Çanakkale Onsekiz Mart University
Çanakkale Onsekiz Mart University Institutional Repository DSpace@ÇOMÜNot a member yet
30752 research outputs found
Sort by
Beyond the Hayflick limit: How microbes influence cellular aging
Full text linkCellular senescence, a complex biological process resulting in permanent cell-cycle arrest, is central to aging and age-related diseases. A key concept in understanding cellular senescence is the Hayflick Limit, which refers to the limited capacity of normal human cells to divide, after which they become senescent. Senescent cells (SC) accumulate with age, releasing pro-inflammatory and tissue-remodeling factors collectively known as the senescence-associated secretory phenotype (SASP). The causes of senescence are multifaceted, including telomere attrition, oxidative stress, and genotoxic damage, and they extend to influences from microbial sources. Research increasingly emphasizes the role of the microbiome, especially gut microbiota (GM), in modulating host senescence processes. Beneficial microbial metabolites, such as short-chain fatty acids (SCFAs), support host health by maintaining antioxidant defenses and reducing inflammation, potentially mitigating senescence onset. Conversely, pathogenic bacteria like Pseudomonas aeruginosa and Helicobacter pylori introduce factors that damage host DNA or increase ROS, accelerating senescence via pathways such as NF-?B and p53-p21. This review explores the impact of bacterial factors on cellular senescence, highlighting the role of specific bacterial toxins in promoting senescence. Additionally, it discusses how dysbiosis and the loss of beneficial microbial species further contribute to age-related cellular deterioration. Modulating the gut microbiome to delay cellular senescence opens a path toward targeted anti-aging strategies. This work underscores the need for deeper investigation into microbial influence on aging, supporting innovative interventions to manage and potentially reverse cellular senescence. © 2025 Elsevier B.V
A Model System for Understanding Host-Pathogen Relationships Through In Vitro Host Mimicry
No full textIn vitro host mimicry provides a method to study host-pathogen interactions without constraints of time, space, or host presence. Monilinia fructicola and M. laxa, pathogens causing brown rot disease, have a narrow host range including some pome and stone fruits. Building on previous in vitro mimicry of the peach host and M. fructicola, this paper confirms that various hosts of both fungal species can be mimicked in vitro, offering insights into host preferences. This study developed mimic media for peach, plum, cherry, and apple hosts, evaluating pathogen preferences based on mycelial growth and the expression levels of two effector genes: cutinase 1 (CUT1) and polygalacturonase 1 (PG1). Isolates with different virulence levels were used to assess aggressiveness effects. Effector genes were significantly expressed in host-mimicking media compared to standard potato dextrose agar. Moreover, host preference with the virulence level. The high-virulent M. fructicola isolates favored peach-based medium, while low-virulent isolates preferred plum-based medium. All M. laxa isolates showed the highest growth on peach-based media and the slowest on cherry-based media. This study showed Monilinia host-pathogen relationships in vitro, and the research approach can be used as a model for necrotrophic fungal pathosystems.Scientific and Technological Research Council of Turkiye (TUBITAK); TUBITAK (Scientific and Technological Research Council of Turkiye) [123Z611]Open access funding provided by the Scientific and Technological Research Council of Turkiye (TUBITAK). This study was supported by TUBITAK (Scientific and Technological Research Council of Turkiye) Project No: 123Z611 granted to Assoc. Prof. Dr. Hilal Ozkilinc
Investigation of the effects of L-carnitine on the burn stasis zone
