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Les β-rétrovirus des petits ruminants : de la génétique aux cancers respiratoires
No full textJSRV (Jaagsiekte Sheep Retrovirus) and ENTV (Enzootic Nasal Tumor Virus) are two β-retroviruses responsible for respiratory tumors that lead to death within a few weeks to a few months after the onset of clinical signs. Present in many countries, JSRV and ENTV have an economic impact due to production losses caused by the general deterioration of the animals' health, as well as their premature death or culling. These infectious diseases are poorly understood and often overlooked, typically acquired through the introduction of infected animals. When undiagnosed, the viruses remain in flocks without any control over their transmission. The genome of small ruminants has been colonized by endogenous retroviral sequences (ERV), which result from ancestral infections of germ cells by exogenous retroviruses, subsequently passed down to offspring like any other cellular gene. Goats and sheep uniquely possess an ERV family (II.5) associated with the oncogenic β-retroviruses JSRV and ENTV. Beyond the potential impact of these ERVs on animal genetics and cancer evolution, the high genetic similarity between ERVs and their exogenous counterparts, JSRV and ENTV, poses a challenge for molecular detection and genetic characterization of circulating viruses, which are essential for understanding this retroviral pathosystem. We established the diversity of circulating strains of JSRV, ENTV-1, and ENTV-2 in France using highly specific molecular tools targeting exogenous infectious sequences, based on 53 ovine and caprine respiratory tumors. Sequencing focused on the env gene, non-coding LTR regions, and full-length proviral genomes using Oxford Nanopore Technology enabled us to assess the diversity of circulating strains within and between flocks. Phylogenetic reconstructions positioned these strains among those identified in Europe, Asia, and America. We confirmed the circulation of predominant ENTV and JSRV strains in France. Notably, we observed the presence of clade I JSRV strains in flocks with a high incidence of lung cancer, while clade II strains were associated with sporadic cases, suggesting differing pathogenic potentials between clades I and II. Through an in-depth analysis of endogenous and exogenous sequences from database resources, we identified challenges in accurately distinguishing their endogenous or exogenous origins. Testing published primers via PCR, we found that many lacked specificity for exogenous retroviruses JSRV and ENTV, often mistakenly attributing an exogenous nature to endogenous sequences. In addition to the misannotation of sequences in GenBank, the lack of understanding of ERV versus JSRV-ENTV complexity may lead to the development of inadequate detection tools that fail to detect infectious viruses but instead identify endogenous sequences that are part of the animal genome. We proposed a guideline to ensure the exogenous specificity of molecular tools. Retroviruses are persistent, and the integration of the proviral genome into the DNA of infected cells is essential for the viral cycle. We developed molecular tools and a bioinformatics pipeline to identify and quantify integration sites of ENTV, JSRV, and ERV. Analysis of ENTV-2 integration profiles in 14 nasal tumors revealed extensive clonal expansion through the identification of cells carrying identical integration sites. We identified regions of the caprine genome densely populated with common integration sites across independent tumors, suggesting potential preferential integration regions for ENTV-2.JSRV (Jaagsiekte Sheep Retrovirus) et ENTV (Enzootic Nasal Tumor Virus) sont deux β-rétrovirus responsables de tumeurs respiratoires conduisant à la mort en quelques semaines à quelques mois après l’apparition des premiers signes cliniques. Présents dans de nombreux pays, JSRV et ENTV ont un impact économique par la perte de production due à la dégradation de l’état général des animaux, et à leur mort ou réforme prématurée. Mal connues et souvent négligées, ces maladies infectieuses sont acquises lors de l’introduction d’animaux. Non diagnostiqués, les virus sont présents dans les troupeaux, sans contrôle de leur transmission. Le génome des petits ruminants a été colonisé par des séquences endogènes ou ERV (Endogenous RetroVirus), résultant d’infections ancestrales de cellules germinales par des rétrovirus exogènes puis transmis à la