381023 research outputs found
Sort by
Mapping modulators of T-cell activation and cancer immune evasion through chemical and genetic perturbations using an in-vitro co-culture system
No full textThe primary goal of this thesis was to examine immune-evasion mechanisms employed by melanoma cells, focusing on long non-coding RNAs (lncRNAs) and FDA-approved compounds as potential immunomodulators. Although immune checkpoint inhibitors targeting PD-1/PD-L1 have transformed melanoma therapy, many patients still experience resistance. To explore this, I developed a co-culture model pairing melanoma cells (MALME-3M or SK-MEL-5) with a reporter T-cell line (2D3), both engineered with dCas9-KRAB-MeCP2 for CRISPR interference, enabling systematic gene knockdown. This platform allowed me to evaluate (i) melanoma-specific lncRNA perturbations and (ii) T-cell–specific lncRNAs via arrayed and pooled CRISPRi screens. Additionally, a high-throughput screen of 2,547 FDA-approved compounds was conducted to identify agents capable of reversing tumor-induced immunosuppression. Initial results indicated that MALME-3M primarily suppresses Tcell responses through PD-L1, whereas SK-MEL-5 inhibits T-cell activity mainly through reduced antigen presentation. An arrayed cloning-free CRISPRi screen in MALME-3M, targeting 100 interferon-inducible or highly expressed lncRNAs combined with shallow RNA sequencing, identified several lncRNAs with potential immunomodulatory roles. Concurrently, a pooled CRISPRi approach in T-cells uncovered putative lncRNA regulators involved in T-cell activation. The compound screening revealed promising hits with contextdependent efficacy, specifically boosting T-cell responses in conditions where melanoma cells employed either PD-L1mediated suppression or impaired antigen presentation. Future studies will focus on validating these lncRNA targets and identified compounds in 3D organoids, in vivo models, and more immunologically complex co-culture systems, with the ultimate goal of enhancing T-cell–mediated tumor clearance in melanoma and potentially other solid tumors
Towards advanced lime-based mortars : exploring microbial self-healing and carbonation strategies
No full textKalk wordt al meer dan 10.000 jaar gebruikt in de bouw omdat het ideaal is voor metselwerk. In tegenstelling tot cement, verreweg het meest gebruikte bouwmateriaal, is kalk door zijn mechanische eigenschappen effectief in het minimaliseren van scheuren in metselwerkconstructies. Het kan zich met name aanpassen aan verschillende zettingen en het kan scheuren zelf helen. Bovendien is het een volledig circulair en koolstofneutraal materiaal, omdat het, in tegenstelling tot cement, alle CO2 die vrijkomt tijdens het branden weer kan opnemen. Toch is de rol van dit materiaal in de bouw aanzienlijk afgenomen door de opkomst van portlandcement, vanwege de langzame uitharding en algehele sterkte. Ook is het zelfhelend vermogen niet uitgebreid bestudeerd.
In dit proefschrift worden deze uitdagingen aangepakt door zelfheling en carbonatatie in mortels op basis van kalk te verbeteren met behulp van microbiële strategieën. Beide processen zijn afhankelijk van de vorming van calciumcarbonaat (CaCO3), dat scheuren vult en verse kalkmortel hard maakt. Aangezien CO2 een bijproduct is van microbiële ademhaling, kunnen bacteriën de carbonatatie verbeteren door ter plekke CO2 te produceren, als aanvulling op de CO2-opvangscapaciteit. Van deze microbiële benadering wordt verwacht dat het de vroege carbonatatie versnelt, maar het zou ook bijdragen aan de versterking van kalkmortels via microbieel geïnduceerde carbonaatneerslag (MICP) - een proces dat al wordt gebruikt in cement en beton om de zelfheling te verbeteren - maar hiervoor nog niet is toegepast in mortels op basis van kalk.
