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Genotyping measures and population genetic indices for assesing reproductive modes of polyploid Ludwigia grandiflora subsp. hexapetala in western Europe
No full text<p>Raw data used to assess reproductive modes in 53 sampled populations in western Europe (France and northern Spain).</p><p><i>Ludwigia grandiflora </i>subsp.<i> hexapetala</i> (<i>Lgh</i>) is a hermaphrodite, polyploid, partially clonal and heteromorphic plant that recently colonized multiple countries worldwide. Individuals in this species are either self-incompatible caused by a late-acting self-incompatible (LSI) system developing long-styled flowers, or self-compatible (SC) developing short-styled flowers. We used a SNP approach allowing confident allele dosage to genotype 53 LSI and SC populations of <i>Lgh</i> in France and northern Spain. We measured their genetic diversity and assessed their reproductive modes using methods adapted to autopolyploid species. </p>
Stochastic models help understanding the evolution of partially clonal species and inferring rate of clonality from genetic diversity
No full textInternational audienc
Impact de la propagation asexuée et du système d'auto-incompatibilité gamétophytique sur la structuration et l'évolution de la diversité génétique d'une essence forestière entomophile et disséminée, Prunus avium L.
No full textLes systèmes de reproduction jouent un rôle fondamental dans la structuration spatio-temporelle de la diversité génétique des espèces. Cette thèse, portant sur l'étude de trois populations de merisiers, a pour but de mieux comprendre les implications évolutives d'un système de reproduction mixte chez les plantes combinant à la fois une propagation asexuée et une reproduction sexuée contrôlée par un système d'auto-incompatibilité gamétophytique (GSI).Nous avons étudié les influences de la propagation asexuée et du GSI sur (1) la structuration diversité génétique intra et inter populations et sur (2) l'efficacité de sa transmission d'une génération à l'autre.Confrontant des modèles et concepts théoriques aux réalités biologiques, nos résultats démontrent à la fois un effet de l'asexualité et du GSI sur l'évolution de la diversité génétique de notre espèce. Ces effets sont plus complexes voire contraires à ce que prédisent les modèles ou les concepts actuellement admis
The dynamics of genetic diversity in partially clonal populations
No full texthttps://www.theaga.org/agatwentynineteen.htmInternational audienceMost clonal Eukaryote species develop sexual events cyclically or concomitantly over time and space, and are therefore partially clonal. The relative importance of clonality versus sexuality is thus a key feature of their reproductive system, expected to impact their evolution. Understanding the specificities of partial clonality on the dynamics of genetic diversity would enable rationalization of many biological applications and population managements. It would also allow identifying the discernible signal of partial clonality on genomes, enabling inferences of clonal rates from genotypings and identifying gene-specific history. We developed a Wright-Fisher-like population genetics model that explicitly accounts for partial clonality. Analysing its exact mathematical form as Markov chain and its Îto-like approximation for large populations as stochastic differential equations allowed predicting the specific impacts of partial clonality from low rates on genetic diversity, computing the times to reach stationary distributions (i.e., equilibrium) and delimit domains where partial clonality contributes driving genetic diversity. Our results show that partial clonality impacts genetic diversity and its dynamics from low rates, and should be considered as specific reproductive system, with deep consequences for population evolution and ecology. We identified the discernible signals that can be exploited for inferring rates of clonality using low-cost population genotypings, democratizing the systematic search for some clonal reproductions in populations and species. We will discuss those results in the light of the increasing number of acquired datasets on species long and newly known to be partially clonal
Effets des modes de reproduction sur la diversité génétique et implications pour les stratégies de conservation.
