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Diversité génétique du riz (Oryza sativa L.) dans la région de Vakinankaratra, Madagascar. Structuration, distribution éco-géographique & gestion in situ
No full textdéposé le 27 avril 2013 par Nourollah AhmadiIn situ conservation of crop genetic resources is widely recommended but, as yet, no methods have been developed to rank the genetic entities to preserve and the social organisations to involve. Increased knowledge of the dynamic of agrobiodiversity is essential for the integration of conservation and valorization in the strategies of crop productivity improvement in traditional agrosystems. The highlands of Madagascar have been identified as a key site for rice, Oryza sativa, genetic diversity. To define conservation strategies, we performed multidisciplinary analysis of rice genetic diversity and factors shaping its distribution in the Vakinankaratra region of Madagascar. Individual and collective surveys, collect and characterization of samples of cultivated rice varieties in 1050 farms located in 32 villages were realized. Averages numbers of rice varieties used per village (10.9) and per farm (2.2) are comparables with other traditional agrosystems, nevertheless great regional variability is observed. The determinants of this variability are altitude, production system of villages, type of rice cultivation system and farm economic richness. An important disparity in the frequency of the use of varieties was observed with large proportion of "minor" varieties used by less than 10% of farms. Local seed management is characterized by the lack of selection for varietal purity. The adoption of new practices of seed and variety management, associated with the recent development of upland rice in this region, shows the capacity of the system to innovations. Along with the indica and japonica rice subspecies of O. sativa, we confirmed the presence of an atypical rice group with a preferential habitat of 1250-1750 m. Spatial distribution of genetic diversity was uneven. The most determining factor of this unevenness was the altitude authorising or not the presence of different rice cropping systems and the associated types of varieties. Village and individual farmer's wealth also had a determining role on the amount of rice diversity they hosted. While molecular variance between villages in a given interval of altitude represented 16% of the total variance, within-village variance represented more than 75% of the total, and within-farm variance 70% of within-village variance. This hierarchical distribution of molecular variance suggests that a small number of samples per scale (altitude interval, village and farm) could allow to capture most of the genetic diversity observed. However, within-variety diversity was also important making ex situ conservation strategies impractical and costly. Implications of the within-variety diversity are discussed in terms of adaptive advantages, evolutionary processes, and need for in situ conservation.Mieux connaître les dynamiques de l'agrobiodiversité est indispensable pour détecter les évolutions défavorables et élaborer des stratégies de conservation, en particulier dans les agrosystèmes traditionnels, encore peu affectés par l'intensification agricole. Une étude de la dynamique de la diversité et de la gestion des variétés et semences de riz a été entreprise dans la région de Vakinankaratra. Celle-ci, située au centre des hauts plateaux de Madagascar, se caractérise par une grande diversité agroécologique, des systèmes de production et des systèmes de culture du riz liée, notamment, aux variations de l'altitude (750-1950m). L'étude s'est appuyée, d'une part, sur des enquêtes (collectives et individuelles) auprès de 1050 exploitations réparties dans 32 villages, d'autre part, sur la collecte systématique et la caractérisation des variétés de riz maintenues dans ces villages, au moyen de descripteurs agro-morphologiques et moléculaires. La région héberge non seulement les 3 groupes majeurs d'O. sativa (indica, japonica tropical et japonica tempéré) mais aussi un groupe atypique, non répertorié ailleurs dans le monde. Ces derniers sont des riz irrigués plus proches des indica que des japonica ; leur habitat préférentiel est l'intervalle d'altitude 1250-1750m. La distribution éco-géographique de la diversité est façonnée par, respectivement, l'altitude, les systèmes de production et la richesse des exploitations. Elle est organisée en 4 strates : intervalle d'altitude, village, exploitation et parcelle. A chaque strate, la différentiation génétique entre les sous-ensembles représente jusqu'à 70% de la diversité totale. Les variétés locales ont une structure multi-lignées ; la fréquence des lignées constituantes varie entre exploitations et entre villages. Leurs distributions régionales peuvent être assimilées à des métapopulations fragmentées. Les variétés locales de riz sont des biens communautaires quasi sacrées. Les variétés améliorées cohabitent avec elles sans constituer de véritables menaces. Il existe une grande disparité dans la fréquence d'utilisation des variétés. Dans chaque village, 1-2 " variétés majeures " sont utilisées par plus de 50% des agriculteurs et plusieurs " variétés mineures " par moins de 10% d'entre eux. Les échanges de variétés et de semences sont limités entre villages, plus intenses à l'intérieur de chaque village. Les semences ne se vendent pas mais s'échangent. Un système de valeurs culturelles incite à la sélection pour l'homogénéité. Le système de constitution des lots de semences conduit à une sélection involontaire d'adaptation GxE. Le système vernaculaire de nomination, assez sophistiqué, n'est plus opérationnel qu'à l'échelle village ; il en résulte une faible consistance des noms de variétés entre villages ; et le nombre de variétés n'est plus un bon indicateur de la diversité régionale. L'introduction récente de la riziculture pluviale a engendré une nouvelle dynamique qui bouscule les pratiques traditionnelles de gestion des variétés et des semences. Les signes d'érosion observés parmi les variétés locales, incitent à l'analyse de l'évolution récente (4-5 dernières décennies) de la diversité et à la mise en place d'un observatoire pour le suivi des évolutions à venir. La conservation in-situ de la diversité doit s'inscrire dans des actions intégrées de développement rural. La recherche peut y contribuer par la valorisation des variétés locales dans des schémas de sélection participative et par une conservation dynamique de ces ressources sous forme de populations à large base génétique
Diversité génétique du riz (Oryza sativa L.) dans la région de Vakinankaratra, Madagascar. Structuration, distribution éco-géographique & gestion in situ