Eerst werd zelfheling onderzocht, waarbij de nadruk lag op het identificeren van ideale omstandigheden en effectieve testmethoden. Er werden verschillende testen uitgevoerd, waarbij UPV het meest praktisch bleek. De resultaten toonden aan dat mortels op basis van kalk minder effectief zelfhelend zijn dan mortels op basis van cement, hoewel pure kalk het uitzonderlijk goed deed. Het testen bleef echter een uitdaging, wat de noodzaak van gestandaardiseerde methoden onderstreept. Micro-computertomografie werd vervolgens gebruikt om meerdere testmethoden te integreren, waardoor een completer beeld van de zelfheling werd verkregen en inconsistenties door batchvariaties werden verminderd. De bevindingen bevestigden dat mortels op cementbasis over het algemeen beter presteerden dan mortels op kalkbasis, hoewel kalk leidde tot veranderingen in de manier waarop zelfheling vorderde die verder begrepen moeten worden.
Om de trage uitharding van kalk aan te pakken, werd onderzocht of bacteriën CO2 konden produceren om de uitharding van kalk te versnellen. Bacteriële CO2 leidde tot carbonatatie, waarbij verschillende soorten de snelheid verschillend beïnvloedden. Hoewel verdere optimalisatie nodig is, is deze methode een proof-of-concept voor deze technologie. Bovendien beïnvloeden de bacteriën het gevormde calciet, een belangrijke factor in zelfheling. Bacteriële organische stoffen bleken de calcietstructuur te veranderen en identificeerbare organische signaturen achter te laten. Vergelijkbare biominerale structuren in eukaryoten hebben superieure mechanische eigenschappen, wat suggereert dat bacteriële carbonaten cementachtige materialen zouden kunnen verbeteren.
Deze dissertatie concludeert dat bacteriële strategieën mortels op basis van kalk zouden kunnen verbeteren, waardoor ze duurzamer worden en een duurzaam alternatief vormen voor materialen op basis van cement
Assessment and follow-up of aortic valve regurgitation in horses, including the importance of hemodynamic effects
No full textThe rice sheath rot disease complex in Mali and Nigeria : exploring the roles and interactions of Fusarium and Sarocladium species
No full textMultidisciplinary rehabilitation and workplace interventions for low back pain : an evaluation of the Belgian secondary prevention program for workers with low back pain
No full textLow back pain (LBP) represents a major global health challenge, imposing a significant burden on individuals, healthcare systems, and the broader economy, including costs related to healthcare use, loss of productivity, sickness absence, and work disability. Among workers exposed to high physical demands, the risk of chronicity, long-term work disability, and premature exit from the labor market is particularly pronounced. The transition from acute to chronic LBP is a critical concern, often driven by a complex interplay of biological, psychological, and social factors. In response, the biopsychosocial (BPS) model has become the cornerstone of modern LBP management, advocating for integrated interventions that address the multifaceted nature of the condition. Within this framework, multidisciplinary-based rehabilitation programs, particularly those incorporating vocational components, are recommended to prevent chronicity and facilitate a sustainable return to work (RTW).
In Belgium, the Federal Agency for Occupational Risks (FEDRIS) established a secondary prevention program for workers with LBP that combines a multidisciplinary-based rehabilitation program at a hospital or rehabilitation center with an optional ergonomic workplace intervention. The Belgian FEDRIS secondary-prevention program is one of the few large-scale policy initiatives that operationalizes these recommendations by combining a multidisciplinary-based rehabilitation track with an optional workplace intervention. This program, modeled after the Sherbrooke approach, aims to bridge the gap between clinical rehabilitation and occupational health, a critical step towards mitigating the high rates of work disability associated with LBP. Despite its promising design and alignment with international guidelines, the FEDRIS program has not been comprehensively evaluated, leaving a significant gap in our understanding of its real-world effectiveness, implementation fidelity, and cost-effectiveness.
This doctoral dissertation was designed to evaluate the national secondary prevention program by FEDRIS through a mixed-methods approach. The objective was to assess the program’s effectiveness in reducing LBP-related disability, promoting sustainable RTW, and improving healthcare efficiency from multiple perspectives. To achieve this, the research was structured around three primary research questions:
1. What is the current evidence base regarding the effectiveness of multidisciplinary BPS interventions—particularly those that include workplace ergonomic components—on pain intensity, functional outcomes, absenteeism, and RTW among workers with (sub)acute LBP?
