1,720,968 research outputs found
Karakterisasi Gen Odorant Receptor (OR) Parsial Serangga Penggerek Batang Padi Kuning Scirpophaga incertulas (Walker)
No full textYellow rice stem borer S. incertulas (Lepidoptera: Crambidae) is an important insect causes the damage of the rice crop. The females of S. incertulas naturally release sex pheromones and then captured by pheromone binding protein (PBP) in the haemolymph of male antennaes; subsequently sent to the odorant receptor proteins located on the olfactory sensory neuron dendrites on the antennae sensillae membrane which detect the chemical stimuli. The aim of this study was to characterize the odorant receptor (OR) gene that mediates the chemical information systems on the mating behavior of S. incertulas. RNA was extracted from male and female imago antennaes collected from Karawang and from rearing in Indonesian Centre for Agricultural Biotechnology and Genetic Resources Research and Development (BB-BIOGEN). The OR gene amplification from cDNA was performed by standard PCR, touchdown PCR and nested-touchdown PCR. The characterization of partial OR gene of S. incertulas male successfully performed by using touchdown-nested PCR. The OR partial gene sequence of S. incertulas revealed 133 bp size was homolog to the OR gene sequence of Ostrinia nubilalis (Lepidoptera: Crambidae) OnubOR7a (GenBank Accession No. AB597005.1). The homologous part showed that 133 bp sequence of S. incertulas was a candidate of OR genes that mediated the chemical information systems on the mating behavior of yellow rice stem borer. This study also successfully amplified beta-actin gene sequence 681 bp size from both male and female insects as the verification to the success of RNA extraction
. Biologi Penggerek Batang Jagung Ostrinia Furnacalis Guenée Yang Diberi Pakan Buatan
No full textOstrinia furnacalis merupakan serangga penggerek batang yang memanfaatkan tanaman jagung sebagai inang utamanya. Serangga O. furnacalis berkembang dalam suatu siklus hidup dengan metamorfosis sempurna (holometabola). Penelitian ini bertujuan untuk meneliti beberapa aspek biologi O. furnacalis (siklus hidup, masa inkubasi telur, fertilitas telur, fekunditas betina, longivitas imago, waktu kawin) yang diberi pakan buatan yang telah dimodifikasi dari formula yang pernah dibuat sebelumnya. Siklus hidup O. furnacalis yang diberi pakan buatan secara keseluruhan berlangsung selama 27-34 hari. Fekunditas penggerek batang jagung betina yaitu sebanyak 16-452 telur dengan tingkat fertilitas sebesar 61,97% dan masa inkubasi 3-5 hari. Longivitas imago penggerek batang jagung ini adalah 6-11 hari, dan longivitas imago betina lebih tinggi dibandingkan imago jantan. Imago melakukan kopulasi pada umur 0-3 hari setelah keluar dari pupa dan terbanyak pada satu hari. Waktu imago berkopulasi yaitu pada jam ke-3 hingga jam ke-8 setelah fase gelap dimulai, dan tertinggi pada jam ke-5. Pakan buatan yang digunakan pada penelitian ini dapat digunakan untuk perbanyakan O. furnacalis. Stadia telur hingga pupa O. furnacalis yang diberikan pakan buatan berlangsung lebih singkat dibandingkan stadia telur hingga pupa yang diberikan pakan alami
Variasi Haplotipe Gen Cytochrome c Oxidase I dan II pada Wereng Hijau Nephotettix virescens (Distant) (Hemiptera: Cicadellidae) Populasi Indonesia.
No full textWereng hijau, Nephotettix virescens (Hemiptera: Cicadellidae) merupakan
serangga vektor virus tungro padi yang menginfeksi tanaman padi di Indonesia.
Gejala tanaman yang terinfeksi virus tungro menjadi kerdil, warna daun
menguning, daun muda menggulung, anakan padi berkurang, dan gabah hampa,
sehingga menyebabkan pertumbuhan tanaman terganggu yang berakibat
menurunnya produktivitas. Populasi N. virescens memiliki variasi yang berbeda
pada karakter morfologi eksternal (kepala, torak, sayap, abdomen, dan tungkai)
dan karakter genitalia jantan (aedeagus, jumlah spines (duri) pada aedeagus, dan
pygofer) di beberapa wilayah Indonesia. Variasi yang terjadi pada populasi N.
virescens kemungkinan dipengaruhi oleh kondisi lingkungan lokal sehingga tidak
mengungkapkan pola pengelompokkan berdasarkan geografik. Oleh karena itu,
diperlukan identifikasi serangga vektor yang lebih akurat untuk membedakan
populasi N. virescens dari berbagai daerah.
Pendekatan molekular dengan mempelajari variasi genetik diharapkan
dapat mengungkapkan pola pengelompokkan berdasarkan geografik, sehingga
dapat digunakan untuk Pemantauan persebaran populasi N. virescens di setiap
daerah. Oleh karena itu, database molekular N. virescens sangat diperlukan untuk
mengembangkan strategi pengendalian vektor. Informasi variasi genetik dapat
digunakan untuk mempelajari asal-usul serangga vektor ketika terjadi dominansi
N. virescens di suatu daerah.
Marka DNA mitokondria (DNAmt) dapat digunakan untuk mempelajari
identifikasi spesies, variasi genetik intra spesies dan hubungan kekerabatan antar
spesies. Gen pada DNAmt yang banyak digunakan dalam studi molekular untuk
mempelajari variasi genetik dan struktur populasi adalah gen cytochrome c
oxidase (COI dan COII). Daerah gen COI dan COII memiliki variabilitas yang
rendah, bersifat konservatif, tidak ada insersi dan delesi. Data DNAmt untuk N.
virescens di Indonesia belum ada. Oleh karena itu, analisis variasi gen COI dan
COII N.virescens di Indonesia perlu dilakukan untuk mendapatkan database
serangga tersebut. Penelitian ini bertujuan mempelajari variasi haplotipe gen COI
dan COII N. virescens yang dikoleksi dari delapan lokasi di enam provinsi di
Indonesia, yaitu Aceh, Jawa Barat, Jawa Tengah, Jawa Timur, Bali, dan Sulawesi
Selatan.
