1,721,015 research outputs found
Effect of Yucca schidigera Spraying in Different Litter Materials on Some Litter Traits and Breast Burn of Broilers at the Fifth Week of Production
Full text linkOnbasilar, Ebru/0000-0002-1321-0280; kocakaya, afsin/0000-0003-2023-8895; UNAL, NECMETTIN/0000-0001-5250-7063; Torlak, Emrah/0000-0003-4636-7791This study was carried out to determine the effects of different levels of Yucca schidigera spraying in different litter materials on some litter traits (moisture, pH, ammonia, total colony count, number of Enterobacteriaceae and number of yeast and mold) and breast burn of broilers at the 5th week of production. A total of four hundred thirty two 1-d-old male broiler chicks (ROSS-308) were used. In this study 12 chicks were put in each pen having 170x94x90 cm (depth x length x height). Half of the litter was wood shavings, the other was rice hull. Yucca schidigera extract was pulverized weekly at the level of 0, 4% and 8% to each pen from the second week of the study. Litter materials and Yucca schidigera spraying at different level did not affect the examined litter traits and breast burns of broilers (P>0.05) at the 5th week of production.TUBITAK FundTurkiye Bilimsel ve Teknolojik Arastirma Kurumu (TUBITAK) [110O933]This study was supported by TUBITAK Fund (Project No: 110O933
Detection of icaA and icaD genes and biofilm production in Staphylococcus aureus strains isolated from milk products
No full textYüksek Lisans Tezi.YÖK Tez No:518007Staphylococcus aureus gıda zehirlenmeleri başta olmak üzere toplum ve hastane kaynaklı hastalıklarda etken olan önemli bir mikroorganizmadır ve biyofilm yapımı gibi birçok önemli virülans faktörüne sahiptir. Biyofilm bakterilerin çevre koşulları ya da diğer hücrelerden aldıkları sinyaller doğrultusunda hareketli yaşam formlarından yüzeye tutulu durağan yaşam formlarına geçişte hücre dışına salgıladıkları polisakkaritler, proteinler, hava, su, DNA ve çeşitli sinyal moleküllerinden oluşan kompleks bir yapıdır. Bu yapıda yer alan moleküller hücrelerin yüzeye tutunmaları, yaşamlarını sürdürmeleri, hücreler arası iletişimin kurulması, gen aktarımı, fagositoz ve antibiyotik direnci gibi mekanizmaların başlatılması ve düzenlenmesinden sorumludurlar. Biyofilmin yapısında önemli bir parça olan polisakkarit interselüler adezinin (PIA) sentezlenmesini sağlayan enzimler ve yapısal genler ica operonunda kodlanır. İca lokusunun genlerinin (icaADBC) PIA yapımında yer aldığı gösterilmiştir. PIA, bakterilerin yüzey ve hücreler arası tutunmayı sağlayarak çoklu biyofilm tabakası oluşturmasını sağlar. Bakteriyel biyofilm kaynaklı kontaminasyonlar gıda güvenliği açısından büyük risk oluşturmaktadır. Bu çalışmada süt ürünlerinden izole edilen 44 S. aureus suşunda biyofilm oluşturma yeteneği ve bu suşlarda biyofilm üretimiyle doğrudan ilişkili olduğu düşünülen icaA ve icaD genlerinin varlığı araştırılmıştır. Kongo kırmızısı agarda fenotipik ekspresyon analizine göre S. aureus izolatlarının %52'si biyofilm oluşturma yeteneğine sahiptir. Bununla birlikte, izolatların %90'ının spektrofotometrik ölçümlere dayanan kristal viyole testi ile bu fenotipi gösterdiği görülmüştür. İzolatların çoğunluğunun (%98) icaA geni taşıdığı saptanmıştır. Ayrıca icaA ve icaD genleri 42 S. aureus suşunda (%95) tespit edilmiştir. Bu çalışmanın sonuçları S. aureus suşlarının biyofilm oluşturma yeteneklerini incelemek için fenotipik ve genotipik testlerin birlikte kullanılması gerektiğini göstermektedir.Staphylococcus aureus is an important microorganism that causes foodborne illnesses, especially in community and hospital-borne diseases, and constitutes many important virulence factors such as biofilm production. Biofilm is a complex structure composed of polysaccharides, proteins, air, water, DNA, and various signal molecules that bacteria secrete out of the cell in the transition from moving life forms to surface-attached static forms in the direction of the signals from the environment or other cells. Molecules involved in this structure are responsible for the initiation and regulation of mechanisms such as cell adhesion, survival, cell-to-cell communication, gene transfer, phagocytosis and antibiotic resistance. Enzymes and structural genes that enable polysaccharide intercellular adhesin (PIA) synthesis, an important part of the biofilm structure, are encoded in the ica operon. It has been shown that the genes of the ica locus (icaADBC) are involved in PIA construction. PIA allows bacteria