386 research outputs found
Beate Sigriddaughter’s Story of Sigrid
No full textdeath of childNorth VancouverteachingWorld War II1910’sEurop
RNAi screening identifies novel host factors required for herpes simplex virus infection
No full textFirst person – Ana Nascimento
No full textABSTRACT
First Person is a series of interviews with the first authors of a selection of papers published in Journal of Cell Science, helping early-career researchers promote themselves alongside their papers. Ana Nascimento is the first author on ‘KIF13A mediates trafficking of influenza A virus ribonucleoproteins’, published in Journal of Cell Science. Ana conducted the work in this article in Maria João Amorim's lab at the Instituto Gulbenkian de Ciência, Portugal. She is now a PhD student in the lab of Beate Sodeik at the Institute of Virology at Hannover Medical School, investigating host–pathogen interactions, particularly involving viruses.</jats:p
Interactions of HBV capsid involved in nuclear transport
No full textLe virus de l'hépatite B (VHB) est un virus enveloppé composé d'un ADN partiellement double brin (ADNrc) contenu dans une capside icosahédrique. Le VHB est responsable d'infections aiguës et chroniques. VHB est non cytopathique mais l’inflammation chronique entraîne une fibrose hépatique, une cirrhose et un carcinome hépatocellulaire. Le VHB se réplique via un intermédiaire à ARN. La transcription nécessite que l'ADNrc soit convertit en un ADN circulaire clos de manière covalente (ADNccc). Cet ADNccc sert de matrice pour la transcription de l'ARN prégénomique (ARNpg), qui est spécifiquement encapsidé grâce aux interactions entre la polymérase virale, l'ARNpg et la protéine core (Cp) qui forme la capside. La polymérase rétrotranscrit l'ARNpg en ADN monocaténaire puis en ADNrc, conduisant à des matrices de capside matures (MatC). Cp avec 185 aa contient un domaine N-terminal structuré, et un domaine C-terminal (CTD) flexible. Le CTD comprend deux signaux de localisation nucléaire (NLS) et un domaine de liaison avec l’importin β (IBB). Le CTD est orienté vers l'intérieur de la capside de part son interaction avec les acides nucléiques simples brins tandis qu'il est exposé vers l'extérieur dans les capsides vides (EmpC) et les MatC. De plus Cp étant surexprimée, cela conduit à l'assemblage des EmpC. Le VHB doit délivrer son génome dans le noyau des cellules infectées pour sa réplication. Le transport nucléaire est médié par la capside qui interagit avec les récepteurs d'import. L’équipe a démontré préalablement que ce transport a besoin des récepteurs Importin α (Imp.α) et Importin β (Imp.β) en induisant le transport des capsides au panier nucléaire où elle est stoppée par l'interaction avec la nucléoporine 153 (Nup153). Nous avons démontré que l’Imp.α, mais pas l'Imp.β, se lie aux MatC suggérant que seule la partie du CTD qui contient les NLS est exposée à l’extérieur des MatC. En comparaison, nous avons analysé les EmpC en collaboration avec Adam Zlotnick (Université d'Indiana, États-Unis) et démontré que les EmpC sont capables de lier directement l'Imp.β. Cette interaction qui est plus forte que l’interaction avec l'Imp.α s'effectue via la reconnaissance du domaine IBB du CTD, ce qui implique une exposition totale du CTD à l'extérieur de la capside. Nous avons aussi montré que la liaison avec l'Imp.β à des concentrations très élevées fournit des forces de déstabilisation menant au désassemblage des EmpC. La libération du génome dans le panier nucléaire implique que l’interaction entre les MatC et Nup153 participe au désassemblage de la capside. Afin de valider cette hypothèse, nous avons exposé des MatC dont le génome est radiomarqué avec un fragment de Nup153 contenant le domaine clé, montré pour interagir avec la capside, en présence de nucléases. Nous avons mis en évidence qu'en présence de ce fragment, les MatC restent stables. Cela suggère la nécessité de facteurs cellulaires additionnels pour le désassemblage des MatC. Cette conclusion est conforme avec nos résultats sur noyaux isolés, dans lesquels nous avons observé une localisation nucléaire des capsides laissant supposer que les facteurs cellulaires nécessaires au désassemblage des MatC sont nucléaires. Afin d'étudier plus en détail l'étape de désassemblage et la libération du génome viral, nous avons mis au point un système permettant de suivre en temps réel le devenir du génome viral.The Hepatitis B Virus (HBV) is an enveloped virus containing a partially double stranded DNA genome (rcDNA). HBV causes acute and chronic infections. HBV is not cytotoxic but chronic inflammation leads to liver fibrosis, cirrhosis and hepatocellular carcinoma. HBV replicates via an RNA intermediate, which is transcribed