328 research outputs found
Spring gammarids in difficulties? : gammarus fossarum exposed to copper and rising temperatures
No full textGlobal Change including climate change, environmental pollution and habitat destruction are taking place all over the world. Temperature rises are occurring and changing the ecosystems. Glaciers are melting and as a result the sea level is rising, just to give one example of the impact Global Change is having. Taking these changes into consideration and the fact that little is known about the exact consequences of these changes on freshwater species, the aim of this thesis was to find out how a model organism reacts to rising water temperatures and copper exposure. In order to test this, experiments were conducted with G. fossarum in flow channels in a laboratory and one set of experiments was conducted in the field directly in a spring.
In the first set of experiments the temperature tolerance of G. fossarum was determined in laboratory flow channel experiments. Three different temperature scenarios were tested and the end points chosen in these and all further experiments were the feeding and respiratory electron transport system (ETS) activity. These endpoints are complementary in determining different aspects of the metabolic activity of the tested organisms. The feeding activity increased with temperature increase; no significant temperature effect on the ETS activity was observed. This is discussed and the implications of our results portrayed for more sensitive spring species.
In the second set of experiments an additional stressor in the form of copper sulphate was added to the set-up, in order to assess what impact elevated water temperatures in combination with a sub-lethal copper exposure would have on G. fossarum. Although it is known that temperature can raise the toxicity of substances and is a determining factor for growth, relatively few experiments have been conducted in the field of ecotoxicology considering temperature. Therefore we conducted a set of LC50-tests at different water temperatures prior to these experiments. We were able to confirm that elevated water temperature raises copper toxicity to gammarids. The second set of experiments demonstrated no significant effect of copper on the feeding activity; it was however slightly raised at the higher water temperatures. The ETS activity of G. fossarum was significantly lowered when exposed to copper, but increased with increasing water temperature. In this set of experiments we demonstrated the importance of using different endpoints to find answers to a question. The approach of using two methods which enable assertions on the same biological responses is desirable. A higher risk of adverse effects with increase in water temperature and exposure to copper can be reasonably inferred from our results.
The value of field experiments is not disputed and yet experiments of such nature are seldom, especially in the field of ecotoxicology. Flow channel experiments are a good option for conducting experiments with freshwater species under controlled conditions. In this project we went a step further and conducted the stird set of experiments in the natural habitat of G. fossarum. We designed the experimental set-up to be suitable for experiments both in flow channels in the laboratory and in a natural spring. Since we did not want to pollute the entire spring we opted for contaminated leaf litter, which was placed in the spring in test chambers. The water temperature was not changed in this set of experiments. The feeding activity was not significantly affected by the copper; the ETS activity was significantly lowered. Generally the metabolic activity of the gammarids was higher in the laboratory than in the spring. In this last set of experiments we took a crucial step towards a more realistic approach when examining environmental pollutants on organisms
Simulation des conséquences d'une exposition au cadmium sur la composition élémentaire de la ressource gammare: Intégration de la stoechiométrie dans la dynamique de population de Gammarus fossarum
