1,720,964 research outputs found
La diversité à travers les échelles d'organisation biologique : étude chez les poissons marins tropicaux
No full textDescribing and understanding the spatial distribution of biological diversity and the processes underlying it is the core of population genetics and community ecology. If these two scales of biological organization (populations and communities) are governed by analogous evolutionary processes (drift, dispersal, selection), the spatial patterns of intra- and interspecific diversity should covary. However, observations do not always confirm this expectation, so that spatial congruence between genetic diversity within species and species diversity within communities is context-dependent. This thesis aims to study the processes that generate and maintain tropical marine fish assemblages, while assessing the conditions under which a positive correlation between genetic and species diversity is observed. To this end, we analyze in parallel the species diversity patterns of tropical marine fish communities, with the genetic diversity patterns of an Indo-Pacific fish (Etelis coruscans), 20 coral reef fish species from the Indian Ocean, and 15 species from the Caribbean Sea. We highlight the central role of neutral dispersal processes in structuring tropical fish communities at both intra- and interspecific scales. When dispersal limitation is the main determinant of β-diversity patterns, we observe positive spatial covariation between genetic and species β-diversities. Specifically, we demonstrate that the β-diversity continuum is modulated by several factors, including community delimitation, species dispersal abilities, and seascape structure. We also provide a proof-of-concept of the potential of environmental DNA metabarcoding for the unified and standardized study of spatial patterns of intra- and interspecific diversity in the marine environment. By integrating data from different biological, spatial and taxonomic scales in tropical fish, this thesis contributes to a better understanding of the eco-evolutionary processes that link scales of biological organization together.Décrire et comprendre la distribution spatiale de la diversité biologique et les processus qui la sous-tendent est au cœur de la génétique des populations et de l’écologie des communautés. Si ces deux échelles d’organisation biologique (populations et communautés) sont régies par des processus évolutifs analogues (dérive, dispersion, sélection), les patrons spatiaux de diversité intra- et interspécifique devraient covarier. Pourtant, les observations ne confirment pas toujours cet attendu, et la congruence spatiale entre la diversité génétique au sein des espèces et la diversité spécifique au sein des communautés est fonction du contexte. Cette thèse vise à étudier les processus qui génèrent et maintiennent les assemblages de poissons marins tropicaux, tout en évaluant les conditions dans lesquelles une corrélation positive entre les diversités génétique et spécifique est observée. Dans ce but, nous analysons parallèlement les patrons de diversité spécifique des poissons marins tropicaux, avec les patrons de diversité génétique d’un poisson d’Indo-Pacifique (Etelis coruscans), de 20 espèces de poissons de récifs coralliens de l’Océan Indien, et de 15 espèces des Caraïbes. Nous mettons en évidence le rôle central des processus neutres de dispersion dans la structuration des communautés de poissons tropicaux à la fois aux échelles intra- et interspécifiques. Lorsque la limitation à la dispersion est le principal déterminant des patrons de diversité β, nous observons une covariation spatiale positive entre les diversités β génétique et spécifique. Plus particulièrement, nous démontrons que le continuum de diversité β est modulé par plusieurs facteurs, dont la délimitation de la communauté, les capacités de dispersion des espèces, et la structure du paysage marin. Nous fournissons également une preuve de concept de l’utilisation du métabarcoding de l’ADN environnemental pour l’étude unifiée et standardisée des patrons spatiaux de la diversité intra- et interspécifique en milieu marin. En intégrant des données à différentes échelles biologiques, spatiales et taxonomiques chez les poissons tropicaux, cette thèse contribue à une meilleure compréhension des processus éco-évolutifs qui relient les échelles d’organisations biologiques entre elles
Diversity across scales of biological organization : a study in tropical marine fishes
No full textDécrire et comprendre la distribution spatiale de la diversité biologique et les processus qui la sous-tendent est au cœur de la génétique des populations et de l’écologie des communautés. Si ces deux échelles d’organisation biologique (populations et communautés) sont régies par des processus évolutifs analogues (dérive, dispersion, sélection), les patrons spatiaux de diversité intra- et interspécifique devraient covarier. Pourtant, les observations ne confirment pas toujours cet attendu, et la congruence spatiale entre la diversité génétique au sein des espèces et la diversité spécifique au sein des communautés est fonction du contexte. Cette thèse vise à étudier les processus qui génèrent et maintiennent les assemblages de poissons marins tropicaux, tout en évaluant les conditions dans lesquelles une corrélation positive entre les diversités génétique et spécifique est observée. Dans ce but, nous analysons parallèlement les patrons de diversité spécifique des poissons