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Computational study of baicalein adsorption in graphene and gold substrates via DFT
No full textFlavonoids form an extensive category of secondary metabolites belonging to the polyphenol
class, found in various plant species, such as Scutellaria baicalensis Georgi, a herbal medicine
that contains the molecule baicalein (BCL), denoted by C
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, as the main bioactive
compound used to aid in the treatment of diseases. A broad understanding of the effects
of BCL in humans is essential, considering parameters such as appropriate dosage and
potential effects associated with overdose. It is therefore necessary to develop and/or
improve simple, miniaturized, low-cost and highly sensitive mechanisms for detecting
BCL. This master’s thesis describes a theoretical study of the adsorption of baicalein
on graphene and gold substrates via Density Functional Theory (DFT). The systems
based on different graphene substrates and transition metal surfaces for the adsorption of
BCL were: (i) pristine graphene (GRPR); (ii) graphene with monovacancy (GRMV); (iii)
oxygen-doped graphene (GRDP); additionally, (iv) Au(111) surface (S1A). Initially, this
study was based on the confection of systems in the isolated regime, in which the BCL,
graphene and gold substrates were analyzed, followed by convergence tests. The confection
of the isolated systems aims to incorporate an adequate surface area to accommodate the
BCL in the adsorption process. After defining, optimizing via DFT and characterizing
the isolated systems, composed of the adsorbate (BCL) and the substrates, we proceeded
with the adsorption of BCL on the substrates via ab initio molecular dynamics (AIMD)
simulations. From molecular adsorptions, it was possible to verify the behavior of changes
related to the interaction at the atomistic level between molecule and substrate in order
to obtain a set of adsorbed systems with greater stability in energetic terms. The values
obtained for the adsorption and interaction energies are energetically favorable in relation
to the combined systems. When verifying the main interaction behaviours, it should be
noted that the type of bond acting on the adsorption of BCL on the GRPR, GRDP and
S1A substrates is characterized by physisorption, with BCL interacting in parallel with
the substrates. In contrast, the type of bond acting on the adsorption of BCL on the
GRMV structure is defined by chemisorption, where the study molecule was adsorbed via
chemical bonds. The analysis of BCL interaction and adsorption on the different substrates
highlights the relevance of this study in combining structures and establishing detection
mechanisms. Ultimately, the investigation of BCL adsorption on GRPR, GRMV, GRDP
and S1A substrates contributes to the understanding of the molecular interaction at the
atomistic level.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESOs flavonoides formam uma extensa categoria de metabólitos secundários pertencentes
à classe dos polifenóis, encontrados em diversas espécies de plantas, como Scutellaria
baicalensis Georgi, um fitoterápico que contém a molécula baicaleína (BCL), denotada
por C
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, como o principal composto bioativo utilizado no auxílio de tratamento de
doenças. É fundamental uma ampla compreensão dos efeitos da BCL em seres humanos,
considerando parâmetros como a dosagem apropriada e potenciais efeitos associados à
superdosagem. Assim, faz-se necessário desenvolver e/ou aprimorar mecanismos de detecção
de BCL, que sejam simples, miniaturizados, de baixo custo e altamente sensíveis. Nesta
dissertação de mestrado encontram-se as descrições de um estudo teórico da adsorção
de baicaleína em substratos de grafeno e ouro via Teoria do Funcional da Densidade
(DFT). Os sistemas baseados nos diferentes substratos de grafeno e superfície de metal
de transição para adsorção de BCL foram: (i) grafeno pristino (GRPR); (ii) grafeno com
monovacância (GRMV); (iii) grafeno dopado com oxigênio (GRDP); adicionalmente, (iv)
superfície Au(111) (S1A). Inicialmente, este estudo foi balizado na confecção dos sistemas