No full textInternational audienceThe availability and quality of food resources not only determine the composition and distribution of species within ecosystems but also influence the structure and dynamics of their populations. The freshwater detritivorous amphipod Gammarus fossarum (Charron et al., 2013) is commonly used in aquatic ecology and ecotoxicology due to its ubiquity, abundance, ease of manipulation, and central role in the flow of matter and energy. In addition to its functional role as a key shredder in the breakdown of organic matter (leaves, wood), this species also serves as a food source for numerous predators, acting as a sink for various elements. Therefore, integrating stoichiometry, which provides information on elemental composition (Carbon: C; Nitrogen: N; Phosphorus: P), into the population dynamics of this amphipod is of major interest for understanding ecosystem functioning (trophic networks, biogeochemical cycles).The growth rate hypothesis (GRH, Elser et al., 1996) posits that ribosomal RNA is the primary phosphorus requirement in invertebrates. Since phosphorus plays a crucial role in protein synthesis, which is essential for organism growth, we hypothesize that juveniles should have higher phosphorus content than adults. We analyzed the availability of elemental resources represented by gammarids through a model of the species' population structure and dynamics and estimated the changes induced by chemical stress (such as metal contamination). To achieve this, we relied on the formalism of a size-class-based population matrix model, as described by Coulaud (2014). In parallel, the elemental composition of G. fossarum was estimated for each size class following a field sampling campaign and C/N/P measurements in the laboratory.The acquisition of such stoichiometric data confirmed that juvenile individuals have higher phosphorus content than adults. The population dynamics matrix model was combined with a matrix explicitly describing the differential stoichiometry across size classes, allowing for a better understanding of how the distribution of elemental resources within populations of this species influences their availability to other aquatic organisms. The effects of chemical stress were also integrated into this model using ecotoxicological data from the literature and ad hoc bioassays.Charron, L., Geffard, O., Chaumot, A., Coulaud, R., Quéau, H., Geffard, A., & Dedourge-Geffard, O. (2013). Effect of water quality and confounding factors on digestive enzyme activities in Gammarus fossarum. Environmental Science and Pollution Research, 20(12), 9044 9056. Coulaud, R., Geffard, O., Coquillat, A., Quéau, H., Charles, S., & Chaumot, A. (2014). Ecological Modeling for the Extrapolation of Ecotoxicological Effects Measured during in Situ Assays in Gammarus. Environmental Science & Technology, 48(11), 6428 6436.Elser, J. J., Dobberfuhl, D. R., MacKay, N. A., & Schampel, J. H. (1996). Organism Size, Life History, and N:P Stoichiometry. BioScience, 46(9), 674 684.La disponibilité et la qualité des ressources alimentaires conditionnent non seulement la composition et la répartition des espèces dans les écosystèmes mais également la structure et la dynamique de leurs populations. L’amphipode détritivore d’eau douce Gammarus fossarum (Charron et al., 2013) est couramment utilisée en écologie et en écotoxicologie aquatique en raison de son caractère ubiquiste, de son abondance, de sa facilité de manipulation et de son rôle central dans les flux de matière et d’énergie. En effet, outre son rôle fonctionnel de déchiqueteur essentiel dans la dégradation de la matière organique (feuilles, bois), cette espèce sert également de source de nourriture pour de nombreux prédateurs, représentant ainsi un puit pour différents éléments. Ainsi l’intégration de la stœchiométrie, renseignant sur la composition élémentaire (Carbone : C ; Azote : N ; Phosphore : P) à la dynamique de population de cet amphipode, représente un intérêt majeur dans la compréhension du fonctionnement des écosystèmes (réseaux trophiques, cycles biogéochimiques). L'hypothèse du taux de croissance (GRH, « growth rate hypothesis », Elser et al., 1996) postule que l’ARN ribosomal constitue le principal besoin de phosphore cellulaire chez les invertébrés. Le phosphore jouant ainsi un rôle majeur dans la synthèse des protéines - essentielles pour la croissance des organismes -, nous pouvons ainsi poser l’hypothèse que les juvéniles devraient être plus riches en phosphore que les adultes. Nous avons analysé la disponibilité des ressources élémentaires que représentent les gammares, via une modélisation de la structure et de la dynamique de sa population, et estimé les modifications engendrées par un stress chimique (type contamination métallique). Pour cela, nous nous sommes appuyés sur le formalisme d’un modèle matriciel de population basé sur des classes de taille, tel que décrit par Coulaud (2014). En parallèle, la composition élémentaire de G. fossarum a été estimée pour chaque classe de taille, suite à une campagne d’échantillonnage sur le terrain et des dosages C/N/P au laboratoire. L’acquisition de telles données stœchiométriques a confirmé que le taux de phosphore des individus juvéniles est supérieur à celui des adultes. Le modèle matriciel de dynamique de