2,082 research outputs found
FullDataset_myxo
No full textFull dataset for the following study:
Multi-scale dynamic imaging reveals that cooperative motility behaviors promote efficient predation in bacteria
Sara Rombouts, Anna Mas, Antoine Le Gall, Jean-Bernard Fiche, Tâm Mignot, Marcelo Nollmann
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.12.20.521001v
FullDataset_myxo
No full textFull dataset for the following study:
Multi-scale dynamic imaging reveals that cooperative motility behaviors promote efficient predation in bacteria
Sara Rombouts, Anna Mas, Antoine Le Gall, Jean-Bernard Fiche, Tâm Mignot, Marcelo Nollmann
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.12.20.521001v
Optical tweezer and fluorescence microscopy for the study of protein synthesis
No full textSéminaireSéminaire au Centre de Biochimie Structurale à Montpellier. Invitation d'Emmanuel Margeat et Marcelo Nollmann
Optical tweezer and fluorescence microscopy for the study of protein synthesis
No full textSéminaireSéminaire au Centre de Biochimie Structurale à Montpellier. Invitation d'Emmanuel Margeat et Marcelo Nollmann
qudi-HiM
No full textqudi-HiM is a software package developed by the Nollmann Lab at the Center of Structural Biology, a department of the CNRS and the INSERM. qudi-HiM is a tool for the control of optical microscope setups with different hardware components optimized to performed multiplexed imaging experiments. qudi-HiM has been build using a modular approach so that it can be adapted to different microscopes with various optical modalities (e.g. widefield/ confocal) and hardward components by using local configuration files. The graphical user interface (GUI) was build using pyQt.
qudi-HiM is built using the framework provided by Qudi, a suite of tools for operating multi-instrument and multi-computer laboratory experiments. The Qudi Github repository contains a detailed documentation for users as well as guidelines for contributors
Marcelo dascal and the literal meaning debates
No full textWhat role does literal meaning play in people’s understanding of indirect and figurative language? Scholars from many disciplines have debated this issue forseveral decades. This chapter describes these debates, especially focusing on the arguments between the author and Marcelo Dascal. I suggest that Dascal’s defense of “moderate literalism” may have some validity, contrary to some of my earlier arguments against this point of view. The chapter acknowledges the strong contribution that Marcelo Dascal has made to interdisciplinary discussions on language and thought
Marcelo Cohen’s Work : Between Fantastic Sociology and Fictional Geography
No full textCette thèse étudie les notions de géographie imaginaire et de sociologie fantastique dans l’œuvre de Marcelo Cohen (Buenos Aires, 1951). Le corpus de travail comprend l’ensemble de la production de fiction narrative de l’auteur (contes, nouvelles et romans en une vingtaine d’ouvrages) entre son premier recueil de récits, Lo que queda (1972), et son roman Balada (2011). La thèse est organisée en trois parties : la première (« Marcelo Cohen et son œuvre. Perspectives théoriques et méthodologiques ») propose une présentation de l’auteur et de son œuvre et un bilan théorique et pratique des notions de géographie imaginaire et de sociologie fantastique ; la deuxième (« Écrire l’espace ») analyse la construction de l’espace dans le corpus choisi dans une double démarche chronologique et figurative ; la troisième (« Littérature et société ») se penche sur les manifestations des dimensions idéologiques, sociales et politiques, et sur les relations entre l’individu et la société dans les ouvrages de Marcelo Cohen. Le travail s’achève par une réflexion globale sur la poétique et l’esthétique de l’auteur argentin.This thesis considers such concepts as fictional Geography and fantastic Sociology in Marcelo Cohen’s work (Buenos Aires, 1951).The body of this research includes all the narrative fiction by this author (some twenty tales, short stories and novels in total), between his first collection of stories, Lo que queda (1972), and his novel Balada (2011).Our thesis develops three domains : the first one (« Marcelo Cohen and his work, a theoretical and methodological outlook ») introduces the author and his work, along with a theoretical and practical evaluation of such concepts as fictional Geography and fantastic Sociology ; the second one (« Space in writing ») analyzes the make of space in the selected books, in a dual approach : both chronological and representational ; the last one (« Literature and society ») addresses the expressions of ideological, sociological and political dimensions, plus the relationship between a particular person and his/her society in Marcelo Cohen’s works. This research ends with a global consideration of poetry and estheticism in the work of our Argentinean author