to form multiple biofilm layers by providing adherence between surfaces and cells. Contamination from bacterial biofilm poses a great risk for food safety. In this study, the biofilm production ability and the presence of the icaA and icaD genes, which are thought to be directly related to biofilm production, were investigated in 44 S. aureus strains isolated from milk products. According to the analysis of phenotypic expression on congo red agar, 52% of the S. aureus isolates have the ability to produce biofilm. However, 90% of the isolates showed this phenotype with a crystal violet test based on spectrophotometric measurements. Majority (98%) of the isolates were found to carry icaA gene. It was also shown that the icaA and icaD genes were detected in 42 (95%) strains of S. aureus. The results of this study indicate that a combination of phenotypic and genotypic assays is recommended for examining biofilm formation in S. aureus
Identification of Lactobacillus species isolated from sourdough with classical and molecular methods
Full text linkEkşi hamur mayası su ile çavdar unu veya buğday unu karışımının mayalar ve laktik asit bakterileri tarafından fermente edilmesi ile elde edilmektedir. Bu süreç laktik asit fermentasyonu ile proteoliz ve uçucu ve küf gelişimini önleyici maddelerin sentezi ile sonuçlanmaktadır. Ekşi hamur mayası ekmeğin yapısal ve duyusal özelliklerini iyileştirmesinin yanı sıra; ekmeği küf gelişimine bağlı bozulmadan korumaktadır. Ekşi hamur mayasının laktik asit bakteri florasını çoğunlukla Lactobacillus türlerinin hetero ve homofermentatif suşları oluşturmaktadır. Laktobacilus suşlarının karbonhidrat fermentasyon testleri gibi geleneksel fenotipik tanımlama metotları düşük tekrarüretilebilirlik ve düşük taksonomik ayrım yeteneğine sahiptir. Bu nedenle doğru bir tanımlama için biyokimyasal profile dayalı geleneksel tanımlama ile moleküler yöntemler birlikte kullanılmıştır. Bu çalışmada Bursa ilinden temin edilen ekşi hamur mayalarından izole edilen Lactobacillus suşları biyokimyasal ve moleküler identifikasyon teknikleri ile tanımlanmıştır. Polimeraz zincir reaksiyonu ile toplam 68 izolat tür düzeyinde tanımlanabilmiştir. Bununla birlikte bu izolatların 9 tanesi biyokimyasal temelli fenotipik identifikasyon ile tanımlanamamıştır. Her iki teknik ile tanımlanabilen 59 izolat için aynı tanımlama sonucu elde edilmiştir.Sourdough yeast is obtained by the fermentation of a mixture of water and wheat or rye flour by yeasts and lactic acid bacteria. This process ends with lactic acid fermentation, proteolysis and synthesis of volatile compunds and mold growth inhibitors.Sour dough yeast improves the structural and sensory properties of the bread, and also protects the bread from spoilage due to mold formation. The lactic acid bacteria flora of sourdough yeast is mostly hetero- and homofermentative strains of Lactobacillus species Traditional phenotypic identification methods of Lactobacillus strains, such as carbohydrate fermentation tests, have low reproducibility and low taxonomic distinction. For this reason, conventional identification based on biochemical profiles and molecular methods have been used together in order to get accurate identification. In this study, Lactobacillus strains isolated from sourdough obtained from Bursa province were defined by biochemical and molecular identification techniques. A total of 68 isolates were identified at the species level by polymerase chain reaction. However, 9 of these isolates were not identified by biochemical based phenotypic identification. The same identification result was obtained for the 59 isolates identified by both techniques
Comparison of slide agglutination, ELISA and PCR tests for the detection of mycoplasma gallisepticum in poultry
Full text linkYüksek Lisans Tezi.Mycoplasma gallisepticum, kanatlı hayvan yetiştiriciliğinde önemli bir hastalık etkeni olarak tanımlanmaktadır. Tavuklarda kronik solunum yolu hastalığına, hindilerde enfeksiyöz sinüzite sebep olmaktadır. Yüksek mortaliteye sahip olmamasına rağmen diğer hastalıklarla kombine olduğunda büyük maddi hasarlara yol açmaktadır. Bu nedenle, etkenin en kısa zamanda ve en doğru yöntemle tespit edilmesi önemlidir. Bu çalışmada, 300 adet kanatlıya ait svab-doku örnekleri PCR testi, kan serumları ise serolojik testler için kullanılmıştır. Lam aglütinasyon testi ile 148 örnek pozitif, 152 örnek ise negatif olarak değerlendirilmiştir. ELISA testi ile 128 örnekten pozitif, 172 örnekten ise negatif