No full textdéposé le 27 avril 2013 par Nourollah AhmadiIn situ conservation of crop genetic resources is widely recommended but, as yet, no methods have been developed to rank the genetic entities to preserve and the social organisations to involve. Increased knowledge of the dynamic of agrobiodiversity is essential for the integration of conservation and valorization in the strategies of crop productivity improvement in traditional agrosystems. The highlands of Madagascar have been identified as a key site for rice, Oryza sativa, genetic diversity. To define conservation strategies, we performed multidisciplinary analysis of rice genetic diversity and factors shaping its distribution in the Vakinankaratra region of Madagascar. Individual and collective surveys, collect and characterization of samples of cultivated rice varieties in 1050 farms located in 32 villages were realized. Averages numbers of rice varieties used per village (10.9) and per farm (2.2) are comparables with other traditional agrosystems, nevertheless great regional variability is observed. The determinants of this variability are altitude, production system of villages, type of rice cultivation system and farm economic richness. An important disparity in the frequency of the use of varieties was observed with large proportion of "minor" varieties used by less than 10% of farms. Local seed management is characterized by the lack of selection for varietal purity. The adoption of new practices of seed and variety management, associated with the recent development of upland rice in this region, shows the capacity of the system to innovations. Along with the indica and japonica rice subspecies of O. sativa, we confirmed the presence of an atypical rice group with a preferential habitat of 1250-1750 m. Spatial distribution of genetic diversity was uneven. The most determining factor of this unevenness was the altitude authorising or not the presence of different rice cropping systems and the associated types of varieties. Village and individual farmer's wealth also had a determining role on the amount of rice diversity they hosted. While molecular variance between villages in a given interval of altitude represented 16% of the total variance, within-village variance represented more than 75% of the total, and within-farm variance 70% of within-village variance. This hierarchical distribution of molecular variance suggests that a small number of samples per scale (altitude interval, village and farm) could allow to capture most of the genetic diversity observed. However, within-variety diversity was also important making ex situ conservation strategies impractical and costly. Implications of the within-variety diversity are discussed in terms of adaptive advantages, evolutionary processes, and need for in situ conservation.Mieux connaître les dynamiques de l'agrobiodiversité est indispensable pour détecter les évolutions défavorables et élaborer des stratégies de conservation, en particulier dans les agrosystèmes traditionnels, encore peu affectés par l'intensification agricole. Une étude de la dynamique de la diversité et de la gestion des variétés et semences de riz a été entreprise dans la région de Vakinankaratra. Celle-ci, située au centre des hauts plateaux de Madagascar, se caractérise par une grande diversité agroécologique, des systèmes de production et des systèmes de culture du riz liée, notamment, aux variations de l'altitude (750-1950m). L'étude s'est appuyée, d'une part, sur des enquêtes (collectives et individuelles) auprès de 1050 exploitations réparties dans 32 villages, d'autre part, sur la collecte systématique et la caractérisation des variétés de riz maintenues dans ces villages, au moyen de descripteurs agro-morphologiques et moléculaires. La région héberge non seulement les 3 groupes majeurs d'O. sativa (indica, japonica tropical et japonica tempéré) mais aussi un groupe atypique, non répertorié ailleurs dans le monde. Ces derniers sont des riz irrigués plus proches des indica que des japonica ; leur habitat préférentiel est l'intervalle d'altitude 1250-1750m. La distribution éco-géographique de la diversité est façonnée par, respectivement, l'altitude, les systèmes de production et la richesse des exploitations. Elle est organisée en 4 strates : intervalle d'altitude, village, exploitation et parcelle. A chaque strate, la différentiation génétique entre les sous-ensembles représente jusqu'à 70% de la diversité totale. Les variétés locales ont une structure multi-lignées ; la fréquence des lignées constituantes varie entre exploitations et entre villages. Leurs distributions régionales peuvent être assimilées à des métapopulations fragmentées. Les variétés locales de riz sont des biens communautaires quasi sacrées. Les variétés améliorées cohabitent avec elles sans constituer de véritables menaces. Il existe une grande disparité dans la fréquence d'utilisation des variétés. Dans chaque village, 1-2 " variétés majeures " sont utilisées par plus de 50% des agriculteurs et plusieurs " variétés mineures " par moins de 10% d'entre eux. Les échanges de variétés et de semences sont limités entre villages, plus intenses à l'intérieur de chaque village. Les semences ne se vendent pas mais s'échangent. Un système de valeurs culturelles incite à la sélection pour l'homogénéité. Le système de constitution des lots de semences conduit à une sélection involontaire d'adaptation GxE. Le système vernaculaire de nomination, assez sophistiqué, n'est plus opérationnel qu'à l'échelle village ; il en résulte une faible consistance des noms de variétés entre villages ; et le nombre de variétés n'est plus un bon indicateur de la diversité régionale. L'introduction récente de la riziculture pluviale a engendré une nouvelle dynamique qui bouscule les pratiques traditionnelles de gestion des variétés et des semences. Les signes d'érosion observés parmi les variétés locales, incitent à l'analyse de l'évolution récente (4-5 dernières décennies) de la diversité et à la mise en place d'un observatoire pour le suivi des évolutions à venir. La conservation in-situ de la diversité doit s'inscrire dans des actions intégrées de développement rural. La recherche peut y contribuer par la valorisation des variétés locales dans des schémas de sélection participative et par une conservation dynamique de ces ressources sous forme de populations à large base génétique
Diversité génétique du riz Oryza sativa L. dans la région de Vakinankaratra, Madagascar : structuration, distribution éco-géographique et gestion in situ
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Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
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