1,013 research outputs found
Artemisinin resistance in Plasmodium falciparum
No full textRefers to : Benoit Witkowski, Chanaki Amaratunga, Nimol Khim, Sokunthea Sreng, Pheaktra Chim, Saorin Kim, Pharath Lim, Sivanna Mao, Chantha Sopha, Baramey Sam, Jennifer M Anderson, Socheat Duong, Char Meng Chuor, Walter R J Taylor, Seila Suon, Odile Mercereau-Puijalon, Rick M Fairhurst, Didier Menard - Novel phenotypic assays for the detection of artemisinin-resistant Plasmodium falciparum malaria in Cambodia: in-vitro and ex-vivo drug-response studies -The Lancet Infectious Diseases, Volume 13, Issue 12, December 2013, Pages 1043-1049International audienceCorrespondenc
Scaling up qualitative data: with Professor Ken Benoit
No full textProfessor Benoit is the Principal Investigator in an ERC funded project QUANTESS developing innovative methods for the quantitative analysis of textual data in the social sciences. He is the co-author with Paul Nulty of the R software package for text analysis “quanteda”, and working on a book Quantitative Text Analysis Using R covering methods for managing, processing, and analysing textual data using the R programming language. He has taught quantitative text analysis extensively and has published research in this area targeting both methodology and political science applications
Thesium philosophicarum fasciculus
No full textquem ... praeside ... Io. Friderico Benoit ... publicè tutabitur Ioh. Rodolphus Kochius, HBernas, phil. stud. author & respondens, ad diem 5. Martii ...Diss. Hohe Schule Bern, 171
Fables de La Fontaine: Une Anthologie proposée par Benoit Marchon
No full textHere are forty-three fables presented by an artist I have enjoyed twice elsewhere. The book's unusual shape (6½ x 10¾) is the first clue that it is going to present traditional material in a fresh way. Almost every presentation involves two pages and clever positioning of a few key images. GA (10-11) presents an ant with a sack of grain on his back marching across the page above a grasshopper moving upwards with a guitar on his back: character, load, and direction are all different. FC presents a cheese with its owner's name struck through and changed from Corbeau to Renard (12-13). WS shows a stork with a scissors for a head beside an x-ray of a wolf's digestive tract with the bone lodged down the throat (22-23). The spilt milk of MM is blotting out drawings of hens, pig, and cow (30-31). The surreal style fits the approach perfectly. Sometimes I have no idea why an object is presented the way Jarrie presents it; other times it is perfect. The bull in OF holds the frog by a tether as though the latter were a helium-filled balloon (32-33). Maybe best of all is The Rat and the Elephant (50-51). The elephant is segmented to make room for the text. Between the elephant's legs, mostly hidden from us, a cat reaches out a paw for the minuscule rat under the elephant's big belly. For sheer fun, try The Lion Defeated by a Man (78-79). The book has a place-holding ribbon, a short life of both La Fontaine and of Jarrie, and a helpful glossary of unusual language in the fables. This book fulfills its rear cover's promise of a fresh entry into a fabulous zoological park. Bravo, Jarrie!This is a hardbound book (hard cover)Language note: FrenchJean de La Fontaine; Benoit Marcho
L’écriture impliquée: nouvelle forme de l’engagement littéraire chez fatou diome, Léonora Miano et Marie Ndiaye
No full textMade available in DSpace on 2018-09-04T20:36:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2
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Previous issue date: 2018-04-18Embargo set by: Seth Robbins for item 107270
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Reason: Author requested U of Illinois access only (OA after 2yrs) in Vireo ETD systemEmbargo set by: Seth Robbins for item 107270
Lift date: 2020-09-04T20:42:08Z
Reason: Author requested U of Illinois access only (OA after 2yrs) in Vireo ETD systemCette thèse propose d’expliciter les manières dont l’implication se manifeste dans les textes de Fatou Diome, Léonora Miano et Marie NDiaye. Dans un contexte français de résurgence de l’engagement littéraire, elle exprime des manières d’intervenir par l’écriture sur des problèmes sociaux ou politiques qui traversent la société. L’originalité de notre thèse tient à l’intérêt d’avoir privilégié le contexte d’écriture de ces auteures. En effet, la critique des littératures africaines francophones lie l’émergence de nouvelles formes d’écriture, à partir de années quatre-vingt, à la présence des auteurs de cette littérature dans un espace qui