Hue University Journal of Science (HU JOS)
Not a member yet
4351 research outputs found
Sort by
TỐI ƯU HÓA DỰ ĐOÁN TƯƠNG TÁC PROTEIN-PROTEIN TỪ BIỂU DIỄN NGÔN NGỮ THÔNG QUA CƠ CHẾ CHỌN LỌC ĐẶC TRƯNG ĐA GIAI ĐOẠN VÀ HỌC MÁY XẾP CHỒNG
No full textProtein–protein interactions (PPIs) form the foundation of many intracellular biological processes, and predicting PPIs directly from amino acid sequences remains a core direction in computational biology. The advent of next-generation Protein Language Models (PLMs), such as ESM-2, enables the generation of sequence representations rich in evolutionary information and latent structural signals. However, these representations often possess extremely high dimensionality, contain significant noise, and exhibit high internal correlation, making it difficult for traditional machine learning models to exploit them effectively and increasing the risk of overfitting. This challenge demands an approach capable of distilling knowledge and eliminating data redundancy while preserving core biological signals. In this work, we propose E–StackPPI (Embedding-Stacking Protein-Protein Interaction prediction framework), a fully embedding-based PPI prediction framework centered on a three-stage layer-wise feature selection mechanism applied directly to embeddings aggregated from the last hidden layers of the ESM-2 650M model. Specifically, the process sequentially: (1) removes dimensions with low variance; (2) retains highly discriminative features based on LightGBM feature importance; and (3) eliminates dimensions with high Pearson correlation to reduce information redundancy. The refined feature set is fed into a stacking architecture, where two parallel LightGBM branches are integrated at the decision layer via Logistic Regression (LR). Experiments on two benchmark datasets from the Database of Interacting Proteins (DIP) [1], including DIP–Yeast and DIP–Human, show that E–StackPPI achieves favorable and stable results across key metrics, including accuracy, MCC, as well as ROC-AUC and PR-AUC indices. When benchmarked against twelve advanced methods summarized in the study by Li et al. [2], our model demonstrates competitive performance on both datasets. These findings highlight the essential role of layer-wise feature selection in mitigating noise and effectively leveraging high-dimensional PLM embeddings, thereby opening a feasible and promising sequence–only approach to PPI prediction without the need for supplementary structural data. Protein-protein interaction; Multi-stage feature selection; Protein Language Models; Stacking model.Tương tác protein–protein (PPI) là nền tảng của nhiều hoạt động sinh học bên trong tế bào, và việc dự đoán PPI trực tiếp từ chuỗi axit amin vẫn đang là một hướng nghiên cứu cốt lõi trong sinh học tính toán. Sự ra đời của các mô hình ngôn ngữ protein thế hệ mới như ESM-2 cho phép tạo ra các biểu diễn chuỗi giàu thông tin tiến hóa và tín hiệu cấu trúc tiềm ẩn. Tuy nhiên, các biểu diễn này thường sở hữu số chiều rất lớn với độ nhiễu và tính tương quan nội tại cao. Điều này gây trở ngại cho các mô hình học máy truyền thống trong việc khai thác đặc trưng và dễ rơi vào tình trạng quá khớp. Thách thức này đòi hỏi một phương pháp tiếp cận có khả năng sàng lọc tri thức, loại bỏ sự dư thừa dữ liệu trong khi vẫn bảo toàn các tín hiệu sinh học cốt lõi. Trong công trình này, chúng tôi đề xuất E–StackPPI (Embedding-Stacking Protein-Protein Interaction prediction framework), một khung dự đoán PPI sử dụng hoàn toàn biểu diễn nhúng, trong đó trọng tâm là cơ chế chọn lọc đặc trưng theo tầng, gồm ba bước được áp dụng trực tiếp lên biểu diễn nhúng được tổng