1,720,974 research outputs found
Evolución del virus de hepatitis B: Análisis de mecanismos involucrados en el establecimiento y progresión de la infección viral
Full text linkEl virus de hepatitis B (HBV), debido a su estructura poblacional de cuasiespecie, circula como un conjunto de variantes genéticamente relacionadas que evolucionan a lo largo de la infección crónica. La evolución de la población viral, ya sea en la infección en un mismo paciente o en una población de individuos, resulta de un complejo equilibrio entre diversas subpoblaciones virales que dependiente tanto de factores virales como del hospedador. Como resultado del proceso evolutivo, se fijan aquellas subpoblaciones virales que presenten el mayor fitness para cada situación particular durante la infección crónica. La fijación de las subpoblaciones virales durante el proceso de la infección crónica por HBV podría estar mediada, en parte, por una ventaja relativa de su capacidad replicativa a nivel celular (fitness replicativo). Para evaluar esta hipótesis se desarrolló una metodología que permite cuantificar dicha ventaja replicativa. A partir de la cotransfeccion con las variantes a evaluar se determina la frecuencia relativa de las mismas por clonado y posterior análisis por RFLP de la progenie viral. Esta determinación fue utilizada para el análisis de dos situaciones evolutivas: a.- la evolución intrahospedador en la infección crónica (seroconversión/fijación de mutantes) y b.- la evolución interhospedador (la ocupación del nicho ecológico /prevalencia de (sub)genotipos). Respecto a la evolución intrahospedador ha sido recientemente informado (Sede et al. (2014) la coexistencia de tres subpoblaciones variantes (sgtD1cs, sgtD1del y sgtD1mut), durante cinco años de estudio de un paciente infectado crónicamente. La frecuencia relativa de las subpoblaciones se mantuvo estable a lo largo del proceso de seroconversión, permaneciendo la sgtD1del predominante durante todo el período. Esta observación no pudo ser explicada por el análisis del fitness replicativo desde que sgtD1del presenta un valor significativamente menor al ser comparada tanto con sgtD1cs como con sgtD1mut. Con el fin de comprender los resultados del fitness replicativo se evaluaron los niveles de ADN extracelular, de intermediarios replicativos y de HBeAg y HBsAg en transfecciones con cada variante y en cotransfecciones con dos variantes a evaluar. Los resultados muestran que los niveles de ADN extracelular y también la síntesis de intermediarios replicativos intracelulares de sgtD1del, fue menor comparando con los observados para las sgtD1cs y sgtD1 mut. Esta menor capacidad replicativa de la subpoblación sgtD1del está de acuerdo con su menor fitness replicativo observado anteriormente. Además, al comparar los niveles de ADN en los experimentos de cotransfección sgtD1cs vs sgtD1del y sgtD1mut vs sgtD1del, notamos que la mezcla no se comporta de la misma manera en estos dos ensayos. En la cotransfección de sgtD1del con sgtD1cs se observan valores similares a los obtenidos en la transfección con sgtD1cs, mientras que en la cotransfección con sgtD1mut los valores son similares a los obtenidos en la transfección con sgtD1del. Esta diferencia es observable tanto en los niveles de ADN extracelular como intracelular. Esta observación constituye la primera evidencia del impacto biológico que resulta de la interacción entre diversos genomas replicándose en una misma célula. Hay diversas interacciones que estas variantes pueden tener en estas condiciones que podrían modificar su comportamiento y que no se detectarían en las transfecciones de estas variantes por separado. Los resultados presentados demuestran que la variante sgtD1del tiene menor fitness replicativo que sgtD1cs y sgtD1mut, por lo cual no puede explicar por sí mismo el comportamiento informado en el paciente. Sin embargo, el nivel de replicación a nivel celular no es el único factor que determina la selección de una variante viral específica in vivo. Otros factores, como la presión selectiva del sistema inmunológico, podrían explicar esta diferencia observada.En un estudio reciente, donde se estimó la prevalencia de sgts en infecciones agudas y crónicas HBeAg positivas en Argentina, se observó una mayor prevalencia del sgtF1b seguido por sgtA2, sgtF4 y sgtD (Ledesma et al. 2015). Los análisis realizados en este trabajo mostraron el mismo fitness replicativo entre todas las combinaciones de subgenotipos, con la excepción de la cotransfeccion con sgtF1b-sgtF4, que presento en la progenie un aumento de sgtF1b a expensas de