1,720,968 research outputs found
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
SIIRTOHINNAN MÄÄRITTÄMINEN SISÄISEN LASKENTATOIMEN MENETELMIN
Get PDFKonsernirakenteella ja – strategialla ja sopimuspolitiikan puitteissa noudatettavilla sisäisillä veloituksilla, ja sillä, minkä tuotantotyypin, roolin ja aseman konserni arvoketjussa yrityksilleen on antanut, on verotuksessa suuri merkitys ja vaikutus, sillä ne käytännössä määrittävät kustannus – ja veropohjan ja verotusvaltion. Konsernin sisäisillä veloituskäytännöillä, verotuksen termein siirtohinnoilla, on pystytty ohjaamaan rajat ylittävien liiketoimien verotettavaa tuloa alemman verotuksen maihin ja vähentämään verorasitusta.
Konsernien noudattamien etuyhteysliiketoimien sisäisten veloitusten verotuksessa hyväksyttävän tason määrittämiseen ja kohdistamiseen eri valtioihin on olemassa mittava määrä kansallista ja kansainvälistä lainsäädäntöä, ohjeistusta ja sopimuksia. Tätä aihetta käsittelen tutkimuksen alkuosassa. Tutkimuksen jälkimmäinen osa käsittelee sisäistä laskentatoimea, sen suhdetta verotukseen ja kansallisiin säädöksiin, konsernirakennetta, tuotannon ja hankintatoimen roolia ja asemaa konsernissa sekä sisäiseen laskentatoimeen perustuvan siirtohinnoittelumenetelmän erityispiirteitä ja mahdollisuuksia kustannuspohjan määrittämisessä ja soveltamisen vaikutuksia verotuksessa. Sisäisen laskentatoimen tuottaman tiedon hyödyntämistä sisäisten veloitusten määrittämisessä on havainnollistettu käyttäen esimerkkinä konsernin vähäriskistä tai asteittain enemmän riskiä kantavaa tuotantoa.
Esitin tutkimuskysymyksinäni a) voidaanko sisäisen laskentatoimen avulla määritettyä sisäistä veloitusta käyttää verotuksessa hyväksyttynä siirtohintana, ja siten konsernin valitseman siirtohinnoittelumenetelmän soveltaminen? ja b) mitkä ovat ne edut, jotka sisäiseen laskentatoimeen perustuvalla siirtohinnoittelumenetelmällä saavutetaan?
Sisäiseen laskentatoimeen perustuvalle etuyhteysliiketoimien hinnoittelulle ei ole estettä, ja konserni voi, konsernistrategiansa ja sopimuspolitiikkansa mukaisesti, määrittää tuotannolle kohdistettavan kustannuspohjan. Konsernin vakinaisiin toimintoihin lukeutuva sisäinen laskentatoimi, ja sen avulla määritetty sisäinen veloitus, on konsernissa yleisesti tiedostettu ja hyväksytty ja huomioi konsernin liiketoimien erityispiirteet eikä aiheuta siirtohinnoittelussakin hyödynnettynä tavanomaisuudesta poikkeavia toimenpiteitä.
AVAINSANAT: Siirtohinta, sisäinen veloitus, sisäinen laskentatoimi, etuyhteysliiketoimen hinnoittel
Monomeeristen ja dimeeristen säätelytekijöiden sitoutumispaikkojen mallinnus ja oppiminen
Get PDFIn this thesis we aim to learn models that can describe the sites in DNA that a transcription factor (TF) prefers to bind to. We concentrate on probabilistic models that give each DNA sequence, of fixed length, a probability of binding. The probability models used are inhomogeneous 0th and 1st order Markov chains, which are called in our terminology Position-specific Probability Matrix (PPM) and Adjacent Dinucleotide Model (ADM), respectively. We consider both the case where a single TF binds in isolation to DNA, and the case where two TFs bind to proximal locations in DNA, possibly having interactions between the two factors. We use two algorithmic approaches to this learning task.
Both approaches utilize data, which is assumed to have enriched number of binding sites of the TF(s) under investigation. Then the binding sites in the data need to be located and used to learn the parameters of the binding model. Both methods also assume that the length of the binding sites is known beforehand.
We first introduce a combinatorial approach where we count l-mers that are either binding sites, background noise, or belong partly to both of these categories. The most common l-mer in the data and its Hamming neighbours are declared as binding sites. Then an algorithm to align these binding sites in an unbiased manner is introduced. To avoid false binding sites, the fraction of signal in the data is estimated and used to subtract the counts that rise from the background.
