1,720,966 research outputs found
Cladia neocaledonica Parnmen & Lumbsch, comb. nov.
No full textCladia neocaledonica (Räsänen) Parnmen & Lumbsch, comb. nov. Mycobank No.: 803446 Cladonia neocaledonica Räsänen (1944: 20). Type: NEW CALEDONIA. Wagap, 1863, Vieillard s.n. (lectotype H!, designated by Filson [1981]; isolectotypes CANB, H, KUO, TNS, US).Published as part of Parnmen, Sittiporn, Leavitt, Steven D., Rangsiruji, Achariya & Lumbsch, H. Thorsten, 2013, Identification of species in the Cladia aggregata group using DNA barcoding (Ascomycota: Lecanorales), pp. 1-14 in Phytotaxa 115 (1) on page 7, DOI: 10.11646/phytotaxa.115.1.1, http://zenodo.org/record/507899
FIGURE 3 in Identification of species in the Cladia aggregata group using DNA barcoding (Ascomycota: Lecanorales)
No full textFIGURE 3. Morphology of the new Cladia species. A) = C. blanchonii (Hayward 004635 [F]); B) = C. cryptica (holotype [F]); C) = C. tasmanica (holotype [HO]). Scale = 5 mm.Published as part of Parnmen, Sittiporn, Leavitt, Steven D., Rangsiruji, Achariya & Lumbsch, H. Thorsten, 2013, Identification of species in the Cladia aggregata group using DNA barcoding (Ascomycota: Lecanorales), pp. 1-14 in Phytotaxa 115 (1) on page 10, DOI: 10.11646/phytotaxa.115.1.1, http://zenodo.org/record/507899
Cladia cryptica Parnmen & Lumbsch 2013, sp. nov.
No full textCladia cryptica Parnmen & Lumbsch, sp. nov. (Fig. 3B). Mycobank No.: 803449 Characterized by inflated sterile pseudopodetia, with glossy, yellow to brownish surface, mostly dichotomously branched toward the apex. Perforations abundant. Conidiomata on terminal branches of sterile pseudopodetia, conidia 5–7.5 µm long, bacilliform. The sizes of fertile pseudopodetia are variable, with yellow to brownish yellow surfaces, racemosely branched. Apothecia on terminal branches of fertile pseudopodetia, 0.5–1.0 mm wide, disk concave to plane, brownish black; ascospores ellipsoid, non-septate, hyaline, 7–10 × 2.5 µm, 8 per ascus. Secondary chemistry: two chemical races were found: I) Barbatic acid and 4- O -demethylbarbatic acid, and II) stictic acid chemosyndrome. Type: — NEW ZEALAND. South Island: Southland, Mistletoe Lake, Te Anau Downs, 45°12'S 167°49'E, 218 m, Knight 61705 (holotype AK!; isotype F!). Phylogenetic notes: —Strongly to moderately supported monophyletic lineage in concatenated multilocus gene tree (ML bootstrap = 83%, posterior probability = 1.0). Cladia cryptica is identical to clade 3 in Parnmen et al. (2012). Reference sequence: — GenBank No. KC148368. Distribution and habitat: —Known from Australia, New Zealand and Malaysia. It is found on soil, grassy soil and rocks. In Tasmania, we found this species in dry sclerophyll forests. Etymology: —The epithet cryptica refers to the fact that the species has been hidden under the name of the species complex C. aggregata. Additional specimens examined (paratypes): — AUSTRALIA. Australian Capital Territory: Canberra Nature Park, 28 August 2008, Elix 39060 (CANB); Tasmania: Ben Lomond National Park, March 2009, Lumbsch, Widhelm & Parnmen 20034f (F, RAMK); ibid., West of Oxford, March 2009, Lumbsch, Widhelm & Parnmen 19975h, 19975f (F, RAMK); MALAYSIA. Penang: Kedah Peak, March 2010, Buaruang & Polyiam s.n. (RAMK); NEW ZEALAND. South Island: Otago, Swampy summit, August 2011, Ludwig 61724 (F).Published as part of Parnmen, Sittiporn, Leavitt, Steven D., Rangsiruji, Achariya & Lumbsch, H. Thorsten, 2013, Identification of species in the Cladia aggregata group using DNA barcoding (Ascomycota: Lecanorales), pp. 1-14 in Phytotaxa 115 (1) on page 11, DOI: 10.11646/phytotaxa.115.1.1, http://zenodo.org/record/507899
Cladia tasmanica Parnmen & Lumbsch 2013, sp. nov.