Développement de méthodes expérimentales et d'analyse pour calibrer et valider les technologies de microscopie de super-résolution
No full textLes méthodes de microscopie de super-résolution (SRM) telles que la microscopie PALM (photoactivated localization microscopy), STORM (stochastic optical reconstruction microscopy), BALM (binding-activated localization microscopy) et le DNA-PAINT, représentent un nouvel ensemble de techniques de microscopie optique qui permettent de surpasser la limite de diffraction ( > 200 nm dans le spectre visible). Ces méthodes sont basées sur la localisation de la fluorescence de molécules uniques, et peuvent atteindre des résolutions de l'ordre du nanomètres (~20 nm latéralement et 50 nm axialement). Les techniques SRM ont un large spectre d'applications dans les domaines de la biologie et de la biophysique, rendant possible l'accès à l'information tant dynamique que structurale de structures connues ou non, in vivo et in vitro. Beaucoup d'efforts ont été fournis durant la dernière décennie afin d'élargir le potentiel de ces méthodes en développant des méthodes de localisation à la fois plus précise et plus rapide, d'améliorer la photophysique des fluorophores, de développer des algorithmes pour obtenir une information quantitative et augmenter la précision de localisation, etc. Cependant, très peu de méthodes ont été développées pour examiner l'hétérogénéité des images et extraire les informations statistiquement pertinent à partir de plusieurs milliers d'images individuelles super-résolues. Dans mon travail de thèse, je me suis spécifiquement attaquée à ces limitations en: (1) construisant des objets de dimensions nanométriques et de structures bien définies, avec la possibilité d'être adaptés aux besoins. Ces objets sont basés sur les origamis d'ADN. (2) développant des approches de marquage afin d'acquérir des images homogènes de ces objets. (3) implémentant des outils statistiques dans le but d'améliorer l'analyse et la validation d'images. Ces outils se basent sur des méthodes de reconstruction de molécules uniques communément appliquées aux reconstructions d'images de microscopie électronique. J'ai spécifiquement appliqué ces développements à la reconstruction de formes 3D de deux origamis d'ADN modèles (en une et trois dimensions). Je montre comment ces méthodes permettent la dissection de l'hétérogénéité de l'échantillon, et la combinaison d'images similaires afin d'améliorer le rapport signal sur bruit. La combinaison de différentes classes moyennes ont permis la reconstruction des formes tridimensionnelles des origamis d'ADN. Particulièrement, car cette méthode utilise la projection 2D de différentes vues d'une même structure, elle permet la récupération de résolutions isotropes en trois dimensions. Des fonctions spécifiques ont été adaptées à partir de méthodologies existantes afin de quantifier la fiabilité des reconstructions et de leur résolution. A l'avenir, ces développements seront utiles pour la reconstruction 3D de tous types d'objets biologiques pouvant être observés à haute résolution par des méthodologies dérivées de PALM, STORM ou PAINT.Super resolution microscopy (SRM) methods such as photoactivated localization microscopy (PALM), stochastic optical reconstruction microscopy (STORM), binding-activated localization microscopy (BALM) and DNA-PAINT represent a new collection of light microscopy techniques that allow to overpass the diffraction limit barrier ( > 200 nm in the visible spectrum). These methods are based on the localization of bursts of fluorescence from single fluorophores, and can reach nanometer resolutions (~20 nm in lateral and 50 nm in axial direction, respectively). SRM techniques have a broad spectrum of applications in the field of biology and biophysics, allowing access to structural and dynamical information of known and unknown biological structures in vivo and in vitro. Many efforts have been made over the last decade to increase the potential of these methods by developing more precise and faster localization techniques, to improve fluorophore photophysics, to develop algorithms to obtain quantitative information and increase localization precision, etc. However, very few methods have been developed to dissect image heterogeneity and to extract statistically relevant information from thousands of individual super-resolved images. In my thesis, I specifically tackled these limitations by: (1) constructing objects with nanometer dimensions and well-defined structures with the possibility of be tailored to any need. These objects are based on DNA origami. (2) developing labeling approaches