1,996 research outputs found
Dimer-dimer stacking interactions are important for nucleic acid binding by the archaeal chromatin protein Alba
No full textArchaea use a variety of small basic proteins to package their DNA. One of the most widespread and highly conserved is the Alba (Sso10b) protein. Alba interacts with both DNA and RNA in vitro, and we show in the present study that it binds more tightly to dsDNA (double-stranded DNA) than to either ssDNA (single-stranded DNA) or RNA. The Alba protein is dimeric in solution, and forms distinct ordered complexes with DNA that have been visualized by electron microscopy studies; these studies suggest that, on binding dsDNA, the protein forms extended helical protein fibres. An end-to-end association of consecutive Alba dimers is suggested by the presence of a dimer-dimer interface in crystal structures of Alba from several species, and by the strong conservation of the interface residues, centred on Are and Phe(60). In the present study we map perturbation of the polypeptide backbone of Alba upon binding to DNA and RNA by NMR, and demonstrate the central role of Phe(60) in forming the dimer dimer interface. Site-directed spin labelling and pulsed ESR are used to confirm that an end-to-end, dimer dimer interaction forms in the presence of dsDNA.Peer reviewe
First person – Alba Delrio-Lorenzo
No full textFirst Person is a series of interviews with the first authors of a selection of papers published in Journal of Cell Science, helping early-career researchers promote themselves alongside their papers. Alba Delrio-Lorenzo is first author on ‘Sarcoplasmic reticulum Ca2+ decreases with age and correlates with the decline in muscle function in Drosophila’, published in JCS. Alba is a PhD student in the lab of Javier García-Sancho and María Teresa Alonso at the Instituto de Biología y Genética Molecular (IBGM), University of Valladolid, Spain, investigating the molecular mechanisms implicated in aging, particularly muscle aging.Peer reviewe
1991-1992: The House of Bernarda Alba
No full textFrom left: Miriam Colon as Bernarda Alba and Trinity Thompson as Maria JosefaThe House of Bernarda Alba;Grayscal
1991-1992: The House of Bernarda Alba
No full textStanding: Ellyn Duncan as Amelia, Caitlin O'Connell as Martirio, and Feiga M. Martinez as Angustias.
Seated: Catherine Lynn Davis as Adela, Miriam Colon as Bernarda Alba, and Johanna Melamed as MagdalenaThe House of Bernarda Alba;Grayscal
1991-1992: The House of Bernarda Alba
No full textForeground (from left): Rose Pickering as Prudencia, Miriam Colon as Bernarda Alba, and Feiga M. Martinez as Angustias.
Background (from left): Caitlin O'Connell as Martirio, Johanna Melamed as Magdalena, Linda Stephens as La Poncia, Ellyn Duncan as Amelia, and Catherine Lynn Davis as AdelaThe House of Bernarda Alba;Grayscal
Proksimat pada Tepung Buah Mangrove Sonneratia alba
No full textThis study aims to determine the proximate value of Sonneratia alba mangrove flour. The flour was made from young (d ≤ 3 cm) and old S. alba fruit. S. alba fruit were collected from Desa Wori, Kec.Wori, Kab. Minahasa Selatan, North Sulawesi. The measured parameters were moisture content by the oven method, the ash content by the dry ashing method, the protein content by the Kjeldahl method; fat content by the Soxhlet method and carbohydrate content were calculated by difference. The results showed that the proximate content of young S. alba fruit flour was 10.53% of moisture, 5.18% ash, 8.735 protein, 1.44% fat and 74.12% carbohydrate. The proximate content of old S. alba mangrove flour was moisture content 9.63%, ash 5.39%, protein 8.34%, fat 1.54% and carbohydrate 75.1%. Moiture and protein content of young S. alba mangrove flour is slightly higher compared to old S. alba mangrove flour. Meanwhile, ash, fat and carbohydrate content of old S. alba mangrove flour is slightly higher compared to young S. alba mangrove flour. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kadar proksimat pada tepung buah mangrove Sonneratia alba muda (d ≤ 3 cm) dan proksimat tepung buah mangrove S. alba tua (d ≥ 3cm) yang diambil di Desa Wori Kecamatan Wori Kabupaten Minahasa Utara Sulawesi Utara. Parameter yang dianalisa adalah kadar air dengan metode oven, kadar abu dengan metode pengabuan kering, kadar protein dengan metode kjeldahl meliputi tiga tahap yaitu destruksi, destilasi dan titrasi; kadar lemak dengan metode soxhlet dan kadar karbohidrat dihitung berdasarkan metode (by difference). Hasil penelitian menunjukkan bahwa kandungan proksimat pada tepung buah mangrove S. alba muda adalah kadar air 10,53%, abu 5,18%, protein 8,735, lemak 1,44% dan karbohidrat 74,12%. Kandungan proksimat pada tepung buah mangrove S. alba tua adalah kadar air 9,63%, abu 5,39%, protein 8,34%, lemak 1,54% dan karbohidrat 75,1%. Perbandingan kandungan proksimat tepung buah mangrove S. alba muda dan tua adalah sebagai berikut: kadar air dan protein pada tepung buah mangrove S. alba muda sedikit lebih tinggi dibandingkan dengan tepung buah mangrove S. alba tua. sedangkan kadar abu, lemak dan karbohidrat kandungan tepung buah mangrove S. alba tua sedikit lebih tinggi dibandingkan dengan tepung buah mangrove S. alba muda
Biosynthesis of Sactipeptides: Characterization of the thioether bond forming Radical SAM enzymes AlbA und SkfB
No full textSactipeptide sind eine neue Klasse ribosomal synthetisierter, meist bioaktiver Peptide, die aus 26 bis 35 proteinogenen Aminosäuren bestehen. Ihr charakteristisches Merkmal ist eine Thio-etherbindung, die das Schwefelatom einer Cysteingruppe mit dem α-Kohlenstoffatom einer Ak-zeptoraminosäure verknüpft. Als Akzeptoren wurden bis zum jetzigen Zeitpunkt die Aminosäu-ren Phenylalanin, Threonin, Methionin, Asparagin, Serin, Alanin und Tyrosin identifiziert. Alle bekannten Sactipeptide verfügen über eine relativ starre helikale Struktur. Teilweise wird auch ein zyklisches Peptidrückgrat gefunden. Der Sporulation Killing Factor (SKF) verfügt neben der Thioetherbrücke über eine Disulfidbindung zwischen zwei Cysteinen.
Im Rahmen dieser Arbeit wurde die Biosynthese der Thioetherbildung in den Sactipeptide Subti-losin A und SKF untersucht. Es wurde gezeigt, dass die Bildung der Thioetherbrücken von den Enzymen AlbA (Subtilosin A) und SkfB (SKF) katalysiert wird. Diese beiden Proteine wurden als Radical SAM Enzyme identifiziert, da sie nur in der mit Eisen und Schwefel beladenen Form und nur unter reduktiven Bedingungen in der Lage sind S-Adenosylmethionin (SAM) in Methio-nin und das 5’-Deoxyadenosylradikal zu spalten. Des Weiteren wurde durch die Bestimmung des Eisengehaltes von-Varianten der beiden Enzyme und auch durch spektroskopische Unter-suchungen dieser Proteinvarianten gezeigt, dass AlbA wie auch SkfB zwei [4Fe-4S]-Cluster binden. Der über ein für Radical SAM Enzyme charakteristisches CXXXCXXC-Motiv gebundene [4Fe-4S]-Cluster ist für die Spaltung von SAM verantwortlich wohin gegen der andere [4Fe-4S]-Cluster eine wichtige Rolle in der Synthese des Thioethers spielt.