hợp từ lớp ẩn cuối cùng của mô hình ESM-2 650M. Cụ thể, (1) quy trình lần lượt loại bỏ các chiều có phương sai thấp; (2) giữ lại các chiều có khả năng phân biệt cao dựa trên độ quan trọng đặc trưng theo LightGBM; (3) loại trừ các chiều có tương quan Pearson lớn nhằm giảm trùng lặp thông tin. Phần đặc trưng đã qua sàng lọc được đưa vào kiến trúc xếp tầng, trong đó hai nhánh LightGBM chạy song song và cuối cùng được hợp nhất ở tầng quyết định bằng hồi quy logistic (Logistic Regression – LR). Thử nghiệm trên hai bộ dữ liệu chuẩn của cơ sở dữ liệu DIP [1] gồm DIP–Yeast và DIP–Human cho thấy E–StackPPI đạt hiệu năng ấn tượng và ổn định trên các chỉ số quan trọng bao gồm độ chính xác, hệ số MCC, cũng như các chỉ số ROC-AUC và PR-AUC. Khi đối chiếu với 12 phương pháp tiên tiến được tổng hợp trong nghiên cứu của Li và cộng sự [2], mô hình của chúng tôi thể hiện hiệu năng cạnh tranh trên cả hai bộ dữ liệu. Những kết quả này nhấn mạnh vai trò thiết yếu của cơ chế chọn lọc đặc trưng theo tầng trong việc giảm nhiễu và khai thác hiệu quả các biểu diễn nhúng PLM có số chiều rất lớn, qua đó mở ra một hướng tiếp cận khả thi và tiềm năng cho bài toán dự đoán PPI chỉ dựa trên thông tin chuỗi mà không cần bổ sung dữ liệu cấu trúc. Tương tác protein protein; Chọn lọc đặc trưng xếp tầng; Mô hình Ngôn ngữ Protein; Mô hình xếp tầng
THỰC THI CÁC HIỆP ĐỊNH THƯƠNG MẠI TỰ DO TRONG THỜI KÌ KHỦNG HOẢNG: THÁCH THỨC VÀ GỢI MỞ CHO VIỆT NAM
Get PDFIn recent years, the world has witnessed a series of global crises, including pandemics, political instability, and armed conflicts, which have necessitated countries to declare a state of emergency. This prevailing trend will continue or potentially escalate in the coming decades. Such crises present numerous challenges to economies, prompting a crucial role for Free Trade Agreements (FTAs) in response and recovery efforts. FTAs are likely detrimental to countries with economic interdependence. Therefore, this research aims to re-evaluate the practical implementation of FTAs in Vietnam during recent crises and to explore potential provisions within these agreements that can offer guidance for more coordinated and effective responses to future crises.Những năm gần đây, thế giới chứng kiến hàng loạt cuộc khủng hoảng toàn cầu, bao gồm đại dịch, bất ổn chính trị, xung đột vũ trang buộc các quốc gia phải ban bố tình trạng khẩn cấp. Các cuộc khủng hoảng tương tự được dự báo sẽ tiếp tục xuất hiện và thậm chí trầm trọng hơn trong thời gian tới, đặt ra nhiều thách thức đối với các nền kinh tế, thúc đẩy vai trò quan trọng của các Hiệp định Thương mại Tự do (FTA) trong các nỗ lực ứng phó và phục hồi. Bên cạnh đó các FTA có thể gây bất lợi cho các quốc gia có sự phụ thuộc lẫn nhau về kinh tế. Nghiên cứu này nhằm mục đích đánh giá lại thực tiễn việc triển khai các FTA tại Việt Nam trong đại dịch Covid – 19, qua đó cung cấp những gợi mở cho các phản ứng kịp thời và hiệu quả hơn đối với các cuộc khủng hoảng trong tương lai tại Việt Nam
ĐÁNH GIÁ THỰC TRẠNG CÁC CÂU LẠC BỘ THỂ DỤC THỂ THAO SINH VIÊN TẠI ĐẠI HỌC HUẾ
Get PDFBased on theoretical and practical basis, along with methods of analyzing and synthesizing documents, mathematical statistics and questionnaire surveys of 10 officials, lecturers, managers, and experts. With members and 865 students from member universities and faculties of Hue University, we have evaluated the current status of student sports clubs at Hue University. Research results on the activities of Sports Clubs show that: The number of Clubs is small, member participation in Clubs is low, most Clubs operate at universities. members and faculties of Hue University are not