descendance comme tout gène cellulaire. Les chèvres et les moutons ont la particularité d’avoir une famille de ERV (II.5) associée aux β-rétrovirus oncogènes JSRV et ENTV. Outre l’impact que ces ERV pourraient avoir sur la génétique animale et l’évolution des cancers, la forte proximité génétique des ERV et de leurs contreparties exogènes JSRV et ENTV est un défi pour leur détection par des approches moléculaires et la caractérisation génétique des virus circulants, pourtant essentiels à la compréhension de ce pathosystème rétroviral. Nous avons établi la diversité des souches circulantes de JSRV, ENTV-1 et ENTV-2 en France par l’utilisation d’outils moléculaires hautement spécifiques des séquences exogènes infectieuses, à partir de 53 tumeurs respiratoires ovines et caprines. Le séquençage, ciblé dans le gène env et les régions non codantes LTR et le séquençage du provirus entier par la technologie oxford nanopore technology, a permis d’évaluer la diversité des souches circulantes intra ou inter-troupeaux, et par des reconstructions phylogénétiques de les positionner parmi les souches identifiées en Europe, Asie ou Amérique. Nous avons établi la circulation de souches majoritaires de ENTV et JSRV en France. Nous avons mis en évidence la circulation de JSRV de clade I, dans des troupeaux avec une forte incidence de cancers du poumon, et de classe II dans les cas sporadiques, suggérant un pouvoir pathogène différent entre virus de clades I ou II. Par une étude approfondie des séquences endogènes et exogènes présentes dans les bases de données, nous avons mis en évidence une difficulté à adéquatement identifier leur origine endogène ou exogène. Nous avons testé par PCR des amorces publiées dans la littérature internationale et montré que nombre d’entre elles manquaient de spécificité pour les rétrovirus exogènes JSRV et ENTV, de fait associant un caractère exogène à des séquences endogènes. Outre l’annotation erronée de séquences publiées dans GenBank, la méconnaissance de la complexité des ERV versus JSRV-ENTV peut entrainer le développement d’outils de détection inadéquats, ne permettant pas la détection de virus infectieux mais de séquences endogènes faisant parties du génome animal. Nous avons proposé une guideline, permettant de s’assurer la spécificité exogène des outils moléculaires. Les rétrovirus sont persistants et l’intégration du génome proviral dans l’ADN des cellules infectées est essentielle pour le cycle viral. Nous avons développé les outils moléculaires et un pipeline bioinformatique permettant l’identification et la quantification des sites d’intégration de ENTV, JSRV et ERV. L’analyse des profils d’intégration d’ENTV-2 dans 14 tumeurs nasales nous a permis de mettre évidence une expansion clonale étendue, par l’identification de cellules portant le même site d’intégration. Nous avons identifié des régions du génome caprin denses en sites d’intégration communs entre tumeurs indépendantes, suggérant de possible régions préférentielles d’intégration d’ENTV-2
Les β-rétrovirus des petits ruminants : de la génétique aux cancers respiratoires
No full textJSRV (Jaagsiekte Sheep Retrovirus) and ENTV (Enzootic Nasal Tumor Virus) are two β-retroviruses responsible for respiratory tumors that lead to death within a few weeks to a few months after the onset of clinical signs. Present in many countries, JSRV and ENTV have an economic impact due to production losses caused by the general deterioration of the animals' health, as well as their premature death or culling. These infectious diseases are poorly understood and often overlooked, typically acquired through the introduction of infected animals. When undiagnosed, the viruses remain in flocks without any control over their transmission. The genome of small ruminants has been colonized by endogenous retroviral sequences (ERV), which result from ancestral infections of germ cells by exogenous retroviruses, subsequently passed down to offspring like any other cellular gene. Goats and sheep uniquely possess an ERV family (II.5) associated with the oncogenic β-retroviruses JSRV and ENTV. Beyond the potential impact of these ERVs on animal genetics and cancer evolution, the high genetic similarity between ERVs and their exogenous counterparts, JSRV and ENTV, poses a challenge for molecular detection and genetic characterization of circulating viruses, which are essential for understanding this retroviral pathosystem. We established the diversity of circulating strains of JSRV, ENTV-1, and ENTV-2 in France