The second approach has the following additional benefits. The division into signal and background is done in a rigorous manner using a maximum likelihood method, thus avoiding the problems due to the ad hoc nature of the first approach. Secondly, use of a mixture model allows learning multiple models simultaneously. Then, subsequently, this mixture model is extended to include dimeric models as combinations of two binding models. We call this reduction of dimers as monomers modularity. This allows investigating the preference of each distance, even the negative distance in the overlapping case, and relative orientation between these two models. The most likely mixture model that explains the data is optimized using an EM algorithm. Since all the submodels belong to the same mixture model, their relative popularity can be directly compared. The mixture model gives an intuitive and unified view of the different binding modes of a single TF or a pair of TFs.
Implementations of all introduced algorithms, SeedHam and MODER for learning PPM models and MODER2 for learning ADM models, are freely available from GitHub. In validation experiments ADM models were observed to be slightly but consistently better than PPM models in explaining binding-site data. In addition, learning modularic mixture models confirmed many previously detected dimeric structures and gave new biological insights about different binding modes and their compact representations.Jokaisen elämänmuodon toiminta ja lisääntyminen perustuu informaatioon, joka on talletettu soluissa olevaan DNA:han. DNA:n sisältämien geenien informaatio kopioidaan RNA:ksi, jota käytetään valmistusohjeena proteiineille, jotka ovat solujen ja niiden koneistojen rakennusaineita. Jokainen ihmisen solu, sukusoluja lukuunottamatta, sisältää saman DNA:n. Erityyppiset solut ovat täysin erinäköisiä ja toimivat eri tavalla kuin toiset solut. Esimerkiksi maksasolu on erimuotoinen ja -kokoinen kuin hermosolu. Tämä selittyy sillä, että eri solutyypeissä ovat aktiivisina osittain eri geenit kuin toisissa solutyypeissä. Ainoastaan aktiivisista geeneistä tuotetaan proteiineja. Eräs tapa vaikuttaa geenien aktiivisuuteen on säädellä geenien sisällön kopioimista RNA:ksi. Tietyt proteiinit, niin sanotut säätelytekijät, voivat vaikuttaa tähän kopioimiseen sitoutumalla geeniin liittyvään säätelyalueeseen. Täten on geenien säätelyn ymmärtämiseksi tärkeä pystyä selittämään säätelytekijöiden sitoutuminen DNA:han, ja näin myös löytää DNA:sta geenien säätelyyn liittyvät alueet.
Tässä väitöskirjassa pyritään oppimaan malleja, joilla voidaan kuvata DNA:n alueita, joihin geenien säätelytekijät sitoutuvat, ja arvioida tämän sitoutumisen voimakkuutta. Työssä keskitytään todennäköisyysmalleihin, jotka antavat jokaiselle kiinteän pituiselle DNA-sekvenssille sitoutumistodennäköisyyden. Käytetyt todennäköisyysmallit ovat epähomogeenisia nollannen tai ensimmäisen asteen Markov-ketjuja, joita tässä työssä kutsutaan vastaavasti positioriippuviksi todennäköisyysmatriiseiksi (PPM) tai vierekkäisten dinukleotidien malliksi (ADM). Työssä tutkitaan sekä monomeerista tapausta, jossa yksi säätelytekijä sitoutuu DNA:han vailla muita tekijöitä, että dimeeristä tapausta, jossa kaksi säätelytekijää sitoutuvat lähekkäisiin alueisiin. Jälkimmäisessä tapauksessa kaksi säätelytekijää voivat olla vuorovaikutuksessa keskenään.
Tässä tutkimuksessa käytetään kahta eri algoritmista lähestymistapaa sitoutumismallien oppimiseen: kombinatorista ja todennäköisyyksiin pohjautuvaa menetelmää. Kummatkin lähestymistavat käyttävät dataa, jonka oletetaan sisältävän runsaasti tutkittavan säätelytekijän sitoutumispaikkoja. Nämä sitoutumispaikat tulee paikantaa ja käyttää sitoutumismallin parametrien oppimiseen.
Työssä esiteltyjen algoritmien (SeedHam, MODER ja MODER2) toteutukset ovat vapaasti saatavilla GitHub-palvelimelta. Menetelmien validoinnissa havaittiin, että niiden tuottamat mallit sekä vahvistivat aiempia biologisia tuloksia että antoivat uusia biologisia näkökulmia sitoutumismalleihin ja niiden tiiviisiin esityksiin.ei saavutettav
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
Author-wise bibliometric analysis based on entropy.
No full textAuthor-wise bibliometric analysis based on entropy.</p
- …