regular; Finance to maintain the Club's operations comes from monthly membership dues contributions from members, facilities for operations are limited, etc. The above assessment results will serve as a basis for Build and develop recreational sports clubs for Hue University students in the coming time to meet the needs of Hue University students for healthy and useful activities.Dựa trên cơ sở lý luận và thực tiễn, cùng với các phương pháp phân tích và tổng hợp tài liệu, toán học thống kê và khảo sát bằng phiếu hỏi 10 cán bộ, giảng viên, cán bộ quản lý, các chuyên gia và 865 sinh viên các trường đại học thành viên, khoa thuộc Đại học Huế, chúng tôi đã đánh giá được thực trạng hoạt động của các Câu lạc bộ thể dục thể thao sinh viên tại Đại học Huế. Kết quả nghiên cứu hoạt động của các Câu lạc bộ Thể dục thể thao cho thấy: Số lượng các Câu lạc bộ còn ít, hội viên tham gia trong các Câu lạc bộ thấp, phần lớn Câu lạc bộ hoạt động tại các trường đại học thành viên, khoa thuộc Đại học Huế chưa thường xuyên; tài chính để duy trì hoạt động của các Câu lạc bộ là từ nguồn đóng góp hội phí hàng tháng của các hội viên, cơ sở vật chất cho hoạt động còn hạn chế,… Từ kết quả đánh giá nêu trên sẽ làm cơ sở để tiến hành xây dựng và phát triển các Câu lạc bộ thể dục thể thao giải trí cho sinh viên Đại học Huế trong thời gian đến nhằm đáp ứng nhu cầu hoạt động một cách lành mạnh, hữu ích cho sinh viên Đại học Huế
CHÍNH SÁCH TỰ CHỦ ĐẠI HỌC TRÊN BÁO CHÍ TỪ VIỆC THIẾT LẬP CHƯƠNG TRÌNH NGHỊ SỰ ĐẾN PHẢN BIỆN XÃ HỘI
No full textThis study utilizes qualitative data analysis and content quantification of 459 news articles from three newspapers: Education and Times Online (GDTĐO), Vietnam Education electronic magazine (GDVN), and Dan Tri newspaper, spanning from July 2017 to December 2020. Drawing upon agenda-setting theory and the function of social criticism, the paper examines the message and content surrounding university autonomy policies as reported, discussed, and critiqued by these newspapers. Through this analysis, the study identifies various issues and offers recommendations to enhance the quality of policy communication regarding university autonomy in the press.Nghiên cứu này đã áp dụng phương pháp phân tích dữ liệu định tính và lượng hoá nội dung từ 459 tin, bài trên 03 tờ báo gồm Giáo dục và Thời đại online (GDTĐO), tạp chí điện tử Giáo dục Việt Nam (GDVN), báo Dân Trí từ tháng 7/2017 đến tháng 12/2020. Trên cơ sở dữ liệu, vận dụng lý thuyết thiết lập chương trình nghị sự và chức năng phản biện xã hội, bài viết phân tích thông điệp, nội dung chính sách tự chủ đại học được các báo đưa tin nổi bật, thảo luận và phản biện. Từ đó, nghiên cứu đặt ra một số vấn đề, khuyến nghị về giải pháp nâng cao chất lượng truyền thông chính sách về tự chủ đại học trên báo ch
PHẢN HỒI CỦA GIÁO VIÊN VỀ HOẠT ĐỘNG HỖ TRỢ HỌC TẬP (SCAFFOLDING) TẠI CÁC LỚP TIẾNG ANH CƠ BẢN THEO HÌNH THỨC HỌC KẾT HỢP
Get PDFThis article reports part of the findings on the implementation of scaffolding for students at tertiary level. The focus is on teachers’ responses to the practice of scaffolding at blended-learning basic English classes. Qualitative research with in-depth interview was applied, triangulated with the receive artifacts on LMS. Eight teachers in charge of the respective classes took part in the interview. Results shows that the implementation of scaffolding was different among different components of blended-learning. While the implementation of scaffolding was rather effective with synchronous modes of teaching, it was far from efficient with asynchronous one (LMS). The article ends with some suggestions for supplementing teachers with