marins tropicaux, avec les patrons de diversité génétique d’un poisson d’Indo-Pacifique (Etelis coruscans), de 20 espèces de poissons de récifs coralliens de l’Océan Indien, et de 15 espèces des Caraïbes. Nous mettons en évidence le rôle central des processus neutres de dispersion dans la structuration des communautés de poissons tropicaux à la fois aux échelles intra- et interspécifiques. Lorsque la limitation à la dispersion est le principal déterminant des patrons de diversité β, nous observons une covariation spatiale positive entre les diversités β génétique et spécifique. Plus particulièrement, nous démontrons que le continuum de diversité β est modulé par plusieurs facteurs, dont la délimitation de la communauté, les capacités de dispersion des espèces, et la structure du paysage marin. Nous fournissons également une preuve de concept de l’utilisation du métabarcoding de l’ADN environnemental pour l’étude unifiée et standardisée des patrons spatiaux de la diversité intra- et interspécifique en milieu marin. En intégrant des données à différentes échelles biologiques, spatiales et taxonomiques chez les poissons tropicaux, cette thèse contribue à une meilleure compréhension des processus éco-évolutifs qui relient les échelles d’organisations biologiques entre elles.Describing and understanding the spatial distribution of biological diversity and the processes underlying it is the core of population genetics and community ecology. If these two scales of biological organization (populations and communities) are governed by analogous evolutionary processes (drift, dispersal, selection), the spatial patterns of intra- and interspecific diversity should covary. However, observations do not always confirm this expectation, so that spatial congruence between genetic diversity within species and species diversity within communities is context-dependent. This thesis aims to study the processes that generate and maintain tropical marine fish assemblages, while assessing the conditions under which a positive correlation between genetic and species diversity is observed. To this end, we analyze in parallel the species diversity patterns of tropical marine fish communities, with the genetic diversity patterns of an Indo-Pacific fish (Etelis coruscans), 20 coral reef fish species from the Indian Ocean, and 15 species from the Caribbean Sea. We highlight the central role of neutral dispersal processes in structuring tropical fish communities at both intra- and interspecific scales. When dispersal limitation is the main determinant of β-diversity patterns, we observe positive spatial covariation between genetic and species β-diversities. Specifically, we demonstrate that the β-diversity continuum is modulated by several factors, including community delimitation, species dispersal abilities, and seascape structure. We also provide a proof-of-concept of the potential of environmental DNA metabarcoding for the unified and standardized study of spatial patterns of intra- and interspecific diversity in the marine environment. By integrating data from different biological, spatial and taxonomic scales in tropical fish, this thesis contributes to a better understanding of the eco-evolutionary processes that link scales of biological organization together
La diversité à travers les échelles d'organisation biologique : étude chez les poissons marins tropicaux
No full textDescribing and understanding the spatial distribution of biological diversity and the processes underlying it is the core of population genetics and community ecology. If these two scales of biological organization (populations and communities) are governed by analogous evolutionary processes (drift, dispersal, selection), the spatial patterns of intra- and interspecific diversity should covary. However, observations do not always confirm this expectation, so that spatial congruence between genetic diversity within species and species diversity within communities is context-dependent. This thesis aims to study the processes that generate and maintain tropical marine fish assemblages, while assessing the conditions under which a positive correlation between genetic and species diversity is observed. To this end, we analyze in parallel the species diversity patterns of tropical marine fish communities, with the genetic diversity patterns of an Indo-Pacific fish (Etelis coruscans), 20 coral reef fish species from the Indian Ocean, and 15 species from the Caribbean Sea. We highlight the central role of neutral dispersal processes in structuring tropical fish communities at both intra- and interspecific scales. When dispersal limitation is the main determinant of β-diversity patterns, we observe positive spatial covariation between genetic and species β-diversities. Specifically, we demonstrate that the β-diversity continuum is modulated by several factors, including community delimitation, species dispersal abilities, and seascape structure. We also provide a proof-of-concept of the potential of environmental DNA metabarcoding for the unified and standardized study of spatial patterns of intra- and interspecific diversity in the marine environment. By integrating data from different biological, spatial and taxonomic scales in tropical fish, this thesis contributes to a better understanding of the eco-evolutionary processes that link scales of biological organization together.Décrire et comprendre la distribution spatiale de la diversité biologique et les processus qui la