n’est plus africain mais essentiellement parisien. Le choix de l’implication nous permet d’inscrire les écrivaines choisies pour notre analyse dans un lieu témoin de pratiques d’écritures nouvelles qui montrent des préoccupations qui ne sont plus uniquement d’ordre esthétique.Submission published under a 24 month embargo labeled 'U of I Access', the embargo will last until 2020-05-01The student, Malyoune Benoit, accepted the attached license on 2018-04-18 at 07:03.The student, Malyoune Benoit, submitted this Dissertation for approval on 2018-04-18 at 07:11.This Dissertation was approved for publication on 2018-04-18 at 17:39.DSpace SAF Submission Ingestion Package generated from Vireo submission #12334 on 2018-08-31 at 17:20:24U of I Only Restriction Lifted for Item 107270 on 2020-09-05T09:15:26Z
L'étude des cadastres antiques : à propos d'Olbia de Provence
No full textThe study of antique cadastres : namely about Olbia in Provence
The knowledge about the way land is occupied, as well in uran as rural areas, gain increasing importance with the actual approach to antique societies. The study of Greek and Roman cadastres in the Mediterrannean contour concern also Southern Gaul, not without arising problems of method about their identification, their restitution and their dating. Starting from his recent cadastral analysis of the territory surrounding the Marseilles foundation at Olbia. J. Benoit remains reserved about the reliability, the limits, even the dangers of the diverse techniques of investigation generally in practice.
Inside a zone where cadastre is established, to the North of Olbia, J. Benoit has dissociated the area situated to the North- North-East of the antique settlement. After a critical interpretation and Mediterranean wide comparaisons, the author delimits an area relatively restricted (750 acres), spreading from the sea to the mountain, regulated by a rectangular module 105x52,5 m. This cadastre most probably established on the basic mesure of a foot of 29,6 cm, could belong to a periode of Greek colonization (middle of the fourth - beginning of the first century B. C).La connaissance des modes de l'occupation des sols, tant urbaine que rurale, prend de plus en plus d'importance dans l'approche actuelle des sociétés antiques. L'étude des cadastrations grecques et romaines du pourtour méditerranéen concerne également le Midi gaulois, non sans poser plusieurs problèmes de méthode pour leur identification, leur restitution et leur datation. Partant de ses récentes analyses sur la cadastration du territoire alentour de la fondation massaliote d'Olbia, J. Benoit s'interroge, en premier lieu, sur la fiabilité, les limites, voire les dangers des diverses techniques d'investigation généralement usitées.
A l'intérieur d'une zone cadastrée au Nord d'Olbia, J. Benoit dissocie celle située au Nord-Nord-Est de l'agglomération antique. Après une interprétation critique et des comparaisons méditerranéennes, l'auteur délimite une aire relativement réduite (305 ha), s'étalant entre mer et montagne, rythmée selon un module rectangulaire de 105 x 52,5 m. Ce cadastre, très probablement édifié sur la mesure d'un pied de 29,6 cm, pourrait se rapporter à l'époque de colonisation grecque (milieu du IVème - début du Ier s. av. J.-C).Benoit Jean. L'étude des cadastres antiques : à propos d'Olbia de Provence. In: Documents d'Archéologie Méridionale, vol. 8, 1985. pp. 25-48
Solving eigenvalue response matrix equations with nonlinear techniques
No full textThis paper presents new algorithms for use in the eigenvalue response matrix method (ERMM) for reactor eigenvalue problems. ERMM spatially decomposes a domain into independent nodes linked via boundary conditions approximated as truncated orthogonal expansions, the coefficients of which are response functions. In its simplest form, ERMM consists of a two-level eigenproblem: an outer Picard iteration updates the k-eigenvalue via balance, while the inner λ -eigenproblem imposes neutron balance between nodes. Efficient methods are developed for solving the inner λ-eigenvalue problem within the outer Picard iteration. Based on results from several diffusion and transport benchmark models, it was found that the Krylov-Schur method applied to the λ -eigenvalue problem reduces Picard solver times (excluding response generation) by a factor of 2–5. Furthermore, alternative methods, including Picard acceleration schemes, Steffensen’s method, and Newton’s method, are developed in this paper. These approaches often yield faster k-convergence and a need for fewer k-dependent response function evaluations, which is important because response generation is often the primary cost for problems using responses computed online (i.e., not from a precomputed database). Accelerated Picard iteration was found to reduce total computational times by 2–3 compared to the unaccelerated case for problems dominated by response generation. In addition, Newton’s method was found to provide nearly the same performance with improved robustness