more training on methodology in the new teaching mode, on technology, and for the curriculum modification.Bài báo trình bày một phần kết quả nghiên cứu về thực tế triển khai các hoạt động hỗ trợ học tập (scaffolding) cho sinh viên bậc đại học. Cụ thể, bài báo tìm hiểu phản hồi của giáo viên về việc tiến hành các hoạt động hỗ trợ học tập tại các lớp tiếng Anh cơ bản theo hình thức lớp học kết hợp (blended-learning). Nghiên cứu sử dụng phương pháp định tính theo hình thức phỏng vấn sâu, được so sánh chéo với kết quả thu thập mẫu vật từ các bài soạn trên LMS. Tám giáo viên có giảng dạy các lớp tiếng Anh cơ bản theo phương thức kết hợp tham gia vào nghiên cứu. Kết quả cho thấy việc áp dụng các hoạt động hỗ trợ học tập theo các cấu phần khác nhau của phương thức học kết hợp có khác nhau. Trong khi việc áp dụng này tương đối phù hợp và hiệu quả theo hình thức đồng thời (hoặc trực tiếp tại lớp hoặc trực tuyến qua một nền tảng), tuy nhiên lại khá lúng túng và chưa phát huy được ưu thế khi tiến hành theo phương thức trực tuyến không đồng thời (LMS). Bài báo kết thúc bằng việc đề xuất việc tập huấn thêm cho giáo viên về chuyên môn, công nghệ lẫn các điều chỉnh về chương trình
CÁC NHÂN TỐ ẢNH HƯỞNG ĐẾN Ý ĐỊNH TRỞ THÀNH CỐ VẤN KHỞI NGHIỆP: MỘT NGHIÊN CỨU TẠI MIỀN TRUNG VIỆT NAM
Get PDFThis study explored the factors influencing the intention to become a startup mentor in Central Vietnam. The research employed a mixed-methods approach, utilizing surveys and in-depth interviews to collect data from current and potential startup mentors. The survey data was collected from 350 entrepreneurs, business professionals, and university lecturers in Central Vietnam. Regression analysis revealed that positive attitude, knowledge and experience, and expected benefits significantly influenced the intention to become a startup mentor, with expected benefits being the strongest predictor. This study provides valuable insights into the factors that motivate individuals to engage in startup mentoring activities, thereby suggesting recommendations for developing the startup ecosystem in Central Vietnam.Nghiên cứu này đã khám phá các yếu tố ảnh hưởng đến ý định trở thành cố vấn khởi nghiệp ở miền Trung Việt Nam. Nghiên cứu sử dụng phương pháp điều tra bằng bảng hỏi và phỏng vấn sâu để thu thập dữ liệu từ các cố vấn khởi nghiệp hiện tại và tiềm năng. Số liệu nghiên cứu được thu thập từ kết quả khảo sát 350 doanh nhân, nhân sự các doanh nghiệp và giảng viên các trường đại học tại khu vực miền Trung. Kết quả phân tích hồi quy cho thấy thái độ tích cực, kiến thức và kinh nghiệm, và lợi ích mong đợi có ảnh hưởng đáng kể đến ý định trở thành cố vấn khởi nghiệp, trong đó lợi ích mong đợi là yếu tố có tác động mạnh mẽ nhất. Nghiên cứu này cung cấp những hiểu biết quan trọng về các yếu tố thúc đẩy cá nhân tham gia vào hoạt động cố vấn khởi nghiệp, từ đó đề xuất các kiến nghị nhằm phát triển hệ sinh thái khởi nghiệp tại miền Trung Việt Nam
SINH TRƯỞNG VÀ NĂNG SUẤT SINH KHỐI QUA CÁC LỨA THU CẮT TRONG NĂM CỦA MỘT SỐ GIỐNG CỎ HÒA THẢO TRỒNG Ở THÀNH PHỐ HUẾ
Get PDFFive tropical grass varieties—Ruzi, Mulato II, Purple, Mombasa, and Mun River—imported from Thailand were cultivated in Hue city to evaluate their growth performance and biomass yield across multiple harvests during the year. The experiment was arranged in a randomized complete block design (Randomized Complete Block Design-RCBD) with four replications for each variety. The establishing period lasted 105 days after sowing the seeds, and subsequent regrowth harvests were carried out at 45-day intervals. Monitoring from September 2022 to December 2023 (one initial harvest and