population a été combiné avec une matrice explicitant la stœchiométrie différentielle selon les classes, permettant de mieux comprendre comment la répartition des ressources élémentaires au sein des populations de cette espèce influence leur disponibilité pour les autres organismes des cours d'eau. Les effets d’un stress chimique ont également été intégrés à ce modèle à l’aide de données écotoxicologiques de la littérature et de bioessais ad hoc. Charron, L., Geffard, O., Chaumot, A., Coulaud, R., Quéau, H., Geffard, A., & Dedourge-Geffard, O. (2013). Effect of water quality and confounding factors on digestive enzyme activities in Gammarus fossarum. Environmental Science and Pollution Research, 20(12), 9044 9056. Coulaud, R., Geffard, O., Coquillat, A., Quéau, H., Charles, S., & Chaumot, A. (2014). Ecological Modeling for the Extrapolation of Ecotoxicological Effects Measured during in Situ Assays in Gammarus. Environmental Science & Technology, 48(11), 6428 6436.Elser, J. J., Dobberfuhl, D. R., MacKay, N. A., & Schampel, J. H. (1996). Organism Size, Life History, and N:P Stoichiometry. BioScience, 46(9), 674 684
Simulation des conséquences d'une exposition au cadmium sur la composition élémentaire de la ressource gammare: Intégration de la stoechiométrie dans la dynamique de population de Gammarus fossarum
No full textInternational audienceThe availability and quality of food resources not only determine the composition and distribution of species within ecosystems but also influence the structure and dynamics of their populations. The freshwater detritivorous amphipod Gammarus fossarum (Charron et al., 2013) is commonly used in aquatic ecology and ecotoxicology due to its ubiquity, abundance, ease of manipulation, and central role in the flow of matter and energy. In addition to its functional role as a key shredder in the breakdown of organic matter (leaves, wood), this species also serves as a food source for numerous predators, acting as a sink for various elements. Therefore, integrating stoichiometry, which provides information on elemental composition (Carbon: C; Nitrogen: N; Phosphorus: P), into the population dynamics of this amphipod is of major interest for understanding ecosystem functioning (trophic networks, biogeochemical cycles).The growth rate hypothesis (GRH, Elser et al., 1996) posits that ribosomal RNA is the primary phosphorus requirement in invertebrates. Since phosphorus plays a crucial role in protein synthesis, which is essential for organism growth, we hypothesize that juveniles should have higher phosphorus content than adults. We analyzed the availability of elemental resources represented by gammarids through a model of the species' population structure and dynamics and estimated the changes induced by chemical stress (such as metal contamination). To achieve this, we relied on the formalism of a size-class-based population matrix model, as described by Coulaud (2014). In parallel, the elemental composition of G. fossarum was estimated for each size class following a field sampling campaign and C/N/P measurements in the laboratory.The acquisition of such stoichiometric data confirmed that juvenile individuals have higher phosphorus content than adults. The population dynamics matrix model was combined with a matrix explicitly describing the differential stoichiometry across size classes, allowing for a better understanding of how the distribution of elemental resources within populations of this species influences their availability to other aquatic organisms. The effects of chemical stress were also integrated into this model using ecotoxicological data from the literature and ad hoc bioassays.Charron, L., Geffard, O., Chaumot, A., Coulaud, R., Quéau, H., Geffard, A., & Dedourge-Geffard, O. (2013). Effect of water quality and confounding factors on digestive enzyme activities in Gammarus fossarum. Environmental Science and Pollution Research, 20(12), 9044 9056. Coulaud, R., Geffard, O., Coquillat, A., Quéau, H., Charles, S., & Chaumot, A. (2014). Ecological Modeling for the Extrapolation of Ecotoxicological Effects Measured during in Situ Assays in Gammarus. Environmental Science & Technology, 48(11), 6428 6436.Elser, J. J., Dobberfuhl, D. R., MacKay, N. A., & Schampel, J. H. (1996). Organism Size, Life History, and N:P Stoichiometry. BioScience, 46(9), 674 684.La disponibilité et la qualité des ressources alimentaires conditionnent non seulement la composition et la répartition des espèces dans les écosystèmes mais également la structure et la dynamique de leurs populations. L’amphipode détritivore d’eau douce Gammarus fossarum (Charron et al., 2013) est couramment utilisée en écologie et en écotoxicologie