em regime isolado, nos quais a BCL, os substratos de grafeno e ouro foram analisados,
seguido dos testes de convergência. A confecção dos sistemas isolados visa incorporar
uma área de superfície adequada para acomodar a BCL no processo de adsorção. Após a
definição, otimização via DFT e caracterização dos sistemas em regime isolado, compostos
pelo adsorbato (BCL) e pelos substratos, procedeu-se com as adsorções de BCL sobre os
substratos através de simulações de dinâmica molecular ab initio (AIMD). A partir das
adsorções moleculares, foi possível verificar o comportamento das alterações relacionadas
à interação ao nível atomístico entre molécula e substrato a fim de obter um conjunto
de sistemas adsorvidos de maior estabilidade em termos energéticos. Os valores obtidos
para as energias de adsorção e interação são energeticamente favoráveis em relação aos
sistemas combinados. Ao verificar os principais comportamentos de interação, ressalta-se
que o tipo de ligação atuante na adsorção de BCL nos substratos GRPR, GRDP e S1A
são caracterizadas pela fisissorção, com BCL interagindo paralelamente em relação aos
substratos. Em contrapartida, o tipo de ligação atuante na adsorção de BCL na estrutura
GRMV é definida pela quimissorção, onde a molécula de estudo foi adsorvida via ligações
químicas. A análise da interação e adsorção BCL nos diferentes substratos ressalta a
relevância deste estudo na combinação das estruturas e no estabelecimento de mecanismos
de detecção. Em última instância, a investigação da adsorção de BCL nos substratos
GRPR, GRMV, GRDP e S1A contribui para a compreensão da interação molecular ao
nível atomístico
Análise de engajamento nas publicações do HISTOREP reprodução equina: conectando conhecimento científico e práticas reprodutivas
No full textO Historep Reprodução Equina é um grupo de pesquisa, ensino e extensão da Universidade Federal de Pelotas (UFPel), dedicado ao estudo da reprodução equina. O cavalo, ao longo da história, tem desempenhado um papel crucial no desenvolvimento econômico e social, seja no agronegócio, nos esportes ou como animal de lazer. A reprodução equina, por sua vez, é essencial para a preservação da espécie e para garantir um manejo reprodutivo eficiente, fundamental tanto para a produção quanto para o bem-estar animal.
O Brasil, é hoje também um país de referência no estudo e na utilização de biotécnicas aplicas a reprodução equina, como inseminação artificial e transferência de embriões. Entretanto para se manter um país competitivo, se faz necessário a incorporação de novas biotecnologias para acelerar e facilitar o melhoramento genético (ALVARENGA E CARMO, 2007).
O grupo tem como objetivo disseminar conhecimentos sobre esses temas por meio de postagens didáticas e informativas no Instagram, abordando aspectos importantes da fisiologia reprodutiva dos equinos. As atividades são realizadas por acadêmicos do curso de Medicina Veterinária, que buscam tornar os conteúdos acessíveis ao público interessado
Proficiência em língua inglesa de estudantes afirmativos da pós-graduação
No full textEsse projeto de doutorado se encontra em fase de revisão bibliográfica e formulação dos métodos. Pretende-se coletar os dados a partir de um questionário enviado às IES que tiverem políticas linguísticas de internacionalização. No questionário temos perguntas que envolvem como o estudante autodeclara a sua proficiência, além de perguntas sobre a aprendizagem de línguas, sua formação escolar e como ingressou e como ele considera a sua proficiência nos processos de internacionalização do ensino. Um primeiro estudo será feito com os estudantes da Universidade Federal de Pelotas tanto da graduação quanto da pós-graduação, como forma de testar as perguntas do formulário. Os dados serão coletados no primeiro semestre de 2025
Fortalecendo laços e aprendizado: o impacto da gincana Gene fantasma na integração estudantil do curso de Biotecnologia
No full textO curso de graduação em Biotecnologia foi iniciado em 2008 com a primeira turma a dar início às atividades, sendo que os cursos de mestrado e doutorado, iniciados antes do curso de graduação, são reconhecidos pela Capes como os melhores do país. O curso acontece de forma presencial em tempo integral com 39 vagas no ingresso anual e duração de 8 semestres.
