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Distribution of tick-borne microorganisms in human-biting ticks in France collected through a Citizen-science program
No full textInternational audienceTicks occupy diverse habitats, increasing the risk of human exposure. Assessing the public health threat posed by ticks requires rigorous monitoring of their distribution and of the prevalence of tick-borne pathogens. In France since 2017, the citizen science program CiTIQUE monitors human tick bites through multiple complementary approaches. Citizens can report bites and submit biting ticks to a national tick bank for research and surveillance. This study aimed to investigate human exposure to tick-borne microorganisms including pathogens across France, using ticks submitted through the CiTIQUE program. In total, 2009 ticks were selected from the CiTIQUE tick bank, identified, and screened for microorganisms using a real-time microfluidic PCR method. Most bites involved Ixodes ricinus nymphs except in Mediterranean regions where Dermacentor and Rhipicephalus ticks were more common. Twenty-six microorganisms were detected, eighteen of which are potentially pathogenic to humans. These pathogens were widely distributed across the country. Borrelia spp. were the most frequently detected pathogens with spatial variation among regions. Anaplasma phagocytophilum infection rates varied from region to region. Neoehrlichia mikurensis was found in seven out of twelve French regions. Rickettsia species diversity was highest in the southeast, associated with a greater diversity of vectors. Five percent of ticks were infected with more than one pathogen. Although spatial heterogeneity was observed, no region was free of infected ticks. This study demonstrates the power of citizen science for nationwide surveillance of tick-borne pathogens, providing a large-scale overview of pathogen diversity and distribution across France from crowdsourced tick data
Structural and biochemical insights into the broad-spectrum TET enzyme from Methanocaldococcus jannaschii reveal the basis of substrate specificity in M42 aminopeptidases
No full textInternational audienceTET peptidases of the M42 family are ∼500 kDa hollow dodecameric complexes ubiquitous in prokaryotes. These enzymes act as strict aminopeptidases, catalyzing the removal of N-terminal amino acids from peptides. A common feature of M42 TET aminopeptidases characterized to date is their marked substrate preference for a limited subset of amino acids. Unlike other hyperthermophilic archaea studied so far, the autotrophic archaeon Methanocaldococcus jannaschii possesses only a single gene encoding an M42 peptidase. This enzyme, named MjTET, is the first reported M42 peptidase to exhibit broad amino acid specificity, including activity on aromatic residues. To assess their peptide degradation efficiencies, the catalytic constants of MjTET were compared to those of its close analogs from Pyrococcus horikoshii. The specialized TETs from P. horikoshii displayed higher catalytic efficiencies than the generalist MjTET, likely reflecting the reliance of Thermococcales on peptide fermentation for energy. Additionally, the structure of MjTET was resolved to 3 Å using cryo-EM and compared with the available models of the four P. horikoshii TETs to identify features underlying substrate specificity. This analysis, combined with mutagenesis studies, revealed a previously uncharacterized loop in the catalytic domain that contributes to substrate discrimination. Collectively, these findings show that substrate specificity in TET enzymes arises from a complex interplay of tertiary structure, oligomeric assembly, and electrostatic surface potential. IMPORTANCE: This study first reported a novel TET peptidase from Methanogenic hyperthermophilic archaea. Its enzymatic properties compared to the specialized TET enzyme characterized so far from heterotrophic archaea suggest a link with autotrophy. It also represents an important step in explaining the structural features guiding substrate specificity
Letter to the Editor: Comment on the recent article titled “Diagnostic and economic evaluation of matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry with machine learning for screening of Johne's disease from dairy cow serum”
No full textInternational audienceWe read with great interest the recent article evaluating MALDI-TOF MS combined with machine learning for Johne's disease screening (Sarkar et al., 2026). Although the study is innovative, we believe that both the diagnostic and economic assessments rely on assumptions that substantially undermine the validity of the conclusions.From a methodological standpoint, the diagnostic evaluation suffers from several weaknesses: the limited sample size associated with the risk of overfitting when applying machine learning to complex proteomic profiles, and the lack of clarity on animal selection, which raises concerns about representativeness relative to the intended clinical context. Moreover, the study reports only relative sensitivity (Se) and specificity (Sp) of MALDI-TOF compared with the ELISA, not to the true infection status.Despite this, the economic model assumes absolute Se and Sp of 80% and 83% for MALDI-TOF, and 50% and 99% for the ELISA. These assumptions concerning the MALDI-TOF are unjustified. Given that the MALDI-TOF Se and Sp are only relative to ELISA, its true Se and Sp should-at best-be the product of both: approximately 0.8 × 0.5 = 40% for Se and 0.83 × 0.99 ≈ 82% for Sp. Even this computation presumes that the 27% MALDI-TOF "false positives" are indeed false, and not animals misclassified by the imperfect ELISA reference.</p
