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Función de la oncoproteína GOLPH3 en la interfase aparato de Golgi-mitocondria
Full text linkDoctor en Biología Celular y BiomedicinaDentro de la célula existen diversas formas de comunicación, dentro de las cuales se encuentran el tráfico vesicular o a través de sitios de contactos entre el mismo organelo o con otro organelo diferente. Para que ocurran estos tipos de comunicación se necesita de la participación de diversos actores moleculares, como son las proteínas. Una de las comunicaciones menos conocidas es la del aparato de Golgi (AG) con las mitocondrias. Existen diversos estudios que muestran que existe una comunicación funcional entre estos dos organelos, en donde se ha observado, por ejemplo, que vesículas que contienen fosfatidilinositol 4-fostato (PI4P) participan en la última etapa de la fisión mitocondrial, colocalizando con la proteína DRP1, la cual es clave para generar la constricción y dividir a las mitocondrias. Otro estudio mostró una yuxtaposición del AG con las mitocondrias en células que fueron sometidas a altas concentraciones de calcio. Sin embargo, hasta la fecha se desconocen los actores moleculares que podrían estar mediando esta comunicación. En esta tesis se propone a GOLPH3 como un candidato clave para la comunicación AG-mitocondria. GOLPH3/MIDAS/GPP34 es una proteína del AG que también se localiza en el citosol. Evidencia experimental sugiere que GOLPH3 se asocia con la cara trans del AG a través de la interacción con PI4P.
Diferentes estudios muestran que los niveles de GOLPH3 están aumentados en diferentes tipos de tumores, incluido el de mama. Hasta la fecha, se desconoce la función específica que cumple GOLPH3. Sin embargo, un estudio del año 2005 sugirió un efecto de GOLPH3 sobre la masa mitocondrial a través de la síntesis de lípidos, específicamente cardiolipina, un lípido específico de la mitocondria. Se desconoce cómo GOLPH3 podría desempeñar un papel en las mitocondrias, y si para ello GOLPH3 debe estar localizado en el AG o en el citosol. Los estudios de nuestro laboratorio respaldan la hipótesis de que GOLPH3 podría modular la función y morfología mitocondrial. Específicamente, se observó que células de cáncer de mama depletadas de GOLPH3 (MDA-GOLPH3-KO) presentan una disminución en el contenido y producción de adenosín trifosfato (ATP), un aumento de especies reactivas de oxígeno (ROS) y un aumento en los niveles de PGC1-α, posiblemente como un mecanismo compensatorio sobre la disfunción mitocondrial. Todo esto acompañado de mitocondrias fragmentadas y un aumento en los niveles de PINK1.
Sin embargo, se desconoce cómo GOLPH3 podría estar mediando todos estos procesos en la mitocondria. Como existe evidencia experimental que vesículas que contienen PI4P provenientes del AG participan en el último paso de la fisión mitocondrial, y cómo GOLPH3 interactúa con PI4P, se estudió si GOLPH3 también pudiese estar participando en este proceso. Sorprendentemente, nuestros análisis de live cell imaging mostraron que GOLPH3 se localiza en los sitios de fisión mitocondrial después de la llegada de DRP1, posiblemente participando en este proceso. Además, se desconoce qué pool de GOLPH3 sería responsable del fenotipo mitocondrial observado. En base a esto, se estudió el efecto de la localización de GOLPH3 en la función mitocondrial. Para alterar la localización de GOLPH3 en el AG, se usó una forma mutada de GOLPH3 (GOLPH3-R90L) que con un cambio aminoacídico altera su interacción con PI4P en el AG, localizando a GOLPH3 solamente en el citosol. Sorprendentemente, las células MDA-GOLPH3-KO transfectadas con esta versión mostraron una distribución de las mitocondrias en la zona perinuclear, un fenotipo mitocondrial diferente al observado en las células MDA-WT y MDA-GOLPH3-KO, y una disminución del contenido de ATP. En resumen, los datos mostrados indican que tanto la ausencia de GOLPH3 como la no asociación de esta proteína con el AG generan un efecto negativo en la función y la red mitocondrial. Este estudio es de gran interés, ya que GOLPH3 podría tener un papel en la comunicación AG-mitocondria
Cambios en el control transcripcional y en la actividad proteolítica de Lonp1 en el envejecimiento : Contribución a la disfunción mitocondrial en el hipocampo por la acumulación de Tau PHF-1