No full text<i>Cladia tasmanica</i> Parnmen & Lumbsch, <i>sp. nov.</i> (Fig. 3C). Mycobank No.: 803450 <p>Characterized by swollen sterile pseudopodetia, areolate, 3–6 cm tall, glossy and usually smooth, chestnut-brown to blackish brown, not perforated, and di- or trichotomously branched. Conidiomata on terminal branches of sterile pseudopodetia, conidia 4–7 µm long, bacilliform. Fertile pseudopodetia robust and taller than sterile pseudopodetia, necrotic at the base, racemosely branched. Apothecia on terminal branches of fertile pseudopodetia, 0.5–1.0 mm wide, disk concave to plane, blackish; ascospores not seen. Secondary chemistry: Fumarprotocetraric acid.</p> <p> <b>Type:</b> — AUSTRALIA. Tasmania: Lake St. Clair National Park, Trail to Frenchman's cap, 42°12’S 145°59’E, 770 m, <i>Lumbsch 20011c</i> (holotype HO!; isotype F!)</p> <p> <b>Phylogenetic notes:</b> —Strongly supported as a monophyletic lineage in concatenated multilocus gene tree (ML bootstrap = 100%, posterior probability = 1.0). <i>Cladia tasmanica</i> was previously called clade 9 (Parnmen <i>et al.</i> 2012). This species belongs to an early diverging lineage within the <i>C. aggregata</i> complex sister to all other species in the group.</p> <p> <b>Reference sequence:</b> — GenBank No. JN115301.</p> <p> <b>Distribution and habitat:</b> This species is only known from Tasmania, where it grows on soil in wet sclerophyll forests and buttongrass moorland.</p> <p> <b>Etymology:</b> —Referring to the island of Tasmania where the species is found.</p> <p> <b>Additional specimens examined (paratypes):</b> — AUSTRALIA. Tasmania: Southwest National Park, March 2009, <i>Lumbsch</i>, <i>Widhelm & Parnmen 19989o, 19994k</i> (F, RAMK).</p>Published as part of <i>Parnmen, Sittiporn, Leavitt, Steven D., Rangsiruji, Achariya & Lumbsch, H. Thorsten, 2013, Identification of species in the Cladia aggregata group using DNA barcoding (Ascomycota: Lecanorales), pp. 1-14 in Phytotaxa 115 (1)</i> on page 11, DOI: 10.11646/phytotaxa.115.1.1, <a href="http://zenodo.org/record/5078997">http://zenodo.org/record/5078997</a>
Cladia blanchonii Parnmen & Lumbsch 2013, sp. nov.
No full textCladia blanchonii Parnmen & Lumbsch, sp. nov. (Fig. 3A). Mycobank No.: 803448 Characterized by inflated and tapered sterile pseudopodetia, with glossy, pale yellow to greenish brown surface, mostly dichotomously branched toward the apex. Perforations rare to abundant. Fertile pseudopodetia robust and either inflated or not, and racemosely branched. Perforations abundant. Conidiomata on terminal branches of sterile pseudopodetia, conidia 5–7.5 µm long, bacilliform. Apothecia on short terminal branches of fertile pseudopodetia, 0.5–1.0 mm wide, disk concave to plane, brownish black; ascospores ellipsoid, non-septate, hyaline, 6.25–7.50 × 2.5 µm, 8 per ascus. Secondary chemistry: Barbatic acid and 4- O -demethylbarbatic acid. Type: — NEW ZEALAND. North Island: West Auckland, Mt. Albert, October 2011, Blanchon 4629 (holotype AK!, isotype F!, UNITEC!). Phylogenetic notes: —Strongly supported as a monophyletic lineage in concatenated multilocus gene tree (ML bootstrap = 100%; posterior probability = 1.0). Cladia blanchonii was named clade 2 previously (Parnmen et al. 2012). Reference sequence: — GenBank No. KC148367. Distribution and habitat: —Widespread in New Zealand and also found in Tasmania and south-eastern continental Australia. Mostly specimens were found on mossy soil and rocky outcrops. Etymology: —The new species is named after our colleague and friend, the New Zealand lichenologist, Dan Blanchon, who has collected the type material of this species. Additional specimens examined (paratypes): — AUSTRALIA. Australian Capital Territory: Canberra Nature Park, August 2008, Elix 39061 (CANB); Tasmania: Ben Lomond National Park, Tasmania, March 2009, Lumbsch, Widhelm & Parnmen 19994c, 19975e, 19975g, 20039a (F, RAMK). NEW ZEALAND. North Island: West Auckland, Omanawanui track, August 2011, Hayward 004634 (F); ibid., Wellington Ngaio, October 2011, Blanchon & Edmonds 004630 (F); ibid., Destruction Gully track, Hayward 004635 (F). South Island: Charming Creek, Ngakawau, West coast, January 2009, Knight 61711 (OTA); ibid., Catlins river, Coastal Otago, May 2009, Knight 61712 (OTA).Published as part of Parnmen, Sittiporn, Leavitt, Steven D., Rangsiruji, Achariya & Lumbsch, H. Thorsten, 2013, Identification of species in the Cladia aggregata group using DNA barcoding (Ascomycota: Lecanorales), pp. 1-14 in Phytotaxa 115 (1) on page 9, DOI: 10.11646/phytotaxa.115.1.1, http://zenodo.org/record/507899
A study of the infrageneric classification of Alpinia Roxb. (Zingiberaceae) using molecular data
Get PDFHAT-RAPD Fingerprinting Analysis of Thai Cassava Germplasm and Economic Cultivars of Farmers’ Preferences
Get PDFบทคัดย่อการศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรมของมันสำปะหลัง (Manihot esculenta Crantz) จำนวน 19 พันธุ์ปลูก โดยใช้เทคนิค high annealing temperature-random amplified polymorphic DNA (HAT-RAPD) ประกอบด้วยพันธุ์ปลูกที่ได้จากแหล่งเชื้อพันธุกรรมของศูนย์วิจัยพืชไร่ระยอง 16 พันธุ์ปลูก และพันธุ์ปลูกซึ่งเป็นที่นิยมของเกษตรกร 3 พันธุ์ปลูกจากจังหวัดนครราชสีมา ในการใช้ไพรเมอร์แบบสุ่มทั้งหมด 28 ไพรเมอร์ พบว่า 21 ไพรเมอร์ให้แถบดีเอ็นเอที่มีความแตกต่าง เมื่อวิเคราะห์ความต่างทางพันธุกรรมของพันธุ์ปลูกแต่ละคู่โดยใช้ Nei’s genetic distance พบว่ามีความแตกต่างตั้งแต่ 3 ถึง 82% นอกจากนี้เดนโดรแกรมแสดงความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของมันสำปะหลังที่ศึกษาด้วย unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA) จากแถบดีเอ็นเอที่มีความแตกต่างจำนวน 61 แถบ สามารถจัดกลุ่มทั้ง 19 พันธุ์ปลูก เป็น 5 กลุ่ม โดยแบ่งเป็นตัวอย่างของพันธุ์ขมจำนวน 4 กลุ่ม และพันธุ์หวานจำนวน 1 กลุ่ม ภายในกลุ่มของพันธุ์ขมพบ 3 พันธุ์ปลูกเศรษฐกิจที่นิยมโดยเกษตรกร ได้แก่ พันธุ์เกล็ดมังกร (มีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับพันธุ์ระยอง 72) พันธุ์ไจแอนท์ (จัดอยู่ในกลุ่มเดียวกันกับพันธุ์ห้วยบง 60 และพันธุ์ห้วยบง 80) และพันธุ์นาคขาว (จัดอยู่ในกลุ่มเดียวกันกับพันธุ์ระยอง 3 และพันธุ์ระยอง 5) คำสำคัญ: มันสำปะหลัง แหล่งเชื้อพันธุกรรมมันสำปะหลัง เทคนิค HAT-RAPD วิธี UPGMAABSTRACTSixteen cultivars of cassava (Manihot esculenta Crantz) were obtained from the germplasm collection in Rayong Field Crops Research Center, and three other economic cultivars of farmers’ preferences from a well-established cassava plantation in Nakhon Ratchasima. Genetic diversity of these nineteen cultivars was assessed by high annealing temperature-random amplified polymorphic DNA (HAT-RAPD) technique. Out of 28 