eight regrowth harvests) revealed significant differences in growth and biomass yield among the varieties (p<0.05). Purple, Mombasa, and Mun River had greater plant heights than Ruzi and Mulato II, whereas Ruzi and Mulato II produced more leaves and tillers (p<0.05). Biomass yields of Mombasa, Mun River, and Purple were higher than those of Mulato II and Ruzi (p<0.05). Growth and biomass yield were higher during the dry season (March–September) and lower during the wet season (October–February). The nutritional composition (on a dry matter basis) ranged from 6.97–10.53% Crude Protein (CP), 68.58–73.44% Neutral Detergent Fiber (NDF), 34.69–43.63% Acid Detergent Fibre (ADF), and 9.50–12.61% Acid Detergent Lignin (ADL).Năm giống cỏ hòa thảo gồm Ruzi, Mulato II, Purple, Mombasa và Mun River nhập từ Thái Lan được trồng tại thành phố Huế nhằm đánh giá khả năng sinh trưởng và năng suất sinh khối qua nhiều lứa thu cắt trong năm. Thí nghiệm được bố trí theo khối hoàn toàn ngẫu nhiên (Randomized Complete Block Design-RCBD) với bốn lần lặp lại cho mỗi giống. Lứa cắt đầu tiên được thực hiện sau 105 ngày trồng; tám lứa tái sinh tiếp theo được thu cắt cách nhau 45 ngày. Kết quả theo dõi từ tháng 9/2022 đến tháng 12/2023 cho thấy có sự khác biệt rõ rệt về sinh trưởng và năng suất sinh khối giữa các giống (p < 0,05). Purple, Mombasa và Mun River có chiều cao cây lớn hơn Ruzi và Mulato II, trong khi Ruzi và Mulato II có số lá và số nhánh nhiều hơn (p < 0,05). Năng suất sinh khối của Mombasa, Mun River và Purple cao hơn đáng kể so với Mulato II và Ruzi (p < 0,05). Sinh trưởng và năng suất đạt mức cao nhất trong mùa khô (tháng 3–9) và giảm rõ rệt trong mùa mưa (tháng 10–2 năm sau). Thành phần dinh dưỡng theo vật chất khô của các giống dao động: protein thô (CP) 6,97–10,53%; xơ trung tính (NDF) 68,58–73,44%; xơ axit (ADF) 34,69–43,63%; và lignin tẩy rửa axit (ADL) 9,50–12,61%
Shoreline change analysis in Da Nang, Vietnam, using CoastSat: A framework for assessing algal bloom risk
Get PDFCoastal zones worldwide are under immense pressure from climate change and anthropogenic activities, resulting in significant shoreline dynamics. This study presents a 20-year analysis (2004–2024) of shoreline changes in Da Nang, Vietnam, using the automated open-source CoastSat library with Landsat and Sentinel-2 satellite imagery. The analysis reveals a pronounced erosional trend in the southern coastal zones, linked to rapid urban development, and mild accretion on the Son Tra Peninsula, attributed to natural processes. The primary contribution of this research is the reframing of these physical dynamics as indicators of ecological risk. Our analysis revealed shoreline retreat rates up to –6.5 m/year in the southern sections and accretion up to +4.2 m/year in the northern transects during 2004–2023. These findings suggest that development-driven erosion not only accelerates sediment redistribution but may also facilitate nutrient loading into nearshore waters. In addition, anthropogenically altered morphology, such as channel realignment and coastal construction, appears to create semi-enclosed and hydrodynamically stagnant zones. These zones, in turn, can serve as potential incubation areas for harmful algal blooms. The study therefore provides quantitative evidence that shoreline dynamics can be used as a spatial proxy for assessing ecological risks in rapidly urbanising coasts
Diversity of earthworm species in Hoa Binh province