sous-tendent est au cœur de la génétique des populations et de l’écologie des communautés. Si ces deux échelles d’organisation biologique (populations et communautés) sont régies par des processus évolutifs analogues (dérive, dispersion, sélection), les patrons spatiaux de diversité intra- et interspécifique devraient covarier. Pourtant, les observations ne confirment pas toujours cet attendu, et la congruence spatiale entre la diversité génétique au sein des espèces et la diversité spécifique au sein des communautés est fonction du contexte. Cette thèse vise à étudier les processus qui génèrent et maintiennent les assemblages de poissons marins tropicaux, tout en évaluant les conditions dans lesquelles une corrélation positive entre les diversités génétique et spécifique est observée. Dans ce but, nous analysons parallèlement les patrons de diversité spécifique des poissons marins tropicaux, avec les patrons de diversité génétique d’un poisson d’Indo-Pacifique (Etelis coruscans), de 20 espèces de poissons de récifs coralliens de l’Océan Indien, et de 15 espèces des Caraïbes. Nous mettons en évidence le rôle central des processus neutres de dispersion dans la structuration des communautés de poissons tropicaux à la fois aux échelles intra- et interspécifiques. Lorsque la limitation à la dispersion est le principal déterminant des patrons de diversité β, nous observons une covariation spatiale positive entre les diversités β génétique et spécifique. Plus particulièrement, nous démontrons que le continuum de diversité β est modulé par plusieurs facteurs, dont la délimitation de la communauté, les capacités de dispersion des espèces, et la structure du paysage marin. Nous fournissons également une preuve de concept de l’utilisation du métabarcoding de l’ADN environnemental pour l’étude unifiée et standardisée des patrons spatiaux de la diversité intra- et interspécifique en milieu marin. En intégrant des données à différentes échelles biologiques, spatiales et taxonomiques chez les poissons tropicaux, cette thèse contribue à une meilleure compréhension des processus éco-évolutifs qui relient les échelles d’organisations biologiques entre elles
La diversité à travers les échelles d'organisation biologique : étude chez les poissons marins tropicaux
No full textDescribing and understanding the spatial distribution of biological diversity and the processes underlying it is the core of population genetics and community ecology. If these two scales of biological organization (populations and communities) are governed by analogous evolutionary processes (drift, dispersal, selection), the spatial patterns of intra- and interspecific diversity should covary. However, observations do not always confirm this expectation, so that spatial congruence between genetic diversity within species and species diversity within communities is context-dependent. This thesis aims to study the processes that generate and maintain tropical marine fish assemblages, while assessing the conditions under which a positive correlation between genetic and species diversity is observed. To this end, we analyze in parallel the species diversity patterns of tropical marine fish communities, with the genetic diversity patterns of an Indo-Pacific fish (Etelis coruscans), 20 coral reef fish species from the Indian Ocean, and 15 species from the Caribbean Sea. We highlight the central role of neutral dispersal processes in structuring tropical fish communities at both intra- and interspecific scales. When dispersal limitation is the main determinant of β-diversity patterns, we observe positive spatial covariation between genetic and species β-diversities. Specifically, we demonstrate that the β-diversity continuum is modulated by several factors, including community delimitation, species dispersal abilities, and seascape structure. We also provide a proof-of-concept of the potential of environmental DNA metabarcoding for the unified and standardized study of spatial patterns of intra- and interspecific diversity in the marine environment. By integrating data from different biological, spatial and taxonomic scales in tropical fish, this thesis contributes to a better understanding of the eco-evolutionary processes that link scales of biological organization together.Décrire et comprendre la distribution spatiale de la diversité biologique et les processus qui la sous-tendent est au cœur de la génétique des populations et de l’écologie des communautés. Si ces deux échelles d’organisation biologique (populations et communautés) sont régies par des processus évolutifs analogues (dérive, dispersion, sélection), les patrons spatiaux de diversité intra- et interspécifique devraient covarier. Pourtant, les observations ne confirment pas toujours cet attendu, et la congruence spatiale entre la diversité génétique au sein des espèces et la diversité spécifique au sein des communautés est fonction du contexte. Cette thèse vise à étudier les processus qui génèrent et maintiennent les assemblages de poissons marins tropicaux, tout en évaluant les conditions dans lesquelles une corrélation positive entre les diversités génétique et spécifique est observée. Dans ce but, nous analysons parallèlement les patrons de diversité spécifique des poissons marins tropicaux, avec les patrons de diversité génétique d’un poisson d’Indo-Pacifique (Etelis coruscans), de 20 espèces de poissons de récifs coralliens de l’Océan Indien, et de 15 espèces des Caraïbes. Nous mettons en évidence