Conhecendo esta problemática, o Diretório Acadêmico de Biotecnologia se propôs a organizar a terceira edição da gincana do curso, denominada “Gincana Gene Fantasma”. O objetivo dessa atividade é fortalecer a motivação e a continuidade dos estudos, além de promover a interação entre os colegas e proporcionar momentos de descontração fora do ambiente de sala de aula. Além disso, a gincana incorporou conteúdos curriculares do curso de graduação, reforçando os aprendizados adquiridos em sala de aula de forma dinâmica e divertida. Dessa forma, ao realizar tais atividades é possível contribuir reduzindo taxas de evasão no curso
Catálogo do Museu Gruppelli, Pelotas/RS - volume 1
No full textNeste catálogo que foi preparado com muito carinho o leitor encontrará os principais objetos do acervo do Museu Gruppelli, situado na zona rural de Pelotas (RS), através de imagens e relatos sobre cada um deles, relacionando-os com o contexto do patrimônio rural da paisagem cultural
Análise de discurso da campanha eleitoral de Fernando Marroni
No full textO presente resumo foi produzido como uma atividade na disciplina de Comunicação e Política no curso de Jornalismo da Universidade Federal de Pelotas. Este trabalho tem como objetivo apresentar uma análise de discurso eleitoral do candidato a prefeito pelo Partido dos Trabalhadores, Fernando Marroni.1 Será feita uma análise da maneira que seu plano de governo é apresentado oralmente em publicações da sua conta do Instagram. O foco recai sobre publicações em vídeo, como rodas de conversas, podcasts e interações informais, com o intuito de analisar como o candidato comunica sua imagem e apresenta as propostas de seu plano de governo. Em suma, o resumo pretende entender quais são as estratégias utilizadas por Fernando Marroni ao comunicar seus planos de governo e a identidade discursiva que o sujeito político emprega durante o período eleitoral. Para a realização desse trabalho, foram coletados materiais durante o mês de setembro de 2024 e analisados segundo as técnicas de Análise de Discurso, propostas por Charaudeau (2011) no livro Discurso Político
Computational design and characterization of antimicrobial peptides (AMPs) against Pseudomonas aeruginosa
No full textHospital-acquired infections (HAIs) caused by Pseudomonas aeruginosa represent a
significant global public health threat, especially with the emergence of multidrugresistant
strains that do not respond to any of the available therapies, including
carbapenems. In this context, the development of new therapeutic approaches is
essential. Antimicrobial peptides (AMPs) have emerged as a promising alternative due
to their selective mechanisms of action, including interaction with the bacterial cell
membrane, which complicates the development of resistance. AMPs are characterized
by their structural diversity and versatile actions, exhibiting antibacterial, antifungal,
antiviral, and antitumor potential. The use of computational strategies for the design
and optimization of AMPs has proven effective in identifying new candidates, enabling
the creation of molecules with higher specificity and lower toxicity. In this study, the
TACaPe tool, built on the deep learning Transformer model, was trained to predict 100
new AMPs with antibacterial potential. To target activity against Pseudomonas
aeruginosa, molecular docking analyses were performed on receptors (LasR, RhlR,
and PqsR) related to the bacterium's quorum sensing pathways. The five peptides with
the best computational performance were chemically synthesized and tested for
antibacterial activity against the P. aeruginosa ATCC
®
27853 standard strain in vitro.
The minimum inhibitory concentration (MIC) of the AMPs was determined at
concentrations up to 250 µg/mL. The AMPs demonstrated anti -biofilm activity at
different concentrations, with inhibition values ranging from 23% to 93.4%. Additionally,
two AMPs exhibited synergistic potential with meropenem, reducing the antibiotic's
MIC by up to 9.5-fold. Cytotoxicity and hemolytic activity assays indicated that the
AMPs are potentially safe at concentrations necessary for antibacterial activity. These
findings reinforce the utility of computational tools in the discovery and optimization of
new drugs, highlighting their potential as viable alternatives for treating i nfections
caused by multidrug-resistant P. aeruginosa.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPESAs infecções relacionadas à assistência em saúde (IRAS) causadas por
Pseudomonas aeruginosa representam uma ameaça significativa à saúde pública
global, especialmente com o surgimento de cepas multirresistentes que não
respondem a nenhuma das terapias disponíveis, incluindo os carbapenêmicos. Nesse
contexto, o desenvolvimento de novas abordagens terapêuticas é essencial.
Peptídeos antimicrobianos (AMPs) têm se destacado como uma alternativa
promissora devido aos seus mecanismos de ação seletivos, incluindo a interação com
a membrana celular bacteriana, o que dificulta o desenvolvimento de resistência. Os
AMPs são caracterizados por sua diversidade estrutural e por sua versatilidade de
ação, apresentando potencial antibacteriano, antifúngico, antiviral e antitumoral. A
utilização de estratégias computacionais para o design e a otimização de AMPs tem
se mostrado eficaz na identificação de novos candidatos, permitindo a criação de
moléculas com maior especificidade e menor toxicidade. Neste estudo, a ferramenta
TACaPe, construída com o modelo de aprendizado profundo Transformer, foi treinada
para prever 100 novos AMPs com potencial antibacteriano. Para direcionar a ação
contra Pseudomonas aeruginosa, foram realizas análises de docking molecular em
receptores (LasR, RhlR e PqsR) relacionados às rotas de quorum sensing da bactéria.