No full textGiriş ve Amaç: Dünya sağlık örgütü tarafından yanık: ısı veya radyasyon, radyoaktivite, elektrik, sürtünme veya kimyasal maddelerle temas nedeniyle ciltte veya diğer organik dokularda meydana gelen bir yaralanmadır [1]. Yanık tedavisinde temel amaç, hasarlı doku miktarını en aza indirmektir. 1953 yılında Jackson, yanık nedeniyle etkilenmiş dokuları, hasarın şiddeti ve kan akımı değişimlerine göre üç bölgeye ayırmıştır. Bu bölgeler; koagülasyon, hiperemi ve staz zonları olarak adlandırılmıştır. Yanık tedavisinde koagülasyon zonu tedavi yöntemlerinden etkilenmezken, hiperemi zonu herhangi bir tedaviye ihtiyaç duymadan kendiliğinden iyileşmektedir. Bu nedenle, yanık vakalarında staz zonu, yani ara bölge, tedavi için ana hedef haline gelmektedir. Otofaji, sitoplazmik materyallerin lizozoma iletildiği ve lizozomda parçalandığı başlıca hücre içi bozunma sistemidir. Bununla birlikte, otofajinin amacı malzemelerin basit bir şekilde ortadan kaldırılması değildir, bunun yerine otofaji, yıkım sonucu oluşan malzemeleri kullanarak üreten dinamik bir geri dönüşüm sistemi olarak hizmet eder [2][3]. Yanık staz zonu üzerinde litetürde farklı ajanlar ile çalışılmasına rağmen klinikte kullanımı olan bir ajan yer almamaktadır. Çalışmamızda L-karnitin yolu ile hücrenin enerji metabolizmasının düzenlenmesini sağlanarak; otofaji yolağının aktive olmasını ve yanık staz zonunda etkilenen alanın azaltılmasını amaçlamaktayız. Böylece yanığa sekonder tedavi maliyetlerinin azaltılmasını ve L-karnitinin yanık tedavi algoritmasında etkin bir ajan olarak kullanılmasını amaçlamaktayız. Materyal-Metod: Çalışmada 40 adet 250-350 gr ağırlığında Wistar Albino cinsi erkek sıçan kullanıldı. Ketamin ve ksilazin ile anestezi sağlandıktan sonra hayvanların sırt bölgeleri traş edildi. Uygun antiseptik uygulama sonrası Regas ve Ehrlich'in tanımladığı Comb yanık modeline uygun olarak yanık ve staz bölgesi oluşturuldu. Yanık prosedürü sonrası sıçanlar her grupta 10 tane olacak şekilde 4 gruba ayrıldı. Grup 1: kontrol grubu, herhangi bir işlem uygulanmadı. Grup 2: sham grubu, yanık modeli oluşturuldu fakat herhangi bir tedavi uygulanmadı. Grup 3: İntraperitoneal grup, yanık prosedürü sonrası 100 mg/kg L-carnitin intraperitoneal olarak verildi. Grup 4: Gavaj grubu, Yanık prosedürü sonrası 300 mg/kg L-carnitin oral gavaj olarak verildi. Yanıktan 24 ve 72 saat sonra tüm sıçanların kaudal yanık staz zonundan anestezi altında 0.5x0.5 cmlik deri dokusu ve immunhistokimyasal analizler için kan örneği alındı. Alınan materyallerde histopatolojik olarak yanık derinliği, inflamasyon yoğunluğu, ülserasyon, nekroz, epitelizasyon ve ödem parametreleri incelendi. İmmunohistokimya boyama ile Beclin-1 TUNEL, Caspase-3 ve TGF-B seviye ölçümü yapıldı. Oksidatif stress parametreleri olarak myloperoksidaz (MPO) ve malondialdehit (MDA) seviyeleri ölçülerek değerlendirildi. Yanık prosedüründen 72 saat sonunda tüm sıçanlara ketamine ve ksilazin ile anestezi altında servikal dislokasyon metodu ile ötenazi uygulandı. Bulgular: Çalışmamızda yanık patofizyolojisinde yer alan inflamasyon, ülser, nekroz, epitelizasyon, ödem ve yanık derinliği parametrelerini H&E (Hematoksilen-Eozin) ve MT (Masson Trikrom) boyama ile inceledik. 24. saatte nekroz, ödem ve yanık derinliği parametrelerinde İP grubunda, diğer gruplara kıyasla anlamlı bir fark olduğu gözlenmiştir (p<0.05). 72. saatte sham grubu ile tedavi grupları kıyaslandığında hem gavaj hem de intraperitoneal grupta nekroz oranının azaldığı ve epitelizasyonun arttığı gözlenmiştir. Ayrıca İP grubunda bu bulgulara ek olarak ülserasyon ve yanık derinliğinin de diğer gruplara göre anlamlı derece azaldığı görülmüştür. TUNEL değerlendirmede 24. Saatte apoptozis seviyelerinin İP grubunda diğer gruplara göre en az ortalamada olduğu gözlenmiştir. Beclin değerleri incelendiğinde ilk 24 saatte sadece kontrol ve sham grubu arasında anlamlı bir fark olmasına rağmen; 72. Saatte İP grubu ve sham grubu arasında anlamlı bir fark mevcuttur. Oksidatif stres değerleri olarak ölçülen MPO ve MDA değerleri 24. saatte İP grubunda, gavaj ve kontrol grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı olacak şekilde daha düşük seviyede belirlenmiştir. Sonuç: L-karnitinin yanık tedavisinde staz zonunun geri kazanılması, hücre hasarının azaltılması, doku yenilenmesinin hızlandırılması ve enflamatuvar süreçlerin kontrol altına alınmasındaki potansiyel