aquatique en raison de son caractère ubiquiste, de son abondance, de sa facilité de manipulation et de son rôle central dans les flux de matière et d’énergie. En effet, outre son rôle fonctionnel de déchiqueteur essentiel dans la dégradation de la matière organique (feuilles, bois), cette espèce sert également de source de nourriture pour de nombreux prédateurs, représentant ainsi un puit pour différents éléments. Ainsi l’intégration de la stœchiométrie, renseignant sur la composition élémentaire (Carbone : C ; Azote : N ; Phosphore : P) à la dynamique de population de cet amphipode, représente un intérêt majeur dans la compréhension du fonctionnement des écosystèmes (réseaux trophiques, cycles biogéochimiques). L'hypothèse du taux de croissance (GRH, « growth rate hypothesis », Elser et al., 1996) postule que l’ARN ribosomal constitue le principal besoin de phosphore cellulaire chez les invertébrés. Le phosphore jouant ainsi un rôle majeur dans la synthèse des protéines - essentielles pour la croissance des organismes -, nous pouvons ainsi poser l’hypothèse que les juvéniles devraient être plus riches en phosphore que les adultes. Nous avons analysé la disponibilité des ressources élémentaires que représentent les gammares, via une modélisation de la structure et de la dynamique de sa population, et estimé les modifications engendrées par un stress chimique (type contamination métallique). Pour cela, nous nous sommes appuyés sur le formalisme d’un modèle matriciel de population basé sur des classes de taille, tel que décrit par Coulaud (2014). En parallèle, la composition élémentaire de G. fossarum a été estimée pour chaque classe de taille, suite à une campagne d’échantillonnage sur le terrain et des dosages C/N/P au laboratoire. L’acquisition de telles données stœchiométriques a confirmé que le taux de phosphore des individus juvéniles est supérieur à celui des adultes. Le modèle matriciel de dynamique de population a été combiné avec une matrice explicitant la stœchiométrie différentielle selon les classes, permettant de mieux comprendre comment la répartition des ressources élémentaires au sein des populations de cette espèce influence leur disponibilité pour les autres organismes des cours d'eau. Les effets d’un stress chimique ont également été intégrés à ce modèle à l’aide de données écotoxicologiques de la littérature et de bioessais ad hoc. Charron, L., Geffard, O., Chaumot, A., Coulaud, R., Quéau, H., Geffard, A., & Dedourge-Geffard, O. (2013). Effect of water quality and confounding factors on digestive enzyme activities in Gammarus fossarum. Environmental Science and Pollution Research, 20(12), 9044 9056. Coulaud, R., Geffard, O., Coquillat, A., Quéau, H., Charles, S., & Chaumot, A. (2014). Ecological Modeling for the Extrapolation of Ecotoxicological Effects Measured during in Situ Assays in Gammarus. Environmental Science & Technology, 48(11), 6428 6436.Elser, J. J., Dobberfuhl, D. R., MacKay, N. A., & Schampel, J. H. (1996). Organism Size, Life History, and N:P Stoichiometry. BioScience, 46(9), 674 684
Simulation des conséquences d'une exposition au cadmium sur la composition élémentaire de la ressource gammare: Intégration de la stoechiométrie dans la dynamique de population de Gammarus fossarum
No full textInternational audienceThe availability and quality of food resources not only determine the composition and distribution of species within ecosystems but also influence the structure and dynamics of their populations. The freshwater detritivorous amphipod Gammarus fossarum (Charron et al., 2013) is commonly used in aquatic ecology and ecotoxicology due to its ubiquity, abundance, ease of manipulation, and central role in the flow of matter and energy. In addition to its functional role as a key shredder in the breakdown of organic matter (leaves, wood), this species also serves as a food source for numerous predators, acting as a sink for various elements. Therefore, integrating stoichiometry, which provides information on elemental composition (Carbon: C; Nitrogen: N; Phosphorus: P), into the population dynamics of this amphipod is of major interest for understanding ecosystem functioning (trophic networks, biogeochemical cycles).The growth rate hypothesis (GRH, Elser et al., 1996) posits that ribosomal RNA is the primary phosphorus requirement in invertebrates. Since phosphorus plays a crucial role in protein synthesis, which is essential for organism growth, we hypothesize that juveniles should have higher phosphorus content than adults. We analyzed the availability of elemental resources represented by gammarids through a model of the species' population structure and dynamics and estimated the changes induced by chemical