using highly specific molecular tools targeting exogenous infectious sequences, based on 53 ovine and caprine respiratory tumors. Sequencing focused on the env gene, non-coding LTR regions, and full-length proviral genomes using Oxford Nanopore Technology enabled us to assess the diversity of circulating strains within and between flocks. Phylogenetic reconstructions positioned these strains among those identified in Europe, Asia, and America. We confirmed the circulation of predominant ENTV and JSRV strains in France. Notably, we observed the presence of clade I JSRV strains in flocks with a high incidence of lung cancer, while clade II strains were associated with sporadic cases, suggesting differing pathogenic potentials between clades I and II. Through an in-depth analysis of endogenous and exogenous sequences from database resources, we identified challenges in accurately distinguishing their endogenous or exogenous origins. Testing published primers via PCR, we found that many lacked specificity for exogenous retroviruses JSRV and ENTV, often mistakenly attributing an exogenous nature to endogenous sequences. In addition to the misannotation of sequences in GenBank, the lack of understanding of ERV versus JSRV-ENTV complexity may lead to the development of inadequate detection tools that fail to detect infectious viruses but instead identify endogenous sequences that are part of the animal genome. We proposed a guideline to ensure the exogenous specificity of molecular tools. Retroviruses are persistent, and the integration of the proviral genome into the DNA of infected cells is essential for the viral cycle. We developed molecular tools and a bioinformatics pipeline to identify and quantify integration sites of ENTV, JSRV, and ERV. Analysis of ENTV-2 integration profiles in 14 nasal tumors revealed extensive clonal expansion through the identification of cells carrying identical integration sites. We identified regions of the caprine genome densely populated with common integration sites across independent tumors, suggesting potential preferential integration regions for ENTV-2.JSRV (Jaagsiekte Sheep Retrovirus) et ENTV (Enzootic Nasal Tumor Virus) sont deux β-rétrovirus responsables de tumeurs respiratoires conduisant à la mort en quelques semaines à quelques mois après l’apparition des premiers signes cliniques. Présents dans de nombreux pays, JSRV et ENTV ont un impact économique par la perte de production due à la dégradation de l’état général des animaux, et à leur mort ou réforme prématurée. Mal connues et souvent négligées, ces maladies infectieuses sont acquises lors de l’introduction d’animaux. Non diagnostiqués, les virus sont présents dans les troupeaux, sans contrôle de leur transmission. Le génome des petits ruminants a été colonisé par des séquences endogènes ou ERV (Endogenous RetroVirus), résultant d’infections ancestrales de cellules germinales par des rétrovirus exogènes puis transmis à la descendance comme tout gène cellulaire. Les chèvres et les moutons ont la particularité d’avoir une famille de ERV (II.5) associée aux β-rétrovirus oncogènes JSRV et ENTV. Outre l’impact que ces ERV pourraient avoir sur la génétique animale et l’évolution des cancers, la forte proximité génétique des ERV et de leurs contreparties exogènes JSRV et ENTV est un défi pour leur détection par des approches moléculaires et la caractérisation génétique des virus circulants, pourtant essentiels à la compréhension de ce pathosystème rétroviral. Nous avons établi la diversité des souches circulantes de JSRV, ENTV-1 et ENTV-2 en France par l’utilisation d’outils moléculaires hautement spécifiques des séquences exogènes infectieuses, à partir de 53 tumeurs respiratoires ovines et caprines. Le séquençage, ciblé dans le gène env et les régions non codantes LTR et le séquençage du provirus entier par la technologie oxford nanopore technology, a permis d’évaluer la diversité des souches circulantes intra ou inter-troupeaux, et par des reconstructions phylogénétiques de les positionner parmi les souches identifiées en Europe, Asie ou Amérique. Nous avons établi la circulation de souches majoritaires de ENTV et JSRV en France. Nous avons mis en évidence la circulation de JSRV de clade I, dans des troupeaux avec une forte incidence de cancers du poumon, et de classe II dans les cas sporadiques, suggérant un pouvoir pathogène différent entre virus de clades I ou II. Par une étude approfondie des séquences endogènes et exogènes présentes dans les bases de données, nous