rolü ön plana çıkmaktadır. Ayrıca, L-karnitinin antioksidan ve mitokondriyal enerji metabolizmasını düzenleyici özellikleri sayesinde, yanık alanlarının küçültülmesi ve bu durumun yol açabileceği komplikasyonların önlenmesiyle hem morbidite hem de mortalite oranlarının düşürülmesinde etkili bir ajan olabileceği öngörülmektedir.Introduction and Objective: Burn injuries, as defined by the World Health Organization, are injuries to the skin or other organic tissues caused by heat, radiation, radioactivity, electricity, friction, or contact with chemical substances [1]. The primary goal in burn treatment is to minimize the amount of damaged tissue. In 1953, Jackson categorized tissues affected by burns into three zones based on the severity of the damage and changes in blood flow. These zones are referred to as the coagulation, hyperemia, and stasis zones. In burn treatment, the coagulation zone is not affected by treatment methods, while the hyperemia zone heals on its own without requiring intervention. Therefore, the stasis zone, or the intermediate zone, becomes the main target for treatment in burn cases. Autophagy is the primary intracellular degradation system in which cytoplasmic materials are delivered to the lysosome and broken down. However, the purpose of autophagy is not merely the simple removal of materials. Instead, autophagy functions as a dynamic recycling system that uses the materials generated through degradation to produce new components [2][3]. Although different agents have been studied in the literature for their effects on the burn stasis zone, no clinically applicable agent has been identified. In this study, we aim to regulate the energy metabolism of cells through L-carnitine, activate the autophagy pathway, and reduce the affected area in the burn stasis zone. This would help reduce secondary treatment costs associated with burns and establish L-carnitine as an effective agent in burn treatment algorithms. Materials and Methods: The study was conducted with 40 male Wistar Albino rats weighing 250–350 grams. After anesthesia with ketamine and xylazine, the rats' back regions were shaved. Following appropriate antiseptic application, a burn and stasis zone were created in accordance with the Comb burn model defined by Regas and Ehrlich. After the burn procedure, the rats were divided into four groups, each containing ten rats: Group 1: Control group, no intervention. Group 2: Sham group, burn model created but no treatment applied. Group 3: Intraperitoneal group, 100 mg/kg L-carnitine administered intraperitoneally after the burn procedure. Group 4: Gavage group, 300 mg/kg L-carnitine administered orally via gavage after the burn procedure. At 24 and 72 hours post-burn, skin tissue (0.5x0.5 cm) from the caudal burn stasis zone and blood samples for immunohistochemical analysis were collected under anesthesia from all rats. Histopathological evaluations were conducted to assess burn depth, inflammation intensity, ulceration, necrosis, epithelialization, and edema parameters in the collected samples. Immunohistochemistry staining was performed to measure levels of Beclin-1, TUNEL, Caspase-3, and TGF-B. Oxidative stress parameters such as myeloperoxidase (MPO) and malondialdehyde (MDA) levels were also measured and evaluated. At 72 hours post-burn, all rats underwent euthanasia under anesthesia via cervical dislocation. Results: In our study, we evaluated inflammation, ulceration, necrosis, epithelialization, edema, and burn depth parameters involved in burn pathophysiology using H&E (Hematoxylin-Eosin) and MT (Masson's Trichrome) staining. At 24 hours, significant differences in necrosis, edema, and burn depth parameters were observed in the IP group compared to other groups (p<0.05). At 72 hours, comparing the sham group with the treatment groups revealed reduced necrosis and increased epithelialization in both the gavage and intraperitoneal groups. Additionally, in the IP group, ulceration and burn depth were significantly reduced compared to other groups. In TUNEL evaluation, the apoptosis levels at 24 hours were the lowest on average in the IP group compared to other