Tahapan analisis molekular meliputi ekstraksi DNA fase dewasa N.
virescens, amplifikasi DNA, perunutan dan alignment DNA. Primer gen COI dan
COII N. virescens dirancang berdasarkan complete genome DNAmt N. cincticeps
(GenBank no. aksesi KP749836). Analisis bioinformatik dilakukan berdasarkan
homologi runutan basa dan asam amino, analisis jarak genetik dan konstruksi
pohon filogeni untuk kekerabatan antar populasi. Analisis molekular lain meliputi
diversitas haplotipe dan basa, dan analisis struktur genetik populasi.
Sebanyak 128 urutan basa gen COI dan COII telah berhasil diperoleh dari
64 individu N. virescens. Hasil alignment dari delapan populasi diperoleh panjang
basa gen COI dan COII parsial masing-masing sebesar 735 dan 612 pb. Penelitian
ini menemukan 14 dan 10 haplotipe baru dari alignment runutan basa berturutturut
untuk COI dan COII. Haplotipe baru hasil penelitian ini telah didaftar ke
DNA Data Bank of Japan (DDBJ) dengan nomer aksesi: LC330970 - LC330983
untuk gen COI dan LC330984 – LC330993 untuk gen COII. Variasi basa yang
terjadi pada 14 haplotipe gen COI dan ke-10 haplotipe gen COII adalah berupa
substitusi yang tidak selalu menyebabkan perubahan asam amino.
Hasil penelitian menemukan gen COI terdiri atas satu haplotipe umum dan
13 haplotipe spesifik, sedangkan gen COII ditemukan dua haplotipe umum dan
delapan haplotipe spesifik. Haplotipe umum ditentukan berdasarkan runutan basa
yang ditemukan disemua lokasi sampel yang diteliti, yaitu haplotipe 1 (HT1)
untuk gen COI sedangkan HT1 dan HT2 untuk gen COII. Dengan adanya
haplotipe umum ini dimungkinkan terjadi aliran gen antara populasi-pupulasi
wereng hijau tersebut dan HT1 mungkin merupakan haplotipe nenek moyang N.
virescens. Haplotipe spesifik (haplotipe unik untuk masing-masing daerah) pada
gen COI dan COII dapat dikelompokkan masing-masing menjadi empat dan tiga
haplotipe spesifik pulau. Keempat haplotipe spesifik N. virescens yang ditemukan
di gen COI dapat digunakan untuk mewakili daerah Jawa, Sumatera, Bali, dan
Sulawesi, sedangkan tiga haplotipe spesifik gen COII berasal dari Jawa, Sumatera,
dan Sulawesi.
Diversitas genetik delapan populasi N. virescens menunjukkan bahwa
nilai rata-rata diversitas haplotipe gen COI dan COII relatif moderat (Hd = 0.546)
sampai tinggi (Hd = 0.665) dengan diversitas basa rendah (Л = 0.00204 dan
0.00208). Nilai Fst menunjukkan bahwa populasi Kutacane, Wonosobo, dan
Sidrap mempunyai aliran gen yang rendah dibandingkan populasi lainnya yang
kemungkinan disebabkan adanya isolasi geografik (misalnya pegunungan, jarak
antar populasi dan lautan). Konstruksi pohon filogeni N. virescens menunjukkan
bahwa gen COI lebih memberikan sinyal genetik dibandingkan gen COII dengan
terbentuk dua kelompok yaitu kelompok 1 Sundaland untuk daerah Sumatera,
Jawa, dan Bali dan kelompok 2 untuk daerah Sulawesi. Oleh karena itu, hasil
penelitian ini dapat menunjukkan bahwa runutan gen COI lebih efektif digunakan
sebagai penanda atau marka untuk identifikasi spesies N. virescens di masing -
masing daerah. Hasil penelitian ini diharapkan dapat digunakan untuk
menjelaskan jika terjadi sebaran haplotipe N. virescens dari daerah native tungro
ke daerah non-native
Variasi Sensila pada Antena Ngengat Scirpophaga incertulas Walker (Lepidoptera: Crambidae)
No full textScirpophaga incertulas Walker (Lepidoptera: Crambidae) moth infests paddy, therefore it is known as yellow rice stem borer. The antenna of moth S. incertulas serve as the olfactory organ. The pores in antennal sensilla allow the feromon pass to the inner side of the antenna. The aim of this research was to study the diversity of antennal sensilla from the male and female S. incertulas by using scanning electron microscope (SEM). Goldplating method was applied for the purpose of coating process to increase the slide contrast. The antenna S. incertulas is filiform type and the antenna consists of three main parts, i.e. scape, pedicle, and flagellum. This study found that the S. incertulas male antenna has two types of sensila: trichodea sensilla (having three variations: TrI, TrII, and TrIII types) and bassiconica sensilla with two variations, BaII and BaIII types. Further in female antennal, the result of this study revelaed four types of sensilla: trichodea sensilla (TrI, TrII, and TRIII types), bassiconica sensilla (BaIII type), chaetica sensilla, and three variations of coeloconica sensilla (CoI, CoII, and CoIII types)
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
No full textThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
No full text“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
No full textWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
No full textWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
- …
