Institute of Mathematics and Informatics
Bulgarian Digital Mathematics Library at IMI-BASNot a member yet
3993 research outputs found
Sort by
Application of InterCriteria Analysis to Assess the Performance of Scoring Functions in Molecular Docking Software Packages
Get PDF(1) Background: In silico approaches to rational drug design are among the fastest evolving ones. Depending on the available structural information for the biomacromolecule and the small molecule, the in silico methods are classified as ligand- and structure-based. The latter predict ligand–receptor binding using 3D structures of both molecules, whose computational simulation is referred to as molecular docking. It aims at estimating the binding affinity (approximated by scoring function) and the ligand binding pose in the receptor’s active site, which postulates a key role of the scoring functions in molecular docking algorithms. This study focuses on the performance of different types of scoring functions implemented in molecular modelling software packages. (2) Methods: An InterCriteria analysis (ICrA) was applied to assess the performance of the scoring functions available in MOE, GOLD, SeeSAR, and AutoDock Vina software platforms. The InterCriteria analysis was developed to distinguish possible relations between pairs of criteria when multiple objects are considered. All 12 investigated scoring functions were tested by docking a set of protease inhibitors in the binding sites of two protein targets. The dataset consisted of 88 benzamidine-type compounds with experimentally measured inhibitory constants for thrombin and trypsin, which allows for the objective assessment of the scoring functions performance. The results generated by the molecular docking were subjected to ICrA in order to analyze both docking energies as approximations of the binding affinities and RMSDs (root-mean-square deviation) as measures of the experimental binding pose proximity between the compounds and the co-crystalized ligand, based on the atoms in the common scaffold. (3) Results: The results obtained for the best poses, the average of the best 5 or 30 poses retained after docking, were analyzed. A comparison with the experimentally observed inhibitory effects was also performed. The InterCriteria analysis application confirms that the performance of the scoring functions for the same dataset of ligands depends on the studied protein. The analysis reveals that none of the studied scoring functions is a good predictor of the compounds’ binding affinities for the considered protein targets. (4) Conclusion: In terms of this analysis, the investigated scoring functions do not produce equivalent results, which suggests the necessity for their combined use in consensus docking studies.ational Science Fund of Bulgaria, grant number DN 17/06 “A New Approach, Based on an Intercriteria Data Analysis, to Support Decision Making in in silico Studies of Complex Biomolecular Systems”
A Framework for Comparison and Assessment of Synthetic RNA-Seq Data
Get PDFThe ever-growing number of methods for the generation of synthetic bulk and single cell RNA-seq data have multiple and diverse applications. They are often aimed at benchmarking bioinformatics algorithms for purposes such as sample classification, differential expression analysis, correlation and network studies and the optimization of data integration and normalization techniques. Here, we propose a general framework to compare synthetically generated RNA-seq data and select a data-generating tool that is suitable for a set of specific study goals. As there are multiple methods for synthetic RNA-seq data generation, researchers can use the proposed framework to make an informed choice of an RNA-seq data simulation algorithm and software that are best suited for their specific scientific questions of interest.European Union’s Horizon 2020 WIDESPREAD-2018-2020 TEAMING Phase 2 programme under Grant Agreement No. 857155 and Operational Programme Science and Education for Smart Growth under Grant Agreement No. BG05M2OP001-1.003-0002-C01
Statistical Data Analysis and Computer Visualization
No full text[Slavtchova-Bojkova Maroussia; Славчова-Божкова Марусия]; [Grigorova Denitsa; Григорова Деница]; [Kamenov Emil; Каменов Емил]Настоящото издание на квалификационния курс ”Статистически анализ на данни и тяхната компютърна визуализация“ е четвъртото (виж [1]–[6]), мотивирано, от една страна, от успеха и интереса към предишните (фиг. 1), а от друга е във връзка с реформата в средното образование и въвеждането на модул 4 ”Вероятности и анализ на данни“ в програмата на профилираната подготовка по математика
Ролята на жената в съвременния свят