2. What is the impact of the FEDRIS program on absenteeism, RTW outcomes, and healthcare utilization, and what is its costeffectiveness compared to usual care?.
3. (a) What are the experiences and perceptions of employees and stakeholders regarding the clinical multidisciplinary-based rehabilitation component embedded in the FEDRIS program?
(b) What are the experiences and perceptions of employees and stakeholders regarding the
ergonomic workplace intervention embedded in the FEDRIS program?
This dissertation addressed these three primary research questions through four distinct but complementary studies. The key findings from each chapter are summarized below.
Chapter 1 presented a systematic review of the international literature. The findings confirmed with moderate certainty that multidisciplinary-based rehabilitation is superior to usual care (general practitioner only) in improving pain and functional outcomes among workers with subacute LBP. These benefits were consistent across formats and appeared strongest when cognitive–behavioral components were included, as these address maladaptive beliefs, fear avoidance, and catastrophizing. However, effects on work-related outcomes were less consistent. Moreover, more intensive multidisciplinary rehabilitation showed no additional benefits in outcome measures versus less intensive programs. The review also highlighted the very low-certainty evidence base for workplace interventions, with only one study suggesting earlier RTW and reduced sick leave when ergonomic interventions were added to usual care. Importantly, exploratory subgroup analyses pointed toward potentially meaningful predictors of intervention success, including job satisfaction, perceived control over work planning, age, and previous sickness absence. Although tentative, these findings underline the importance of risk-matched approaches tailored to individual risk profiles.
Chapter 2 focused on a retrospective population-based evaluation of the Belgian FEDRIS multidisciplinary-based rehabilitation program for workers with LBP. Using linked national databases (2014–2020), the study compared three groups: (A) FEDRIS-sponsored multidisciplinary-based rehabilitation with optional workplace intervention, (B) standard multidisciplinary-based rehabilitation without FEDRIS support or workplace intervention, and (C) usual care without multidisciplinary-based rehabilitation. The usual care group could include ambulatory visits (e.g., general practitioner, physiotherapy), imaging, hospital admissions, or prescribed medication. Outcomes included healthcare utilization, costs, disability days, relapse, and sustained RTW, analyzed through propensity score weighting, regression models, and cost-effectiveness analysis. Among 6,119 participants, the FEDRIS group showed higher total and societal costs (€7,374) and more disability days (~111) than both standard multidisciplinary-based rehabilitation (€4,792; ~65 days) and usual care (€4,803; ~80 days). The workplace intervention within the FEDRIS group significantly reduced disability days, though it did not lower costs. The standard multidisciplinary-based rehabilitation achieved the most favorable cost-effectiveness, with lower costs and higher sustained RTW rates (49%) compared to FEDRIS (37%). Usual care was the least expensive but least effective sustained RTW (35%). Overall, the FEDRIS program did not outperform standard multidisciplinary-based rehabilitation, despite the benefits from its ergonomic component. The findings emphasize the need to optimize patient selection, strengthen workplace integration, and conduct prospective evaluations to ensure cost-effective, sustainable secondary prevention of work-related LBP in Belgium.
Chapter 3, article 1, explored the experiences of healthcare professionals and employees through qualitative focus groups, providing a richer understanding of why outcomes varied. Employees described heterogeneous experiences, with some reporting significant improvements in pain and function, while others experienced little to no change. Healthcare professionals, by contrast, generally perceived positive clinical trends. RTW outcomes were more complex and depended heavily on workplace adaptations, employer flexibility, and the physical demands of the job. The multidisciplinary, biopsychosocial approach was widely valued, particularly its combination of education, exercise therapy, and group sessions, which helped to reduce fear of movement and enhance motivation. Yet participants also identified several limitations. These included insufficient psychological support, limited individualization, inadequate real-time feedback, and difficulties in applying clinical skills in demanding work settings. Both employees and healthcare professionals emphasized the importance of continuity of care, noting that benefits often faded once the 36-session program ended. Follow-up sessions, booster treatments, and supportive tools were inconsistently provided, leaving a critical gap in sustaining long-term behavioral change and functional gains.