Os cinco peptídeos com melhor desempenho nas análises computacionais foram
sintetizados quimicamente e tiveram sua atividade antibacteriana contra a cepa
padrão de P. aeruginosa ATCC
®
27853 avaliada in vitro. A concentração inibitória
mínima (CIM) dos AMPs foi determinada em concentrações de até 250 µg/mL. Os
AMPs demonstraram atividade antibiofilme em diferentes concentrações, com valores
de inibição variando entre 23% e 93,4%. Além disso, dois AMPs apresentaram
potencial sinérgico com o meropenem, reduzindo a CIM do antibiótico em até 9,5
vezes. Ensaios de citoxicidade e atividade hemolítica indicaram que os AMPs são
potencialmente seguros nas concentrações necessárias para a atividade
antibacteriana. Esses resultados reforçam a utilidade das ferramentas computacionais
na descoberta e otimização de novos medicamentos, evidenciando seu potencial
como alternativas viáveis para o tratamento de infecções causadas por P. aeruginosa
multirresistente
Categorias da gramática na construção do conhecimento fonológico na Aquisição da Linguagem: o caso de consoantes obstruintes
No full textO foco do artigo está na criação de categorias da gramática como parte da construção do conhecimento fonológico no processo de aquisição da linguagem. Trata-se da construção de categorias segmentais, particularmente de consoantes obstruintes, na aquisição fonológica de crianças falantes nativas do português do Brasil, dando-se atenção especial à ocupação dos espaços fonológicos lacunares na classe de segmentos obstruintes, como parte do processo gradual de construção do inventário segmental. Na observação do diferente comportamento entre plosivas e fricativas, indo-se além dos dados da aquisição fonológica, trazem-se exemplos de inventários fonológicos de diferentes sistemas linguísticos. No exame da passagem do continuum dos sons ao status de categorias da gramática fonológica na aquisição, considera-se a interação entre a compreensão e a produção linguísticas e entre a fonética e a fonologia. Na análise, tem-se o suporte teórico em traços distintivos e no Modelo Bidirecional de Processamento de L1, proposto por Boersma (1998, 2000, 2007, 2011) e Boersma & Hamann (2009)
Synthetic antimicrobial peptides against vancomycinresistant Enterococcus
No full textBacteria of the genus Enterococcus are among the main causes of healthcareassociated
infections (HAIs) and exhibit a broad spectrum of antibiotic resistance,
with vancomycin-resistant Enterococcus (VRE) being one of the most significant.
Antimicrobial peptides (AMPs) are molecules that are part of the innate immune
system, present in all living beings, capable of participating in the defense against
microbial infections. Synthetic antimicrobial peptides (AMPs) emerge as a promising
option to overcome antimicrobial resistance. This study aimed to evaluate the
antibacterial and antibiofilm effects of eight AMPs against vancomycin-resistant E.
faecalis and E. faecium, as well as to investigate their mechanisms of action and
activity in combination with conventional antibiotics. Eight synthetic AMPs, named
Mo-CBP
3
-PepI, Mo-CBP
3
-PepII, Mo-CBP
-PepIII, RcAlb-PepI, RcAlb-PepII, RcAlbPepIII,
PepGAT, and PepKAA, were tested for their in vitro antibacterial activity
against E. faecalis ATCC
®
3
51299, E. faecium NCTC
®
12202, and four clinical VRE
isolates (Etf1, Etf4, Etf5, and Etf7). The results showed that, individually, the AMPs
demonstrated 20–48% inhibition of E. faecalis ATCC
®
51299 growth, with the highest
value achieved by Mo-CBP
-PepI. However, when combined with the antibiotic
chloramphenicol, which alone showed 36% inhibition, the activity increased to 55–
76%. The highest inhibitory activity was observed with the combination of
chloramphenicol with RcAlb-PepIII (76%) and PepKAA (70%), representing a 2- to 3fold
increase compared to the compounds used alone. Microscopic analyses
demonstrated that the treatment of E. faecalis ATCC
3
®
51299 cells with the
combination of AMPs and chloramphenicol caused significant damage to the
bacterial membrane. Regarding the biofilm of E. faecalis ATCC
51299, the
maximum inhibition achieved with AMPs alone was 22% (Mo-CBP
-PepII), ranging
from 10–33% when combined with chloramphenicol. In tests with VRE isolates of E.