Risques sanitaires liés à l’épandage de digestats issus de matières organiques émergentes sur le sol et la phyllosphère en systèmes prairiaux
No full textInternational audienc
Possible exposure to unidentified coronaviruses in roe deer (Capreolus capreolus) populations suggested by SARS-CoV-2 serological investigation in France
No full textInternational audienceThe risk of viral transmissions from domestic/wild animals to humans is a major public health concern. Humans can also transmit viruses back to domestic and wild animals, acting as a reservoir for virus maintenance and a source of epidemic diseases re-emergence. The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), causing COVID-19, likely originated from wildlife and has been evidenced to transmit from humans to captive, domestic and wild animals. White-tailed deer (Odocoileus virginianus) show high SARS-CoV-2 prevalence following human contamination, suggesting they could act as an emerging virus reservoir. We completed recent research on European cervid species by investigating whether SARS-CoV-2 had emerged in longitudinally monitored European roe deer (Capreolus capreolus) populations in direct contact with humans in France. We performed indirect tests (serological enzyme-linked immunosorbent assays and seroneutralization) on sera collected before and after the virus emergence in humans, and direct reverse transcriptase polymerase chain reaction tests on nasal swabs collected in 2022. We also investigated the virus exposure and prevalence in three other cervid species. Enzyme-linked immunosorbent assay tests were positive for 2.20% of sera, pre- and post-pandemic, but seroneutralization and polymerase chain reaction tests were negative. Although one population showed increased seroprevalence post-2020, results suggest that SARS-CoV-2 has not emerged in those populations and that enzyme-linked immunosorbent assay cross-reaction with one or several unidentified circulating coronaviruses is possible
Quels leviers d'adaptation de l'agriculture au changement climatique ? Inventaire et analyse des projets de recherche et développement en région Auvergne Rhône Alpes.
No full textClimate forecasts predict a general rise in temperatures and an intensification of droughts, especially in Mediterranean zones moving northward in France. By 2050, the climate of the Auvergne-Rhône-Alpes region is expected to become more Mediterranean, and its agriculture will have to face new meteorological challenges. Moreover, given the globalized system in which this agriculture operates, this is not the only challenge it will encounter, and an agroecological transition is underway to meet these food, health, environmental, economic, and social issues, among others.In this context, the AgriAuRA2050 project aims to design viable production methods and practices to ensure the sustainability of farms and the economic viability of three sectors in the Auvergne-Rhône-Alpes region - field crops, herbivore livestock, and arboriculture - by 2050, in a context of climate change and agroecological transition. As part of this project, an inventory of structured projects in the Auvergne-Rhône-Alpes region was carried out to summarize the known responses of crop and livestock systems to non-conventional practices in the region. The objective was to identify the the levers used by projects in the region to adapt agriculture to climate change, and in particular to water constraints, which are likely to be a major challenge in the coming years. A characterization of these levers and a summary of the results obtained were also carried out.Research carried out mainly on the Internet identified 65 projects and highlighted 27 main levers grouped into four main categories: genetics, agricultural practices, functional diversity, and miscellaneous subjects for more forward-looking projects not focused on specific levers. A wealth of information was collected on these projects, especially through discussions with coordinators, in order to characterize them. Additionally, complete or partial results were obtained for 31 projects, and were the subject of a qualitative analysis summarizing their overall positive, negative, or neutral effects based on the lever studied and the variable measured.The levers studied were categorized by the sectors testing them. Thus, the miscellaneous subjects are the only ones to include projects involving several sectors, and otherwise only include livestock projects. The other groups include all three sectors, with more field crop projects for genetic levers, more arboriculture projects for agricultural practices, and a more balanced distribution for functional diversity levers. Regarding implementation dates and durations, projects focused on genetic or