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Méthodes statistiques et outils logiciels pour l'analyse et l'inférence de réseaux écologiques et le traitement de données multi-espèces
No full textInteractions between species in ecological communities are complex: many species can interact with each other in a variety of ways and at different spatial and temporal scales. Moreover, these interaction networks are the result of multiple causes, generate multiple processes and can have indirect effects transmitted through the structure of the network. This complexity calls for a variety of approaches to understand the determinants of interactions and predict their effects in ecological systems. This thesis studies several aspects of ecological interaction networks using a methodological approach that focuses on the description, evaluation and development of statistical methods and software tools. In a first part, I study causes of the structure of interaction networks, focusing on interaction niches and using the notion of trait matching between species. To this end, I use methods from the correspondence analysis family and apply and extend reciprocal scaling methods to the analysis of bipartite networks. I apply these methods to the analysis of a plant-frugivore interaction network in a Peruvian montane forest, and show that species traits can be related to their niche width. In a second part, I study the consequences of interactions through their influence on the spatio-temporal distribution of species. To this end, I use multivariate Hawkes processes to analyze camera trap data. I illustrate these models on five mammals from the South African savanna, showing attraction and avoidance between several of these species at a short spatio-temporal scale. In a third part, I consider camera trap data analysis. I develop a R package to clean and standardize camera trap data intended for the Snapshot Safari program, as well as a Shiny application intended for a more general use to visualize data in an interactive and reproducible way. This thesis presents statistical methods and software tools to analyze complex ecological data and improve our understanding of interaction networks. These results open new perspectives on ecological data analysis and methodological development in ecology.Les interactions entre espèces dans les communautés écologiques sont complexes : de nombreuses espèces peuvent interagir les unes avec les autres de façons variées et à différentes échelles spatiales et temporelles. De plus, ces réseaux d'interactions sont la résultante de multiples causes, engendrent de multiples processus et ont des conséquences parfois indirectes transmises au travers de la structure du réseau. Cette complexité nécessite une diversité d'approches pour comprendre les déterminants des interactions et prédire leurs effets dans les systèmes écologiques. Cette thèse étudie plusieurs aspects des réseaux d'interactions écologiques par une approche méthodologique qui se concentre sur la description, l'évaluation et le développement de méthodes statistiques et d'outils logiciels. Dans une première partie, j'étudie les causes de la structure des réseaux d'interactions en me concentrant sur les niches d'interactions et en utilisant la notion de concordance des traits entre espèces. Pour cela, j'utilise des méthodes de la famille de l'analyse des correspondances et j'applique et j'étends des méthodes de mise à l'échelle réciproque à l'analyse de réseaux bipartites. J'applique ces méthodes à l'analyse d'un réseau d'interactions plantes-frugivores d'une forêt de montagne péruvienne et je montre que les traits des espèces peuvent être reliés à leur largeur de niche. Dans une deuxième partie, j'étudie les conséquences des interactions au travers de leur influence sur la répartition spatio-temporelle des espèces. Pour cela, j'utilise des processus de Hawkes multivariés pour analyser des données de pièges photographiques. J'illustre ces modèles sur cinq mammifères de la savane sud-africaine et je montre des attractions et évitements entre plusieurs de ces espèces à courte échelle spatio-temporelle. Dans une troisième partie, je me penche sur l'analyse de données collectées par pièges photographiques. Je développe un package R pour nettoyer et standardiser ces données à l'usage du programme Snapshot Safari, ainsi qu'une application Shiny destinée à un usage plus général pour visualiser de données de façon interactive et reproductible. Cette thèse présente des méthodes statistiques et outils logiciels pour analyser des données écologiques complexes et améliorer la compréhension des réseaux d'interactions. Ces résultats ouvrent des perspectives nouvelles concernant l'analyse de données écologiques ainsi que les développement méthodologique en écologie
Statistical methods and software tools to analyze and infer ecological networks and process multi-species data
No full textLes interactions entre espèces dans les communautés écologiques sont complexes : de nombreuses espèces peuvent interagir les unes avec les autres de façons variées et à différentes échelles spatiales et temporelles. De plus, ces réseaux d'interactions sont la résultante de multiples causes, engendrent de multiples processus et ont des conséquences parfois indirectes transmises au travers de la structure du réseau. Cette complexité nécessite une diversité d'approches pour comprendre les déterminants des interactions et prédire leurs effets dans les systèmes écologiques. Cette thèse étudie plusieurs aspects des réseaux d'interactions écologiques par une approche méthodologique qui se concentre sur la description, l'évaluation et le développement de méthodes statistiques et d'outils logiciels. Dans une première partie, j'étudie les causes de la structure des réseaux d'interactions en me concentrant sur les niches d'interactions et en utilisant la notion de concordance des traits entre espèces. Pour cela, j'utilise des méthodes de la famille de