No full textJeudi 25 Avril 2019 Session 4 : Interactions cellules somatiques/ cellules germinales ; Modérateurs : Eric Pailhoux, 09h00-09h30 : Marie-Christine Chaboissier (IBV, Univ. de Nice-Sophia Antipolis) Nouveaux facteurs impliqués dans la différenciation sexuelle de la gonade 09h30-10h00 : Norbert Ghyselinck (IGBMC, Univ. de Strasbourg) Méiose et acide rétinoïque : une affaire non classée 10h00- 10h30 : Gabriel Livera (UMR LGD, Fontenay aux Roses) Dynamique transcriptionelle et entrée en méiose Session 5 : Biomathématiques, Bioinformatique, Biophysique ; Modérateurs : Frédérique Clément, Romain Yvinec 11h00-11h30 : Éric Reiter (UMR PRC, INRA, CNRS, Univ. de Tours) Approches bioinformatiques et biomathématiques pour explorer le fonctionnement des récepteurs couplés aux protéines G. 11h30-12h00 : Solenn Stoeckel (Institute for Genetics, Environment and Plant Protection, INRA Université de Rennes 1, AgroCampus Rennes) Modélisation en génétique des populations : effets des modes de reproduction sur la diversité génétique et implications pour les stratégies de conservation. 12h00-12h30 : Prix junior 2018 : Julie Cocquet (Institut Cochin) Chromosomes sexuels et régulation (épi)génétique au cours de la spermiogenèse "National audience"Que nul n'entre s'il n'est géomètre" : cet exposé illustre comment une formalisation mathématique nourrie d’un dialogue avec les données et les savoirs naturalistes nous a permis des avancées significatives sur la compréhension des trajectoires évolutives des populations partiellement clonales. Les méta-analyses de données de diversité génétique désignent les systèmes de reproduction comme les facteurs les plus influents de l’évolution de la diversité génomique des espèces eucaryotes. En effet, ils conditionnent la transition de la diversité génétique des individus et des populations dans le temps. De nombreux Eucaryotes se reproduisent par clonalité partielle. Ce mode de reproduction implique qu’à l’échelle d’une population, certains descendants sont produits par voie sexuée pendant que d’autres sont formés par voie clonale. C’est notamment le cas de la majorité des espèces structurant les écosystèmes et de celles importantes pour les activités humaines. Pourtant, ce système de reproduction n’a été pris en compte explicitement que récemment dans un modèle formel de génétique des populations. Les modèles développés précédemment considéraient soit des populations purement sexuées, soit des populations purement clonales. Les attendus des effets évolutifs de la clonalité partielle étaient alors imaginés comme une proportion des attendus de chacun de ces deux modèles. Dans un aller-retour d’identifications d’anomalies typiquement kuhniennes entre données et développement algorithmique et mathématiques, je tenterai de montrer comment l’adaptation d’un modèle de Wright-Fisher dans les espaces génotypiques, intégrant les mécanismes génétiques de la clonalité partielle a permis de mieux comprendre, prédire et expliquer les dynamiques évolutives de nombreuses populations partiellement clonales dont l’étude évolutive était jusqu’à présent uniquement abordée par des expertises empiriques. Ce modèle montre que l’évolution de ces populations est différente des populations purement clonales ou sexuées, et ne peut se prédire à l’aide d’une règle simple combinant modèles pour organismes purement clonaux et purement sexués. Enfin, si le temps le permet, je montrerai comment l’utilisation de ce modèle mécaniste utilisé pour calculer des vraisemblances dans une approche statistique nous permet désormais d’inférer quantitativement les taux de reproduction clonale en populations de terrain échantillonnées deux fois dans le temps
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Etude d’un système de reproduction combinant auto-incompatibilité gamétophytique et asexualité
No full textLe maintien des sytèmes d’auto-incompatibilité chez les plantes reste incomplètement compris. Les modèles théoriques prédisent ladisparition ou le maintien des systèmes d’auto-incompatibilité en fonction de l’intensité de la dépression de consanguinité et du nombred’allèles au locus S. Des études antérieures ont exploré le rôle de la reproduction asexuée dans le maintien de l’auto-incompatibilité et ontsuggéré une co-évolution possible entre les deux traits. Cependant, la génétique des espèces auto-incompatibles et partiellement asexuéesest mal comprise et les études antérieures ont omis d’examiner tous les effets possibles de la reproduction asexuée ou ne pouvaient quespéculer sur ses effets. Dans la présente étude, nous avons étudié comment la reproduction asexuée partielle peut affecter la diversitégénétique au locus S et la « fitness » chez les populations auto-incompatibles de petite taille. Un modèle génétique, comprenant notammentun locus S et un locus de viabilité, a été développé pour effectuer des simulations de l’évolution des populations de différentes tailles. Nousavons obtenu les résultats suivants : la dérive génétique combinée avec l’asexualité partielle a entraîné une diminution du nombre d’allèlesau locus S. En outre, un excès d’hétérozygotes a été observé dans la population, provoquant une augmentation du fardeau de mutation. Cetexcès hétérozygotes a été amplifié par le système d’auto-incompatibilité dans les populations de petit taille. Nos résultats suggèrent que lesrecherches futures sur le rôle de l’asexualité pour le maintien de l’auto-incompatibilité devront prendre en compte la « fitness » à l’échelle dugénome entier (fardeau de mutation généré par l’asexualité, l’auto-incompatibilité et la dérive). Enfin les comparaisons de fitness que nousavons effectué suggèrent que le maintien de l’auto-incompatibilité dans ces populations pourrait ne pas être indépendant du maintien dusexe lui-même
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