Get PDFПрез XXI век мястото на жената в света продължава да бъде неясно. Каква й е ролята? На домакиня? На любяща майка и добра съпруга? На кариеристка? Или да изпълнява всички тези роли накуп? Според мнозина времето на феминистките движения, които започват в края на XIX век и имат ключова роля през цялото следващо столетие – вече е отминало. Крайнодесните популистки партии ги обвиняват в нанасяне на повече вреди, отколкото ползи. На тях ли се дължи застаряващото население в Европа? Кои полезни практики трябва да се запазят? Настоящият доклад има за цел да отговори на гореспоменатите въпроси посредством сравнителен анализ на феминистките и крайнодесните популистки политики; контентанализ, интердисциплинарния метод и дедуктивен подход. Трудът ще проследи и мястото, което заема българската жена в сравнение с европейската. Темата е актуална и все още не е много изследвана, затова докладът ще постави основите на бъдеща изследователска дейност в тази сфера.In the XXI - st century the woman still doesn’t know where she stands in the world. What’s her role? To be a housewife? Or a caring mother and good wife? Or someone seeking career? Or does she do all this at the same time? According to many people the feminist movements which began at the end of the XIX –th century and had a key role during all the next century – are part of the past. The populist far right – wing parties blame them for causing more problems than giving benefits. Is it there fault that the European population is mainly old? Which are the good practices that should be preserved? The aim of the following paper is to give answers to the questions above by using the comparative analysis – to compare the feminist’s and the far right-wing populist politics, content analysis, the interdisciplinary method and the deductive method.The work will show where the Bulgarian woman stands compared to the European woman. The topic is very important nowadays and there are still not many researches made, that’s why the paper will put a start to future scientific work in this field
Проектиране и реализация на цифрови информационни ресурси за исторически обекти на българското културно наследство
Get PDFИМИ-БАН, 28.02.2022 г., присъждане на образователна и научна степен „доктор“ на Стефка Николаева Ковачева в професионално направление 4.6: информатика и компютърни науки, научна специалност: информатика. [Kovacheva Stefka Nikolaeva; Ковачева Стефка Николаева
Дигитална триизмерна реконструкция на старинна къща в Сунгурларе от архитектурния архив на Института за изследване на изкуствата
Get PDFИзследването е посветено на опазването и изучаването на архитектурната памет. Вниманието е насочено върху архитектурния архив на Института за изследване на изкуствата при Българската академия на науките, където културно-архитектурното наследство е събирано с десетилетия. Конкретно, проучването е върху архивните данни от фонд "Чертежи и заснемания", проведено по примера на архитектурното заснемане на къщата от XIX век на братя Хрусанови в гр. Сунгурларе. Сградата е заснета в планове и фасади на хартиен носител преди 60 години. В разработката познанието за тази старинна архитектура е надградено чрез трансформиране в дигитална триизмерна реконструкция с помощта на две софтуерни приложения. Анализът се състои в разчитането на архивните чертежи в контекста на реконструкцията и постигането на високо ниво на автентичност в нея.This research is dedicated to preserving and studying architectural memory. The attention is focused on the architectural archive at the Institute of Art Studies at the Bulgarian Academy of Sciences where a cultural architectural heritage is collected over decades. Specifically, research interest is towards the collections in fund "Drawings and Surveys" conducted on the case study of a 19th century house of the Hrusanovi brothers in the town of Sungurlare. The building was depicted in plans and facades on paper 60 years ago. In development the knowledge on this old architecture is boosted by transforming it into a digital three-dimensional structure through two software applications. The analysis consists of reading of the archived drawings in the context of reconstruction and achieving a high level of authenticity in it
Плакатът – изкуството на улицата. Концептуална изложба-акция на Красимира Друмева на тема "Обичам да чета"
Get PDFПредставената експозиция от плакати на автора Красимира Друмева носи послание, идея, смисъл. Разчита се на ясна концепция, която се развива посредством езика на приложната графика. Целенасочено, символът на книгата присъства в плакатите, за да визуализира многообразието и универсалността на този образ. Той може да се асоциира с вещи, образи и предмети от бита и ежедневието. Авторът цели чрез тези превъплъщения да акцентира върху четенето – важен фактор за натрупването на знания и сетивност, необходими за осмисленото съществуване на човека.The displayed poster exhibition whose author is Krassimira Droumeva conveys a message, an idea, a meaning. It relies on a distinct concept developed by means of graphical language. Deliberately, the book appears as a symbol in the posters in order to visualize the diversity and universality of this image. It can be associated with objects, images and items from the household and everyday life. Through these representations, the author aims to accentuate on reading as an important factor in the accumulation of knowledge and sensibility that are essential for a meaningful human existence