le rôle central des processus neutres de dispersion dans la structuration des communautés de poissons tropicaux à la fois aux échelles intra- et interspécifiques. Lorsque la limitation à la dispersion est le principal déterminant des patrons de diversité β, nous observons une covariation spatiale positive entre les diversités β génétique et spécifique. Plus particulièrement, nous démontrons que le continuum de diversité β est modulé par plusieurs facteurs, dont la délimitation de la communauté, les capacités de dispersion des espèces, et la structure du paysage marin. Nous fournissons également une preuve de concept de l’utilisation du métabarcoding de l’ADN environnemental pour l’étude unifiée et standardisée des patrons spatiaux de la diversité intra- et interspécifique en milieu marin. En intégrant des données à différentes échelles biologiques, spatiales et taxonomiques chez les poissons tropicaux, cette thèse contribue à une meilleure compréhension des processus éco-évolutifs qui relient les échelles d’organisations biologiques entre elles
La diversité à travers les échelles d'organisation biologique : étude chez les poissons marins tropicaux
No full textDescribing and understanding the spatial distribution of biological diversity and the processes underlying it is the core of population genetics and community ecology. If these two scales of biological organization (populations and communities) are governed by analogous evolutionary processes (drift, dispersal, selection), the spatial patterns of intra- and interspecific diversity should covary. However, observations do not always confirm this expectation, so that spatial congruence between genetic diversity within species and species diversity within communities is context-dependent. This thesis aims to study the processes that generate and maintain tropical marine fish assemblages, while assessing the conditions under which a positive correlation between genetic and species diversity is observed. To this end, we analyze in parallel the species diversity patterns of tropical marine fish communities, with the genetic diversity patterns of an Indo-Pacific fish (Etelis coruscans), 20 coral reef fish species from the Indian Ocean, and 15 species from the Caribbean Sea. We highlight the central role of neutral dispersal processes in structuring tropical fish communities at both intra- and interspecific scales. When dispersal limitation is the main determinant of β-diversity patterns, we observe positive spatial covariation between genetic and species β-diversities. Specifically, we demonstrate that the β-diversity continuum is modulated by several factors, including community delimitation, species dispersal abilities, and seascape structure. We also provide a proof-of-concept of the potential of environmental DNA metabarcoding for the unified and standardized study of spatial patterns of intra- and interspecific diversity in the marine environment. By integrating data from different biological, spatial and taxonomic scales in tropical fish, this thesis contributes to a better understanding of the eco-evolutionary processes that link scales of biological organization together.Décrire et comprendre la distribution spatiale de la diversité biologique et les processus qui la sous-tendent est au cœur de la génétique des populations et de l’écologie des communautés. Si ces deux échelles d’organisation biologique (populations et communautés) sont régies par des processus évolutifs analogues (dérive, dispersion, sélection), les patrons spatiaux de diversité intra- et interspécifique devraient covarier. Pourtant, les observations ne confirment pas toujours cet attendu, et la congruence spatiale entre la diversité génétique au sein des espèces et la diversité spécifique au sein des communautés est fonction du contexte. Cette thèse vise à étudier les processus qui génèrent et maintiennent les assemblages de poissons marins tropicaux, tout en évaluant les conditions dans lesquelles une corrélation positive entre les diversités génétique et spécifique est observée. Dans ce but, nous analysons parallèlement les patrons de diversité spécifique des poissons marins tropicaux, avec les patrons de diversité génétique d’un poisson d’Indo-Pacifique (Etelis coruscans), de 20 espèces de poissons de récifs coralliens de l’Océan Indien, et de 15 espèces des Caraïbes. Nous mettons en évidence le rôle central des processus neutres de dispersion dans la structuration des communautés de poissons tropicaux à la fois aux échelles intra- et interspécifiques. Lorsque la limitation à la dispersion est le principal déterminant des patrons de diversité β, nous observons une covariation spatiale positive entre les diversités β génétique et spécifique. Plus particulièrement, nous démontrons que le continuum de diversité β est modulé par plusieurs facteurs, dont la délimitation de la communauté, les capacités de dispersion des espèces, et la structure du paysage marin. Nous fournissons également une preuve de concept de l’utilisation du métabarcoding de l’ADN environnemental pour l’étude unifiée et standardisée des patrons spatiaux de la diversité intra- et interspécifique en milieu marin. En intégrant des données à différentes échelles biologiques, spatiales et taxonomiques chez les poissons tropicaux, cette thèse contribue à une meilleure compréhension des processus éco-évolutifs qui relient les échelles d’organisations biologiques entre elles
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
- …