groups. While there was a significant difference in Beclin levels between the control and sham groups at 24 hours, a significant difference was noted between the IP and sham groups at 72 hours. For oxidative stress parameters, MPO and MDA levels measured at 24 hours were significantly lower in the IP group compared to the gavage and control groups. Conclusion: L-carnitine plays a potential role in burn treatment by recovering the stasis zone, reducing cellular damage, accelerating tissue regeneration, and controlling inflammatory processes. Additionally, with its antioxidant and mitochondrial energy metabolism-regulating properties, L-carnitine could effectively reduce burn areas, prevent complications, and thereby decrease morbidity and mortality rates
Re: Akyurek M et al. Influence of palmar plate injury on outcomes of zone 2 flexor tendon repair. J Hand Surg Eur. 2024, doi:10.1177/17531934241300510 Reply
Full text link[No abstract available
COVID-19 hastalarında genotoksik ve sitotoksik etkilerin değerlendirilmesi
Full text linkTSA-2022-4076Purpose: The objective of our study was to ascertain whether the SARS-CoV-2 virus exerts direct cytotoxic and genotoxic effects on human blood defence cells. Materials and Methods: An in vitro analysis was conducted to assess the cytotoxic and genotoxic effects of the virus using three established tests: the mitotic index (MI), micronucleus (MN), and comet assay (CA). These tests were applied to blood samples from 101 patients. The blood samples were simultaneously analyzed using the polymerase chain reaction (PCR) test. The study population included patients of all ages and genders who presented to the outpatient clinic with symptoms suggestive of a respiratory tract infection and fever. Results: The frequency of MN in the human lymphocytes of COVID-19-infected patients (1.06) was higher compared to COVID-19-negative patients (0.68). Similarly, in COVID-19-positive individuals, parameters such as tail length (3.67), tail moment (1.786), and tail intensity in the comet assay showed a significant increase compared to the negative control, indicating DNA damage. In the cytotoxicity assessment, the MI frequency of COVID-19-positive individuals (0.041) was significantly lower than that of negative controls (0.051). Gender did not influence the cyto/genotoxicity (except for tail length) in SARS-CoV-2-infected patients. Among age groups, the SARS-CoV-2 virus increased MI frequency and tail intensity only in middle-aged individuals (26–36 years). Conclusion: The SARS-CoV-2 virus has the potential to induce cytotoxic and genotoxic effects in the human lymphocytes of infected individualsAmaç: Çalışmamızda COVID-19 virüsünün insan lenfositleri üzerindeki doğrudan sitotoksik ve genotoksik etkisinin olup olmadığının saptanması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem:Virüsün sitotoksik/genotoksik etkileri 101 hastadan alınan kan örnekleri ile in vitro mitotik indeks (MI), Mikronükleus (MN) ve Comet Assay (SCGE) testleri kullanılarak değerlendirilmiştir. Hastalardan alınan kan örnekleri PCR testi ile eş zamanlı olarak analiz edilmiştir. Çalışmaya COVID-19 polikliniğine üst solunum yolu ve ateş şikayetleriyle başvuran her yaş grubundan ve cinsiyetten hastalar dahil edilmiştir. Bulgular: COVID-19 ile enfekte olmuş hastaların insan lenfositlerindeki MN sıklığı (1.06) COVID-19 negatif hastalara (0.68) kıyasla artmıştır. Benzer şekilde COVID-19 pozitif bireylerde komet testindeki kuyruk uzunluğu (3.67), kuyruk momenti (1.786) ve kuyruk yoğunluğu parametreleri negative kontrole kıyasla önemli ölçüde artış göstererek DNA hasarına neden olmuşlardır. Sitotoksisite değerlendirmesinde COVID-19 pozitif bireylerin MI frekansı (0.041) negatiflere (0.051) göre anlamlı derecede düşmüştür. Cinsiyet SARS-CoV-2 enfekte hastalarda sito/genotoksisiteyi (kuyruk uzunluğu hariç) etkilememiştir. Yaş gruplarında, SARS-CoV-2 virüsü MI sıklığını ve kuyruk yoğunluğunu yalnızca orta yaşta (26-36) artırmıştır. Sonuç: SARS-CoV-2 virüsü, COVID-19 ile enfekte hastalarda insan lenfositleri üzerinde sitotoksik ve genotoksik etkilere neden olabilir.Çanakkale Onsekiz Mart University, Scientific Research Coordination Uni