from a covalently closed circular form of the viral DNA (cccDNA). This pregenomic RNA is specifically encapsidated into the capsid by interaction with the viral polymerase, which also interacts with the core protein (Cp), forming the capsid. The polymerase retrotranscribes the pregenomic RNA into single stranded DNA and subsequently partially double stranded DNA resulting in mature capsids (MatC). Cp is an 185 aa long polypeptide comprising a N-terminal assembly domain, and a flexible C-terminal domain (CTD). The CTD includes two overlapping nuclear localization signals (NLS) of eight aa and an Importin ß Binding Domain (IBB) of 34 aa. The CTD is fixed in the interior of the capsid by interacting with single stranded nucleic acids but translocates to the exterior in MatC and empty capsids (EmpC). Cp is over expressed leading to assembly of EmpC. The virus has to deliver its genome into the nucleus of infected cells for replication. Nuclear transport is mediated by the capsid that interacts with nuclear import receptors. The group has recently shown that MatC need either both, importin (Imp.) and importin ß (Imp.ß), or Imp.ß alone for transport of the capsids into the nuclear basket. In this structure where genome liberation likely occurs, the transport of the capsid is arrested by interaction between the capsid and the nucleoporin Nup153. In the thesis we demonstrate that MatC binds to Imp.α but not Imp.ß, suggesting that only the part of the CTD, which contains the NLSs is exposed on capsids’ surface. In collaboration with the Adam Zlotnick (Indiana University, U.S.A.) we showed that EmpC, in contrast, bind Imp.β directly without Imp.α acting as an adaptor. This interaction, which is stronger than the one of Imp. occurs needs IBB exposure, meaning that the entire CTD becomes externalized. Furthermore, exposure to very high Imp.ß concentration led to EmpC destabilization. The genome release within the nuclear basket implies that Nup153 is involved in genome liberation from MatC. To verify this hypothesis we used MatC with a radioactively labeled genome, which were exposed to the capsid binding-Nup153 fragment. Investigating the accessibility of the genome to nucleases we found that the Nup153 fragment had no impact on capsids stability, suggesting the need of cellular factors driving disassembly. This conclusion is in agreement with our observation that MatC added to isolated nuclei resulted in nuclear capsid entry, which requires disassembly. To further study the disassembly step and the consequent release of the viral genome, we developed a system to directly visualize the viral genome allowing investigations of genome uncoating in real time. The system is based on the cooperative binding of a fluorescent fusion protein between the bacterial protein OR with GFP to a double stranded DNA sequence called Anch. Using this model we showed that infection of OR-GFP-expressing hepatoma cells with HBV containing a modified Anch genome allowed monitoring genome release into the nucleus. In future, this system may help identifying factors involved in genome release and repair and to decipher their molecular interactions
Mixing Methods: Practical Insights from the Humanities in the Digital Age
No full textDigitality is a cause and a consequence of different data cultures. It applies to the 10 research projects that are included in this volume. They are rooted in various humanities disciplines such as art history, philosophy, musicology, religious studies, architectural history, media studies, and literature studies. As diverse as the disciplines are the objects and their formats, which are the subject of this book. The cultural data of the projects include recordings of music and spoken word, photographs and other types of images, handwriting, typoscripts and maps. The oldest material dates back to 500 BCE, followed by medieval times, the 18th and 19th centuries, early 20th century and the present. All projects share that they study their material with digital methods, although digitality comes into play at different moments and layers in each of the projects. Hardly readable manuscripts from the 18th century have to be treated with specialized OCR-methods while Plato’s texts are already available in digital form, and therefore open up other affordances for analysis. Special analysis possibilities had to be developed for certain image sources. For all projects, however, it is equally true that only the digitization of the objects makes them accessible to the methods that are the subject of this book.History, Form & Aesthetic
From the centrosome to the nuclear envelope and beyond : insights into the role of CRM1 in adenoviral genome delivery
