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Vers une étude de la division asymétrique des cellules à l'échelle de la molécule unique
No full textThe goal of this project is to develop novel tools to explore dynamic organizational processes in living cells, with unprecedented detail and sensitivity. In particular, we are interested in the process of asymmetric cell division (ACD), during which a mother cell divides asymmetrically into two different daughter cells. This process is a key mechanism in the generation of cellular diversity in organisms of all levels. During the course of ACD, prior to the separation of the mother cell into daughter cells, it needs to generate an asymmetric spatial distribution for some of its content. This symmetry-breaking process is called polarization i.e. the generation of a polarized structure. One of the ways to study polarization is to characterize the intra-cellular transport mechanisms that generate it. As a means to observe intra-cellular transport in detail, we employ single-molecule methods, which allow us to separately follow (or track) the movement of single molecules. By observing one event at a time we can obtain much more information about the process, compared to simultaneous measurements of the entire population. We are using novel and powerful fluorophores, quantum dots (QDs), which allow for single molecule detection and tracking. On the technical level, we developed methods to cope with certain technical difficulties associated with intra-cellular, single-molecule, tracking experiments. These include the delivery of such fluorophores into living cells, the targeting of specific molecules of interest, as well as control over the stoichiometry of QD-protein complexes. The project combines different disciplines, such as single molecule imaging, molecular biology, and primary cell culture, thereby covering almost all aspects of an in-vivo single-molecule experiment.Le but de ce projet est de développer de nouveaux outils pour explorer des processus d'organisation intracellulaire dynamique dans les cellules vivantes, avec une sensibilité sans précédent. Ce travail se concentre sur deux aspects principaux : le développement d'outils pour l'étude en molécule unique de la division cellulaire asymétrique, et la mise au point de sondes monovalentes qui permettent le suivi d'une protéine individuelle utilisant un nanocristal semiconducteur (ou quantum dot, QD). La division cellulaire asymétrique (DCA) est définie comme une division cellulaire dans laquelle une cellule mère donne naissance à deux cellules filles avec des destins différents (ce qui se manifeste à travers par exemple la taille, le contenu ou le profil d'expression). Notre étude se concentre sur la division cellulaire asymétrique dans les cellules souches neurales de Drosophila melanogaster, appelés neuroblastes. Au cours de la division asymétrique des neuroblasts, avant la séparation de la cellule-mère en deux cellules-filles, certaines molécules dans le cytoplasme se redistribuent de façon asymétrique (polarisée). Ce travail a montré la faisabilité de l'étude de la division cellulaire asymétrique à l'échelle de la molécule unique. Les méthodes ont été conçues et développées pour la conjugaison et la caractérisation des complexes QD-protéines. Nous avons réussi à cibler les protéines localisées de manière asymétrique dans des neuroblastes en division. Cela ouvre la voie à des études intracellulaires de ce phénomène, en utilisant des QDs individuels Ce travail a également mis en évidence la limite principale de ce système expérimental : la nature tridimensionnelle des mouvements. En raison de l'épaisseur de la neuroblate, les QDs sortent du plan focal très souvent. En conséquence, l'obtention des trajectoires suffisamment longues pour le calcul des paramètres de transport, devient très difficile. Toutefois, certaines informations peuvent encore être extraites des données que nous avons obtenues, en analysant la répartition spatiale de "courts-déplacements" dans les films obtenus. Les déplacements des QDs entre deux images consécutives sont regroupés et analysés en fonction de leur emplacement par rapport à une carte polaire normalisée d'un neuroblaste polarisé. Une telle analyse n'a pas besoin des trajectoires longues mais peut, quand même, révèler des differences dans la mobilité des protéines entre les differents domaines de la cellule. Cette analyse est actuellement en cours. Nous avons aussi réussi à produire des sondes monovalentes pour le suivi des proteines membranaires extracellulaires. Ces sondes sont basées sur un fragment de chaîne variable d'anticorp (ScFv). Ces sondes doivent avoir des nombreuses applications dans le suivi des diverses protéines membranaires, mais doivent être améliorées afin de répondre aux exigences rigoureuses du suivi intracellulaire
Vers une étude de la division asymétrique des cellules à l'échelle de la molécule unique
No full textThe goal of this project is to develop novel tools to explore dynamic organizational processes in living cells, with unprecedented detail and sensitivity. In particular, we are interested in the process of asymmetric cell division (ACD), during which a mother cell divides asymmetrically into two different daughter cells. This process is a key mechanism in the generation of cellular diversity in organisms of all levels. During the course of ACD, prior to the separation of the mother cell into daughter cells, it needs to generate an asymmetric spatial distribution for some of its content. This symmetry-breaking process is called polarization i.e. the generation of a polarized structure. One of the ways to study polarization is to characterize the intra-cellular transport mechanisms that generate it. As a means to observe intra-cellular transport in detail, we employ single-molecule methods, which allow us to separately follow (or track) the movement of single molecules. By observing one event at a time we can obtain much more information about the process, compared to simultaneous measurements of the entire population. We are using novel and powerful fluorophores, quantum dots (QDs), which allow for single molecule detection and tracking. On the technical level, we developed methods to cope with certain technical difficulties associated with intra-cellular, single-molecule, tracking experiments. These include the delivery of