Durch Vorläuferpeptidmodifikationsassays mit und ohne Zugabe von Iodacetamid, die anschlie-ßend per HPLC-HRMS analysiert wurden, wurde gezeigt, dass die Enzyme jeweils für die Syn-these der Thioetherbrücken in dem dazugehörigen Vorläuferpeptid (SboA, SkfA) verantwortlich sind. Durch Leaderpeptidlose SboA und SkfA-Varianten wurde gezeigt, dass die Reaktion den ersten Schritt in der jeweiligen Biosynthese bildet. Durch AlbA und SkfB-Varianten wie auch Interaktionsstudien mit AlbA, AlbA-Varianten und SboA wurde eine Wechselwirkung des zwei-ten gebundenen [4Fe-4S]-Clusters und dem Vorläuferpeptid nachgewiesen. Des Weiteren wur-den SkfA-Varianten hergestellt die Fragen zur Substratspezifität im Bezug auf Donor- und Ak-zeptorposition in der SkfB katalysierten Reaktion beantworten sollten. Dabei wurde u.a. gezeigt, dass die Enzymklasse nicht in der Lage ist die Synthese von Etherbindungen zu katalysieren. Aufbauend auf den dabei erhaltenen Ergebnissen wurde ein vollständig neuer, über radikale Zwischenstufen verlaufender Mechanismus für die Synthese der Thioetherbindungen vorge-schlagen und verifziert.Sactipeptides are a new class of ribosomal assembled and posttranslational modified, mostly bioactive peptides, which are assembled of 26 to 35 proteinogenic amino acids. Their character-istic feature is a thioether bond linking the sulfur atom of a cysteine residue with the α-carbon of an acceptor amino acid. Until now the amino acids phenylalanine, threonine, methionine, aspar-agine, serine, alanine and tyrosine were identified as acceptors. All known sactipeptides pos-sess of an inflexible helical fold. Partial a cyclized peptide backbone is found. The sporulation killing factor (SKF) contains an additional disulfide bridge as posttranslational modification be-sides the sactipeptide like thioether linkage.
In this thesis the biosynthesis of the thioether bond formation in the sactipeptides subtilosin A and SKF was investigated. It was shown that enzymes AlbA (subtilosin A) and SkfB (SKF) cata-lyze the generation of the thioether linkages. These proteins were identified as radical SAM en-zymes, as they were only able to catalyze the cleavage of S-adenosylmethionine into methio-nine and the 5’-deoxyadenosylradical under reductive condition and after the enzymes were fully loaded with iron- and sulfide-ions. Furthermore it was shown, that both enzymes contains two [4Fe-4S]-Clusters. Therefore the iron- and sulfur-content of the proteins and protein variants were measured. As well the proteins and protein variants were analyzed by several spectro-scopic techniques. The [4Fe-4S]-Cluster, which is coordinated by the characteristic radical SAM enzyme like CXXXCXXC motif is responsible for the cleavage of SAM, whereas the second [4Fe-4S]-Cluster plays a key role during thioether bond formation.