to homogeneously image these objects. These approaches are based on adaptations of BALM and DNA-PAINT microscopies. (3) implemented statistical tools to improve image analysis and validation. These tools are based on single-particle reconstruction methods commonly applied to image reconstruction in electron microscopy.I specifically applied these developments to reconstruct the 3D shape of two model DNA origami (in one and three dimensions). I show how this method permits the dissection of sample heterogeneity, and the combination of similar images in order to improve the signal-to-noise ratio. The combination of different average classes permitted the reconstruction of the three dimensional shape of DNA origami. Notably, because this method uses the 2D projections of different views of the same structure, it permits the recovery of isotropic resolutions in three dimensions. Specific functions were adapted from previous methodologies to quantify the reliability of the reconstructions and their resolution.In future, these developments will be helpful for the 3D reconstruction of any biological object that can be imaged at super resolution by PALM, STORM or PAINT-derived methodologies
TADs or no TADS: Lessons from single-cell imaging of chromosome architecture
No full textEukaryotic genomes are folded in a hierarchical organization that reflects and possibly regulates their function. Genomewide studies revealed a new level of organization at the kilobase-to-megabase scale termed “topological associating domains” (TADs). TADs are characterized as stable units of chromosome organization that restrict the action of regulatory sequences within one “functional unit.” Consequently, TADs are expected to appear as physical entities in most cells. Very recent single-cell studies have shown a notable variability in genome architecture at this scale, raising concerns about this model. Furthermore, the direct and simultaneous observation of genome architecture and transcriptional output showed the lack of stable interactions between regulatory sequences in transcribing cells. These findings are consistent with a large body of evidence suggesting that genome organization is highly heterogeneous at different scales. In this review, we discuss the main strategies employed to image chromatin organization, present the latest state-of-the-art developments, and propose an interpretation reconciling population-based findings with direct single-cell chromatin organization observations. All in all, we propose that TADs are made of multiple, low-frequency, low-affinity interactions that increase the probability, but are not deterministic, of regulatory interactions.Fil: Cardozo Gizzi, Andres Mauricio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba. Centro de Investigaciones en Química Biológica de Córdoba. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Químicas. Centro de Investigaciones en Química Biológica de Córdoba; ArgentinaFil: Cattoni, Diego Ignacio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia. Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale; FranciaFil: Nollmann, Marcelo. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia. Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale; Franci
Principles of the Higher-Order Chromatin Folding Unveiled by Multicolor Superresolution Microscopy
No full textLa relation entre le repliement du génome et les processus cellulaires majeurs, notamment la transcription, la réparation de l’ADN et la réplication est une question biologique centrale. De nouvelles méthodes de la génomique ont révélé un niveau inconnu de l’architecture tridimensionnelle de la chromatine. A l’échelle en dessous de la mégabase, certaines séquences génomiques se trouvent préférentiellement à proximité les unes des autres formant ainsi des domaines topologiques associés (TAD). Les gènes situés dans le même TAD ont des propriétés épigénétiques similaires, et leur expression au cours de la différentiation semble corrélée, ce qui suggère un lien fort entre la structure de la chromatine et la transcription. Les TADs sont à leur tour séparés par des régions avec peu de contacts, appelées frontières, qui sont généralement occupées par des protéines dites isolatrices. Les déterminants de cette organisation chromatinienne particulière et ses implications fonctionnelles sont largement méconnus. Selon une hypothèse récente, les TADs seraient formés par des contacts entre les séquences des frontières, stabilisés par la formation de boucles via les protéines isolatrices. Les travaux présentés ici ont pour but d’étudier le rôle des protéines isolatrices dans le mécanisme de formation des TADs chez la drosophile. La microscopie super-résolue a été implémentée et une série de développements