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Functional characterization of INTS11 loss-of-function in zebrafish
Get PDFLe gène INTS11 est une sous-unité catalytique du complexe Integrator qui joue un rôle central dans le traitement de divers ARN naissants. Récemment, des patients présentant des mutations de perte de fonction dans le gène INTS11 ont été signalés comme ayant des problèmes neurodéveloppementaux graves, des problèmes ataxiques et des retards de développement globaux. À ce jour, aucune mutation dans INTS11 n'a été liée à des maladies humaines, et aucune preuve ne soutient leur rôle dans des problèmes neurodéveloppementaux. Par conséquent, nous avons développé un modèle INTS11 knock-out (KO) F0 CRISPRant chez le poisson-zèbre pour caractériser fonctionnellement les mutations de perte de fonction de ce gène in vivo. Nos larves INTS11-KO présentent une accumulation accrue de snARN mal traités, confirmant la perturbation de la fonction du gène. De plus, les larves INTS11-KO meurent prématurément à 14 jours et présentent un phénotype comportemental aberrant, similaire à d'autres modèles génétiques de poisson-zèbre des troubles neurodéveloppementaux. Aussi, les larves INTS11-KO présentent une réduction de la taille du cerveau avec une réduction du contenu neuronal. Enfin, nos résultats d'immunomarquage ont révélé une réduction de la taille du cervelet chez les larves INTS11-KO. Dans l'ensemble, ces données soutiennent le rôle d'INTS11 dans le développement cérébral et sont cohérentes avec les retards neurodéveloppementaux décrits chez les patients présentant des mutations délétères dans ce gène. Notre étude montre comment des organismes modèles simples tels que le poisson-zèbre peuvent aider à caractériser l'étiologie génétique des troubles génétiques. Les résultats de nos recherches pourraient contribuer à des diagnostics plus précis et ouvrir la voie à la découverte de mécanismes pathogènes clés qui pourraient être exploités pour le développement de traitements pour les patients présentant des mutations dans INTS11.The INTS11 gene is a catalytic subunit of the Integrator complex that plays a central role
in processing various nascent RNAs. Recently, patients with loss-of-function mutations in
the INTS11 gene have been reported to have severe neurodevelopmental issues, ataxic
problems, and global developmental delays. To date, mutations in INTS11 have not been
linked to human diseases, and no evidence supports their role in neurodevelopmental
problems. Therefore, we developed an ints11 F0 CRISPRant knock-out (KO) model in
zebrafish to functionally characterize loss-of-function mutations in this gene in vivo. Our
ints11-KO larvae exhibited an increased accumulation of unprocessed snRNAs,
confirming the disruption of the ints11 function. Moreover, ints11-KO larvae die
prematurely by 14 days of age and display an aberrant behavioural phenotype, similar to
other zebrafish genetic models of neurodevelopmental disorders. Furthermore, ints11-KO
larvae show reduced brain size with reduced neuronal content. Finally, immunostaining
results revealed a reduction in cerebellum size in our ints11-KO. Altogether, these data
support the role of INTS11 in brain development and are consistent with the
neurodevelopment delays described in patients with deleterious mutations in this gene. Our
study shows how simple model organisms like zebrafish can help characterize the genetic
etiology of genetic disorders. The results from our research could aid in more accurate
diagnoses and open the path to unveiling key pathogenic mechanisms that could be
leveraged for the development of treatment for patients with mutations in INTS11
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Rôle du gène RFC1 dans le développement du cervelet
Get PDFLe syndrome CANVAS (Cerebellar Ataxia with Neuropathy and Vestibular Areflexia Syndrome) est une ataxie cérébelleuse rare qui apparaît à l'âge adulte, et se caractérise par des déséquilibres et une neuropathie sensorielle. Des expansions répétées introniques bialléliques dans l’intron 2 du gène RFC1 ont été identifiées comme cause du CANVAS. Le gène RFC1 code pour la plus grande sous-unité du Facteur de Réplication C, important à la réplication et la réparation de l'ADN. Alors que onze répétitions pentanucléotidiques (AAAAG)11 sont normalement retrouvées, les expansions pathogènes comprennent généralement des centaines de répétitions (AAGGG)exp. Toutefois, les mécanismes selon lesquels ces expansions répétées provoquent ce trouble neurologique sont inconnus. Des articles récents ont identifié des mutations de décalage de cadre dans RFC1, suggérant la perte de fonction comme mécanisme pathogénique.
