniwersytetów we wpisach wybranych chińskich bibliotek akademickich na platformie WeChat
No full textZbiór danych zawiera klucz kategoryzacyjny (plik WeChat_BiblAkad_KatOsob_SemWios_2022_KluczKategoryzacyjny_Wer1.csv) oraz wynik kategoryzacji 450 postów opublikowanych przez wybrane chińskie biblioteki akademickie (Bibliotekę Uniwersytetu Wuhan, Bibliotekę Uniwersytetu Qinghua oraz Bibliotekę Uniwersytetu Nauki i Technologii Chin) na platformie WeChat w semestrze wiosennym roku akademickiego 2021/2022 (plik WeChat_BiblAkad_KatOsob_SemWios_2022_KategoryzacjaPostow_Wer1.csv). Ponadto zawiera także plik ze skryptem Pythona umożliwiający podliczenie wybranych kategorii i podkategorii (plik WeChat_BiblAkad_KatOsob_SemWios_2022_Kod_Wer1.py). Przeprowadzona manualnie kategoryzacja dotyczyła treści powiązanych z różnymi kategoriami osób związanych z chińskimi uczelniami (studenci, pracownicy badawczo-dydaktyczni, bibliotekarze oraz pracownicy administracji uniwersyteckiej).Dokładniejszy opis zbioru danych znajduje się w pliku README.txt.</p
Metagenomic datasets of halophilic soil microbiomes from Polish salt graduation towers
No full textIn this study, we generated over 130 Gb of metagenome and metaplasmidome data from nine soil samples collected across three salt graduation towers in Poland. Using a multi-platform sequencing approach, we performed Illumina shotgun metagenomic sequencing and PacBio full-length 16S rRNA gene sequencing. Additionally, enrichment cultures were established for the most saline samples from each environment, enabling targeted, hybrid sequencing of plasmid DNA; and shotgun metagenomic sequencing, which allowed for reconstruction of complete plasmid sequences. Finally, physicochemical properties of the soil samples were measured, including CHN composition, metal content, and electrical conductivity.</p
Towards drug delivery systems triggered by ion-selective interactions
No full textDataset contains fluorescence spectra, fluorescence intensity timetraces and confocal microscopy image sets that are used in the submited manuscript.The manuscript reports on a proposed drug delivery system allowing release of a drug from lipophilic polymer in response to ion-selective interactions with trigger ions present in solution. A fluorescent cationic dye -methylene blue; is used as a model drug, which enables monitoring of drug release. Spontaneous and stoichiometric incorporation of trigger ions driven by preferential binding to uncharged ionophore results in charged drug ions (methylene blue cation) release to preserve electroneutrality. Kinetics of trigger ion incorporation/fluorescent model drug release is monitored for ion-selective membrane prepared in a form of solid film or electrospun fiber mat against primary ion and interferents.</p
Wpływ hydrożeli modyfikowanych peptydami IL4 lub SDF1 na transkryptom mioblastów uzyskanych z ludzkich indukowanych pluripotencjalnych komórek macierzystych
No full text[PL:]Mięśnie szkieletowe charakteryzują się dużym potencjałem regeneracyjnym, który jednak może być niewystarczający w przypadku rozległych urazów mięśni, chorób mięśni czy starzenia. W celu opracowania wydanej i bezpiecznej metody leczenia takich mięśni testowane są różne metody. Wśród nich ważną rolę pełnią te oparte na biomateriałach i komórkach macierzystych oraz ich pochodnych.W bieżących doświadczeniach badaliśmy hydrożele bazujące na RADA16-I, zmodyfikowane poprzez połączenie z zaprojektowanymi fragmentami IL4 lub SDF1, jako narzędzie pozwalające na powstanie, utrzymanie a nawet wzmocnienie potencjału ludzkich mioblastów uzyskanych z indukowanych pluripotencjalnych komórek macierzystych (iPSCs), rozważanych w kontekście terapii komórkowych mięśni szkieletowych. Analizy objęły określenie wpływu hydrożeli na transkryptom mioblastów uzyskanych z iPSC. Ustaliliśmy, że w obecności w/w hydrożeli w mioblastach zmienia się ekspresja czynników zaangażowanych m.in. w regulację angiogenezy, modulację stanu zapalnego, adhezję komórek, neurogenezę i różnicowanie miogeniczne. W związku z tym hydrożele funkcjonalizowane peptydami IL4 lub SDF1 stymulują potencjał regeneracyjny mioblastów uzyskanych z ludzkich iPSC.Wykonano analizę NGS (Next Generation Sequencing Core Facility, Centrum Nowych Technologii) z wykorzystaniem mioblastów uzyskanych z ludzkich iPSC (linia MONO-ALLELIC mEGFP-TAGGED DMD hiPSC, Allen Institute for Cell Science), zebranych po 3 dniach hodowli:na kontrolnych szalkach pokrytych kolagenem I (próbki opisane jako iPSC_DMD_MB_colI_1 lub coll),na kontrolnym niemodyfikowanych hydrożelu RADA16-I (próbki opisane jako hiPSC_DMD_MB_R1 lub R1),na hydrożelu modyfikowanym peptydem SDF1 (próbki opisane jako hiPSC_DMD_MB_R1_SDF_1_X lub R1_SDF_1_X),na hydrożelu modyfikowanym peptydem IL4 (próbki opisane jako hiPSC_DMD_MB_R4_IL_4_Y lub R4_IL_4_Y).Analiza objęła 3 powtórzenia biologiczne.Dane z NGS występują w postaci:„rawCounts” - pliku z surowymi danymi (.txt)„comparison” - listy