Tailored α-hydroxyphosphonate derivatives: Green synthesis, spectroscopic characterization, DFT analysis, and high-efficiency corrosion protection for copper in acidic media
No full textThis study presents a comprehensive investigation into the synthesis, characterization, and corrosion inhibition performance of four novel alpha-hydroxyphosphonate compounds-diethyl alpha-hydroxy phenyl phosphonate (DHPP), diethyl alpha-hydroxy 4-chlorophenyl phosphonate (DHCP), diethyl alpha-hydroxy 4-methoxyphenyl phosphonate (DHMP), and E-diethyl alpha-hydroxy phenylallylic phosphonate (DHPAP). Synthesized using an environmentally friendly solvent-free method, the structures of these compounds were confirmed via Fourier Transform Infrared (FTIR) and Nuclear Magnetic Resonance (NMR) spectroscopy. Their efficacy as corrosion inhibitors for copper in a 1 M HCl environment was systematically evaluated using Electrochemical Impedance Spectroscopy (EIS) and Potentiodynamic Polarization (PDP). Among the inhibitors, DHMP exhibited the highest performance, achieving inhibition efficiencies of 93.46 % (EIS) and 83.25 % (PDP), followed by DHPP, DHCP, and DHPAP (efficiency order: DHMP > DHPP > DHCP > DHPAP). Surface characterization through Scanning Electron Microscopy (SEM) and Atomic Force Microscopy (AFM) revealed the formation of protective barrier layers, effectively reducing surface roughness and minimizing copper dissolution. To elucidate the molecular basis of inhibition, Density Functional Theory (DFT) calculations provided insights into electronic properties, including HOMOLUMO energy gaps, Mulliken charges, and Molecular Electrostatic Potential (MEP) distributions. Further analyses using Non-Covalent Interaction (NCI) and Quantum Theory of Atoms in Molecules (QTAIM) emphasized the critical role of van der Waals forces and hydrogen bonding in stabilizing inhibitor-copper interactions. COSMORS studies confirmed favorable solvation behavior and charge distribution, reinforcing the experimentally observed adsorption mechanisms. This work underscores the multifunctionality of alpha-hydroxyphosphonates as effective corrosion inhibitors for industrial applications, while also paving the way for their optimization and broader utilization in corrosion science. The findings highlight the potential of these compounds to significantly advance the development of eco-friendly and efficient corrosion protection strategies.General Directorate for Scientific Research and Technological Development (DGRSDT)The authors gratefully acknowledge financial support from the General Directorate for Scientific Research and Technological Development (DGRSDT) under the Algerian Ministry of Scientific Research. Appreciation is also extended to the Laboratoire de Genie mecanique et Materiaux, Facultede Technologie, Universite de Skikda, 21000, Algeria and the Laboratory of Electrochemistry of Molecular Materials and Complexes (LEMMC) at Ferhat Abbas University of Setif for their contributions
Unlocking the high dimensional’ potential: Comparative analysis of qubits and qutrits in variational quantum neural networks
No full textQuantum machine learning is a promising research area with great potential. In particular, Variational quantum neural networks (VQNN) have shown high performance in many applications. However, while qubits, which are 2-level quantum systems, are the standard building blocks of quantum computing, the development of qudits, i.e. d-level quantum systems, has opened up new opportunities in VQNNs thanks to many properties such as robustness to noise and more quantum information processing with fewer quantum resources. In this study, we present a comparative analysis of qubits and qutrits (3-level quantum systems) systems performance in VQNNs while also exploring the effect of encoding strategies and entanglement on classifier performance. Our findings contribute to a better understanding the benefits and limitations of using qutrits in VQNN and pave the way for future developments in this field
How Does Economic and Monetary Policy Uncertainty Affect Climate Policy Uncertainty in the United States?