De manière intéressante, nous avons montré que rfc1 est exprimé dans le cervelet en développement chez la souris et le poisson-zèbre, ce qui indique qu'il pourrait jouer un rôle crucial dans son développement et son activité. Étant donné que l'inactivation de RFC1 chez les mammifères entraîne une létalité embryonnaire, nous avons généré un modèle de poissons-zèbres avec une perte de fonction rfc1-KO en utilisant la méthode CRISPR/Cas9. Nous avons constaté que les larves rfc1-/- survivent jusqu'à 10 jours après la fécondation (dpf) et présentent un phénotype morphologique sévère à partir de 2 dpf. Plus important encore, nous avons montré que le développement du cervelet est sévèrement affecté avec une diminution de la prolifération associée à une augmentation de l’apoptose dans le cervelet des mutants rfc1-/-, conduisant à une désorganisation des cellules de Purkinje et une perte des cellules granulaires. Grâce au séquençage de l'ARNm à cellule unique (single cell RNA sequencing, scRNAseq), nous avons démontré l'importance de rfc1 pour la neurogenèse cérébelleuse et que sa perte de fonction conduit à de graves défauts de progéniteurs.
Ce travail est le premier à générer un modèle de poissons-zèbres rfc1-KO et à montrer que RFC1 est important pour le développement du cervelet, suggérant que CANVAS pourrait être causé par un mécanisme de perte de fonction de RFC1.The Cerebellar Ataxia with Neuropathy and Vestibular Areflexia Syndrome (CANVAS) is a rare adult-onset ataxia with a prevalence of less than 1 in a million, characterized mainly by imbalance and sensory neuropathy. Although CANVAS remained only clinically defined, recent findings identified a biallelic intronic repeat expansion (AAGGG)exp in the RFC1 gene as a major cause of CANVAS. RFC1 encodes the largest subunit of the Replication Factor C required for DNA replication and repair. Whereas the reference allele contains eleven pentanucleotide (AAAAG)11 repeats, the pathogenic expansion usually comprises hundreds of AAGGG repeats. However, the mechanisms by which this repeat expansion in the second intron of the RFC1 gene is causing this neurological disorder are unknown. Recent papers also identified frameshift mutations in RFC1, suggesting that a loss of function could drive pathogenicity.
Interestingly, we showed that rfc1 is expressed in the mice and zebrafish developing cerebellum, indicating that it might play a crucial role in its development and activity. Since knocking-out (KO) RFC1 in mammals leads to embryonic lethality, we generated a zebrafish loss-of-function model of rfc1 using CRISPR/Cas9 mutagenesis. We found that rfc1-/- larvae survive until 10 days post-fertilization (dpf), thus leaving us a convenient time to study neurodevelopment without rfc1. We showed that rfc1-/- embryos depict a severe morphological phenotype from 2 dpf onwards. More importantly, we showed that the development of the cerebellum is severely affected, with decreased proliferation associated with increased apoptosis in the cerebellum of rfc1-/- mutants, as well as disorganization of Purkinje cells and a severe reduction in the number of granule cells at 5 dpf. Using scRNAseq, we have demonstrated the importance of rfc1 for cerebellar neurogenesis and that its loss of function leads to severe progenitor defects.