avons mis en évidence une difficulté à adéquatement identifier leur origine endogène ou exogène. Nous avons testé par PCR des amorces publiées dans la littérature internationale et montré que nombre d’entre elles manquaient de spécificité pour les rétrovirus exogènes JSRV et ENTV, de fait associant un caractère exogène à des séquences endogènes. Outre l’annotation erronée de séquences publiées dans GenBank, la méconnaissance de la complexité des ERV versus JSRV-ENTV peut entrainer le développement d’outils de détection inadéquats, ne permettant pas la détection de virus infectieux mais de séquences endogènes faisant parties du génome animal. Nous avons proposé une guideline, permettant de s’assurer la spécificité exogène des outils moléculaires. Les rétrovirus sont persistants et l’intégration du génome proviral dans l’ADN des cellules infectées est essentielle pour le cycle viral. Nous avons développé les outils moléculaires et un pipeline bioinformatique permettant l’identification et la quantification des sites d’intégration de ENTV, JSRV et ERV. L’analyse des profils d’intégration d’ENTV-2 dans 14 tumeurs nasales nous a permis de mettre évidence une expansion clonale étendue, par l’identification de cellules portant le même site d’intégration. Nous avons identifié des régions du génome caprin denses en sites d’intégration communs entre tumeurs indépendantes, suggérant de possible régions préférentielles d’intégration d’ENTV-2
Les β-rétrovirus des petits ruminants : de la génétique aux cancers respiratoires
No full textJSRV (Jaagsiekte Sheep Retrovirus) and ENTV (Enzootic Nasal Tumor Virus) are two β-retroviruses responsible for respiratory tumors that lead to death within a few weeks to a few months after the onset of clinical signs. Present in many countries, JSRV and ENTV have an economic impact due to production losses caused by the general deterioration of the animals' health, as well as their premature death or culling. These infectious diseases are poorly understood and often overlooked, typically acquired through the introduction of infected animals. When undiagnosed, the viruses remain in flocks without any control over their transmission. The genome of small ruminants has been colonized by endogenous retroviral sequences (ERV), which result from ancestral infections of germ cells by exogenous retroviruses, subsequently passed down to offspring like any other cellular gene. Goats and sheep uniquely possess an ERV family (II.5) associated with the oncogenic β-retroviruses JSRV and ENTV. Beyond the potential impact of these ERVs on animal genetics and cancer evolution, the high genetic similarity between ERVs and their exogenous counterparts, JSRV and ENTV, poses a challenge for molecular detection and genetic characterization of circulating viruses, which are essential for understanding this retroviral pathosystem. We established the diversity of circulating strains of JSRV, ENTV-1, and ENTV-2 in France using highly specific molecular tools targeting exogenous infectious sequences, based on 53 ovine and caprine respiratory tumors. Sequencing focused on the env gene, non-coding LTR regions, and full-length proviral genomes using Oxford Nanopore Technology enabled us to assess the diversity of circulating strains within and between flocks. Phylogenetic reconstructions positioned these strains among those identified in Europe, Asia, and America. We confirmed the circulation of predominant ENTV and JSRV strains in France. Notably, we observed the presence of clade I JSRV strains in flocks with a high incidence of lung cancer, while clade II strains were associated with sporadic cases, suggesting differing pathogenic potentials between clades I and II. Through an in-depth analysis of endogenous and exogenous sequences from database resources, we identified challenges in accurately distinguishing their endogenous or exogenous origins. Testing published primers via PCR, we found that many lacked specificity for exogenous retroviruses JSRV and ENTV, often mistakenly attributing an exogenous nature to endogenous sequences. In addition to the misannotation of sequences in GenBank, the lack of understanding of ERV versus JSRV-ENTV complexity may lead to the development of inadequate detection tools that fail to detect infectious viruses but instead identify endogenous sequences that are part of the animal genome. We proposed a guideline to ensure the exogenous specificity of molecular tools. Retroviruses are persistent, and the integration of the