Artemisinin resistance in Plasmodium falciparum
No full textBenoit Witkowski and colleagues reported a simple and rapid in vitro method to detect artemisinin resistance of P falciparum. They show that the slow clearance of parasites by artemisinin combination therapies is a result of a drop in susceptibility among young ring form parasites whereas susceptibility is maintained in mature stages. However, the clinical relevance of this finding to treatment failure is unclear since these infections could still be successfully treated with artemisinin combination therapies.Accepted versio
Plasmodium falciparum resistance to Artemisinine-based Combination Therapies in Cambodia and Cameroon : epidemiology, mechanism, and new therapeutic options
No full textLes combinaisons thérapeutiques à base d'artémisinine (CTA) sont depuis vingt ans les médicaments de référence pour le traitement du paludisme causé par Plasmodium falciparum. Les CTA se composent de deux molécules antipaludiques : un dérivé d'artémisinine à action rapide et brève, et une molécule partenaire à action plus lente mais prolongée. Leur mise en place globale a contribué à la diminution drastique de la mortalité liée au paludisme. La mondialisation des CTA a permis à de nombreux pays endémiques de tendre vers l'élimination du paludisme.L'accomplissement de cet objectif se heurte cependant à l'émergence de résistances à l'artémisinine et aux composés partenaires. Cette problématique est particulièrement présente au Cambodge, et s'étend maintenant à une grande partie de l'Asie du Sud-Est. La perte de l'efficacité des CTA en Afrique aurait de lourdes conséquences en termes de santé publique, c'est pourquoi des stratégies de surveillance des résistances doivent être mises en place pour pallier à ce risque. De précédentes études ont permis de mettre en place de nouveaux tests phénotypiques participant à la découverte de marqueurs moléculaires de résistance aujourd'hui utilisés pour la surveillance de l'efficacité des traitements. La première partie de ce travail a visé à mieux définir, en utilisant ces outils, l'épidémiologie de la résistance de Plasmodium falciparum aux CTA en Asie et en Afrique. Nos recherches se sont concentrées sur deux pays stratégiques : le Cambodge, pays à faible transmission mais qui est l'épicentre de l'émergence des résistances aux composés antipaludiques, et le Cameroun, pays à forte transmission d'Afrique centrale, dont la résistance aux CTA n'a pas encore été rapportée. Dans une deuxième partie, de nouvelles options thérapeutiques ont été testées cliniquement et/ou in vitro sur des parasites multi-résistants isolés au Cambodge. Enfin, une troisième partie a étudié les mécanismes de résistance à l'artémisinine additionnels aux polymorphismes du gène Kelch13, en associant culture in vitro à long terme et séquençage ARN de cellules individuelles. L'ensemble des travaux présentés s'inscrit dans une stratégie de surveillance de la résistance aux antipaludiques au Cambodge et au Cameroun. Les études épidémiologiques des résistances décrites dans cette thèse permettront de mieux adapter les traitements antipaludiques pour limiter la sélection de parasites résistants dans ces deux pays. De nouvelles données concernant les mécanismes cellulaires impliqués dans la résistance à l'artémisinine ont aussi été apportées. Parmi les nouvelles options thérapeutiques testées, certaines étaient efficaces sur les parasites multi-résistants, et pourraient remplacer les traitements de première ligne actuels en cas d'augmentation du nombre d'échecs thérapeutiques au Cambodge.Artemisinin-based Combination Therapies (ACT) are the standard treatments for uncomplicated Plasmodium falciparum malaria. ACTs are composed of two antimalarial molecules: a fast-acting artemisinin derivative, and a long-acting partner drug. The global use of this efficient formulation has enable to reduce malaria-related mortality by sixty percent over the last 20 years. After ACT introduction, many endemic countries moved into the elimination phase of the disease. However, parasite eradication is still being undermined by the emergence of parasite resistance to artemisinin and partner