By carrying out precursor peptide modification assays with and without the addition of iodoa-cetamide and subsequent HPLC-HRMS analysis, it was shown that AlbA and SkfB are able to catalyze the thioether linkage generation in the respective precursor peptide (SboA, SkfA). By assaying leaderpeptide less SboA and SkfA variants it was elucidated that the AlbA and SkfB catalyzed reactions are the first step during the biosynthesis of both sactipeptides. Precursor peptide modification assays with AlbA and SkfB variants, as well as interaction studies with Al-bA, AlbA variants and SboA showed an interaction between the second [4Fe-4S]-Cluster and the precursor peptide. Additional assays with SkfA variants, which should address issues con-cerning the substrate specificity of SkfB towards the donor and acceptor positions, were carried out. Within these assays it was e.g. shown that the enzyme class is not able to catalyze the formation of an ether linkage. Based on the obtained results a completely new radical based mechanism for thioether bond formation during sactipeptide biosynthesis is proposed and veri-fied
Studien zur Biosynthese von Sactipeptiden: Charakterisierung der an der Thioetherbrückenbildung beteiligten Radical SAM Enzyme AlbA und SkfB
No full textSactipeptide sind eine neue Klasse ribosomal synthetisierter, meist bioaktiver Peptide, die aus 26 bis 35 proteinogenen Aminosäuren bestehen. Ihr charakteristisches Merkmal ist eine Thio-etherbindung, die das Schwefelatom einer Cysteingruppe mit dem α-Kohlenstoffatom einer Ak-zeptoraminosäure verknüpft. Als Akzeptoren wurden bis zum jetzigen Zeitpunkt die Aminosäu-ren Phenylalanin, Threonin, Methionin, Asparagin, Serin, Alanin und Tyrosin identifiziert. Alle bekannten Sactipeptide verfügen über eine relativ starre helikale Struktur. Teilweise wird auch ein zyklisches Peptidrückgrat gefunden. Der Sporulation Killing Factor (SKF) verfügt neben der Thioetherbrücke über eine Disulfidbindung zwischen zwei Cysteinen. Im Rahmen dieser Arbeit wurde die Biosynthese der Thioetherbildung in den Sactipeptide Subti-losin A und SKF untersucht. Es wurde gezeigt, dass die Bildung der Thioetherbrücken von den Enzymen AlbA (Subtilosin A) und SkfB (SKF) katalysiert wird. Diese beiden Proteine wurden als Radical SAM Enzyme identifiziert, da sie nur in der mit Eisen und Schwefel beladenen Form und nur unter reduktiven Bedingungen in der Lage sind S-Adenosylmethionin (SAM) in Methio-nin und das 5’-Deoxyadenosylradikal zu spalten. Des Weiteren wurde durch die Bestimmung des Eisengehaltes von-Varianten der beiden Enzyme und auch durch spektroskopische Unter-suchungen dieser Proteinvarianten gezeigt, dass AlbA wie auch SkfB zwei [4Fe-4S]-Cluster binden. Der über ein für Radical SAM Enzyme charakteristisches CXXXCXXC-Motiv gebundene [4Fe-4S]-Cluster ist für die Spaltung von SAM verantwortlich wohin gegen der andere [4Fe-4S]-Cluster eine wichtige Rolle in der Synthese des Thioethers spielt. Durch Vorläuferpeptidmodifikationsassays mit und ohne Zugabe von Iodacetamid, die anschlie-ßend per HPLC-HRMS analysiert wurden, wurde gezeigt, dass die Enzyme jeweils für die Syn-these der Thioetherbrücken in dem dazugehörigen Vorläuferpeptid (SboA, SkfA) verantwortlich sind. Durch Leaderpeptidlose SboA und SkfA-Varianten wurde gezeigt, dass die Reaktion den ersten Schritt in der jeweiligen Biosynthese bildet. Durch AlbA und SkfB-Varianten wie auch Interaktionsstudien mit AlbA, AlbA-Varianten und SboA wurde eine Wechselwirkung des zwei-ten gebundenen [4Fe-4S]-Clusters und dem Vorläuferpeptid nachgewiesen. Des Weiteren wur-den SkfA-Varianten hergestellt die Fragen zur Substratspezifität im Bezug auf Donor- und Ak-zeptorposition in der SkfB katalysierten Reaktion beantworten sollten. Dabei wurde u.a. gezeigt, dass die Enzymklasse nicht in der Lage ist die Synthese von Etherbindungen zu katalysieren. Aufbauend auf den dabei erhaltenen Ergebnissen wurde ein vollständig neuer, über radikale Zwischenstufen verlaufender Mechanismus für die Synthese der Thioetherbindungen vorge-schlagen und verifziert
Daun Mangrove Sonneratia alba sebagai Teh Fungsional