Аспекти на влияние на детското изкуство върху творчеството на Жан Дюбюфе
Get PDFФренският художник Жан Дюбюфе (Jean Dubuffet, 1901-1985) е от авторите, които се стремят да отразят в творчеството си абсолютно непосредствена и директна проекция на това, което се случва в дълбините на съзнанието на индивида. Тези лични убежденията на автора се превръщат в принципи за зряла и устойчива творческа работа. Вследствие на това художникът се фокусира върху колекциониране на детски произведения, в които вижда неподправен творчески изказ и примитивни ценности. Това определя и целта на текущото изследване – да се разгледат някои конкретни произведения на Жан Дюбуфе, в които се констатира влияние на детски рисунки от колекцията на художника.The French artist Jean Dubuffet (1901-1985) is one of those artists who aim to reflect in their work an absolutely immediate and direct projection of what is happening in the depths of the individual consciousness. These personal beliefs become principles of grown and sustainable artistic work. Due to this, the artist focuses on the process of collecting children's drawings, in which he views authentic creative expression and primitive values. This also defines the purpose of the current study - to examine some specific works by Jean Dubuffet, which are influenced by children's drawings from the artist's collection
Кратък преглед върху развитието на пейзажната живопис в западна Европа в периода XVI до XIX век
Get PDFЦелта на научното изложение е да се проследи развитието на пейзажният жанр в кавалетната живопис – неговото формиране, обособяване и значение през периода XVI – XIX век. За едно по-обстойно изследване на ролята на ландшафтните произведения в съвременната живопис е необходимо да се направи преглед на историческите аспекти в развитието на жанра. Погледнато в исторически план пейзажът в картината се заражда, като мизансцен на дадено действие. Той е мястото, където се случва действието и неминуемо е важен, като среда определяща настроението в картината, допълвайки общият и замисъл. Моментът в който пейзажът се заформя, като самостоятелна сцена, играеща основна роля в картинната повърхност е и етап, в който човек започва да гледа по-обстойно на заобикалящия го свят.The purpose of the scientific exposition is to trace the development of the landscape genre in the painting – its formation, differentiation and significance during the 16th – 19th centuries. For a more detailed study of the role of landscape works in modern painting, it is necessary to review the historical aspects of the genre's evolution. Historically, the landscape of painting originates as a stage setting of action. It is where the action takes place, and it is inevitably important, as the environment that determines the mood in the picture, complementing the common purpose. The moment in which the landscape is shaped, as an independent scene playing a major role in the picture surface, is also the stage in which one begins to look more closely into the surrounding world
Интерпретации на урбанистичния пейзаж в аерофотографията
Get PDFДокладът изследва аспекти от изкуството на аерофотографията, свързани с разнообразните интерпретации на урбанистичния пейзаж. Анализират се различни тенденции в заснемането на градска архитектура от птичи поглед, както в исторически план, така и в съвремието. Изследват се конкретни специфики във визуалното съдържание на снимките от въздуха, според композиционните особености и методи на създаване. Правят се паралелни сравнения между аерофотографии, заснети в черно-бяло и в цвят. Изследват се специфичните особености на фотографското рендериране на архитектурните фрагменти на урбанистичния пейзаж. Аерофотографията се разглежда като творчески процес с потенциал за създаване на художествени изображения.The report explores aspects of the art of aerial photography, related to various interpretations of the cityscape. The report analyzes different trends in photographing urban architecture from bird's eye view, both historical and contemporary. Particular features of the photographic rendering of urban-related aerial images are being studied. Specific features of the aerial photography images and aspects such as the methods used, are being studied. Examples of both black and white and color photographs are being compared and studied. Aerial photography is being considered and analyzed as an artistic process, capable of creating fine art imagery