This work is the first to generate a KO-rfc1 zebrafish model. Altogether, our work is the first to show that RFC1 is important for the development of the cerebellum and suggests that RFC1's loss of function mechanisms partially causes CANVAS
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
MED22 et les troubles neurodéveloppementaux : modélisation et caractérisation fonctionnelle de MED22 in vivo chez le poisson-zèbre
No full textLe complexe Médiateur (MED) joue un rôle fondamental dans la régulation de l’expression génique, en particulier durant le neurodéveloppement. Des mutations affectant ses différentes sous-unités ont notamment été associées à plusieurs pathologies neurologiques. Récemment, une délétion homozygote récurrente (p.Glu133del) dans le gène MED22, codant pour l’une des sous-unités du complexe, a été identifiée chez 8 individus présentant un retard global du développement, une encéphalopathie épileptique, une microcéphalie, ainsi que de la dystonie. Il s’agit d’ailleurs de la première association rapportée entre MED22 et une pathologie humaine. Dans ce contexte, ce projet vise à évaluer la pathogénicité et les fonctions du gène MED22 via le développement de 2 nouveaux modèles chez le poisson-zèbre. Un premier modèle de perte de fonction (med22 F0 KO) a été généré par la technique CRISPR-Cas9, tandis qu’un second modèle exprime le variant humain de MED22 grâce à l’injection d’ARNm (MED22p.Glu133del). La caractérisation de med22 F0 KO a révélé des anomalies morphologiques, une réduction de l’aire de cerveau, des déficits locomoteurs sévères, ainsi qu’une susceptibilité épileptique accrue, accompagné d’une hyperactivité neuronale. Le modèle présente également une hausse de l’apoptose dans l’ensemble du cerveau, une désorganisation des fibres musculaires, ainsi que des altérations du réseau dopaminergique. De plus, une analyse transcriptomique à l’échelle cellulaire a révélé une baisse de la régulation de nombreux gènes associés à la maladie de Parkinson, ainsi qu’à des voies de signalisation clés du développement. Le second modèle MED22p.Glu133del reproduit d’ailleurs les altérations phénotypiques présentés par med22 F0 KO, soutenant l’hypothèse d’un lien causal entre ce variant et la pathologie observée. Ensemble, ces résultats identifient MED22 comme un nouveau gène clé impliqué dans le développement des réseaux neuronaux, particulièrement dopaminergique, puis ouvre la piste vers de futurs étude sur les mécanismes physiopathologiques impliqués dans ce trouble neurodéveloppemental nouvellement caractérisé.The Mediator complex (MED) plays a fundamental role in transcription regulation, particularly during neurodevelopment. In fact, mutations affecting its subunits have been associated with several neurological disorders. Recently, a recurrent homozygous single amino acid deletion (p.Glu133del) in MED22, a subunit of the MED complex, was identified in 8 individuals presenting with global developmental delay, epileptic encephalopathy, microcephaly, and dystonia. This discovery represents the first reported association between MED22 variant and a human disease. In this context, the present project aims to investigate the pathogenicity of MED22 variant through the development of 2 new zebrafish models. A first loss-of-function model (med22 F0 KO) was generated using CRISPR-Cas9, while a second model expresses the human MED22 variant through mRNA injection (MED22p.Glu133del). Characterization of the med22 F0 KO model revealed morphological abnormalities, reduced brain area, severe locomotor deficits, and increased seizure susceptibility, accompanied by neuronal hyperactivity. This model also exhibits elevated apoptosis, disorganized muscle fibers, and defects in the dopaminergic network. In addition, a single-cell transcriptomic analysis revealed downregulation of numerous genes associated with Parkinson’s disease and key developmental signaling pathways in the med22 F0 KO model. Interestingly, the second model, MED22p.Glu133del, replicates these key phenotypic alterations, supporting a causal role of the variant in the observed pathology. Together, these findings identify MED22 as a novel gene involved in the development of neuronal circuits, particularly the dopaminergic system, and provide a foundation for future studies on the pathophysiological mechanisms underlying this newly characterized neurodevelopmental disorder
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
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