l'analyse des correspondances et j'applique et j'étends des méthodes de mise à l'échelle réciproque à l'analyse de réseaux bipartites. J'applique ces méthodes à l'analyse d'un réseau d'interactions plantes-frugivores d'une forêt de montagne péruvienne et je montre que les traits des espèces peuvent être reliés à leur largeur de niche. Dans une deuxième partie, j'étudie les conséquences des interactions au travers de leur influence sur la répartition spatio-temporelle des espèces. Pour cela, j'utilise des processus de Hawkes multivariés pour analyser des données de pièges photographiques. J'illustre ces modèles sur cinq mammifères de la savane sud-africaine et je montre des attractions et évitements entre plusieurs de ces espèces à courte échelle spatio-temporelle. Dans une troisième partie, je me penche sur l'analyse de données collectées par pièges photographiques. Je développe un package R pour nettoyer et standardiser ces données à l'usage du programme Snapshot Safari, ainsi qu'une application Shiny destinée à un usage plus général pour visualiser de données de façon interactive et reproductible. Cette thèse présente des méthodes statistiques et outils logiciels pour analyser des données écologiques complexes et améliorer la compréhension des réseaux d'interactions. Ces résultats ouvrent des perspectives nouvelles concernant l'analyse de données écologiques ainsi que les développement méthodologique en écologie.Interactions between species in ecological communities are complex: many species can interact with each other in a variety of ways and at different spatial and temporal scales. Moreover, these interaction networks are the result of multiple causes, generate multiple processes and can have indirect effects transmitted through the structure of the network. This complexity calls for a variety of approaches to understand the determinants of interactions and predict their effects in ecological systems. This thesis studies several aspects of ecological interaction networks using a methodological approach that focuses on the description, evaluation and development of statistical methods and software tools. In a first part, I study causes of the structure of interaction networks, focusing on interaction niches and using the notion of trait matching between species. To this end, I use methods from the correspondence analysis family and apply and extend reciprocal scaling methods to the analysis of bipartite networks. I apply these methods to the analysis of a plant-frugivore interaction network in a Peruvian montane forest, and show that species traits can be related to their niche width. In a second part, I study the consequences of interactions through their influence on the spatio-temporal distribution of species. To this end, I use multivariate Hawkes processes to analyze camera trap data. I illustrate these models on five mammals from the South African savanna, showing attraction and avoidance between several of these species at a short spatio-temporal scale. In a third part, I consider camera trap data analysis. I develop a R package to clean and standardize camera trap data intended for the Snapshot Safari program, as well as a Shiny application intended for a more general use to visualize data in an interactive and reproducible way. This thesis presents statistical methods and software tools to analyze complex ecological data and improve our understanding of interaction networks. These results open new perspectives on ecological data analysis and methodological development in ecology
Méthodes statistiques et outils logiciels pour l'analyse et l'inférence de réseaux écologiques et le traitement de données multi-espèces
No full textInteractions between species in ecological communities are complex: many species can interact with each other in a variety of ways and at different spatial and temporal scales. Moreover, these interaction networks are the result of multiple causes, generate multiple processes and can have indirect effects transmitted through the structure of the network. This complexity calls for a variety of approaches to understand the determinants of interactions and predict their effects in ecological systems. This thesis studies several aspects of ecological interaction networks using a methodological approach that focuses on the description, evaluation and development of statistical methods and software tools. In a first part, I study causes of the structure of interaction networks, focusing on interaction niches and using the notion of trait matching between species. To this end, I use methods from the correspondence analysis family and apply and extend reciprocal scaling methods to the analysis of bipartite networks. I apply these methods to the analysis of a plant-frugivore interaction network in a Peruvian montane forest, and show that species traits can be related to their niche width. In a second part, I study the consequences of interactions through their influence on the spatio-temporal distribution of species. To this end, I use multivariate Hawkes processes to analyze camera trap data. I illustrate these models on five mammals from the South African savanna, showing attraction and avoidance between several of these species at a short spatio-temporal scale. In a third part, I consider camera trap data analysis. I develop a R package to clean and standardize camera trap data intended for the Snapshot Safari program, as well as a Shiny application intended for a more general use to visualize data in an interactive and reproducible way. This thesis presents statistical methods and software tools to analyze complex ecological data and improve our understanding of interaction networks. These results open new perspectives on ecological data analysis and methodological development in ecology.Les interactions entre espèces dans les communautés écologiques sont complexes : de nombreuses espèces peuvent interagir les unes avec les autres de façons variées et à différentes