No full textThe purpose of this review is to explore the antioxidant capacity of Sonneratia alba mangrove leaves to be developed into functional tea. The data collection was done by collecting literature through various types of databases (big data) including Google Scholar, Microsoft Academic, DOAJ, BASE, and DIMENSION. Articles were limited to research and review papers published between 2016 to 2020 . The following keywords were used: mangrove, Sonneratia alba, functional tea, phytochemicals, IC 50 DPPH, and yields. The results obtained from a literature study revealed that the extended extraction time with boiling water on the mangrove material can increase the yield. Also, literature searches indicated that the extraction of S. alba young leaves for 40, 50 and 60 minutes with boiling water resulted in phenolic, flavonoid, terpenoid, steroid, tannin and alkaloid phytochemical compounds. The existence of these compounds denoted the presence of antioxidant properties in the extracts. Furthermore, previous studies signified a higher phenol content and IC50 DPPH in S. alba leaves. The data from collected articles suggested that young leaves of S. alba mangrove could be developed as functional tea, rich in antioxidants and resistance in high temperature.Tujuan penulisan artikel ini adalah menggali potensi antioksidan daun mangrove Sonneratia alba untuk dikembangkan menjadi teh fungsional. Metode pengumpulan data dilakukan dengan penelusuran literatur melalui berbagai jenis database (big data) diantaranya yaitu Google Scholar, Microsoft Academic, DOAJ, BASE, Crossref, dan DIMENSION. Penelusuran dipersempit pada artikel ilmiah dan hasil review jurnal yang terbit antara tahun 2016–2020. Kata kunci yang digunakan untuk pencarian adalah mangrove, Sonneratia alba, teh fungsional, fitokimia, IC50 DPPH, dan rendemen. Hasil studi pustaka menunjukkan bahwa semakin lama proses ekstraksi dengan air mendidih pada bahan sediaan dapat meningkatkan rendemen. Selanjutnya, daun muda mangrove S. alba yang diekstraksi 40, 50 dan 60 menit dengan air mendidih memiliki kandungan senyawa fitokimia jenis fenolik, flavonoid, terpenoid, steroid, tanin dan alkaloid. Keberadaan senyawa-senyawa tersebut membuktikan adanya potensi antioksidan pada suatu ekstrak. Bahkan, penelitian-penelitian sebelumnya juga membuktikan bahwa daun S. alba memiliki nilai total fenol dan IC50 DPPH yang tinggi. Data-data hasil penelusuran literatur tersebut secara umum memperlihatkan bahwa daun muda mangrove S. alba bisa dikembangkan menjadi teh fungsional kaya antioksidan dan tahan suhu tinggi.Key words: S. alba leaves, antioxidants, functional te
The Author/Translator Interactional Process. A Case Study
No full textSee Naples and Kill (1988) is a lively and colourful novel by the con-temporary English writer, Gregory Dowling, translated into Italian in 2015.
Following the tradition of translation studies (Venuti 2000, Bass-nett 2002, Cronin 2006), this paper analyses the rewriting process of literary translation, considering in particular the fruitful but sometimes tense and even conflictual relationship between writer and translator.
The translation of the novel See Naples and Kill was an ongoing rewriting process entailing a constant dialogue between the writer and the translator. Therefore, the study aims at answering two main ques-tions: what happens if the rewriting process of translation is constant-ly questioned by the author? What happens if the author has a good mastery of the target language and s/he is her/himself a translator?
By exploring the relationship between translation and re-creation, the research focuses on the differences and similarities between the primary creation (source text) and the secondary creation (target text), and aims to verify in which way the dialogic encounter of two different personalities and cultures does not make them merge but, by retaining their own uniqueness, leads eventually to their mutually en-riching each other. A comparative analysis of the source text and the different drafts of the translated version accompanied by the author’s comments will shed light on the tense author-translator relationship in the specific case under investigation and how both actors handle this tension in order to create a new work resulting from the (dis)agreement of the two parties
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