random primers used, 21 generated polymorphic bands. Pairwise distances between taxa calculated using Nei’s genetic distance varied from 3 to 82%. An unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA) dendrogram constructed based on 61 RAPD characters classified all 19 cultivars into five clusters, four of which containing bitter-type accessions and one accommodating sweet-type accessions. The bitter-type clusters possessed three cultivars of farmers’ preferences, including Gled Mangorn (closely related to Rayong 72), Giant (placed with Huay Bong 60 and Huay Bong 80), and Nak Khao (placed with Rayong 3 and Rayong 5).Keywords: Manihot esculenta Crantz, cassava germplasm, HAT-RAPD technique, UPGMA metho
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Identification of Thai cassava cultivars using SCAR markers and multiplex PCR
Get PDFบทคัดย่อ มันสำปะหลังเป็นพืชเศรษฐกิจที่มีความสำคัญ และมีการคัดเลือกพันธุ์ปลูกที่มีเปอร์เซ็นต์แป้งสูงเพื่ออุตสาหกรรม แต่พันธุ์ปลูกที่ได้รับการพัฒนาอาจมีลักษณะสัณฐานวิทยาคล้ายคลึงกัน ดังนั้นการจำแนกพันธุ์ปลูกจึงต้องอาศัยบุคลากรที่มีความชำนาญ การศึกษานี้มีวัตถุประสงค์เพื่อพัฒนาเครื่องหมายโมเลกุลสำหรับระบุพันธุ์ปลูกของมันสำปะหลังไทยจำนวน 16 พันธุ์ปลูกที่ได้จากแหล่งเชื้อพันธุกรรมในศูนย์วิจัยพืชไร่ระยอง โดยนำแถบดีเอ็นเอซึ่งมีความแตกต่างกันในพันธุ์ปลูกต่างๆ ที่ได้จากการทำ HAT-RAPD มาโคลนและหาลำดับนิวคลีโอไทด์ เพื่อออกแบบไพรเมอร์สำหรับ SCAR ที่มีความจำเพาะจำนวน 4 คู่ โดย SCAR marker ที่ได้สามารถใช้จำแนกพันธุ์ปลูกของมันสำปะหลังได้ ดังนี้ (1) 308-bp marker และ 850-bp marker ใช้ระบุอัตลักษณ์ของพันธุ์ปลูกระยอง 60 และห้านาที ตามลำดับ (2) 414-bp marker ใช้ระบุกลุ่มพันธุ์ปลูกระยอง 1 ระยอง 11 ระยอง 90 ระยอง 86-13 ห้วยบง 60 และเกษตรศาสตร์ 50 (3) 273-bp marker ใช้ระบุกลุ่มพันธุ์ปลูกระยอง 3 ระยอง 9 และระยอง 72 และ (4) 414-bp marker และ 273-bp marker ใช้ระบุกลุ่มพันธุ์ปลูกระยอง 5 และห้วยบง 80 นอกจากนี้ ยังได้มีการพัฒนาเทคนิค multiplex PCR ที่เหมาะสมกับการใช้ไพรเมอร์สำหรับ SCAR พร้อมกันทั้ง 4 คู่ในหนึ่งปฏิกิริยา เพื่อให้การตรวจสอบดีเอ็นเอเป้าหมายมีความรวดเร็วและประหยัดยิ่งขึ้น ABSTRACT Cassava is an important economic crop which has been artificially selected to improve cultivars with high industrial yield of starch. Based on their morphoagronomic descriptors however, several improved cultivars are similar. Hence, accurate identification of each cultivar requires well-trained personnel. This study aimed to establish molecular markers for the identification of 16 Thai cassava cultivars from the germplasm collection in Rayong Field Crops Research Center. HAT-RAPD amplicons which were distinctive among the cultivars were employed for molecular cloning. Based on nucleotide sequences obtained four SCAR primer pairs were designed. SCAR markers were generated and used to differentiate the cultivars as follows: (1) 308-bp marker and 850-bp marker for Rayong 60 and Hanatee, respectively; (2) 414-bp marker for Rayong 1, Rayong 11, Rayong 90, Rayong 86-13, Huay Bong 60 and Kasetsart 50; (3) 273-bp marker for Rayong 3, Rayong 9 and Rayong 72; and (4) 414-bp and 273-bp markers for Rayong 5 and Huay Bong 80. For the procedure to be less time-consuming and more cost-effective, efficient multiplex PCR with optimal conditions was developed to incorporate all four pairs of SCAR primers in a single PCR reaction
- …