No full textLes adénovirus (AdV) sont des virus à ADN se répliquant dans le noyau de la cellule hôte. Pour pouvoir se répliquer, ils détournent la machinerie cellulaire à leur profit. Au cours de l’entrée dans la cellule, les particules virales utilisent la machinerie de transport des microtubules pour rejoindre le noyau. Les AdV interagissent avec la dynéine, moteur moléculaire associé aux microtubules, pour être transportés vers le compartiment nucléaire. Ils se lient alors aux pores nucléaires, structures ancrées dans l’enveloppe nucléaire (EN), les. Une fois aux pores nucléaires, les capsides virales se désassemblent pour libérer et importer leur génome. Les mécanismes de détachement des microtubules, de translocation nucléaire et d’import du génome des AdV impliquent des facteurs de la machinerie de transport nucléocytoplasmique. Cependant, le mécanisme exact utilisé par les virus pour atteindre les pores nucléaires n’est pas clairement défini. Le transport nucléocytoplasmique est composé de différents facteurs et est hautement régulé dans les cellules. Le transport actif de cargos est dû à des facteurs d’import et d’export interagissant avec RanGTP. Le principal facteur d’export est CRM1 et il est connu pour être essentiel dans la translocation des AdV vers l’EN. L’inhibition de CRM1 par la Leptomycine B conduit à l’accumulation des AdV au centrosome, le principal Centre Organisateur des Microtubules (COMT) des cellules de mammifères. Nous avons donc étudié le rôle de CRM1 dans la libération du génome adénoviral. Nous avons analysé l’interaction des AdVs avec le COMT et nous avons observé que l’absence de facteurs cytoplasmiques ainsi que la perte d’intégrité des microtubules n’affectaient pas leur accumulation au COMT. En revanche, nous avons identifié et caractérisé un mutant de CRM1, qui reste fonctionnel pour l’export physiologique de cargo mais qui induit un retard important dans la translocation des AdV vers l’EN. Nous avons utilisé l’imagerie sur cellules vivantes pour analyser l’infection de l’AdV dans des cellules mitotiques et ceci a permis de révéler le rôle de CRM1 dans la libération du génome de ce virus. Nous avons également identifié un partenaire viral potentiel pour CRM1 parmi les protéines associées au génome viral, la Terminal Protein (TP). Cette protéine possède un signal d’export nucléaire et est un substrat de CRM1. Nos données soulignent le rôle de CRM1 comme un médiateur essentiel au désassemblage total de la capside adénovirale, qui favorise la libération du génome et son import.Adenoviruses (AdV) are DNA viruses that replicate in the nucleus of their host cell. Due to the limited coding capacity, they have to take advantage of cellular mechanisms in order to perform their infection cycle. During entry, AdV particles use the microtubule transport machinery to reach the nucleus. AdVs interact with the microtubule motor dynein to be transported towards the nuclear compartment, where they dock to Nuclear Pore Complexes (NPCs), structures embedded into the nuclear envelop (NE). Once at the NPC, viral capsids disassemble to finally release and import their genome. Microtubule unloading, nuclear translocation and genome import of AdVs involve components of the nucleocytoplasmic transport machinery. However, the exact mechanism used by the virus to reach the NPC remains unclear. Nucleocytoplasmic transport involves different components and is tightly regulated. The active transport of cargoes is mediated by import and export factors interacting with RanGTP. The major cellular export factor CRM1 is known to be essential for targeting of AdVs to the NE. Pharmacological inhibition of CRM1 with Leptomycin B leads to the accumulation of AdVs at the centrosome, the major Microtubule Organisation Centre (MTOC) in mammalian cells. We thus investigated the role of CRM1 leading to AdV genome delivery. We analysed the interaction of AdV with the MTOC and observed that the absence of cytoplasmic factors and disruption of microtubules did not impair their accumulation at the MTOC. We identified and characterized a mutant of CRM1, functional for physiological export but inducing a strong delay in AdV NE translocation. We used live cell-imaging to analyse infections in mitotic cells, revealing a role of CRM1 in genome release from the capsid. Moreover, we identified a potential viral partner of CRM1 among the AdV genome associated core proteins, the Terminal Protein. Terminal protein contains a nuclear export signal and is a CRM1 export substrate. Taken together, our data highlight a possible role of CRM1 as an essential mediator for the complete dismantling of AdV capsid, promoting genome release and genome import
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