sgtF4. Además, cuando se simularon ciclos seriales de infección, pudo observarse que la relación entre sgtF1b y sgtF4 se incrementó en la dirección del predominio del sgtF1b. Este resultado está en línea con la observada alta prevalencia del sgtF1b. Con el fin de analizar las diferencias observadas en los experimentos de fitness replicativo se evaluaron los niveles de ADN extracelular, de intermediarios replicativos y de HBeAg y HBsAg. Los resultados mostraron que sgtF1b presenta niveles significativamente más altos tanto de ADN extracelular como de intermediarios replicativos. También notamos que, aunque sgtF4 tiene un nivel de replicación más bajo, tiene una expresión de HBeAg significativamente más alta. El ARN pre-genómico y el ARNm pre-núcleo (precursor de HBeAg), se transcriben desde el mismo ORF (preC/C) pero los promotores utilizados en su síntesis son genéticamente distintos y regulados separadamente. Teniendo esto en cuenta, este resultado podría sugerirque una de las diferencias intrínsecas entre sgtF1b y sgtF4 es la regulación de síntesis de estos dos ARNm. Mientras que el sgtF4 parece favorecer la síntesis de HBeAg, el sgtF1b favorecería la síntesis del pregenoma. Esta preferencia por la síntesis del genoma podría ser una de las explicaciones por las cuales el sgtF1b está ocupando el nicho ecológico de las nuevas infecciones en Argentina. En resumen, se presenta un nuevo método destinado a evaluar el fitness replicativo del HBV. Este método permitirá profundizar el análisis de las interacciones entre diferentes variantes virales y contribuirá a la mejor comprensión de los mecanismos de selección que rigen las infecciones por el HBV. La cotransfección con sgtD1del y sgtD1mut constituye la primera evidencia del impacto en la replicación del HBV cuando dos variantes virales se replican simultáneamente en el mismo sistema celular.Fil: Sevic, Ina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; Argentin
Estudio de componentes del microambiente en tumores humanos: asociación de la expresión de ácido hialurónico, genes involucrados en su metabolismo y genes de reparación del ADN en tejido tumoral y no tumoral
Full text linkEn los últimos años el cáncer ha experimentado un marcado aumento en las recurrencias, lo que se atribuye a su heterogeneidad y complejidad molecular. Esto podría explicar, al menos en parte, el fracaso en la eficacia del tratamiento de los pacientes con esta enfermedad. Por esta razón, es crucial el estudio de distintos marcadores que permitan predecir el desarrollo de la enfermedad y orientar posibles enfoques terapéuticos más personalizados. El microambiente tumoral (MAT) es el conjunto de células y macromoléculas que rodean a una célula tumoral. El componente principal no celular del MAT es la matriz extracelular (MEC), una compleja red de macromoléculas que se encuentra altamente desregulada en el contexto tumoral. Entre los componentes de la MEC que están alterados en los tumores se encuentran el ácido hialurónico (AH) y las moléculas asociadas a su metabolismo. Por otra parte, se ha demostrado que los cambios en el MAT pueden provocar cambios en la expresión de algunos genes de relevancia en el desarrollo tumoral, como BRCA1 y BRCA2. El objetivo de este trabajo fue analizar las modificaciones en la expresión de AH y de genes involucrados en su metabolismo en tejido tumoral (TT) y no tumoral adyacente al tumor (NAT) de pacientes con cáncer de mama y colorrectal, y su asociación con la expresión de genes de reparación del ADN (BRCA1 y BRCA2) y con datos clínicos de los pacientes, además de analizar la expresión de estos genes en modelos tridimensionales de esferoides de líneas celulares de cáncer de mama y colon. La expresión de ARN mensajero (ARNm) fue evaluada mediante PCR cuantitativa en tiempo real (RT-qPCR). Por otro lado, los niveles de expresión de AH y de las proteínas BRCA1, BRCA2 y CD44 se analizaron mediante inmunohistoquímica. A su vez se analizó la expresión de estos mismos genes tras la degradación de AH o la inhibición de su síntesis en dos líneas celulares de cáncer de mama y una línea celular de cáncer de colon, evaluando a su vez su efecto sobre el volumen y área de los esferoides generados. Los pacientes con cáncer de mama mostraron menores niveles de ARNm de HAS2, una disminución de los niveles de proteínas BRCA1 y BRCA2 en TT con respecto a NAT y una fuerte correlación positiva entre el ARNm de CD44 e HYAL1. Por otro lado, en cáncer colorrectal se obtuvo una disminución en los niveles proteicos de CD44 y BRCA1 en TT con respecto a NAT y una fuerte correlación positiva entre