sonuç elde edilmiştir. Svab-doku örneklerinin 180 adedinden M. gallisepticum spesifik DNA izole edilmiştir. Testlerin karşılaştırılmasında kullanılan Kappa metodunda, test sonuçları arasında iyi düzeyin üzerinde bir uyum saptanmamıştır. PCR pozitif örneklerin önemli bir bölümünü, trakeal svabların oluşturduğu tespit edilmiştir. Bu nedenle, hastalığın ileri döneminde yapılan PCR testleri için trakealardan svab alınmıştır. Hastalık belirtileri devam eden 100 kanatlıdan 21 gün sonra tekrar trakeal svab ve serum örnekleri alınmıştır. Bu örnekler ile gerçekleştirilen lam aglütinasyon testinde, 55 örnek pozitif, 45 örnek ise negatif olarak değerlendirilmiştir. ELISA testi ile 55 örnekten pozitif, 45 örnekten ise negatif sonuç elde edilmiştir. Svab-doku örneklerinin 75 adedinden M. gallisepticum spesifik DNA izole edilmiştir. Kappa metodu uygulandığında test sonuçları arasında önemli düzeyde uyum tespit edilmemiştir. Elde edilen sonuçlar M. gallisepticum tespitinde sadece bir metot kullanılmasının yeterli olmadığını ve serolojik test metotları ile elde edilen sonuçların PCR ile doğrulanması gerektiğini ortaya koymuştur. PCR ile elde edilen sonuçlar, PCR testi için trakeal svabların tercih edilmesi gerektiğini göstermiştir.Mycoplasma gallisepticum is defined as an important disease causative agent in poultry farming. It causes chronic respiratory disease in chickens and infectious sinusitis in turkeys. Although it does not have high mortality, when combined with other diseases, it causes great financial damage. For this reason, it is important to identify the agent in the shortest time and with the most accurate method. In this study, swab-tissue and serum samples from 300 poultries were used for the PCR test and serological tests, respectively. According to the slide agglutination test, 100 serum sample was negative and 200 serum samples were evaluated as positive. ELISA test yielded positive results from 128 samples and negative results from 172 samples. M. gallisepticum specific DNA was isolated from 180 of the swab-tissue samples. In the Kappa method used for comparing the tests, there was no good correlation between the test results. It was determined that a significant part of the PCR positive samples consisted of tracheal swabs. Therefore, swabs from the trachea were taken for PCR tests in the progressive stage of the disease. Tracheal swab and serum samples were collected 21 days later from 100 poultries with disease symptoms. In the slide agglutination test performed with these samples, 55 samples were evaluated as positive and 45 samples as negative. With the ELISA test, positive results were obtained from 55 samples and negative results from 45 samples. M. gallisepticum specific DNA was isolated from 75 of the swab-tissue samples. When the Kappa method is applied, there is no significant agreement between the test results. The obtained results revealed that the results obtained with a single test method are questionable in the detection of M. gallisepticum and the results obtained with serological test methods should be confirmed by PCR. Results obtained with PCR showed, that tracheal swabs should be preferred for PCR testing
Detection of icaA, icaD genes and biofilm production by Staphylococcus aureus strains isolated from milk processing facilities
No full textYüksek Lisans TeziStaphylococcus aureus önemli bir gıda kaynaklı patojendir ve çoğunlukla gıda zehirlenmelerinin birincil sebebidir. Zehirlenmeye neden olan gıdaların başında süt ve süt ürünleri gelmektedir. Bu çalışmada süt işletmelerinden alınan çevresel örneklerden izole edilen S. aureus suşlarında interselüler adhezyon genlerinin (icaA ve icaD genleri) varlığı ve biyofilm üretme kapasiteleri araştırılmıştır. Çevresel örneklerden izole edilen toplam 42 S. aureus suşunda icaA ve icaD genlerinin varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) kullanılarak belirlenmiştir. PCR ürünleri agaroz jel elektroforezi ile değerlendirildiğinde, 42 S. aureus suşundan 35'i (%83,3) her iki gen için pozitif, 7 S. aureus suşu (%16,7) ise negatif olarak bulunmuştur. S. aureus suşlarının biyofilm üretme yeteneği konvansiyonel mikrotitrasyon plak yöntemi kullanılarak değerlendirilmiş ve biyofilm üretme yeteneklerine göre güçlü, orta, zayıf ve biyofilm üretmeyen olarak sınıflandırılmıştır. S.aureus suşlarından 39'u güçlü, bir suş orta ve bir suş zayıf biyofilm üreticisi olarak sınıflandırılmıştır. Bir suşun ise biyofilm üretme yeteneğine sahip olmadığı