drugs. Plasmodium falciparum resistance issue is particularly present is Cambodia. The global spread of resistance to ACT would be a public health disaster. Therefore, new resistance control strategies have to be set up. Those strategies include: i) a performant diagnosis of resistance ii) the epidemiologic study of resistance iii) a better understanding of cellular mechanisms involved in resistance and finally iv) new therapeutic options discovery. Previous studies have designed new phenotypic assays to detect resistance, which helped to discover molecular markers that are now used for global drug resistance surveillance. The first part of this work aimed, using those tools, to better define the epidemiology of ACT resistance in Asia and Africa focusing on two strategic countries: Cambodia, a low-transmission country, which is the epicentre of drug resistance emergence, and Cameroon, a high-transmission country where resistance to ACT has not yet been reported. The second part focused on testing of new antimalarial compounds, clinically and/or in vitro, on multi-resistant parasites collected in Cambodia. Finally, the last part explored the mechanism of artemisinin resistance using long term in vitro culture and Single Cell RNA sequencing. The presented work is part of the global strategy for reduction of malaria prevalence. Through a better understanding of the epidemiology of resistant P. falciparum in Cambodia and Cameroon, this work helped to survey and adapt current treatments to avoid selection and spread of drug-resistant parasites. Moreover, new interesting data on artemisinin resistance mechanism were also generated. Among the new antimalarial compounds tested, some were efficient and could be considered as new therapeutic options to replace the current first-line treatment in Cambodia in case of increasing treatment failures
Anthropisation and malaria transmission in rural Cambodia
No full textLes cas de paludisme sont globalement en baisse, y compris dans la sous-région du Grand Mékong qui vise l'élimination de la maladie pour 2030. Le Cambodge, après avoir implémenté l'usage de moustiquaires imprégnées d´insecticide sur l'intégralité du territoire, fait maintenant face à une transmission paludique résiduelle se maintenant principalement autour des frontières internationales et des forêts. Les vecteurs habitent les zones boisées et infectent les travailleurs en forêt ainsi que les populations migrantes, maintenant la transmission malgré les efforts des équipes en charge de détecter et traiter les cas de paludisme. Les rapides déforestation et croissance économique pourraient affecter la transmission, mais leurs potentielles répercussions n'ont pas ou peu été étudiées ou décrites dans la sous-région, bien que leur compréhension pourrait être nécessaire à une élimination du paludisme efficace et durable.À cette fin, ce doctorat propose d'observer et de comprendre la dynamique du paludisme au Cambodge afin de déterminer où, quand et comment se crée le contact entre les populations à risque et les vecteurs et son lien avec l'anthropisation.Le premier chapitre de cette thèse s'intéresse aux changements environnementaux et la mobilité des populations à risque dans la zone d'étude. En utilisant des images satellite à haute résolution, nous avons quantifié la déforestation d'une zone particulièrement affectée par le paludisme au nord-est du pays. Nous avons caractérisé l'évolution de la couverture forestière, la fragmentation ainsi que la diversité du paysage sur 30 ans, et rassemblé les données disponibles sur les cas de paludisme pour cette même période. Une étude transversale, une cohorte et un suivi des populations à risque dans la même zone d'étude ont permis de décrire et mieux comprendre les comportements et la mobilité associés à une infection, au travers de la mise en place de techniques fréquemment utilisées au Cambodge, comme les questionnaires, et innovantes, comme les balises GPS ou la quantification d'anticorps anti-salive d'Anophèles par ELISA.Le deuxième chapitre se dédia à la diversité, l'abondance et la prévalence des moustiques vecteurs. Trois types de pièges (collecte sur appât humain, piège à double moustiquaire et pièges à interception) et la collecte de larves le long de transects furent employés dans différents environnements suivant un gradient d'anthropisation : villages, champs, plantations d'arbres et forêts. Après identification des espèces d'Anophèles collectées, nous avons déterminé la prévalence de Plasmodium dans la population de moustiques, afin d'étudier quels facteurs environnementaux affectaient la