stress (such as metal contamination). To achieve this, we relied on the formalism of a size-class-based population matrix model, as described by Coulaud (2014). In parallel, the elemental composition of G. fossarum was estimated for each size class following a field sampling campaign and C/N/P measurements in the laboratory.The acquisition of such stoichiometric data confirmed that juvenile individuals have higher phosphorus content than adults. The population dynamics matrix model was combined with a matrix explicitly describing the differential stoichiometry across size classes, allowing for a better understanding of how the distribution of elemental resources within populations of this species influences their availability to other aquatic organisms. The effects of chemical stress were also integrated into this model using ecotoxicological data from the literature and ad hoc bioassays.Charron, L., Geffard, O., Chaumot, A., Coulaud, R., Quéau, H., Geffard, A., & Dedourge-Geffard, O. (2013). Effect of water quality and confounding factors on digestive enzyme activities in Gammarus fossarum. Environmental Science and Pollution Research, 20(12), 9044 9056. Coulaud, R., Geffard, O., Coquillat, A., Quéau, H., Charles, S., & Chaumot, A. (2014). Ecological Modeling for the Extrapolation of Ecotoxicological Effects Measured during in Situ Assays in Gammarus. Environmental Science & Technology, 48(11), 6428 6436.Elser, J. J., Dobberfuhl, D. R., MacKay, N. A., & Schampel, J. H. (1996). Organism Size, Life History, and N:P Stoichiometry. BioScience, 46(9), 674 684.La disponibilité et la qualité des ressources alimentaires conditionnent non seulement la composition et la répartition des espèces dans les écosystèmes mais également la structure et la dynamique de leurs populations. L’amphipode détritivore d’eau douce Gammarus fossarum (Charron et al., 2013) est couramment utilisée en écologie et en écotoxicologie aquatique en raison de son caractère ubiquiste, de son abondance, de sa facilité de manipulation et de son rôle central dans les flux de matière et d’énergie. En effet, outre son rôle fonctionnel de déchiqueteur essentiel dans la dégradation de la matière organique (feuilles, bois), cette espèce sert également de source de nourriture pour de nombreux prédateurs, représentant ainsi un puit pour différents éléments. Ainsi l’intégration de la stœchiométrie, renseignant sur la composition élémentaire (Carbone : C ; Azote : N ; Phosphore : P) à la dynamique de population de cet amphipode, représente un intérêt majeur dans la compréhension du fonctionnement des écosystèmes (réseaux trophiques, cycles biogéochimiques). L'hypothèse du taux de croissance (GRH, « growth rate hypothesis », Elser et al., 1996) postule que l’ARN ribosomal constitue le principal besoin de phosphore cellulaire chez les invertébrés. Le phosphore jouant ainsi un rôle majeur dans la synthèse des protéines - essentielles pour la croissance des organismes -, nous pouvons ainsi poser l’hypothèse que les juvéniles devraient être plus riches en phosphore que les adultes. Nous avons analysé la disponibilité des ressources élémentaires que représentent les gammares, via une modélisation de la structure et de la dynamique de sa population, et estimé les modifications engendrées par un stress chimique (type contamination métallique). Pour cela, nous nous sommes appuyés sur le formalisme d’un modèle matriciel de population basé sur des classes de taille, tel que décrit par Coulaud (2014). En parallèle, la composition élémentaire de G. fossarum a été estimée pour chaque classe de taille, suite à une campagne d’échantillonnage sur le terrain et des dosages C/N/P au laboratoire. L’acquisition de telles données stœchiométriques a confirmé que le taux de phosphore des individus juvéniles est supérieur à celui des adultes. Le modèle matriciel de dynamique de population a été combiné avec une matrice explicitant la stœchiométrie différentielle selon les classes, permettant de mieux comprendre comment la répartition des ressources élémentaires au sein des populations de cette espèce influence leur disponibilité pour les autres organismes des cours d'eau. Les effets d’un stress chimique ont également été intégrés à ce modèle à l’aide de données écotoxicologiques de la littérature et de bioessais ad hoc. Charron, L., Geffard, O., Chaumot, A., Coulaud, R., Quéau, H., Geffard, A., & Dedourge-Geffard, O. (2013). Effect of water quality and confounding factors on digestive enzyme activities in Gammarus fossarum. Environmental Science and Pollution Research, 20(12), 9044 9056. Coulaud, R., Geffard, O., Coquillat, A., Quéau, H., Charles, S., & Chaumot, A. (2014). Ecological Modeling for the Extrapolation of Ecotoxicological Effects Measured during in Situ Assays in Gammarus. Environmental Science & Technology, 48(11), 6428 6436.Elser, J. J., Dobberfuhl, D. R., MacKay, N. A., & Schampel, J. H. (1996). Organism Size, Life History, and N:P Stoichiometry. BioScience, 46(9), 674 684