such fluorophores into living cells, the targeting of specific molecules of interest, as well as control over the stoichiometry of QD-protein complexes. The project combines different disciplines, such as single molecule imaging, molecular biology, and primary cell culture, thereby covering almost all aspects of an in-vivo single-molecule experiment.Le but de ce projet est de développer de nouveaux outils pour explorer des processus d'organisation intracellulaire dynamique dans les cellules vivantes, avec une sensibilité sans précédent. Ce travail se concentre sur deux aspects principaux : le développement d'outils pour l'étude en molécule unique de la division cellulaire asymétrique, et la mise au point de sondes monovalentes qui permettent le suivi d'une protéine individuelle utilisant un nanocristal semiconducteur (ou quantum dot, QD). La division cellulaire asymétrique (DCA) est définie comme une division cellulaire dans laquelle une cellule mère donne naissance à deux cellules filles avec des destins différents (ce qui se manifeste à travers par exemple la taille, le contenu ou le profil d'expression). Notre étude se concentre sur la division cellulaire asymétrique dans les cellules souches neurales de Drosophila melanogaster, appelés neuroblastes. Au cours de la division asymétrique des neuroblasts, avant la séparation de la cellule-mère en deux cellules-filles, certaines molécules dans le cytoplasme se redistribuent de façon asymétrique (polarisée). Ce travail a montré la faisabilité de l'étude de la division cellulaire asymétrique à l'échelle de la molécule unique. Les méthodes ont été conçues et développées pour la conjugaison et la caractérisation des complexes QD-protéines. Nous avons réussi à cibler les protéines localisées de manière asymétrique dans des neuroblastes en division. Cela ouvre la voie à des études intracellulaires de ce phénomène, en utilisant des QDs individuels Ce travail a également mis en évidence la limite principale de ce système expérimental : la nature tridimensionnelle des mouvements. En raison de l'épaisseur de la neuroblate, les QDs sortent du plan focal très souvent. En conséquence, l'obtention des trajectoires suffisamment longues pour le calcul des paramètres de transport, devient très difficile. Toutefois, certaines informations peuvent encore être extraites des données que nous avons obtenues, en analysant la répartition spatiale de "courts-déplacements" dans les films obtenus. Les déplacements des QDs entre deux images consécutives sont regroupés et analysés en fonction de leur emplacement par rapport à une carte polaire normalisée d'un neuroblaste polarisé. Une telle analyse n'a pas besoin des trajectoires longues mais peut, quand même, révèler des differences dans la mobilité des protéines entre les differents domaines de la cellule. Cette analyse est actuellement en cours. Nous avons aussi réussi à produire des sondes monovalentes pour le suivi des proteines membranaires extracellulaires. Ces sondes sont basées sur un fragment de chaîne variable d'anticorp (ScFv). Ces sondes doivent avoir des nombreuses applications dans le suivi des diverses protéines membranaires, mais doivent être améliorées afin de répondre aux exigences rigoureuses du suivi intracellulaire
Toward a single molecule study of asymmetric experiment
No full textLe but de ce projet est de développer de nouveaux outils pour explorer des processus d'organisation intracellulaire dynamique dans les cellules vivantes, avec une sensibilité sans précédent. Ce travail se concentre sur deux aspects principaux : le développement d'outils pour l'étude en molécule unique de la division cellulaire asymétrique, et la mise au point de sondes monovalentes qui permettent le suivi d'une protéine individuelle utilisant un nanocristal semiconducteur (ou quantum dot, QD). La division cellulaire asymétrique (DCA) est définie comme une division cellulaire dans laquelle une cellule mère donne naissance à deux cellules filles avec des destins différents (ce qui se manifeste à travers par exemple la taille, le contenu ou le profil d'expression). Notre étude se concentre sur la division cellulaire asymétrique dans les cellules souches neurales de Drosophila melanogaster, appelés neuroblastes. Au cours de la division asymétrique des neuroblasts, avant la séparation de la cellule-mère en deux cellules-filles, certaines molécules dans le cytoplasme se redistribuent de façon asymétrique (polarisée). Ce travail a montré la faisabilité de l'étude de la division cellulaire asymétrique à l'échelle de la molécule unique. Les méthodes ont été conçues et développées pour la conjugaison et la caractérisation des complexes QD-protéines. Nous avons réussi à cibler les protéines localisées de manière asymétrique dans des neuroblastes en division. Cela ouvre la voie à des études intracellulaires de ce phénomène, en utilisant des QDs individuels Ce travail a également mis en évidence la limite principale de ce système expérimental : la nature tridimensionnelle des mouvements. En raison de l'épaisseur de la neuroblate, les QDs sortent du plan focal très souvent. En conséquence, l'obtention des trajectoires suffisamment longues pour le calcul des paramètres de transport, devient très difficile. Toutefois, certaines informations peuvent encore être extraites des données que nous avons obtenues, en analysant la répartition spatiale de "courts-déplacements" dans les films obtenus. Les déplacements des QDs entre deux images consécutives sont regroupés et analysés en fonction de leur emplacement par rapport à une carte polaire normalisée d'un neuroblaste polarisé. Une telle analyse n'a pas besoin des trajectoires longues mais peut, quand même, révèler des differences dans la mobilité des protéines entre les differents domaines de la cellule. Cette analyse est actuellement en cours. Nous avons aussi réussi à produire des sondes monovalentes pour le suivi des proteines membranaires extracellulaires. Ces sondes sont basées sur un fragment de chaîne variable d'anticorp (ScFv). Ces sondes doivent avoir des nombreuses applications dans le suivi des diverses protéines membranaires, mais doivent être améliorées afin de répondre aux exigences rigoureuses du suivi intracellulaire.PARIS-BIUSJ-Physique recherche (751052113) / SudocSudocFranceF
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
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