belirlenmiştir. Biyofilm üretme yeteneğine sahip 41 S. aureus suşundan 35'i icaA ve icaD genini bulunduruken 6 suşun bu genleri bulundurmadığı tespit edilmiştir. Bu çalışmanın sonuçları, S. aureus suşlarının biyofilm üretme yeteneği ile icaA ve icaD genleri arasında anlamlı bir ilişki olduğunu göstermiştir.Staphylococcus aureus is an important foodborne pathogen and is mostly primary cause of food poisoning. It is found in milk and dairy products of the foods that cause poisoning. In this study, biofilm production capacity and the presence of intercellular adhesin genes (icaA and icaD genes) in S. aureus strains that isolated from environmental samples taken from milk processing facilities were investigated. The presence of icaA and icaD genes in a total of 42 S. aureus strains that isolated from environmental samples were determined by polymerase chain reaction (PCR). When the PCR products were evaluated by agarose gel electrophoresis, 35 (83,3%) out of 42 S. aureus strains were both positive for icaA and icaD genes, 7 (16,7%) of S. aureus strains were both negative for icaA and icaD genes. Biofilm production ability of S. aureus strains were evaluated by conventional microtiter plate method and according to their biofilm production ability, S. aureus strains were classified as strong, moderate, weak and no ability to produce. Of the 39 out of 42 S. aureus strains were classified as strong biofilm producers, one strain was classified as moderate biofilm producer and one strain was classified as weak biofilm producer. It was found that the one S. aureus strain has no ability to produce biofilm. While 35 out of 41 S. aureus that have biofilm production ability were both positive icaA and icaD genes, 6 of S. aureus strains were both negative. The results of current study showed that there was a significant relationship between icaA, icaD genes and biofilm production ability of S. aureus strains
Molecular differentiation of vaccine and field strains of Peste des Petits Ruminants virus
Full text linkKoyun ve Keçi Vebası (Peste des Petits Ruminants; PPR) genellikle yüksek ateş, depresyon, göz-burun lezyonları, nekroze-eroziv stomatit, enterit, solunum sistemi semptomları, pis kokulu ishal ve ölüm ile karakterize; yüksek morbidite ve mortalite ile seyreden bulaşıcı bir viral hastalıktır. İlk olarak 1942 yılında Fildişi Sahilleri'nde tanımlanmış ve daha sonraki yıllarda Afrika'nın doğusu, Arap Yarımadası, Orta Doğu ve Güney Doğu Asya'da bildirilmiştir. Hastalık Türkiye'de, ilk kez resmi olarak Eylül 1999'da rapor edilmiştir. PPR virusu (PPRV), Paramyxoviridae ailesinin Morbillivirus genusunda yer alır. Tek bir serotipi bulunan virusun; füzyon (F) ve nükleokapsid (N) gen sekanslarının referans alındığı filogenetik analizlerinde dört genetik hatta ayrıldığı görülmektedir. Türkiye'nin farklı bölgelerinden izole edilen PPRV suşlarıyla yapılan çalışmalarda, bu suşların IV. genetik hatta yer aldığı tespit edilmiştir. Ülkemizde hastalıkla mücadele kapsamında 2010 yılından beri aşılama kampanyaları yapılmaktadır. Kullanılan aşı suşu (Nigeria75/1) genetik hat I'de yer almaktadır. PPRV'nin laboratuvar teşhisinde etkin ve hızlı sonuçların elde edildiği Ters Transkriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyon - RT-PZR (Reverse transcriptase polymerase chain reaction) modifikasyonları rutin tanıda diğer teşhis metotlarının yerini almıştır. PZR ürünleri ve denatürasyonlarının incelenmesi; hassas ve özgün sonuçlar verebilen floresan sistemler, teknolojik yenilikler ve moleküler çalışmalar sayesinde gelişim sürecine devam etmektedir. Yüksek kapasiteli, güvenilir ve hızlı bir yöntem olan Yüksek Çözünürlüklü Erime Analizi (High Resolution Melting – HRM), gerçek zamanlı PZR ile kombine uygulanabilen bir yöntemdir. HRM analizleri ile mutasyon taraması ve genotiplendirme başta olmak üzere moleküler düzeyde birçok çalışma yapılmaktadır. Bu çalışmada, PPRV'nin doğal enfektif saha suşları ile aşı suşunun F gen bazlı moleküler ayrımına yönelik gerçek zamanlı RT-PZR ile kombine HRM analizi geliştirilmiştir. Bu sayede PPRV'nin laboratuvar teşhisinde yeni bir yaklaşımla hastalığın kontrol ve eradikasyonuna katkı sağlanması hedeflenmiştir.Peste des Petits Ruminants (PPR) usually is a contagious viral disease characterized by high fever, depression, eye and nasal lesions, necrotic erosive stomatitis, enteritis, pneumonia, malodorous diarrhea and death, with high morbidity and mortality. PPR was first described in the Ivory Coast in 1942 and later reported