proviral genome into the DNA of infected cells is essential for the viral cycle. We developed molecular tools and a bioinformatics pipeline to identify and quantify integration sites of ENTV, JSRV, and ERV. Analysis of ENTV-2 integration profiles in 14 nasal tumors revealed extensive clonal expansion through the identification of cells carrying identical integration sites. We identified regions of the caprine genome densely populated with common integration sites across independent tumors, suggesting potential preferential integration regions for ENTV-2.JSRV (Jaagsiekte Sheep Retrovirus) et ENTV (Enzootic Nasal Tumor Virus) sont deux β-rétrovirus responsables de tumeurs respiratoires conduisant à la mort en quelques semaines à quelques mois après l’apparition des premiers signes cliniques. Présents dans de nombreux pays, JSRV et ENTV ont un impact économique par la perte de production due à la dégradation de l’état général des animaux, et à leur mort ou réforme prématurée. Mal connues et souvent négligées, ces maladies infectieuses sont acquises lors de l’introduction d’animaux. Non diagnostiqués, les virus sont présents dans les troupeaux, sans contrôle de leur transmission. Le génome des petits ruminants a été colonisé par des séquences endogènes ou ERV (Endogenous RetroVirus), résultant d’infections ancestrales de cellules germinales par des rétrovirus exogènes puis transmis à la descendance comme tout gène cellulaire. Les chèvres et les moutons ont la particularité d’avoir une famille de ERV (II.5) associée aux β-rétrovirus oncogènes JSRV et ENTV. Outre l’impact que ces ERV pourraient avoir sur la génétique animale et l’évolution des cancers, la forte proximité génétique des ERV et de leurs contreparties exogènes JSRV et ENTV est un défi pour leur détection par des approches moléculaires et la caractérisation génétique des virus circulants, pourtant essentiels à la compréhension de ce pathosystème rétroviral. Nous avons établi la diversité des souches circulantes de JSRV, ENTV-1 et ENTV-2 en France par l’utilisation d’outils moléculaires hautement spécifiques des séquences exogènes infectieuses, à partir de 53 tumeurs respiratoires ovines et caprines. Le séquençage, ciblé dans le gène env et les régions non codantes LTR et le séquençage du provirus entier par la technologie oxford nanopore technology, a permis d’évaluer la diversité des souches circulantes intra ou inter-troupeaux, et par des reconstructions phylogénétiques de les positionner parmi les souches identifiées en Europe, Asie ou Amérique. Nous avons établi la circulation de souches majoritaires de ENTV et JSRV en France. Nous avons mis en évidence la circulation de JSRV de clade I, dans des troupeaux avec une forte incidence de cancers du poumon, et de classe II dans les cas sporadiques, suggérant un pouvoir pathogène différent entre virus de clades I ou II. Par une étude approfondie des séquences endogènes et exogènes présentes dans les bases de données, nous avons mis en évidence une difficulté à adéquatement identifier leur origine endogène ou exogène. Nous avons testé par PCR des amorces publiées dans la littérature internationale et montré que nombre d’entre elles manquaient de spécificité pour les rétrovirus exogènes JSRV et ENTV, de fait associant un caractère exogène à des séquences endogènes. Outre l’annotation erronée de séquences publiées dans GenBank, la méconnaissance de la complexité des ERV versus JSRV-ENTV peut entrainer le développement d’outils de détection inadéquats, ne permettant pas la détection de virus infectieux mais de séquences endogènes faisant parties du génome animal. Nous avons proposé une guideline, permettant de s’assurer la spécificité exogène des outils moléculaires. Les rétrovirus sont persistants et l’intégration du génome proviral dans l’ADN des cellules infectées est essentielle pour le cycle viral. Nous avons développé les outils moléculaires et un pipeline bioinformatique permettant l’identification et la quantification des sites d’intégration de ENTV, JSRV et ERV. L’analyse des profils d’intégration d’ENTV-2 dans 14 tumeurs nasales nous a permis de mettre évidence une expansion clonale étendue, par l’identification de cellules portant le même site d’intégration. Nous avons identifié des régions du génome caprin denses en sites d’intégration communs entre tumeurs indépendantes, suggérant de possible régions préférentielles d’intégration d’ENTV-2
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
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