faecium, the maximum inhibition was 58%, achieved with Mo-CBP
3
3
-PepII against the
Etf5 isolate. This isolate, which showed the highest resistance to vancomycin
(maximum of 35% growth inhibition), was also the most susceptible to combined
treatment with AMPs and vancomycin. The combination of vancomycin with MoCBP
-PepI reached 64% inhibition, a 2- to 5-fold increase compared to vancomycin
alone. For E. faecium, the maximum biofilm inhibition was 33%, while biofilm
degradation reached 46% with the AMPs used alone. These findings suggest that the
evaluated peptides have potential as candidates for the development of new drugs
against enterococcal infections caused by resistant strains, either as standalone
treatments or in combination with existing antibiotics.Bactérias do gênero Enterococcus são uma das principais causas de infecções
relacionadas à assistência à saúde (IRAS) e apresentam um amplo espectro de
resistência a antibióticos, sendo Enterococcus resistente à vancomicina (VRE) um
dos mais relevantes. Peptídeos antimicrobianos (PAMs) são moléculas que fazem
parte do sistema imune inato, presentes em todos os seres vivos, capazes de
participar na defesa contra infecções microbianas. Os PAMs sintéticos surgem como
uma opção promissora para superar a resistência a antimicrobianos. O objetivo
deste estudo foi avaliar o efeito antibacteriano e antibiofilme de oito PAMs contra as
espécies E. faecalis e E. faecium resistentes à vancomicina, além de investigar seus
mecanismos de ação e sua atividade em combinação com antibióticos
convencionais. Assim, foram testados oito PAMs sintéticos, denominados Mo-CBP
PepI,
Mo-CBP
3
-PepII, Mo-CBP
-PepIII, RcAlb-PepI, RcAlb-PepII, RcAlb-PepIII,
PepGAT e PepKAA, quanto à atividade antibacteriana in vitro contra E.
faecalis ATCC
®
3
51299, E. faecium NCTC
®
12202 e quatro isolados clínicos de VRE
(Etf1, Etf4, Etf5 e Etf7). Os resultados mostraram que, isoladamente, os PAMs
demonstraram de 20-48% de inibição do crescimento de E. faecalis ATCC
51299,
sendo o valor máximo alcançado pelo Mo-CBP
-PepI. Contudo, quando combinados
com o antibiótico cloranfenicol, que apresentou inibição de 36% sozinho, a atividade
aumentou para 55–76%. A maior atividade inibitória foi observada com a
combinação de cloranfenicol com RcAlb-PepIII (76%) e PepKAA (70%),
representando um incremento de 2 a 3 vezes em relação aos compostos isolados.
Análises microscópicas demonstraram que o tratamento de células de E.
faecalis ATCC
®
3
51299 com a combinação de PAMs e cloranfenicol resultou em
danos significativos à membrana bacteriana. No caso do biofilme de E.
faecalis ATCC
®
51299, a inibição máxima com os PAMs isolados foi de 22% (MoCBP
-PepII), variando de 10-33% quando foram combinados com cloranfenicol. Nos
testes com isolados de E. faecium VRE, a inibição máxima foi de 58%, obtida com
Mo-CBP
3
-PepII contra o isolado Etf5. Este isolado, que apresentou a maior
resistência à vancomicina (máximo de 35% de inibição do crescimento), foi também
o mais suscetível ao tratamento combinado de PAMs e vancomicina. A combinação
de vancomicina com Mo-CBP
3
-PepI atingiu 64% de inibição, um aumento de 2 a 5
vezes em comparação à vancomicina isolada. Para E. faecium, a inibição máxima
do biofilme foi de 33%, enquanto a degradação do biofilme alcançou 46% com o uso
isolado dos PAMs. Esses resultados sugerem que os peptídeos avaliados têm
potencial para o desenvolvimento de novos fármacos contra infecções enterocócicas
causadas por cepas resistentes, tanto em uso isolado quanto em associação com
antibióticos já existentes
Caderno Agimos Observa: mapeamento da dança no Rio Grande do Sul: dados e reflexões
No full textAguardando os dados completos...Sem bols