Full text linkDoctor en Biología Celular y BiomedicinaEl envejecimiento se caracteriza por el deterioro de las funciones cerebrales, y en el hipocampo esto se asocia con la pérdida de memoria a avanzada edad. Dentro de los mecanismos que subyacen al deterioro cognitivo se encuentran los cambios epigenéticos, la disfunción mitocondrial y la acumulación de proteínas anómalas. La mitocondria posee proteasas de la superfamilia AAA+ como Lonp1, una serina peptidasa que mantiene el proteoma mitocondrial. Lonp1 es codificada por el gen nuclear Lonp1 y este gen experimenta cambios de metilación en condiciones patológicas y ambientales, sugiriendo que el gen de Lonp1 es regulado epigenéticamente, aunque no se conoce qué lector epigenético podría regular su expresión. Mecp2 es el lector epigenético más expresado en cerebro y que regula la expresión de genes nucleares que codifican para proteínas mitocondriales. Se ha propuesto a la mitocondria como una ruta complementaria a la degradación de proteínas citoplasmáticas, sustratos del proteasoma, donde Lonp1 es clave. Lonp1 degrada proteínas citoplasmática como βcatenina y TDP-43, sugiriendo que otras proteínas anómalas son degradadas por Lonp1, como la proteína Tau fosforilada. Tau regula la dinámica de los microtúbulos mediante su estado de fosforilación. Sin embargo, cuando Tau se fosforila en residuos específicos incluyendo la Serina 396 y Serina 404 (epítope Tau PHF-1) esta se disocia de los microtúbulos, se acumula en el citoplasma y eventualmente forma agregados en un grupo de patologías conocidas como taupatías. Interesantemente, la sobreexpresión de una forma pseudofosforilada de Tau PHF-1 induce disfunción mitocondrial in vitro. Por el contrario, la deleción de Tau mejora la función mitocondrial y las capacidades cognitivas en animales envejecidos. Tau se degrada principalmente por el proteasoma, y reportes de nuestro laboratorio muestran que Tau PHF-1 se acumula en las mitocondrias del hipocampo de ratones envejecidos y se correlaciona con disfunción mitocondrial; lo que sugiere a Tau PHF-1 como un candidato de degradación mitocondrial mediada por Lonp1, que podría acumularse debido a deficiencias en la actividad de esta proteasa, induciendo la disfunción mitocondrial. En base a estos antecedentes, propusimos la siguiente hipótesis: Cambios en el control transcripcional de Lonp1 mediados por Mecp2 y en la actividad de esta proteasa en el hipocampo de ratones SAMP8 envejecidos contribuyen a la disfunción mitocondrial inducida por la acumulación de Tau PHF-1 en 8 este organelo . Para probar esta hipótesis propusimos dos objetivos específicos: 1) Evaluar cambios en el control transcripcional de Lonp1 mediados por Mecp2 y en su actividad proteolítica en el hipocampo de ratones SAMR1 y SAMP8 adultos y envejecidos; y 2) Determinar la disminución de la actividad proteolítica de Lonp1 aumenta los niveles de Tau PHF-1 en la mitocondria, causando la disfunción mitocondrial en el hipocampo de ratones SAM no envejecidos. Para responder a estos objetivos, realizamos predicciones bioinformáticas de islas CpG y corroboramos los cambios de metilación del gen Lonp1 por MSP-PCR; evaluamos la unión de Mecp2 al promotor de Lonp1 por ChIP-Mecp2, medimos los niveles proteicos y de fosforilación de Mecp2 (lo que regulan su unión/disociación a los promotores de sus genes blanco); determinamos los niveles de ARNm de Lonp1 por RT-qPCR y la actividad proteolítica de Lonp1 por el kit FITC-Caseína. Además, evaluamos los niveles de Tau PHF-1 por Western blot; realizamos tratamientos ex-vivo inhibiendo la actividad proteolítica de Lonp1 para determinar si esto promueve la acumulación de Tau PHF-1, y si esta acumulación induce disfunción mitocondrial; finalmente realizamos ensayos de degradación in vitro para evaluar si Tau PHF-1 es sustrato de Lonp1. Los resultados indican que aumenta la metilación del promotor de Lonp1 en el envejecimiento, que Lonp1 es gen blanco de Mecp2, y que en el envejecimiento hay menor unión de Mecp2 al promotor de Lonp1, posiblemente como consecuencia de los reducidos niveles de Mecp2 y de su fosforilación en Serina 80, lo que reduciría la unión de Mecp2 a sus genes blanco. Por otra parte, los niveles de mRNA de Lonp1 aumentan en el hipocampo envejecido, sugiriendo que Mecp2 podría actuar como un represor transcripcional de Lonp1; pero, sorpresivamente, los niveles proteicos de Lonp1 se reducen, de igual manera que su actividad proteolítica, por lo que a pesar de la regulación transcripcional inducida por Mecp2, probablemente existen otros mecanismos post-traduccionales y de degradación, aun desconocidos, que controlan la expresión proteica de Lonp1 y su actividad degradativa en el envejecimiento. Finalmente, la inhibición de Lonp1 promueve la acumulación de Tau PHF-1, ya que Tau PHF-1 es sustrato de Lonp1, y la acumulación de Tau PHF-1 induce disfunción mitocondrial. Así, concluimos que Mecp2 regula transcripcionalmente a Lonp1, que la pérdida de función de Lonp1 induce la acumulación de Tau PHF-1 y consecuentemente esto induce disfunción mitocondrial en el hipocampo de ratones SAMP8 envejecidos.Aging is characterized by deterioration of brain functions, and in the hippocampus, this is associated with memory loss in older age. The mechanisms underlying cognitive decline include