agricultural levers tend to be short, ongoing, and started after 2015, often tested on a reduced scale, primarily at specific sites. On the other hand, projects of miscellaneous subjects tend to be longer, also ongoing, and initiated between 2000 and 2020. They are implemented on a larger scale, often at the departmental or regional level, as are the projects on functional diversity, which also have the highest proportion of completed projects. These are relatively short and were typically initiated after 2015, although some are older. The structures managing these projects vary between groups. For example, research-focused institutions are more prominent in the agricultural practices and genetics groups, while the functional diversity and miscellaneous subjects include more associations. However, agricultural chambers are present in every groups. Moreover, the results of the experiments are generally positive or neutral for genetic strategies, more variable and nuanced with a positive trend for agricultural practices and functional diversity, and overall positive for the miscellaneous subjects, in a negative climatic context. These overall positive results may partially reflect a communication bias, with a tendency to highlight successes. Nevertheless, they are also supported by literature for several levers.Additionally, a comparison with work conducted in other parts of the AgriAuRA2050 project revealed that the practices and levers tested by groups of farmers or individual farmers in the Auvergne-Rhône-Alpes region are similar with those studied in structured projects. Thus, the issues explored by research institutions and technical or professional organizations overlap with those of farmers.Les prédictions climatiques prévoient une hausse générale des températures et une intensification des sécheresses, notamment dans les zones méditerranéennes qui remontent en France vers le nord. Ainsi, à l’horizon 2050, le climat de la région Auvergne-Rhône-Alpes devrait devenir plus méditerranéen, et son agriculture devra faire face à de nouveaux défis météorologiques. Par ailleurs, du fait du système mondialisé dans lequel s’inscrit cette agriculture, ce n’est pas le seul défi auquel elle va se confronter, et une transition agroécologique est en marche pour répondre à ces enjeux alimentaires, sanitaires, environnementaux, économiques et sociaux, entre autres.Dans ce contexte, le projet AgriAuRA2050 vise à concevoir des modes et itinéraires de production envisageables pour permettre la pérennité des exploitations agricoles et garantir la viabilité économique de trois filières de la région Auvergne-Rhône-Alpes, grandes cultures, élevage d’herbivores et arboriculture, à l’horizon 2050 dans un contexte de changement climatique et de transition agroécologique. Dans le cadre d’un des volets de ce projet, un travail de synthèse des réponses connues des systèmes de cultures et d’élevages avec des itinéraires techniques non conventionnels sur la région a été réalisé par un inventaire de projets structurés mis en place sur la région Auvergne-Rhône-Alpes. L’objectif était de dégager les leviers étudiés par les projets réalisés en région sur l’adaptation de l’agriculture au changement climatique, notamment à la contrainte hydrique qui s’annonce comme un enjeu majeur dans les années à venir. Une caractérisation de ces leviers et une synthèse des résultats obtenus a aussi été réalisée.Les recherches effectuées essentiellement sur internet ont permis d’identifier 65 projets, et d’en dégager 27 leviers principaux qui ont été rassemblés en quatre grands groupes : génétique, pratiques agricoles, diversité fonctionnelle et sujets divers pour les projets plus prospectifs ne s’intéressant pas à des leviers à proprement parler. De nombreuses informations ont été collectées sur ces projets, notamment par des échanges avec les coordinateurs, afin de les caractériser au mieux. De plus, des résultats complets ou partiels ont pu être obtenus pour 31 projets, et ont fait l’objet d’une analyse qualitative synthétisant un effet global positif, négatif ou neutre de chaque essai selon le levier étudié et la variable mesurée.Les leviers étudiés ont pu être caractérisés par les filières les testant. Ainsi, les sujets divers sont les seuls à comprendre des projets s’intéressant à plusieurs filières, et ne comptent sinon que des projets sur l’élevage. Les trois filières se retrouvent dans les autres groupes de leviers, avec davantage de projets en grandes cultures pour ceux génétiques, davantage de projets en arboriculture pour ceux sur les pratiques agricoles, et plus d’équilibre pour les leviers de diversité fonctionnelle. Concernant les dates et durées de réalisation, les projets avec des leviers génétiques ou de pratiques agricoles sont plutôt courts, en cours et commencés après 2015, testés à une échelle réduite, majoritairement au site. En revanche pour les sujets divers, ils sont plutôt longs, surtout en cours également, et leur commencement s’étale entre 2000 et 2020. Ils sont aussi réalisés à une échelle plus large, en grande partie départementale ou régionale, tout comme les projets sur la diversité fonctionnelle, qui comptent par ailleurs la plus grande proportion de projets terminés, plutôt