zidentyfikowanych transkryptów (.xlsx)[ENG:]Skeletal muscles are characterised by substantial regenerative potential, which, however, may be insufficient in case of, e.g., extensive muscle damage, changes accompanying muscle diseases or ageing. For this reason, different ideas are being tested to develop efficient and safe approaches to treat such muscles. Among them, strategies based on biomaterials and stem cells or their derivatives play an important role.In the current study, we tested RADA16-I-based hydrogels, modified with custom-designed IL4 or SDF1 mimicking peptides, as a tool that allows the development, maintenance or even increase in the potential of human myoblasts derived from induced pluripotent stem cells (iPSCs), which are considered a source of cells in therapies for skeletal muscles. Among performed analyzes we determined the influence of hydrogels on the transcriptome of iPSC-derived myoblasts. We found that in response to hydrogel presence, changes in the expression of factors involved in angiogenesis, inflammatory mediation, cell adhesion, neurogenesis, and regulation of myogenic program were observed in human iPSC-derived myoblasts. Obtained results indicate that hydrogels functionalised with IL4 or SDF1 peptides support regenerative potential of these cells.Next-generation sequencing (NGS) was performed at the Next Generation Sequencing Core Facility, Center for New Technologies using myoblasts derived from human iPSC (cell line MONO-ALLELIC mEGFP-TAGGED DMD hiPSC, Allen Institute for Cell Science), collected after 3 days of culture on:collagen I (control conditions; samples described as iPSC_DMD_MB_colI_1 or coll),control unmodified RADA16-I hydrogel (samples described as hiPSC_DMD_MB_R1 or R1),hydrogel modified with SDF1 peptide (samples described as hiPSC_DMD_MB_R1_SDF_1_X or R1_SDF_1_X),hydrogel modified with IL4 peptide (samples descrbed as hiPSC_DMD_MB_R4_IL_4_Y or R4_IL_4_Y).Three independent biological samples were analyzed in each category.The NGS data are available in the following formats:"rawCounts" – a text file (.txt) containing raw sequencing data“comparison" – an Excel file (.xlsx) listing identified transcripts</ul
Liczba pochówków organizowanych przez gminy w latach 2015-2022 z wyszczególnieniem osób doświadczających bezdomności
No full textZbiór zawiera uporządkowane dane pozyskane w trybie dostępu do informacji publicznej w ramach realizacji projektu “Dane o śmierci osób doświadczających bezdomności w Polsce” (Narodowe Centrum Nauki OPUS – 2022/45/B/HS6/00322). W tabelach znajdują się informacje o liczbie zorganizowanych przez gminy pochówków w latach 2015-2022. Dane pochodzą ze sprawozdań gmin do Ministerstwa Rodziny, Pracy i Polityki Społecznej.Dane są w osobnych plikach dla każdego roku. Liczby przedstawione są dla każdej gminy w Polsce osobno wraz z kodem TERYT. Gminę opisują też zmienne: typ gminy (miejska, wiejska, miejsko-wiejska), województwo, powiat oraz jednostka gminy, która odpowiedzialna jest za sprawianie pogrzebów (OPS, PCPR, MOPR). Podana jest liczba osób, którym gmina przyznała świadczenie, liczba świadczeń, kwota świadczeń w złotych, liczba rodzin i liczba osób w tych rodzinach. Każda z tych pięciu zmiennych jest również określona dla wyróżnionej kategorii osób doświadczających bezdomności.Pliki w formacie ods.</p
Research data for publication: Preferential crystallization of tert-Butyl-calix[6]arene chlorobenzene solvate from a solvent mixture
No full textThe stored dataset includes files from five different datasets obtained from X-ray diffraction experiments (Rigaku Dual with HyPix detector) for solvates of tert-butylcalix[6]arene with 1,2-dichlorobenzene, 1,3-dichlorobenzene, 1,4-dichlorobenzene, ethyl acetate, and a mixture of dichlorobenzenes.</p
European Parliament elections in Poland 2004-2024: dataset of candidates for MEPs coded by political party, constituency, gender, incumbency, political experience, and electoral list positions
No full textdoi:10.58132/00T5MIDataset provides information on 3,215 candidates to the European Parliament (EP) from Poland. It covers five EP elections: 2004, 2009, 2014, 2019 and 2024.Candidates are coded by election year, constituency, electoral committee (national political parties or electoral coalitions of parties), ballot rank, gender, incumbency, electoral success, national political experience (ex-minister, vice-Prime Minister, Prime Minister), viable/unviable list position. Electoral committees are coded by position towards European integration and positions on GAL-TAN and left-right spectrum (based on Chapel Hill Survey) and number of MEPs elected from a committee per constituency.Sources of data: National Electoral Commission, Chapel Hill Survey, European Parliament.Dataset created for a study "Gender Quotas and Women’s Access to Viable List Positions: Evidence from the European Parliament Elections in Poland" (Aleksandra Polak, work in progress).</p