présence de Plasmodium humains et l´abondance des vecteurs. Nous avons également comparé la précision des identifications morphologiques par rapport aux identifications moléculaires. Enfin, nous avons identifié l'origine des repas sanguins extraits des abdomens des femelles gorgées pour déterminer si certains facteurs environnements ou espèces étaient associés à un comportement anthropophagique.Le troisième et dernier chapitre de cette thèse se focalisait sur la nature de la transmission paludique elle-même. Pour caractériser la structure des populations parasitaires circulant entre les humains et les vecteurs, nous avons séquencé les échantillons de Plasmodium falciparum et Plasmodium vivax provenant des suivi GPS des travailleurs forestiers et des moustiques provenant de nos collectes en utilisant la méthode du séquençage profond d'amplicons. Les données génétiques associées à ce séquençage permettront de comprendre la génétique des populations des parasites ainsi que la nature des clones composant les infections.Globalement, ce projet se place à l'intersection de la géographie, l'épidémiologie, l'entomologie et la génomique avec l'objectif de compléter les connaissances sur la relation entre anthropisation et transmission paludique au Cambodge.Malaria cases and mortality are globally decreasing, including in the Great Mekong Subregion, which targets elimination by 2030. Cambodia, after achieving national coverage of insecticide-treated nets, is now facing residual malaria transmission. Currently, this vector-borne disease persists along international borders and in forested areas. Forest-dwelling vectors and forest goers, migrant and mobile populations are responsible for the remaining cases, in spite of the recent village and mobile malaria workers deployments. In a context of rapid deforestation and economic growth, the repercussions of anthropisation remain mostly unknown and undescribed in the area. The understanding of the interactions between environmental changes, vectors bionomics and malaria transmission has been neglected in Cambodia, but could help to institute an efficient and durable elimination.This PhD project offers to observe and analyse the disease dynamics from a variety of approaches, in order to pinpoint when, where and how human-vector contacts happen.The first chapter focuses on environmental changes and the populations' mobility in the study area. From high-resolution satellite imagery, we quantified the deforestation of a malaria endemic area in north-eastern Cambodia. We observed the evolution of forest cover, fragmentation and landscape diversity on a span of 30 years, along with the available malaria data from the study area. A cross-sectional study, a cohort and follow-ups of risk populations in the same area were implemented to describe the mobility and behaviours related to malaria infection, by equipping individuals with GPS data-loggers and through questionnaires. We implemented anti-Anopheles saliva quantification by ELISA to test its ability to discriminate the subpopulation most exposed to vectors bites.The second chapter addresses the ecology, abundance and prevalence of malaria vectors in the studied area. We deployed three types of traps to collect adult Anopheles (human landing catch, human-baited double-net trap and barrier screens) and transects to collect larvae, along an anthropisation gradient through villages, fields, tree plantations and forest. After screening and identifying the collected Anopheles, we determined the environmental factors associated with prevalence and abundance of Anopheles mosquitoes, and quantified the accuracy of morphological species identification compared to molecular identification. We determined the origin of fed Anopheles blood meals to assess if environmental conditions or Anopheles species were linked to an anthropophagic behaviour.The third and last chapter focused on malaria parasite itself. To characterise the parasitic populations circulating in humans and vectors, we sequenced Plasmodium vivax and Plasmodium falciparum samples from forest goers' follow-ups and mosquito collections with the Deep Amplicon Sequencing methodology. This genetic data would provide crucial information to understand better the context of transmission, Plasmodium population genetics and the nature of the clones.Overall, this project places itself at the intersection of geography, epidemiology, entomology and genomics and aims to decipher the remaining unknowns surrounding anthropisation and malaria transmission in rural Cambodia
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