Get PDFThis study presents research findings on earthworm diversity and distribution in Hoa Binh Province. These results were collected and evaluated based on previous research literature and specimens previously collected in the province. A total of 36 species belonging to 10 genera and six families were recorded in Hoa Binh Province. The family Megascolecidae accounted for 27 species in three genera, followed by Acanthodrilidae with four species in two genera. The family Ocnerodrilidae was recorded with two species in two genera, and one species each was recorded in the families Almidae, Moniligastridae, and Rhinodrilidae. Eight morphological species were identified at the generic level. The family Megascolecidae had seven morphological species, and the Moniligastridae family had one morphological species. The recorded earthworm species were mainly distributed at depths of 0–20 cm in timber and bamboo forest habitats. The number of recorded species is far from reflecting the true diversity of earthworms in Hoa Binh Province. Therefore, more intensive surveys are recommended to improve our knowledge of earthworm diversity in the province.This study presents research findings on earthworm diversity and distribution in Hoa Binh Province. These results were collected and evaluated based on previous research literature and specimens previously collected in the province. A total of 36 species belonging to 10 genera and six families were recorded in Hoa Binh Province. The family Megascolecidae accounted for 27 species in three genera, followed by Acanthodrilidae with four species in two genera. The family Ocnerodrilidae was recorded with two species in two genera, and one species each was recorded in the families Almidae, Moniligastridae, and Rhinodrilidae. Eight morphological species were identified at the generic level. The family Megascolecidae had seven morphological species, and the Moniligastridae family had one morphological species. The recorded earthworm species were mainly distributed at depths of 0–20 cm in timber and bamboo forest habitats. The number of recorded species is far from reflecting the true diversity of earthworms in Hoa Binh Province. Therefore, more intensive surveys are recommended to improve our knowledge of earthworm diversity in the province
Effect of Culture Conditions on Production Laccase from Trametes versicolor and Partial Purification Extracellular Enzyme
Get PDFLaccase is a multicopper oxidase enzyme which oxidizes a wide range of substrates, including phenols, ketones, phosphates, ascorbate, amines, and lignin. This study was conducted to evaluate the effects of medium composition, cultivation time, and culture method on laccase production by Trametes versicolor. The results showed that the optimal medium for laccase production consisted of potato extract, glucose, KH₂PO₄, MgSO₄, NH₄⁺, Cu²⁺, and ABTS. Under these conditions, laccase activity reached 2.858 U/mL after 8 days of cultivation. Additionally, the study investigated the effects of different precipitation agents on the efficiency of laccase purification from the culture broth. The ratios of enzyme solution to organic solvents (ethanol, acetone) varied from 1:1 to 1:5 (v/v), and the saturation level of ammonium sulfate ranged from 40% to 80%. The results indicated that ethanol was the most effective precipitating agent, with the highest laccase yield obtained at a ratio of enzyme to ethanol of 1:3 (v/v) and a treatment time of 45 minutes. The molecular weight of the purified laccase was approximately 100 kDa as determined by SDS-PAGE analysis. These findings highlight the potential of T. versicolor culture broth as a source for laccase enzyme production, supporting its application in industrial bioprocesses such as bioremediation, food processing, and the development of sustainable biotechnology solutions