courts, et ayant plutôt commencés après 2015 avec cependant des projets plus anciens. Les structures portant les projets varient également entre les groupes. Ainsi, les structures plus tournées vers la recherche se retrouvent surtout dans les groupes pratiques agricoles et génétique, tandis que les groupes Diversité fonctionnelle et Sujets divers comptent plus d’associations. Les chambres d’agricultures se retrouvent en revanche dans chacun des groupes. Concernant les résultats des essais, ils sont plutôt positifs ou neutres pour les leviers de génétique, plus variables et nuancés avec une tendance positive pour ceux des pratiques agricoles et de la diversité fonctionnelle, et globalement positifs pour les sujets divers, en notant un contexte climatique négatif. Ces résultats globalement positifs peuvent en partie s’expliquer par un biais de communication, avec une tendance à mettre préférentiellement en avant les réussites. Néanmoins, ils sont aussi appuyés par de la bibliographie pour plusieurs leviers.De plus, un croisement avec des travaux effectués dans d’autres volets du projet agriAuRA2050 a permis de se rendre compte que les pratiques et leviers testées par des collectifs d’agriculteurs ou des agriculteurs isolés sur la région Auvergne-Rhône-Alpes rejoignent ceux auxquels les projets structurés s’intéressent. Ainsi, les problématiques explorées par la recherche et les instituts techniques ou professionnels croisent celles des agriculteurs
De nouveaux alliés du bien-être des animaux confrontés aux défis des transitions agroécologiques et climatiques
No full textNational audienc
Valoriser les digestats en Auvergne Rhône-Alpes: “Sécuriser la qualité des sols et les productions végétales avec les digestats de méthanisation”
No full textLa méthanisation agricole : un fort enjeu régional La méthanisation agricole est, pour l'agriculture et le territoire de la région Auvergne-Rhône-Alpes, au carrefour d'enjeux stratégiques économiques, environnementaux et sociaux : production d'énergie verte et locale, réduction des gaz à effet de serre (GES), diversification des productions et pérennité des exploitations agricoles sur les territoires, la fertilisation des cultures, la qualité de l'eau, de l'air et des sols. Les digestats de méthanisation : un sous-produit à valoriserLes digestats sont l'un des principaux sous-produits de la méthanisation. Ils sont riches en éléments fertilisants et peuvent être utilisés comme engrais sur les cultures quand ils sont valorisés par épandage. La composition des digestats est très variable et dépend des intrants, du process de méthanisation et du posttraitement. Il existe déjà de nombreuses études sur la valorisation des digestats dont les résultats ont servi pour cette étude.Le projet PEPIT DIGESTAT 2023-2025 vient compléter dans le contexte régional la connaissance des digestats et leurs effets, avec la durabilité de la filière comme ligne directrice. Ce projet régional s'appuie en particulier sur deux programmes nationaux :Ferti-Dig qui a proposé une typologie de classes de digestats afin d'associer les effets observés sur la fertilité du sol, des cultures, l'environnement et l'innocuité. Metha-BioSol qui a évalué l'impact des digestats de méthanisation sur la qualité biologique et écologique des sols.</div
Les collectifs agricoles pour favoriser le changement de pratiques en Auvergne-Rhône-Alpes : dynamiques d’adaptation et d’apprentissage face au changement climatique: Synthèse de l'étude
No full textCette étude s’inscrit dans le cadre du projet TETRAE AgriAURA2050. Afin de faire face aux défis posés par le changement climatique, certains agriculteurs choisissent de ne pas rester isolés et de créer ou rejoindre des collectifs structurés autour d'objectifs communs. Ces groupes permettent l'échange de pratiques, le partage de savoirs et l'expérimentation conjointe. Pour les soutenir, de nombreuses structures (chambres d'agriculture, coopératives, fédérations, associations etc…) développent des activités d'accompagnement, Dans ce cadre, l'objectif de l'étude est d'analyser les plus-values de l'accompagnement collectif dans les dynamiques d'adaptation des exploitations agricoles. L'étude pose une question : "En quoi les dynamiques collectives se rapprochant des organisations apprenantes permettent de gagner en capacité d'action et d'opérer des changements à l'échelle individuelle ?". Conduite auprès de deux collectifs agricoles de la région Auvergne-Rhône- Alpes, elle a permis de montrer que les effets de la participation varient selon les personnes et leur trajectoire ; que le collectif est un levier de changement, mais ne dépasse pas tous les blocages ; que la diversité favorise les échanges mais peut créer des tensions et enfin que l’efficacité du collectif dépend du mode de création, de l’animation et des valeurs partagées. De plus, le travail de stage a permis de rédiger un guide de préconisations pour l’animation des collectifs agricoles
Thematic factsheet - Thermal comfort in ruminants and equines
No full textThis thematic factsheet summarises knowledge on thermal comfort in ruminants and equines. It provides information on adaptation of animals to thermal conditions, along with recommendations to ensure thermal comfort