Chapter 3, article 2, examined the role of the workplace intervention in greater detail. The qualitative findings underscored the centrality of workplace adaptations, ergonomic coaching, and employer engagement for achieving durable RTW. Employees valued tailored ergonomic advice and participatory problem-solving, which sometimes uncovered broader issues such as interpersonal conflict or job dissatisfaction. Nevertheless, uptake of the intervention was limited, and administrative delays, employer hesitancy, and a lack of structured follow-up often hampered its implementation. Barriers were particularly pronounced in small companies and in physically demanding occupations, where the feasibility of job modifications was constrained. Many employees and employers were unaware of the intervention, while others were reluctant to engage due to stigma, concerns about feasibility, or financial costs. In practice, the optional nature of the workplace intervention within FEDRIS meant that many workers missed out on potential benefits, thereby undermining the program’s theoretical model, which was based on the Sherbrooke integrated-care framework. The absence of systematic communication between rehabilitation centers, occupational physicians, occupational health services, and employers further reduced impact, as ergonomic recommendations were often not implemented or sustained.
Taken together, the three chapters reveal a central paradox. While multidisciplinary-based rehabilitation and workplace interventions for LBP are supported by robust international evidence, the Belgian FEDRIS program failed to deliver consistent improvements in cost, function, or sustainable work participation. This discrepancy can be explained by a combination of factors, including case selection that concentrated on more severe patients in the program, implementation challenges such as administrative delays and variable fidelity, insufficient integration with workplace systems, and a lack of continuity after discharge. Nonetheless, the findings also point to clear opportunities for improvement. The subgroup analyses highlight the potential of risk-matched, individualized care, while the qualitative studies reveal the importance of continuity, personalization, and stronger workplace integration. The positive outcomes associated with workplace interventions, despite low uptake, suggest that the ingredients of success exist, but that their delivery context must be optimized
Model-informed training data curation for reactive all-atom potentials
No full textComputersimulaties helpen ons te begrijpen hoe de wereld werkt op het allerkleinste niveau: dat van atomen en moleculen. Deze simulaties zijn essentieel voor bijvoorbeeld de ontwikkeling van nieuwe materialen, nieuwe biomedische doorbraken,.... Maar om zulke modellen te bouwen, is er normaal gezien heel veel dure "trainingsdata" nodig. Mijn doctoraatsonderzoek focust op het ontwikkelen van slimmere, efficiëntere manieren gebasseerd op machinaal leren om deze data te verzamelen en te gebruiken.
Ik heb twee nieuwe methoden ontwikkeld. De eerste, "Balanced Loss", is een nieuwe aanpak om bestaande modellen en trainingsdata beter af te stellen. In plaats van ingewikkeld handmatig werk, geef je nu simpelweg aan hoe nauwkeurig elk onderdeel van het model moet zijn.
De tweede methode is een "actief lerend" systeem voor moderne, zelflerende modellen. Dit systeem zoekt zelfstandig naar de meest nuttige nieuwe informatie om het model slimmer te maken. Hiermee heb ik een machine learning model op maat gemaakt voor een complexe ionische vloeistof, dat sneller en efficiënter werkt dan conventionele fysische modellen.