From group-class to class-groups : contribution to the study of the psychic space of the multigrade class : effects of the institutionalization of a network of groups on the reception of the singularity
No full textLa présente recherche s’inscrit dans une approche clinique d’orientation psychanalytique des situations éducatives afin de (re)penser le groupe dans la classe et sa capacité à permettre un accueil de la singularité. Elle vise à discuter la possible opérationnalité du concept de « fonction phorique » (Delion, 2011, 2018) dans le champ de l’éducation, du côté des situations groupales d’enseignement comme en ce qui concerne le positionnement de l’enseignant·e.La première partie de ce travail montre le déplacement du praticien pour questionner son rapport à son sujet-objet de recherche. À ce titre, à partir de sa propre pratique, l’auteur reprend les liens qu’il entretient avec les pédagogie et psychothérapie institutionnelles et évoque les rapports entre pédagogie et psychanalyse notamment. Dans une deuxième partie, les analyses institutionnelle, historique de la classe et des références au groupe dans le champ pédagogique permettent de considérer les résistances et les empêchements à penser les conditions de l’accueil de la singularité dans un contexte groupal. Dans une troisième partie, à partir d’entretiens non-directifs avec des professeur·e·s des écoles ayant fait le choix d’exercer dans des classes à plusieurs cours, l’auteur cherche à rendre visible les dynamiques psychiques des enseignant·e·s et les potentiels effets d’un tel agencement groupal sur la possibilité d’accueil dans la classe. Dans les classes à plusieurs cours, l’enseignant·e est mis·e en tension dans son statut et ses rôles à la fois par rapport et dans son rapport singulier à un imaginaire social de la fonction enseignante se métaphorisant en « faire classe » ou « tenir la classe ». La dernière partie est une reprise des discours de l’ensemble des sept enseignant·e·s rencontré·e·s pour ce travail. L’analyse du corpus permet de formuler des hypothèses sur des effets de groupe relevant des fonctions phorique, sémaphorique et métaphorique.The present research is part of a clinical approach with a psychoanalytic orientation of educational situations in order to think about the group in the classroom and its capacity to allow singularity. The aim is to discuss the possible operativeness of a “phoric function” concept (Delion, 2011, 2018) in the field of education, from the point of view of group teaching situations as well as the teacher’s posture.The first part of this work analyzes the pratitioner’s movement to question his relationship to his subject-object of research. From his own practical experience, the author takes up the links he maintains with institutional pedagogy and psychotherapy and evokes specifically the relationships between pedagogy and psychoanalysis. Secondly, the different analysis (institutional, the history of the class and the references to the group in the educational field) allow to consider the resistances and obstacles to take into account the singularity in a group context.. Thirdly, based on non-directive interviews with teachers from schools who have chosen to practice in multigrade classes, the author seeks to highlight the teacher’s psychical dynamics and the possible effects of such a group arrangement to the dealing of singularity in the classroom. In mutligrade classes, teachers are put under tension in their status and their roles, both in relation to and in their singular relationship to a social imaginary of the teaching function that is metaphorized into « teaching» or « holding the class ». The last part resume the speeches of all seven teachers met for this work. The analysis of the corpus makes it possible to formulate hypotheses on group effects relating to phoric, semaphoric and metaphorical functions
BLANCHARD-LAVILLE Claudine. Au risque d’enseigner
No full textDe quelle nature est le risque inscrit dans le titre de l’ouvrage ? Depuis Les enseignants entre plaisir et souffrance (2001), nous savons que Claudine Blanchard-Laville soutient l’idée qu’enseigner c’est s’exposer « à voir se réactiver dans la pratique professionnelle des problématiques intérieures touchant aux questions identitaires ». Mais considérer qu’à partir d’une telle position on en viendrait nécessairement à s’intéresser à une quelconque dimension pathologique chez les enseignants s..