No full textPolicy uncertainties can directly affect the outcomes of policies to be implemented. Therefore, it is important to reduce policy uncertainties. Identifying policy uncertainties and related factors is important in this regard. This study examines the impact of economic and monetary policy uncertainty on climate policy uncertainty in the United States. The relationship between the variables is examined asymmetrically using monthly data for 19882022. First, the Augmented Dickey-Fuller Unit Root Test and the Fractional Frequency Fourier Augmented Dickey-Fuller Unit Root Test are applied. The Asymmetric Wavelet Transform Coherence Test is also used to determine the direction and frequency of the relationship between the variables. Asymmetric time-varying causality analysis was used for the causality dimension. The significant relationship between economic policy uncertainty, monetary policy uncertainty and climate policy uncertainty varies at different time periods
MÜZİĞİN ÜNİVERSİTE ÖĞRENCİLERİNİN STRES DÜZEYLERİNE VE AKADEMİK BAŞARILARINA ETKİSİ: ÇOMÜ EĞİTİM FAKÜLTESI ÖRNEĞİ
Full text linkRuhun gıdası olarak da ifade edilen müzik çok eski dönemlerden beri iyileştirici ve sakinleştirici özelliklerinden dolayı tedavi amaçlı kullanılmaktadır. Müziğin bu yönünün keşfedilmesi ile terapi amaçlı olarak sıkça kullanılmasını sağlamıştır. Sanayileşme toplumu ve bilgi çağının ortaya çıkardığı teknolojik gelişmeler, insanların iş yükünü arttırarak kısıtlı zamanlarda daha fazla iş tamamlama beklentisini ortaya çıkarmıştır. Bu da çalışanlar üzerinde stres yüklerini arttırmaktadır. Kırsal nüfusun azalması ile artan şehirleşme nüfusu da yaşam alanlarında stres kaynağı olabilmektedir. Artan nüfus ile ulaşım yollarında yoğunluklara ve toplu ulaşım araçlarında kalabalıklara yol açmıştır. Bu nedenle hızla büyüyen şehirlerde stres kaçınılmaz bir gerçek haline gelmiştir. İnsanlar artan bu iş yükü, kalabalıklardan rahatlama için farklı yöntemler tercih edebilmektedir. Müzik, internet ile kolay erişim olanağı ile tercih edilen yöntemlerden birisidir. Mevcut alanyazın araştırmaları incelendiğinde müziğin psikolojik rahatlatıcı etkisine yönelik çalışmaların çalışma hayatında, gebelik süreçleri ve hastalıklarla baş etme amacına yönelik ağırlıklı olduğu görülmektedir. Üniversite öğrencilerinin stres durumlarına yönelik çalışmalar ise son derece sınırlıdır. Oysaki akademik öğrenim hayatı, farklı şehirde yaşama, ekonomik yaşam şartları, geleceğe yönelik umutlar/umutsuzluklar ile farklı stres kaynakları ile baş etmek zorunda kalmaktadırlar. Bu da onların akademik ve sosyal yaşamlarını olumsuz yönde etkileyebilmektedir. Bu kapsamda gerçekleştirilen çalışmanın temel amacı üniversite öğrencilerinin müzik tercihleri, enstrüman çalma durumu gibi değişkenlere göre üniversite öğrencilerinin stres durumları ve akademik başarı durumlarının farklılaşma durumunu belirlemektir. Elde edilen veriler ışığında üniversite öğrencilerinin stres durumlarında ve akademik başarılarında müziğin etkisine yönelik çalışmalara farklı bir bakış açısının kazandırılması beklenilmektedir.TUBİTAK 2209