ont été réalisés en microscopie à illumination structurée (SIM) et la microscopie à localisation de molécules uniques (SMLM), avec une attention particulière sur le marquage fluorescent. Ces développements ont directement été appliqués à l’étude de l’organisation nucléaire de la protéine associée aux éléments frontières (BEAF), une des 11 protéines isolatrices identifiées à ce jour chez la drosophile. Le fort enrichissement aux frontières des TADs, ainsi que son activité dans la formation de boucles d’ADN font de BEAF un candidat intéressant pour tester l’hypothèse de regroupement de frontières comme mécanisme général de repliement de la chromatine. La technique SMLM multi-couleurs a systématiquement localisé BEAF à la périphérie des larges domaines portant la marque épigénétique H3K27me3. L’analyse quantitative des images SMLM a révélé que BEAF forme des centaines de foyers d’une taille de 45 nm, composés en moyenne de 5 molécules, ce qui est en désaccord avec la présence de boucles de chromatine à large échelle. Afin de tester le regroupement de gènes directement au niveau de l’ADN, des frontières ont été marquées par des oligonucléotides fluorescents. Le nombre de foyers détectés par SIM s’est à nouveau révélé incompatible avec le modèle de contacts entre les frontières tout le long du génome. Par ailleurs, les distances entre paires de frontières au niveau de deux régions génomiques ont montré <5% de contacts. Ensemble, ces résultats sont en désaccord avec l’établissement d’interactions entre barrières chez la drosophile. Enfin, ces travaux de thèse ont contribué au développement méthodologique de la microscopie super-résolue, ce qui a permis d’apporter des preuves expérimentales invalidant le modèle de regroupement des frontières comme mécanisme général du repliement chromatinien.The interplay between genome folding and key cellular functions such as transcription, DNA repair and replication is a fundamental question in chromatin biology. Recent genome-wide developments unveiled a new level of three-dimensional chromatin architecture. At the sub-megabase scale, some genome sequences are preferentially found in proximity with one another forming Topologically Associating Domains (TADs). Genes located within the same TAD display common epigenetic properties and tend to have coordinated dynamics of expression during differentiation, suggesting a strong link between chromatin structure and transcription. TADs are in turn separated by regions of low contact, termed TAD borders, which are generally occupied by factors called chromatin insulators. What are the determinants of this particular type of chromatin organization and what are the functional implications is still largely unknown. In an emerging hypothesis, TADs could be formed through contacts between TAD border sequences stabilized by the looping activity of insulator proteins. This thesis investigates the roles of insulator proteins in the TAD formation mechanism using Drosophila melanogaster as model system. Superresolution imaging was implemented and a series of developments were performed in Structured Illumination Microscopy (SIM) and Single-molecule Localization Microscopy (SMLM), with particular attention on fluorescent labeling for single-molecule detection. These developments were directly applied to study the nuclear organization of the Boundary Element Associated Factor (BEAF), one of the 11 insulator proteins discovered to date in Drosophila. The strong enrichment on TAD borders and its demonstrated looping activity make BEAF a potent candidate to test for the clustering of TAD borders as a general mechanism of chromatin folding. Multicolor SMLM systematically located BEAF foci at the periphery of large H3K27me3 chromatin domains. Quantitative analysis of SMLM images indicated BEAF forms hundreds of 45 nm foci, containing a mean of 5 molecules, which argues against a large-scale looping of BEAF-bound chromatin. To directly probe for gene clustering at the DNA level, TAD borders were labeled using fluorescent oligonucleotide probes. The number of foci detected by SIM was once more incompatible with a model of chromosome-wide contacting of multiple TAD borders. Furthermore, TAD border pairs distances were measured in two genomic regions, resulting in <5% of paired contacts among the measured barriers. Taken together, these results are inconsistent with constitutive interactions between consecutive or non-consecutive barriers in Drosophila.In conclusion, this study contributed to the methodological development of super-resolution microscopy which was applied to provide experimental evidence invalidating the TAD border clustering model as a general mechanism of chromatin folding
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