Deze technieken zullen het ontwikkelen en afstellen van nauwkeurige, snelle computersimulaties van chemische reacties intuitiever, slimmer en toegankelijker maken
Crowdsourced data-driven methods for assessing transport and mobility behaviour
No full textInzicht in hoe mensen zich verplaatsen – wanneer, waar en waarom, is essentieel voor het plannen van goede en duurzame mobiliteitssystemen. Traditioneel wordt deze kennis verzameld via verkeerstellingen en/of papieren enquêtes. Deze methoden zijn vaak kostbaar, tijdrovend en geven slechts een beperkt beeld. Dit onderzoek richt zich op de meerwaarde van informatie die passief wordt verzameld via smartphones in de context van transport en mobiliteit. Deze gegevens kunnen laten zien hoe mensen zich verplaatsen, bijvoorbeeld met de trein, bus, fiets of te voet, en hoe toeristen zich in steden gedragen. Het doel is te onderzoeken of, en op welke manier, zulke databronnen nuttig kunnen zijn voor beleidsmakers en onderzoekers. Het onderzoek ontwikkelt methoden om patronen in deze gegevens te ontdekken, zoals het identificeren van ritten met bus, tram of trein, het groeperen van verschillende typen reizigers en het aanwijzen van potentiële Points of Interest. Tegelijkertijd worden ook de beperkingen onderzocht, zoals de kwaliteit van de data en de vraag of de informatie representatief is voor de gehele populatie. Dit onderzoek draagt bij aan een beter begrip van zowel de kansen als de uitdagingen van het gebruik van crowdsourcede mobiliteitsdata ter ondersteuning van toekomstig mobiliteitsbeleid en toerismebeheer
Advancing practical pan-genomics with compressed indexing
No full textDe snelle vooruitgang in DNA-sequentietechnologieën heeft geleid tot een enorme toename van zowel de hoeveelheid als de diversiteit aan genetische data. Daardoor is het vandaag mogelijk niet langer slechts één referentiegenoom, maar duizenden genomen tegelijk te bestuderen. Zo ontstaat een pangenoom: een uitgebreide verzameling genomen die de volledige genetische diversiteit binnen of tussen soorten beter weergeeft. Dit is belangrijk, want analyses die enkel vertrekken van één referentie kunnen vertekende resultaten geven, met negatieve gevolgen voor zowel wetenschappelijk onderzoek als de gezondheidszorg.
In dit proefschrift worden nieuwe methoden voorgesteld om de enorme hoeveelheden pangenoomdata efficiënt op te slaan en snel doorzoekbaar te maken. Deze technieken verbruiken minder geheugen en werken sneller dan bestaande oplossingen, zonder in te boeten aan nauwkeurigheid. Ze zijn geïmplementeerd in praktische softwarepakketten die onder meer toelaten DNA-sequenties te aligneren tegen een pangenoom, het pangenoom als graafstructuur te visualiseren, of DNA-sequenties correct te classificeren in de juiste soort of groep.
Dankzij zulke toepassingen kunnen onderzoekers biologische patronen beter begrijpen zonder overspoeld te raken door ruwe data. Samengevat laat dit proefschrift zien hoe theoretische vooruitgang in datacompressie en zoekmethoden kan worden vertaald naar praktisch bruikbare instrumenten voor de analyse van moderne pangenomen
Active magnetorheology control of cementitious materials for 3D printing
No full textHet printmateriaal is de hoeksteen van 3D-betonprinten, waarvan de prestaties direct verband houden met de uiteindelijke bouwkwaliteit. Tijdens de verschillende fasen van het printproces bestaan er echter conflicterende reologische eisen. Enerzijds moeten de printmaterialen vloeibaar zijn tijdens het pompen en extruderen. Anderzijds wordt van verse materialen na depositie verwacht dat ze zo snel mogelijk voldoende sterkte verkrijgen. Het is moeilijk om de reologische eigenschappen van conventionele mengsels tijdens het proces aan te passen om te voldoen aan de conflicterende reologische eisen na het mengen. Om de reologische conflicten en uitdagingen tussen vloeibaarheid en bouwbaarheid tijdens 3D-printen op te lossen, wordt actieve reologiecontrole (ARC) voorgesteld om de prestaties van cementmaterialen in verse toestand actief en op aanvraag en in de tijd aan te passen. Door responsieve componenten toe te voegen, kunnen functionele cementmaterialen worden bereikt. De reologische eigenschappen van verse cementmaterialen kunnen worden gewijzigd door tussenkomst van externe signalen. Gebaseerd op de potentiële reologische eisen van het pomp-, extrusie- en depositieproces in 3D-printen, is multifunctionele magnetorespons ontwikkeld. Deze onderzoeksresultaten zijn nuttig voor de toepassing van actieve reologiecontrole van magnetoresponsieve cementmaterialen, niet alleen voor het 3D-printen van beton, maar ook voor het pompen en gieten van een nieuwe generatie beton