el ARNm de BRCA1 y BRCA2, BRCA1 y HAS2 y BRCA2 y HAS2, respaldando la importancia de los genes BRCA no solo en cáncer de mama, sino también en cáncer colorrectal. A su vez, se observó una disminución de volumen y área de los esferoides al inhibir la síntesis del AH. Este trabajo presenta importante evidencia sobre la influencia del AH del MAT y de las moléculas asociadas a su metabolismo sobre los genes de reparación del ADN. Esto nos ayuda a comprender los complejos mecanismos moleculares que regulan la progresión tumoral, lo que resulta crucial para la identificación de marcadores clave para predecir el desarrollo de la enfermedad y orientar posibles enfoques terapéuticos.Fil: Moran Maidana, Candela .Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Escuela de Ciencias Agrarias, Naturales y Ambientales; Argentina.Licenciatura en Genétic
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Role of Hyaluronic acid and its chemical derivatives in immunity during homeostasis, cancer and tissue regeneration
No full textOver the last few decades, scientists have recognized the critical role that various components of the extracellular matrix(ECM) play in maintaining homeostatic immunity. Besides, dysregulation in the synthesis or degradation levels of thesecomponents directly impacts the mechanisms of immune response during tissue injury caused by tumor processes or theregeneration of the tissue itself in the event of damage. ECM is a complex network of protein compounds, proteoglycansand glycosaminoglycans (GAGs). Hyaluronic acid (HA) is one of the major GAGs of this network, whose metabolismis strictly physiologically regulated and quickly altered in injury processes, affecting the behavior of different cells, fromstem cells to differentiated immune cells. In this revision we discuss how the native or chemically modified HA interactswith its specific receptors and modulates intra and intercellular communication of immune cells, focusing on cancer andtissue regeneration conditions.Fil: Rosales, Paolo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires; ArgentinaFil: Vitale, Daiana Luján. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires; ArgentinaFil: Icardi, Antonella. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires; ArgentinaFil: Sevic, Ina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires; ArgentinaFil: Alaniz, Laura Daniela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires; Argentin
Analysis of fitness differences of hepatitis B virus genotypes D and F using a cotransfection assay
No full textHepatitis B virus (HBV) circulates as a collection of genetically related variants that evolve throughout the chronic infection. Those viral variants that have the greatest ftness are fxed. We recently showed diferent ftness for HBV variants involved in two epidemiological situations. To understand these ftness diferences better, we determined the levels of extracellular HBV DNA, the synthesis of HBV DNA intermediates, and the expression of HBeAg and HBsAg in transfection and cotransfection assays. Our results show that for the subgenotype (sgt) D1, which has an 8-nucleotide deletion (sgtD1del) and exhibits lower ftness, the levels of extracellular DNA and intracellular replicative intermediates were much lower than with sgtD1wt or sgtD1mut (G1896A), which had higher ftness. In addition, in the cotransfection assay, sgtD1del inhibited sgtD1mut but not sgtD1wt replication. We also found that sgtF1b, which exhibits higher ftness, produces signifcantly higher levels of both extracellular DNA and intracellular replicative intermediates than does the lower-ftness sgtF4. These results demonstrate a relationship between ftness and the replicative ability of the HBV genome in the transfection assay. In addition, the data obtained by cotransfecting cells with sgtD1del and sgtD1mut provide new information about the impact of simultaneous replication of two viral variants in the same cell system on HBV replication.Fil: Sevic, Ina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Inmunología; ArgentinaFil: Elizalde, Maria Mercedes. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Inmunología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: González López Ledesma, María Mora. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Inmunología; ArgentinaFil: Flichman, Diego Martin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Inmunología; ArgentinaFil: Campos, Rodolfo Hector. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Inmunología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
- …