échelles spatiales et temporelles. De plus, ces réseaux d'interactions sont la résultante de multiples causes, engendrent de multiples processus et ont des conséquences parfois indirectes transmises au travers de la structure du réseau. Cette complexité nécessite une diversité d'approches pour comprendre les déterminants des interactions et prédire leurs effets dans les systèmes écologiques. Cette thèse étudie plusieurs aspects des réseaux d'interactions écologiques par une approche méthodologique qui se concentre sur la description, l'évaluation et le développement de méthodes statistiques et d'outils logiciels. Dans une première partie, j'étudie les causes de la structure des réseaux d'interactions en me concentrant sur les niches d'interactions et en utilisant la notion de concordance des traits entre espèces. Pour cela, j'utilise des méthodes de la famille de l'analyse des correspondances et j'applique et j'étends des méthodes de mise à l'échelle réciproque à l'analyse de réseaux bipartites. J'applique ces méthodes à l'analyse d'un réseau d'interactions plantes-frugivores d'une forêt de montagne péruvienne et je montre que les traits des espèces peuvent être reliés à leur largeur de niche. Dans une deuxième partie, j'étudie les conséquences des interactions au travers de leur influence sur la répartition spatio-temporelle des espèces. Pour cela, j'utilise des processus de Hawkes multivariés pour analyser des données de pièges photographiques. J'illustre ces modèles sur cinq mammifères de la savane sud-africaine et je montre des attractions et évitements entre plusieurs de ces espèces à courte échelle spatio-temporelle. Dans une troisième partie, je me penche sur l'analyse de données collectées par pièges photographiques. Je développe un package R pour nettoyer et standardiser ces données à l'usage du programme Snapshot Safari, ainsi qu'une application Shiny destinée à un usage plus général pour visualiser de données de façon interactive et reproductible. Cette thèse présente des méthodes statistiques et outils logiciels pour analyser des données écologiques complexes et améliorer la compréhension des réseaux d'interactions. Ces résultats ouvrent des perspectives nouvelles concernant l'analyse de données écologiques ainsi que les développement méthodologique en écologie
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Méthodes statistiques et outils logiciels pour l'analyse et l'inférence de réseaux écologiques et le traitement de données multi-espèces
No full textInteractions between species in ecological communities are complex: many species can interact with each other in a variety of ways and at different spatial and temporal scales. Moreover, these interaction networks are the result of multiple causes, generate multiple processes and can have indirect effects transmitted through the structure of the network. This complexity calls for a variety of approaches to understand the determinants of interactions and predict their effects in ecological systems. This thesis studies several aspects of ecological interaction networks using a methodological approach that focuses on the description, evaluation and development of statistical methods and software tools. In a first part, I study causes of the structure of interaction networks, focusing on interaction niches and using the notion of trait matching between species. To this end, I use methods from the correspondence analysis family and apply and extend reciprocal scaling methods to the analysis of bipartite networks. I apply these methods to the analysis of a plant-frugivore interaction network in a Peruvian montane forest, and show that species traits can be related to their niche width. In a second part, I study the consequences of interactions through their influence on the spatio-temporal distribution of species. To this end, I use multivariate Hawkes processes to analyze camera trap data. I illustrate these models on five mammals from the South African savanna, showing attraction and avoidance between several of these species at a short spatio-temporal scale. In a third part, I consider camera trap data analysis. I develop a R package to clean and standardize camera trap data intended for the Snapshot Safari program, as well as a Shiny application intended for a more general use to visualize data in an interactive and reproducible way. This thesis presents statistical methods and software tools to analyze complex ecological data and improve our understanding of interaction networks. These results open new perspectives on ecological data analysis and methodological development in ecology.Les interactions entre espèces dans les communautés écologiques sont complexes : de nombreuses espèces peuvent interagir les unes avec les autres de façons variées et à différentes échelles spatiales et temporelles. De plus, ces réseaux d'interactions sont la résultante de multiples causes, engendrent de multiples processus et ont des conséquences parfois indirectes transmises au travers de la structure du réseau. Cette complexité nécessite une diversité d'approches pour comprendre les déterminants des interactions et prédire leurs effets dans les systèmes écologiques. Cette thèse étudie plusieurs aspects des réseaux d'interactions écologiques par une approche méthodologique qui se concentre sur la description, l'évaluation et le développement de méthodes statistiques et d'outils logiciels. Dans une première partie, j'étudie les causes de la structure des réseaux d'interactions en me concentrant sur les niches d'interactions et en utilisant la notion de concordance des traits entre espèces. Pour cela, j'utilise des méthodes de la famille de l'analyse des correspondances et j'applique et j'étends des méthodes de mise à l'échelle réciproque à l'analyse de réseaux bipartites. J'applique ces méthodes à l'analyse d'un réseau d'interactions plantes-frugivores d'une forêt de montagne péruvienne et je montre que les traits des espèces peuvent être