in the east of Africa, the Arabian Peninsula, the Middle East and South East Asia. PPR, first time in Turkey has been officially reported in September 1999. PPR virus (PPRV) has been classified within the genus Morbillivirus in the family Paramyxoviridae. While PPRV has only one serotype, the phylogenetic analysis of the virus with based on the fusion (F) and nucleocapsid (N) genes sequences indicates that the virus has four distinct genetic lineages. Studies with virus strains isolated from different regions of Turkey indicates that these strains represented lineage IV on PPRV. Vaccination has been carried out against the PPR disease where in Turkey since 2010. And we know this vaccine strain is represented lineage I (Nigeria75/1) on PPRV. RT-PCR modifications that provides effective and rapid results in laboratory diagnosis for PPRV, are used more frequently than other diagnostic methods in routine diagnosis. The investigation of the denaturation of PCR products continues to develop thanks to fluorescent systems that provide sensitive and specific results, and technological innovations, and molecular studies. The High Resolution Melting (HRM) analysis performed in combination by real-time PCR is a method which rapid, reliable and high capacity. A lot of investigation can be done with by using HRM analysis at the molecular studies. Especially in mutation screening and in genotyping. In this study, we have developed real-time RT-PCR combination with HRM analysis, which detection F gene based molecular difference of vaccine and natural infective field strains of PPRV. And we have aimed to contribute to the control and eradication of the disease with a new approach in PPRV's laboratory diagnosis
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Alternative calculation of measurement uncertainty with global approach in food microbiology
No full textCalculation of measurement uncertainty is a requirement for all laboratories accredited to ISO/IEC 17025 including those carrying out microbiological analyses. Today, calculation of measurement uncertainty in microbiological analyses using precision data according to global approach principles is widely recognized by the microbiologists due to difficulties in quantification of individual uncertainty sources. In food microbiology, precision data obtained from different samples usually show over-dispersion, and the use of over-dispersed data may result in large variance. The current ISO standard on measurement uncertainty in food microbiology proposes the use of log-transformed precision data to overcome this problem. This paper proposes an alternative procedure to calculate the measurement uncertainty in food microbiology using non-logarithmic precision data. The calculations used in this procedure based on relative range of duplicate analyses can be applied to intra-laboratory reproducibility data obtained from microbiological analyses of which duplicate results show relatively low variation
Inactivation of Alicyclobacillus acidoterrestris spores in aqueous suspension and on apples by neutral electrolyzed water
No full textAlicyclobacillus acidoterrestris can be difficult to control in fruit juices as their spores survive juice pasteurization temperatures and may subsequently germinate and grow. Contaminated fruits can be regarded as a major source of spoilage caused by A. acidoterrestris in fruit juices. The objective of this study was to evaluate the efficacy of neutral electrolyzed water (NEW) in reducing the number of A. acidoterrestris spores in aqueous suspension and on surface-inoculated apples. Its effectiveness was compared with that of sodium hypochlorite (SH) solutions at free chlorine concentrations of 50 and 200 mg/L. Viable spore counts in test suspensions were significantly (P 0.05) reduce the number of viable spore during the same exposure period. More than 5 log reduction in spore counts was achieved by NEW solution containing 200 mg/L free chlorine after 5 mm of exposure. Exposure to NEW solutions for 3 min yielded more than 4 log reductions in the number of viable spores on apple surfaces. At the same concentrations of free chlorine, NEW was three to more than ten-fold effective than SH in reducing viability of A. acidoterrestris spores in aqueous suspension and on apple surfaces. This finding suggests that NEW can be considered as an effective disinfectant for the control of A. acidoterrestris on fruits. (C) 2014 Elsevier B.V. All rights reserved
- …