epigenetic changes, mitochondrial dysfunction, and the accumulation of abnormal proteins. Mitochondria possess AAA+ superfamily proteases such as Lonp1, a serine peptidase that maintains the mitochondrial proteome. Lonp1 is encoded by the nuclear gene Lonp1, and this gene undergoes methylation changes under pathological and environmental conditions, suggesting that the Lonp1 gene is epigenetically regulated, although it is not known which epigenetic reader might regulate its expression. Mecp2 is the most expressed epigenetic reader in the brain and regulates the expression of nuclear genes encoding mitochondrial proteins. Mitochondria have been proposed as a complementary pathway for the degradation of cytoplasmic proteins, substrates of the proteasome, where Lonp1 is key. Lonp1 degrades cytoplasmic proteins such as β-catenin and TDP-43, suggesting that other abnormal proteins are degraded by Lonp1, such as phosphorylated Tau protein. Tau regulates microtubule dynamics through its phosphorylation state. However, when Tau is phosphorylated at specific residues, including at Serine 396 and Serine 404 (Tau epitope PHF-1), it dissociates from microtubules, accumulates in the cytoplasm, and eventually forms aggregates in a group of pathologies known as tauopathies. Interestingly, overexpression of a pseudophosphorylated form of Tau PHF-1 induces mitochondrial dysfunction in vitro. In contrast, Tau deletion improves mitochondrial function and cognitive abilities in aged animals. The proteasome mainly degrades Tau and reports from our laboratory show that Tau PHF-1 accumulates in hippocampal mitochondria of aged mice and that this correlates with mitochondrial dysfunction, suggesting Tau PHF-1 as a candidate for Lonp1-mediated mitochondrial degradation, which could accumulate due to deficiencies in the activity of this protease, ultimately inducing mitochondrial dysfunction. Based on this information, we proposed the following hypothesis: Changes in the transcriptional control of Lonp1 mediated by Mecp2 and in the activity of this protease in the hippocampus of aged SAMP8 mice contribute to mitochondrial dysfunction induced by the accumulation of Tau PHF-1 in this 10 organelle . To test this hypothesis we proposed two specific objectives: 1) To evaluate changes in the transcriptional control of Lonp1 mediated by Mecp2 and its proteolytic activity in the hippocampus of adult and aged SAMR1 and SAMP8 mice; and 2) To determine whether decreased Lonp1 proteolytic activity increases Tau PHF-1 levels in mitochondria, causing mitochondrial dysfunction in the hippocampus of non-aged SAM mice. To address these objectives, we performed bioinformatic predictions of CpG islands and corroborated Lonp1 gene methylation changes by MSP-PCR; we assessed the binding of Mecp2 to the Lonp1 gene promoter by ChIPMecp2, measured the protein and phosphorylation levels of Mecp2 (which regulate its binding/dissociation to the promoters of its target genes); determined Lonp1 mRNA levels by RT-qPCR and Lonp1 proteolytic activity by the FITC-Casein kit. In addition, we assessed Tau PHF-1 levels by Western blot; we performed ex-vivo treatments inhibiting Lonp1 proteolytic activity to determine whether this promotes Tau PHF-1 accumulation and whether this accumulation induces mitochondrial dysfunction; finally, we performed in vitro degradation assays to assess whether Tau PHF-1 is a substrate of Lonp1. The results indicate that Lonp1 promoter methylation increases in aging, that Lonp1 is a target gene of Mecp2, and that in aging there is less binding of Mecp2 to the Lonp1 promoter, possibly as a consequence of the reduced levels of Mecp2 and its phosphorylation at Serine 80, which would reduce the binding of Mecp2 to its target genes. On the other hand, Lonp1 mRNA levels are increased in the aged hippocampus, suggesting that Mecp2 may act as a transcriptional repressor of Lonp1; but, surprisingly, Lonp1 protein levels are reduced, as is its proteolytic activity, so that despite Mecp2-induced transcriptional regulation, there are probably other, as yet unknown, post-translational and degradation mechanisms that control Lonp1 protein expression and its degradative activity in aging. Finally, Lonp1 inhibition promotes Tau PHF-1 accumulation since Tau PHF-1 is a substrate of Lonp1, and Tau PHF-1 accumulation induces mitochondrial dysfunction. Thus, we conclude that Mecp2 transcriptionally regulates Lonp1, that loss of Lonp1 function induces Tau PHF-1 accumulation, and consequently, this induces mitochondrial dysfunction in the hippocampus of aged SAMP8 mice
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
Author-wise bibliometric analysis based on entropy.
No full textAuthor-wise bibliometric analysis based on entropy.</p
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