reliés à leur largeur de niche. Dans une deuxième partie, j'étudie les conséquences des interactions au travers de leur influence sur la répartition spatio-temporelle des espèces. Pour cela, j'utilise des processus de Hawkes multivariés pour analyser des données de pièges photographiques. J'illustre ces modèles sur cinq mammifères de la savane sud-africaine et je montre des attractions et évitements entre plusieurs de ces espèces à courte échelle spatio-temporelle. Dans une troisième partie, je me penche sur l'analyse de données collectées par pièges photographiques. Je développe un package R pour nettoyer et standardiser ces données à l'usage du programme Snapshot Safari, ainsi qu'une application Shiny destinée à un usage plus général pour visualiser de données de façon interactive et reproductible. Cette thèse présente des méthodes statistiques et outils logiciels pour analyser des données écologiques complexes et améliorer la compréhension des réseaux d'interactions. Ces résultats ouvrent des perspectives nouvelles concernant l'analyse de données écologiques ainsi que les développement méthodologique en écologie
Méthodes statistiques et outils logiciels pour l'analyse et l'inférence de réseaux écologiques et le traitement de données multi-espèces
No full textInteractions between species in ecological communities are complex: many species can interact with each other in a variety of ways and at different spatial and temporal scales. Moreover, these interaction networks are the result of multiple causes, generate multiple processes and can have indirect effects transmitted through the structure of the network. This complexity calls for a variety of approaches to understand the determinants of interactions and predict their effects in ecological systems. This thesis studies several aspects of ecological interaction networks using a methodological approach that focuses on the description, evaluation and development of statistical methods and software tools. In a first part, I study causes of the structure of interaction networks, focusing on interaction niches and using the notion of trait matching between species. To this end, I use methods from the correspondence analysis family and apply and extend reciprocal scaling methods to the analysis of bipartite networks. I apply these methods to the analysis of a plant-frugivore interaction network in a Peruvian montane forest, and show that species traits can be related to their niche width. In a second part, I study the consequences of interactions through their influence on the spatio-temporal distribution of species. To this end, I use multivariate Hawkes processes to analyze camera trap data. I illustrate these models on five mammals from the South African savanna, showing attraction and avoidance between several of these species at a short spatio-temporal scale. In a third part, I consider camera trap data analysis. I develop a R package to clean and standardize camera trap data intended for the Snapshot Safari program, as well as a Shiny application intended for a more general use to visualize data in an interactive and reproducible way. This thesis presents statistical methods and software tools to analyze complex ecological data and improve our understanding of interaction networks. These results open new perspectives on ecological data analysis and methodological development in ecology.Les interactions entre espèces dans les communautés écologiques sont complexes : de nombreuses espèces peuvent interagir les unes avec les autres de façons variées et à différentes échelles spatiales et temporelles. De plus, ces réseaux d'interactions sont la résultante de multiples causes, engendrent de multiples processus et ont des conséquences parfois indirectes transmises au travers de la structure du réseau. Cette complexité nécessite une diversité d'approches pour comprendre les déterminants des interactions et prédire leurs effets dans les systèmes écologiques. Cette thèse étudie plusieurs aspects des réseaux d'interactions écologiques par une approche méthodologique qui se concentre sur la description, l'évaluation et le développement de méthodes statistiques et d'outils logiciels. Dans une première partie, j'étudie les causes de la structure des réseaux d'interactions en me concentrant sur les niches d'interactions et en utilisant la notion de concordance des traits entre espèces. Pour cela, j'utilise des méthodes de la famille de l'analyse des correspondances et j'applique et j'étends des méthodes de mise à l'échelle réciproque à l'analyse de réseaux bipartites. J'applique ces méthodes à l'analyse d'un réseau d'interactions plantes-frugivores d'une forêt de montagne péruvienne et je montre que les traits des espèces peuvent être reliés à leur largeur de niche. Dans une deuxième partie, j'étudie les conséquences des interactions au travers de leur influence sur la répartition spatio-temporelle des espèces. Pour cela, j'utilise des processus de Hawkes multivariés pour analyser des données de pièges photographiques. J'illustre ces modèles sur cinq mammifères de la savane sud-africaine et je montre des attractions et évitements entre plusieurs de ces espèces à courte échelle spatio-temporelle. Dans une troisième partie, je me penche sur l'analyse de données collectées par pièges photographiques. Je développe un package R pour nettoyer et standardiser ces données à l'usage du programme Snapshot Safari, ainsi qu'une application Shiny destinée à un usage plus général pour visualiser de données de façon interactive et reproductible. Cette thèse présente des méthodes statistiques et outils logiciels pour analyser des données écologiques complexes et améliorer la compréhension des réseaux d'interactions. Ces résultats ouvrent des perspectives nouvelles concernant l'analyse de données écologiques ainsi que les développement méthodologique en écologie
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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