Effects of metals on feeding rate and digestive enzymes in Gammarus fossarum: an in situ experiment
No full textInternational audienceThe feeding activity and afterward the assimilation of the products resulting of the food digestion, allow organisms to obtain energy useful for growth, maintenance and reproduction. These biological parameters may be studied to assess the impact of contaminants on the energy metabolism of organisms, which could induce potential effects at an individual level. The studied species was an amphipod Gammarus fossarum, which has a high ecological relevance since it is widespread in European streams and plays a major role in the breakdown of leaf litter. Thus some G. fossarum were transplanted in four sites of a river characterized by metal contamination (Amous River, France). The following parameters were studied: digestive enzymes activities (esterase, β-glucosidase, β-galactosidase, amylase and endoglucanase), feeding rate, metal bioaccumulation and survival. Results showed a strong relationship between digestive enzymes activities, feeding rate and metal contents
Joseph Boyden. A Critical Interview
No full textThis interview was conceived and ran by Anne Garrait-Bourrier, Professor in Cultural Studies at Clermont-Auvergne University and Elisabeth Bouzonviller, Professor of American Literature at Jean Monnet University. This article contains an original interview of the Canadian writer Joseph Boyden, recorded on December 12, 2014, at the University Blaise-Pascal, in Clermont-Ferrand. Joseph Boyden was on an 18 month-European tour for the promotion of his latest novel, The Orenda. The French part of this long tour was organized by his French editor, Albin Michel and more specifically by Francis Geffard, the publishing director of the Terre d’Amérique collection, who was the person who discovered Boyden and imposed him in France, as stipulated in Boyden’s very grateful acknowledgements at the end of the Penguin edition of his first novel. The questions asked mainly deal with Boyden’s The Orenda, hence the necessity to introduce the author and his work and replace this novel in a broader literary context.Cet entretien a été mené par Anne Garrait-Bourrier, de l’université Clermont-Auvergne et Elisabeth Bouzonviller, professeure de littérature américaine à l’université Jean Monnet. Cet article propose l’entretien original avec l’écrivain canadien Joseph Boyden enregistré le 12 décembre 2014 à l’université Blaise Pascal de Clermont-Ferrand. Joseph Boyden effectuait alors un tour d’Europe de 18 mois pour la promotion de son roman intitulé The Orenda. La partie française de cette longue tournée fut organisée par Albin Michel, son éditeur français, et plus particulièrement par Francis Geffard, l’éditeur de la collection Terre d’Amérique, qui a découvert Boyden et l’a imposé en France. Boyden le remercie d’ailleurs chaleureusement dans l’édition Penguin de son premier roman. Les questions posées à Boyden portent essentiellement sur The Orenda. Ainsi, nous présentons d’abord l’auteur et son travail afin de contextualiser son roman et de le replacer dans le contexte littéraire américain actuel
Bioinformatic approaches for a without a priori exploration of molecular pathways in non-model species : the case of lipid metabolism in Gammarus fossarum
No full textL’utilisation des espèces modèles en science environnementale se confronte à plusieurs verrous scientifiques, tels que leur distribution géographique et leur représentativité de la diversité des espèces dans milieux aquatiques. En effet, les connaissances liées aux organismes modèles ne permettent pas d’extrapoler et prédire la ou les réponse(s) des organismes présents dans les milieux. Néanmoins, les avancées des nouvelles technologies de séquençage et de spectrométrie de masse (MS) permettent d’étendre l’acquisition des données moléculaires à large échelle aux organismes de pertinence environnementale, comme l’amphipode Gammarus fossarum. L’objectif général de cette thèse consiste au développement d’approches bioinformatiques sans a priori et multiomique (transcriptomique et protéomique) pour exploiter les nombreuses données omiques disponibles chez les espèces non modèles et contourner les limitations de l’annotation fonctionnelle à partir des bases de données d’espèces éloignées. Pour répondre à cet objectif, deux stratégies ont été mises en œuvre. Premièrement, une analyse de réseaux de coexpression a été réalisée à l’aide de la méthode WGCNA sur deux jeux de données protéomiques, dans le but d’identifier les acteurs moléculaires (i.e. protéines) régulant la physiologie et/ou la réponse au contaminant. Le premier jeu de données a combiné les profils protéomiques des gonades mâles et femelles à différents stades de maturation et les embryons au cours de leur développement. Le second jeu de données provenait d’une étude précédente, et était composé de données protéomiques issues de testicules de gammares exposés à trois contaminants : le pyriproxyfène, le cadmium et le méthoxyfénozide. Ces deux études ont permis d’identifier des modules de protéines coexprimées, spécifiquement associés aux différents stades de développement et de reproduction d’une part, et à l’exposition aux différents contaminants d’autre part. Les analyses d’enrichissement des modules de protéines ont révélé et appuyé de nouvelles hypothèses pour comprendre les processus biologiques impliqués dans la physiologie du gammare, ainsi que les mécanismes d’actions (MoA) des contaminants. De plus, cette stratégie nous a permis d’identifier des protéines clés impliquées dans des voies physiologiques et associées aux contaminants, que l’analyse différentielle utilisée n’avait pas permis de révéler. Dans un second temps, nous appliquons une stratégie multiomique pour caractériser les voies métaboliques impliquées dans le ML chez G. fossarum. En effet, nous avons adapté un outil d’annotation génomique (CycADS) qui permet de reconstruire des voies métaboliques, aux données transcriptomiques du mâle et de la femelle, en réduisant la redondance des isoformes des transcrits. Par la suite, nous avons intégré les données de protéogénomique de différents organes pour valider les enzymes identifiées par MS avec les données d’annotation fonctionnelle et analyser l’organotropisme du ML. La reconstruction des voies métaboliques a permis d’identifier plus de 70 voies impliquées dans le ML. Les données de MS ont permis de valider la détection d’une centaine d’enzymes catalysant les réactions des voies identifiés dans les différents organes, ainsi que leurs profils d’expression qui sont caractéristiques de certains organes. Dans l’ensemble, ce travail de thèse constitue une base solide pour l’utilisation des données omiques d’organismes non modèles dans une stratégie d’exploration sans a priori ou multiomique. Les résultats ont permis de mettre en évidence des protéines potentiellement impliquées dans les processus biologiques liés aux stades de développement et de reproduction de G. fossarum, ainsi que dans la toxicité testiculaire. Ces résultats soulignent également l’intérêt de l’application d’approches omiques au niveau des organes des espèces sentinelles pour identifier et évaluer les possibles différences de MoA de contaminants en fonction de l’organe cible.The use of model species in environmental science is confronted with several scientific limitations, such as their geographical distribution and their representativeness of the diversity of species in aquatic environments. Indeed, the knowledge related to model organisms does not allow the extrapolation and the prediction of the response(s) of the organisms present in the environment. Nevertheless, advances in new sequencing and mass spectrometry (MS) technologies allow the extension of large-scale molecular data acquisition to organisms of environmental relevance, such as the amphipod Gammarus fossarum. The overall goal of this thesis is to develop unbiased and multiomics (transcriptomics and proteomics) bioinformatics approaches to exploit the large amount of omics data available in non-model species and to overcome the limitations of functional annotation from distant species databases. To address this objective, two strategies were implemented. First, a coexpression network analysis was performed using the WGCNA method on two proteomic datasets, with the aim of identifying the molecular actors (i.e. proteins) regulating physiology and/or response to the contaminant. The first dataset combined proteomic profiles of male and female gonads at different stages of maturation and embryos during their development. The second dataset was from a previous study, and consisted of proteomic data from gammarid testes exposed to three contaminants: pyriproxyfen, cadmium and methoxyfenozide. These two studies allowed the identification of coexpressed protein modules specifically associated with different developmental and reproductive stages on the one hand, and with exposure to different contaminants on the other hand. Protein module enrichment analyses revealed and supported new hypotheses to understand the biological processes involved in gammarid physiology, as well as the mechanisms of action (MoA) of contaminants. In addition, this strategy allowed us to identify key proteins involved in physiological and contaminant-associated pathways that had not been revealed by the differential analysis used. In a second step, we apply a multiomics strategy to characterize the metabolic pathways involved in ML in G. fossarum. Indeed, we adapted the genomic annotation tool (CycADS), which allows the reconstruction of metabolic pathways, to the male and female transcriptomic data, by reducing the redundancy of transcript isoforms. Subsequently, we integrated proteogenomic data from different organs to validate MS identified enzymes with functional annotation data and to analyze ML organotropism. Metabolic pathway reconstruction identified over 70 pathways involved in ML. The MS data validated the detection of about 100 enzymes catalyzing the reactions of the identified pathways in the different organs, as well as their expression profiles that are characteristic of certain organs. Overall, this work provides a solid foundation for the use of omics data from non-model organisms in a no-priori or multiomics exploration strategy. The results identified proteins potentially involved in biological processes related to developmental and reproductive stages of G. fossarum, as well as testicular toxicity. These results also highlight the value of applying omics approaches at the organ level of sentinel species to identify and assess possible differences in contaminant MoA depending on the target organ
Des incidences de l’écriture dans la transmission d’une expérience clinique, un appel au jeu des mouvements identificatoires chez le lecteur
No full textThis article questions how the writing conditions may help the transmission of a clinical experience process. Through the analysis of the evolution of our own writing over time, we examined what could be the vector of this transmission in our recent texts, in opposition to our former texts. From our analysis it appears important that this type of writing should not put the reader in a sole place. It seems that when the author reveals, from his enunciations, his different positions related to the reported situation, the reader is encouraged to go through a variety of identifying movements in relation to the different speakers encountered through the text. We suggest the possibility that the author’s appeal to an enunciation with many voices conversing with each other tends to induce some displacements in the reader’s psychical movements that contribute to a subjective form of transmission of a clinical experience
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